广东人AGTR2突变热区的SNPs位点分析

【目的】研究广东汉族人群中血管紧张素Ⅱ2型受体基因(AGTR2)是否存在特有的SNPs位点。【方法】收集121例祖籍广东的汉族人。取外周静脉血以酚／氯仿法分离白细胞提取基因组DNA，根据AGTR2基因已知的SNPs的位点分布特点设计两对引物，PCR扩增目的片段。对PCR产物进行SSCP分析，银染显色。根据染色结果，随机抽取部分带型不同的PCR产物直接测序，对测序结果通过B1ASTn软件和ClustalW软件在线分析。【结果】发现5个SNPs位点：G300663A，A300672T，A300818T，G301404T。和A301410G，除A301410G与GenBank dbSNP数据库中的位点(rs5194)相同外，其余4个位点为新发现的SNPs位点。【结论】AGTR2是一个高突变的基因，广东人AGTR2的SNPs位点多，与其他人群显著不同。     

布依族和水族人群XRCC1基因单核苷酸多态性研究

目的 分析布依族、水族人群DNA修复基因XRCC1 C26304T、G27466A与G28152A单核苷酸多态性(SNPs)及其等位基因频率与组合分布特征.方法 获取自然人群个体布依族192例、水族197例血白细胞基因组DNA,利用PCR扩增限制性酶切法(PCR-RFLP)检测XRCC1 C26304T、G27466A与G28152A SNPs.结果 XRCC1基因中检测到3个SNPs位点 C26304T、G27466A与G28152A,分别位于第6、9和10外显子中,各基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡;研究发现上述3个SNPs两两组合基因型在两个人群中C26304T和G28152A组合基因型有8种,C26304T和G27466A组合基因型有7种,G28152A和G27466A组合基因型有7种.结论 本研究揭示了布依族、水族人群XRCC1基因3位点的SNPs、基因型及其组合分布特征,为进一步研究该基因SNPs与其生理功能和疾病的关系提供基础资料.     

延边地区朝鲜族及汉族人群PGC-1基因单体型研究

[目的]探讨PGC-1基因6个单核苷酸多态性(SNPs)在延边地区朝鲜族和汉族人群中的分布情况.[方法]以172名延边地区朝鲜族及汉族正常人群为研究对象,6个SNPs位点(Ser 74 Leu,IVS2+52C>A,Asp 475 Asp,Gly 482 Ser,Thr528 Thr,Ler 577 Ser)均来自PGC-1基因的2个模块.采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)给Ser 74 Leu,IVS 2+52C>A2个等位基因位点检测突变样本,对异常片段进行直接测定序列;对Asp475Asp,Gly 482 Ser,Thr 528 Thr,Ler 577 Ser4个等位基因位点行PCR扩增后直接测定序列.[结果]延边地区朝鲜族及汉族人群PGC-1基因Ser 74 Leu,IVS2+52 C>A,Asp 475 Asp,Gly 482 Ser(G>A),Thr 528 Thr(G>A),Ler 577 Ser6个位点等位基因频率及单体型频率分布间差异均无统计学意义.[结论]延边地区朝鲜族及汉族人群PGC-1基因6个SNPs位点等位基因频率及单体型频率分布间无明显差异.     

我国汉族人群Megsin基因C2093T、Uteroglobin基因G38A多态性分布特征的研究

[目的]研究我国汉族人群megsin基因C2093T及uteroglobin基因G38A多态性的分布特征,并与已报道的国外人群数据比较.[方法]提取201例汉族人基因组DNA,PCR分别扩增含megsin基因C2093T、uteroglobin基因G38A片段,采用限制性内切酶技术鉴定基因型,并以直接测序证实酶切结果.[结果]所调查的我国汉族人群megsin基因C2093T多态性分布为CC型85例(42.3%),CT型83例(41.3%),TT型33例(16.4%),与国外人群相比,CC型分布频率显著高于匈牙利人群(χ2=7.917,P=0.005),而TT型分布频率显著低于匈牙利人群(χ2=6.228,P=0.01).C和T等位基因频率分析显示我国汉族人群同样与匈牙利人群存在显著性差异(χ2=11.485,P=0.001).Uteroglobin GG、GA和AA3种基因型及等位基因频率和日本、匈牙利、意大利、朝鲜人群比较,均无显著性差异(P>0.05).[结论]我国汉族正常人群mesgsinC2093T基因多态性不同于匈牙利人群,T等位基因频率显著低于匈牙利人群.这种差异有可能是导致一些疾病在不同种族间发病率和临床表现上存在显著不同的因素之一.我国汉族人群uteroglobin G38A多态性与已报道的国外人群则没有显著差异.     

小型猪胰淀素基因的多态性分析

目的 探讨我国3个特有的小型猪品系,巴马小型猪,五指山小型猪,中国农大小型猪胰淀素(IAP P)基因多态性分布,为我国小型猪在2型糖尿病及代谢性疾病研究中的应用提供基础资料. 方法提取3个品系小型猪血液基因组DNA,针对IAPP基因外显子3～内含子 3的部分序列进行PCR扩增,产物鉴定、测序,统计分析基因多态.结果 在所扩增的片段中共检测出2个SNPs位点,SNPs1:43G→A,位于外显子上,未引起的氨基酸的改变,突变发生在五指山猪(G/A杂合突变为16.7%,A纯合突变为83.3%)和中国农大猪 (G/A杂合突变 60%,A纯合突变为20%两个品系中. SNPs2:214C→T,位于内含子上,发生在五指山猪(T/C杂合突变为16.7%,T纯合突变为83.3%)和中国农大猪(T/C杂合突变为20%,T纯合突变为60%)两个品系中.结论 在IAPP基因外显子3～内含子3的部分扩增序列中发现了2个SNPs位点,在3个品系小型猪中的分布不同.     

用Taqman MGB探针研究中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性

 【目的】了解中国人群肿瘤坏死因子α（the tumour necrosis factor α，TNF-α）基因启动子区多态性。【方法】 随机选取20名深圳地区汉族健康体检者，采用两对引物PCR扩增TNF-α基因启动子区（-1389nt～＋125nt），对PCR产物进行序列分析，寻找单核苷酸多态性位点（single nueleofide polymorphisms，SNPs）。采用Taqman MGB探针建立了-857nt（C／T）位点的实时定量PCR（thereal-time PCR）分型方法，并对中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体共l108份样本进行了基因分型。【结果】在启动子区（-1322nt～＋67at），发现6个SNP位点，即-885（A／G）、-863（C／A）、-646（G／A）、-648（G/A）、-568（G／C）和-857（C/T），其中位点-646nt（G→A）为新发现SNP。-885、-648及-568nt位点碱基虽然与Genbank不同，但测序的20个个体基因分型相同。中国人群-857nt（C／T）位点基因型频率分别为0．79（CC），0．19（CT）和0．02（TT），中国汉族、壮族、布依族，水族及苗族群体间无显著性差异。中国人群-857T等位基因频率为0．116，与文献报道的韩国人群相同，但比日本人群低。【结论】中国人群TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性可能较保守。采用Taqman MGB探针实时定量PCR技术对SNPs进行基因分型简便、快速及准确，易于自动化，为大规模的疾病相关性研究提供了有效的工具。     

飞行员线粒体DNA高变区Ⅰ单核苷酸多态性研究

目的了解飞行员线粒体DNA高变区Ⅰ单核苷酸多态性（SNP）分布特点,探讨耐力相关的基因标记。方法以86例飞行员和80例健康对照人群为研究对象,用PCR产物直接测序的方法检测线粒体高变区ⅠSNPs,并与剑桥序列比对,确定SNPs的位点、类型及频率。结果飞行员和健康对照人群线粒体DNA高变区ⅠSNPs分布频率高于10%的位点分别有11个和8个,高于20%的位点分别有7个和5个,其中飞行员C16257A和C16261T位点频率明显高于健康对照组。结论线粒体DNA高变区ⅠSNPs位点C16257A和C16261T有可能与飞行员飞行耐力相关。     

GSTM1基因编码区SNP位点T1270533G与鼻咽癌的相关性

目的 通过筛查GSTM1基因SNPs位点,研究该基因编码区单核苷酸多态位点T1270533G与鼻咽癌易感性和临床表型的关系.方法 用PCR方法对中国人群27个个体DNA标本进行扩增、纯化及测序,从中获得GSTM1编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区SNP位点,所获数据进行LD分析.选择编码区多态性位点T1270533G(该位点在中国人群罕见等位基因频率为22.2%),用tetra-PrimerARMS-PCR结合测序方法对鼻咽癌患者和对照人群进行相关性分析.结果 通过测序共获取29个SNPs;其中13个SNPs位点之间均呈高度连锁不平衡;编码区多态性位点T1270533G的变异与鼻咽癌临床表型之间无明显关联(RR=0.170,95%CI=0.95-0.306 for homozygote TT).结论 编码区多态位点T1270533G虽然发生了碱基颠换,产生了错义突变,导致了氨基酸的改变,但并没有影响其解毒功能.该位点在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联.     

广东人群药物代谢酶CYP2C9基因374G〉A位点多态性调查

目的调查广东人群CYP2C9基因第3外显子374G〉A位点多态性。方法应用创造酶切位点PCR扩增跨越374G〉A位点的DNA片断,用MluI酶切PCR产物,通过PAGE－银染判断基因型。结果在受检的532例广东人中,未检出A374突变等位基因即CYP2C9。14等位基因,所有个体的基因型均为野生型纯合子G374／G374。结论CYP2C9女14等位基因为广东人群的稀有等位基因。     

河南省汉族人群肿瘤坏死因子α基因启动子区单核苷酸多态性

目的研究河南省汉族人群无关个体217例肿瘤坏死因子α(TNF-α)基因启动子区的-238G/A、-308G/A、-850C/T、-863C/A共4个单核苷酸多态性(SNPs)位点的遗传多态性。方法采用限制性酶切片段长度多态性(RFLP),结合质量分数6%聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染法对SNPs位点进行分型。结果选择的TNF基因上4个SNPs位点等位基因和基因型频率分布在河南省汉族人群均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律,各等位基因频率均大于5%,等位基因最小频率分布在5.8%～14.1%。4个SNPs位点共观察到21种组合基因型,杂合度为0.461。根据SHEsis软件推测出11种单体型,单体型多样性为0.608。结论河南省汉族人群TNF基因4个SNPs位点及其组成的单体型具有较高的多态性,在法医学实践中有一定的应用价值,同时为人类遗传学的研究提供基础资料。     

新疆传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌的分子生物学鉴定

目的：对新疆阿勒泰牧区哈萨克传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌进行分子生物学鉴定。方法采用 DNA 提取、PCR 扩增、16S rDNA 产物测序和数据分析对该菌株进行系统发育分析鉴定。结果16S rD-NA 产物测序结果通过 Eztaxon 数据库比对,保守基因 rpoA、pheS 的扩增产物通过 NCBI 数据库比对,发酵驼乳中乳酸菌菌株的序列和已报道的乳酸菌菌株16S rDNA、rpoA、pheS 的序列分别用 MEGA 5．2软件进行系统发育分析表明：此菌株（10号）的16S rDNA 序列与 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）、Lactobacillus plantarum subsp． Argentoratensis （DKO 22T ）、Lactobacillus paraplantarum （DSM 10667T ）和 Lactobacillus plantarum subsp． Plantarum （ATCC 14917T ）的相似率分别为100％、99．87％、99．8％和99．74％。结论10号乳酸菌菌种经分子生物学鉴定为 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）。     

中国北方汉族人VISA基因相关位点单核苷酸多态性分析

目的〓〖HTK〗分析中国北方汉族正常人群VISA基因相关位点单核苷酸多态性(SNP)的分布特征。〖HTW〗方法〓〖HTK〗用DNA序列测定技术分析100例正常人VISA 基因上下游侧翼序列、外显子及外显子/内含子连接区的核苷酸序列。用核酸序列分析软件与Genbank的VISA基因序列比对，分析SNP的基因型、等位基因分布特点，并与高加索人种比较。〖HTW〗结果〓〖HTK〗发现8个SNP，其中5个为已知的SNP,新发现3个；NCBI数据库中有报道而本研究人群中未出现的SNP位点有6个。中国北方汉族正常人群与高加索人VISA基因多个相关位点基因型及等位基因分布有差异(P＜0.05)。〖HTW〗结论〓〖HTK〗本研究结果对了解中国北方正常人群VISA 基因多态性分布特征有一定的参考价值。     

一性连锁智障家系AGTR2基因新突变位点的检测

目地 探讨AGTR2基因突变与智障的关联关系。方法 通过PCR和直接测序对一性连锁智障家系13个受检个体血管紧张素-Ⅱ2型受体基因（AGTR2）的全长序列进行检测。结果 在AGTR2基因第3外显子3550位点，2个男性患儿均存在C／T碱基替换，该基因第182位编码氨基酸由谷氨酰氨变为终止密码（nt3550C／T．Q182Stop／E3）。正常男性家系成员无此突变，而女性家系成员存在杂合子。结论 nt3550C／T可能为引起该家系学床病变的突变位点，不是多态性位点。在伴性连锁智障疾病中，AGTR2基因的这个单碱基替换突变位点为首次报道。     

抵抗素基因多态性与华东地区2型糖尿病的相关性

目的：研究华东地区汉族人群中抵抗素基因的单核苷酸多态性（SNP）及其与2型糖尿病的相关性。方法：选取华东地区汉族2型糖尿病患者116例及正常对照组96例，采用直接测序法对抵抗素基因作SNP筛查，并作进一步的基因分型。结果：抵抗素基因启动子区发现4个SNP（－638G／A－537A／C，－420C／C，－358G／A），内含子区3个SNP（－167/, 157/，＋299G／A），这些SNP的等位基因频率在2型糖尿病和正常对照组之间无显著性差异（P＞0．05）。结论：抵抗素基因的SNP与华东地区汉族人群中2型糖尿病无显著相关性。     

Cloning of the Gene Encoding Urease Subunit.A in Helicobacter Pylori

Themostefficient ,economicalapproachwithlowriskofadversereactiontothepreventionandcon trolofHelicobacterpylori (H .pylori)infectionistousevaccine .UreaseanditssubunitAisproventobethemainvaccineagainsttheinfectionofH .pylori.Inordertoexpresstheureasesubuni…     

中国彝族人群CCR5基因单核苷酸多态性及其与HIV感染的关联研究

目的对中国彝族人群CCR5基因调节区和结构区的单核苷酸多态性（SNP）进行全面检测,并分析SNP与HIV感染的关联.方法通过巢式-PCR分别扩增102份彝族正常人和68份HIV感染者样本的CCR5基因调节区和结构区,利用变性高压液相色谱法（DHPLC）筛选存在突变的基因片段,对突变片段进行双向DNA序列测定,然后应用Sequence Navigator 软件对CCR5基因的单核苷酸多态性进行分析,并通过SPSS and PPAP 软件分析SNPs与HIV感染的相关性.结果在中国彝族人群CCR5基因的编码区中检测到A77G、G316A、T532C、C921T、G668A五种SNP以及第686-688位的AGA缺失突变（686Del3）,除C921T（Y307Y）为无意义突变外,其他A77G、G316A、T532C、G668A均为有意义突变,它们的氨基酸突变分别为K26R、G106R、C178R、R223Q突变.在这些突变位点中,只有G668A突变的等位基因频率较高,可达0.08, 其余均小于0.01,并且在正常人群和HIV感染者两个群体中的等位基因频率没有显著性差异（P＞0.05）;与编码区所不同的是,在调节区检测到T58934G、G59029A、T59353C、G59402A和C59653T五种SNP,他们的等位基因频率较高,在0.1912-0.2941范围之间. 所检测到的每一个突变在正常人群和HIV感染人群中的分布均差异无统计学意义（P＞0.05）.突变位点间的连锁与HIV感染的相关性,提示T59353C-G59402A单体型与HIV感染可能存在关联.结论 DHPLC是一种快速的高效筛选未知基因突变的高通量方法.SNP与HIV感染的关联性有待于进一步深入研究.     

等位基因特异性PCR检测脂联素基因SNP位点方法的建立

目的:建立等位基因特异性PCR检测脂联素基因与2型糖尿病相关SNP位点的方法.方法:针对脂联素基因G531A,G545C,G11963T,T12194G和T13320C 5个SNP位点设计野生型和突变型特异性引物,第一轮PCR的上游引物或下游引物与等位基因特异性引物进行半巢式PCR.在同一SNP位点如果野生型引物出现扩...     

上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性的研究

目的:研究上海地区汉族人群IL-17B基因单核苷酸多态性及其分布特征,并与国外数据库进行比较。方法:随机选取190例上海地区汉族个体,对IL-17B基因启动子、外显子及临近的内含子区的PCR产物直接测序,检测基因内SNPs。所得结果与美国国立生物技术信息中心(NCBI)的SNP数据库(dbSNP)进行比较。结果:在所有研究对象中共发现6个SNPs,主要位于非编码区;6个均为替换型SNPs,其中1个为三态替换型SNP。有5个SNP在dbSNP数据库中已报导,但有11个数据库已报导的SNPs,在本次研究中未能证实。结论:中国汉族人群IL-17B基因多态性的分布与dbSNP数据库中的资料存在差异,为在汉族人群中研究IL-17B基因相关疾病提供可靠数据。     

冬虫夏草中虫草素相关基因的克隆及生物信息学分析

目的：虫草素是冬虫夏草和蛹虫草的有效成份之一,根据野生型虫草菌的虫草素相关基因片段,利用PCR技术在冬虫夏草中扩增获取相似基因片段。方法：根据已公开专利报道的野生型虫草菌的虫草素相关基因片段,设计引物在冬虫夏草DNA中PCR扩增目的序列,测序并用生物信息学分析相关片段。结果：在冬虫夏草的DNA中利用PCR扩增到一条613 bp虫草素相关基因片段,与NCBI基因数据库比对显示,与蛹虫草的中ATCC34164序列相似性达到96%。利用ORF Finder共查询到6个ORF片段,其中最大的为294 bp;利用ProtScale分析最大ORF序列翻译成的蛋白质,发现该翻译蛋白质为亲水性蛋白;利用TMpred预测到该翻译蛋白质存在2种跨膜模型,推荐相对膜的取向由内到外,N端处在膜外。结论：本研究为冬虫夏草中虫草素相关基因功能的后续研究提供了可靠基础数据。     

毛细管扩张症突变基因启动子区单核苷酸多态性位点rs189037与广东鼻咽癌相关性研究

目的毛细管扩张症突变(ATM)基因变异与多种肿瘤发生相关,但对ATM基因与鼻咽癌易感性研究报道较少。选择ATM基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)位点rs189037,观察其多态性与广东鼻咽癌发生风险的关系。方法应用PCR方法对176名广东鼻咽癌患者和202名对照人群DNA标本rs189037位点进行扩增、纯化及测序,再进行人群相关性分析。结果 rs189037 G>A,其中杂合型G/A基因型频率在鼻咽癌患者及对照人群中分别为50%(88/176),47.5%(96/202);纯合突变型A/A基因型频率在鼻咽癌患者及对照人群中分别为15.3%(27/176),18.3%(37/202),经统计分析,G/A和A/A这两种基因型在两组间分布无显著性差异(OR=1.022,95%CI=0.668-1.564),进一步行年龄分层及性别分层,各两组间仍无明显差异。结论 ATM基因启动子区rs189037位点多态性在鼻咽癌患者和对照人群中基因型频率差别很小,推测其与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联。