2012－2016年北京市朝阳区33株风疹病毒分离株基因特征分析

目的 通过对北京市朝阳区疑似风疹病例咽拭子标本进行细胞培养及基因特征分析,了解其分子流行病学特征。 方法 使用Vero/SLAM细胞对2012 — 2016年北京市朝阳区暴发和散发病例的风疹咽拭子标本进行病毒分离,应用反转录–聚合酶链式反应扩增风疹病毒E1基因序列,对扩增产物进行核苷酸序列测定。 使用分子生物信息学软件,将获得风疹病毒毒株核酸序列与世界卫生组织推荐风疹病毒13个基因型的32个参考毒株及16株中国部分省市流行株E1基因739个核苷酸序列进行系统发生树的构建及对比分析。 结果 共分离出33株风疹病毒毒株,其中8株为1E基因型,25株为2B基因型。 1E型风疹流行株分离自2012 — 2013年,2B型风疹流行株分离自2012 — 2016。 2B型流行株组内遗传距离及组间遗传距离均小于1E型流行株的组内遗传距离和组间遗传距离。 结论 2012 — 2016年北京市朝阳区风疹病毒流行优势株为2B基因型,1E基因型正在逐步被2B基因型代替。 2B基因型风疹流行株核酸序列更稳定,并逐渐成为优势基因型。      

深圳市一起B群流行性脑脊髓膜炎疫情的调查

目的 调查B群流行性脑脊髓膜炎（流脑）疫情的原因。 方法 于2018年2月22、27日对患者和密切接触者进行流行病学调查,并收集脑脊液、血液和咽拭子样品进行分离培养、PCR检测和二代测序。 结果 在患者血液及其母亲咽拭子中均分离出B群脑膜炎奈瑟菌,多位点序列分型均为ST-3200/CC4821,2株菌的16S rRNA及耐药基因、多肽编码基因的相似性为100%。 结论 该疫情是由健康携带B群脑膜炎奈瑟菌的母亲传播给患者而引起。      

我国脑膜炎奈瑟菌中nalP基因的分布特征

目的 了解我国脑膜炎奈瑟菌（Nm）菌株的nalP基因分布特征,为其功能和作用机制研究提供依据。 方法 采用多位点序列分型方法对187株分离自我国的Nm菌株进行分子分型。利用菌株全基因组框架图获得nalP基因及其两侧序列,对基因序列进行同源性比对及聚类分析。 结果 178株Nm携带nalP基因;Nm中nalP基因与淋病奈瑟菌（Ng）中nalP基因的同源性为95% ~ 96%,但系统进化分析明显分为两支,两侧间隔区同源性＞85%。9株无nalP基因菌株中6株为?nalP2型,新发现3种排布方式。C群患者和健康携带者来源phase on菌株数差异有统计学意义。 结论 Nm中nalP基因可能由Ng获得后各自独立进化,无nalP基因菌株可能是nalP基因丢失,能够表达NalP的C群患者来源菌株可能缺失NalP的补偿机制。      

2008－2017年鄂西北地区脑膜炎奈瑟菌药物敏感性及分子分型研究

目的 分析鄂西北地区2008 – 2017年分离到的72株脑膜炎奈瑟菌（Nm）的药物敏感性及分子分型特征。 方法 对Nm菌株进行生化鉴定和血清学分群,并采用荧光聚合酶链式反应进行基因分群,用K-B纸片和E-test检测试纸条进行药敏试验;选取部分菌株进行多位点序列分型（MLST）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）。 结果 血清分群结果为B群14株、C群10株、W群3株、E群1株、不可分群44株。基因分群结果:B群33株、C群10株、W群3株、E群1株,其他及不可分群25株。70株Nm菌株对复方新诺明、萘啶酸、环丙沙星、米诺环素、氯霉素5种抗生素的敏感率分别为7.14%、21.43%、28.57%、98.57%和98.57%,对美罗培南、亚胺培南、阿奇霉素、头孢曲松、头孢噻肟、青霉素和利福平均敏感。17株菌株共有12种序列型别,其中12株菌株不能归入现有克隆群,其他5株属于CC4821（4株）和CC175（1株）。55株菌株分为48种不同的PFGE带型,带型相同的菌株其基因群亦相同。 结论 2008 – 2017年鄂西北地区分离的Nm菌株主要为B群;对复方新诺明、萘啶酸和环丙沙星具有较高的耐药性。MLST分型以CC4821为优势克隆。PFGE分型特征呈多态性,未出现优势带型。      

甲型/乙型副伤寒疫情交叉暴发的病原分析

目的对2018年新疆生产建设兵团某学校暴发的甲型/乙型副伤寒疫情的病原菌进行分子生物学分析，为暴发疫情的判定及调查工作提供依据。方法收集医院病例粪便标本中分离的17株菌株，并进行血清学分型，采用微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验，并利用BioNumerics 7.6软件对脉冲场凝胶电泳（PFGE）图谱进行菌株的同源性分析。结果17株菌中，12株为甲型副伤寒沙门菌，抗原式为1,2,12∶a∶-；5株为乙型副伤寒沙门菌，抗原式为1,4,12∶b∶1,2。 所有菌株均对14种抗生素敏感。 PFGE图谱聚类分析显示有2种带型，带型相似度为59.4%，相同血清型的菌株具有相同的带型。结论PFGE技术在伤寒和副伤寒暴发疫情的分析中发挥着重要作用。     

猪链球菌wzy基因与血清型别的相关性分析

目的 分析wzy基因序列与血清分型相关性,评价基于wzy基因的基因组水平血清分型的可行性。 方法 建立了33个已知血清型（1 ~ 31,33与1/2型）及21种新型cps型别（NCL1 ~ 20与Chz型）的wzy基因的氨基酸序列数据库,用来检索公开发表的767个有传统血清分型结果的基因组序列,以确定它们的分子血清型别,并与其用传统血清分型结果进行比对。 结果 767个基因组中,有765个基因组含有1种且仅含有1种数据库中的wzy基因,剩余的2个基因组携带数据库中没有的wzy基因,本研究中将其cps型别命名为NCL21。 94.13%（722/767）基因组的分子血清型别与其传统血清分型结果一致。 在二者结果有差异的基因组中,其cps基因簇的核苷酸序列与其传统血清分型结果相应的血清型标准菌株cps序列有明显的差异。 结论 基因组水平检测血清型特异性的wzy基因的分型策略,显著优于传统的血清分型方法。      

2012－2017年天津市百日咳鲍特菌耐药情况分析

目的 了解2012 — 2017年天津市百日咳鲍特菌菌株对抗生素敏感性的分布情况及耐药位点变异情况,为百日咳防治提供依据。 方法 以2012年2月至2017年7月天津市分离的18株百日咳鲍特菌菌株作为研究对象,采用纸片扩散法对培养的阳性菌株进行红霉素、阿奇霉素、克拉霉素、左氧氟沙星及克林霉素敏感性进行检测,同时采用E-test法检测菌株对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素、左氧氟沙星及复方新诺明的敏感性;对红霉素结合区域23S rRNA domain V基因片段进行扩增、序列测定及分析。 结果 纸片扩散法结果显示,18株菌株中仅1株对5种抗生素均敏感,其余17株对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素及克林霉素均耐药,红霉素耐药率最高,达94.44%（17/18）,18株菌对左氧氟沙星均敏感;E-test法结果显示,仅1株菌对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素的最低抑制浓度（MIC）在敏感范围内,其余17株对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素的MIC均＞256 μg/ml,18株菌对左氧氟沙星的MIC为0.19～0.38 μg/ml,复方新诺明的MIC为0.047～1.500 μg/ml;23S rRNA扩增产物序列分析发现,17株菌发生A2047G位点突变。 结论 纸片扩散法和E-test法对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素和左氧氟沙星的耐药结果完全符合,17株菌对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素同时耐药,耐药株23S rRNA序列均发生A2047G红霉素耐药位点改变。      

16S rDNA序列在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的 通过16S rRNA基因序列分析快速鉴定艾伯特埃希菌。方法 以30株疑似艾伯特埃希菌为材料,使用通用引物扩增其16S rRNA基因并进行测序。获得的序列与艾伯特埃希菌型菌株LMG 20976,基因组测序菌株KF1、NBRC107761、TW07627以及其他密切相关的细菌种(大肠埃希菌、赫曼埃希菌、费格森埃希菌、志贺菌和Shimwellia blattae)的16S rRNA基因序列进行比较,并使用N-J法构建进化树来分析其相关性。结果 30株疑似艾伯特埃希菌的16S rRNA基因序列与艾伯特埃希菌参考菌株的序列相似性最高,并与其聚类为一簇,为艾伯特埃希菌。结论 16S rRNA基因测序分析可用于艾伯特埃希菌的快速鉴定。     

江苏省苏州市1例人感染猪链球菌病例调查

目的 调查苏州市1例人感染猪链球菌病例的流行病学和病原学特点,为防控提供依据。 方法 现场访谈查看患者的感染途径和感染来源,并进行溯源调查;对患者及80份生猪扁桃体、鼻咽拭子标本中分离的菌株进行VITEK2 compact生化鉴定和聚合酶链式反应检测,检测种属特异性基因（16S rRNA）和4种毒力基因（cps-2J、sly、ef 和mrp）。 结果 经流行病学调查,患者可能在清洗猪肉过程中经手部伤口感染。患者分离株种属特异性16S rRNA 基因、毒力基因cps-2J、sly和 ef 基因均呈阳性。2份猪鼻咽拭子标本经生化鉴定为猪链球菌2型,毒力基因sly呈阳性。 结论 该病例可能为偶然感染强毒株。健康猪群猪链球菌2型检出率低、毒力低,不足以威胁健康人群;应保持警惕,做好生猪检疫工作,加强监测和宣传教育,在接触生猪制品时,做好个人防护,防止感染猪链球菌病。      

3种方法对1株临床疑难菌的鉴定及结果比较

目的 通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、16S rRNA序列分析和全基因组测序(WGS)对从临床标本中分离的1株疑似盐单胞菌进行菌种鉴定,比较3种方法的鉴定结果。方法 采用MALDI-TOF MS对待测菌进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现菌种鉴定;对菌株进行16S rRNA基因测序,将测序结果与数据库比对;待测菌WGS后进行序列比对分析,具体包括使用ANIm和ANIb 2种方法计算平均核苷酸一致性(ANI)以及与基因组分类数据库(GTDB)进行比对;基于全基因组序列中的16S rRNA序列和看家基因序列构建系统进化树,以及基于COG和KEGG功能对基因组进行聚类分析。结果 MALDI-TOF MS对待测菌株的鉴定结果是Halomonas hamiltonii;经16S rRNA序列分析,发现待测菌株与3种盐单胞菌(Halomonas hamiltonii、Halomonas stevensii和Halomonas johnsoniae)的相似度均>99%,且相似度差异非常小,因此无法进行准确的菌种鉴定;基于WGS的基因序列比对、系统发育树、...     

一起单增李斯特菌引起新生儿败血症的溯源研究

目的 调查自贡市1例单核细胞增生性李斯特菌所引起的新生儿败血症病原学及流行病学特征,为防控提供参考。 方法 检测新生儿血液样本、产妇阴道及外阴拭子样本中的单增李斯特菌,采集该新生儿家庭住所的食品及环境样本、住所附近农贸市场的食品样本,检测样本中的单增李斯特菌,同时对产妇进行问卷调查;对分离到的单增李斯特菌进行血清型鉴定,并运用多位点序列分型（MLST）,脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术研究菌株的同源性。 结果 从新生儿及其母亲样品中分离到7株单增李斯特菌、居住地附近的农贸市场凉拌熟食摊中分离到1株,8株菌株的血清型均为1/2b,ST型均为ST87型,PFGE带型相似度100%。 感染母亲与市场中污染凉拌熟肉的单增李斯特菌来自同一污染源,新生儿李斯特菌感染由母婴垂直传播导致。 结论 凉拌熟肉制品很可能是孕产妇单增李斯特菌感染的危险因素,需要在食品安全风险监测项目中重点监测。 围产期妇女单增李斯特菌感染的筛查应作为产妇产检的重要内容。      

2018年浙江省余姚市一起伊桑吉沙门菌引起的食源性疾病暴发事件调查

目的研究2018年浙江省余姚市发生的一起因食用被伊桑吉沙门菌污染的烤鸭引起的食源性疾病暴发事件,了解病原的生物学特性、分子分型及药敏特征。方法使用国家标准对可疑食品样本进行致病菌检测,对收集的沙门菌进行系统生化和血清型鉴定,利用纸片扩散法进行药敏试验,采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）和全基因组测序（WGS）方法进行分子分型分析,通过查阅患者就诊记录和回访进行流行病学、临床和实验室调查。结果经流行病学调查和实验室检测确认为一起因食用被伊桑吉沙门菌污染的烤鸭引起的食源性疾病暴发事件,共分离到3株伊桑吉沙门菌,均为单耐药株（耐复方新诺明）。 3株菌PFGE带型完全一致,均为ST216型,全基因组多位点序列分型（wgMLST）分析发现2株患者分离株存在1个差异等位基因,但均携带126种已知毒力基因和1个氨基糖苷类耐药基因aac（6）-Iaa。结论此次事件为一起因食用被ST216型伊桑吉沙门菌污染的烤鸭引起的食源性疾病暴发事件,为余姚市首次报道。     

广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析

目的 研究珠海市沙门菌1,4,［5］,12:i:–和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据。 方法 用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–进行PFGE和MLVA分型。 结果 药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,［5］,12:i:–的多重耐药株分别为45株（45/51,88.24%）和51株（51/70,72.86%）,2种菌多重耐药率差异有统计学意义（χ2＝4.256,P＝0.039）,两者的耐药率＞50.00%的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素。 121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型。 MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化最多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87%的菌株在STTR10p位点无扩增产物。 经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建最小生成树分析发现91.74%（111株）菌株分布在Ⅰ群。 结论 珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似。      

2015-2019年北京市西城区人源性单核细胞增生李斯特菌的分子特征分析

目的 研究北京市西城区人源性单核细胞增生李斯特菌(Lm)的血清学分型和分子特征.方法 对2015-2019年北京市西城区40株Lm临床分离株进行多重PCR血清学分型、脉冲场凝胶电泳分型(PFGE)和多位点序列分型(MLST).结果 40例病例中,14例患者为妊娠感染相关病例,其中7例为新生儿感染,均治愈,无死亡病例.非...     

2006–2017年辽宁省脑膜炎奈瑟菌分子分型研究

目的 对2006 — 2017年辽宁省流行性脑脊髓膜炎（流脑）患者、密切接触者分离的17株脑膜炎奈瑟菌（Nm）进行分析,了解菌群种类及分子分型特征。 方法 采用多位点序列分型技术,应用Splits Tree软件、eBURST方法进行菌株遗传进化和聚类分析。 结果 17株菌株共有11种不同序列型（ST）,分属于ST-5、ST-4821、ST-11克隆群和其他无序列群分类（UA）。ST-5 complex/subgroup Ⅲ所占比例最多,占47.06%（8/17）,来自A群的患者5株,密切接触者3株,ST-7型为主要优势型别。ST-4821克隆群有ST-4821型和ST-5664型。ST-4821型来自1例2012年的C群患者,ST-5644型来自1例2012年的B群密切接触者。ST-11克隆群仅1株为ST-11型,来自2009年W135群的密切接触者。B群和不可分群6株有6种ST型,呈多样性,不存在优势序列群。其中ST-12994为新发现ST,来自2017年密切接触者。 结论 辽宁省流脑菌株分子基因型别多样性,存在多个克隆群,ST-5 complex/subgroup Ⅲ克隆群为A群优势克隆群。初步揭示了辽宁省Nm的遗传进化关系,为流脑疾病控制和预防提供了有力科学依据。      

上海市一例肠出血性大肠埃希菌O157∶H7感染病例的病原学分析

目的通过流行病学调查与病原菌鉴定，并结合既往相关菌株资料，对2016年6月上海市腹泻病综合监测中报告的1例肠出血性大肠埃希菌（EHEC）O157∶H7感染病例进行病原学分析。方法对患者开展流行病学调查。 采集标本后进行菌株分离培养、生化鉴定并确定血清型；利用聚合酶链式反应（PCR）检测所携带的毒力基因；采用微量肉汤稀释法进行药敏试验；应用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术进行分子分型；通过全基因组测序获取序列信息进行多位点序列分型（MLST）及单核苷酸多态性分析。结果流行病学调查未发现可疑传染源。 患者样本分离出EHEC O157∶H7；携带eae、stx2基因；对进行试验的16种抗生素均敏感；菌株图谱带型与以往监测中分离菌株带型均不相同；MLST分型为ST11型，与以往分离菌株核心基因组差异较大。结论上海市较长时间无检出EHEC O157∶H7菌株的病例记录，通过对此次分离的菌株的全面检测，确定了其毒力基因、耐药性和MLST型别，并发现新的PFGE带型，其核心基因组与以往菌株呈现出一定差异，值得进一步关注。     

我国施万菌分布及其分子特征分析

目的 探索中国施万菌的种群分布、分子流行病学特征及遗传进化关系,为施万菌的流行病学监测和进化研究提供依据。方法 利用基质辅助激光解吸电离–飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）联合gyrB基因测序进行施万菌种水平鉴定;利用7个管家基因（16S rRNA、gyrA、gyrB、infB、recN、rpoA和topA）进行多位点序列分型（MLST）,利用BioNumerics 7.1软件对各个序列类型（ST）构建最小生成树。结果 本研究共收集全国201株施万菌,鉴定到10个不同的菌种,其中海藻施万菌所占数量最多。不同分离来源中的施万菌种分布有所差异,临床和食品来源的施万菌种分布相似。MLST将施万菌实验室分离株划分成136个ST型和15个克隆复合体（CCs）,其中CC12为海藻施万菌优势克隆群。结论 我国分布的施万菌病原谱丰富多样,提示这些菌株具有高度的遗传多样性。     

脉冲场凝胶电泳和多位点串联重复序列分析 应用于中国鼠伤寒沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点。 方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点, 简称MLVA_EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力。 结果 175株鼠伤寒沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823。对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型。用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758。应用MLVA_PN分析,获得98种型别, D值为0.9763。 两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性。对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性。 结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析。