生物信息学分析亚洲牛带绦虫WD40基因及其蛋白质的结构与功能

目的 分析和预测亚洲牛带绦虫WD40基因及其编码蛋白的结构和特性，用于指导其生物学功能的实验研究。方法 利用美国国家生物技术信息中心（NCBI，http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／）、瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY，http：／／ca．expasy．org／）和IEDBAnalysisRecource提供的各种生物信息学在线分析程序，结合其它生物信息学分析软件包如Pcgene和VectorNTIsuite，从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别WIMO基因及其编码区，分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果 该基因全长1208bp，编码区为81～1056bp，编码402个氨基酸，为全长基因；无跨膜区，具有多个磷酸化位点，蛋白的理化性质稳定，理论分子量为35942．4；没有质体、线粒体定位序列；预测该蛋白表面有三个亲水性强的线性表位和三个B细胞抗原表位。结论 应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中识别出了亚洲牛带绦虫WD40基因，并对其所编码的蛋白质的结构与功能进行了预测。     

生物信息学分析牛带绦虫烯醇酶基因及其蛋白的结构和特性

目的 分析和预测牛带绦虫成虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和功能,用于指导其生物学功能的实验研究。方法 利用生物信息学网站的各种在线分析工具,并结合其它大型生物信息学分析软件包,如Vector NTI suite,分析从牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别的烯醇酶基因的结构和编码区序列,并分析、预测编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果 该基因全长1 641 bp,编码区为133～1 096 bp,编码320个氨基酸,相对分子量理论预测值为34866.8 Mr。具有一从内到外的跨膜区,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定。有13个主要的B细胞抗原表位。结论 通过生物信息学分析从牛带绦虫成虫cDNA质粒文库中发现烯醇酶基因,并预测得到其结构与功能方面的信息。     

大鼠细胞因子信号转导抑制因子-1基因的原核克隆表达和免疫学分析

目的 克隆表达大鼠细胞因子信号转导抑制因子-1基因(SOCS-1).方法 将大鼠SOCS-1全长编码基因的PCR产物,克隆到原核表达质粒pET-28a(+)中,构建重组质粒pET-28a(+)-ratSOCS-1.转化大肠埃希菌BL-21/DE3,用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,应用镍离子金属螯合剂亲和层析柱从表达产物中纯化重组蛋白,通过十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)对表达产物和重组蛋白进行鉴定.应用纯化的重组蛋白免疫新西兰大白兔,抗体滴度达到1:10000以上后进行末次免疫,2周后心脏取血、测定滴度,分离制备免疫血清.用红细胞裂解法制备大鼠外周血白细胞裂解全蛋白.将阴性血清(未用重组蛋白免疫的新西兰大白兔的血清)、免疫血清及兔抗组氨酸标签抗体转入各蛋白条带,用Western免疫印迹检测重组蛋白的免疫学活性.结果 PCR、双酶切及DNA测序分析均表明重组质粒pET-28a(+)-ratSOCS-1构建成功.SDS-PAGE结果可见转化了重组质粒的大肠埃希菌全菌和经超声裂解后的菌体沉淀的样品均在相对分子质量约26 000处有一明显的蛋白条带,经亲和层析获得的纯化重组蛋白有特异的单一条带与上述条带一致,而在超声裂解后的菌体上清中相同位置却未见有蛋白表达条带.Western免疫印迹表明重组蛋白、大鼠外周血白细胞裂解蛋白中相对分子质量约24000的蛋白条带、兔抗组氨酸标签抗体均可被免疫血清识别,分别出现清晰的相对分子质量26000、24 000、26000的反应条带,表明其具有免疫活性.结论 SOCS-1基因可以在大肠埃希菌BL-21/DE3中获得表达,其纯化重组蛋白具有良好的抗原性和免疫活性.     

湖南长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体cox1基因的克隆及序列分析

目的研究湖南省长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体细胞色素C氧化酶第1亚基（cox1）基因部分序列（pcox1）的遗传变异情况,并用peox1序列重构泡状带绦虫与其他带科绦虫的种群遗传关系。方法应用聚合酶链反应（PCR）扩增泡状带绦虫虫株的pcox1,应用Clusta1X1．81程序对序列进行比对。然后用Phylip3．67程序MP法和Mage4．0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5．2程序构建最大似然树;同时利用DNAstar5．0中的Megalign程序进行同源性分析,并与GenBank^TM中已知泡状带绦虫相应基因序列进行比较分析。结果所获得的pcox1序列长度一致,均为343bp,与GenBank^TM公布的带科绦虫序列进行比较分析表明,湖南长沙分离株1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因的相似性分别为99．4％和99．7％,与其它带科绦虫的相似性均小于90．0％;湖南长沙1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因遗传距离分别为0．006和0．003,与其他带科绦虫的遗传距离均大于0．100。种系发育树表明,2个分离株与已知泡状带绦虫位于同一分枝,Bootstrap值在97％以上。结论由于泡状带绦虫pcox1序列种内相对保守,种问差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究泡状带绦虫的群体遗传结构奠定了基础。     

缺氧诱导因子-1和妇科肿瘤

缺氧诱导因子是机体组织、细胞适应缺氧环境、缓解对氧和能量的需求、维持内环境平衡的关键,其中发挥核心调控作用的中心枢纽是缺氧诱导因子-1α（hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α）。HIF-1α主要在细胞内发挥应答反应以维持对缺氧耐受,可以通过许多不同的受体介导不同的作用肿瘤在发生发展的过程中不乏缺氧过程,且越来越多的研究表明HIF-1和肿瘤的生物学密切关系,HIF-1引起许多学者的关注。本文主要介绍对HIF-1α的研究进展以及针对HIF-1α的靶向治疗研究、特别是其与妇科肿瘤的关系。     

猪带绦虫乳酸脱氢酶A和B的生物信息学比较分析

目的预测及比较分析猪带绦虫乳酸脱氢酶A（Taenia solium lactate dehydrogenase A,TsLDH-A）和乳酸脱氢酶B（Taenia solium lactate dehydrogenase B,TsLDH-B）,用于指导其生物学功能的研究。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心（NCBI,http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY,http：//ca.expasy.org/）中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别LDH-A和LDH-B的全长编码基因并对其结构与功能进行生物信息学预测分析。结果两序列都是包含完整开放阅读框的全长基因,推导出的氨基酸序列与其它物种LDH-A或LDH-B同源基因的氨基酸序列的一致性均大于50%。两者编码的蛋白在编码的氨基酸数目（331）、蛋白的理化性质、L-乳酸脱氢酶结构域、构成LDH酶催化中心的关键氨基酸、包含LDH活性位点的线性表位、无亚细胞定位等方面是一致的,但两者在翻译后的修饰位点、3个跨膜区和其他线性表位方面既相似也有区别。结论应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了TsLDH-A和TsLDH-B的cDNA全长序列,并预测和比较了两者结构与功能方面的信息,为进一步研究所编码蛋白的功能奠定了基础。     

缺氧诱导因子-1基因多态性与疾病相关性研究进展

缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1, HIF-1)是特异性缺氧状态下发挥活性的一种转录因子.由Semenza等[1]于1991年在肝细胞癌株Hep3b细胞核抽提物中发现.HIF-1在缺氧条件下广泛存在于哺乳动物和人体内许多类型的细胞内, 可上调多种靶基因如促红细胞生成素、血管内皮生长因(vascular endothelial growth factor, VEGF)子等基因的转录.研究发现HIF-1存在多态性, 并且与疾病发生密切相关.现就缺氧诱导因子-1结构、生物学功能、多态性及与疾病相关性研究做一综述.     

乙型肝炎病毒preS1与肿瘤坏死因子融合肽基因的克隆和表达

为提高hTNFα和HBVpreS1(1～65)肽融合蛋白在大肠杆菌中的表达率,以及研究hTNFα和preS1(1～65)肽之间的联接肽段对hTNFα的影响,并引进蛋白酶切位点以利于融合蛋白中酶切制备preS1(1～65)肽,本文构建了5种含有两类不同基因接头和preS15′端经改造的hTNFα和HBVpreS1(1～65)肽的融合基因。然后分别将其插入表达载体pSB92中,并获得表达。SDSPAGE显示,不同结构的融合基因的表达水平不同,表达水平最高的pTPS5表达量达菌体总蛋白的60%。该表达产物经Westernblot验证,能分别特异地与抗hTNFα抗体与抗preS1抗体结合。稀释复性后,该融合蛋白还具有hTNFα的生理功能(对L929细胞的细胞毒活性),为一具有双功能活性的新的融合蛋白。经DNA序列测定表明,preS1(165)肽基因正确地融合在hTNFα基因之后。     

亚洲带绦虫实验感染对乳猪肝细胞生长抑制率和MAPK通路主要激酶基因表达的影响

本研究旨在探讨亚洲带绦虫实验感染乳猪后不同时间囊尾蚴寄生处肝组织细胞生长抑制率和MAPK通路主要激酶基因表达的变化.将采自贵州省都匀市的亚洲带绦虫孕节解剖后,用生理盐水反复清洗、离心沉淀收集虫卵.20日龄约克二元施格杂交乳猪29头,随机分为实验组15头和对照组14头,实验组以定量虫卵15万个/头灌胃感染.于感染后第15、45和75 d处死乳猪,取实验组囊尾蚴寄生处肝组织和对照组肝组织,采用cck-8法检测各组肝细胞的生长抑制率,并用实时荧光定量PCR检测肝细胞ERK1、JNK1、p38基因mRNA的相对表达量.结果显示,感染后第15、45和75 d,cck-8法测定实验组肝细胞的生长抑制率分别为(23.11±1.26)％、(25.15±1.26)％和(20.72±1.3)％.实时荧光定量PCR检测实验组乳猪肝细胞的ERK1和p38 mRNA表达水平均较对照组上调,而JNK1 mRNA表达水平均较对照组下调,随感染时间延长,ERK1和p38 mRNA表达水平均明显下调.结果表明亚洲带绦虫囊尾蚴感染可明显影响乳猪肝细胞ERK1和p38基因mRNA水平.     

cDNA cloning and immunologic characterization of a novel EF-1beta allergen from Penicillium citrinum

BACKGROUND: We have identified previously that Penicillium citrinum is the most prevalent Penicillium species in the Taipei area. It is important to delineate the whole spectrum of allergenic components of this prevalent airborne fungus. The purpose of this study was to identify novel P. citrinum allergens through molecular cloning of allergen genes using a cDNA library of P. citrinum and sera from patients with bronchial asthma. METHODS: A lambda-Uni-ZAP XR-based cDNA library of P. citrinum was screened with sera from asthmatic patients. An IgE-binding cDNA clone was isolated and heterologously expressed in Escherichia coli. The frequency of IgE-binding to the expressed protein and the IgE reactivity to allergen subunits were analyzed by immunoblotting. RESULTS: An IgE-reactive cDNA clone (clone B) was isolated by plaque immunoassay. The cDNA insert is 876-bp long and encodes a 228-amino acid polypeptide with a calculated molecular mass of 25 035 Da. Protein database search with the deduced clone B sequence revealed that 121 (53%) and 82 (36%) of the 228 amino acids were identical to those of the elongation factor 1-beta (EF-1beta) proteins from the yeast Saccharomyces cerevisiae and the parasite Echinococcus granulosus, respectively. His-tagged recombinant clone B proteins were constructed and expressed in E. coli. Seven (8%) of the 92 serum samples from patients with bronchial asthma showed IgE-binding to the recombinant clone B protein. Among these seven positive sera, five demonstrated IgE-binding to the C-terminal fragment (aa 119-228) while the other two sera showed IgE reactivity to the N-terminal fragment (aa 1-118) of this newly identified EF-1betaPenicillium allergen. CONCLUSIONS: A novel P. citrinum allergen (Pen c 24) was identified and characterized in the present study. Results obtained provide more information about allergens of prevalent airborne fungi and a basis to understand more about the IgE responses in human atopic disorders and in parasitic infections.     

An ocular cysticercosis case: Caused by Asian genotype of Taenia solium

An ocular cysticercosis case of a 42-year-old male, who presented with anterior uveitis is being reported. Microscopical examination of the cyst revealed presence of only one hooklet suggestive of T. solium cysticercus. Mitochondrial DNA analysis confirmed it to be T. solium cysticercus of Asian genotype. This is the first report on molecular typing of cysticercus isolate from ocular cysticercosis patient in India. The study suggests that the molecular analysis of cox1 gene may be a useful diagnostic tool in cases where microscopic examination is not confirmatory.     

通过序列分析筛选单纯疱疹病毒 I型蛋白组中的 PACS-1结合蛋白

目的筛选单纯疱疹病毒I型蛋白组中的PACS-1结合蛋白。方法根据筛选标准,利用ScanProsite和PSORT软件对蛋白质进行分析,并结合相关文献中的实验数据对分析结果进行校正。结果该方法可有效地筛选出PACS-1结合蛋白。利用该方法,在单纯疱疹病毒I型蛋白组中,共筛选出可能与PACS-1结合的蛋白质33种。结论建立了一种有效的筛选PACS-1结合蛋白的方法。筛选出的单纯疱疹病毒I型的PACS-1结合蛋白,将为研究PACS-1在疱疹病毒发生及潜伏性感染中的作用提供指导。