基于网络药理学探讨生脉散治疗心律失常作用机制

目的:基于网络药理学探讨生脉散治疗心律失常的分子机制.方法:使用TCMSP和TCMID数据平台筛选生脉散的有效成分,TCMSP及STITCH数据库筛选药物作用靶点,通过TTD、DRUGBANK及DisGeNET数据库检索心律失常的疾病靶点.制作韦恩图获得相关交集,使用String数据库制作靶点间相互作用网络,并依据置信...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五皮饮治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/丝氨酸（Akt）和丝裂原活化蛋白激酶...     

基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制

目的:探讨枳实治疗乳腺癌的有效活性成分及其潜在机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)分析枳实中的化合物,筛选其活性成分和潜在靶标,采用Cytoscape 3.7.2软件对枳实化合物-靶点网络进行构建,...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连治疗高脂血症的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...     

基于网络药理学和分子对接探讨香加皮防治牙周炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探究香加皮治疗牙周炎的有效成分和作用靶点及其作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库（TCMSP）、中医药百科全书（ETCM）和中药分子机制的生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）检索筛选香加皮有效作用成分及靶点,并通过Swiss Target Prediction数据库检索预测成分的作用靶点。应用人类基因信息数据库（GeneCards）和DisGeNET数据库获取牙周炎相关靶点,将药物与疾病靶点进行韦恩分析获得共同靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件构建“成分-靶点”网络,基因相互作用数据库（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行关键基因筛选以及MCODE聚类分析,利用DAVID数据库进行基因本体（gene ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）富集分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建香加皮“药物-成分-靶点-通路”网络,利用分子对接技术验证药物成分与靶点蛋白对接情况。结果 筛选得到香加皮有效...     

基于网络药理学和分子对接探讨西黄丸治疗结直肠癌作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术探讨西黄丸治疗结直肠癌的分子机制作用.方法 分别应用系统药理学数据库与分析平台计算系统TCMSP、Stitch数据库、Batman-TCM数据库、Tcmid数据库、Bindingdb数据库、Omim数据库、David数据库、GEO数据库等,分别进行结直肠癌疾病靶点预测及西黄丸药物靶点预...     

基于网络药理学和分子对接探究斑蝥治疗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学分析和分子对接探究斑蝥治疗肝癌的分子作用机制.方法 结合查阅文献及中药系统药理学数据库与分析平台筛选出斑蝥活性成分,利用SwissTargetPrediction预测其作用靶点.采用GeneCards和OMIM数据库检索肝癌的疾病靶点.通过R软件绘制药物-疾病交集共同靶点的维恩图.使用Cytosac...     

基于分子对接和网络药理学探讨绞股蓝-半枝莲药对防治大肠癌的作用机制

目的:应用分子对接和网络药理学方法,预测绞股蓝-半枝莲药对防治大肠癌的潜在靶点及信号通路.方法:通过TCMSP数据库检索绞股蓝-半枝莲的主要活性化合物,并筛选出两味中药活性成分的作用靶点;借助GeneCards、TTD、CTD数据库获取大肠癌的相关靶标.利用STRING数据库和Cytoscape3.6.1软件构建药物-...     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨二仙汤治疗卵巢早衰的作用机制

目的：对二仙汤治疗卵巢早衰（premature ovarian failure,POF）作用机制进行探讨。方法：基于网络药理学和分子对接的方法,通过检索TCMSP数据库获取二仙汤中各药物的活性成分;通过Gene Cards、OMIM、Pharm Gkb和Drugbank数据库收集卵巢早衰疾病靶点,将活性成分与疾病基因靶点取交集,得到二仙汤治疗卵巢早衰的预测靶点。采用Cytoscape 3.8.0构建“药物-成分-靶点-疾病”网络;通过STRING数据库和Cytoscape构建蛋白互作网络（PPI）及精简核心网络;运用R Studio软件对二仙汤治疗POF进行GO富集和KEGG通路富集分析。采用分子对接技术对“药物-成分-靶点-疾病”网络结果进行验证。结果：筛选出68个主要活性成分,涉及182个基因靶点,其中主要活性成分包括槲皮素（Quercetin）、木犀草素（Luteolin）、山柰酚（Kaempferol）等;核心靶点基因包括RB1、TP53、FOS、CDKN1A、ESR1、AKT1、MAPK1、TNF等;富集到GO生物过程（biological process,BP）2545条、...     

基于网络药理学和分子对接探讨密蒙花颗粒剂治疗干眼的作用机制

目的运用网络药理学方法和分子对接技术探究密蒙花颗粒剂治疗干眼可能的作用机制。方法通过运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出密蒙花颗粒剂口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的化合物作为候选药效成分,根据TCMSP的"Related Targets"对密蒙花颗粒剂的活性成分的作用靶点进行预测,采用Cytoscape 3.6.0软件构建化合物-靶点网络。通过OMIM、DisGeNET数据库查找干眼相关基因,通过STRING数据库进行蛋白质相互作用分析。通过Venny图将密蒙花颗粒剂活性成分靶点与干眼疾病靶点取交集,得到密蒙花颗粒剂有效活性成分治疗干眼的关键靶点,构建药物-活性成分-关键靶点-疾病网络。使用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集。运用AutoDock vina 1.1.2软件对选取的密蒙花颗粒剂主要活性成分与关键靶点进行分子对接。结果得到密蒙花颗粒剂对应靶点的活性成分46个,预测作用靶点248个,干眼相关基因237个,密蒙花颗粒剂治疗干眼的关键靶点18个,靶点参与的功能主要有细胞增殖调控、基因表达的调控、细胞凋亡、蛋白磷酸化、免疫反应、衰老、调控细胞炎症相关因子等,作用的主要通路为糖尿病、NOD样受体、Toll样受体、MAPK信号通路等。分子对接的结果显示主要活性成分与获得的有效靶点具有较好结合活性。结论密蒙花颗粒剂可能主要通过抑制炎症相关因子和通路,减轻泪腺组织的炎症,从而达到治疗干眼的目的。     

基于网络药理学和分子对接分析参附汤治疗房颤的作用机制

  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。      

基于网络药理学和分子对接预测大黄治疗胃癌的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨大黄在胃癌中的抗肿瘤机制。方法 通过TCMSP网站收集大黄的活性成分及对应的靶点,利用肿瘤与癌症基因组图谱（TCGA）数据库、GeneCards网站得到胃癌相关基因,两者取交集,利用Cytoscape软件绘制胃癌-大黄-活性成分-靶点的网络图。通过Metascape网站对交集靶点进行功能、同路富集分析以及蛋白-蛋白相互作用网络分析,利用MCODE算法确定关键基因簇,最后利用分子对接方法找到可能的作用靶点。结果 通过筛选得到大黄的主要活性成分16个,共获得46个治疗胃癌的潜在靶点,京都基因和基因组数据库（KEGG）通路、基因本体论（GO）分类富集分析结果显示,大黄治疗胃癌的机制涉及多个生物学过程,包括凋亡、程序性细胞死亡、MAPK通路调节、细胞周期、PI3K-Akt等信号通路。蛋白-蛋白互作后发现关键基因簇包括BCL2、CASP8、AR、IL1B、CASP3、PRKCA、TP53、CDKN1A、PCNA,主要为凋亡相关基因,进一步分子对接验证了其与对应活性成分之间亲合度均较高,其中PKCNA与芦荟大黄素亲合度最高。结论 大黄治疗胃癌通过多成分、多靶点...     

基于网络药理学和分子对接技术探究田蓟苷抗冠心病作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探究田蓟苷治疗冠心病的作用机制.方法 利用TCMSP数据库获得田蓟苷的生物学信息,通过Swiss Target Prediction网站预测田蓟苷活性分子靶点,导入Cytoscape3.2.1软件构建田蓟苷-作用靶点关系网络,利用DAVID数据库进行GO(gene on-tolog...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气活血方治疗糖尿病肾病的作用机制

探讨运用网络药理学与分子对接技术,分析自拟益气活血方治疗糖尿病肾病（DN）的有效成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过多个公共数据库获得益气活血方中活性成分的潜在靶点及DN的疾病靶点,并获得交集靶点,对交集靶点进行GO和KEGG分析,蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析与网络构建;利用Autodock vina软件对重要成分及关键靶点进行分子对接。结果 网络药理学分析获得有效活性成分78个、成分靶点223个、疾病靶点1002个、交集靶点81个、关键靶点15个。富集的 KEGG 通路有胰岛素抵抗、 PI3K-Akt 信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、木樨草酸等成分对大部分靶点具有亲和力。结论 益气活血方可能通过调节炎症与细胞自噬、促进ECM蛋白的降解、调节外周组织对胰岛素的敏感性及胰腺β细胞的增殖和凋亡等作用机制达到治疗DN的作用     

基于网络药理学和分子对接探析骨碎补治疗骨关节炎潜在作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接的技术与方法,探讨骨碎补治疗骨关节炎疾病的活性成分和潜在作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库,筛选得出骨碎补的潜在活性成分和相关靶蛋白,采用Genecards、OMIM等数据库预测骨关节炎的作用靶点,运用uniprot数据库查询相对应的基因名称,采用Cyt...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨千金藤素治疗新型冠状病毒感染的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接技术分析千金藤素（cepharanthine,CEP）治疗新型冠状病毒感染的作用机制。方法 通过PubChem及SwissTargetPrediction网站检索CEP的作用靶点;在GeneCards数据库获取COVID-19的疾病靶点;将Venny 2.1.0中得到的“药物-疾病”交集靶点导入STRING 11.5网站和Cytoscape 3.9.0软件中构建蛋白互作网络（protein-protein interaction network,PPI）分析其网络拓扑结构;通过DIVAD数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,预测其作用机制;利用AutoDock软件将CEP与核心靶点以及COVID-19的明星靶点血管紧张素转化酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)和SARS-CoV-2产生的主要蛋白酶（3-chymotrypsin-likeprotease,3...