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相似文献
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1.
陈思维  高天舒 《毒理学杂志》2023,(6):462-466+472
目的 利用网络药理学与分子对接技术研究富碘中药海藻治疗甲状腺乳头状癌的作用机制。方法 通过TCMSP平台及查阅文献筛选海藻的活性成分及药物靶点,用Genecards、OMIM和DrugBank数据库收集甲状腺乳头状癌的疾病靶点,取药物靶点和疾病靶点的交集作为潜在靶点,并在STRING数据库中获得靶点蛋白质互作网络,导入Cytoscape软件获得关键靶点和有效成分,在Metascape数据库中进行关键靶点的GO功能和KEGG通路富集分析,最后用Autodock vina软件进行海藻有效成分和关键靶点的分子对接验证。结果 共筛选得到富碘中药海藻治甲状腺乳头状癌8种有效成分和14个关键靶点,通过分子对接验证了海藻主要有效成分槲皮素和TNF、TP53、IL-6和VEGFA等关键靶点间的分子结合力很强。富集分析结果表明海藻有效成分和关键靶点通过参与调节PPAR信号通路、NF-κB信号通路、IL-17信号通路、前列腺癌、HIF-1信号通路等而发挥治疗甲状腺乳头状癌的作用。结论 富碘中药海藻治疗甲状腺乳头状癌的作用机制可能是海藻中所含有效成分通过调节多个甲状腺乳头状癌相关靶点,进而介导多条信号通路,...  相似文献   

2.
王猛 《中国药师》2020,(11):2162-2167
摘要:目的:基于网络药理学方法探讨黄连改善糖尿病血管内皮损伤的潜在活性成分及作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台筛选黄连有效成分及对应的作用靶点;使用OMIM数据库中的Genemap检索与血管内皮细胞损伤有关的靶点;将药物和疾病的靶点合并进行交集,分别通过Cytoscape软件和String数据库绘制药物有效成分-靶点网络和蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过R语言中的Bioconductor对筛选出的基因靶点进行GO和KEGG通路分析。结果:共筛选出黄连有效成分14个,获得有效成分与血管内皮损伤的交集靶点133个,主要包括JUN、MAPK1、IL-6、CXCL-8、ESR1、IL-10、RB1、FOS、IL1B、STAT1等,其中JUN,MAPK1为PPI网络中的核心蛋白。根据GO及KEGG通路分析,黄连有效成分作用靶点多分布于细胞膜和细胞核中,主要通过调节Hepatitis B、Fluid shear stress and atherosclerosis等相关通路靶向于JUN、MAPK1等靶标蛋白起到改善血管内皮损伤的作用。结论:通过网络药理学预测了黄连改善血管内皮细胞损伤的作用靶点及机制,为进一步研究其药效物质基础提供参考依据。  相似文献   

3.
目的 用网络药理学的方法探讨高良姜治疗糖尿病肢端疼痛的分子作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选高良姜的有效成分,用药物银行数据库、基因卡片数据库预测和筛选高良姜有效成分和糖尿病肢端疼痛相关靶点,用String数据库绘制靶点相互作用网络,借助生物学信息注释数据库对靶点进行基因本体和基于京都基因与基因组百...  相似文献   

4.
目的:通过网络药理学研究四季青有效成分作用机制。方法:通过TCMSP筛选四季青有效成分及作用靶点,将靶点转化为基因名。用String数据库和Cytoscape3.5.1软件筛选四季青有效成分对应的关键靶点。在DAVID数据库中,对四季青的关键靶点进行GO生物富集分析和KEGG通路分析,并构建四季青有效成分-关键靶点-通路网络图。结果:筛选出四季青有效成分6个。通过Degree值排名前20靶点,在GO生物富集分析中,涉及28个生物学过程,5个细胞组分,6个分子功能;KEGG通路分析中,涉及23条通路,主要涉及相关信号通路,细菌病毒感染通路,细胞凋亡通路等。结论:通过网络药理学对四季青有效成分、关键靶点及通路等进行研究,从而探其发挥作用的物质基础及机制。  相似文献   

5.
目的 基于网络药理学研究鳖甲煎丸治疗肝癌的作用机制。方法 运用TCMSP、TCMID数据库预测鳖甲煎丸有效成分及其靶点,利用GEO数据库检索肝癌差异基因,并进行匹配。将共同靶点导入Cytoscape构建药物~成分~疾病~靶点网络并进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果 研究共筛选出鳖甲煎丸84个有效成分,作用于44个差异基因,其抗肝癌作用可能涉及NF~κB信号通路、TNF信号通路、IL17等信号通路。结论 鳖甲煎丸是通过“多药物、多成分、多靶点,多途径”协同发挥抗肝癌作用的。  相似文献   

6.
目的 基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法 利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出八珍汤有效成分2 336个,潜在靶点211个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、柚皮素、山柰酚与关键靶点ATK1、CASP3具有良好亲和力。结论 初步明确八珍汤治疗乳腺癌的作用机制是通过山柰酚、槲皮素、柚皮素等活性成分作用于AKT1、CASP3等关键靶点。  相似文献   

7.
目的:通过网络药理学探讨中药昆明山海棠治疗膜性肾病的潜在靶点及作用机制。方法:通过BATMAN-TCM筛选昆明山海棠的有效成分和靶点,通过GeneCards、人类孟德尔遗传综合数据库、治疗靶点数据库、DrugBank和GAD等数据库查找膜性肾病的相关靶点。利用Cytoscape软件分析昆明山海棠治疗膜性肾病的作用靶点与有效成分之间的关系网络,通过DAVID数据库分析昆明山海棠治疗膜性肾病的有效靶点的生物学功能和作用机制。结果:根据口服利用度和药物相似性原则筛选出昆明山海棠有效成分15个,筛选出的有效成分作用靶点78个,有关膜性肾病靶点3 191个。通过基因本体功能富集分析,得到昆明山海棠干预膜性肾病的作用靶点的生物学功能,如类固醇结合性、核受体活性和直接配体调控特异性DNA序列结合性等。通过京都基因与基因组百科全书通路富集分析,筛选出昆明山海棠治疗膜性肾病的信号通路,如雷帕霉素靶蛋白信号通路等。结论:昆明山海棠治疗膜性肾病主要涉及类固醇结合性等多重生物学特性,干预雷帕霉素靶蛋白信号通路等多条信号通路。  相似文献   

8.
目的通过网络药理学预测四君子汤治疗胃炎的主要活性成分和作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法通过中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库收集四君子汤及其中4味中药党参、白术、茯苓、甘草的化学成分,经口服吸收率(OB)、类药性(DL)、半衰期(HL)3个条件筛选得到药物的有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库进行有效成分靶点预测;同时从TTD、Drugbank和DisGeNET数据库对胃炎的靶点进行检索及筛选;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.2.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,使用String数据库绘制靶点蛋白-靶点蛋白相互作用网络;对靶点蛋白利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析,构建核心有效成分-核心靶点-代谢通路网络图。结果从四君子汤中筛选出68个化学成分,涉及治疗胃炎的10个靶点;GO分析结果表明其涉及单孢素代谢过程、杂环代谢过程、药物代谢过程、药物分解过程、类固醇代谢过程等9个生物过程,涉及氧结合、单加氧酶活性、氧化还原酶活性等10个分子功能,包括细胞器膜、内质网膜等6个细胞组成;KEGG分析结果表明其可能通过药物代谢-细胞色素P450、亚油酸代谢、细胞色素P 450对外源性物质代谢的影响、神经活性配体与受体的相互作用、化学致癌、类固醇激素生物合成、视黄醇代谢7个信号通路治疗胃炎。结论四君子汤通过多靶点、多通路治疗胃炎,为今后分子机制的研究奠定一定的基础。  相似文献   

9.
目的 基于网络药理学探讨麻黄治疗心力衰竭的作用靶点及通路。方法 在TCMSP数据库中筛选麻黄有效成分及作用靶点,通过Uniprot数据库对靶点进行标准化处理。通过GeneCards、OMIM、TTD、Drugbank数据库筛选心力衰竭疾病相关靶点,将药物的作用靶点与疾病靶点进行交集,获得药物-疾病共同靶点,利用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析(PPI),并通过Cytoscape3.8.0软件进行拓扑学分析。最后运用Metascape数据平台、David数据库对共同靶点进行GO及KEGG富集分析得出有关信号通路及生物进程。结果 筛选得到麻黄有效成分23个,用来治疗心力衰竭潜在有效成分为木犀草素、槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、豆甾醇、(+)-儿茶素、草质素、柚皮素、飞燕草素、芫花素和乳白蛋白,槲皮素和山柰酚为重要化学成分。麻黄有效成分与心力衰竭共同核心靶点116个,通过PPI拓扑筛选及网络拓扑学分析显示TNF、MAPK1、TP53、IL-6、MAPK3、RELA等16个靶点为主要作用靶点,AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK、PI3K-Akt、TNF、IL-17、HIF-1以及细胞凋亡通路等为主要信号通路。结论 麻黄治疗心力衰竭是通过多靶点、多通路的作用,主要体现在调节免疫及炎症因子、抗氧化应激、调控细胞凋亡。  相似文献   

10.
中药有效成分的作用机制和物质基础研究是中药安全、有效和质量控制的重要基础,已成为中药现代研究的核心环节,同时其具有化学成分复杂、作用靶点多向、作用途径和通路众多等特点,中药有效成分的作用机制多样性和物质基础不明确已成为中医药现代化和国际化发展进程中的瓶颈和亟待解决的难题之一。中药有效成分物质基础复杂主要体现在:(1)中药本身含有的化学物质种类多;(2)炮制和加工过程中,中药成分之间相互反应产生新的化合物;(3)经人体代谢产生的有药理活性的新化合物;(4)经人体内微生物代谢产生的新化合物。中药有效成分作用机制多样性主要体现在:(1)多种成分作用于一个相同的靶标,产生协同作用;(2)调节人体内酶的活性,影响物质转运,降低血浆清除速率,延长作用时间,提高生物利用度;(3)克服药物抵抗作用,尤其是针对微生物感染和抗肿瘤治疗过程中产生的药物抵抗和多种药物耐受的现象。目前,中药有效成分的作用机制和物质基础研究方法主要包括3方面:(1)基于体内药理活性追踪,寻求有效部位(群)、最佳配伍,以及分析经过体内代谢成分与入血成分,明确中药药效物质基础和作用机制。包括有效部位(群)研究、配伍与拆方分析、血清药理学与血清药物化学研究、蛋白质组学、代谢组学、基因组学等手段;(2)基于体外筛选与体外模型借助新技术、谱图分析、仿生技术等,明确中药药效物质基础和作用机制。包括:谱-效关系研究、多靶点高通量筛选、生物色谱、亲和超滤、模拟仿生技术等;(3)利用现代计算机技术辅助的网络药理学筛选活性成分,寻求成分-靶点-基因的网络结构,预测中药药效物质基础和作用机制。包括生物信息数据库技术、计算机辅助药物设计、中医药传承辅助系统、现代分子生物技术、复杂系统熵聚类技术、靶点垂钓预测、结合基因表达谱芯片技术以及结合分子对接技术等。中药有效成分的作用机制和物质基础研究,既需要体现中医临床与理论的特点,又要对疗效、机制进行明确的科学验证与阐释,阐明中药作用机制和配伍规律,指导中药新药研发,更好地传承和发展中医药基础理论。  相似文献   

11.
目的:通过网络药理学及分子对接技术对在育心保脉理论指导下甘松作用于室性早搏的有效成分及对应靶点通路的探究,并研究其潜在的分子机制。方法:利用TCMSP及文献筛选甘松有效成分并通过SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点;通过GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库和DisGeNET数据库获取室性早搏(premature ventricular contraction,PVC)有关的作用靶点;取交集得到甘松作用于室性早搏的靶点基因。使用Cytoscape3.9.1软件建立甘松作用于PVC的“药物-成分-靶点-疾病”网络图。使用STRING数据库构建蛋白质互作(PPI)网络,并将获得的数据信息导入至Cytoscape 3.9.1筛选获得关键靶点。使用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果:共筛选出甘松11种有效成分以及304个作用靶点,获得PVC靶点3 982个,两者取交集共得到181个共同靶点,网络分析显示,甘松作用于PVC的主要有效成分为金合欢素、柚皮素、隐丹参酮、α-香附...  相似文献   

12.
《中国药房》2019,(22):3090-3095
目的:探讨牛膝治疗骨质疏松(OP)的潜在有效成分及作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)筛选牛膝的有效成分,并收集其对应的作用靶点;使用疾病基因综合数据库(DisGeNET)检索与OP相关的靶点;使用TBtools 1.0绘图软件绘制韦恩图,筛选牛膝有效成分与疾病OP的交集靶点;采用Cytoscape 3.6.1软件和STRING数据库进行"药物-成分-疾病-靶点"网络和蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析,通过DAVID生物信息学资源数据库进行KEGG通路富集分析。结果:共筛选出牛膝有效成分19个,有效成分与疾病OP的交集靶点有32个。"药物-成分-疾病-靶点"网络中,含节点45个[牛膝、OP节点各1个,有效成分11个(19个有效成分中有8个无对应的OP靶点),交集靶点32个]、边119条,其中槲皮素、山柰酚、汉黄岑素、黄芩苷、大黄藤素等为该网络中较为重要的有效成分。PPI网络中,含节点31个(32个交集靶点中有1个与其余蛋白不关联)、边212条,其中白细胞介素6(IL6)、雌激素受体1、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、IL8、MAPK14等为该网络中的核心靶点。KEGG富集通路共67条,涉及类风湿性关节炎、乙型肝炎、Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、Janus激酶/信号传导及转录激活因子信号通路、核因子κB信号通路等。结论:牛膝中治疗OP的潜在有效成分主要包括槲皮素、山柰酚、汉黄岑素、黄芩苷等,其作用机制可能与参与细胞分化和凋亡、代谢、炎症反应等途径有关,具有多成分、多靶点、多系统的特点。  相似文献   

13.
目的 采用网络药理学及分子对接研究黄芪-党参有效成分治疗胃癌的分子生物学机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台检索并收集黄芪与党参的活性成分及其对应靶点。通过人类孟德尔遗传数据库和人类基因组注释数据库收集与胃癌相关靶点,并与药物成分所对应的靶点相比较,筛选出相同部分,即获得黄芪-党参与胃癌重合的潜在靶点。采用可视化Cytoscape3.9.0软件建立对药物与疾病靶点相映射得到黄芪-党参治疗胃癌的作用靶点,运用STRING软件构建“化合物-靶点”作用网络与蛋白质相互作用网络,筛选发挥治疗作用的关键成分与关键靶点,对关键靶点进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析获知其潜在的作用机制。结果 共筛选出黄芪-党参63个候选活性成分,主要发挥抗胃癌的活性成分有木犀草素、槲皮素、山柰酚、异鼠李素等6个,主要作用靶点有CCND1、MYC、TP53、FOS、MCL1、CDK4、RUNX2等13个。主要集中于有丝分裂细胞周期的调控、DNA转录的激活、多种肽酶活性等生物学过程,以及磷酸肌醇-3激酶/蛋白激酶B信号通路、P53信号通路等生物学通路。分子对接结果表明药物有效成分与对应靶点均具有较...  相似文献   

14.
张科  宋崟  李波  谷冬梅  李正翔  袁恒杰 《安徽医药》2022,26(8):1672-1675
目的探究北豆根治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis,UC)的作用机制。方法首先以“北豆根”为关键词,检索TC?MSP 数据库,获取药材的已知化学成分和靶点,再以口服生物利用度和药物相似性为条件筛选得到有效成分。然后在Gene?Cards 数据库检索UC靶点,取成分靶点与疾病靶点交集基因。将药物、成分和交集基因数据导入Cytoscape 3.2.1软件中绘制“药物-有效成分-靶点”网络,并进行分析。应用STRING数据库绘制靶点蛋白互作网络(PPI),度值高的靶点蛋白作为北豆根治疗UC的关键靶点。应用DAVID数据库进行基因功能注释分析和功能富集分析。结果筛选获得北豆根10个有效成分,78个对应靶点,UC相关基因3 982个;“药物-有效成分-靶点”网络中与UC相关的靶点44个。PPI 核心网络包含43个蛋白,分析结果显示:北豆根治疗UC可能与IL6、TNF、MYC、CASP3、MAPK14、PTGS2、NOS3、ESR1、RELA、MMP2等有关。基因功能注释分析和功能富集分析结果显示:北豆根治疗UC是通过参与细胞增殖与凋亡调控、信号传导、转录调控及药物反应等生物过程,调控TNF、PI3K-Akt 、T细胞受体等信号通路等发挥作用。结论北豆根中多个成分作用于多个靶点和通路,发挥治疗UC的作用。  相似文献   

15.
应用网络药理学和分子对接研究方法探讨昆明山海棠治疗糖尿病肾病的作用机制。利用TCSMP数据库搜集昆明山海棠的有效成分和靶点,通过GeneCards、GAD、OMIM、TTD等数据库查找糖尿病肾病相关的靶点,采用STRING平台构建PPI网络,应用Cytoscape软件对昆明山海棠治疗糖尿病肾病的作用靶点与有效成分构建可视化“药物-活性成分-靶点-通路-疾病”网络模型,预测昆明山海棠治疗糖尿病肾病的潜在靶标,通过DAVID数据库对关键靶点进行GO及KEGG分析,利用Autodock软件对网络药理学结果进行初步验证。从数据库中筛选出昆明山海棠有效成分15个,相对应的有效靶点123个;筛选出糖尿病肾病相关靶点11 119个。昆明山海棠有效成分作用靶点与糖尿病肾病靶点存在65个共有靶点分子,GO分析结果表明,昆明山海棠主要通过RNA聚合酶Ⅱ转录因子、类固醇激素受体、雄激素受体等生物学功能特性治疗DKD。KEGG富集分析结果显示,昆明山海棠的药理作用与mTOR信号通路、癌症通路、神经活性配体受体相互作用、叶酸一碳库、抗叶酸抗性、化学致癌-受体激活等信号通路等有关。分子对接结果表明,昆明山海棠中关...  相似文献   

16.
目的 基于中药整合药理学平台(TCMIP)探究黄连汤治疗胃炎的作用机制.方法 借助TCMIP,提前预测采用黄连汤治疗胃炎的药物有效成分及相应的作用靶点,同时对黄连汤多成分—多靶点—多通路治疗胃炎的作用机制进行分析.结果 黄连汤治疗胃炎共筛选出175个核心成分,538条关键靶标,通过T细胞受体、雌激素及趋化因子等信号通路...  相似文献   

17.
目的 基于网络药理学探讨白仙风汤剂治疗类风湿性关节炎的活性成分,并预测其可能机制。方法 白仙风汤剂中白芍、甘草、青风藤、威灵仙4味草药在TCMSP数据库中检索,经口服吸收率(OB)、类药性、半衰期条件筛选得到药物有效成分,并进行靶点预测;从OMIM、TTD、PharmGKB和GAD数据库对类风湿性关节炎靶点进行检索;使用Cytoscape 3.2.1软件构建药物成分靶点蛋白相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析得到核心化学成分及核心靶点;对核心靶点基因进行GO通路分析和KEGG生物过程分析。结果 筛选得到白芍有效成分10个,甘草有效成分66个,青风藤有效成分6个,威灵仙有效成分8个,删除共有的有效成分,共有83个有效活性化合物,对这些化合物进行靶点预测,共得到260个药物靶点;对疾病相关靶点进行检索,共得到58个疾病靶点。通过对药物成分-疾病靶点网络节点的拓扑学分析得到槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、甘草素等19个核心化学成分,及丝裂原活化蛋白激酶14、雌激素受体、糖皮质激素受体等9个核心靶点,对这些靶点进行通路富集发现药物治疗疾病涉及血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、调节脂肪细胞中的脂肪分解、催乳素信号通路、雌激素信号通路、TNF信号通路等11条通路。结论 白仙风汤剂主要通过VEGF信号通路、调节脂肪细胞中的脂肪分解、催乳素信号通路等多条途径实现类风湿性关节炎的治疗作用,表现出多成分、多靶点、多通路的特点,与类风湿关节炎治疗机制相一致。  相似文献   

18.
细菌耐药性发生率的升高,激励着人们去寻找更多的筛选抗生素的策略,进而发现了更多的抗生素作用机制.靶向策略、高通量筛选等方法已经被用于检测有潜力的抗生素.细菌的DNA复制、细胞分裂和蛋白合成的中间步骤已经成为了筛选的新靶点,双组分信号传递系统也成为了较为重要的药物新筛选靶点.微生物基因组学的发展,给新抗生素的发现带来了更大的希望,使人们可以发现更多的新作用靶点.  相似文献   

19.
目的:基于网络药理学方法,探讨祛痰合剂的祛痰镇咳作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台、Symmap数据库和BATMAN数据库获取祛痰合剂的成分,以口服生物利用度≥30%、化合物类药性≥0.18为标准筛选出药物中的有效成分,利用PubChem数据库和SwissTargetPrediction数据库筛选活性成分并预测其作用靶点,通过Cytoscape构建疾病-药物-成分-靶点网络;利用STRING数据库对靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,并通过R语言计算核心靶点,最后采用DAVID数据库对药物作用疾病相关靶点进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。结果:通过筛选得到22个主要活性成分、药物-疾病相关靶点298个,提示祛痰合剂可能是通过药物应答、磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路及细胞增殖正向调节作用等生物过程,酶结合、蛋白激酶活性及药物结合等分子功能发挥祛痰镇咳的作用,其机制可能与神经活性配体-受体相互作用、环腺苷酸信号途径和钙信号通路等多个通路的调控作用密切相关。结论:祛痰合剂可以通过多成分、多靶点、多通路的方式发挥其祛痰镇咳的作用机制,本研究为进一...  相似文献   

20.
目的 探讨加减薯蓣丸治疗阿尔茨海默病(AD)的药理作用与分子机制.方法 依据中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP筛选加减薯蓣丸药物有效成分及靶点基因.检索GeneCards数据库、OMIM数据库、Drugbank数据库、TTD数据库获取AD相关靶点基因,并与药物靶点取交集得到加减薯蓣丸干预AD的潜在治疗靶点.运用C...  相似文献   

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