地西他滨联合紫杉醇治疗肾细胞癌中相乘效应的基因筛选与功能分析

目的 探讨肾细胞癌（RCC）中,地西他滨（DAC）与紫杉醇（PTX）相乘作用下的关键基因与分子机制。方法 采用基因芯片技术和实时定量PCR筛选出二者联合应用于人肾癌细胞株ACHN及NC 65时的相乘相关基因,聚类分析观察基因的多种表达方式,IPA软件用于分析其中可能存在的信号转导通路及其中相关联的重要基因,Western blotting验证二者诱导的磷酸化PI3K、Akt的下调作用。结果 对DAC联合PTX应用时发挥重要作用的诱导基因进行初步筛选并作验证,如淋巴增强因子1、转化生长因子β诱导基因、C-X-C基本向心体5和髓细胞组织增生病毒相关抑癌基因,同时参与DAC和PTX相乘作用的信号转导通路有PI3K/Akt信号通路、amb2整合信号通路、IL2调节信号通路及IL23调节信号通路。PI3K/Akt及其他与细胞周期、DNA复制和细胞有丝分裂相关的一些信号转导通路也可能在其中发挥重要作用。结论PI3K/Akt信号转导通路及多种基因参与了DAC与PTX的相乘作用,且该通路的激活状态可受到两种药物相乘作用的抑制。     

慢性髓性白血病和急性淋巴细胞白血病细胞中Wnt信号通路活性的差异

目的:探讨慢性髓性白血病(CML)和急性淋巴细胞白血病(ALL)细胞中Wnt信号通路活性是否存在差异.方法:利用慢病毒基因转染法在经BCR-ABL融合基因诱导形成的CML和ALL细胞中建立Wnt信号通路报告系统BAT-RED,检测2种白血病细胞中Wnt信号通路活性;PCR方法检测2种细胞中BAT-RED基因整合情况;通过向培养细胞中添加氯化锂,人为增强Wnt信号活性,反向验证Wnt信号通路活性在2种细胞中存在差异.结果:PCR结果显示2种白血病细胞都稳定整合了Wnt信号通路报告基因BAT-RED,在42%(188/448)的慢性粒细胞白血病细胞中可以检测到Wnt信号通路被激活,而ALL细胞仅散在少数细胞中可以检测到Wnt信号通路报告基因BAT-RED被激活;添加氯化锂后,ALL细胞中Wnt信号通路活性增强.结论:CML细胞中Wnt通路活性明显高于ALL细胞,提示Wnt信号通路在2种类型白血病细胞的增殖和演进过程中具有不同作用.     

微小RNA对肺癌化疗敏感性的影响

研究发现多种微小RNA （miRNA）的异常表达可以影响肺癌细胞对化疗的敏感性,并且一些miRNA的表达可作为预测化疗敏感性和耐药性的生物标志物,包括miR-125、miR-497、miR-21等.目前已经发现一些信号通路参与miRNA对一些肿瘤化疗敏感性的调节,但大量miRNA的调控机制还未明确,仍需深入研究.     

小细胞肺癌分子靶向治疗研究进展

分子靶向治疗药物包括抗肿瘤血管生成剂、生长因子受体抑制剂、Scr酪氨酸激酶抑制剂、重组分子N-901、抗细胞凋亡因子Bcl-2抑制剂、Hh信号通路抑制剂等.其中抗肿瘤血管生成剂如贝伐单抗和沙力度胺均进行了大量的Ⅱ、Ⅲ试验研究用以评估其在治疗小细胞肺癌(SCLC)方面的疗效及毒性;Scr酪氨酸激酶抑制剂正在进行Ⅰ、Ⅱ期的临床试验,结果 尚未得出;重组分子N-901也正在进行一项针对广泛期SCLC的Ⅱ期的临床试验,另外Bcl-2及Hh信号通路抑制剂正在进行初期的临床试验.初步的研究数据表明SCLC对于靶向治疗不敏感,其原因有待于进一步研究.     

基于TCGA数据库探究肾透明细胞癌关键基因的表达及预后作用

目的:探究肾透明细胞癌中关键基因的表达及预后作用,寻找潜在治疗靶点。方法:从TCGA数据库下载肾透明细胞癌mRNA的表达数据,通过Rstudio软件分析肿瘤与正常组织间差异表达基因,对差异表达基因进行富集分析、蛋白-蛋白相互作用网络构建,并分析出关键基因,最后对关键基因进行预后分析。结果:得到1 855个差异表达基因,其中有1 207个是上调的,648个是下调的,富集分析发现差异基因主要与信号转导、物质代谢、免疫反应等信号通路相关。筛选出10个关键基因中有6个存在预后价值。结论:筛选出的差异基因及信号通路可以帮助我们探索肾透明细胞癌发病的分子机制,同时为靶向治疗的研究提供潜在的理论依据。     

STAT3与原发性食管鳞癌关系的研究进展

目的:总结国内外STAT3与原发性食管鳞癌关系的研究进展.方法:检索Medline及CHKD期刊全文数据库检索系统,以"STAT3和肿瘤、STAT3和食管鳞癌"为关键词,检索1991-01-2009-12国内外STAT3与原发性食管鳞癌关系方面的文献,最后纳入分析29篇.结果:STAT3在食管鳞癌组织与细胞系中异常表达,并与肿瘤的增殖分化、细胞凋亡、血管新生、侵袭转移等密切相关.结论:STAT3信号通路在食管鳞癌发生、发展中起重要作用,以STAT3为靶点的治疗有望为食管鳞癌的治疗提供新的思路.     

肝细胞癌基因表达谱分析

目的:通过分析肝细胞癌(HCC)基因表达谱改变来探讨HCC发病机制.方法:从GEO数据库中下载HCC基因表达数据GSE14215和GSE29217,采用Genespring 11.0软件分析差异表达基因,运用统合分析(meta-analysis)方法确定共同差异表达基因,利用DAVID、KEGG、String和FABLE等生物信息学软件确定相关的生物学过程、分子功能、相互作用通路等.结果:HCC组织与正常肝组织相比,共同下调、上调的差异表达基因分别是281和227个,其中作为转录因子36个;与文献报道的HCC相关基因一致的有181个.差异表达基因主要与细胞周期调控、代谢调节、药物代谢酶系、DNA的损伤复制、p53和过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路(PPAR)等信号通路有关.结论:HCC基因表达谱数据分析表明,细胞周期紊乱主要发生在S、M期;转录因子FOXM1/HNF3高表达与HCC的细胞周期紊乱密切相关.     

人食管鳞状细胞癌中miR-424的差异表达及生物信息学分析

目的:探讨hsa-miR-424（miR-424）在人食管鳞状细胞癌发生发展机制中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测总结分析,为最终研究miR-424的功能提供有利的线索。方法:通过实时荧光定量PCR方法,检测食管鳞状细胞癌患者石蜡标本和癌旁组织,以及人食管鳞状细胞癌细胞株kyse520、kyse410和正常人食管上皮细胞系Het-1A中miR-424相对表达水平。应用MIRDB、miRanda、Target Scan三种在线工具预测miR-424的靶基因,取三者预测结果的交集,并结合DIANALAB-TarBase7.0数据库和miRTarBase数据库两个已经实验证实的基因数据库,确定miR-424的靶基因范围。最后通过使用在线数据库metascape对has-miR-424预测的靶基因集合进行基于GO、KEGG数据库的功能注释分类和通路富集分析。结果:miR-424在食管癌细胞系kyse520和kyse410中的表达显著高于正常食管上皮细胞系Het-1A的表达（P＜0.01）。与对应的癌旁组织相比较,鳞癌组织中miR-424的表达均显著增高,其中,约77.8%(56/72)的患者癌组织中miR-424的表达较癌旁组织上调了超过50%。miR-424在物种进化上具有高度保守性,其靶基因功能主要集中在调控细胞生长、增殖和正负向调控细胞凋亡;参与蛋白质脱磷酸和泛素化,组蛋白修饰和甲基化,DNA损伤修复等生物学过程（P＜0.01）。主要参与的信号通路有p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和酪氨酸激酶信号通路（P＜0.01）。结论:miR-424在食管鳞状细胞癌中是高表达状态,提示miR-424可以作为癌症促进子参与食管癌的发生发展。     

表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂治疗非小细胞肺癌的耐药机制

表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（ EGFR-TKI）在非小细胞肺癌的治疗中具有重要地位,但有研究发现患者会对EGFR-TKI产生原发性耐药或获得性耐药。目前发现获得性耐药的多种机制最终都导致表皮生长因子受体的下游信号通路被重新激活。肝X受体激动剂对表皮生长因子受体最重要的下游通路PI3K-Akt-NF-κB的多个主要环节均有不同程度的抑制作用,有望逆转EGFR-TKI的继发耐药。     

基于生物信息技术探讨雷公藤调控透明细胞肾细胞癌的分子作用机制

目的 通过生物信息学技术筛选雷公藤与透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的共同靶基因，为ccRCC治疗提供新的思路和靶点。方法 从GEO数据库下载ccRCC芯片数据集GSE168845,用在线分析工具GEO2R筛选癌组织与配对的非癌性肾组织间的差异表达基因。从中药分子机制的生物信息数据平台(BATMAN-TCM)获取雷公藤的作用靶点，并与差异表达基因相交，得到共同靶基因。利用STRING和DAVID在线数据库进行共同靶基因功能分析、通路富集分析和蛋白相互作用网络分析，Cytoscape3.7.1版软件对蛋白互作网络行可视化和关键靶点分析。结果 ccRCC组织和正常肾组织间有535个差异表达基因，其中上调基因123个，下调基因412个。BATMAN-TCM数据库预测到雷公藤调控靶点478个，两者共同靶点58个。蛋白互作网络关键基因涉及IL-6、INS、CFTR、IL-4、IL-1B、CASR、ADORA3和PTGER3;基因本体分析显示，共同靶基因主要富集在对刺激反应、对药物反应、参与多细胞生物过程的调节等生物过程。京都基因与基因组百科全书通路主要富集在PI3K/Akt信号通路、环磷酸腺苷信号...     

经典型与滤泡型甲状腺乳头状癌基因表达谱差异分析

目的:分析甲状腺乳头状癌经典型(CPTC)与滤泡型(FVPTC)基因表达谱差异,并探究相关差异表达基因(DEGs)对淋巴结转移及预后的影响。方法:从基因表达综合数据库(GEO)获得含两种亚型甲状腺乳头状癌(PTC)和正常组织的表达谱数据,应用R语言进行差异基因筛选及差异显著DEGs热图绘制,使用Cytoscape软件进行生物学功能富集、信号通路和核心基因筛选,利用UALCAN在线网站分析核心基因对PTC组织病理、转移及预后的影响。结果:共得到81个DEGs在两种亚型中共同表达,各有261个和78个DEGs仅存在于CPTC和FVPTC中。CPTC主要涉及酪氨酸代谢和p53信号通路,FVPTC主要富集于酪氨酸代谢和PPAR信号通路。细胞外基质(ECM)相关核心基因与PTC淋巴结转移及预后显著相关。结论:FVPTC和CPTC涉及的DEGs及通路既有相同点也存在一定差异,ECM基因可能是鉴别PTC亚型、预测淋巴结转移和预后的潜在标记物。     

微小RNA在肿瘤血管生成中的信号调控作用

微小RNA(miRNA)在转录后水平通过降解或抑制靶标信使RNA的翻译来介导基因的表达.肿瘤的血管生成涉及了一系列的信号调控通路,miRNA可能通过调控其靶基因所参与的信号通路影响肿瘤的血管生成.因此,研究肿瘤血管生成相关miRNA调控其靶基因所参与的信号通路在肿瘤的诊断及治疗中具有较高的价值.     

非小细胞肺癌中 HGF/c-Met 信号通路与 EGFR-TKI 获得性耐药的关系

表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI）为首的靶向药物在晚期非小细胞肺癌患者治疗中取得巨大进展。然而,获得性耐药的出现是其不可避免的结果。肝细胞生长因子（HGF）／c-Met信号通路参与多种肿瘤细胞的形成、迁徙、血管生成等重要细胞进程。该信号通路的异常激活在EGFR-TKI 获得性耐药中发挥了重要作用。实验表明,HGF ／c-Met 信号通路抑制剂可使部分 EGFR-TKI获得性耐药患者临床获益。     

小细胞肺癌的靶向治疗

小细胞肺癌（SCLC）靶向治疗药物包括血管生成抑制剂、酪氨酸激酶抑制剂和信号通路抑制剂等。研究表明血管生成抑制剂如贝伐珠单抗疗效并不显著;酪氨酸激酶抑制剂如舒尼替尼等可能更适合单药治疗;信号通路抑制剂如 Amuvatinib、LDE225等正在进行Ⅰ、Ⅱ期临床试验。目前认为 SCLC对于靶向治疗不敏感,或更具有选择性和针对性,有待于进一步研究。     

Hedgehog信号通路与LKB1基因在乳腺癌中的达及其相关性研究

Hedgehog信号通路在乳腺癌中过度激活,LKB1是抑癌基因,有抑制乳腺癌增殖的功能.LKB1过表达可调控Hedgehog信号通路的靶基因CyclinD1系列基因的表达,同时研究发现Hedgehog信号通路中PKA基因起重要作用,其激活与cAMP状态有关,而LKB1基因能影响cAMP的状态.因此,LKB1基因与Hed...     

β-catenin对非小细胞肺癌细胞A549顺铂耐药作用及机制的探讨

目的:探讨β-catenin介导的信号通路在人非小细胞肺癌顺铂(DDP)耐受中的作用及可能机制.方法:MTS法检测人非小细胞肺癌A549及其衍生的DDP耐受细胞A549/DDP对DDP的敏感性;蛋白质印迹法检测A549和A549/DDP细胞内β-catenin及其靶基因Survivin和Bcl-2的蛋白表达,并以TCF/LEF报告基因检测β-catenin的活性;实时定量PCR检测Survivin和Bcl-2的转录水平;将β-catenin反义寡核苷酸片段转染入A549/DDP细胞沉默β-catenin的表达,MTS检测干扰前后细胞对DDP的敏感性,实时定量PCR及蛋白质印迹法检测相关基因的表达.结果:A549/DDP对DDP的耐受性是A549细胞的3.14倍,P=0.006 9;A549/DDP细胞中β-catenin蛋白含量上调且其活性上调4.28倍(P=0.003 6),β-catenin的靶基因Survivin及Bcl-2在mRNA及蛋白水平均上调;干扰下调A549/DDP细胞中β-catenin 明显下调了Survivin及Bcl-2的mRNA及蛋白水平,增加了对DDP的敏感性.结论:β-catenin在耐药细胞A549/DDP对DDP的耐受中起着重要作用,是逆转肺癌DDP耐受的可能潜在靶标.     

Hedgehog-Gli信号通路失调控对肝细胞癌生长和转移潜能的影响及其靶向治疗

目的:了解Hedgehog(Hh)-Gli信号通路失调控在肝细胞癌(HCC)发生、发展中的作用及其分子靶向治疗的研究现状。方法:以Hedge-hog、肝癌/hepatocellular carcinoma(HCC)为关键词,使用CNKI(1994-2009)、NCBI(1974-2009)生物信息学数据库对已发表的文章进行检索,共检索到英文27篇,中文7篇,排除重复研究和与本研究无关的文献,最终纳入分析27篇文章。结果:研究发现,Hh信号通路不仅调控胚胎时期各胚层组织发育,而且与肿瘤发生、发展密切相关。Gli作为脊椎动物Hh信号通路锌指核转录因子,与Hh通路下游基因的特定序列结合,直接调控Hh信号通路目的基因的转录表达,在Hh信号通路调控中起到枢纽作用。Hh-Gli信号转导通路的异常激活参与HCC的发生及恶性生物学特性的维持。环杷明和(或)Gli-si RNA可以阻断Hh信号通路抑制HCC生长、侵袭和运动潜能。结论:Hh通路的激活是HCC侵袭、发展的重要因素,阻断Hh通路可能是一种新的潜在的HCC靶向治疗策略,具有临床应用价值。     

基于生物信息学的食管鳞状细胞癌生物标志物的筛选

目的采用基因组学和生物信息学方法筛选鉴定出具有特异性筛查和潜在治疗靶标的基因集作为食管鳞状细胞癌诊断和治疗的分子标志物。方法从基因表达综合数据库(GEO)数据库中下载获得GSE17351和GSE20347的芯片数据,根据平台信息进行处理,应用生物信息学方法获得差异性表达基因,结合基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路及蛋白互作网络等分析,获得有价值的基因集,最后在大样本数据中验证富含脯氨酸小蛋白(SPRR3)、甲状腺激素受体相互作用因子13(TRIP13)和基质金属蛋白酶3(MMP3)的相对表达量。结果获得显著差异性表达基因150个,主要富集于核分裂、胶原分解代谢过程、细胞外基质组织、角化和表皮细胞分化等生物过程,主要参与白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤中的转录失调、核因子κB(NF-κB)信号通路和化学物致癌等通路途径。食管癌组织中SPRR3 mRNA的相对表达量明显低于正常组织,MMP3、TRIP13 mRNA的相对表达量均明显高于正常组织,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。结论 SPRR3、TRIP13和MMP3基因集可作为分子标志物,为食管鳞状细胞癌的诊断和治疗提供一定方向。     

LKB1基因与Hedgehog信号通路对乳腺癌MDA-MB-231细胞抑制机制的探讨

目的:探讨乳腺癌细胞中LKB1基因与Hedgehog信号转导途径的关系.方法:以乳腺癌MDA-MB-231细胞为研究对象,LKB1基因转染或干扰处理后,反转录-聚合酶链反应和蛋白质印迹法分别检测Hedgehog信号通路中Shh、Sufu、Ptch、Smo、Gli 1、Hip mRNA和蛋白表达的变化.建立LKBI 基因表达抑制的细胞移植瘤模型,验证体外实验结果并进行对比分析.结果:Hedgehog 信号通路激动因子Ptch的mRNA和蛋白的表达在各组细胞中差异无统计学意义.而激动因子Shh、Gli1和Smo的mRNA和蛋白的表达在MDA-MB-231正常细胞及其空质粒细胞、siRNA无关序列细胞中差异无统计学意义;在LKB1转染细胞中降低(F=29.56,P＜0.05),在LKBI转染siRNA细胞中升高(F=32.15,P＜0.05).而抑制因子Sufu、Hip的mRNA和蛋白的表达正好相反,在LKB1转染细胞中升高,在LKB1转染siRNA细胞中降低,F=30.25,P＜0.05.移植瘤检测Shh、Sufu、Smo、Gli 1、Hip蛋白表达与体外实验相似,F=8.40,P＜0.01.而且发现LKB1转染siRNA细胞组裸鼠肿瘤平均体积显著大于对照组(F=4.68,P＜0.05),生存时间显著短于对照组,F=3.50,P＜0.01.LKB1基因与Hedgehog信号通路相关因子表达呈负相关,r=0.232,P＜0.05.结论:LKB1基因与Hedgehog信号通路相关因子表达在乳腺癌细胞中呈负相关,LKB1基因可能通过Hedgehog信号通路抑制乳腺癌细胞的发生,两者之间的相互作用对乳腺癌的诊治可能有重要影响.     

Wnt和核因子-κB信号通路在肿瘤发生中的"对话"

Wnt和核因子-κB(NF-κB)信号通路分别调控多种功能基因的转录,参与许多重要的生理和病理过程,在肿瘤发生发展过程中扮演着重要角色.近来发现Wnt和NF-κB信号通路间还存在着相互作用即crosstalk,既调控各信号通路组分的活性,又调控共同下游靶基因及表达产物,由此促进或抑制肿瘤的发生发展.