中国小肠结肠炎耶尔森菌分布及分子流行病学特征

目的 通过中国1980-2019年不同地区小肠结肠炎耶尔森菌的病原学与PFGE分子型别特征分析,为小肠结肠炎耶尔森菌病的防控提供依据。方法 对中国不同区域,不同来源标本分离到的6 847株小肠结肠炎耶尔森菌,进行血清型别、生化表型、毒力基因分布研究,对致病性菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析。结果 小肠结肠炎耶尔森菌中致病性菌株2 047株、非致病菌4 800株。致病性菌株仅存在两种血清型,O∶3占比88.96%(1 821/2 047)、O∶9占比11.04%(226/2 047)。18个省市自治区的致病株以O∶3血清型为主,宁夏回族自治区以O∶9血清型为主。非致病菌血清型众多,普遍比致病株具有更多的阳性生化反应。1 821株O∶3致病株分为93个PFGE型别,分布于19个省市自治区,其中K6GN11C30021、K6GN11C30012为优势带型(分别占比46.35%、22.5%),75.38%的人源菌株与分离自当地的动物、食品菌株带型一致;226株O∶9致病株共分为14个PFGE型别,分布于8个省市自治区,77.78%人源菌株与分离自当地的动物、食品菌株带型一致。结论 我国小肠结肠炎耶尔森菌分布广泛、宿主众多,致病株仅有两个血清型,非致病株血清型众多、可能比致病株具有更强的生化代谢能力与环境适应力。致病性菌株PFGE优势带型相对集中,地域分布广泛,多数人源菌株与分离自当地的动物、食品菌株带型一致,应警惕通过家畜家禽、食品及外环境等多种来源感染人的风险。     

兰州地区腹泻患儿沙门菌耐药性与分子分型分析

目的 了解兰州地区腹泻患儿沙门菌的血清型分布特征,耐药状况及分子分型特征,为儿童沙门菌感染的防治提供依据。方法 2018-2020年收集兰州地区哨点医院腹泻患儿粪便标本中分离的149株沙门菌菌株进行血清学分型、药物敏感试验和脉冲场电泳分型。结果 腹泻患儿感染沙门菌以夏秋季为主,1~3岁幼儿居多,占59.73%。149株沙门菌分为33个血清型,其中肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为优势血清型,分别占30.87%和28.19%。沙门菌对氨苄西林耐药率最高为79.87%,多重耐药率为78.52%,其中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌多重耐药率分别为80.95%、76.09%。经PFGE分子分型将肠炎沙门菌分为20个带型,包含2株及以上的带型有6种;鼠伤寒沙门菌分为30个带型,ST1带型包含2株菌。结论 兰州市腹泻患儿中沙门菌以非伤寒沙门菌为主,耐药率呈上升趋势,多重耐药严重,肠炎沙门菌PFGE分型同源性较高,鼠伤寒沙门菌带型呈多样性分布。     

2012-2014年医院感染病原菌分布及主要革兰阴性杆菌耐药趋势分析

目的 了解本院近3年临床分离的医院感染病原菌的分布特征及主要革兰阴性杆菌耐药趋势。方法 收集2012年1月至2014年12月本院分离的医院感染病原菌,分析主要革兰阴性杆菌药敏试验结果,采用自动仪器法和纸片扩散法进行药敏试验,以Whonet5.4和SPSSl7.0软件进行统计分析。结果 该院2012-2014年临床分离医院感染病原菌共8 461株,其中革兰阴性菌占51.34%,革兰阳性菌占19.75%,真菌占28.91%,呼吸道标本最常见;肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌对碳青霉烯类抗菌药物的耐药率呈逐年上升趋势;鲍曼不动杆菌对替加环素的耐药率最低,对碳青霉烯类抗菌药物的耐药率较高(>40%);铜绿假单胞菌对常用抗菌药物的耐药率稳定。结论 医院感染主要病原菌耐药形势严峻,应继续加强对细菌耐药性的监测,合理应用抗菌药物,延缓耐药产生,加强医院感染防控,降低传播风险。     

基于全基因组测序的甲型副伤寒沙门菌暴发疫情分离株分子特征研究

目的 分析一起甲型副伤寒暴发疫情菌株的分子分型特征,为病原菌的确定和暴发疫情的防控提供科学依据。方法 利用生化试验、血清学试验对病原菌进行鉴定,并将分离到的病原菌进行微量肉汤稀释法药物敏感性试验、PFGE分子分型分析、全基因组测序,利用全基因组数据与沙门菌MLST标准数据库比对获得序列型别(ST)、cgMLST序列号以及rMLST序列号并进行聚类分析,通过细菌基因组分析平台fIDBA分析病原菌的耐药、毒力相关基因。结果 11株沙门菌血清型均为甲型副伤寒沙门菌,具有100%相似性的PFGE带型,MLST、cgMLST、rMLST的型别均分别为ST129型、cgST-2191型、rST3678型,表明此次暴发疫情菌株从分子特征角度可诊断为同一传染源导致。对萘啶酸100%耐药,对链霉素100%中介。发现本次疫情菌株基因组均携带29种耐药基因。通过毒力因子数据库比对,均携带21类250种已知毒力基因,其中以Ⅲ型分泌系统、粘附、鞭毛等最为常见。结论 本次暴发疫情是由共同来源的、具有相同分子分型特征的甲型副伤寒沙门菌引起。在病原溯源研究中,应用全基因组数据可更精细分析菌株遗传进化特征、亲缘关系及毒力基因、耐药基因携带情况,可以作为替代PFGE、MLST的技术用于更精准的传染病分子流行病学调查分析研究。     

84株沙门菌耐药特征及分子分型结果分析

目的分析广东省第二人民医院2012-2014年临床常见沙门菌耐药特性及分子分型特征。方法对分离的84株沙门菌进行血清分型、药物敏感试验。选取不同菌株来源、血清型和耐药谱的51株沙门菌,按照美国PulseNet标准进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型。应用BioNumerics软件对电泳图谱进行分析,确定菌株间的相关性。结果84株菌分为20种血清型,沙门菌前3位血清型构成比从高到低分别为:鼠伤寒沙门菌占42.86%(36/84)、肠炎沙门菌占15.48%(13/84)、斯坦利沙门菌占8.33%(7/84)。本次分离沙门菌对头孢类抗生素敏感率达84.21%以上,对于环丙沙星与氯霉素的敏感性在66.67%以上,对于甲氧苄啶与庆大霉素的敏感性在50.88%以上,但仍存在多株多重耐药现象。51株沙门菌经过聚类分析可分为 42个PFGE型,表现为较大的遗传多样性。结论临床治疗时,应根据药敏试验结果指导临床,合理使用抗生素,以提高治疗效果。沙门菌耐药谱与 PFGE分型无明显关联。     

攀枝花市首例食源感染菌血症病例中分离的乌撒拉茂沙门菌的生物学特征

目的 研究四川省攀枝花市首次报道自临床食源性感染的菌血症患者血液检出的乌撒拉茂沙门菌的生物表型和流行病特征。方法 通过菌株的生化、血清型、耐药型、基因型和分子型特征,及患者临床病史进行回顾性流行病学调查和分析。结果 本次源于食源暴露的血流感染病例的病原菌鉴定为乌撒拉茂沙门菌,经同行验证和国内沙门菌血清型数据库比对确认为国内首次报道的人源感染性血清型,该菌株与数据库中1株水源乌撒拉茂的耐药、毒力和分子分型特征有明显差异,人源菌株的抗生素耐药性低而毒力强,水源株虽是多重耐药菌(MDR)但毒力弱,分子型聚类提示克隆间相似度较低。结论 在我国不同地区发现的罕见沙门菌乌撒拉茂血清型受生态环境影响形成各自的毒力、耐药、分子克隆特征。     

2006-2017年四川省临床分离猪链球菌2型的病原学特征

目的 了解四川省2006-2017年临床分离猪链球菌2型的病原学特征。方法 对2006-2017年四川省临床分离的28株猪链球菌2型进行毒力基因检测、药物敏感性分析、脉冲场凝胶电泳分析(PFGE)。结果 28株猪链球菌2型分为2种毒力基因型,1株为cps2J+/mrp-/sly+/gapdh+/ef+型别,其余均为cps2J+/mrp+/sly+/gapdh+/ef+型别;药敏检测结果显示,28株猪链球菌对第三代、第四代头孢菌素类、碳青霉烯类、青霉素、左氧氟沙星、利奈唑胺、万古霉素、氯霉素、达托霉素均敏感,对四环素均耐药。28株猪链球菌中,仅2株对克林霉素、阿奇霉素、红霉素耐药,其余均敏感。PFGE分析结果显示,28株猪链球菌呈现6种PFGE图谱,相似性为76%,其中23株是完全相同的图谱,占82.14%;2006-2007年分离的19株菌呈现完全相同的PFGE图谱,2010年后分离的9株呈现出6种PFGE图谱。结论 2006-2017年四川省临床分离猪链球菌2型流行株的毒力基因型主要为高致病性cps2J+/mrp+/sly+/gapdh+/ef+型别,对β-内酰胺类药物敏感,2006、2007年不同市区临床分离的猪链球菌2型为统一来源,2010年后分离的菌株PFGE图谱相似度较低。     

海南1例感染类鼻疽伯克霍尔德菌的溯源调查

目的 对海南1例类鼻疽患者进行感染溯源调查,为类鼻疽防控提供科学依据。方法 采集患者住所周边环境中的泥土、水等样品并进行类鼻疽病原菌分离。通过细菌学试验、16S rDNA测序、特异诊断PCR等方法对疑似菌株进一步鉴定。通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)、多位点可变数串联重复序列分析(MLVA_4)等技术比较并确定环境分离菌株与临床菌株的同源性。结果 采集的58份环境样品中,自患者及邻居家水井水中共分离出3株类鼻疽伯克霍尔德菌(简称类鼻疽伯克菌)。PFGE、MLST、MLVA等分子分型结果证实,1株自患者家井水中分离的类鼻疽伯克菌与患者临床分离株同源。结论 患者及其邻居家水井均被类鼻疽伯克菌污染,水井水很可能是该患者感染类鼻疽病的感染源。     

2011-2013年河南省鼠伤寒沙门菌耐药与分子分型研究

目的 分析2011-2013年河南省鼠伤寒沙门菌临床分离株的耐药状况与脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型带型,为以鼠伤寒沙门菌为代表的食源性疾病暴发预警、调查、溯源及公共卫生意义上的抗生素使用策略提供基线与参考数据。方法 根据国际PulseNet 细菌性传染病分子分型监测网络公布的沙门菌PFGE分型技术与美国临床与实验室标准协会(CLSI)沙门菌K-B法药敏测试方案,对2011-2013年分离自我省5个哨点医院的72株鼠伤寒沙门菌进行13种抗生素的药敏测试与PFGE分子分型分析。结果 72株沙门菌对8类13种抗生素均有不同程度的耐药,有65株为多重耐药菌株(90.3%),其中耐3~5种的为6株(8.3%),耐6~8种的为34株(47.2%),耐9~10种的为10株(13.9%)。72株鼠伤寒沙门菌经Xba Ⅰ酶切与脉冲场凝胶电泳后,获得45种带型,每种带型包含菌株数1~9株不等,相似度区间为65.6%~100%。结论 河南省临床分离的鼠伤寒沙门菌耐药状况普遍比较严重,PFGE带型呈现出多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性与相同的聚集性。     

2014-2019年阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的分子特征分析

目的 比较分析阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的毒力基因、分子型别,建立阜阳市单增李斯特菌分子特征信息数据库,为防控单增李斯特菌病提供科学依据。方法 对阜阳市2014-2019年分离自食品和病人的55株单增李斯特菌,用聚合酶链反应(PCR)检测其毒力基因prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA;用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型及同源性分析;用多位点序列分型(MLST)技术进行分子分型和聚类分析。结果 55株单增李斯特菌全部携带prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA基因;PFGE将其分为21个带型,相似度60.3%~100%;MLST将其分为14个ST型,ST9型为优势型别;3株病人分离菌株的PFGE带型和ST型互不相同,其中2株病人来源菌株分别与食品分离株具有相同PFGE带型和ST型。结论 阜阳市食品和病人中分离的单增李斯特菌均携带6个毒力基因,食品分离菌株的分子型别呈现出多样性,其中存在同型别单增李斯特菌持续性污染现象,病人分离菌株具有与食品来源菌株相同的PFGE带型和ST型,提示食源性感染的风险较高。     

2013-2014年贵阳市感染性腹泻监测病例中沙门菌的病原学监测分析

目的 了解2013-2014年贵阳市腹泻监测病例中沙门菌的血清型别分布及脉冲场凝胶电泳(Pulse-Field Gel Electrophoresis,PFGE)分型特征,为贵阳市沙门菌病的防控提供科学依据。方法 收集2013-2014年贵阳市4家哨点医院感染性腹泻病例的432份粪便标本,对其进行沙门菌的分离培养、生化鉴定、血清分型及PFGE分型。结果 432例感染性腹泻患者的粪便标本共检出沙门菌35株,检出率为8.10%(35/432),男女检出之比为1.5:1,发病年龄主要集中在0~5岁;各季度间沙门菌检出率经Fisher确切概率法比较无统计学差异(P=0.052)。35株沙门菌分成9种血清型,其中优势血清型为肠炎沙门菌11株(占31.43%)和鼠伤寒沙门菌9株(占25.71%),其次克勒肯威尔沙门菌6株(占17.14%),斯坦利沙门菌3株,德尔卑沙门菌2株,阿贡纳沙门菌、婴儿沙门菌和病牛沙门菌血清型各1株,1株未分型。经XbaⅠ酶切后11株肠炎沙门菌分成8种PFGE型,优势型为JEGX01.CN0007;9株鼠伤寒沙门菌分成9种PFGE型,总体型别呈多样性分布。结论 贵阳市引起感染性腹泻的沙门菌以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主,PFGE型别呈多样性。     

2014-2020年宁夏沙门菌分子分型与耐药性研究北大核心CSCD

目的分析2014-2020年宁夏食品及病例来源沙门菌耐药情况、流行优势血清型及PFGE型别。方法对2014-2020年各类食品及临床病例中分离培养的188株沙门菌进行血清分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型和肉汤稀释法药物敏感性实验。结果肠炎沙门菌在食品及病例中均为优势血清型,病例来源分离76株,占49.35%(76/154),食品来源分离18株,占52.94%(18/34),总构成比为50%(94/188)。188株不同来源沙门菌有182株出现不同程度的耐药,176株为多重耐药菌株。其中耐2~4种抗生素101株(55.49%),耐5~8种抗生素52株(28.57%),耐9~12种抗生素23株(6.59%)。将所有分离株经Xbal酶切,脉冲场凝胶电泳后,共获得93条PFGE带型,相似度为42.1%~97.1%,优势带型为NXSM0065型,其次为NXSM0074和NXSM0069,共41株,占所有分离株的21.81%。结论宁夏地区沙门菌流行优势血清型为肠炎沙门菌,病例及食品来源分离株耐药状况普遍较为严重,不同来源,同一血清型PFGE带型同源性较高,且与耐药谱未体现出明显的关联性。     

鸡源肠炎沙门氏菌对抗菌药物的耐药性分析

目的 调查鸡源肠炎沙门氏菌临床分离株耐药特征。方法 从山东省不同来源分离肠炎沙门氏菌,采用微量肉汤稀释法对菌株进行19种抗菌药物敏感性分析;通过PCR方法对菌株携带的耐药基因进行检测;采用脉冲场凝胶电泳对不同场所分离的菌株进行PFGE分型。结果 肠炎沙门氏菌分离率为17.94%(178株),菌株对氨苄西林耐药率达到68.54%、对四环素耐药率达到66.85%、对磺胺甲恶唑和萘啶酸耐药率达到100%。而对庆大霉素、氯霉素、多粘菌素敏感,耐药率在5.62%以下。68.54%的菌株(122株)携带Ⅰ型整合子、bla_TEM和tetA基因。不同场所分离的肠炎沙门氏菌表现4种PFGE谱型。结论 山东省分离的肠炎沙门氏菌对青霉素类、四环素类药物耐药,携带Ⅰ型整合子、bla_TEM 和tetA耐药基因是导致菌株耐药的主要因素。     

脉冲场凝胶电泳用于副溶血性弧菌的分子流行病学研究

目的运用脉冲场凝胶电泳技术和荧光PCR技术对成都市2008-2009年分离的副溶血性弧菌进行分子分型和毒素基因检测,分析感染来源。方法利用PCR检测副溶血性弧菌分离株耐热直接溶血素(tdh)基因和耐热相关溶血素(trh)基因。用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对菌株进行分型,所得结果用BioNumerics V 4.0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果所试38株分离菌tdh基因阳性有31株,2株为trh阳性。以SfiⅠ酶切后PFGE分型,38株菌被分成了24个带型,大多数暴发有各自优势型别,其中有两起暴发优势型别一致;环境分离株菌型分散。结论多起暴发事件分离株之间PFGE型别差异大,成都市副溶血性弧菌暴发的感染来源复杂。     

Molecular epidemiological analysis of Salmonella enterica serotype Derby infections in Hong Kong

OBJECTIVES: We aimed to study the antimicrobial susceptibilities and molecular epidemiology of Salmonella enterica serotype Derby, a unique and common salmonella serotype in Hong Kong. METHODS: Salmonella Derby strains isolated from stools of patients in a large general hospital in Hong Kong from 1989 to 1994 and from food samples isolated in the Public Health Laboratory were randomly selected and investigated for the antimicrobial susceptibilities by determining the minimal inhibitory concentrations of 19 antimicrobial agents and their relatedness using plasmid analysis, ribotyping, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and total DNA fingerprinting. RESULTS: About 50% of the 127 isolates studied were susceptible to all the 19 antibiotics tested, although resistance to tetracycline (49%) and sulfamethoxazole (38%) was high. Only 12% did not harbour any detectable plasmids, while the rest contained plasmids in 51 profiles. There were two predominant clones, one comprising of 35% of isolates that could not be pulsotyped because discrete bands were not discernible after PFGE and another comprising 34% of isolates that could be pulsotyped. The remaining 31% belonged to a variety of types. CONCLUSIONS: Approximately 70% of S. Derby belonging to two clones were endemic in the community, while the remaining isolates belonged to a variety of types which were probably a result of sporadic infection. The sources of human infections were foods, since most isolates from foods also belonged to the two endemic clones. Typing of S. Derby isolates from other sources such as animals or the environment would help elucidate how foods were contaminated. PFGE might not be universally applicable to all salmonella strains.     

Molecular epidemiological investigation of vero toxin-producing Escherichia coli (VTEC) isolated from diarrhea patients and dairy cattle

To elucidate the source and route of VTEC infection, we performed pulse field gel electrophoresis (PFGE) an 50 isolates from human diarrhea typed as serotypes O157, O111, and O26, which were very frequently isolated from patients with VTEC infection between 1986 and 1997, and 32 isolates from dairy cattle, a total of 82 isolates. The isolates were genetically analyzed based on the electrophoresis patterns of DNA, and a phylogenetic tree was prepared. The isolates were classified based on similarity > or = 89. The following results of the molecular epidemiological investigation were obtained. 1) Based on the electrophoresis patterns of DNA obtained by PFGE, 34 of the 49 O157 isolates (69.4%) were divided into groups 1-9, 15 of the 18 O111 isolates (83.3%) were divided into groups 1-3, and 12 of the 15 O26 isolates (80%) were divided into groups 1-3. Of the grouped isolates, group 8 of O157, groups 2 and 3 of O111, and group 3 of O26 included isolates from human diarrhea and dairy cattle, but the other groups included isolates from only one of the two sources. 2) With regard to regional investigation, groups 6 and 9 of O157 included human diarrhea-derived isolates from Yokohama and Ehime, and group 8 included a human diarrhea-derived isolate from Yokohama and a dairy cattle-derived isolate from Tokushima. Group 3 of O111 included a human diarrhea-derived isolate from Ehime and a dairy cattle-derived isolate from Hokkaido. Group 3 of O26 included human diarrhea-derived isolate from Ehime and dairy cattle-derived isolate from Sagamihara and Hokkaido. Since the above findings showed that although the frequency was low, isolates from human diarrhea and dairy cattle were included in the same groups, it was demonstrated that dairy cattle are closely related to the human infectious disease of the intestinal tract as a source of infection. However, classification using the PFGE method is difficult due to diversity of the electrophoresis pattern of DNA. It is necessary to investigate the classification by a combination of the PFGE method with phage typing, ribotyping, and RAPD-PCR, and to investigate more numbers of patient-derived and animal-derived isolates.