荧光定量聚合酶链反应检测HCV-RNA的临床价值

目的 评价荧光定量聚合酶链反应（FQ—PcR）检测丙型肝炎病毒在临床中的应用价值。方法 用FQ—PCR检测456例肝炎病人标本，并同时采用ELISA检测抗-HCV，了解样本中HCV—RNA含量与HCV的相关性。结果 456份标本中有81份HCV—RNA含量高于1000拷贝／ml，85份抗-HCV阳性。经统计分析，两者有明显的相关性。结论 FQ-PCR技术检测HCV-RNA特异性强，灵敏度高，具有良好的应用价值。     

荧光定量聚合酶链反应检测HBV-DNA观察

乙型肝炎病毒（HBV）感染的实验诊断主要依据血清学标志（HBV—M）和HBV—DNA的检测。以往运用的普通PCR检测只能定性,其后处理过程易导致假阳性污染,且所用的染色剂溴乙锭是强致癌物。因此,普通PCR的应用和推广受到一定限制。我们采用实时荧光定量聚合酶链反应（Fluorescence quantitative,FQ—PCR）克服了常规PCR的不足。直接检测146份血清标本乙型肝炎病毒核酸的拷贝数,并同时与酶联免疫吸附试验（ELISA）进行对照,现将结果报道如下。     

立氏立克次体实时荧光定量聚合酶链反应检测方法的建立

目的采用TaqMan-MGB探针建立立氏立克次体实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）检测方法.方法依据立氏立克次体外膜蛋白B基因序列设计引物和探针,以克隆的ompB基因片段为DNA模板,在ABI 7900型荧光定量PCR检测仪上建立实时荧光定量PCR检测方法.结果建立的定量标准曲线Ct值与模板拷贝数呈线性关系（R2=0.996）,最低检测浓度为5拷贝/μl;用荧光定量PCR方法检测其他相关立克次体和常见非立克次体病原菌,检出结果均为阴性.用该方法检测立氏立克次体感染的豚鼠血液标本、小鼠脾脏标本及细胞培养标本,检测的结果与立氏立克次体感染相关.结论研究建立的检测立氏立克次体实时荧光定量PCR方法具有高特异性和高敏感性,适用于快速检测各种样本中的立氏立克次体和立氏立克次体感染早期的实验室诊断.     

流行性腮腺炎病毒荧光定量逆转录-聚合酶链反应快速检测方法的建立

目的建立以TaqMan-MGB荧光探针为特点的荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),用于检测流行性腮腺炎(腮腺炎)病毒(MuV)核酸。方法针对MuV血凝素(H)基因保守区域设计特异性引物与TaqMan-MGB荧光探针,筛选并优化荧光定量RT-PCR反应体系与反应条件,用以提高方法的特异性、灵敏度与准确性;并通过体外克隆技术建立MuV基因拷贝数定量分析模型。结果引物与探针的优化浓度分别为880mmol/L和280mmol/L,具有良好的保守性和特异性,与其它呼吸道病毒均无交叉反应;方法检测灵敏度为10拷贝/反应,相当于0.01TCID50,标准曲线线性范围为107~10拷贝/反应;从病毒核酸提取至检测完成仅需3h左右,操作简便,重现性好。结论TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR方法特异、敏感、快速,为MuV的早期快速检测提供了一种新的检测技术。     

荧光定量聚合酶链反应检测人乳头瘤病毒

乳头瘤病毒（Human papillomavirus,HPV)是引起常见性传播疾病－－尖锐湿疣和人类肿瘤较为重要的一种现毒,可 的皮肤和粘膜上皮细胞,诱发细胞增生产生乳头瘤样病变^[1],近几年来由HPV引起的生殖道感染的发病率逐渐增高,为了角门诊可疑尖锐湿疣患者中HPV的感染率,我们用荧光定量聚合酶链反应技术（FQ－PCR）检测711例临床可疑PV感染患者,现将结果报告如下。     

TaqMan-MGB荧光定量聚合酶链反应检测水痘-带状疱疹病毒

目的利用TaqMan-MGB探针技术,建立水痘-带状疱疹病毒(VZV)的荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测方法,用于临床标本VZV的检测。方法从GenBank上下载几十株VZV基因组序列,在IE62基因的保守区域设计引物与TaqMan-MGB探针,并对反应条件和体系进行优化,同时评价建立检测体系的特异性、敏感性和重复性;利用已知拷贝数的质粒标准品的病毒脱氧核糖核酸(DNA),建立了VZV基因拷贝数定量分析模型。结果该方法与引起相似发病症状的肠道病毒71型,柯萨奇病毒A、B组以及腺病毒均无交叉反应,具有很高的特异性,且灵敏度达到102拷贝,优于常规PCR方法。采用该法对8份疑似水痘、带状疱疹患者疱疹液标本检测均为阳性,较病毒分离、常规PCR法更为简便、快速、敏感。结论该方法适合临床早期感染病例的确认以及水痘、带状疱疹爆发疫情的应急诊断。     

荧光定量聚合酶链反应检测单纯疱疹病毒

目的　验证单纯疱疹病毒 (HSV )临床简单、实用、可靠的检测方法 ,以利早期诊断、早期治疗。方法　荧光定量聚合酶反应检测单纯疱疹病毒并对阳性病例进行抗病毒治疗。结果　 10 0例可疑标本检出 HSV 阳性 4 6份 ;阳性基因拷贝数范围在 (45 0～ 5 )× 10 6。结论　荧光定量聚合酶链反应检测单纯疱疹病毒 ,能较好的解决假阳性污染 ,并实现准确定量 ;对单纯疱疹病毒感染的早期诊断、治疗方案选择 ,提高疗效有较大指导意义     

TaqMan荧光定量逆转录-聚合酶链反应快速检测麻疹病毒核酸

目的建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法.方法检测麻疹病毒的核酸,对设计的引物与探针进行筛选与条件优化.结果 Tag Man荧光定量RT-PCR方法具有对麻疹病毒核酸检测的高度特异性与准确性,检测的敏感度可达0.1TCID50,从病毒核酸提取至检测完成仅需3个多小时,操作简便,而且大大减少了常规PCR扩增产物的污染机会.结论采用Tag Man荧光定量RT-PCR方法对麻疹病毒与相关的临床样本进行了检测,均获得了满意的结果,为麻疹病毒的分子生物学检测,提供了一种新方法.     

荧光定量聚合酶链反应技术检测孕妇外周血中游离胎儿DNA的可行性研究

目的:探讨荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)技术用于孕妇外周血浆中游离胎儿DNA检测的可行性。方法:利用FQ-PCR技术特异性扩增Y基因性别决定区(SRY)并定量分析妊娠中期(18～25周)孕妇血浆中含量。结果:148例男胎孕妇血浆标本中,SRY基因检出率为98.65%。139例女胎孕妇血浆标本中未检测到SRY基因。结论:FQ-PCR技术在孕妇外周血游离胎儿DNA的检测中具有较高的灵敏性和特异性,FQ-PCR技术可应用于非创伤性产前诊断。     

肝组织中HBV cccDNA荧光定量聚合酶链反应检测法的建立

目的 建立和优化一种灵敏、特异的检测肝组织中乙型肝炎(乙肝)病毒(HBV)共价闭合环状DNA(cccDNA)荧光定量聚合酶链反应(荧光定量PCR).方法 设计检测HBV DNA(tDNA)和cccDNA特异性引物及探针,用3.44×100-3.44×109copies/μl含HBV全基因组序列(C基因型)质粒作为标准品,建立荧光定量PCR检测标准曲线.取33例乙肝肝癌患者肝组织标本、13例慢性乙肝患者肝活检组织标本和10例非乙肝患者肝组织标本,验证该法灵敏度和特异度.提取肝组织中DNA,取一部分进行质粒安全ATP依赖的DNA酶(PSAD)酶切;另一部分不酶切作为tDNA和β-globin检测样本,分别进行HBV cccDNA、tDNA和p-globin定量检测,以β-globin为参比,对每个细胞的HBV cccDNA和tDNA含量进行标准化.结果 检测肝组织中HBV cccDNA和tDNA定量的线型范围均为3.44 × 100-3.44×109 copies/μl.检测HBV cccDNA和HBV DNA下限均为3.44×100copies/μl.33例乙肝肝癌患者和13例慢性乙肝患者的肝组织中HBV cccDNA最低含量分别为0.003 copies/cell和0.031 copies/cell;检测10份非乙肝肝癌患者的肝组织标本均为阴性.应用PSAD消化肝组织中提取的DNA可减少假阳性,提高cccDNA检测法特异度达7.24× 102倍.对2例乙肝肝癌患者的肝组织标本重复检测5次,Ct值的变异系数为0.224%～0.609%.结论 该方法灵敏度和特异度高,重复性好,可用于检测肝组织中HBV cccDNA.

Abstract：

Objective To establish and optimize a sensitive and specific quantitative realtime polymerase chain reaction(PCR)method for detection of hepatitis B virus covalently closed circular DNA(HBV cccDNA)in liver tissue. Methods Specific primers and probes were designed to detect HBV DNA(tDNA)and cccDNA. A series of plasmids(3.44 × 100-3.44 × 109 copies/μl)containing a full double-stranded copies of HBV genome(genotype C)were used to establish the standard curve of real-time PCR. Liver samples of 33 patients with HBV related hepatocellular carcinoma(HCC), 13 Chronic hepatitis B patients(CHB)and 10 non-HBV patients were collected to verify the sensitivity and specificity of the assay. A fraction of extracted DNA was digested with a Plasmid-Safe ATP-dependent Dnase(PSAD)for HBV cccDNA detection and the remaining was used for tDNA and β-globin detection. The amount(copies/cell)of HBV cccDNA and tDNA were measured by a real-time PCR, using β-globin housekeeping gene as a quantitation standard. Results The standard curves of real-time PCR with a linear range of 3.44 × 100 to 3.44 × 109 copies/μl were established for detecting HBV cccDNA and tDNA, and both of the lowest detection limits of HBV cccDNA and tDNA were 3.44 × 100 copies/μl. The lowest quantitation levels of HBV cccDNA in liver tissues tested in 33 HBV related HCC patients and 13 CHB patients were 0.003 copies/cell and 0.031copies/cell, respectively. HBV cccDNA and tDNA in liver tissue of 10 non-HBV patient appeared to be negative. The true positive rate was increasing through the digestion of HBV DNA by PSAD, and the analytic specificity of cccDNA detection improved by 7.24 × 102 times. Liver tissues of 2 patients were retested 5 times in the PCR for detecting cccDNA and the coefficience of variations on cycle threshold (Ct)were between 0.224%-0.609%. Conclusion A highly sensitive and specific quantitative real time PCR method for the detection of HBV cccDNA in liver tissue was established and could be used for clinical and epidemiological studies.     

梅毒螺旋体荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立梅毒螺旋体的荧光定量PCR检测方法。方法依据梅毒螺旋体（Treponema pallidum,TV）DNA多聚酶I（polA）基因序列,设计MGB—Taqman探针和PCR引物,对TPPA法检测到的不同国家和人种梅毒螺旋体抗体阳性患者和阴性人员血液样本进行检测,验证该PCR方法的灵敏度和特异性,以及2种检测方法的一致性。结果PCR产物测序证实新建的荧光PCR方法可以扩增到梅毒螺旋体polA基因区200bp长DNA片段。该方法特异性强、灵敏度高,可检出每微升血液中10拷贝梅毒DNA。在31例TPPA法检测结果为阳性的样本中,有21例为PCR阳性。证明其中10例TPPA法阳性为非现行感染,可能不具有传染性。统计分析表明该荧光PCR方法与TPPA方法对不同国家和种族人群检测结果未出现显著差异。结论新建的荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性好,可排除TPPA法阳性梅毒患者中非现行感染的旅行者,是适用于不同地区和种族的旅行者进行梅毒检测的新方法。     

食品中副溶血弧菌荧光定量PCR方法快速检测

目的利用荧光定量PCR技术，建立食品中副溶血弧菌污染的快速、准确的定量检测方法。方法根据副溶血弧菌gyrase基因序列设计合成副溶血弧菌FQ-PCR诊断试剂盒，研究其灵敏度、特异性，并应用于模拟食品样本检测。结果在31株不同菌株的检测中，8株副溶血弧菌结果均为阳性，而其他23株弧菌科及其他菌属的菌株均为阴性；纯菌条件下定量检测低限10cfu／ml；对模拟样本直接进行，检测低限为10^3cfu／g，经培养增菌后，检测低限则达到2cfu／g。结论该方法特异性强、敏感性高，操作简便快速，检验周期仅需36h，扩增与检测在封闭单管进行，可避免常规PCR方法易污染缺陷，具有很好的推广应用前景。     

鼠疫耶尔森氏菌三色荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种三色荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法。方法根据鼠疫耶尔森氏菌pPCP1质粒上的pla基因、编码F1抗原在pMT1质粒上的ca f1基因以及菌体染色体上的3a基因序列,设计特异性的引物和不同荧光标记的Taqman荧光探针,优化反应体系和扩增条件,考察该方法检测的敏感度、特异性、重复性和稳定性,最终建立三色荧光定量PCR检测方法。结果本研究所建立的方法对鼠疫耶尔森氏菌DNA的扩增效率高,最低检出限为1×102copies/ml,特异性高,重复性的变异系数在合理范围内,稳定性好。结论建立了一种同时检测鼠疫耶尔森氏菌pla、ca f1和3a基因的三色荧光定量PCR方法,该方法敏感度和特异性高,能够实现快速检测的目的。     

荧光定量PCR法检测4212例生殖道沙眼衣原体标本结果分析

目的分析荧光定量PCR (FQ-PCR)法检测4 212例生殖道沙眼衣原体(CT)标本的结果。方法采用FQ-PCR与胶体金法检测4 212例生殖道CT标本,检测阳性的标本进行核酸测序分析,分析阳性结果的真实性。结果 FQ-PCR法和胶体金法检测生殖道CT阳性检出率分别为1. 94%(82例)和0. 24%(10例),差异有统计学意义(P<0. 05)。FQ-PCR法检测CT阳性标本核酸成功测序,结果分析均为CT。结论 FQ-PCR法检测CT的检出率高、敏感、结果真实可信,是生殖健康、优生优育、不孕不育检查早期发现并预防CT感染的可信方法。     

实时荧光定量PCR快速鉴定短乳杆菌

目的:建立鉴定短乳杆菌的实时荧光定量PCR法。方法:根据GanBank登录的乳酸杆菌序列,以gyrB基因为靶目标设计引物和探针,对啤酒中分离到的6株乳酸杆菌进行实验,并对其中一个短乳杆菌样本作定量检测。结果:实时荧光定量PCR对短乳杆菌可产生特异扩增信号,对其他乳酸杆菌无响应。标准曲线的相关系数为0.97739,测得短乳杆菌样本浓度为15635拷贝/m l。结论:实时荧光定量PCR是一种快速、特异、灵敏检测短乳杆菌的方法。     

结核分枝杆菌荧光定量PCR检测方法建立

目的 探讨结核分枝杆菌实时定量检测方法并进行评价.方法针对结核杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)16S rDNA基因设计引物,应用SYBR Green I建立荧光定量PCR( FQ-PCR)反应体系;提取Mtb基因组DNA,PCR扩增16S rDNA片段,构建重组质粒pMD-TB16S;检测11份肺结核患者痰标本;以甲型链球菌、大肠杆菌等基因组DNA作对照,检验方法特异性,对同一份Mtb DNA模板进行批内和批间检测,计算变异系数(CV).结果靶向Mtb 16S rDNA基因引物能够特异扩增Mtb 16S rDNA基因,对照组细菌基因未见扩增,灵敏度为(Mtb基因组DNA) 1.2 pg/μL,即(38.9 +3.54)拷贝/μL的16S rDNA基因,批内和批间Ct值变异系数分别为0.27％和1.26％.结论以16S rDNA为靶基因的FQ-PCR技术,能够对Mtb进行快速、敏感而特异的定量检测.     

实时荧光定量PCR技术进展

实时荧光定量PCR(real_time quantitative PCR)技术是一种新型的核酸定量检测、分析技术,它通过在PCR扩增反应过程中加入荧光物质,使得对反应过程的实时监控成为可能。它具有实时监测、定量准确、灵敏度高、反应速度快、重复性好及PCR反应后不需电泳检测等优点,已逐步成为分子生物学研究中的重要工具。     

数字PCR和荧光定量PCR诊断急性期布鲁菌病的灵敏度比较初步研究

目的　建立用于布鲁菌检测的数字PCR技术,初步用小样本开展研究,比较数字PCR和荧光定量PCR的灵敏度差异,验证数字PCR作为急性期布鲁菌病诊断技术的可行性。方法　选取符合我国急性期布鲁菌病诊断标准的20例患者的血清标本,分别用数字PCR和荧光定量PCR技术进行检测,初步比较2者在急性期布鲁菌病诊断中的灵敏度差异,并分析差异原因。结果　20例急性期布鲁菌病患者血清样本中,数字PCR检测阳性20例,荧光定量PCR检测阳性0例。结论　初步证实在急性期布鲁菌病患者血清标本检测中,数字PCR检测灵敏度高于荧光定量PCR,有良好的临床应用前景,但也存在一定局限性,尚须进一步扩大样本完成实验诊断技术临床研究,并进行多实验室验证。     

泰泽氏菌TaqManMGB探针荧光定量PCR方法的—立及应用

目的 建立泰泽氏菌的TaqMan小沟结合物(MGB)探针荧光定量PCR检测方法.方法 针对泰泽氏菌16S rRNA基因的保守区设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,并验证该方法的特异性、敏感性和稳定性.对2008-2011年采集的1156份临床样本进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照.结果 泰泽氏菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肝螺杆菌、幽门螺杆菌、空肠弯曲菌、侵肺巴斯德氏菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌之间无交叉反应,检测灵敏度达2.2 copy/μl.标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.204,PCR效率为100％.对1156份临床样本进行检测,荧光定量PCR检出101份泰泽氏菌阳性样本,而普通PCR则仅检出44份.荧光定量PCR方法从临床样本中检出泰泽氏菌DNA仅需2h.结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有特异、灵敏和稳定性,适于泰泽氏菌的快速检测.     

TaqMan荧光定量PCR检测1型登革热病毒及临床应用

目的建立登革热1型病毒（DV1）TaqMan荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床诊断。方法根据DV15′端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan探针。用4个血清型DV标准毒株为对照,收集40份DV1临床血清为检测标本。通过对DV1标准毒株RT-PCR后,采用体外转录方式获得RNA模板作为阳性对照,检测所建立TaqMan荧光定量PCR方法的特异性。取DV-IgM/IgG用ELISA检测患者血清,将TaqMan荧光定量PCR和DV-IgM/Ig GELISA进行敏感性比较。结果所建立方法的最低检测限约为每反应10个基因拷贝。发病后不同时间采集的登革热患者血清标本检测结果为：发病1～3d的患者RT-PCR阳性检出率最高（81.25%）;4～6dELISA-IgM检出率最高（85.00%）;7d后ELISA-IgG检出率最高（75.00%）。结论在登革热的早期诊断中建立的RT-PCR具有较高的敏感性、特异性和重复性,可作为DV1的快速诊断方法。