基于网络药理学及分子对接预测金雀花降血压的活性成分及作用机制

目的 研究金雀花降血压的活性成分及作用机制.方法 运用药理学技术平台Swiss AD-ME数据库选出金雀花中胃肠道吸收性较好,且类药性较高活性成分及其靶点,通过GeneCards数据库获取高血压相关靶点,将成分靶点和疾病靶点导入String数据库,构建金雀花成分靶点-高血压靶点互作网络,根据度值选出关键靶点.运用Met...     

基于IL-6R运用分子对接筛选红芪防护BMSCs的活性成分

目的：通过分子对接筛选红芪防护白介素-6（interleukin-6,IL-6）诱导后骨髓间充质干细胞（bone mesenchymal stem cells,BMSCs）生物学特性稳定的活性成分。方法：选取43个红芪小分子化合物为配体,以白介素-6受体（interleukin-6 receptor,IL-6R）为靶蛋白,运用Schroding2015 软件Glide模块进行对接,选取对接打分较好且符合类药五原则的小分子化合物,MST检测筛选所得小分子化合物与IL-6R的结合亲和力,拟合结合曲线,计算结合程度。结果：分子对接筛选出与IL-6R在空间形状匹配较好且符合类药五原则的小分子化合物槲皮素、维斯体素、龙胆山酮酚,MST实验得到3个小分子化合物中槲皮素、维斯体素与IL-6R有较好的结合亲和力。结论：槲皮素、维斯体素可能是中药红芪发挥维持IL-6诱导后BMSCs生物学特性稳定的活性成分。     

基于生物信息学及分子对接研究天牛止眩胶囊治疗原发性高血压的潜在活性成分及分子机制

目的 利用生物信息学及分子对接,探讨天牛止眩胶囊治疗原发性高血压（essential hypertension,EH）的潜在活性成分及分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台、BATMAN-TCM平台筛选天牛止眩胶囊的活性成分及药物靶点,使用GeneCards、PharmGkb、TTD、DrugBank检索EH的疾病相关靶点,采用Cytoscape3.8.0软件构建“药物–成分–靶点”网络图,应用STRING平台进行蛋白质–蛋白质相互作用分析,使用R软件包进行基因本体论（gene ontology,GO）与京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析,运用AutoDockTools及AutoDock Vina进行分子对接验证,使用PyMol软件进行可视化分析。结果 共筛选出天牛止眩胶囊有效成分53种,涉及相关靶点基因422个。筛选出关键活性化合物217个,拓扑分析得出核心靶点蛋白AKT1、MAPK8、NFKB1、FOS、MAPK1、JUN等10个,GO及KEGG富集分析结果提示天牛止眩胶囊干预EH主要涉及细胞对外的刺激、对活性氧的反应、氧化应激反应等多种生物学途径与涉及脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等相关通路。分子对接结果显示FOS与槲皮素及山柰酚结合力最强。结论 天牛止眩胶囊中的槲皮素、山柰酚等多种关键活性成分可作用于FOS、JUN、AKT等多个核心靶点蛋白,发挥调控血压、降低心脑血管并发症危险等级、保护靶器官的作用。     

基于计算机虚拟筛选研究菝葜抗肝癌的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接技术研究中药菝葜抗肝癌的活性成分及分子机制.方法:采用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索菝葜的活性成分及相关靶点与从Gen...     

基于网络药理学和分子对接分析参附汤治疗房颤的作用机制

  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。      

基于网络药理学和分子对接技术探讨五皮饮治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/丝氨酸（Akt）和丝裂原活化蛋白激酶...     

基于分子对接技术探讨大黄治疗阿尔茨海默病的作用机制及活性成分

目的：基于分子对接技术探讨大黄治疗阿尔茨海默病（Alzheimer′s disease,AD）的作用机制及活性成分。方法：通过中药系统药理数据库（TCMSP）及相关文献筛选出大黄中22个主要成分,分别与NLRP3/Caspase-1/GSDMD信号通路中的关键靶点进行分子对接,分别以NLRP3、Caspase-1、GSDMD抑制剂MCC950、ML132以及LDC7559作为阳性参照,分析对接结果。结果：对接结果显示,大黄主要成分与NLRP3、Caspase-1、GSDMD的靶点具有不同程度的结合,其中潜在活性较好的成分为Mutatochrome(β-胡萝卜素氧化物)和Physciondiglucoside（大黄素甲醚双葡萄糖苷）。结论：分子对接技术预测大黄主要成分可能作用于NLRP3/Caspase-1/GSDMD信号通路,其活性成分可能是β-胡萝卜素氧化物和大黄素甲醚双葡萄糖苷,为揭示大黄治疗AD的抗炎作用机制及活性成分提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探究田蓟苷抗冠心病作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探究田蓟苷治疗冠心病的作用机制.方法 利用TCMSP数据库获得田蓟苷的生物学信息,通过Swiss Target Prediction网站预测田蓟苷活性分子靶点,导入Cytoscape3.2.1软件构建田蓟苷-作用靶点关系网络,利用DAVID数据库进行GO(gene on-tolog...     

基于网络药理学和分子对接研究半夏散治疗慢性咽炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接研究半夏散治疗慢性咽炎的作用机制。方法 用LSP和TCMSP预测半夏散已知有效成分的作用靶点和慢性咽炎疾病靶点,使用Cytoscape3.6.1软件对半夏散进行中药—有效活性成分—靶点网络构建,STRING10.5数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape3.6.1软件进行GO富集分析,KEGG通路注释分析,以及利用AutoDock软件进行分子对接。结果 半夏散中有101个主要有效活性成分,作用于234个靶点蛋白;慢性咽炎有2 289个靶点,得到共同靶点117个。通过KEGG通路分析得到20个有效信号通路,GO富集显示15个生物过程、15个分子功能、15个细胞成分。有3个活性成分与2个关键靶点蛋白有效结合。结论 半夏散治疗慢性咽炎的作用机制是通过对炎症反应进行干预和调节,并对咽部内皮细胞的代谢和功能损伤进行修复。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨竹节参总皂苷改善糖脂代谢紊乱的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨竹节参总皂苷干预糖脂代谢紊乱的作用机制。方法 通过知网、Web of science、PubChem数据库获取竹节参总皂苷中的活性成分,采用Swiss Target Prediction、GeneCards、OMIM数据库检索活性成分的作用靶点和疾病靶点,使用R语言对化合物靶点与疾病靶点取交集,使用String数据库构建蛋白互作关系网络,采用Cytoscape软件构建“药物-活性成分-作用靶点”图,借助DAVID平台进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过Auto Dock Tools软件进行分子对接分析。结果 从竹节参总皂苷中筛选得到39个活性成分,筛选得到259个药物靶点和1 125个疾病靶点,其中药物-疾病共同靶点60个,关键靶点为AKT1、JUN、VEGFA、ESR1、CASP3、MTOR、STAT3、CCND1、MAPK1等。原人参三醇、人参三醇和人参二醇可能为竹节参总皂苷改善糖脂代谢紊乱的关键成分,可能通过PI3K-Akt和MAPK信号通路发挥作用。关键活性成分与核心靶点均有较好的结合效果。结论 初步鉴定了竹节参总皂...     

隐孔菌倍半萜类成分抗肿瘤的作用机制：基于分子对接方法

目的 应用分子对接技术及分子动力学模拟,探讨隐孔菌中倍半萜类成分抗肿瘤作用对应靶基因及可能的作用机制。方 法 基于该类成分化学结构,利用在线反向找靶网站Pharm Mapper、SEA、Target Hunter及相关文献研究对可能的抗肿瘤靶标进行初步预测。运用Discovery Studio 4.0（Libdock功能）和Maestro12.3将隐孔菌中倍半萜分子与潜在可能靶标进行分子对接,根据打分情况,推测可能结合靶标;通过2D相互作用图对倍半萜分子与靶标相互作用情况进行分析;结合实验测得活性数据,推测不同倍半萜骨架对于活性的影响因素;选取体外细胞毒活性最好的化合物4结合的最佳构象与靶标形成复合物,与纯靶标蛋白序列一起进行分子动力学模拟,分析均方根偏差（RMSD）值和均方根浮动（RMSF）值,探讨化合物与靶标结合的稳定性。结果 隐孔菌类倍半萜类化合物与Akt（蛋白激酶B）前端蛋白序列（1UNQ）结合最优。2D相互作用图显示氢键和静电力是两者产生相互作用的最主要方式。通过分析不同倍半萜骨架分子的结合最优3D构象,认为分子骨架的微小改变产生了位阻效应,引起各分子活性差异。通过对化合物4的最佳构象与1UNQ形成复合物进行10 ns 的动力学模拟,其RMSD 值小于靶标纯蛋白序列的RMSD值,表明化合物4与1UNQ结合稳定。结合文献报道的1UNQ活性位点,推测隐孔菌中倍半萜类分子抗肿瘤的作用机制是该类分子能够引起Lys-14位乙酰化,导致Akt无法与下游PIP3结合,从而影响肿瘤细胞的增殖。结论 隐孔菌中倍半萜类化合物潜在作用靶点为蛋白激酶B前端蛋白序列1UNQ,通过对靶标Lys-14位乙酰化的方式影响肿瘤细胞的增殖,该研究为隐孔菌中倍半萜类成分作用机制的研究和进一步开发利用提供了科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制

目的:探讨枳实治疗乳腺癌的有效活性成分及其潜在机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)分析枳实中的化合物,筛选其活性成分和潜在靶标,采用Cytoscape 3.7.2软件对枳实化合物-靶点网络进行构建,...     

基于网络药理学和分子对接预测大黄治疗胃癌的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨大黄在胃癌中的抗肿瘤机制。方法 通过TCMSP网站收集大黄的活性成分及对应的靶点,利用肿瘤与癌症基因组图谱（TCGA）数据库、GeneCards网站得到胃癌相关基因,两者取交集,利用Cytoscape软件绘制胃癌-大黄-活性成分-靶点的网络图。通过Metascape网站对交集靶点进行功能、同路富集分析以及蛋白-蛋白相互作用网络分析,利用MCODE算法确定关键基因簇,最后利用分子对接方法找到可能的作用靶点。结果 通过筛选得到大黄的主要活性成分16个,共获得46个治疗胃癌的潜在靶点,京都基因和基因组数据库（KEGG）通路、基因本体论（GO）分类富集分析结果显示,大黄治疗胃癌的机制涉及多个生物学过程,包括凋亡、程序性细胞死亡、MAPK通路调节、细胞周期、PI3K-Akt等信号通路。蛋白-蛋白互作后发现关键基因簇包括BCL2、CASP8、AR、IL1B、CASP3、PRKCA、TP53、CDKN1A、PCNA,主要为凋亡相关基因,进一步分子对接验证了其与对应活性成分之间亲合度均较高,其中PKCNA与芦荟大黄素亲合度最高。结论 大黄治疗胃癌通过多成分、多靶点...     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连治疗高脂血症的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...     

基于网络药理学和分子对接探讨香加皮防治牙周炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探究香加皮治疗牙周炎的有效成分和作用靶点及其作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库（TCMSP）、中医药百科全书（ETCM）和中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）检索筛选香加皮有效作用成分及靶点,并通过Swiss Target Prediction数据库检索预测成分的作用靶点。应用人类基因信息数据库（GeneCards）和DisGeNET数据库获取牙周炎相关靶点,将药物与疾病靶点进行韦恩分析获得共同靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件构建“成分-靶点”网络,基因相互作用数据库（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行关键基因筛选以及MCODE聚类分析,利用DAVID数据库进行基因本体（gene ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建香加皮“药物-成分-靶点-通路”网络,利用分子对接技术验证药物成分与靶点蛋白对接情况。结果 筛选得到香加皮有效...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨人参治疗胃癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接技术,探讨人参治疗胃癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台搜索人参的有效化学成分及其相应的作用靶点,通过GeneCards?数据库、OMIM?数据库、DRUGBANK数据库检索胃癌相关靶点,运用Venny 2.1.0软件获取人参有效化学成分作用靶点与胃癌相关靶点的交集靶点。通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络后,应用Cytoscape软件进行可视化处理及网络拓扑学分析以筛选核心靶点。利用STRING数据库构建核心靶点的PPI网络。基于Metascape平台对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Tools软件对人参主要有效化学成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 (1)共得到人参有效化学成分24个,作用靶点117个,胃癌相关靶点1 921个。人参有效化学成分作用靶点与胃癌相关靶点的交集靶点共60个,筛选出核心靶点21个,包括蛋白激酶B(AKT)1、Jun B原癌基因(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、前列腺素内过氧化物合酶2(P...     

基于分子对接方法的肺癌分子靶标耐药机制研究

目的探讨吉非替尼为代表的表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（epidermal growth factor receptor tyrosine kinases inhibitor,EGFR-TKI）在治疗非小细胞肺癌中起到的作用。方法虽然部分患者治疗后产生获得性耐药,其耐药机制尚未完全阐明。但本文将研究第790位密码子突变导致吉非替尼耐药的原理。利用Arguslab软件,模拟并分析吉非替尼与EGFR野生型和变异型蛋白的结合情况,试图对EGFR-TKI的耐药机制作出解释。结果野生基因2GS6与吉非替尼结合所需能量为-8.07 kcal/mol,低于2GS6与ATP结合所需能量-7.78 kcal/mol,2GS6基因突变为3IKA后,受体蛋白与吉非替尼的结合能力降低至-6.96 kcal/mol,与ATP的结合能力提升至-8.41 kcal/mol。结论 2GS6更易与吉非替尼结合,患者对吉非替尼药物敏感,具有临床意义。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨白花蛇舌草治疗骨肉瘤的信号通路及分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白花蛇舌草治疗骨肉瘤的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)平台,检索白花蛇舌草化学成分和作用靶点,并通过基因卡(GeneCards)、人类在线孟德尔遗传数据库(OMIM)和疾病靶点预测数据库(TTD)获取骨肉瘤相关靶点,预测白花蛇舌草治疗骨肉瘤的共同靶点,构建“中药-活性成分-靶点-疾病”网络图。通过STRING平台构建靶点蛋白互作网络(PPI),并使用R语言对PPI中的靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组(KEGG)信号通路富集分析。将相关度最高的前5位靶点和白花蛇舌草的活性成分进行分子对接,对结合能最大的活性成分-靶点构建对接模型。结果 共筛选出白花蛇舌草中8个活性成分,179个对应的靶点。检索得到3 596个骨肉瘤相关靶点,经R语言取交集得到124个共同靶点。“中药-活性成分-靶点-疾病”网络提示,白花蛇舌草的6个活性成分作用于124个靶点基因以治疗骨肉瘤。PPI图中,124个靶点相互作用关系密切,其中AKT1、TP53、IL-6、MAPK1、TNF等为核心靶点,与活性成分分...