基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素抗肿瘤作用机制

目的：基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素的潜在抗肿瘤作用机制。方法：借助Pharm Mapper在线服务器,以姜黄素为研究对象,反向分子对接筛选其作用的潜在靶点。利用STRING数据库软件绘制蛋白相互作用网络,并运用Cyto Hubba插件筛选关键靶点。对潜在靶基因进行KEGG通路分析获得与肿瘤机制相关的靶标,进一步采用Cytoscape软件构建姜黄素“化合物-靶点-通路”网络关系图。最后用Autodock Tools 1.5.6对核心靶点进行分子对接验证。结果：反向筛选得到43个与姜黄素具有较高亲和性的人源靶蛋白,KEGG通路富集到17条与肿瘤相关的通路。姜黄素抗肿瘤作用的核心靶标有SRC、EGFR、GSK3B、RXRA,通路富集结果显示姜黄素主要作用于肿瘤、前列腺癌和胃癌通路;其次姜黄素靶标还相对显著的富集在非小细胞肺癌、大肠癌及乳腺癌等癌症通路,主要通过PI3K/Akt、Cytokine-cytokine receptor interaction、Wnt等信号通路发挥抗癌作用。分子对接结果显示姜黄素与核心靶点SRC、EGFR、GSK3B及RXRA均具有较好的结合活性。结论：姜...     

基于网络药理学和分子对接的文殊兰抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学筛选文殊兰的主要活性成分及其靶点,探究文殊兰抗肿瘤的潜在作用机制.方法 通过TCMID数据库检索文殊兰的化学成分,再经Batman与Swisstargets并结合相关文献筛选出文殊兰的主要活性成分及其潜在靶点,建立靶点数据;通过GeneCards、NCBI数据库筛选出肿瘤相关靶点;用Cytoscap...     

基于反向分子对接和网络药理学的臭椿酮抗肿瘤作用机制研究

目的利用反向分子对接技术和网络药理学分析方法,建立臭椿酮抗肿瘤的"化合物-靶标-通路-疾病"网络,并探究其潜在的作用机制。方法借助于Pharm Mapper服务器寻找臭椿酮抗肿瘤的潜在靶蛋白,并通过Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库对获取的靶点进行相关通路分析,进一步利用Cytoscape软件构建臭椿酮的"化合物-靶点-通路-疾病"相互关联网络。结果数据分析结果表明,臭椿酮对人源靶蛋白的102个潜在活性靶点、17条KEGG通路的作用与肿瘤相关。臭椿酮抗肿瘤作用于MAP2K1、PI3KR1、EGFR、GRB2、MDM2、MET等靶蛋白,其中有18、14和11个靶蛋白基因分别富集在肿瘤通路、蛋白多糖肿瘤通路、前列腺癌通路中,有6个靶蛋白基因分别富集在胶质瘤、黑色素瘤、子宫内膜癌、非小细胞肺癌通路中,主要通过细胞因子和细胞因子受体相互作用、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等起到抗肿瘤的作用。结论臭椿酮有望作为治疗前列腺癌、非小细胞肺癌、胶质瘤、黑色素瘤等多种肿瘤的一个新的潜在药物,该研究为臭椿酮治疗肿瘤的靶标研究、药理活性与临床应用研究提供了理论支撑。     

基于网络药理学研究覆盆子活性成分抗肿瘤作用机制

目的?采用网络药理学挖掘覆盆子抗肿瘤主要活性成分的作用靶点，探讨其多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法?通过TCMSP数据库，结合口服生物利用度（OB30%）和类药性（DL0.18）参数，筛选覆盆子的活性成分；登录PharmMapper服务器反向预测，利用Uniprot 数据库进行校正与转化，获得潜在作用靶点；比对CTD数据库筛选并整合得覆盆子抗肿瘤的潜在靶点；通过DAVID v6.8数据库进行GO富集和KEGG通路注释分析；采用Cytoscape 3.6.1软件构建“活性成分-靶点”网络图、“核心成分-核心靶点-核心通路”网络图。结果?经筛选后得到覆盆子7个活性成分，63个潜在靶点，其中26条重要信号通路关联32个核心靶点，聚焦在5个核心成分，即谷甾醇、β-谷甾醇、覆盆子酸、鞣花酸、欧前胡素可能是覆盆子抗肿瘤的主要活性成分，而PI3K-Akt 信号通路、癌症的途径、癌症中的蛋白多糖、原癌基因蛋白信号通路、胰岛素抵抗、Rap1信号通路可能是重要的通路。结论?覆盆子中富含的甾醇类、酚酸类、香豆素类等活性成分可能作用于PPP1CC、SHBG、MAP2K1、MAPK14、RXRB、ABL1、FABP7、SULT2B1、HPGDS等关键靶点，通过抑制肿瘤细胞增殖和分化、诱导肿瘤细胞凋亡，调节糖脂代谢、激素水平、炎症反应等发挥多成分-多靶点-多通路的抗肿瘤作用机制。     

基于网络药理学研究红根草化学成分的分子机制

目的:基于网络药理学研究红根草化学成分的分子机制,为其药用植物资源的开发利用提供依据。方法:以中药综合数据库为平台,挖掘红根草化学成分、潜在作用靶点和疾病,通过UniProtKB(UniProt数据库)对潜在作用靶点基因名提取后,再用STRING、KOBAS、Cytoscape软件进行蛋白质-蛋白质相互作用,用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析和功能富集分析。结果:红根草4种化学成分包括原儿茶酸、4-羟基红根草邻醌、二氢丹参酮I和丹参酮I,201个潜在作用靶点,204种疾病,构建红根草-化学成分-潜在作用蛋白-疾病的网路关系图;在红根草-化学成分-潜在作用蛋白-KEGG通路网络关系图中有111种信号通路、109个潜在作用蛋白;而关键作用蛋白基因-KEGG通路网络关系图中有87种信号通路、12个关键作用蛋白基因,其包括CASP3、CCND1、BCL2、CDKN1A和TP53等关键基因,其中涉及的主要信号通路和疾病与肿瘤、金黄色葡萄球菌感染、乙型肝炎等有关。结论:红根草作为中药具有多成分、多靶点、协同作用的特点,但对其化学成分的药理机制研究认识缺乏深入研究。     

基于网络药理学探讨艾迪注射液抗肿瘤定位及分子机制分析

目的 基于网络药理学分析艾迪注射液抗肿瘤部位的定位及分子机制.方法 检索TCMSP数据库获取艾迪注射液四味中药的化学成分,以里宾斯基五原则为依据,进一步筛选活性化合物.采用Swiss Target Prediction预测作用靶点,CTD数据库查询对应的不同部位肿瘤疾病并进行分类.利用Cytoscape软件与Omi...     

基于网络药理学研究左金丸治疗高血压的分子机制

目的基于网络药理学研究左金丸治疗高血压的分子机制。方法通过文献检索及数据库挖掘收集左金丸化学成分,根据药物动力学(ADME)参数筛选其活性物质,采用网络药理学寻找与其相关的潜在作用靶点。检索OMIM、DrugBank、PharmGkb、TTD、GAD数据库中治疗高血压的靶点,通过Cytoscape软件中的关联功能(Merge)将筛选得到的成分、疾病相关作用靶点进行映射挖掘,构建药材-活性成分-关键靶点-疾病网络图,并进行网络拓扑分析。STRING数据库构建蛋白相互作用网络,分析重要靶点。DAVID数据库对靶点进行基因本体(GO)富集分析,以及基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果通过限制口服吸收利用度(OB)、药物相似性(DL)、Caco-2细胞渗透性的数值,共筛选出28种活性成分。左金丸作用于ADRA1B、CHRM5、HTR2A等关键靶点,调控cGMP-PKG信号通路、钙信号通路、血管平滑肌收缩等生物学通路,从而发挥治疗高血压的作用。结论本研究从网络药理学的角度初步揭示了左金丸治疗高血压的分子机制,以期为进一步药效物质基础分析和分子机制研究提供依据。     

基于网络药理学的牛膝防治骨质疏松潜在分子机制研究

目的通过网络药理学方法探讨牛膝防治骨质疏松(Osteoporosis)潜在的分子生物学机制。方法从文献资料及中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取牛膝相关活性成分及靶点;通过Therapeutic Target Database、DrugBank以及DisGeNET数据库查找与Osteoporosis相关的靶点,并将牛膝及Osteoporosis靶点通过基因标准化后进行映射;利用STRING数据库筛选核心靶点,通过Cytoscape软件进行靶蛋白之间可视化分析;利用DAVID数据库对核心靶点蛋白进行GO及KEGG通路富集分析,并构建牛膝-成分-靶点-信号通路多维网络。结果共得到牛膝21个活性成分,主要成分有β-蜕皮甾酮、黄连碱、小檗碱、β-谷甾醇、黄连素、黄芩苷等;211个牛膝相关靶点,主要包括SELE、VCAM1、ICAM1、ESR1、AR、IL6、IL1B、MYC等;485个Osteoporosis相关靶点,主要包括VDR、ESR1、AR、PGR、CALCR、SOST、SHBG等。映射结果通过STRING筛选出TNF、ESR1、AR、IL6、IL1B等共35个核心靶点。GO注释分析筛选出280个生物学过程,包括对雌二醇的反应、血管内皮生长因子产生的正调控、细胞增殖的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、血管生成等过程;20个细胞组分主要涉及线粒体、细胞器膜、蛋白质复合物等;50个分子功能主要包括蛋白质结合、维生素D24羟化酶活性、雌激素受体活性、血红素结合、铁离子结合等。KEGG富集分析结果有87条信号通路,主要涉及破骨细胞分化、NF-κB信号通路、MAPK信号通路、雌激素信号通路、肌萎缩侧索硬化(ALS)、造血细胞系等。结论牛膝是通过多成分、多靶点、多途径相互作用,从而达到防治骨质疏松的目的。     

基于反向分子对接和网络药理学预测木兰花碱抗肿瘤的潜在作用机制＊

目的 利用网络药理学分析方法，基于生物信息大数据分析，以研究木兰花碱抗肿瘤的潜在的分子机制。方法 采用PharmMapper服务器挖掘木兰花碱潜在的抗肿瘤靶蛋白，通过对潜在靶蛋白参与的生物过程及KEGG通路分析，了解木兰花碱抗肿瘤的可能机制，用Cytoscape软件构建木兰花碱的“化合物-靶点-通路-疾病”相互关联网络。结果 分析结果数据，预测木兰花碱可与238个人源靶蛋白通过多种方式匹配而发挥作用，其中有75个通过20条信号通路参与肿瘤的生物过程。分别是40个靶点参与肿瘤通路，23个靶点参与多聚糖肿瘤通路，15个靶点前列腺癌通路，有13个靶点参与病毒致癌机理，有12个靶点参与化学致癌机理、胰腺癌通路、转录失调的肿瘤通路，10个靶点参与结直肠癌通路、黑色素瘤通路、非小细胞肺癌通路、肾细胞癌通路，9个靶点参与膀胱癌通路、中心碳代谢通路、子宫内膜癌通路、小细胞肺癌通路、慢性髓性白血病通路，8个靶点参与胆碱代谢通路、胶质瘤通路、急性髓性白血病通路，7个靶点参与甲状腺癌通路。主要参与凋亡调控、RNA转录调控、组织代谢、信号转导调控等生物过程中，通过FoxO signaling pathway、Ras signaling pathway、Metabolic pathways、PPAR signaling pathway等信号通路参与抗肿瘤的作用。结论 通过对木兰花碱治疗肿瘤潜在靶点的挖掘，我们推测，其可用于治疗胰腺癌、前列腺癌等多种肿瘤，为后期木兰花碱进一步深入研究提供研究方向及理论支持。     

基于网络药理学探讨牛膝治疗骨关节炎的分子机制

目的基于网络药理学探讨牛膝可能的物质基础,分析牛膝治疗骨关节炎可能的分子机制。方法通过TCMSP数据库挖掘获取牛膝的活性成分、作用靶点,GeneCards和OMIM数据库预测和筛选牛膝活性成分治疗骨关节炎的作用靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-作用靶点网络,采用String 10.0构建蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络,最后通过GO分析和KEGG通路富集分析牛膝防治骨关节炎的作用机制。结果共筛选得到牛膝180个活性成分,涉及1035个作用靶点。结论网络分析结果表明,牛膝主要涉及细胞过程、代谢过程、对应激的应答等生物过程,通过调节AGE-RAGE、IL-17、TNF等信号通路来发挥治疗骨关节炎作用。研究体现了牛膝多成分-多靶点-多途径的作用特点,为进一步开展牛膝治疗骨关节炎作用机制的研究提供了新的思路与方法。     

RP-HPLC测定白屈菜中白屈菜红碱的含量

目的:建立白屈菜药材的质量标准.方法:采用甲醇提取,高效液相色谱法测定,以乙腈-1%三乙胺溶液(25:75)(三乙胺溶液用磷酸调节PH至3.0)为流动相;检测波长268 nm.结果:白屈菜红碱进样量在0.051 6～0.516 0μg线性关系良好,r=1.000,平均加样回收率(n=6)103.0%,RSD 1.2%.供试品溶液在8 h内稳定,用不同色谱柱分析耐用性好.结论:所建立的分析方法简单、专属性强,结果可靠、准确.     

RP-HPLC测定白屈菜中白屈菜红碱的含量

目的：建立白屈菜药材的质量标准。方法：采用甲醇提取,高效液相色谱法测定,以乙腈-1%三乙胺溶液(25∶75)(三乙胺溶液用磷酸调节PH至3.0)为流动相;检测波长268 nm。结果：白屈菜红碱进样量在0.051 6～0.516 0 μg线性关系良好,r=1.000,平均加样回收率(n=6)103.0%,RSD 1.2%。供试品溶液在8 h内稳定,用不同色谱柱分析耐用性好。结论：所建立的分析方法简单、专属性强,结果可靠、准确。     

白屈菜提取物中生物碱的镇痛抗炎作用研究

目的:研究白屈菜提取物的镇痛抗炎作用.方法:小鼠分别ig给予白屈菜提取物低、中、高剂量(0.1,0.2,0.4g·kg-1)1次,采用扭体法、热板法、福尔马林致痛模型,观察白屈菜提取物的镇痛作用.按以上剂量连续7d,采用小鼠二甲苯耳肿胀模型和小鼠腹腔毛细血管通透性实验,观察其抗炎作用;通过纳洛酮拮抗实验,初步验证其镇痛机制.结果:白屈菜提取物可明显抑制冰醋酸引起的小鼠扭体反应次数和扭体反应鼠数(P＜0.05),提高小鼠光热辐射致疼痛反应的痛阈值;高剂量组对二甲苯引起的小鼠耳廓肿胀有显著的抑制作用(P＜0.01).结论:白屈菜提取物具有显著镇痛抗炎作用,其镇痛作用不受纳洛酮拮抗,主要是外周性的.     

HPLC同时测定东北产区白屈菜6个生物碱成分的含量

目的 建立测定东北产区白屈菜中6种生物碱含量的方法,完善和提升白屈菜药材现有的质量评价体系。方法 采用高效液相色谱法。色谱柱为SB-C₁₈（250 mm×4.6 mm,5 μm）,流动相为乙腈-1%三乙胺（用磷酸调节pH值至3.0）,梯度洗脱（0~5 min,10%~20%A;5~15 min,20%~24%A;15~55 min,24%A;55~60 min,24%~10%A）,流速1.0 mL?min^–1,柱温35 ℃,检测波长274 mm。结果 12批东北产区白屈菜药材中白屈菜碱、二氢黄连碱、人血草碱、血根碱、小檗碱、白屈菜红碱的质量浓度分别在1.68~33.60、3.40~68.00、2.32~46.40、3.84~76.80、1.72~34.40、1.89~37.76 μg?mL^–1与峰面积呈良好的线性关系（r≥0.999 9）,精密度、稳定性、重复性试验的RSD均小于2.0%,平均加样回收率分别为99.12%、98.79%、98.60%、98.94%、98.25%、99.39%,RSD均小于2.0%。结论 该方法操作简单、准确、灵敏、重复性好,可为东北产区白屈菜药材质量标准的提升和完善提供实验依据和参考。     

基于网络药理学的银杏叶提取物治疗痛风潜在作用机制初探

目的筛选银杏叶提取物中治疗痛风的活性化合物,构建活性化合物-靶标-通路网络,并阐述银杏叶提取物治疗痛风的潜在作用机制。方法建立银杏叶成分-靶点相互作用的随机森林预测模型,对银杏叶化学成分进行靶点预测,然后构建和分析银杏叶"成分-靶点-痛风"复杂网络。结果在已发现的银杏叶的158个化合物中,以类药性(DL)≥0.18和口服生物利用度(OB)≥30为条件,筛选出39个活性化合物,其中包括11个黄酮类化合物和11个萜类化合物;银杏叶中有24个活性化合物所对应的靶点与痛风中49个致病基因相关,揭示了银杏叶中活性成分与相关靶点的分子作用机制。结论银杏叶中的活性化合物可能通过3种方式治疗痛风:减少尿酸的产生、增加尿酸的排泄、抑制NALP3炎症引起的紊乱。     

基于网络药理学吴茱萸致肝毒性机制研究

目的筛选吴茱萸主要肝毒性成分,预测毒性成分作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的肝毒性作用机制。方法依据TCMSP数据库、PubChem数据库Pharmmapper服务器、UniprotKB数据库筛选吴茱萸的活性成分,并预测肝毒性作用靶点。借助Cytoscape软件构建吴茱萸毒性成分-作用靶点网络,通过KOBAS3.0数据库对靶点基因功能及代谢通路进行分析。结果网络分析结果表明吴茱萸中筛选得到14-甲酰基二氢吴茱萸次碱、芳樟醇、1-甲基-2-戊烷基-4(1H)喹诺酮、辛弗林、柠檬烯等147个潜在毒性成分,涉及靶点F2、PIM1、MMP13、MAOB等49个,经建立网络连接,细胞代谢、催化活性、刺激反应等通路可能与肝毒性作用相关。结论应用网络药理学的方法,发现吴茱萸中的多种潜在毒性成分可能通过多个靶点与细胞代谢、催化活性等通路相互作用,从而可能产生肝毒性,为后续进一步深入验证吴茱萸肝毒性作用机制研究提供新线索。     

基于网络药理学的半枝莲抗肿瘤活性成分及整合作用机制研究

目的利用网络药理学方法探索半枝莲抗肿瘤的活性成分和分子作用机制。方法采用类药五原则筛选活性成分,经分子对接获得半枝莲活性成分的靶蛋白并于CTD数据库中获得靶点相对应的疾病,运用网络可视化软件,构建分子-靶点-疾病相互作用网络;同时进行蛋白质相互作用分析,通过生物学信息注释库(DAVID)对靶点进行生物代谢通路分析。结果半枝莲中有72个活性成分可与14个以上的肿瘤相关靶蛋白相互作用,半枝莲临泉生物碱D、barbatellarine E、半枝莲碱A等在内的二萜类成分是半枝莲抗肿瘤的主要活性成分。网络分析显示,半枝莲主要活性成分可作用于蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP1B)、碳酸酐酶2(CA2)、周期蛋白依赖性激酶(CDK2)、视黄酸α受体(RXRA)等关键靶蛋白,参与调控VEGF信号通路、FcεRI信号通路以及Fox O信号通路。结论半枝莲可通过抗炎、抑制肿瘤血管生成等过程发挥多靶点、多通路的协同抗肿瘤作用。     

基于网络药理学的黄芪抗疲劳作用机制研究

目的基于网络药理学方法探讨黄芪抗疲劳可能的作用机制。方法根据课题组前期研究并结合中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)指认黄芪中的活性成分,采用Pharm Mapper网络服务器预测其作用靶点;在GeneCards、OMIM数据库中搜索抗疲劳靶点,采用Cytoscape 3.6.0软件构件黄芪活性成分-抗疲劳靶点网络;使用String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,通过度值(degree)筛选关键靶点并进行归属;使用DAVID数据库对黄芪抗疲劳作用靶点进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析,以探究黄芪抗疲劳的作用机制。结果获得黄芪中11种活性成分,包括毛蕊异黄酮葡萄糖苷、毛蕊异黄酮、芒柄花苷、芒柄花素、异黄烷、紫檀烷6种黄酮类成分,黄芪皂苷Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ 4种皂苷类成分及蔗糖。黄芪抗疲劳作用预测靶点有76个,网络分析结果表明,黄芪主要涉及一氧化氮的生物合成、过氧化氢反应、棕色脂肪细胞分化的正调节、活性氧代谢等生物过程,通过调节癌症通路,FoxO、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、低氧诱导因子-1(HIF-1)、血管内皮生长因子(VEGF)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、Ca~(2+)信号通路、氧化应激反应等来发挥抗疲劳作用。结论本研究体现了黄芪多成分-多靶点-多途径的作用特点,为进一步开展黄芪抗疲劳作用机制的研究提供了新思路和新方法。     

网络药理学方法研究赤芍和黄柏干预阿尔茨海默病的作用机制

目的对赤芍、黄柏2味药材进行网络药理学研究,探索二者干预阿尔茨海默病的作用机制。方法采用分子对接与网络药理学分析方法对赤芍、黄柏所含的199种化合物与23个老年痴呆疾病相关靶标间的相互作用进行分析。结果黄柏、赤芍所含化合物在化学空间上具有较好的类药性;网络分析揭示了赤芍、黄柏是通过调节GSK-3β、caspase-7、Bch E、m TOR等靶蛋白表达来发挥抗阿尔茨海默病作用的。结论网络药理学的研究方法有助于搜寻赤芍、黄柏中可能的活性分子并阐明其作用机制。