胃癌ERCC1基因甲基化与蛋白表达的关系及其意义

  目的  检测胃癌组织、相应癌旁组织及正常胃组织中ERCC1蛋白表达情况，探讨ERCC1基因启动子CpG岛甲基化与蛋白表达的关系及其意义。  方法  采用甲基化特异性PCR技术，检测30例胃癌组织、相应癌旁组织、10例正常胃组织中ERCC1基因启动子CpG岛甲基化状态。采用免疫组织化学SP法检测胃癌组织、相应癌旁组织及正常胃组织中ERCC1蛋白的表达情况。  结果  胃癌组织中ERCC1基因启动子CpG岛完全甲基化率为46.7%（14/30），部分甲基化率为30.0%（9/30），总甲基化率为76.7%（23/30），显著高于相应癌旁组织中该基因的甲基化率13.3%（4/30），差异有统计学意义（P < 0.05）。10例正常胃组织中未检测到该基因的甲基化（0/10）。30例胃癌组织中ERCC1蛋白阴性表达率为70.0%（21/30），显著高于相应癌旁组织中蛋白阴性表达率33.3%（10/30），差异有统计学意义。10例正常胃组织中ERCC1蛋白均阳性表达。胃癌组织中发生ERCC1基因启动子CpG岛甲基化其ERCC1蛋白表达率明显低于胃癌组织中未发生ERCC1基因启动子CpG岛甲基化其ERCC1蛋白表达率。  结论  ERCC1基因启动子CpG岛甲基化与其蛋白表达呈负相关，ERCC1基因启动子CpG岛甲基化可能是导致其蛋白表达下调的主要原因之一。      

胃癌患者外周血与胃癌组织中ERCC1基因甲基化的关系及其意义

背景与目的：胃癌的发生基于基因和表观遗传学机制,表观遗传学的改变在胃癌的发展中起到重要作用。DNA甲基化是目前研究最多、最为深入的一种表观遗传学表达机制。DNA甲基化是一个可逆性过程。核苷酸切除修复交叉互补基因1(excision repair cross-complementing gene 1,ERCC1)是一种DNA损伤修复基因。本研究检测胃癌患者外周血与胃癌组织中ERCC1基因启动子CpG岛甲基化状态,探讨两者的关系及其意义。方法：采用甲基化特异性PCR技术,检测30例胃癌患者外周血、胃癌组织中ERCC1基因启动子CpG岛甲基化状态。结果：胃癌组织中ERCC1基因启动子CpG岛甲基化率为76.7%(23/30),外周血中ERCC1基因启动子CpG岛甲基化率为63.3%(19/30),差异无统计学意义。结论：胃癌患者外周血中的ERCC1基因启动子CpG岛甲基化率与胃癌组织中相似,检测胃癌患者外周血中的ERCC1基因启动子CpG岛甲基化状态为治疗胃癌提供一个简便、快捷、可靠的途径,同时也为以ERCC1基因启动子CpG岛甲基化作为靶点治疗胃癌提供了可靠的理论依据。     

胃癌BRCA1基因甲基化与BRCA1 mRNA表达的关系研究

目的：探讨乳腺癌易感基因1（BRCA1）启动子CpG岛甲基化与BRCA1 mRNA表达的相关性及其意义。方法采用甲基化特异性PCR技术检测37例胃癌组织和对应癌旁组织及6例正常胃组织中BRCA1基因启动子CpG岛甲基化状态;采用逆转录PCR技术检测37例胃癌组织和对应癌旁组织及6例正常胃组织中BRCA1 mRNA 表达水平。结果胃癌组织中 BRCA1基因启动子 CpG 岛总甲基化率为48.6%（18/37）,显著高于癌旁组织[5.4%（2/37）]和正常胃组织[0.0%（0/6）],差异有统计学意义（χ2=17.541、5.021,P均〈0.05）。胃癌组织中BRCA1 mRNA阳性表达率为48.6%（18/37）,显著低于癌旁组织[94.6%（35/37）]和正常胃组织[100.0%（6/6）],差异有统计学意义（χ2=19.215、5.520,P均〈0.05）。BRCA1基因启动子CpG岛甲基化与BRCA1 mRNA表达成负相关（ r=-0.515,P〈0.05）。结论 BRCA1基因启动子CpG岛甲基化可能是导致BRCA1 mRNA失表达的主要原因之一。     

胃癌环氧化酶-2 、hMLH1 及hMSH2 微卫星不稳定与基因调控的关系

 目的 检测临床手术切除43例胃癌及相应正常组织COX-2、hMLH1和hMSH2微卫星不稳定状态MSI及三种基因启动子甲基化情况，并进一步探讨它们与胃癌发生的关系。方法 采用聚合酶链反应（PCR）技术检测5个位点的MSI状态；甲基化特异性PCR（Methylation specific PCR，MSP）方法检测胃癌及正常组织COX-2、hMLH1及hMSH2三种基因启动子CpG岛甲基化状态。结果 43例胃癌中MSI总检出率为48．84％（21／43），五个位点的MSI检出率无显著差别。COX-2和hMLH1基因启动子CpG岛甲基化在43例胃癌中分别有8例和13例，正常组织中未检测到。hMSH2基因启动子CpG岛在胃癌及正常组织中均未检测到甲基化。在MSI-H组hMLH1基因启动子CpG岛甲基化率显著高于MSS组（P〈0．01）；而在MSI-H和MSI-L组间以及MSI-L和MSS无差别。MSI-H组中COX-2基因启动子CpG岛甲基化8例，且有7例胃癌同时出现hMLH1和COX-2基因启动子CpG岛甲基化。结论 在MSI胃癌（尤其是MSI-H型胃癌）的发生、发展过程中可能同时出现了hMLH1和COX-2基因启动子CpG岛的甲基化（即表型遗传修饰）。MSI胃癌hMLH1基因启动子CpG岛甲基化率高于MSS胃癌，提示检测hMLH1基因启动子CpG岛甲基化对于判断肿瘤类型有一定意义。     

胃癌E-cadherin基因启动子CpG岛甲基化的研究

背景与目的:目前认为CpG岛甲基化导致转录抑制是恶性肿瘤发生的重要机制之一。E-cadherin能抑制肿瘤细胞的浸润和转移,被公认为是浸润、转移抑制基因。低分化胃癌常表现有E-cadherin基因失活。我们通过检测胃癌及癌旁组织中E-cadherin基因启动子CpG岛甲基化水平,初步探讨胃癌的发病机制。方法:采用特异性甲基化PCR(MSP)法检测51例胃癌组织及37例癌旁组织中的E-cadherin基因启动子CpG岛甲基化水平,采用免疫组织化学染色法检测E-cadherin表达。结果:健康对照组织中未检测到CpG岛甲基化,4例(10.8%)癌旁组织检测到CpG岛甲基化,32例(62.7%)胃癌组织中检测到CpG岛甲基化。低分化腺癌(72.2%,26/36)CpG岛甲基化显著高于高分化腺癌(33.3%,6/15)(P<0.01),T1/T2期(55.6%,10/18)与T3/T4期胃癌(66.7%,22/33)的CpG岛甲基化率无显著性差异(P>0.05)。32例CpG岛甲基化胃癌中27例(84.5%)E-cadherin表达下调,19例非甲基化胃癌中5例(26.3%)E-cadherin表达下调。未发现E-cadherin基因CpG岛甲基化与幽门螺杆菌感染有关。结论:胃癌、尤其是低分化腺癌广泛存在E-cadherin基因启动子CpG岛甲基化,启动子CpG岛甲基化可能参与胃癌的早期过程,E-cadherin基因CpG岛甲基化与幽门螺杆菌感染无相关关系。     

胃癌细胞系和胃癌组织中EphA7基因的高甲基化及其临床意义

背景与目的：启动子区CpG岛高甲基化是导致基因转录水平下调的重要表观遗传学机制,我们前期的研究发现EphA7基因在部分胃癌中表达下调.本研究探讨EphA7基因下调的机制及其临床意义.方法：检测6株胃癌细胞及62例胃癌标本中EphA7基因甲基化状态.采用同位素掺入方法对胃癌细胞系的EphA7基因表达进行半定量RT-PCR测定;利用亚硫酸氢钠处理DNA后,进行DNA测序和甲基化特异性PCR检测.结果：对胃癌细胞系亚硫酸氢钠修饰后DNA测序发现,在EphA7基因启动子区内CpG岛存在超甲基化现象,利用甲基化特异性PCR检测胃癌标本证实,在部分胃癌组织中存在高甲基化.高甲基化与胃癌细胞的分化程度有关（P=0.03）.结论：高甲基化是导致该基因下调的机制之一.EphA7基因在胃癌的发生过程中可能发挥一定作用.     

维吾尔族妇女宫颈癌与TFPI-2基因启动区甲基化关系研究

  目的   研究组织因子抑制物2(TFPI-2)基因在维吾尔族妇女宫颈病变组织中的甲基化水平, 探讨其甲基化水平变化与宫颈病变的关系。   方法   收集维吾尔族妇女慢性宫颈炎、宫颈内瘤变(CIN、cervical intraepithelial neoplasia)Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ和宫颈鳞癌(cervical squamous cell carcinoma, CSCC)患者的新鲜组织标本, 提取高质量基因组DNA和RNA, 设计TFPI-2基因启动子区CpG岛片段特异性PCR引物及RT-PCR引物, 应用Sequenom MassARRAY甲基化DNA定量分析平台和半定量RT-PCR技术, 对维吾尔族妇女宫颈组织DNA进行甲基化水平定量分析。   结果   分析Sequenom MassArray质谱数据, TFPI-2基因启动子区CpG岛片段(目的片段)甲基化水平定量差异显著(P < 0.05)。分别对TFPI-2的单点CpG位点甲基化水平差异进行分析, 可见TFPI-2基因的目的片段的CpG-1、CpG-6、CpG-7、CpG-8、CpG-9和CpG-11等六个CpG位点甲基化率在肿瘤与正常对照之间均有统计学差异(P < 0.05)并且两个CpG位点相关性很密切(r < 0.5、P < 0.01);半定量RT-PCR鉴定结果表明, TFPI-2 mRNA表达水平在宫颈炎组增高, 在CINⅠ/Ⅱ/Ⅲ组降低, 而在宫颈鳞癌组最低, 宫颈炎组与宫颈癌组比较, 差异均有统计学意义(P < 0.01), 说明该基因转录表达水平下调伴随着宫颈病变进程。   结论   维吾尔族宫颈癌细胞内的TFPI-2基因启动子区CpG岛高甲基化与该基因表达水平变化密切关联。在维吾尔族妇女宫颈病变进程中TFPI-2基因启动子高甲基化是其基因的转录水平(mRNA)下调的重要原因, 可能是宫颈癌的早期预警指标, 为该基因甲基化相关的表观遗传学研究提供了依据。      

DNA修复酶基因MGMT启动子区异常甲基化与食管癌的关系

背景与目的： 分析食管癌组织中MGMT启动子区CpG岛甲基化状态和食管癌发病风险的关系,探讨MGMT基因启动子的异常甲基化在食管癌筛查及早期诊断中的意义。 材料与方法： 对江苏淮安的91例新发食管癌病例的癌组织、癌旁组织及外周血血浆样本提取DNA,应用甲基化特异性PCR(MSP)分析MGMT启动子区CpG岛的甲基化状态;对食管癌组织和癌旁组织提取总RNA,采用SYBR GREEN I 实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)测定MGMT的mRNA水平。 结果： MGMT启动子区CpG岛异常甲基化与食管癌发病风险增高有关联 (OR=7.750, 95％CI=2.736～21.955);MGMT启动子区CpG岛甲基化状态与MGMT mRNA水平无显著相关;血浆循环DNA中MGMT启动子区CpG岛甲基化与癌组织中MGMT启动子区CpG岛甲基化相关(P<0.01),血浆循环DNA中MGMT启动子区CpG岛甲基化检出率与癌组织中MGMT启动子区CpG岛甲基化检出率中度相关(Kappa=0.603, P<0.01)。 结论： MGMT基因的启动子区CpG岛的异常甲基化与食管癌发病风险增加有关;检测血浆循环DNA中MGMT基因启动子的异常甲基化,可为食管癌的筛查、早期诊断提供有价值的信息。     

微小RNA与DNA甲基化相互调控在胃癌中的作用

表观遗传修饰在胃癌发生发展及预后中起重要作用.微小RNA( miRNA)和DNA甲基化是表观遗传学的两个重要调控机制.miRNA抑制靶基因信使RNA的翻译,参与基因转录后水平调控.基因启动子区CpG岛的异常甲基化与肿瘤的发生关系密切,可导致癌基因、抑癌基因或其他肿瘤相关基因的表达异常.胃癌中存在miRNA和DNA甲基化...     

长链非编码RNA ZNF667-AS1在食管鳞状细胞癌组织中的表达及其DNA甲基化状态的研究

 目的 检测长链非编码RNA ZNF667-AS1在食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma, ESCC）中的表达及甲基化状态。方法 应用qPCR和MSP法检测DNA甲基化转移酶抑制剂5-Aza-dC处理前后食管癌细胞系（Kyse170、Eca109、TE1和TE13）、ESCC及相应癌旁正常组织中ZNF667-AS1基因的表达,及其CpG岛三个区域的甲基化状态。结果 在5-Aza-dC处理后的四株细胞系中,ZNF667-AS1基因的表达均增高,且其CpG岛三个区域甲基化程度均降低。ZNF667-AS1基因在ESCC组织中的表达显著低于相应癌旁正常组织,且该基因CpG岛远端启动子区及第一外显子区甲基化率在ESCC与相应癌旁正常组织中的差异均具有统计学意义（均P<0.05）。ESCC组织中CpG岛近端启动子区甲基化率显著高于相应癌旁正常组织,并与组织分化程度、TNM分期密切相关,ZNF667-AS1基因CpG岛近端启动子区发生甲基化的ESCC组织中,低表达例数高于高表达例数,差异具有统计学意义。结论 ZNF667-AS1基因在食管癌细胞系和ESCC组织中的低表达与ESCC的发生发展密切相关,且其近端启动子区的高甲基化状态可能是导 致其表达沉默的机制之一。     

胃癌及癌前病变差异表达基因的初步研究

目的:寻找胃癌、癌前病变中差异表达的基因,以确定胃癌发生前胃粘膜的分子变化方法:应用荧光mRNA差异显示技术分析胃癌(3例)、癌前病变(3例)和正常胃粘膜(3例),鉴别并分离差异表达的基因片段,进行PCR再扩增将扩增的cDNA片段克隆后测序,测序结果提交GenBank,经BLASTN软件检索以进行同源性分析.差异条带经Northern印迹验证.结果:发现2个差异表达的cDNA片段,1个在正常组织和癌前病变中高表达的cDNA片段在GenBank数据库中未找到同源序列,获得GenBank登陆号CB833297,并由UNIGENE基因库收录,为新基因片段.另1个在正常胃粘膜组织中高表达的cDNA片段,在GenBank数据库中与RP11-315A19克隆高度同源,但其功能目前尚不清楚.结论:本研究发现的2个在胃癌、癌前病变及正常胃粘膜组织中差异表达的基因,它们可能参与了胃癌的发病过程.     

胃癌中PCDH8基因启动子甲基化状态及其临床意义

目的:本研究旨在明确胃癌中PCDH8表达水平以及PCDH8基因启动子甲基化情况,分析PCDH8的甲基化差异表达与胃癌临床病理因素的关系。方法:我们通过RT-PCR、Western blot方法检测了65例胃癌组织标本和30例正常胃黏膜标本中PCDH8 mRNA及蛋白的表达,然后分析了其在不同组织中的表达差异。并运用甲基化特异性PCR(MSP)技术检测PCDH8基因启动子区在不同组织中的甲基化情况,并分析其基因启动子区甲基化情况与胃癌临床病理因素的关系。结果:PCDH8 mRNA、蛋白在正常胃组织中为阳性表达,而在胃癌组织中则表达缺失或下调,其差异有统计学意义(P<0.05)。PCDH8甲基化情况在胃癌组织(55.38％,36/65)与正常组织(0％,0/65)、癌旁组织(41.54％,27/65)与正常组织间存在显著差异（P< 0.05)。65例胃癌患者中,其甲基化情况与胃癌患者性别、年龄、肿瘤大小、远处转移及TNM分期均无关(P>0.05)。多因素回归分析结果表明,淋巴结转移为PCDH8基因启动子区甲基化的独立因素(P=0.026,95%CI 1.12~86.84)。结论:PCDH8甲基化及表达情况与胃癌患者肿瘤分化程度及淋巴结转移有关。PCDH8在调节胃癌的发生和转移过程中具有重要作用,它有可能作为胃癌的抑癌基因而发挥作用,并作为标记物对胃癌的诊断、预后判定及治疗提供研究方向。     

人胎盘型谷胱甘肽S转移酶在胃癌组织中的表达与基因甲基化关系的研究

目的：研究胃癌组织中ＧＳＴ－π的表达与其基因甲基化状态的关系。方法：应用Ｓ－Ｐ法检测１１６例胃癌和５３例胃癌前病变的ＧＳＴ－π表达和限制性内切酶及ＰＣＲ、Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹方法检测１４例胃癌及其相应正常胃粘膜ＧＳＴ－πＤＮＡ５′端调控区ＣＣＧＧ特定位点的甲基化水平。结果：ＧＳＴ－π阳性率,正常胃粘膜１０％（４／３９）,胃癌７７％（８９／１１６）,肠上皮化生７６％（１９／２５）,不典型增生８９％（２５／２８）。ＧＳＴ－π在胃癌及癌前病变中的表达较正常胃粘膜增高（Ｐ＜００１）。胃癌组织中ＧＳＴ－π基因较正常胃粘膜呈现高度去甲基化（Ｐ＜００１）,胃癌ＧＳＴ－π基因５′端调控区低甲基化与其ＧＳＴ－π表达增加呈相关性（Ｐ＜００５）。结论：ＧＳＴ－π在胃癌及癌前病变中的表达与胃癌的发生发展密切相关,ＧＳＴ－π可作为胃癌的肿瘤相关抗原;ＧＳＴ－π基因５′端调控区低甲基化可能是ＧＳＴ－π高表达的分子机理。     

应用荧光差异显示法对胃癌及癌前病变相关基因的研究

背景与目的：一般认为胃癌是由癌前病变(慢性萎缩性胃炎、肠化生和不典型增生)逐步发展形成的。mRNA差异显示法是筛选肿瘤发生、发展中差异表达基因的有用方法。在胃癌、癌前病变中寻找差异表达的基因将有助于确定胃癌发生前的胃粘膜组织的分子变化。方法：应用荧光mRNA差异显示技术分析胃癌(2例)、癌前病变(2例)和正常胃粘膜(2例)组织,鉴别并分离差异表达的基因片段,进行PCR再扩增。将扩增cDNA片段克隆后进行测序,测序结果提交GenBank,经BLAST软件检索以进行同源性分析。RT-PCR检测血影蛋白基因在胃癌(7例)、癌前病变(7例)和正常胃粘膜(7例)的表达。结果：发现4个差异表达的cDNA片段,其中3个cDNA片段在胃癌中高表达,1个cDNA片段在正常组织和癌前病变组织中高表达。1个在胃癌组织中高表达的cDNA片段与血影蛋白基因(SPTANl)同源,RT-PCR检测也发现血影蛋白基因在胃癌组织中高表达。另外3个与GenBank中已知的基因序列同源,但其功能目前尚不清楚。结论：所发现的4个差异表达的基因有3个在胃癌组织中高表达,其中SPTAN1基因在胃癌组织的表达比正常胃粘膜及胃异型增生组织表达明显高。     

Aberrant DNA methylation occurs in colon neoplasms arising in the azoxymethane colon cancer model

Mouse models of intestinal tumors have advanced our understanding of the role of gene mutations in colorectal malignancy. However, the utility of these systems for studying the role of epigenetic alterations in intestinal neoplasms remains to be defined. Consequently, we assessed the role of aberrant DNA methylation in the azoxymethane (AOM) rodent model of colon cancer. AOM induced tumors display global DNA hypomethylation, which is similar to human colorectal cancer. We next assessed the methylation status of a panel of candidate genes previously shown to be aberrantly methylated in human cancer or in mouse models of malignant neoplasms. This analysis revealed different patterns of DNA methylation that were gene specific. Zik1 and Gja9 demonstrated cancer‐specific aberrant DNA methylation, whereas, Cdkn2a/p16, Igfbp3, Mgmt, Id4, and Cxcr4 were methylated in both the AOM tumors and normal colon mucosa. No aberrant methylation of Dapk1 or Mlt1 was detected in the neoplasms, but normal colon mucosa samples displayed methylation of these genes. Finally, p19^Arf, Tslc1, Hltf, and Mlh1 were unmethylated in both the AOM tumors and normal colon mucosa. Thus, aberrant DNA methylation does occur in AOM tumors, although the frequency of aberrantly methylated genes appears to be less common than in human colorectal cancer. Additional studies are necessary to further characterize the patterns of aberrantly methylated genes in AOM tumors. © 2009 Wiley‐Liss, Inc.     

The novel colorectal cancer biomarkers CDO1, ZSCAN18 and ZNF331 are frequently methylated across gastrointestinal cancers

We have previously shown that gastrointestinal cancers display similar epigenetic aberrations. In a recent study, we identified frequently methylated genes for cholangiocarcinoma (CDO1, DCLK1, SFRP1 and ZSCAN18), where one of these genes, DCLK1, was also confirmed to be highly methylated in colorectal cancer. The aim of the present study was to determine whether these four genes, in addition to one gene found to be methylated in colon cancer cell lines (ZNF331), are commonly methylated across gastrointestinal malignancies, as well as explore their role as potential biomarkers. Quantitative methylation specific PCR (qMSP) of colorectal cancer (n = 164) and normal colorectal mucosa (n = 106) samples showed that all genes were frequently methylated in colorectal cancer (71–92%) with little or no methylation in normal mucosa (0–3%). Methylation of minimum two of these five genes identified 95% of the tumors with a specificity of 98%, and an area under the receiver operating characteristics curve (AUC) of 0.98. For gastric (n = 25) and pancreatic (n = 20) cancer, the same panel detected 92% and 90% of the tumors, respectively. Seventy‐four cancer cell lines were further analyzed by qMSP and real time RT‐PCR. In addition to the previously reported DCLK1, a high negative correlation between promoter DNA methylation and gene expression was observed for CDO1, ZNF331 and ZSCAN18. In conclusion, the high methylation frequency of these genes in colorectal‐ as well as in gastric‐, pancreatic‐ and bile duct cancer confirmed an epigenetic similarity between gastrointestinal cancer types, and simultaneously demonstrated their potential as biomarkers, particularly for colorectal cancer detection.