纤维素降解菌的筛选及其相互作用研究

从造纸厂总排污口附近中筛选出优良的纤维素降解菌ｎ－７、ｎ－１５、ｎ－１６，选择ｎ－７分离出三株较好的纤维素降解纯菌株，取代号为ｗ－１、ｗ－２、ｗ－３，对各菌株降解纤维素的效果进行了分析比较，并对菌株间的相互作用进行了研究，发现不同纤维素降解菌的降解能力相差较远，各纤维素降解菌之间存在着协同和拮抗作用。     

软腐白菜根系土壤中香味类香味菌的分离与鉴定

目的 鉴定软腐白菜根系土壤中分离的条件致病菌--香味类香味菌.方法 采用选择性培养基,从软腐白菜根系土壤中分离出15株产生芳香气味的细菌,通过对菌株进行形态学观察、生理生化试验以及16S rRNA基因序列测定、比对分析和系统发育树构建,对该类群菌株进行初步分类鉴定.结果 软腐白菜根系土壤中分离获得的15株产生芳香气味的...     

五氯酚降解菌的驯化、筛选及其降解条件的研究

目的驯化、筛选降解五氯酚的高效菌,并对其生长特性和降解条件进行研究。方法采用活性污泥曝气与密度梯度驯化方法,以五氯酚为唯一碳源,定时定量逐步提高五氯酚浓度,连续驯化8周。将平板涂布分离纯化的细菌进行降解试验,筛选降解优势菌,探讨其生长的适宜温度、不同渗透压下的生长特点和降解五氯酚的适宜条件,并根据形态和生理生化特征进行菌种的初步鉴定。结果分离出3株五氯酚降解菌,其中1株对五氯酚48h的降解率为98.6%,且在温度30℃、pH6.0、五氯酚初浓度0.2～0.4g/L的条件下,降解效果最好。该菌在30℃生长最快,为耐盐菌,初步鉴定为醋杆菌属。结论通过活性污泥曝气与密度梯度驯化法可获得五氯酚高效降解菌,并取得良好的降解效果。     

德国小蠊肠道菌BGI-17的鉴定及抗真菌研究

目的对分离自德国小蠊肠道的细菌BGI-17进行鉴定,并研究其对昆虫致病真菌的抑制效果,为探明德国小蠊肠道菌群的组成及其与虫体间的关系打下基础。方法利用PCR扩增该菌16S rDNA序列,根据测序结果构建系统发育树,结合形态及生理生化特征对BGI-17进行鉴定;利用平板抑制法测定该菌对白僵菌的抑菌效果,并观察该菌对真菌菌丝生长的影响。结果该菌短杆状,周生鞭毛,革兰染色、芽孢染色、接触酶为阳性,初步鉴定为芽孢杆菌属,基于16S rDNA基因序列构建的进化树显示,该菌与萎缩芽孢杆菌相似度达到99%,两者所构建的系统发育树处于同一个分支;该菌对白僵菌生长有明显抑制效果,真菌菌丝出现病态的空泡状膨大,导致原生质外泄和菌丝断裂。结论德国小蠊肠道菌BGI-17属萎缩芽孢杆菌,可拮抗昆虫致病真菌,可能有助于德国小蠊抵御病原真菌的侵染。     

国内阿萨希毛孢子菌首次分离及鉴定

目的 首例报告国内Trichosporon asahii引起真菌病，并介绍此菌种的分离与鉴定。方法 从1名未确诊女性患者受损皮肤，皮痂，口腔伪膜，阴道及口腔分泌物，尿便及肝穿刺组织，分离与培养出一种真菌，经生化分析，菌种鉴定分子生物学实验及DNA测序。结果证明此真菌为阿萨希毛孢子菌（Trichosporon asahii)，结论 本文而诊断此患者患播散性真菌病，由此引起播散性真菌病在国内尚属首例报告。     

新疆顿巴斯他乌盐湖沉积物免培养古菌多样性

[目的]了解新疆顿巴斯他乌盐湖沉积物免培养古菌组成及多样性.[方法]利用免培养法直接从顿巴斯他乌盐湖沉积物样品中提取环境总DNA,采用古菌通用引物对16S rRNA基因进行扩增,构建基因克隆文库.对随机挑选的59个阳性克隆进行HaeⅢ限制性酶切分型并测序、BLAST比对及构建16S rRNA基因系统发育树.[结果]文库覆盖率为89％,Shannon-Wiener指数为2.69,共得到21个不同的可操作分类单元,分属于广古菌门( Euryarchaeota,92％)和泉古菌门(Crenarchaeota,8％),其中多数为盐杆菌科(Halobacteriaceae,88％)的盐杆菌属(Halobacterium,24％)、盐盒菌属(Haloarcula,18％)、盐碱红菌属(Natronorubrum,14％)、盐红菌属(Halorubrum,8％)等,与海盐环境(thalassohaline)获得的16S rRNA基因序列相似性最高(＞95％);整个文库中约11％的克隆与可培养古菌多个属的相似性小于97％.[结论]顿巴斯他乌盐湖古菌多样性略低于同类高盐环境,组成较为一致,只是各类群所占百分比稍有不同,且可能存在一些潜在新物种或新类群.     

50株肺炎克雷伯菌鉴定及药敏分析

目的通过对我院肺炎克雷伯菌感染及药物敏感性的调查分析,为临床合理使用抗生素提供依据.方法收集2002～2003两年间50株临床感染肺炎克雷伯菌的标本,按全国检验操作规程第二版进行分离鉴定和药敏试验.结果以丁胺卡那和头孢哌酮是治疗临床感染肺炎克雷伯菌最有效的抗生素.     

高效酞酸酯降解菌的驯化、筛选及其降解的初步研究

目的确定高效酞酸酯(PAEs)降解菌的驯化与筛选方法,并对PAEs降解性基因功能片段进行初步研究。方法采用活性污泥曝气与密度梯度驯化方法,以邻苯二甲酸二甲酯(DMP)、邻苯二甲酸二乙酯(DEP)和邻苯二甲酸二丁酯(DBP)为碳源,定时定量逐步提高其浓度,连续驯化8周。平板划线分离纯化细菌后,进行降解试验。然后对高效降解菌进行菌种鉴定并提取降解质粒。结果分离出5株PAEs降解细菌,其中2株对DMP、DEP、DBP(底物浓度均为200mg/L)的3天降解率分别达到99.9%、98.6%、99.2%(4号菌)和87.5%、99.1%、98.3%(1号菌),但均未能提取出质粒。经鉴定,4号菌为多杀巴斯德菌。结论曝气池密度梯度驯化法可以驯化出高效降解菌,其降解基因功能性片段不在质粒上而在基因组DNA上。     

分子生物学方法鉴定由自毙鼠分离的细菌

目的 对1株由自毙鼠分离的细菌（X175菌株）进行属、种及型的鉴定。方法 ①采用16S rDNA对X175菌株进行种属鉴定;②应用荧光PCR检测X175菌株是否存在致泻性大肠埃希菌常见毒素基因（stx1/stx2/eae、lt/st、aggR/ipaH）及大肠埃希菌O104、H4基因;③应用PCR检测X175菌株是否存在肠出血性大肠埃希菌（EHEC）O104∶H4的9个毒力基因。结果 ①经16S rDNA鉴定,X175菌株与大肠埃希菌埃希菌属的一些菌株相似度达99%,进化树显示X175菌株与大肠埃希菌O104∶H4菌株的亲缘关系较近;②大肠埃希菌O104基因和ipaH基因检测结果均为阳性,stx1/stx2/eae、lt/st、aggR、志贺菌/沙门菌、H4等基因检测结果均为阴性;③肠出血性大肠埃希菌O104∶H4九个毒力因子检测结果均为阴性。结论 X175菌株为大肠埃希菌O104弱毒型菌株,H抗原和其他一些特性还需进一步研究。     

邻苯二甲酸二丁酯降解优势菌的筛选和特性研究

目的　筛选降解DBP的高效降解菌株。方法　选用环境内分泌干扰物邻苯二甲酸二丁酯 (DBP)作为唯一碳源对采集的活性污泥进行驯化 ,驯化过程中DBP浓度递增 ,10周后采用平板分离法分离出 5种菌株 ,并从中选出生长势态及降解效果最好的 1种。结果　通过正交试验 ,得到该菌株降解DBP的较优条件是 :降解时间 32h ,DBP浓度 2 0 0mg L ,摇床转速为 10 0r min ,pH7,温度为 30℃。此条件下DBP的降解率可达 95 %以上。结论　经鉴定该菌株归于假单胞菌属     

Identification of culturable stream water bacteria from urban, agricultural, and forested watersheds using 16S rRNA gene sequencing

Bacteria present in water samples taken on a weekly basis, from June 2004 through June 2005, from three streams, were cultured on Coliscan^® Easygel^® agar plates. Colonies representative of a variety of colors and morphologies were subjected to amplification and sequencing of a 1000–1100 nt portion of the 16S rRNA gene. A total of 528 colonies were sequenced; these categorized into 26 genera and 78 species. Of 175 dark blue/purple colonies presumed to be E. coli, sequence analysis indicated that 45 (25%) were actually other genera. For the urban stream Gwynns Falls Gwynns Run, E. coli was the most common genus/species encountered, followed by Klebsiella and Aeromonas. For Pond Branch, a stream located in a forested watershed, it was Serratia, followed by Yersinia and Aeromonas. For McDonogh (MCDN), a stream associated with Zea mays (corn) row crop agriculture, E. coli was the most frequently isolated genus/species, followed by Aeromonas and Enterobacter. ERIC-PCR genotyping of isolates from the most prevalent genera/species, indicated a high degree of diversity within-stream for E. coli and K. pneumoniae. Conversely, genotyping of Y. enterocolitica isolates indicated that some were shared between different streams.     

Sequencing and staphylococci identification

The emerging clinical importance of staphylococcal infections prompted us to establish a reference database for partial RNA polymerase B (rpoB; nucleotides 1444-1928) gene sequences from type strains of all staphylococcal species and subspecies. This database correctly identified 55 clinical staphylococcal isolates; all were correctly identified at the species level. At the subspecies level, rpoB misidentified only 2 isolates.     

A systematic approach for discovering novel, clinically relevant bacteria

Sequencing of the 16S rRNA gene (16S) is a reference method for bacterial identification. Its expanded use has led to increased recognition of novel bacterial species. In most clinical laboratories, novel species are infrequently encountered, and their pathogenic potential is often difficult to assess. We reviewed partial 16S sequences from >26,000 clinical isolates, analyzed during February 2006-June 2010, and identified 673 that have <99% sequence identity with valid reference sequences and are thus possibly novel species. Of these 673 isolates, 111 may represent novel genera (<95% identity). Isolates from 95 novel taxa were recovered from multiple patients, indicating possible clinical relevance. Most repeatedly encountered novel taxa belonged to the genera Nocardia (14 novel taxa, 42 isolates) and Actinomyces (12 novel taxa, 52 isolates). This systematic approach for recognition of novel species with potential diagnostic or therapeutic relevance provides a basis for epidemiologic surveys and improvement of sequence databases and may lead to identification of new clinical entities.     

一株从酸奶中分离的德氏乳杆菌保加利亚亚种的鉴定和系统发育分析

目的对一株分离自酸奶经表型特征鉴定为德氏乳杆菌保加利亚亚种的菌株(wch9901)进行16S rDNA鉴定和系统发育分析。方法提取wch9901基因组DNA作为模板,以16S rDNA两端的保守序列作为PCR引物,扩增菌株的16S rDNA序列。在T4连接酶的作用下,将扩增得到的16S rDNA序列插入克隆载体pGEM-T,构建重组质粒pGEM-wch990116S rDNA。重组质粒酶切鉴定合格后,交由测序公司对插入的16S rDNA序列进行测序。测序结果于GenBank中Blastn,并用软件Mega3.1构建系统发育树。结果wch9901 16S rDNA序列与Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus中所有菌株的16S rDNA序列同源性均达96%以上;在系统发育树上wch9901单独形成一个分枝,位于Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus LGM2遗传分枝和Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus DL2所在的独立小遗传簇及Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus JSQ所在的独立小遗传簇构成的分枝之间,并与Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus LGM2遗传分枝距离最近。结论wch9901属于Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus;wch9901与Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus LGM2具有最近的亲缘关系。     

城市污水中气味类香菌的分离与鉴定

目的分离并鉴定城市污水中的病原细菌——气味类香菌。方法采用选择性培养基细菌分离方法,从城市污水中分离出菌株JD23,利用16SrDNA分子生物学技术和生物信息学技术,通过16SrDNA序列分析,构建系统发育树,结合常规生理生化实验和形态学观察鉴定菌株种属,并确定其分类学地位。结果该菌株与Myroides odoratus M58777.2相似度达98%,结合常规生理生化实验和形态学观察,进一步确定JD23为气味类香菌。结论选择性培养基结合16SrDNA序列分析方法可分离并鉴定城市污水中的气味类香菌。     

北京市售酸奶中益生菌的分离鉴定及耐药性检测

目的对北京市售酸奶中添加的益生菌种类及浓度、益生菌酸奶分离株对6种抗生素(青霉素、氨苄青霉素、庆大霉素、万古霉素、克林霉素及红霉素)的耐药性进行检测。方法采用直接稀释法分离酸奶样品中的益生菌并进行活菌计数,对分离到的菌株进行革兰染色和生化反应鉴定,同时采用肉汤稀释法测定分离菌株对6种抗生素的最小抑菌浓度。结果用MRS培养基、(36±1)℃、厌氧培养条件下从31种北京市售酸奶样品中共分离出52株菌,其中革兰氏阳性杆菌37株,革兰阳性球菌15株。生化反应鉴定结果将52株菌分为乳酸杆菌和嗜热链球菌2大类共6个种;活菌计数结果显示,12份样品(38.7%)中益生菌计数低于国家标准规定的1×106cfu/ml(g);19份样品(61.3%)中活菌计数符合国家标准规定;所有酸奶样品分离菌株对青霉素,氨苄青霉素均敏感,而对庆大霉素的敏感性较低,1株菌对克林霉素和红霉素耐药,4株菌对万古霉素耐药。结论采集的北京市售酸奶样品大部分产品中添加的益生菌种类及活菌数符合国家标准规定,部分产品生产用菌种对一种或多种抗生素耐药。     

16S rRNA、16S-23S rRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16S rRNA、16S-23S rRNA 基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组 DNA,运用 16S rRNA、16S-23S rRNA 基因进行 PCR 扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心(NCBI)上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的 19 种临床血流感染常见细菌中,16S rRNA 基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA 成功鉴定 17 种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论 16S-23S rRNA 基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

运用23S rDNA芯片技术进行食源性感染常见致病菌的快速鉴定

[目的]应用23S rDNA芯片技术，建立食源性感染常见致病菌的快速鉴定方法。[方法]利用带正电荷尼龙膜为芯片载体，合成寡核苷酸探针，点样于载体制成寡核苷酸芯片，对食源性感染常见致病菌23S rDNA基因片段扩增产物进行杂交检测。[结果]获得扩增食源性感染常见致病菌23S rDNA基因片段的特异性引物，并在同一条件下扩增出14种细菌目标片段。在均一的杂交条件下与寡核苷酸芯片杂交，用地高辛酶联免疫法进行显色。结果表明，10种细菌杂交结果显示很好的灵敏度和特异性，4种细菌由于探针因素或杂交条件不合适未能显示预期的种(属)杂交结果。对于食源性感染模拟标本，本方法也可以获得预期的结果。[结论]建立的23S rDNA芯片技术在食源性感染常见致病菌鉴定上快速准确的优点，为食源性感染的诊治与预防提供了有效的技术手段和方法依据。     

嗜人按蚊和中华按蚊相关细菌差异的初步探讨

目的通过对河南省桐柏地区嗜人按蚊和中华按蚊的DNA提取物中细菌DNA的拷贝数和种类是否存在差异进行初步探讨，为进一步深入开展蚊媒中肠细菌与蚊媒传播疟疾能力之间的关系提供理论基础。方法以保存于75％乙醇中的成蚊为研究对象，首先应用聚合酶链反应（PCR）和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR—PFLP）方法确定蚊种，在此基础上，用PCR比较蚊虫细菌拷贝数的异同，同时克隆并酶切4只按蚊中细菌的16SrDNA序列，对酶切结果进行统计分析。结果共明确23只按蚊的种类。不同蚊种DNA中所含细菌拷贝数存在差异，但与按蚊的种类没有关系。4只按蚊DNA中共发现19种细菌16SrDNA的酶切类型。不同中华按蚊个体间存在共同的细菌DNA酶切类型；嗜人按蚊仅呈现2种细菌DNA酶切类型，均与中华按蚊不同。结论嗜人按蚊和中华按蚊中含有的细菌种类存在差异，该项研究为我们进一步研究按蚊中肠细菌是否会影响按蚊对疟原虫的感染性奠定了基础。