基于网络药理学、分子对接及分子动力学模拟探讨黄连治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接和分子动力学模拟（MD）探讨黄连治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 利用TCMSP和UniProt数据库获取黄连活性成分及其对应靶点，经GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD、DisGeNET数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点，利用Venny 2.1.0获取黄连和溃疡性结肠炎的交集靶点，并上传String 11.0数据库绘制蛋白相互作用（PPI）网络图。通过Cytoscape3.9.0的Cyto Hubb插件和“药物活性成分–靶点–通路网络图”筛选核心靶点。借助Metascape数据库对交集靶点进行基因本体功能注释（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Autodock Tools 1.5.6软件将活性成分与核心靶点进行分子对接。用分子动力学模拟法验证最佳结合模型的稳定性。结果 共筛选出黄连7个活性成分及其137个靶点，溃疡性结肠炎1 258个相关靶点和81个交集靶点。核心靶点包括蛋白激酶B1（Akt1）、B淋巴细胞2（BCL2）、有丝分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等。生物过程包括无机物的反应、细胞因子受体结合等。KEGG通路富集主要包括MAPK信号通路等。分子对接结果显示，黄连的核心活性成分能够很好地与关键靶点结合。MD进一步验证了能量结合最好的小檗碱与白细胞介素（IL）-1β的结合能为−36.19 kJ/mol。结论 黄连可能通过多成分、多靶点及多通路参与溃疡性结肠炎的治疗。     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗白塞病作用机制

目的 通过网络药理学方法及分子对接探讨雷公藤有效成分治疗白塞病作用机制。方法 应用中药系统药理学分析平台（TCMSP）获取雷公藤活性成分;利用PubChem和SwissTargetPrediction数据库将活性成分转化为基因名;通过Disgenet、GeneCards数据库获取白塞病的疾病靶点;利用Venny 2.1软件绘制雷公藤主要成分基因与白塞病基因的共同靶点韦恩图;应用Cytoscape3.2.1软件构建“雷公藤–主要成分–白塞病”交集基因网络图;利用STRING数据库对其作用靶点构建蛋白相互作用（PPI）网络分析;通过DAVID数据库和微生信软件进行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,筛选出潜在通路并分析其作用机制,并利用分子对接技术验证。结果 从雷公藤中共获得59个生物活性成分,对应的作用靶点561个;白塞病疾病基因984个;通过筛选雷公藤作用于白塞病的共同靶点,得到73个交集基因;其核心靶点为肿瘤坏死因子（TNF）、蛋白激酶B1（Akt1）、基质金属蛋白酶9（MMP9）、信号传导和转录激活蛋白3（STAT3）;核心通路为脂质和动脉粥样硬化信号通路、乙型肝炎信号通路、Th17细胞分化信号通路、癌症信号通路、人巨细胞病毒感染信号通路等。分子对接技术显示,去甲黑蔓酮酯与TNF、Akt1靶蛋白的结合能力较强,雷公藤三萜酸A与Akt1靶蛋白的结合能力较强。结论 雷公藤通过多靶点、多途径发挥其整体调节效应而治疗白塞病。     

基于网络药理学及分子对接技术分析丹参-川芎-葛根抗高血压的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究丹参-川芎-葛根有效活性成分抗高血压的相关靶点及分子机制。方法 通过检索TCMSP、Uniport数据库,获得丹参-川芎-葛根的主要活性成分和相关靶点。通过Genecards数据库获得高血压相关靶点。运用Venny数据库构建丹参-川芎-葛根和疾病靶点韦恩图,得到交集靶点;并将得到的交集靶点导入STRING数据库得到蛋白质相互作用关系。使用RStudio 1.4.1106软件对交集靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。并利用Cytoscape 3.6.0软件对“药材-活性成分-靶点”、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、“活性成分-靶点-通路”网络进行可视化。采用AutoDock Tools 1.5.6软件将关键活性成分和核心靶点进行分子对接,运用PyMOL对对接结果进行可视化。结果 通过筛选共获得68个活性成分,759个高血压相关靶点,62个交集靶点。经KEGG通路富集分析发现,丹参-川芎-葛根通过调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、钙信号通路、AGE-RAGE、松弛素、cGMP-PKG等通路起到抗高血压的作用。分子对接结果显示,丹参酮ⅡA、隐丹参酮、β-谷甾醇与NOS3、FOS、VEGFA、AKT1等核心靶点结合能力较好。结论 证实了丹参-川芎-葛根多成分、多靶点、多途径的作用规律。     

基于生物信息学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎潜在活性成分及分子机制

目的 采用生物信息学和分子对接技术,探讨当归六黄汤（DGLHD）治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法 采用公共数据库(TCMSP、DrugBank和UniProt)寻找当归六黄汤的有效活性成分和相应的靶基因,构建DGLHD活性成分-靶蛋白相互作用网络。基于DisGeNET数据库、Genecards数据库和DrugBank数据库检索溃疡性结肠炎相关基因,获取当归六黄汤与溃疡性结肠炎的交集靶点基因。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）分析,获取核心靶点基因。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及KEGG通路富集。通过DiscoveryStudio 2016进行分子对接,确定药物活性成分与核心靶标相互作用的分子基础。结果 共筛选出82种活性化合物和132个交集靶基因。核心靶点基因涉及信号传导与转录激活因子3（STAT3）、TP53、AKT1、MAPK1、JUN和血管内皮生长因子A（VEGFA）;通路富集主要为“肿瘤信号通路”、“糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路”“内分泌抵抗”、“NF-κB信号通路”、“Th17细胞分化”。分子对接结果表明,当归六黄汤核心活性成分可以通过氢键等相互作用与核心靶基因形成稳定的对接模式。结论 基于生物信息学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎的活性成分、核心靶点及主要信号通路,为当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎提供了新的理论基础。     

基于网络药理学探讨舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的网络调控机制。方法 选取舒肝宁注射液中19个代表性化学成分为研究对象,通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库,获得化合物潜在作用靶点。利用DisGeNET、GeneCards数据库检索乙型病毒性肝炎的疾病相关靶点,利用Venny平台获取化合物作用靶点与疾病靶点的交集靶点为舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎潜在作用靶点。进一步对靶蛋白进行蛋白相互作用（PPI）网络分析、Cluster模块分析、基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。在PPI核心靶点网络分析基础上进一步通过分子对接方法验证网络药理结果。结果 获得19个成分的173个舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的潜在作用靶点,并可作用于SRC、HSP90AA1、ERS1、PIK3CA、HRAS等核心靶点,调节乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、VEGF、TNF、PI3K/Akt等信号通路。分子对接结果表明,舒肝宁注射液与乙型病毒性肝炎信号通路关联的活性成分与相关靶点可自发结合。结论 舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的机制可能是通过多组分多靶点干预乙型肝炎信号通路起作用。     

基于网络药理学和分子对接法探索复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在分子机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法 应用TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库及文献收集复方一枝蒿颗粒活性成分及潜在靶点。通过TTD、GeneCards和OMMI数据库检索新型冠状病毒肺炎相关的靶点。将复方一枝蒿颗粒药物靶点和新型冠状病毒肺炎相关基因取交集，使用String数据库构建靶蛋白相互作用（PPI）网络。通过Cytoscape构建“药物–活性成分–靶点基因–疾病”网络。对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。利用Autodock_vina软件对活性成分和靶点进行分子对接。结果 共筛选92个活性成分，1 627个靶点，新型冠状病毒肺炎疾病靶点464个，两者取交集筛选出87个潜在靶点。GO功能富集得到2 040个条目（P＜0.05），与病毒过程、参与共生相互作用的生物过程、活性氧代谢过程的调节、与宿主相互作用的生物过程、病毒生命周期、炎症反应的调节等生物学过程有关。KEGG通路分析共得到150条通路，与新冠肺炎密切相关的有人巨细胞病毒感染、结核、COVID-19、IL-17信号通路等。分子对接结果证实，筛选的靶点受体蛋白与活性成分可以较好地结合。结论 复方一枝蒿颗粒可通过多组分、多靶点和多途径的方式对新型冠状病毒肺炎产生治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学及分子对接探讨仙鹤草改善慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨仙鹤草改善慢性萎缩性胃炎的物质基础及作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选仙鹤草的活性成分并预测其作用靶点；通过GeneCards、OMIM数据库筛选慢性萎缩性胃炎相关靶点；将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集，通过String 12.0数据库构建蛋白相互作用（PPI）网络，并运用Cytoscape 3.10.1软件构建“中药–疾病–化合物–交集靶标”网络图；通过R软件对核心靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析以预测作用机制；通过AutoDock软件进行分子对接验证。结果 从仙鹤草中筛选出5个活性成分，作用于90个靶点，其中仙鹤草改善慢性萎缩性胃炎的核心活性成分为鞣花酸、山柰酚、儿茶素、木犀草素、槲皮素；核心靶点为B淋巴细胞瘤-2（Bcl-2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3）、表皮生长因子受体（EGFR）、缺氧诱导因子-1A（HIF-1A）、原癌基因（MYC）等；作用机制主要涉及抗肿瘤、调节免疫、调节脂代谢、抗病毒等多条信号通路；分子对接显示，仙鹤草核心活性成分与核心靶点具有较高亲和力。结论 仙鹤草可能通过调节细胞增殖、凋亡、炎症、代谢等相关基因及通路发挥多靶点、多通路的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的可能机制。方法 利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索黄芪的主要化学成分及靶点,并补充文献报道相关药理作用的成分作为潜在活性成分。以"peritoneal fibrosis"为关键词分别在OMIM、Genecards获取目前已知的与腹膜纤维化相关的疾病靶点,后取两者的交集靶点;对交集基因通过STRING数据库与Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络及蛋白互作(PPI)网络并筛选核心网络。基于R软件使用Bioconductor生物信息软件对核心靶点进行GO及KEGG富集分析,最终采用AutoDock软件将主要有效成分与核心靶点进行分子对接,得出其结合能力。结果 筛选出20个黄芪活性成分及文献报道有相关药理作用4个, 457药物作用靶点,与674个腹膜纤维化病靶点取交集,得到86个共同靶点。GO功能富集分析提示黄芪拮抗腹膜纤维化主要参与了蛋白激酶B信号转导的调节、细胞对化学的应激反应、炎症反应的调节等通路; KEGG通路富集分析主要涉及调控肿瘤、磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、人类巨细胞病毒感染、HIF-1信号通路等;分子对接结果显示关键靶点与活性成分具有较好的结合能力。结论 黄芪治疗腹膜纤维化的分子机制,可能与抑制炎症及氧化应激反应、调节多种信号通路等相关。     

基于网络药理学探讨“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的重要靶标。方法 通过中药系统药理学数据库（TCMSP）检索“酸枣仁-当归”药对活性成分及相应靶点;通过GeneCards数据库检索失眠相关靶点;在Cytoscape3.7.2软件中构建“酸枣仁-当归”药对-活性成分-靶点网络图;构建韦恩图得到该药对与疾病的交集靶点。构建蛋白质互作（PPI）网络筛选核心靶点,通过Autodock等软件进行分子对接。借助R studio对交集靶点进行GO富集和KEGG通路分析。结果 得到“酸枣仁-当归”药对有效成分11个,靶点88个,失眠相关靶点1 348个,交集靶点20个,6个核心靶点。分子对接分析发现丁子香萜与MAOB结合能力最强。GO富集和KEGG通路分析得到,肾上腺素能受体信号通路、神经递质受体的活动等,通过神经活性配体受体相互作用、5-羟色胺能突触等达到治疗失眠的作用。结论 “酸枣仁-当归”药对可能通过MAOB、ACHE、SLC6A4等靶标调控胆碱能突触、多巴胺能突触、钙信号通路、5-羟色胺能等信号通路来起到多因素共同治疗失眠的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学结合分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法 借助TCMSP数据库获取蛇床子的活性成分及潜在作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DisGeNET数据平台得到阿尔茨海默病的潜在作用靶点,筛选两者共同靶点;应用Cytoscape 3.7.1构建蛋白相互作用（PPI）网络图并筛选发挥治疗作用的关键靶点,再借助R语言进行基因本体（GO）功能分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用AutoDock Vina软件,对核心靶点和药物主要活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 蛇床子包含主要活性成分20个,化学成分与疾病共同靶点56个,网络拓扑分析显示B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、雌激素受体α(ESR1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、糖原合成酶激酶3β(GSK3B)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)为关键靶点,通过调控神经活性配体-受体的相互作用、钙信号通路、p53信号通路、多种细胞凋亡、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等发挥治疗作用。分子对接验证中...     

基于网络药理学研究当归芍药散防治阿尔茨海默病的作用机制

目的 探究当归芍药散防治阿尔茨海默病的作用机制。方法 选取当归芍药散中的当归、白芍、白术、川芎、茯苓、泽泻为研究对象,应用TCMSP数据库对6味中药主要化学成分进行筛选;使用TCMSP数据库,对筛选出的化合物及阿尔茨海默病进行靶点预测,选取当归芍药散与阿茨海默病一致的6个靶点蛋白作为后续研究对象,通过生物分子功能注释系统（MAS 3.0）及KEGG通路数据库进行通路注解及分析,得到当归芍药散治疗阿茨海默病的相关靶点通路预测图及相关信号通路。结果 从当归芍药散中筛选出35个化合物,可作用于阿尔茨海默病6个潜在的蛋白靶点,找出靶点的相关通路22条。作用通路涉及阿尔茨海默病发病机制相关的钙信号途径、炎症、免疫调节、细胞与细胞之间的信号交流、肌动蛋白细胞骨架的调节等各个环节,6味中药既有共同的成分及作用靶点、通路,又各有偏重,各通路间通过共有靶点连接,显示出不同成分间的多靶点、多途径的协同作用。结论 预测出当归芍药散治疗阿尔茨海默病可能与其调节炎症、免疫系统、钙信号、细胞与细胞之间的信号交流等机制有关。     

基于网络药理学探讨金钗石斛和霍山石斛治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 基于网络药理学探讨及比较金钗石斛Dendrobium nobile Lindl.和霍山石斛D. huoshanense活性成分治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法 基于中国知网、万方和PubMed数据库收集金钗石斛、霍山石斛的有效成分;PubChem平台查询活性成分结构;SwissADME平台筛选金钗石斛、霍山石斛活性成分的靶点;SwissTartgetPrediction平台预测各活性成分的作用靶点;GeneCards和OMIM数据库检索阿尔茨海默病相关靶点;Cytoscape 3.9.1构建“活性成分–疾病–靶点”网络图;String数据库分析并构建药物与疾病的蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共获得金钗石斛有效成分84个,核心成分为crepidatin、N-isopentenyl-6-hydroxydendroxinium、3-O-methylgigantol等;霍山石斛有效成分56个,核心成分为erianin、dendrocrepine、dendrocandin U等;金钗石斛...     

基于网络药理学探讨人参调控铁死亡抗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨人参抗阿尔茨海默病的可能靶标及作用机制.方法 利用TCMSP数据库获取人参活性成分及其所对应的靶标.通过GeneCards数据库获取阿尔茨海默病的治疗靶标.利用Venn在线工具获得人参活性成分和阿尔茨海默病的共同作用靶点.运用Cytoscape软件构建人参、活性成分、靶标间相互作用网络关系图...     

Protective effect of Huangpu Tongqiao capsule against Alzheimer's disease through inhibiting the apoptosis pathway mediated by endoplasmic reticulum stress in vitro and in vivo

ObjectivesHuangpu Tongqiao Capsule (HPTQC) is a traditional Chinese medicine (TCM) that has been used to treat Alzheimer's disease (AD). This study was to explore the pharmacological action and molecular mechanism of HPTQC in the treatment of AD.MethodsThe possible targets of HTPQC were predicted by the molecular docking technique. Intraperitoneal injection of D-galactose and bilateral injection of Aβ_25-35 in hippocampus induced AD rat model. Morris water maze was used to observe learning and memory function. The primary hippocampal neurons were induced by Aβ_25-35. Moreover, the apoptosis rate of hippocampal nerve cells was detected through AnnexinV/PI double standard staining. The mRNA and protein levels of GRP78, CHOP, Caspase 12, Caspase 9, and Caspase 3 were detected by PCR and western blot.ResultsThe prediction results suggest that HPTQC may act on GRP78. HPTQC significantly improved the learning and memory function, and decreased neuronal apoptosis in vivo and in vitro. In addition, HPTQC could decrease the mRNA and protein expression levels of GRP78, CHOP, Caspase12, Caspase9, and Caspase3, and the effect trend was consistent with the specific inhibitor of GRP78.ConclusionsHPTQC has a neuroprotective effect against AD by inhibiting the apoptosis pathway mediated by endoplasmic reticulum stress.     

整合UPLC-QTOF-MS分子网络与网络药理学探究龙葵化学成分及抗肺癌作用机制

目的 采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱(UPLC-QTOF-MS)整合分子网络技术对龙葵全草的化学成分进行快速分析与鉴定,利用网络药理学技术初步探究其治疗肺癌的作用机制。方法 运用UPLC-QTOF-MS,分别在正负离子模式下进行质谱检测与分析,定性龙葵全草中化学成分。同时将二级质谱图转换格式后上传到GNPS网站构建分子网络,对其化学成分进行分析。综合2种方法的定性分析结果结合网络药理学和分子对接,分析龙葵治疗肺癌过程中起主要作用的靶点及通路。结果 质谱分析和GNPS分别鉴定和匹配出41个和54个化合物,其中相交11个化合物,共鉴定出84个化合物。综合上述结果筛选出有效活性成分7个,对应不重复靶点298个,疾病靶点1 294个,相交靶点66个,富集分析得到28条信号通路、20个生物学过程、16个细胞组分、17个分子功能。分子对接结果显示核心靶点与核心成分均有较强的亲和力。结论 运用UPLC-QTOF-MS/MS整合分子网络技术可快速、全面、系统地分析鉴定龙葵全草中的化学成分;网络药理学及分子对接结果为龙葵临床用药和药理研究提供了科学依据。     

基于网络药理学、定量构效关系、分子对接探讨甘草黄酮抗痤疮的分子机制

目的 基于网络药理学、定量构效关系、分子对接探讨甘草黄酮抗痤疮可能的分子机制，为该成分透皮制剂的开发提供依据。方法 通过网络药理学筛选出甘草黄酮抗痤疮的关键活性成分与靶点，然后通过HipHop方法构建了甘草黄酮化合物活性的最佳QSAR药效团模型，并推测出该药效团可能起决定性治疗作用的药效基团，最后通过分子对接对该药效基团进行验证。结果 网络药理学研究表明7-羟基黄酮、甘草内酯、9S,13R-12-oxophytodienoic acid、柚皮素、4’-甲氧基黄酮等化合物是甘草黄酮中抗痤疮的关键活性成分，CYP19A1、ALOX5和ESR1是其抗痤疮的关键靶点。QSAR药效团模型研究表明，甘草黄酮的最优药效团由1个疏水基团，2个氢键受体基团组成。分子对接研究表明，通过网络药理学筛选的活性化合物和靶蛋白具有较好的亲和力，同时也发现通过QSAR构建的最优药效团模型可能是甘草黄酮抗痤疮中起决定性治疗作用的药效基团。结论 本研究成功建立了甘草黄酮的结构特性与其抗痤疮活性之间的构效关系，为中药透皮制剂的开发和临床应用提供了理论指导。     

基于网络药理学的生脉注射液作用机制研究

目的 基于网络药理学技术探索生脉注射液的体内药效物质基础和作用机制。方法 通过数据库及文献检索方法获取生脉注射液的有效成分,通过BATMAN-TCM构建的分子对接技术预测生脉注射液有效成分的体内作用靶标及相关通路,基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）的通路富集分析功能,阐述生脉注射液的多成分-多通路作用机制。结果 通过上述方法共计发现295个有效成分,直接或间接涉及体内4 891个靶标,552种相关疾病。关键成分是,锦葵酸、腺苷、蝙蝠葛碱、维生素B12、十四醇、腺苷三磷酸肌醇。关键靶标是亚当金属肽酶结构域8、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶1、ATP结合盒亚家族成员1、花生四烯酸15脂肪氧化酶、腺苷A1受体、缓激肽受体B2、一氧化氮合酶3、乙酰胆碱酯酶、丁酰胆碱酯酶。关键疾病是炎症反应、乳腺癌、心血管疾病、前列腺癌、哮喘、脓毒症、动脉粥样硬化、帕金森氏病、阿尔兹海默病、精神分裂症。涉及通路是糖酵解/糖异生、柠檬酸循环、磷酸戊糖途径、戊糖和葡糖醛酸盐相互转化、果糖与甘露糖代谢、半乳糖代谢、抗坏血酸与醛酸代谢、脂肪酸生物合成、脂肪酸伸长、脂肪酸降解。结论 生脉注射液主要通过多成分协同起效的机制起到抗炎、抗乳腺癌等疾病的作用。本研究结果初步验证了生脉注射液治疗疾病的有效成分和作用机制,为进一步深入揭示相关疾病的有效治疗方法开发奠定基础。     

Role of corn silk for the treatment of Alzheimer's disease: A mechanism research based on network pharmacology combined with molecular docking and experimental validation

This study aimed to research the possible mechanism and effect of active ingredients of corn silk on Alzheimer's disease (AD) by the method of network pharmacology, molecular docking, and animal experiments. The active ingredients of Corn silk were obtained by searching the TCMSP database and the targets corresponding to the active ingredients of Corn silk were obtained through the TCMSP and SwissTargetPrediction platforms, and the AD targets were obtained in the GeneCards, OMIM, and DisgeNET databases. Cytoscape was employed for creating the “active ingredient-target” relationship network; STRING and Cytoscape for creating the protein–protein interaction (PPI) network. Besides, Meta scape was used for Gene Ontology (GO) enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis of the intersecting targets; AutoDockTools and Pymol for molecular docking and visualization of core ingredients and core targets; and animal experiments for verifying the anti-AD effect of luteolin. A total of 12 active ingredients of corn silk were screened, including 465 targets and 209 intersected targets. Moreover, GO functional analysis results showed that the anti-AD effect of corn silk was mainly reflected in phosphotransferase activity, response to hormone, membrane raft, etc.; KEGG results indicated the main pathways involving cancer, Alzheimer disease, etc.; and the molecular docking results revealed excellent binding of the core ingredients (α-tocopheryl quinone, luteolin, etc.) to the core targets. Besides, the outcomes of animal experiments exhibited that luteolin not only reduced the expression of inflammatory factors TNF-α and IL-1β in mice but also attenuated inflammation. With the help of network pharmacology and experimental validation, the material basis and mechanism of the anti-AD of corn silk have been explored in this study. Briefly speaking, luteolin from corn silk plays an anti-AD role by inhibiting inflammation.     

基于网络药理学和分子对接技术探讨儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取儿脾醒颗粒的主要活性成分及对应靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库得到小儿厌食症相关靶点基因;取药物靶点与疾病靶点的交集,得出儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的有效靶点并绘制Venn图;运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物与小儿厌食症疾病靶点互作网络图;利用STRING数据库绘制蛋白质相互作用（PPI）的可视化网络图,并进行网络拓扑分析;通过Bioconductor数据库和R语言对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,了解儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症可能的生物过程及通路;最后运用SYBYL-x2.0软件实现分子对接验证。结果 获得儿脾醒颗粒主要活性成分46个、药物靶点蛋白236个;检索小儿厌食症疾病相关靶点共1 372个,活性成分与疾病交集靶点118个;发现儿脾醒颗粒通过作用于转录因子AP-1(JUN)、V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A(RELA)、肿瘤坏死...