基于ITS2序列鉴定红白二丸药材及其近缘易混品

目的：基于ITS2序列建立红白二丸药材及其近缘易混品的分子鉴定方法。方法：共收集67份红白二丸药材（中华秋海棠）及其近缘易混品（秋海棠、掌裂叶秋海棠和柔毛秋海棠）,提取总DNA、PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,通过CodonCode Aligner V4.2.1对测序序列进行质量分析和拼接,采用MEGA 6.0进行多序列比对分析,并基于最近距离法和建树法（NJ树和UPGMA树）对红白二丸药材及其近缘易混品进行物种鉴定。结果：最近距离法和建树法的结果均表明中华秋海棠与其近缘易混品掌裂叶秋海棠、柔毛秋海棠能有效区分,但其与秋海棠未能区分开（秋海棠与中华秋海棠为原亚种与亚种的关系）。结论：ITS2序列可以有效区分红白二丸药材及其近缘易混品的物种基原,可以作为红白二丸药材的分子鉴定方法,为红白二丸药材的真伪鉴别和保证临床用药安全提供有效的技术支持。     

蛇床及其近缘物种的ITS2分子鉴定

目的：对传统中药蛇床子基原植物及其近缘物种的ITS2条形码序列进行分析,探讨药用植物蛇床子的分子鉴定方法。方法：采用PCR技术扩增蛇床ITS2基因片段,进行双向测序,运用CodonCodeAligner拼接后,用MEGA5．0软件进行相关数据分析,构建NJ树。应用Schuhz等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果：蛇床与其近缘物种ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及其ITS2二级结构均可以将蛇床及其近缘物种区分开。结论：ITS2可有效地鉴别蛇床及其近缘物种。     

基于ITS2的竹节参及其近缘物种和混伪品鉴定评估

目的对竹节参及其近缘物种和混伪品进行分子鉴定,为竹节参现代化鉴定提供科学依据和保证临床疗效与用药准确性。方法对竹节参样品进行ITS2基因片段扩增和正向测序,并从Gen Bank数据库下载竹节参、近缘物种和混伪品的ITS2序列,通过ITS2 database剪切最终共获得24个物种102条序列,使用DAMBE软件进行序列替代饱和度检测,利用MEGA 6.06软件进行比对、分析变异位点、计算GC含量、种内和种间遗传距离、构建NJ系统发育树,并预测ITS2二级结构。结果竹节参ITS2序列长度均为230 bp,平均GC含量63.7%,ITS2序列平均遗传距离分析、NJ树、二级结构特征均显示竹节参与非同属混伪品和部分近缘物种(屏边三七、假人参、三叶参、野三七和越南人参)存在极大差异,能有效区分,而鉴定近缘物种西洋参、人参、三七、珠子参、羽叶三七、Panax assamicus、Panax variabilis和狭叶竹节参序列分辨率较低,具有一定局限性。结论 ITS2序列可作为鉴定竹节参与其非同属混伪品DNA条形码之一,对非同属混伪品鉴定分辨率极高,而对于鉴定其近缘物种的通用性仍有待考证,这为后续竹节参及其近缘物种种间遗传关系和亲缘关系鉴定、非同属混伪品鉴别区分和临床安全用药提供重要参考。     

基于ITS2序列的滨海白首乌及其近缘种DNA分子鉴定

目的采用ITS2条形码鉴定滨海白首乌及其近缘种药用植物。方法采集滨海白首乌Cynanchum auriculatum及其近缘种植物样品共54份,分别提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank;从GenBank下载萝藦科植物16种47条序列,并通过ITS2数据库注释出ITS2序列;对提交与下载的101条序列,应用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间距离,采用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建neighber-joining(NJ)系统进化树直观反映鉴定结果。结果滨海白首乌ITS2序列长度均为249 bp,是1个单倍型,与萝藦科鹅绒藤属植物距离较近,与萝藦科其他属近缘种之间遗传距离较远,NJ树结果显示滨海白首乌及其近缘种药用植物均可明显区分,表现出良好的单系性,依据ITS2二级结构,也可以直观地将滨海白首乌与萝藦科近缘种区分。结论 ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别滨海白首乌,为保障安全用药提供了新的技术手段。     

基于ITS2序列鉴定金樱子及其伪品

目的：本文选用金樱子作为研究对象验证DNA 条形码鉴定中药材的稳定性及准确性。方法：通过改良的CTAB 法提取10 份样品的基因组DNA,扩增得到ITS2 片段。将得到的片段进行双向测序,运用软件CodonCode Aligner 进行拼接,其它6 份样品来源于GenBank。将金樱子与混伪品ITS2序列应用MEGA 5.0 软件进行序列比对,计算种内、种间距离,构建邻接树（neighbor-joining tree, NJ Tree）。结果：金樱子药材ITS2 序列长度为219~221 bp,存在两个Poly C 结构。金樱子种内平均Kimura 2-parameter（K-2-P）遗传距离为0.005,远小于与混伪品的种间平均K-2-P 遗传距离0.574。NJ 树结果表明金樱子与混伪品分为两枝,Bootstrap 支持率为99%,表现出良好的单系性。结论：ITS2序列作为DNA 条形码能准确稳定的鉴别金樱子药材,本研究为保证金樱子临床用药安全提供了技术保障。     

基于ITS2序列的茅苍术及其近缘种DNA分子鉴定

目的 应用ITS2条形码鉴定茅苍术Atractylodes lancea及其近缘种药材.方法 提取不同产地29份茅苍术、北苍术A. chinesis及白术A. macrocephala基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank;从GenBank下载茅苍术及其菊科近缘种10种45条ITS2序列;对提交与下载的73条序列,应用MEGA 5.1软件进行序列比对,计算种内和种间距离,采用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建Neighber-jioning(NJ)系统进化树直观反映鉴定结果.结果 茅苍术药材ITS2序列长度均为229 bp,是1个单倍型;与菊科近缘种苍术属药材距离较近,与菊科其他属近缘种之间遗传距离较远,NJ树结果显示茅苍术及其近缘种药材均可明显区分,表现出良好的单系性,依据ITS2二级结构,也可以直观地将茅苍术与菊科近缘种药材区分.结论 ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别茅苍术药材,为保障临床安全用药提供了新的技术手段.     

苍耳子药材及其混伪品ITS2 序列鉴定研究

目的：应用ITS2 序列快速并准确地鉴定中药材苍耳子,为其药材质量、用药安全提供保障。方法：提取苍耳子药材及其混伪品的基因组DNA、扩增ITS2 序列并测序,采用软件CodonCode Aligner V 4. 2 对测序峰图进行校对拼接,并对峰图进行质量控制。应用MEGA 5.0 软件计算种内种间Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,构建邻接（NJ）系统聚类树。结果：苍耳子药材基原物种种内K2P 遗传距离为0,药材基原物种与其他混伪品的K2P 遗传距离分布于0.009~0.542;NJ 树结果显示苍耳子药材与其混伪品均可明显区分。结论：ITS2 序列适用于中药材苍耳子及其混伪品鉴别,进一步验证了DNA 条形码技术鉴定中药材的有效性。     

基于ITS2序列的中药材藤梨根DNA分子鉴定

目的：通过DNA条形码鉴定技术区分中药材藤梨根及其常见混伪品。方法：对采集的中药材藤梨根样品及其常见混伪品进行DNA 提取,PCR扩增和测序,运用CodonCode Aligner 3.5.7对所获ITS2序列进行拼接。应用MEGA 5.0软件计算藤梨根及其常见混伪品的Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,并构建NJ（邻接）系统聚类树,最后分析种间ITS2序列的二级结构差异。结果：中药材藤梨根两种基原植物的平均种内K2P遗传距离分别为0.001和0.002,远小于藤梨根与其常见混伪品之间的平均K2P遗传距离0.120;藤梨根与其常见混伪品的ITS2二级结构也存在明显差异;NJ树显示藤梨根的基原植物聚在一起,与混伪品可明显区分,但无法区别所有猕猴桃属植物。结论：ITS2序列可高效区分藤梨根及其常见混伪品,弥补了传统鉴定方法的不足,提高了鉴定效率及准确性。     

大青叶及其混淆品的ITS2序列鉴定研究

目的:对中药材大青叶及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:采用PCR直接测序法,测定核基因ITS2区,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,构建NJ(邻接)树,并利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果:大青叶基源植物菘蓝ITS2序列长度为191bp,其种内平均K2P遗传距离(0.002)远小于其与混淆品的种间平均K2P遗传距离(0.882);由所构建的系统聚类树图可以看出,各物种均表现出了单系性,而同时又与其它物种明显区分开;比较ITS2二级结构发现,各物种在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论:ITS2作为条形码可以方便快捷的鉴别大青叶正品及其混淆品,对药典中其它药材的相关研究也具有重要的参考价值。     

山茱萸药材及其混伪品的ITS／ITS2序列鉴定研究

利用DNA条形码技术准确快速鉴定山茱萸药材及其混伪品。方法：提取山莱萸及其混伪品的基因组DNA,利用PCR技术扩增它们的ITS序列。所得序列经双向测序后用CodonCode AlignerV3．5．4软件进行拼接和质量评估,用MEGAV5．0计算种内、种间的遗传距离,构建NJ（邻接）树鉴定山茱萸药材及其混伪品。结果：山茱萸药材的ITS序列长度均为659bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为O．005,远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离0．357。不同来源的山茱萸药材ITS2序列无变异,长度均为250bp,其与混伪品的种间平均K2P遗传距离为0．571。ITS／ITS2序列的NJ系统聚类树和BLAST比对结果均可明显区分山茱萸药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论：ITS／ITS2序列可准确有效鉴定山茱萸药材,为临床安全用药奠定了基础,也为其它药材的分子鉴定提供了新的思路。     

芡实及其近缘种药材ITS2条形码鉴定研究

目的:应用ITS2条形码鉴定芡实及其近缘种药材。方法:提取20份芡实及其近缘种药材样品基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并双向测序,测序后用Sequin 12.3提交至GenBank;从GenBank上下载所有芡实及其近缘种30种102条ITS2序列;对提交与下载的122条序列,应用MEGA5.1软件进行序列比对,计算种内和种间距离,采用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建NJ系统进化树直观反映鉴定结果。结果:芡实药材ITS2序列长度均为214 bp,为1个单倍型,与其近缘种之间遗传距离较远,NJ树结果显示芡实及其近缘种药材可明显区分开,表现出良好的单系性。结论:ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确地鉴别芡实药材,为保障临床安全用药提供了新的技术手段,为拓宽DNA条形码技术在中药鉴定中的应用进行了新的探索。     

维吾尔药材香青兰DNA条形码鉴定方法的研究

目的：建立维吾尔药材香青兰的DNA 条形码鉴别方法。方法：采用ITS2 序列对香青兰Dracocephalum moldavica L. 及其10 种近缘种的25 份样品进行PCR 扩增并测序,比较种内和种间变异,采用K2P 模型构建NJ 系统树,并比较二级结构差异。结果：产自新疆的香青兰（KF041160、KF041163、KF041168、KF041169）种内无变异,来源于GenBank 的香青兰（AY506659）种内存在2 个变异位点;NJ 树显示香青兰可以与其近缘种区分开;垂花青兰D. nutans L.、羽叶青兰D. bipinnatum Rupr.、全叶青兰D. integrifolium Bge.等也可以与其他近缘种区分。结论：ITS2 条形码序列可以鉴定香青兰及其近缘种植物,提供了维吾尔药材香青兰分子鉴定的有效途径。     

基于ITS序列位点特异性PCR鉴别桃仁与苦杏仁

目的:对桃仁和苦杏仁进行分子鉴定研究,建立基于ITS序列位点特异性的PCR鉴定方法。方法:收集桃仁、苦杏仁样品,提取基因组总DNA,用ITS通用引物进行测序,通过Bio Edit软件进行序列比对,根据特异位点设计鉴别引物进行特异性PCR反应,并对PCR反应条件进行了优化。结果:基于ITS序列设计的特异性鉴别引物G4-7可以用于桃仁和苦杏仁的鉴别研究,在位点特异性PCR反应条件考察中,25μL反应体系DNA模板用量适宜范围为0.05~1 ng,退火温度在59℃时特异性最佳,实验建立的方法对不同DNA聚合酶和PCR仪均具有普适性。结论:该研究设计的位点特异性引物在一定条件下的PCR反应中,桃仁能够扩增出333 bp清晰条带,而苦杏仁没有该条带,从而实现了桃仁与苦杏仁的快速、准确鉴别。     

基于ITS2 序列的车前子原植物及其混伪品的分子鉴定

目的：通过分析车前子原植物及其混伪品的ITS2 条形码序列,探索鉴定车前子及其混伪品的新方法。方法：对研究材料进行DNA 提取、PCR 扩增和双向测序,所得序列经过CodonCode Aligner 拼接后,用软件MEGA5 进行相关数据分析,计算其种间、种内遗传距离,并利用已建立的ITS2 数据库及其网站预测ITS2 二级结构和构建系统发育树。结果：车前种内最大K2P 距离为0.009 9,与混伪品种间最小K2P 距离为0.497 6;平车前种内最大K2P 距离为0.005 2,与混伪品种间最小K2P 距离为0.519 1。车前子基原植物与其混伪品的二级结构的分子形态均有明显差异。由所构建的系统聚类树可以看出,车前与平车前的不同来源样品聚在一支,并能很好与混伪品区分开。结论：ITS2 条形码序列能够成功鉴定车前子基原植物与其混伪品,为车前子的基原鉴定提供了新的方法。     

基于ITS2序列的车前子原植物及其混伪品的分子鉴定

目的：通过分析车前子原植物及其混伪品的ITS2条形码序列,探索鉴定车前子及其混伪品的新方法。方法：对研究材料进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,所得序列经过CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种间、种内遗传距离,并利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构和构建系统发育树。结果：车前种内最大K2P距离为0．0099,与混伪品种间最小K2P距离为0．4976;平车前种内最大K2P距离为0．0052,与混伪品种间最小K2P距离为0．5191。车前子基原植物与其混伪品的二级结构的分子形态均有明显差异。由所构建的系统聚类树可以看出,车前与平车前的不同来源样品聚在一支,并能很好与混伪品区分开。结论：ITS2条形码序列能够成功鉴定车前子基原植物与其混伪品,为车前子的基原鉴定提供了新的方法。     

应用DNA条形码技术鉴定中药材酸枣仁

目的：利用DNA条形码鉴定技术对中药材酸枣仁及其混伪品进行分子鉴定。方法：对研究材料进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,利用CodonCode Aligner拼接后,将所得序列转换为彩色条形码图片及二维DNA条形码。用软件MEGA进行遗传距离分析,构建NJ（邻接）树。结果：酸枣仁基原植物酸枣的ITS2序列种内遗传距离为0-0.009,远小于其与混伪品的种间遗传距离（0.084-0.190）;由所构建的NJ树可以看出,酸枣不同来源的样本聚在一起,表现出单系性。结论： ITS2条形码能够有效地鉴别酸枣仁药材与其混伪品,为保障其用药安全提供新的技术手段。同时,专属二维DNA条形码可以跨平台快速获取酸枣仁的DNA条形码信息,实现对该药材市场流通的数字化监控。     

蔓荆子药材及其混伪品DNA条形码鉴定研究

本研究应用ITS2序列鉴别蔓荆子及其混伪品,收集药材和基原植物样本共46份,通过提取基因组DNA、PCR扩增和双向测序获得ITS2序列,经CodonCode Aligner V4.2拼接注释获得序列,应用MEGA5.0对序列进行分析比对,计算种内和种间遗传距离（Kimura 2-Parameter,K2P）,构建系统发育NJ树进行鉴定。结果表明,蔓荆子药材基于ITS2序列的种内最大K2P遗传距离均小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离,NJ树显示蔓荆子药材与其混伪品可明显分开,表现出良好的单系性。因此,应用ITS2序列能够准确地鉴定蔓荆子药材及其混伪品。