16S～23S rDNA内转录间隔区序列分析及其在分支杆菌鉴定中的应用价值

目的：研究16S－23SrDNA内转录间隔区（internal transcribed spacr,ITS)序列在分支杆菌鉴定中的应用价值。方法：应用PCR－直接测序法对22例30株分支杆菌参考菌株和16株分支杆菌临床分离菌株16S－23SrDNA ITS测序。对所测定序列以及GenBank所报道的有关序列用Clustal程序（MegAlign Package[Windows Version4.01]；DNASTAR，Madson,Wis)处理分析，计算种间相似性，用PHYLIP Package构建分支杆菌菌种聚类分析树状谱。结果：除结核分支杆菌复合群（MTC）菌种（结核分支杆菌、牛分支杆菌、非洲分支杆菌和田鼠分支杆菌）16S－23SrDNA ITS序列完全一致外，其它分支杆菌菌种间核苷酸排列顺序及长度变异较大，种间相似性为30．4％－86．5％，聚类分析树状谱能将各分支杆菌菌种相分离，结果表明16S－23SrDNA ITS序列分析能将MTC与非结核分支杆菌（NTM）相鉴别，能将NTM鉴定至种的水平。结论：16S－23SrDNA ITS可做为分支杆菌鉴定的靶基因。     

分支杆菌临床分离株的16S-23S rRNA基因转录间隔区的序列分析

目的　建立鉴定分支杆菌分离株的 16S - 2 3SrDNA转录间隔区 (internaltranscribedspacer ,ITS)序列分析的方法 ,用该方法对临床分离株进行鉴定。方法　对从重庆某医院分离的 2 9株分支杆菌菌株分别进行了PCR扩增 ,得到它们的16S - 2 3SrDNAITS片段 ,并测定所得到片段的DNA序列。用DNA分析软件将所获得的序列与GenBank的分支杆菌序列相比较 ,计算种间相似性 ,并用序列构建分支杆菌菌株的系统发育树 ,对分离株进行鉴定。结果　在ITS序列分析中 ,有 10株的序列分别与结核分支杆菌复合群 (Mycobacteriumtuberculosiscomplex ,MTC)、戈登分支杆菌 ,脓肿分支杆菌的序列完全一致。依据完全一致的序列可以准确鉴定这些临床分离株为相应的种 ;4株 16SrDNA序列分析不能准确鉴定的分离株中其中 3株(M 4、M 5、M 12 )鉴定为戈登分支杆菌 ,1株 (M 2 3)鉴定为脓肿分支杆菌。部分分离株的的ITS序列在GenBank序列检索中无完全一致的匹配序列 ,这些不同的序列之间的相似程度为 2 7.1%～ 99.2 %。用临床分离株的ITS序列与其最相似的已知分支杆菌的ITS序列构建的系统发育树 ,菌株分群与 16SrDNA序列构建的系统发育树的分群基本一致。结论　分支杆菌的16S - 2 3SrDNAITS序列比 16SrDNA序列有更大的多样性 ,该序列分析可作为     

常见分枝杆菌不同株16S-23S rRNA转录间隔区序列分析

目的 分析常见分枝杆菌不同株之间的因型,为临床分离株的鉴定提供参考序列.方法 用16S-23S rRNA转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列分析法对94株由德国微生物和细胞保藏中心(DSMZ)引进的常见分枝杆菌进行种内不同株的基因型分析,并分别与12株国际标准株对比.通过种内不同株间同源性序列比对,绘制16S-23S rRNA ITS序列聚类分析树状谱,使用DNAStar的MegAlign软件计算株间相似性百分比.结果 成功完成上述共106株菌株的16S-23SrRNA ITS测序,发现除胞内分枝杆菌(4株)、鸟分枝杆菌(4株)、海分枝杆菌(6株)和马尔摩分枝杆菌(2株)各有一个基因型且与标准株相同外,其他分枝杆菌均可分为数个不同基因型.结论 16S-23S rRNA ITS序列分析可以根据种内各株的不同基因型将分枝杆菌鉴定到株,是分枝杆菌基因型分析的可靠方法.     

16S—23S rDNA间隔区序列PCR扩增及探针杂交用于偶然分支杆？…

目的 从基因水平上确认福建省南平市注射后偶然分支杆菌暴发感染的致病菌,并建立ＰＣＲ结合ＤＮＡ探针杂交快速鉴定偶然分支杆菌的方案。方法 根据偶然分支杆菌１６Ｓ－２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔区序列,设计合成一段寡核苷酸探针,采用ＰＣＲ扩增、ＲＦＬＰ和ＤＮＡ斑点杂交技术,对２９例偶然分支杆菌临床分离株进行鉴定。结果 ２９例偶然分支杆菌临床分离株均被ＰＣＲ扩增出一条约４７０ｂｐ的ＤＮＡ条带,ＤＮＡ探针杂交也出现特     

16S-23SrDNA间隔区序列PCR扩增及探针杂交用于偶然分支杆菌暴发感染的研究

目的　从基因水平上确认福建省南平市注射后偶然分支杆菌暴发感染的致病菌,并建立PCR结合DNA探针杂交快速鉴定偶然分支杆菌的方案。方法 根据偶然分支杆菌16S-23S rDNA间隔区序列,设计合成一段寡核苷酸探针,采用PCR扩增、RFLP和DNA斑点杂交技术,对29株偶然分支杆菌临床分离株进行鉴定。结果 29株偶然分支杆菌临床分离株均被PCR扩增出一条约470bp的DNA条带,DNA探针杂交也出现特异的杂交斑点。结论 16S23SrDNA间隔区序列PCR扩增及DNA探针杂交在基因水平上确认引起此次注射后暴发感染的致病菌为偶然分支杆菌,该方法具有灵敏、特异的特点。     

16S-23S rDNA间隔序列PCR与RFLP对分支杆菌临床分离株的鉴定价值

为阐明分支杆菌同种临床分离株不同菌株之间以及与标准株之间１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列是否有差异，以及结核分支杆菌耐药性和１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列有无关系。本文对５８株结核分支杆菌临床分离株（２０株敏感株，３８株耐药株）和淡黄、副偶然、母牛等分支杆菌的临床分离株的１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列进行了扩增，并对扩增产物进行了聚丙烯酰胺凝胶电和琼脂糖凝胶电泳及限制性内切酶ＨａｅⅢ、ＭａｐⅠ消化反应。同种分支杆菌各菌株之间扩增产物及限制性内切酶消化产物均无差异。不同种各株之间均不相同。结果说明同种分支杆菌不同临床分离株１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列没有差异，结核分支杆菌１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列与菌株耐药性没有关系。１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列ＰＣＲ扩增与ＲＦＬＰ分析对分支杆菌临床分离株的鉴定有价值。     

16S—23S rDNA间隔序列PCR与RELP对分支杆菌临床分离株的鉴定价值

为阐明分支杆菌同种临床分离株不同菌株之间以及与标准株之间１６Ｓ－２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔序列是否有差异，以及结核分支杆菌耐药性和１６Ｓ－２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔序列有无关系。本文对５８株结核分支杆菌临床分离株（２０株敏感株，３８株耐药株）和淡黄、副偶然、母牛等分支杆菌的临床分离株的１６Ｓ－２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔序列进行了扩增，并对扩增产物进行了聚丙烯酰胺凝胶电泳和琼脂糖凝胶电泳及限制性内切酶ＨａｅⅢ、Ｍｓｐ     

16s～23s rDNA间隔区序列聚合酶链反应鉴定术后龟分支杆菌暴发感染

目的　从基因水平上确认深圳市某医院术后暴发感染的致病菌,并建立一套快速的ＰＣＲ方法鉴定龟分支杆菌脓肿亚种。方法　根据分支杆菌的１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列,设计合成一对引物和龟分支杆菌脓肿亚种ＤＮＡ探针,采用ＰＣＲ 和ＤＮＡ 斑点杂交技术,对５３ 株龟分支杆菌脓肿亚种临床分离株进行ＰＣＲ扩增和ＤＮＡ杂交。在此基础上,采用１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡＰＣＲ扩增体系检测２５９份临床标本,对部分标本做ＤＮＡ探针斑点杂交反应。结果　５３ 株龟分支杆菌脓肿亚种临床分离株均被扩增出一条特异的３８０ ｂｐ ＤＮＡ 带和出现特异的杂交斑点。２５９ 份临床标本,ＰＣＲ 扩增阳性率为６０－６％ 。结论　在基因水平上确认此次引起院内术后暴发感染的致病菌为龟分支杆菌脓肿亚种。１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡＰＣＲ扩增检测体系灵敏、特异,能鉴定龟分支杆菌。     

复方PCR用于分支杆菌菌种鉴定的初步研究

目的 寻找新的、快捷简便的分支杆菌菌种鉴定技术，进一步提高临床结核病诊断的水平。方法 将3套分支杆菌基因组DNA的不同标记引物同时放入一个体系中，并在同一退火温度下进行PCR扩增，通过对扩增产物的不同带型进行分析，对已知标准株和部分临床株进行菌种鉴定。结果 复方PCR方法可将结核复合群中的结核分支杆菌、牛结核分支杆菌与非结核分支杆菌一次性地区分开，特异性达到100％，灵敏度为10ng／反应。结论 复方PCR技术是一种有效而又简捷的分支杆菌诊断方法，可用于临床上分结核与非结核分支杆茵或分支杆菌与非分支杆菌的初步区分。     

16S rDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的价值研究

目的评价16S rDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的应用价值。方法对 13种49株诺卡菌(43株标准株和6株临床株)16S rDNA序列片段进行PCR扩增,将扩增片段进行纯化后测序,从GenBank上下载32株诺卡菌(包括星形诺卡菌,少食诺卡菌,短链诺卡菌等)及3株棒状杆菌(Corynebacterium,C.),3株弗兰克氏菌属(Frankia,F.),3株分支杆菌(Mycobacterium,M.),3株链霉菌(Streptomyces,S.)的16S rDNA序列。对所测得的诺卡菌序列及GenBank所报道的诺卡菌序列用DNASTAR程序分析处理,计算种内及种间相似性,用Mega6.06构建诺卡菌菌种系统进化树。结果在81条受试诺卡菌16S rDNA序列中,16S rDNA能将诺卡菌大致可分为11群,除了不能将亚种分离外,诺卡菌其他种属均能得到很好的分离。诺卡菌16S rDNA种内及亚种内相似性为99.1% ~ 100%;种间相似性在95.7% ~ 98.8%之间。结论16S rDNA序列分析是一种快速,简单,特异性较好的诺卡菌菌种鉴定方法,能将诺卡菌鉴定至种的水平。     

基于核糖体 DNA 第二内转录间隔区基因的 9 种蚊虫分子鉴定

目的 分析常见 9 种蚊虫核糖体 DNA 第二内转录间隔区( rDNA-ITS2 )基因序列特征,为蚊虫种类分 子鉴定方法探讨提供依据。 方法 在山东省济宁市采集淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中 华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊和黄色柯蚊成蚊,形态学种类鉴定后,提取上述 9 种蚊虫 DNA,PCR 扩增 rDNA-ITS2 基 因并测序;在 GenBank 中进行同源性比对,采用 Bioedit 7. 0 软件及 DNAMAN 软件对测序结果进行比对分析,通过 DNASTAR、ClustalX 1. 81 和 Mega6 软件分析列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。 结果 9 种蚊虫的 rDNA- ITS2 长度在 343 bp 与 577 bp 之间,共有 59 个保守位点、449 个变异位点、235 个简约信息位点和 191 个单态位点,9 种蚊虫种间序列同源性为 28. 21% ~ 53. 76%;所有蚊虫的 rDNA-ITS2 基因分子鉴定与形态学鉴定吻合率 100%,库 蚊属的淡色库蚊、三带喙库蚊和二带喙库蚊聚成一类,伊纹属的白纹伊蚊和刺扰伊蚊聚成一类,不同种蚊虫为独立 分支。 结论 核糖体 DNA 第二内转录间隔( rDNA-ITS2 )基因可用于蚊虫属和种的鉴定。     

16s—23srDNA间隔区序列聚合酶链反应鉴定术后龟分支杆 …

目的 从基因水平上确认深圳市某医院术后暴发感染的致病 ,并建立一套快速的ＰＣＲ方法鉴定龟分支杆菌脓肿亚种。方法根据分支杆菌的１６￣２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列,设计合成卫对引物和龟分支杆菌脓肿亚种ＤＮＡ探针,采用ＰＣＲ和ＤＮＡ斑点杂交技术,对５３株龟分支杆菌脓肿亚种临床分离株进行ＰＣＲ扩增和ＤＮＡ杂交。在此基础上,采用１６￣２３ｓｒＤＮＡＰＣＲ扩增体系检测２５９份标本,对部分标本做ＤＮＡ探针斑点杂交反     

我国4种白蛉的核糖体内转录间隔2区PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP方法对我国内脏利什曼病传播媒介中华白蛉(Phlebotomus chinensis)、吴氏白蛉(Ph.wui)、长管白蛉(Ph.longiductus)和亚历山大白蛉(Ph.alexandri)等4种白蛉的核糖体内转录间隔2区(ITS2)进行分型。PCR-RFLP结果显示,以限制性内切酶DraⅠ酶切ITS2片段,可分出4种RFLP带型,即A为450 bp,B为154 bp/127 bp/93 bp/66 bp/10 bp,C为311 bp/80 bp/60 bp,D为353 bp/300 bp/160 bp/58 bp。结果显示,4种白蛉均只有1种RFLP带型,中华白蛉为AA型,亚历山大白蛉为BB型,吴氏白蛉为CC型,长管白蛉为DD型。利用PCR-RFLP方法可区分我国4种内脏利什曼病传播媒介的种类。     

Genetic diversity of ribosomal RNA internal transcribed spacer sequences in Lutzomyia species from areas endemic for New World cutaneous leishmaniasis

In this study, each of 60 rRNA internal transcribed spacer (ITS) 1 and ITS2 sequences was determined from 44 individuals of 14 morphologically identified New World sand fly Lutzomyia species in Ecuador, and their interspecies and intraspecies genetic diversity was compared. Distinguishing between related species based on the ITS1 sequence was difficult because of variability, while the genetic diversity of ITS2 was distinct even among closely related species. Further, an assessment of intraspecies ITS sequence diversity in the subgenus Helcocyrtomyia revealed no correlation between sequence variation and geographic distribution. The results strongly suggested ITS2 to be a more suitable marker than ITS1 for the taxonomic analysis of Lutzomyia species including closely related species. Moreover, neither ITS sequence may be useful for the analysis of population structures in Lutzomyia species.     

两种毛首线虫核糖体DNA内转录问隔Ⅱ（rDNAITS2）序列研究

目的利用形态学鉴定方法结合rDNAITS2序列分析对取自重庆市动物园阿拉伯狒狒和松鼠猴的两种毛首线虫成虫进行分类学研究，分析其分类地位，并探讨毛首线虫属和其分子生物学分类体系可行性。方法先用形态学分类方法对两种毛首线虫定种，再提取其DNA扩增ITS2片段，通过测序确认两种毛首线虫ITS2序列，结合其它6种已知毛首线虫ITS2序列信息计算8种毛首线虫同一性和同源性并构建毛首线虫属同源树及分子种系发生树，探讨构建毛首线虫属分子生物学分类体系的可行性。结果形态学鉴定表明两种毛首线虫分别为T．cynocephalus皮翼毛首线虫和T．rhinopiptheroxalla sp．nov川金丝猴新种毛首线虫，二者形态学差异明显。获取两种ITS2序列连同6种已知ITS2做同一性分析，显示差异均在48．2％～62．7％之间，分属不同虫种；8种毛首线虫中T．leporis和T．skrjabini同源性最高，为91％；T．arvicolae和T．muris次之，为87％；提自松鼠猴的毛首线虫和T．suis为61％。T．ovis与T．leporis和T．skrjabini组同源性为65％，而提自阿拉伯狒狒的毛首线虫与提自松鼠猴的毛首线虫和T．suis组，为39％；构建同源树及分子种系发生树。结论本研究表明ITS2同一性分析能够对8个虫种进行有效甄别，作为辅助手段有望解决形态学分类中的同种异名问题。ITS2作为单一基因序列能部分反映8种毛首线虫同源性及分子进化中的关系，有助于探讨毛首线虫属的分子生物学分类体系的构建。