Pol Ⅱ-ChIP-PE-MS方法的建立及其在SNP功能研究中的应用

目的:建立RNA多聚酶Ⅱ-染色质免疫沉淀-引物延伸-飞行时间质谱技术(PolⅡ-ChIP-PE-MS),并利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量,为活体状态下研究疾病关联基因SNP的功能研究提供一种高通量的研究手段.方法:采用PCR-RFLP方法对HepG2细胞印迹基因SNRPN(仅父源等位基因表达)基因组DNA和cDNA进行基因分型,利用PolⅡCTD末端Ser5特异性抗体进行染色质免疫沉淀,针对SNP位点两侧序列设计PCR引物和延伸引物,以外侧引物进行PCR扩增,采用延伸引物进行VLET引物延伸,产物纯化后经MALDI-TOF质谱鉴定.结果:对SNRPN杂合子细胞的SNRPNC1654312TSNP进行PolⅡ-ChIP-PE-MS分析发现,基因组DNA样本和染色质免疫沉淀前样本在C、T等位点都包含相同PolⅡ结合量,但免疫沉淀后标本(被磷酸化RNA多聚酶Ⅱ结合的染色质)就仅在T等位点有结合,与产生mRNA转录的等位点相对应.结论:成功建立起PolⅡ-ChIP-PE-MS方法,利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量是可靠的,可以利用PolⅡ-ChIP-PE-MS策略鉴定疾病关联基因SNP的功能.     

用pfcrt点突变基因检测技术检测恶性疟原虫氯喹抗药性的初步研究

目的　建立一种恶性疟原虫氯喹抗药性基因pfcrt点突变的检测方法,以判断是否存在氯喹抗药性。方法　根据恶性疟原虫pfcrt基因序列设计巢式PCR引物,以恶性疟原虫DNA为模板扩增出一条包含第76位密码子的DNA片段;扩增产物经限制性内切酶Apo I消化,用琼脂糖凝胶电泳观察恶性疟原虫pfcrt等位基因是否为突变型。结果　31份样本经巢式PCR扩增均出现14 0 bp左右的特异性片段。酶切消化后,9份滤纸血样本中有4例出现1条14 0 bp左右的片段,为突变型pfcrt等位基因,其余5份出现97bp与4 8bp两种酶切片段,为野生型pfcrt等位基因;2 2份血涂片样本中有10份突变型,突变率为4 5 .16 %。14例突变样本中,有1例体内实验氯喹治疗有效。结论　巢式PCR- RFL P法可以快速、高效的检测恶性疟原虫pfcrt基因76位密码子的点突变,并且能够初步应用于恶性疟原虫氯喹抗药性的鉴别。     

用随机引物多态性DNA聚合酶链反应鉴别新的裂体吸虫X

目的 鉴定新的裂体吸虫X的基因组DNA。方法 应用随机引物多态性DNA聚合酶链反应（RAPD-PCR）对裂体吸虫X（S.X）和日本血吸虫（S.j）的基因组DNA进行分析鉴别。感染了S.X和S.j尾蚴的兔45d后杀死，各取成虫50条，磨碎，用苯本分氯仿抽提法提取基因组DNA。反应在PCR扩增仪上进行，应用29个随机引物，1.4%琼脂糖凝胶电泳后观察、照相。结果 29个引物中2个引物，J01碱基CCCGGCATAA和L12碱基GGGCGGTACT的扩增产物在两者间显示出明显的差异带。引物J01S.X特异性条带1条，S.j特异性条带1条。引物L12S.X特异性条带3条，S.j特异性条带1条。结论 S.X和S.j的基因组DNA在J01和L12的6个位点的序列有所不同，出现了差异带，这在种间进化方面有鉴别价值。     

单核苷酸多态性敏感分子开关在基因组单核苷酸多态性检测中的特异性分析

目的 探讨硫化修饰的碱基特异性引物与高保真DNA聚合酶所构成的对单核苷酸多态性敏感的分子开关系统在基因组单核苷酸多态性检测中的特异性。方法以人类基因组DNA为模板，采用3’未端配对及不配对的3’末端硫化修饰引物，进行不同保真度DNA聚合酶介导的引物延伸反应。结果Taq酶介导的碱基特异引物延伸反应扩增产物出现非特异性带，而单核苷酸多态性敏感分子开关介导的引物延伸反应未出现非特异性带。结论单核苷酸多态性敏感分子开关是一种特异性强，可靠性高的可用于基因组单核苷酸多态性分析的新方法，可在单碱基水平对遗传病相关基因进行特异性检测。     

环介导等温扩增技术(LAMP)检测棘球绦虫感染犬粪DNA的研究

目的 建立快速检测棘球绦虫感染犬粪便的DNA检测方法一环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification.LAMP).方法 针对细粒棘球绦虫线粒体DNA Cox1基因6个位点特异性的设计4条LAMP引物,利用LAMP法和普通PCR方法同时检测棘球绦虫、肥胖带绦虫以及犬肠道内...     

鼠疫耶尔森氏菌荧光标记扩增片段长度多态性分型方法

目的 建立荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)技术平台，探讨鼠疫菌基因分型。方法 用5种核酸限制性内切酶消化鼠疫菌基因组DNA，选择最佳内切酶组合，酶切片段经接头连接后，用荧光素标记的5条EcoRⅠ引物和9条MseⅠ引物组成的引物配对扩增，选择最佳引物组合，进行系列PCR条件的优化。扩增产物经ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer(遗传分析仪)检测，GeneScan等软件进行分析。结果 成功建立FAFLP技术平台。结论 FAFLP具有快速、简便、廉价、分辨率高、重复性好和污染少的优点，可用于鼠疫菌的基因分型分析。     

快速检测细菌并革兰分型的半巢式聚合酶链反应及其初步应用

目的以半巢式聚合酶链反应(PCR)检测细菌及作革兰阴、阳性分型,并与细菌培养法比较。方法以细菌16SrRNA基因为靶序列,采用一对通用引物(pm1,pm3)和一条革兰阴性型特异性引物(pm2),以半巢式PCR方法扩增实验室保留菌株的DNA并作出革兰染色分型;以人类外周血白细胞基因组DNA、HBVDNA阳性血清以及白假丝酵母菌为对照,检测此方法的特异性;采用倍比稀释菌液作敏感性实验;与细菌培养法比较,验证此方法检测临床标本的敏感性。结果对17个实验室保留菌株进行检测,以通用引物对作第1次PCR均得到371bp长度的DNA片段;再以革兰阴性菌特异引物对(pm2,pm3)作第2次PCR,9种阴性菌均得到353bp的DNA片段,而8种阳性菌未被扩增。特异性实验表明,此通用引物与人类基因组DNA、真菌及病毒无交叉反应。敏感性实验表明,采用半巢式PCR可检测出3个CFU的细菌。对120份临床标本检测,半巢式PCR检测阳性率(29.2%)显著高于细菌培养法检测阳性率(17.5%)。结论此半巢式PCR检测细菌方法,具有特异、敏感、快速的特点,并能对细菌进行革兰阴性、阳性分型,可用于临床感染性疾病的初步诊断。     

改良型序列特异性引物PCR用于脂联素基因单核苷酸多态性的检测

目的运用序列特异性引物PCR技术（SSP-PCR）研究基因单核苷酸多态性。方法根据GenBank中人脂联素基因（APM1）序列及SNP信息,利用Primer5.0设计引物,通过PCR技术检测APM1的SNPs。结果建立并优化了序列特异性引物PCR（SSP-PCR）技术,并可快速、直观、准确地进行基因分型。结论改良的SSP-PCR技术是一种特异性更高、操作简便的SNP检测方法。     

AFLP法构建布鲁氏菌基因组DNA指纹图谱

目的采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子遗传标志技术,分析布鲁氏菌基因组DNA多态性。方法提取布鲁氏菌基因组DNA,经EcoRI/MseI酶切并与相应的人工接头连接后,使用选择性引物进行PCR扩增。结果经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,成功构建出多态性丰富、重复性好的布鲁氏菌DNA指纹图谱。结论AFLP法有望成为一种独立的切实可行的方案,在布鲁氏菌的多态性研究和流行病学调查中发挥作用。     

用专一性针对点突变的多聚酶链反应检测抗乙胺嘧啶恶性疟原虫

恶性疟原虫乙胺嘧啶抗性株的检测,以往大多采用体外微量法。本文报道了用多聚酶链反应(PCR)技术检测乙胺嘧啶抗性株。该检测方法的原理是:恶性疟原虫对乙胺嘧啶产生抗药性的关键在于其二氢叶酸还原酶胸苷酸合成酶(DHFR-TS)基因编码区第323位碱基发生突变,利用该单碱基突变,设计一对专一性引物位于突变部位内,使引物与靶DNA 3’端完全互补,在DNA多聚酶的催化下,靶DNA得到扩增。由于与引物     

脂联素水平及基因多态性与代谢综合征的关系

目的:探讨脂联素(APN)水平及其单核苷酸基因多态性(SNP) +45T/G和+276G/T两个位点与代谢综合征(MS)的关系.方法:238例研究对象分为对照组和MS组,采用实验-对照研究方法,应用酶联免疫吸附法(ELISA)及聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术,对血浆APN浓度及其2个位点基因多态性进行检测.结果:与对照组比较,MS组APN水平降低(P＜0.05);MS组SNP+276T等位基因分布明显升高,多因素逐步Logistic回归分析显示SNP+276基因多态性为MS危险因素.结论:MS患者APN水平下降,携带SNP+276T等位基因者患MS的风险增加.     

优化的多重扩增阻滞突变系统-PCR 对载脂蛋白E 基因的简易分型

目的通过改进和优化多重扩增阻滞突变系统-PCR（multi-ARMS-PCR）条件,建立载脂蛋白E（ApoE）基因的简易分型方法。方法基于multi-ARMS-PCR的原理和特点,针对文献报道方法中存在的缺陷和错误,重新设计或改进引物。以外周血白细胞基因组DNA为模板,应用4个等位基因特异性寡核酸上游引物、1个通用下游引物和一对内参引物,分A,B两个管同步进行多重PCR反应。PCR扩增产物经过琼脂糖凝胶电泳分离-EB染色,根据电泳带型的差异,实现对ApoE 6种基因型的判定。结果新引物显著提高了扩增效率和反应特异性,排除了非特异条带的干扰,减少了ApoE基因分型的错判。结论采用优化后的multi-ARMS-PCR方法对ApoE基因型进行鉴定,具有操作简便、时间短、效率高、成本低的优点,值得推广。     

脂联素水平及基因多态性与冠心病的关系

目的:探讨脂联素(APN)水平及其单核苷酸基因多态性(SNP)+45T/G和+276G/T 2个位点与冠心病(CHD)的关系.方法:将195例研究对象分为正常对照组和CHD组,采用实验-对照研究方法,应用酶联免疫吸附法(ELISA)及聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术,对血浆APN浓度及APN 2个位点基因多态性进行检测.结果:2组比较,CHD组APN降低(P<0.05);CHD组SNP+45 TG+GG基因型和G等位基因的分布频率明显低于正常对照组,差异具有统计学意义(P<0.05);基因SNP+276多态性位点各基因型频率与等位基因频率在2组之间差异均无统计学意义(P>0.05).结论:CHD患者APN水平下降,SNP+45 G等位基因可能为CHD的保护因素;SNP+276位点基因多态性可能与CHD的发生无明显相关性.     

胰腺癌正反义K-ras基因片段的分离和定向克隆

目的分离及克隆胰腺癌基因组中K-ras基因片段,构建重组正反义K-ras基因逆转录病毒载体并探讨其临床意义.方法设计两对PCR引物,分别在上下游引物中引进BamH1和EcoR1位点,以胰腺癌细胞基因组DNA为模板扩增K-ras基因外显子4B及侧翼序列,并采用重组DNA技术将目的基因分别定向插入逆转录病毒载体LZRSpBMN-Z中.重组克隆通过菌液PCR和重组质粒限制性内切酶酶切鉴定.结果正反义K-ras基因外显子4B及侧翼序列成功地克隆入LZRSpBMN-Z中.结论LZRSpBMN-Z是胰腺癌反义基因治疗中新型候选载体之一.应用PCR方法获取反义K-ras基因方便可行,可用于重组反义K-ras基因逆转录病毒载体的构建.     

牛源贾第虫套式PCR检测方法的建立

目的建立牛源贾第虫套式PCR检测方法。方法根据牛源贾第虫TPI基因序列,设计1对保守引物和1对特异性引物,建立套式PCR检测方法;通过阳性参照摸索出该检测方法的最佳反应条件,进行特异性和敏感性试验;并用临床样品进行验证。结果该套式PCR能特异性地扩增出牛源贾第虫基因组DNA中相应片段,与艾美耳球虫、隐孢子虫、环孢子虫、弓形虫、毛首线虫和纤毛虫等10种相关原虫基因组DNA无交叉反应;最低能检测到0.395fg的阳性参照DNA。结论建立的套式PCR方法具有高度的特异性和敏感性,可以用于临床样品的检测。     

乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA套式-实时荧光定量聚合酶链反应的建立

目的 建立检测HBV共价闭合环状DNA(cccDNA)的套式一实时荧光定量PCR法.方法 根据HBV cccDNA与松环DNA(rcDNA)结构上的差异,设计2对跨缺口的特异引物及1条位于负链缺口下游的特异TaqMan荧光探针.根据Plasmid-SafeTM ATP-Dependent Dnasc(PSAD)对rcDNA与cccDNA作用的不同,对模板DNA进行酶切纯化,降解reDNA,再进行套式PCR扩增,先用外引物和模板进行第一轮常规PCR,再用内引物、荧光探针和第一轮PCR产物进行实时荧光定量PCR,根据阳性参照标准品,得出待检标本定量值.结果 检测阳性参照标准品.得出该方法灵敏度可达2 lg拷贝/mL.用上述方法检测34份乙型肝炎患者血清HBV DNA阳性标本,25份血清HBVcccDNA阳性,28份外周血单个核细胞HBV cccDNA阳性.27份健康对照者血清HBV DNA阴性标本,6份HBV cccDNA阳性.对5份HBV cccDNA阳性标本扩增产物进行克隆测序,无碱基缺失、突变.与HBV不同基因型序列(A～G)比较,同源性为90.6%～99.1%,其中,与B、C基因型同源性为95.3%～99.1%,验证了方法的特异度.结论 套式-实时定量PCR法可检测乙型肝炎患者血清、PBMC中的HBV CCCDNA,且具有敏感、特异性.     

PCR指印技术对新疆结核病病原Bacter460液体培养标本进行菌株分型

以结核分枝杆菌特异插入序列IS6 110两端序列为模板 ,设计一对外向PCR引物进行PCR扩增 ,从而建立一种结核分枝杆菌的快速分子生物学分型技术 ,该试验的基础是利用IS6 110在结核分枝杆菌染色体DNA中反复重复且IS6 110序列之间相距较近 ,经PCR扩增呈现多条带型构成DNA指印。在对新疆结核病人的 31份液体培养标本的PCR检测呈现 6种指印 ,该PCR分型技术对结核分枝杆菌的分型所需时间短 ,不需细菌再培养 ,DNA纯化和酶切、萨瑟恩转印或核酸杂交等繁琐步骤。证明该法是一种快速、准确的鉴定与分型方法并可直接进行分子流行病学研究     

莱姆病螺旋体83kD原浆柱蛋白特异性区段的基因克隆与表达研究

目的　为莱姆病血清学诊断和基因工程亚单位疫苗研制提供靶抗原。方法　根据莱姆病螺旋体 83kD原浆柱蛋白 (p83)特异性区段的基因序列 ,设计一对引物 ,采用PCR技术从莱姆病螺旋体B31株基因组DNA中扩增p83特异性区段的基因片段 ,纯化扩增产物 ,用BamHI和EcoRI双酶切后定向克隆入质粒载体pBK -CMV ;转化大肠杆菌筛选重组克隆。用BamHI和EcoRI双酶切、PCR扩增和DNA序列测定对重组质粒进行鉴定 ,将重组质粒转化大肠杆菌 ,IPTG诱导表达后进行SPS -PAGE和Western -blotting分析。结果　 1)从莱姆病螺旋体B31株基因组DNA中扩增出p83特异性区段的基因片段 ;2 )将扩增所得的目的基因片段正向插入pBK -CMV的BamHI和EcoRI位点 ,获得重组质粒pBX1。 3)pBX1在大肠杆菌中诱导表达后获得 2 9kD含 β -半乳糖苷酶氨基末端片段的重组抗原。 结论　成功构建了莱姆病螺旋体 83kD原浆柱蛋白特异性区段的基因重组表达载体 ,并在大肠杆菌中获得了稳定的表达 ,为进一步研究该重组抗原在莱姆病血清学诊断和基因工程亚单位疫苗研制中的应用奠定了基础     

用聚合酶链反应技术鉴别恶性疟原虫不同地理株的初步研究

目的　阐明 Fcc1/ HN株与云南株间的不同生物学特性。　方法　用 M2 6 - 32 作探针 ,筛选恶性疟原虫 c DNA基因表达文库 ,根据所获得的靶抗原决定簇表位的基因序列设计引物 ,分别进行 PCR扩增 ;地高辛酶促生物标记 Fcc1- HN株 DNA的 PCR扩增产物 ,分别与 Fcc1/ HN株 DNA、云南株 DNA和阳性克隆 5 11的扩增产物杂交。　结果　 PCR扩增后 Fcc1/ HN株 DNA在约 5 0 0 bp和 4 5 0 bp处有 2条特异性条带 ;云南株 DNA在约 5 0 0 bp处有 1条较淡的条带和 130 0bp处一较亮的特异性条带 ;阳性克隆 5 11仅在约 5 0 0 bp处有 1条特异性条带。标记探针能与克隆 DNA、恶性疟原虫Fcc1/ HN株和云南株的 PCR扩增产物杂交。　结论　恶性疟原虫 Fcc1/ HN株与云南株在基因组 DNA结构上可能存在差异。     

检测水体日本血吸虫毛蚴PCR方法的建立

目的建立一种灵敏、特异的痕量检测日本血吸虫毛蚴的PCR方法。方法取感染6～8w日本血吸虫的小鼠肝脏,碾磨后沉淀,孵化并利用间接连续离心法富集毛蚴,采用蛋白酶K-苯酚法提取毛蚴基因组DNA。登陆GenBank查询获得日本血吸虫保守序列18S小亚基单位核糖体脱氧核酸(18SrDNA)基因,利用引物设计软件PrimerPremier5.0和Oligo6自主设计一对引物,建立检测日本血吸虫毛蚴的PCR方法。梯度稀释血吸虫毛蚴基因组DNA进行PCR方法的灵敏性试验,设置阴性对照,PCR产物通过电泳鉴定。结果 PCR扩增日本血吸虫毛蚴得到特异性DNA片段,片段长度为463bp,阴性对照组无扩增产物。PCR法可检测出日本血吸虫毛蚴DNA的最低浓度为62.5pg/μL。结论建立的检测日本血吸虫毛蚴PCR方法灵敏、特异,具有一定的预警作用。