基于DNA条形码对凉山虫草及近缘物种和其混伪品的分子鉴定

目的：结合ITS基因和COI基因对《四川省中药材标准》收录的凉山虫草和近缘物种及当地市场上出现的混伪品进行分子鉴定,考察其方法的可行性。方法：对收集的28份样品通过DNA提取、PCR扩增,分别获得其ITS 序列和COI 序列。用Codon Code Aligner V3.7.1,Mega 5.0等软件进行比对分析,构建基于ITS 序列和COI 序列的样品的NJ 树,进行聚类分析。结果：凉山虫草和近缘物种及混伪品寄生真菌的ITS 序列种间最小K-2P距离大于各物种种内最大K-2P距离：种内变异小,种间差异较大,从而基于ITS序列的NJ 树能将凉山虫草与其他近缘物种及其混伪品很好地归属;凉山虫草和近缘物种及其混伪品寄主昆虫的COI序列种间最小K-2P距离大于各物种种内最大K-2P距离：种内变异小,种间差异较大,通过遗传距离及NJ树的分析能将凉山虫草与其他近缘物种其及其混伪品及其他近缘物种很好地区分。结论：结合ITS序列和COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定凉山虫草与其近缘物种及其混伪品,并对虫草属的系统学和分类研究提供了技术支持。     

基于ITS2条形码序列的山豆根基原植物及其混伪品的DNA分子鉴定

山豆根是我国常用中药材,对山豆根基原植物及其易混伪品进行DNA分子鉴定研究具有重要意义。本文对5科9属38个物种84份山豆根基原植物及其混伪品样品的ITS2序列进行序列变异分析、K-2p遗传距离比较及NJ系统发育聚类树构建。结果表明所研究山豆根基原植物样品种内ITS2序列无变异,与其同属密切相关物种的ITS2序列变异位点为102个,平均K-2p遗传距离为0.072,与其他混伪品的ITS2序列变异位点为200个,平均K-2p遗传距离为0.594。山豆根基原植物在NJ系统发育聚类树上聚为一支,支持率为98。因此,ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区分山豆根基原植物及其混伪品,为山豆根药材及其混伪品的鉴定提供基础。     

川木通与其混伪品和近缘种的ITS2条形码分子鉴定

目的 分析川木通及其混伪品和近缘种的ITS2条形码序列,探讨川木通及其混伪品和近缘种鉴定的新方法.方法 对样品进行DNA提取,PCR扩增ITS2片段并进行双向测序,CodonCode Aligner拼接序列,MEGA5分析川木通的种内遗传距离及与混伪品和近缘物种的种间遗传距离,预测ITS2二级结构,应用BLAST方法进...     

基于ITS2 序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘混伪品

目的：应用ITS2 序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘种混伪品,以确保药材质量,保障临床安全用药。方法：通过对金沸草、旋覆花等药材的3 个基原物种条叶旋覆花、旋覆花和欧亚旋覆花及其同属近缘物种进行DNA 提取、PCR 扩增ITS2 序列并双向测序,用CodonCode Aligner 对测序峰图进行拼接后,用MEGA5.0 软件进行相关数据分析,并构建NJ 系统聚类树以直观反映鉴定结果。结果：各基原物种ITS2 序列变异位点稳定,其种内平均K2P 距离均远小于各自药材以及同属近缘混伪品的种间平均K2P 距离;基于ITS2 序列的NJ 树可以将金沸草和旋覆花药材与同属其它近缘混伪品明显区分开。结论：ITS2 序列可准确鉴别中药材金沸草和旋覆花及其同属近缘混伪品。     

白及与其混伪品ITS2序列二级结构比较与鉴别

目的:利用DNA条形码技术通过ITS2序列对白及及其混伪品进行快速、准确鉴别。方法:采用植物基因组DNA提取试剂盒提取白及及其混伪品基因组DNA,对全部收集样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,利用MEGA7.0软件进行数据分析计算物种种间种内Kimura2-parameter(K2P)遗传距离。采用最近距离法及基于ITS2序列构建Neighbor-joining(NJ)系统聚类树,结合ITS2序列二级结构相比对的方法鉴别分析。结果:K2P遗传距离及NJ聚类树均显示只能鉴别出白及属与其他科属物种,区分不开白及属内3个物种,结合ITS2二级结构进一步鉴定,可将白及属的各个种及其他科属混伪品准确地鉴别出来。结论:利用ITS2序列作为DNA条形码,结合ITS2序列的二级结构可以有效地鉴定白及及其混伪品。     

基于ITS2的竹节参及其近缘物种和混伪品鉴定评估

目的对竹节参及其近缘物种和混伪品进行分子鉴定,为竹节参现代化鉴定提供科学依据和保证临床疗效与用药准确性。方法对竹节参样品进行ITS2基因片段扩增和正向测序,并从Gen Bank数据库下载竹节参、近缘物种和混伪品的ITS2序列,通过ITS2 database剪切最终共获得24个物种102条序列,使用DAMBE软件进行序列替代饱和度检测,利用MEGA 6.06软件进行比对、分析变异位点、计算GC含量、种内和种间遗传距离、构建NJ系统发育树,并预测ITS2二级结构。结果竹节参ITS2序列长度均为230 bp,平均GC含量63.7%,ITS2序列平均遗传距离分析、NJ树、二级结构特征均显示竹节参与非同属混伪品和部分近缘物种(屏边三七、假人参、三叶参、野三七和越南人参)存在极大差异,能有效区分,而鉴定近缘物种西洋参、人参、三七、珠子参、羽叶三七、Panax assamicus、Panax variabilis和狭叶竹节参序列分辨率较低,具有一定局限性。结论 ITS2序列可作为鉴定竹节参与其非同属混伪品DNA条形码之一,对非同属混伪品鉴定分辨率极高,而对于鉴定其近缘物种的通用性仍有待考证,这为后续竹节参及其近缘物种种间遗传关系和亲缘关系鉴定、非同属混伪品鉴别区分和临床安全用药提供重要参考。     

九里香药材及其近缘物种ITS2分子鉴定研究

目的：应用中药材DNA条形码鉴定体系核心序列ITS2对九里香药材及其混伪品进行鉴定研究。方法：按照中药材DNA条形码分子鉴定法标准流程获取九里香药材及其混伪品ITS2序列，进行种内和种间变异分析，采用最近距离法、SNPs位点分析以及建树法，综合评估该序列的鉴定能力。结果：九里香药材及其近缘物种ITS2序列长度220～234 bp，基于K2P遗传距离不能有效区分九里香、千里香和翼叶九里香，序列分析发现九里香Murraya exotica与其他物种有3个稳定的单核苷酸多态性（SNP）位点，在UPGMA树中，不同物种的样品聚在一起，表明ITS2序列可以区分九里香药材及其近缘物种。利用中药材DNA条形码鉴定系统对44份千里香待检样品进行BLAST鉴定，结果均为正品千里香。结论：ITS2序列可用于九里香及其同属近缘物种的鉴定，为九里香药材的市场监控提供了有效手段，为其本草基因组学研究提供了依据。     

基于ITS2序列的市售木通药材及其混伪品的分子鉴定

目的 建立基于核糖体内部转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列的木通药材DNA条形码鉴定方法,对市售木通药材进行物种分析。方法 收集河北、安徽、贵州等地的样品总计45份,其中木通药材及其混伪品的原植物样品18份,市售木通药材样品27份。通过提取DNA、聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增、双向测序获得ITS2序列,基于邻接（neighbor joining,NJ）系统发育树和单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNP）位点进行物种鉴定分析。结果 基于木通药材及其混伪品原植物ITS2序列构建的NJ树分析结果表明,木通药材正品及其混伪品在NJ树上聚为独立的分支,木通药材正品及其混伪品在NJ树上可明确区分;基于NJ树对27份市售木通药材的物种分析表明,市售样品中仅有4份为正品木通,2份为小木通,21份为粗齿铁线莲,正品率为14.8%。结论 基于ITS2序列的DNA条形码技术可以准确区分中药材木通及其混伪品,市售木通药材物种较混乱。     

桑白皮及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

为了探索鉴定桑白皮及其混伪品的新方法,本实验提取桑白皮药材及其混伪品的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增和双向测序,应用CodonCode Aligner V3.0对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区,获得ITS2序列。利用MEGA4.0软件计算物种种内种间Kimura 2-pa-rameter(K2P)遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建NJ系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果表明桑白皮药材与其混伪品之间的K2P遗传距离分布于0.003~0.343,大于桑种内K2P遗传距离0,NJ树也显示桑白皮可与其混伪品明显分开。因此,ITS2条形码可有效鉴别中药材桑白皮及其混伪品,为快速准确地鉴定桑白皮提供了科学依据和新的方法。     

凉茶药材鸡蛋花及其混伪品的DNA条形码鉴定

该研究应用ITS2序列作为DNA条形码鉴定凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,共收集48份药材和基原植物样本,提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,经CodonCode Aligner拼接注释获得序列,然后应用MEGA5.0比对ITS2序列,计算种内和种间遗传距离,构建系统进化NJ树进行鉴定。结果表明,鸡蛋花ITS2序列长度为244 bp,种内遗传距离为0~0.016 6,远小于其与混伪物种间的遗传距离0.320 8~0.650 4,NJ树结果显示鸡蛋花与其混伪品均可准确区分。因此,应用ITS2条形码能够准确、有效地鉴别凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,为鸡蛋花药材的鉴定提供了一种新的分子手段,为其使用安全提供了有力保障。     

山茱萸药材及其混伪品的ITS／ITS2序列鉴定研究

利用DNA条形码技术准确快速鉴定山茱萸药材及其混伪品。方法：提取山莱萸及其混伪品的基因组DNA,利用PCR技术扩增它们的ITS序列。所得序列经双向测序后用CodonCode AlignerV3．5．4软件进行拼接和质量评估,用MEGAV5．0计算种内、种间的遗传距离,构建NJ（邻接）树鉴定山茱萸药材及其混伪品。结果：山茱萸药材的ITS序列长度均为659bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为O．005,远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离0．357。不同来源的山茱萸药材ITS2序列无变异,长度均为250bp,其与混伪品的种间平均K2P遗传距离为0．571。ITS／ITS2序列的NJ系统聚类树和BLAST比对结果均可明显区分山茱萸药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论：ITS／ITS2序列可准确有效鉴定山茱萸药材,为临床安全用药奠定了基础,也为其它药材的分子鉴定提供了新的思路。     

基于ITS2序列鉴别前胡和紫花前胡药材及其混伪品

为应用ITS2序列对前胡、紫花前胡药材及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,该文依据国家药典委员会公布的《中药材DNA条形码分子鉴定指导原则》,PCR扩增前胡、紫花前胡及其混伪品的ITS2序列并进行双向测序。经CodonCode Aligner V 3.7.1对测序峰图进行校对拼接,采用MEGA5.0软件分析相关数据。结果表明:前胡药材的ITS2序列长度为229~230 bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.005。紫花前胡药材的ITS2序列长度为227 bp,种内无变异。前胡、紫花前胡药材与其混伪品的种间平均K2P遗传距离分别为0.044,0.065。紫花前胡的种间最小K2P遗传距离明显大于其种内的最大K2P遗传距离。最小距离法和NJ树鉴定结果表明前胡、紫花前胡均能与其混伪品明显区分。因此,ITS2序列可有效鉴别前胡、紫花前胡药材及其混伪品。     

蒲黄、松花粉等花粉类药材及其混伪品的DNA条形码鉴定

目前市场上花粉类药材品种较多,由于在外观形态均呈粉末状,很难区分,加之市场价格较高等因素,故混用和掺伪的情况时有发生,因此花粉类药材的准确鉴定对公众的用药安全显得尤为重要。该研究采用DNA条形码技术,对蒲黄、松花粉及其混伪品的基原植物及药材共60份样本进行研究。通过primer premier 6.0设计出蒲黄ITS2特异性引物PhF-R,其扩增效率高达100%,实验结果表明蒲黄药材的ITS2序列长度为234~249 bp,种内K2P平均距离与同属种间K2P平均距离十分接近,但远小于其与混伪品的种间K2P平均距离;松花粉药材的ITS2序列长度均为247 bp,ITS2序列种内平均K2P遗传距离远小于其与混伪品种间平均K2P距离。利用ITS2序列构建的邻接（NJ）树表明蒲黄、松花粉及其混伪品可明显区分,并呈现出良好的单系性。因此,DNA条形码可对该实验材料准确鉴定,有助于花粉类药材的监管及市场流通。     

基于ITS2条形码序列鉴定中药材佩兰及其混伪品

目的:对中药材佩兰及其混伪品进行ITS2条形码鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:提取佩兰的DNA,利用PCR技术扩增其ITS2序列,双向测序,所得序列经过CodonCodeAligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种内、种间遗传距离,并构建系统发育树。结果:佩兰药材的ITS2序列长度为218 bp;佩兰种内最大K2P距离为0.009,与混伪品种间最小K2P距离为0.024。ITS2序列的NJ系统聚类树可明显区分佩兰药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论:ITS2条形码序列能够成功鉴定中药材佩兰与其混伪品,为保障临床安全用药提供了新的技术方法。     

党参药材及其混伪品的ITS/ITS2条形码鉴定研究

为简便有效地鉴定党参药材及其混伪品并验证ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码鉴定药材的稳定性和准确性,本研究选用党参药材及其混伪品作为研究对象,对33 份药材样本提取基因组DNA,通过PCR 扩增ITS 序列,采用比对法、最小距离法对序列鉴定能力进行评估。通过序列比对,分析变异位点信息确定不同的单倍型并计算种内和种间K2P 距离。ITS2 序列采用基于隐马尔可夫模型的HMMer（Hidden Markov Model）注释方法获得。结果表明,党参药材3 个基原物种ITS 序列长度为654-655 bp,ITS2 序列长度均为239 bp,ITS/ITS2 序列种内平均K2P 遗传距离均远小于其与混伪品的种间平均K2P 遗传距离,因此ITS/ITS2 序列作为DNA 条形码能稳定、准确鉴别党参药材及其混伪品,为其鉴定提供新的技术手段。     

基于ITS2 条形码序列鉴定中药材两头尖及其混伪品

目的：本研究利用ITS2 序列对中药材两头尖及其混伪品进行DNA 条形码鉴定,以确保该药材的质量及临床疗效。方法：采用试剂盒法对36 份样品提取DNA,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2 序列并双向测序,所得序列经过CodonCode Aligner 拼接后,用软件MEGA5.1 进行数据分析,包括变异位点分析、种内种间距离计算及系统发育树构建。结果：两头尖药材的ITS2 序列长度为216 bp,种内最大K2P 距离为0.014,种间的最小K2P 距离为0.021;NJ 树结果显示两头尖与其混伪品可明显区分,表现出良好的单系性。结论：ITS2 序列作为DNA 条形码能稳定、准确鉴别两头尖药材,为其鉴定提供新的技术手段。     

基于DNA条形码技术的中药材木通种子鉴定研究

目的:利用核糖体内部转录间隔区2(ITS2)及叶绿体psbA-trnH序列对中药材木通种子进行鉴定,建立其种子DNA条形码鉴定方法,保障中药材木通种子的准确性。方法:收集木通种子样品15份,通过提取DNA、聚合酶链式反应(PCR)扩增、双向测序,获取其ITS2及psbA-trnH序列。基于BLAST分析、邻接(NJ)系统发育树构建进行物种鉴定分析。结果:共获得4种类型ITS2序列,2种类型psbA-trnH序列。ITS2及psbA-trnH均可区分木通与川木通、关木通,但ITS2序列可以区分木通与三叶木通、白木通,psbA-trnH序列无法区分木通与三叶木通、白木通。结论:DNA条形码技术可用于木通种子及其易混伪品的鉴定。     

基于ITS2序列鉴定中药材升麻及其混伪品

该研究选用ITS2序列对升麻及其混伪品进行分子鉴定,从而确保用药安全。实验采用DNA条形码技术,对升麻及其混伪品的ITS2核基因片段进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V3.7.1拼接后,利用MEGA 5.0软件对相关数据分析,构建邻接（NJ）系统聚类树进行鉴定分析。结果表明升麻药材的3个基原物种：大三叶升麻Cimicifuga heracleifolia、升麻C. foetida、兴安升麻C. dahurica,其ITS2序列长度分别为217,219,219 bp,3个基原物种ITS2序列与混伪品的种间平均K2P距离大于其种内平均K2P距离,ITS2系统发育树显示,升麻的3个基原物种均各自聚为一单系分支,并与其他混伪品明显分开。ITS2序列能够有效准确地鉴别中药材升麻及其混伪品。     

基于ITS和ITS2序列的药用石斛DNA条形码鉴定研究

目的 探讨内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）和内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)片段作为DNA条形码鉴别我国41种药用石斛种类的可行性。方法 通过PCR扩增测序结合GenBank公共序列筛选分别获得我国41种药用石斛的核基因ITS和ITS2序列433条和410条,以Kimura-2-parameter(K2P)模型计算种间和种内遗传距离,以邻接法（neighbor-joining,NJ）构建系统发育树,并对ITS2二级结构进行预测分析。结果 基于遗传距离和NJ树分析结果均显示,ITS和ITS2作为DNA条形码可分别有效区分待测的30和31种药用石斛,物种鉴定效率分别为73.2%和75.6%。联合系统发育树和ITS2序列二级结构分析,药用石斛种类的鉴定效率可提升至87.8%。结论 ITS2作为DNA条形码对药用石斛的物种分辨率优于ITS,物种取样数量可显著影响DNA条形码对药用石斛的物种鉴定效率。结果丰富了我国石斛属植物的DNA条形码数据库,为保障药用石斛种质资源和药用安全提供了科学基础和技术...