急性白血病患儿TYMS编码区单核苷酸多态性分析

目的探讨TYMS编码区单核苷酸多态性(SNP)在急性白血病(AL)患儿和对照儿童中的等位基因频率和基因型分布特征及其与中国汉族儿童AL发生风险的关系。方法用RT-PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)结合DNA直接测序技术筛查108例AL儿童和121例对照儿童的TYMS基因编码区开放阅读框的全部SNP及基因突变,分析等位基因频率及各基因型在两组人群中的分布,并进行病例、对照优势比分析以研究各SNP位点与AL发生之间的关系。结果在中国汉族儿童TYMS开放阅读框中仅筛查到2个SNP,分别为A381G和T349C。TYMS A381G各基因型在AL组的频率分布为:AA型76.8%(83/108);AG型20.4%(22/108);GG型2.8%(3/108);在对照组中各基因型频率为:AA型79.4%(96/121);AG型16.5%(20/121);GG型4.1%(5/121)。A381G(Glu127Glu)在AL患儿及对照儿童中的等位基因频率分别为13.0%和12.4%。在中国汉族儿童发现T349C(Phe117Leu)的存在,其等位基因频率为1.2%。结论 TYMS A381G与AL发生风险可能无相关性;中国汉族儿童TYMS基因存在T349C多态位点。     

TPMT基因型在中国人群中的分布

目的总结TPMT基因型在中国人群中的分布,为硫嘌呤类药物的个体化用药提供参考。方法通过系统检索Pub Med、Embase和CBM数据库中(截止到2015年4月10日)有关TPMT基因型在中国人群中分布的研究文献,对TPMT基因型和等位基因在中国人群中的分布做一整理归纳。检索词分别为"硫嘌呤甲基转移酶","TPMT","thiopurine S-methyltranferase","polymorphism","hepalotype"等。结果共有30篇中文文献和14篇英文文献关于TPMT基因型在中国人群中的分布,共纳入10 458人。中国人群中TPMT基因型总体变异率为2.91%(304/10 458),最常见的变异基因型为TPMT*1/*3C(96.71%,294/304)。TPMT*1/*3A基因型主要出现在哈萨克斯坦族和维吾尔族人群中,TPMT*1/*6和TPMT*1/*2基因型在中国人群极少出现;主要的变异等位基因为TPMT*3C,占总体变异等位基因的97.05%(296/305)。结论根据我国不同地区和民族选择性进行TPMT基因型检测,不但可有效的指导硫嘌呤类药物的个体化用药,而且可节约医疗成本,减轻患者经济负担。     

巯嘌呤甲基转移酶基因的单核苷酸多态性与儿童急性白血病

巯嘌呤甲基转移酶（TPMT）催化巯嘌呤类药物的S－甲基化。TPMT具有遗传多态性，属常染色体共显性遗传，约1／300为TPMT缺乏。TPMT缺乏的急淋白血病（ALL）患儿，用标准剂量6－巯基嘌呤（6－MP）治疗，其血液组织中累积大量的巯嘌呤核苷酸（6－TGN），可导致严重的骨髓毒性。TPMT基因型与红细胞和肿瘤细胞内酶活性有关，而且与毒性反应密切相关。目前，TPMT的分子基础基本明确，绝大多数为异是序列上的单个革酸的不同，即单核苷酸多态性（SNPs）。6－MP的剂量强度是儿童ALL无病生存率的影响因素，而TPMT基因型也可能与继发性肿瘤有关。因此，进一步明确TPMT对巯嘌呤治疗效应的影响，以及毒性反应的危险性，有利于提高巯嘌呤类药物的有效性和安全性。     

深圳地区汉族急性白血病儿童GSTP1全编码区基因多态性分析

目的研究深圳地区汉族急性白血病(AL)患儿谷胱甘肽转移酶P1(GSTP1)基因全编码区内的单核苷酸多态性(SNPs)基因型和等位基因频率分布特征。方法用RT-PCR和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对108例AL患儿和121例对照儿童的GSTP1全编码区内的SNPs进行筛查分析。结果在GSTP1全编码区内共筛查到3个SNPs位点,包括1个热点突变位点A313G(Ile105Val,rs1695)、1个错义突变位点G439T(Asp147Tyr,rs4986949)和1个同义突变位点T555C(Ser185Ser,rs4891),其在汉族儿童分布等位基因总频率分别为16.4%、1.3%和16.4%,且具有明显的种族差异性。GSTP1 A313G、G439T和T555C多态性各基因型和等位基因频率分布在AL患儿和对照组儿童中差异均无统计学意义(P分别为0.691和0.359;0.898和0.581、0.691和0.359)。结论对深圳地区汉族儿童GSTP1基因全编码区多态性进行筛查分析,确定了GSTP1 A313G,G439T和T555C 3个SNPs位点,其具有种族差异性且与儿童AL发病风险均无关。     

巯嘌呤甲基转移酶基因的单核苷酸多态性与儿童急淋白血病

巯嘌呤甲基转移酶(TPMT)催化巯嘌呤类药物的S-甲基化。TPMT具有遗传多态性,属常染色体共显性遗传,约1/300为TPMT缺乏。TPMT缺乏的急淋白血病(ALL)患儿,用标准剂量6-巯基嘌呤(6-MP)治疗,其血液组织中累积大量的巯嘌呤核苷酸(6-TGN),可导致严重的骨髓毒性。TPMT基因型与红细胞和肿瘤细胞内酶活性有关,而且与毒性反应密切相关。目前,TPMT的分子基础基本明确,绝大多数变异是序列上的单个核苷酸的不同,即单核苷酸多态性(SNPs)。6-MP的剂量强度是儿童ALL无病生存率的影响因素,而TPMT基因型也可能与继发性肿瘤有关。因此,进一步明确TPMT对巯嘌呤治疗效应的影响,以及毒性反应的危险性,有利于提高巯嘌呤类药物的有效性和安全性。     

巯基嘌呤甲基转移酶基因突变与儿童急性淋巴细胞白血病治疗不良反应的关系

目的 探讨巯基嘌呤甲基转移酶(TPMT)活性和其遗传多态性在儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)个体化治疗中的临床意义.方法 运用高效液相色谱法(HPLC)对100例初诊ALL患儿、180名健康儿童进行TPMT活性检测.采用在线Primer3软件设计引物,对30例具有临床事件的患儿进行TPMT基因DNA测序.分析TPMT活性、遗传多态性与临床不良反应的相关性.TPMT活性以在单位时间(1 h)内单位质量的血红蛋白(Hb,g)催化生成的2-氨基-6-甲基巯基嘌呤(6-MTG)的量(nmol)表示.结果 100例初诊ALL患儿TPMT活性为(31.72±10.31)nmol·g-1Hb·h-1,180名健康儿童TPMT活性为(30.70±9.67)nmol·g-1Hb· h-1,两者TPMT活性差异无统计学意义(P=0.450).19例发生严重骨髓抑制的患儿TPMT活性为(20.96±7.24) nmol·g-1Hb·h-1,6例ALL复发者初诊时TPMT活性为(40.46±8.18) nmol·g-1 Hb·h-1,两者分别与30例具有临床事件的ALL患儿初诊时活性[(24.07±11.43)nmol·g-1Hb·h-1]相比差异具有统计学意义(P值均＜0.05).5例化疗后发生严重肝脏毒性者初诊时TPMT活性为(23.60±7.48) nmol·g-1Hb·h-1,与30例ALL患儿初诊时活性相比差异无统计学意义(P =0.930).对30例具有临床事件的ALL患儿TPMT基因DNA测序,3例发生TPMT*3C杂合突变,其活性为(11.99± 1.32)nmol·g-1Hb·h-1,27例呈野生纯合型,其活性为(24.95±11.32)nmol·g-1Hb·h-1,杂合子突变患儿TPMT活性明显低于野生纯合子型患儿,差异有统计学意义(P＜ 0.05).启动子-100附近区域发现5种数目变异的串联重复(VNTR)基因型(*V3/* V3、*V3/* V4、*V4/* V4、*V5/* V5、*V4/* V6),其平均活性分别为19.35、25.06、22.61、32.16、11.85 nmol·g-1Hb·h-1,各组间活性差异无统计学意义(P =0.186).结论 TPMT基因多态性与其活性有一定的相关性,TPMT活性高低对于儿童ALL预后的判断和指导个体化用药有重要的临床意义.     

丝氨酸羟甲基转移酶1基因C1420T位点和3′-非翻译区3个位点单核苷酸多态性与儿童急性白血病易感性的关系

摘要：目的：研究深圳地区汉族儿童丝氨酸羟甲基转移酶1（SHMT1）基因C1420T位点和3′-非翻译区（UTR）3个位点单核苷酸多态性（SNP）与急性白血病（AL）易感性的关系。 方法：以110例AL患儿、120例上呼吸道感染患儿和健康体检儿童为研究对象,用PCR、变性梯度凝胶电泳（DGGE）及DNA测序检测研究对象SHMT1 C1420T（rs1979277）和3′-UTR 3个位点（rs3783、rs1979276及rs12952556）基因型和等位基因频率,分析其与AL易感性的关系。 结果：AL患儿SHMT1编码区C1420T位点CT（杂合型）和TT（纯合型）基因型频率较对照组升高（17.3% vs 10.8%和1.8% vs 1.7%）,但差异无统计学意义（χ²分别为2.006和0,P均>0.05）;CT和TT基因型与儿童AL发病风险无相关性,其风险比（OR）分别为0.580（0.271~1.240）、0.848（0.117~6.140）。3′-UTR rs3783、rs1979276及rs12952556与C1420T具有相同的基因型分布状态,即在同一个体内该4个位点同为野生、杂合或纯合型基因。经SNPStats在线软件分析,该4个SNP位点两两间的连锁不平衡系数均为D′=1和r2=1。 结论: 深圳地区汉族儿童SHMT1 4个位点SNP与AL易感性无关,但可能呈完全连锁不平衡。     

散发性大肠癌APEX基因两个单核苷酸多态性的检测及分析

目的　检测分析中国人散发性大肠癌APEX基因 12 4 7位点、2 197位点的单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)状况 ,探讨其与散发性大肠癌发生的关系。 方法　变性梯度凝胶电泳 (denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)、单链构像多态性 (singlestrandconformationpolymorphism ,SSCP)分别检测 15 0例大肠癌及其周围正常粘膜DNA的APEX基因 12 4 7位点、2 197位点SNP ,并直接测序验证结果。结果　 12 4 7位点经DGGE检测及测序证实有 17例存在A→G的SNP ,导致I 6 4V改变 ;经SSCP检测和测序证实 2 197位点有 38例T→G的SNP ,并导致D14 8E改变。结论　APEX基因SNP分布可能具有明显的种族差异 ,12 4 7A→GSNP可能与中国人大肠癌发生和恶性程度相关     

江苏宿迁地区汉族人群DNMT3B基因启动子区-149C>T和-579G>T多态性与食管癌易感性的分析

目的 分析江苏宿迁地区汉族人群DNA甲基转移酶3B(DNMT3B)基因启动子区-149C>T和-579G>T单核苷酸多态性(SNP)与食管癌(EC)易感性的关系。方法 利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术分析246例食管癌患者及240例健康对照者的DNMT3B启动子区-149C>T和-579G>T位点的基因型。结果 在-149C>T位点中,食管癌组和对照组的基因型TT与CT比较差异无统计学意义(χ2=0.089,P>0.05)。在-579G>T位点中,食管癌组和对照组的基因型TT与GT+GG比较差异无统计学意义(χ2=0.649,P>0.05)。在年龄和性别分组中,两位点在食管癌组和对照组间基因型频率差异均无统计学意义(χ2=0.044～0.876,P值均>0.05)。结论 DNMT3B基因启动子区-149C>T和-579G>T与食管癌遗传易感性无相关性。     

DNMT3B基因启动子区-579G>T多态性与江苏宿迁地区人群胃癌易感性的分析

目的分析DNA甲基转移酶3B(DNMT3B)基因启动子区-579GT单核苷酸多态性(SNP)与江苏宿迁地区汉族人群胃癌(GC)易感性的关系。方法病例组为233例胃癌患者,对照组为208例体检健康者。提取外周血基因组DNA,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测DNMT3B启动子区-579GT位点的基因频率分布。结果 TT基因型与GT+GG基因型频率在胃癌组和对照组中差异有统计学意义(χ~2=6.517,P0.05)。按年龄分组后,年龄≥60岁的胃癌组和对照组人群间比较,TT与GT+GG基因型频率差异有统计学意义(χ~2=4.728,P0.05)。按性别分组后,2组间基因型频率差异均无统计学意义(χ~2=3.541,P0.05;χ~2=3.676,P0.05)。结论 DNMT3B-579GT与胃癌的遗传易感性有关联,可作为胃癌遗传易感性风险因素。     

硫氧还蛋白基因TXN单核苷酸多态性与中国汉族人群肺癌易感性研究

目的 探讨硫氧还蛋白基因TXN的单核苷酸多态性与肺癌易感性间的关系.方法 采集经病理组织学确诊的肺癌患者292例,相同地区、性别、年龄频数匹配的体检健康对照307例,针对筛选出的TXN基因9个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因型检测,通过统计分析研究基因频率与肺癌风险的关系,并探讨吸烟在其中的影响.结果 3个TXN基...     

中国汉族人群vWF基因G2805A多态性研究

为研究中国汉族人群vWF基因G2805A多态性特点,应用PCR-DGGE技术结合Nla Ⅳ酶切分析,研究了60名中国汉族人120条染色体vWF基因G2805A的等位基因发生频率及杂合情况,并对28例DGGE电泳行为异常中的4例进行了DNA序列分析。结果发现,在中国汉族人群中存在vWF基因G2805A多态性,其等位基因发生频率分别为0.73(G)和0.23(A),理论杂合率为0.39,实际杂合率为0.40。这表明vWF基因G2805A多态性在中国汉族人群中具有较高的理论杂合率,可用于血管性血友病的遗传咨询和产前诊断。     

汉族健康人群血管紧张素转换酶多态性及其血清水平的研究

目的调查汉族健康人群血管紧张素转换酶(ACE)基因的单核苷酸多态性(SNP)分布与血清ACE水平的相关性。方法提取132例健康个体外周血有核细胞DNA,应用荧光标记单碱基延伸分型技术及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测ACE基因的2个标签SNP(tag SNP)rs4353和rs4305;应用单一试剂速率法检测血清ACE水平。结果汉族健康人群ACE基因rs4353多态性中AA型占23.4%,AG型占47.7%,GG型占28.9%;rs4305多态性中AA型占10.1%,AG型占49.6%,GG型占40.3%。rs4353的AA和AG基因型血清ACE水平明显高于GG基因型;rs4305的AG基因型血清ACE水平明显高于GG基因型(P0.05)。结论 ACE基因2个tag SNP的基因型与血清ACE水平密切相关。     

巯嘌呤甲基转移酶基因多态性分析方法探讨

建立以PCR为基础的位点特异性PCR、限制性内切酶消化、变性高效液相色谱分析和SNaPshot定点的序列分析等方法。并结合DNA直接测序检测巯嘌呤甲基转移酶(TPMT)基因的5个单核苷酸多态性(SNP)位点的多态性频率。在实验过程中还探讨基因多态性检测的方法学，比较几种方法的可信度、可行性及其优劣。研究结果显示。限制性内切酶消化法能准确地检测TPMT基因外显子区的SNP，变性高效液相色谱分析技术能快速筛选出TPMT第5和第10外显子区的SNP，但不能检测出第7外显子的SNP；位点特异性PCR不能检测出TPMT基因外显子区的SNP，SNaPshot定点的序列分析检测TPMT基因外显子和启动子区的SNP准确率高。通过比较几种SNP检测方法后获得的结论是。TPMT基因SNP位点的检测应根据标本量和实验条件首选限制性酶切消化法、DNA测序或SNaPshot定点序列分析，有时一种技术不能完全满足检测的需要，必须几种方法的相互补充。     

轻型β-珠蛋白生成障碍性贫血患者β-珠蛋白基因单核苷酸多态性分析

目的对临床诊断为轻型β-珠蛋白生成障碍性贫血患者进行β-珠蛋白基因单核苷酸多态性分析.方法用PCR法对β-珠蛋白基因进行扩增,扩增产物经纯化后测序,确定其单核苷酸多态性.结果β-珠蛋白基因分析片段中共发现3个位点存在单核苷酸多态性,分别是外显子1第59位的T/C多态性、内含子2第-16位的G/C多态性及内含子2第-74位的T/G多态性.结论同国外报道的正常人群相比,轻型β-珠蛋白生成障碍性贫血患者的β-珠蛋白基因单核苷酸多态性位点显著减少,各位点的碱基频率也有不同.     

葡萄糖激酶基因4个标签单核苷酸多态性位点与2型糖尿病的相关性研究

目的探讨葡萄糖激酶(GCK)基因4个标签单核苷酸多态性(tagSNPs)位点rs12702070、rs2268569、rs2268573、rs1476891与2型糖尿病(T2D)的关系。方法选取中山大学附属中山医院住院的中国南方汉族T2D患者499例(T2D组),同时选择汉族健康人499例作为对照组,对GCK基因的4个tagSNPs位点进行基因分型并检测样本代表性。比较T2D组和对照组基因型和等位基因频率的差异,并在3种遗传模型下对各SNP位点进行相关性分析。构建GCK基因4个tagSNPs位点的单体型,分析是否存在连锁不平衡(LD)及不同的GCK单体型与T2D易感性的关系。结果 rs2268573、rs2268569、rs1476891的基因型和等位基因频率在T2D组和对照组之间差异均无统计学意义。rs12702070的基因型和等位基因分布在D2M组和对照组之间差异有统计学意义,且在显性遗传模式下以及在加性遗传模式下其基因型分布在两组之间差异有统计学意义。GCK基因4个位点中rs2268569、rs12702070和rs1476891有1个LD域,其中共存四种主要单体型,均与个体患T2D的风险无相关性。结论在汉族人群中,GCK基因区域的rs12702070位点与糖尿病遗传易感性密切相关,而rs2268573、rs2268569、rs1476891位点与糖尿病遗传易感性无明确相关性。rs2268569、rs12702070、rs1476891LD域四种主要单体型均与个体患T2D的风险无相关性。     

葡萄糖激酶基因3个标签单核苷酸多态性位点与2型糖尿病的相关性研究

目的探讨葡萄糖激酶(GCK)基因3个标签单核苷酸多态性(tagSNPs)位点rs2971672、rs2268573、rs2300587与2型糖尿病的关系。方法选取2013年8月至2014年12月在中山大学附属中山医院住院的中国南方汉族2型糖尿病患者499例(2型糖尿病组),同时选择同期在该院康体保健中心体检的汉族健康人499例作为对照组,对GCK基因的3个tagSNPs位点采用改良多重高温连接酶检测反应技术(iMLDR)进行基因分型,应用Hardy-Weinberg平衡规律检测标本代表性,采用χ~2检验、Logistic回归分析比较2型糖尿病组和对照组基因型和等位基因频率的差异,并在加性、显性和隐性3种遗传模型下对各SNP位点进行相关性分析。应用Haploview软件构建GCK基因3个tagSNPs位点的单体型,分析是否存在连锁不平衡(LD)及不同的GCK单体型与2型糖尿病易感性的关系。结果 rs2268573、rs2300587的基因型(χ~2=3.361、2.076,均P0.05)和等位基因频率(χ~2=0.222、1.980,均P0.05)在2型糖尿病组和对照组之间差异均无统计学意义。rs2971672的基因型(χ~2=6.896,P0.01)和等位基因分布(χ~2=4.708,P0.05)在2型糖尿病组和对照组之间差异有统计学意义。在显性遗传模式下以及在加性遗传模式下,rs2971672的基因型分布在2型糖尿病组和对照组之间的差异有统计学意义(显性遗传模式下OR=1.74,95%CI:1.17~2.57,P0.01;加性遗传模式下OR=1.51,95%CI:1.06~2.14,P0.05)。GCK基因3个位点中的rs2971672和rs2300587有一个LD域,其中TC、TA、CA3种主要单体型,单体型TA和CA均降低个体患2型糖尿病的风险,OR值分别为0.81(95%CI:0.66~1.00,P0.05)和0.78(95%CI:0.62~0.98,P0.05)。结论在汉族人群中,GCK基因区域的rs2971672位点与糖尿病遗传易感性密切相关,而rs2268573、rs2300587位点与糖尿病遗传易感性无明确相关性。rs2971672和rs2300587的LD域单体型TA和CA均降低个体患2型糖尿病的风险。     

环氧合酶2基因单核苷酸多态性与慢性阻塞性肺疾病相关性研究

目的 探讨环氧合酶2(cyclooxygenase-2,COX-2)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点-765G/C(rs20417)与常州地区汉族人群中慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)易感性的关系.方法 采用病例对照研究方法,分别收集常州地区汉族人群中COPD患者138例和健康对照组83例的抗凝全血标本,用3S血液基因组DNA抽提试剂盒提取全血DNA,运用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增COX-2基因的相关片段,PCR产物直接进行DNA测序分析,测序结果在Genbank基因库中进行序列比较.结果 ①病例组rs20417位点的GG、GC基因频率分别为94.2%(130/138),5.8%(8/138),与对照组84.3%(70/83),15.7%(13/83) 比较,差异有统计学意义(χ2=5.866,P<0.05),病例组和对照组均未检测到CC基因型;②COX-2基因rs20417位点不同基因型的COPD发生相对危险度比较,病例组C等位基因频率2.9%(8/276)显著低于对照组7.8%(13/166),差异有统计学意义(P＜0.05),携带突变等位基因C的个体COPD易感性显著降低(OR=0.351,95%CI=0.142~0.867,P<0.05).结论 在中国常州地区汉族人群中,COX-2基因 rs20417位点SNP可能与COPD的易感性有关,携带 G/C基因型个体可能会降低COPD的易感性,C等位基因可能是COPD的保护性基因.