沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析

目的应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征。方法抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）。结果药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率最高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素（头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋）均未产生耐药性。PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sal16位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别。结论分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发。目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化。     

脉冲场凝胶电泳和多位点串联重复序列分析 应用于中国鼠伤寒沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点。 方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点, 简称MLVA_EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力。 结果 175株鼠伤寒沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823。对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型。用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758。应用MLVA_PN分析,获得98种型别, D值为0.9763。 两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性。对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性。 结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析。     

2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较

  目的  比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。  方法  采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异。  结果  PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均＜0.9,PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI 值最高,可达0.971。  结论  对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。     

多位点串联重复序列分析应用于中国肠炎沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）分型方法用于我国肠炎沙门菌分子分型的能力,建立我国肠炎沙门菌MLVA分型标准操作方法及数据库。方法 根据国际PulseNet公布的肠炎沙门菌PFGE和MLVA分型方案,对来自我国6个省（直辖市）的289株肠炎沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这两种分型方法对我国肠炎沙门菌分离株的分型能力。结果 289株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后获得55种带型,其分辨能力（D值）为0.8433。PFGE优势带型为JEGX01.CN0003及JEGX01.CN0001,带型频率分别为35.6%、25.6%,但二者仅表现两个条带的差异,其余型别均低于5%。采用MLVA分析,获得63种型别,分为2个群,D值为0.8608,说明MLVA分辨能力高于单酶切PFGE,但分型能力仍然有限。MLVA主要型别ST1包含了97株菌株,占37.5%,分布于各省及各年份。若联合PFGE及MLVA分型,则产生104种型别,D值为0.9058。对流行病学调查显示为肠炎沙门菌暴发病例菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,结果均显示这些菌株具有明显的聚集性,但不能与同期散发菌株完全区分开。结论 MLVA与PFGE分型方法的分辨能力在肠炎沙门菌中较低,在确认肠炎沙门菌引起的暴发事件时,需紧密结合流行病学调查资料,采用双酶切PFGE或MLVA进行分型分析。     

2014—2018年仙桃市伤寒沙门菌分子分型及耐药性分析

目的了解仙桃市伤寒沙门菌的耐药性及分子分型特征。方法收集2014—2018年分离的29株伤寒沙门菌开展药敏试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型及多位点序列分型(MLST)分析。结果药敏结果显示,29株伤寒沙门菌中27株菌对26种临床常见抗菌药物均为敏感/中度敏感,余2株菌有不同程度的耐药性,其中1株菌株耐药谱分布较广,对β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物类药物耐药。PFGE结果显示,29株伤寒沙门菌可分为6种PFGE型别,其中流行优势型为HuBXTSal003型别。MLST分型显示,29株菌株共有2种序列型,其中ST2为优势ST型。结论仙桃市伤寒沙门菌株存在优势PFGE带型及优势ST型,有多重耐药菌株出现。     

1995-2016年新疆维吾尔自治区伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的 通过对新疆维吾尔自治区（新疆）1995-2016年伤寒沙门菌进行分子流行学特征分析,为今后监测和疫情预警提供依据。方法 利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对527株伤寒沙门菌进行分子分型和流行特征研究。结果 527株伤寒沙门菌分为145个PFGE带型,条带相似度为57.42%~100.00%。有部分带型多年持续存在,且出现在不同地区。共发现32组分子分型成簇性病例。结论 新疆伤寒沙门菌在基因型上存在高度多态性,同时也有优势带型长期连续存在,且存在分子分型成簇性病例,需要加强实验室监测。     

鼠伤寒沙门菌分子分型及耐药性特点

目的了解广州市鼠伤寒沙门菌的分子分型以及耐药性特点。方法利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术对鼠伤寒沙门菌进行分子分型,采用纸片扩散(K-B)法进行药敏试验,且采用WHONET 5.6软件对药敏结果进行耐药分析。结果 PFGE结果聚类分析将44株鼠伤寒沙门菌分为15型,其中PFGE9型、PFGE8型、PFGE3型为广州市的优势菌型,菌株比例为54.5%(24/44)。耐药表型分型可将其分为21型,多重耐药菌占61.4%(27/44)。结论广州市鼠伤寒沙门菌分子分型呈多样性,分离株的多重耐药较为严重。     

2017年四川省内江市鼠伤寒沙门菌监测与分子分型研究

目的 了解四川省内江市食源性鼠伤寒沙门菌分子分型结果与流行情况,为该菌的防控提供参考依据。方法 收集内江市所有哨点医院食源性疾病病例资料,并采集粪便标本进行沙门菌分离培养,使用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型,使用Bionumerics 6.6软件进行电泳图谱分析。结果 2017年共分离到48株鼠伤寒沙门菌,主要分离自儿童。5-10月是发病高峰,病例占全年的89.6%（43/48）,7月发病最多（17/48）。PFGE分型结果获得39种带型,每种带型包含菌株1~5株不等,相似度区间（65%~100%）,有5组相似度100%的菌株,但病例之间无密切接触史,其中1组均有皮蛋暴露史。结论 内江市鼠伤寒沙门菌在儿童中流行较广,夏秋季节感染患者多,皮蛋可能是潜在的感染来源。分子分型结果提示菌株之间有一定的关联性,少数菌株具有引起暴发的潜力,应加强该菌的监测和防控。     

2012－2018年江苏省无锡市肠炎沙门菌药物敏感性与分子分型研究

  目的   分析2012 — 2018年江苏省无锡市肠炎沙门菌分离株的药物敏感性和分子分型。   方法   收集2012 — 2018年分离自无锡市食源性疾病监测哨点医院门诊腹泻患者、从业体检人员、食物中毒以及环境水样监测的110株肠炎沙门菌菌株,采用BD Phoenix全自动细菌鉴定/药敏系统测试方案和脉冲场凝胶电泳（PFGE）方法,进行药物敏感性试验和PFGE分子分型分析。   结果   110株肠炎沙门菌对环丙沙星、厄他培南、亚胺培南、美罗培南、阿奇霉素和头孢他啶/阿维巴坦6种抗生素均敏感,对萘啶酮酸、氨苄西林和氨苄西林/舒巴坦的耐药率较高;77（70.00%）株菌为多重耐药,以耐3种抗生素为主（45.45%,50/110）。PFGE将110株菌分为39个带型,各带型包含1～31株菌,EN17、EN21和EN24为优势带型。   结论   无锡市肠炎沙门菌耐药状况严重,应引起重视,菌株的分子分型多样,具有优势带型。     

2008－2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药与分子分型研究

  目的  分析2008—2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药特征及分子分型特征。  方法  基于肠道病原监测平台收集的分离于2008—2018年的109株人源鼠伤寒沙门菌,采用生化检测试剂条和血清凝集试验进行菌株复核,采用微量肉汤法进行药敏试验,通过聚合酶链式反应方法检测β-内酰胺类、喹诺酮类和大环内酯类药物相关耐药基因,并通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型分析。  结果  北京市鼠伤寒沙门菌对传统抗生素普遍耐药,多重耐药率达52.29%,对临床一线推荐药物环丙沙星、头孢类药物和阿奇霉素的耐药率分别为21.10%,17.43%和1.83%。 还发现了对头孢类药物和环丙沙星共同耐药以及对头孢类药物和阿奇霉素共同耐药的菌株。 耐药基因检测结果显示,耐头孢类药物菌株中,最常见的超广谱β-内酰胺酶基因是bla_TEM-1,其次是bla_CTX-M-14,同时也首次于鼠伤寒沙门菌中发现了bla_OXA-29基因的携带。 环丙沙星耐药主要与gyrA、parC和parE基因的点突变有关。 耐阿奇霉素菌株中未检测出相关耐药基因。PFGE分子分型结果显示,109株菌可分为67个带型,存在包含13株菌的优势带型。  结论  北京市人源鼠伤寒沙门菌耐药形势严峻,PFGE图谱呈多态性分布,相同PFGE带型菌株间具有更相似的耐药谱,需进一步加强肠道病原菌的耐药监测以有效控制耐药性的传播扩散。     

2013-2017年浙江省温州市产超广谱β-内酰胺酶沙门菌的血清型及耐药性分析

目的 研究2013 — 2017年温州地区产超广谱 β-内酰胺酶（ESBLs）沙门菌的血清型分布及耐药性,为临床病情的预防、诊断与治疗提供依据。 方法 对2013年1月 至2017年12月本单位及各区疾病预防控制中心上送的294株沙门菌菌株进行E-test定量法确认产ESBLs菌株的血清分型、药物敏感性及其流行病学特征分析。 结果 294株沙门菌筛查出产ESBLs菌株68株,检出率为 23.13%,共有3种血清型。 产ESBLs鼠伤寒沙门菌41株（60.29%,41/68）、产ESBLs肠炎沙门菌19株（27.94%,19/68）、产ESBLs德比沙门菌8株（11.76%,8/68）。 患者年龄以3 ~ 5岁幼儿（61.76%,42/68）和0 ~ 2岁婴儿（17.65%,12/68）为主。 而标本类型以肠道标本为主,占69.12%（47/68）,其次来源自血液,占30.88%（21/68）。 产ESBLs沙门菌对头孢吡肟、复方新诺明、四环素的耐药率分别为41.18%、52.94%和47.06%;未发现亚胺培南、环丙沙星、左氧氟沙星耐药株。 结论 产ESBLs沙门菌菌株传播较严重,主要血清型为鼠伤寒沙门菌,在婴幼儿中多见;产ESBLs沙门菌对抗生素耐药性不同,尤其头孢吡肟、复方新诺明、四环素等敏感性较差,临床上应加强多重耐药监控。      

江苏省无锡市门诊腹泻患者鼠伤寒沙门菌分子分型和耐药特征研究

目的 了解无锡市腹泻病例分离的鼠伤寒沙门菌分子分型和耐药特征。方法 对无锡市2016—2017年哨点医院分离的26株鼠伤寒沙门菌采用微量肉汤稀释法测定菌株对9类14种抗菌药物的敏感性;选择两株多重耐药的菌株（SM699：耐7类;SM912：耐4类）进行全基因组二代测序,用生物信息学方法研究其耐药的遗传学基础和多位点序列分型;采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析菌株同源性。结果 26株鼠伤寒沙门菌对亚胺培南均敏感,对其他13种抗菌药物呈现不同程度的耐药（3.8%～65.4%）。耐药率排在前3位的为四环素（65.4%,17/26）、氨苄西林（61.5%,16/26）、萘啶酸（42.3%,11/26）。20株菌至少对1类及以上抗菌药物耐药（76.9%,20/26）,共产生15种耐药表型,有14株菌为多重耐药菌株（53.8%,14/26）。全基因组二代测序结果表明,SM699和SM912分别携带23种和9种耐药基因,可介导对相应抗菌药物的耐药,耐药基因与耐药表型基本一致。菌株SM699的gyrA基因突变可介导喹诺酮类耐药。两株菌均为ST34型,属于近缘克隆株。26株菌产生23种PFGE带型,相似...     

黑龙江省人源沙门菌流行特征及指纹图谱多态性分析

  目的  了解黑龙江省人源沙门菌的血清型及分子分型特征。  方法  对2016 — 2019年从黑龙江省监测腹泻病例分离的沙门菌进行血清学分型及脉冲场凝胶电泳（PFGE）图谱多态性分析。  结果  2016 — 2019年,9 977例腹泻病例中共检出303株人源沙门菌,其中大庆、哈尔滨、齐齐哈尔市检出率较高,第二季度沙门菌检出率显著高于其他季度,16～及56～岁年龄组人群沙门菌检出率高于其他年龄组。 黑龙江省人源沙门菌包含46种血清型,肠炎沙门菌占40.59%,为主要血清型。 肠炎沙门菌共有67种PFGE谱型,型别多样,分为3个带型簇,54.10%的优势谱图菌株来源于≤5岁婴幼儿。  结论  16～及56～岁年龄组人群是人源沙门菌感染的高危人群,而肠炎沙门菌为主要血清型别。 黑龙江省人源沙门菌指纹图谱呈多态性分布。     

Development and evaluation of a multiplex polymerase chain reaction assay to identify Salmonella serogroups and serotypes

To improve limitations of Salmonella serotyping, 2 multiplex polymerase chain reaction (M-PCR) were developed using a strategy that identifies first the genes encoding serogroups (rfbJ, wzx). According to the serogroup determined, a second M-PCR identifies serotype (fliC, fljB, wcdB, and sdf-I sequence). Standardization and evaluation of both M-PCRs were carried out.     

Development of a Salmonella-specific biotinylated DNA probe for rapid routine identification of Salmonella

Classical microbiological techniques used in the detection and identification of Salmonella spp. in foods, drinking water and clinical samples are relatively lengthy. Immunoassays, on the other hand, have the major disadvantage of often generating false positives and false negatives. Recombinant DNA technology offers more efficient alternatives to the detection of a specific organism by employing cloned DNA sequences unique to the organism. Demonstration of a presence of complementary sequences among a heterogeneous population of molecules of DNA isolated from bacteria can be made by using a DNA-DNA hybridization technique. We have obtained a fragment of DNA from Salmonella typhimurium chromosomal DNA, cloned it in Escherichia coli plasmid and tested it in colony hybridization tests with 57 strains of Salmonella and other enterobacteriaceae. In all tests, the fragment was found to be Salmonella-specific in that it gave a positive reaction with all strains of Salmonella tested and was negative when tested against other Enterobacteriaceae.     

广东省江门市一起副溶血弧菌食物中毒分离株的病原学特征分析

目的 分析广东省江门市2017年某公司发生的一起副溶血弧菌食物中毒分离株的血清型别、耐药表型和分子特征。方法 对该起食物中毒事件分离到的15株副溶血弧菌进行血清学分型,抗生素敏感性检测,耐热直接溶血毒素基因（tdh）、耐热相关溶血毒素基因（trh）、GS-PCR和orf8基因的PCR检测,脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型分析。结果 15株副溶血弧菌分离株经生化鉴定、血清学鉴定为O3:K6型;抗生素敏感性分析显示,所有菌株均对氨苄西林和头孢唑啉耐药,对其他抗生素敏感;毒力基因PCR检测结果显示,所有菌株均为tdh+trh-型菌株,并且携带GS-PCR和orf8基因;14株病例分离株和1株食物分离株经限制性内切酶（NotⅠ、SfiⅠ）酶切后的PFGE指纹图谱高度相似,仅存在2条带的差异。结论 该起食物中毒的病原体为O3:K6型副溶血弧菌,携带tdh、GS-PCR和orf8基因,具有共同的耐药表型和遗传特征,此次食物中毒事件由2种克隆群的副溶血弧菌引起。     

2006－2016年我国畜禽动物源性沙门菌血清型分布及其耐药特征

目的了解2006 — 2016年我国畜禽动物来源沙门菌的血清型分布及其耐药特征，完善我国动物源性沙门菌耐药数据，为多重耐药沙门菌感染的预防控制决策提供依据。方法利用传统血清凝集试验，对主要来源于鸡、猪的沙门菌进行血清分型；采用微量肉汤稀释法测定所有实验菌株对16种抗生素的最小抑菌浓度，依据美国临床和实验室标准协会 2017版进行药敏结果判读。结果2006 — 2016年776株沙门菌分为49种血清型，以肠炎沙门菌（31.57%）、德尔卑沙门菌（17.53%）和鼠伤寒沙门菌（14.82%）为主。 猪和鸡源沙门菌的优势血清型分别为德尔卑沙门菌（39.15%）和肠炎沙门菌（51.62%）。 沙门菌对磺胺异恶唑、链霉素和萘啶酸的耐药率最高，分别为73.32%、70.88%、69.59%；对环丙沙星的耐药率为10.70%；对三代头孢的敏感性较高，达92.00%以上。 菌株多重耐药率达63.40%，鼠伤寒沙门菌多重耐药率最高（90.44%），次之为德尔卑沙门菌（63.24%）和肠炎沙门菌（58.78%）。结论我国主要畜禽动物源性沙门菌的多重耐药现象较严重。 随着时间的推移，菌株对多数药物的耐药水平呈上升趋势，需密切关注并实时监测耐药性的变迁、播散及其对环境、人群的潜在威胁，同时加强养殖业抗菌药物的合理应用及监管。     

液相悬浮芯片技术在黑龙江省沙门菌血清分型中的应用

目的探索液相悬浮芯片技术对黑龙江省食品风险监测的沙门菌分离株的血清分型效果及适用性。方法采用玻片凝集试验对分离的451株沙门菌进行分型,采用液相悬浮芯片技术——沙门菌血清型快速分型试剂盒（SSA）对其中256株沙门菌O抗原、H抗原、AT抗原基因进行分型鉴定。结果249株分离株可以用SSA完整分型;液相悬浮芯片技术与传统方法血清分型的符合率超过96%。分离鉴定的44种血清型中有7种涉及到的O抗原或H抗原不在SSA检测范围内,其余37种能用SSA成功分型;利用SSA检测15株血清玻片凝集法不能分型的沙门菌,10株可成功分型。结论液相芯片技术能对大部分黑龙江省食品源沙门菌进行血清分型,与传统血清分型方法的一致性较高,且比传统方法具有高通量、高速度、准确性高的特点,可考虑常规用于沙门菌血清分型,特别是在应对食源性沙门菌感染暴发及食品风险监测时优先选用该方法进行血清型别的快速判定。     

某医院72株阴沟肠杆菌临床菌株分子型别与耐药特征分析

目的 分析72株阴沟肠杆菌临床菌株分子型别和耐药特征,为流行病学及临床研究提供参考依据。方法 通过热休克蛋白基因和肽指纹图谱进行分子分型;采用琼脂药敏纸片法分析耐药表型;利用PCR扩增法对20个耐药基因进行检测;运用SAS软件对数据进行统计学分析。结果 72株阴沟肠杆菌临床菌株分为2个分支9个基因群,以分支1（基因群Ⅲ、Ⅵ和Ⅷ）菌株为主（50株,69.4%）。临床菌株对一至三代头孢、氨苄西林/舒巴坦具有较高的耐药率,对另外9种抗生素较为敏感。共检测到8个耐药基因（mir-act、dha、shv、tem、ctx-M、qnrA、qnrB和qnrS）。通过组内统计学分析发现,各型别菌株的临床分布、耐药率和耐药基因携带率不完全相同,差异有统计学意义。结论 通过两种分型方法,阴沟肠杆菌临床菌株中存在优势型别,不同型别的菌株在耐药率和耐药基因携带率上存在差异。     

2013-2015年安徽省合肥市食源性疾病患者分离沙门菌的病原学特征分析

目的分析安徽省合肥市食源性疾病患者所分离沙门菌的血清型别以及脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子型别特点。方法对2013 — 2015年在合肥市2家哨点医院就诊的2 618例食源性疾病患者，进行沙门菌的分离鉴定以及血清学分析，并用Xba Ⅰ酶切进行PFGE分析其分子型别特征。结果在2 618份患者标本中，共检测出76株沙门菌，总检出率为2.9%，共分为17种血清型，鼠伤寒沙门菌检出率最高，其次为肠炎沙门菌。 69株沙门菌经Xba Ⅰ酶切，共产生53种PFGE带型，每种带型包含1 ~ 5株沙门菌，其中鼠伤寒沙门菌共产生20种带型，肠炎沙门菌共产生10种带型。结论初步了解合肥市食源性疾病沙门菌感染是一种以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主、多血清型长期共存的散发性感染，获得了本地区食源性疾病沙门菌感染的基线水平的血清型别和PFGE分子分型数据库，为后续暴发监测奠定了基础。