2000-2007年佛山市甲1亚型(H1N1)流感病毒监测情况及其HA1基因的变异

目的分析2000-2007年佛山市甲1亚型(H1N1)毒株流行情况及其HA1基因变异情况。方法用MDCK细胞分离流感病毒,采用血球凝集抑制试验进行型别鉴定,选取每年2~4株甲1亚型毒株的细胞培养物提取病毒核酸,进行HA1基因的逆转录,对其核苷酸和氨基酸序列及亲缘关系进行分析。结果病毒分离结果显示2000-2007年间甲1亚型流感病毒在佛山市人群中的流行是间断性的,只在2000、2001、2005、2006年4个年份分离到甲1亚型流感毒株。毒株的HA1区氨基酸序列与流感疫苗推荐株A/New Caledonia/20/99和A/Solomon Islands/3/2006相比,同源性分别为97.2%~99.7%和97.2%~98.5%。氨基酸残基平均替换数随年份的推移而增加,只有2006年的毒株在抗原决定簇发生了替换。结论与疫苗株比较,佛山市的甲1亚型流感毒株抗原性已逐渐发生了改变,应密切注意疫苗对毒株的免疫效果。     

2009甲型H1N1亚型流感病毒血凝素重链(HA1)基因分析

[目的]从基因层面初步探讨近8个月甲型H1N1流感病毒HA1基因变异情况。[方法]收集19株2009年5～12月欧美及亚洲最新上传的甲型H1N1流感流行株血凝素重链(HA1)区域的氨基酸序列,分析其与墨西哥城第一株流感病毒分离株A/MexicoCity/001/2009在HAl以及HAl抗原决定簇区域的氨基酸差异。[结果]与A/Mex-icoCity/001/2009比较,HA1区氨基酸序列的同源性为96.98%～99.7%;并且,A/Pennsylvania/09/2009、A/Fukuoka-C/1/2009和A/Milan/UHSR1/20093株流感流行株HA1区抗原决定簇B区197位氨基酸出现了A﹥T替换。[结论]2009甲型H1N1流感流行的近8个月HA1基因存在一定的变异。     

珠海市2008年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征分析

目的了解2008年珠海地区流行的H1N1亚型流感病毒血凝素重链区HA1基因特征。方法按照时间不同选取7株2008年珠海市分离到的H1N1亚型流感毒株,选取的毒株进行血凝素HA1片段序列测定并推导出其氨基酸序列进行基因进化特性分析。结果H1N1亚型流感毒株为珠海市2008年的优势株,与该年WHO推荐疫苗株比较有多个氨基酸发生了替换,造成抗原性发生一定的变化。结论2008年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年珠海市H1N1亚型流感预防效果并不理想,导致2008年珠海市H1N1亚型的流行强度增加。     

2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒HA1基因特性研究

目的了解2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒流行情况及血凝素基因变异特征。方法 按时间先后顺序随机选择2007-2009年流感病原学监测中分离到的H3N2亚型毒株8株,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定并推导其氨基酸序列进行基因特性分析。结果H3N2亚型流感病毒在2007年为优势株,2008-2009年相对H1N1亚型流感病毒为弱势株;2007年分离株与该年疫苗株（A/Wisconsin/67/2005）比较,变异位点主要为G50E、S138A、K140I、R142G、N144D和L157S,抗原性发生了漂移;2008年分离株与2008-2009年疫苗株（A/Brisbane/10/2007）比较,变异位点主要为R142G、L157S;2009年分离株与该年疫苗株比较,变异位点主要为L157S、K173Q,2008-2009年分离株与该年疫苗株比较未发生明显变异。结论郴州市2007年H3N2亚型流感病毒HA1发生了明显变异,H3N2流感病毒较活跃,当年生产的疫苗预防效果较差;2008-2009年H3N2亚型流感病毒HA1与该年度疫苗株相比未发生明显变异,人群对其建立较好的免疫屏障,这是郴州市2008-2009年H3N2亚型流感病毒活动水平较低的主要原因。     

连云港地区甲型H1N1流感病毒HA1基因病原学特征研究

目的 对连云港地区2018年-2019年甲型H1N1流感病毒表面血凝素HA1基因特征及抗原变异情况进行分析.方法 对2018年-2019年连云港地区流感监测样本进行毒株分离,将分离到的6株甲型H1N1流感病毒株,用RT-PCR法对HA1基因进行扩增并测序,运用Lasergene软件包中MegAlign软件进行核苷酸以及...     

甲型H1N1流感病毒抗原HA基因进化分析

目的 分析甲型H1N1流感病毒抗原HA基因的突变和分子进化树.方法 由河南省各市(地)疾病预防控制中心和流感监测哨点医院采集流感患者咽拭样本,从咽拭样本中分离甲型H1N1流感病毒毒株,选择20株提取病毒RNA,设计引物运用逆转录-聚合酶键反应(RT-PCR)技术扩增编码HA蛋白的基因序列,测序分析核酸和编码的蛋白序列突变位.结果 分离到51株新型H1N1流感病毒;扩增20株HA编码基因,18株成功扩增到HA编码基因,2部分基因片段分别为1 024 bp和654 bp,与预期大小相符;BLAST分析结果显示,在中国多个地区分布有甲型H1N1流感病毒HA基因433 T/C(N端145 S/P)突变株,进化树分析结果显示,这一位点的突变有可能是来自于猪-人之间相互感染.结论 甲型H1N1流感病毒抗原HA基因在中国内地传播期间个别氨基酸位点发生了突变,但是抗原性未改变.     

天津市2007-2010年流感监测及H3亚型毒株HA1基因特性分析

目的 了解2007-2010年天津市流感流行特点及季节性流感H3N2亚型HA1基因变异特性.方法 采用MDCK细胞培养法分离流感病毒,选取14株H3亚型流感毒株进行RT-PCR扩增HA1片段,产物纯化后进行核苷酸序列测定,测定结果与WHO全球流感疫苗株序列进行同源比对,绘制种系发生树.结果 采集咽拭子标本4220份,分...     

南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征研究

目的了解南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征。方法随机选取4株从哨点医院分离到的季节性H1N1流感毒株,进行核酸提取和RT-PCR扩增,获得HA1基因片段,测定核苷酸序列,分析其基因特征。结果 4株季节性H1N1流感病毒与A/California/01/2009（H1N1）高度同源,同源性高达99.1%;相对于当前疫苗代表株A/Brisbane/59/2007（H1N1）,其HA1区出现V131A、S141N、I184V、G185A、N186D、A189T和F260Y的氨基酸位点的改变;糖基化位点未发生改变。结论南平市2009年分离的季节性H1N1流感病毒抗原性发生一定的突变,但变异程度不大,应密切关注疫苗株对毒株的免疫效果。     

深圳市2005-2007年H1N1亚型流感病毒HA1基因分子流行病学研究

目的 探讨2005-2007年深圳市H1N1流感病毒HA1基因变异特征.方法 选取深圳市2005-2007年分离的H1N1流感毒株,提取病毒RNA,用RT-PCR扩增HA1区基因片段,产物纯化后测序并进行基因序列分析.结果 2005-2007年流感病毒分离率平均为7.16%,H1N1流感病毒在2005年和2006年的分离数占总分离数的比例分别为56.14%和66.03%,而2007年仅占3.61%.核苷酸同源性和基因进化树结果一致,2005年4月份之前分离株与A/New Caledonia/20/1999为同一分支,2005年5月份之后的分离株与A/Solomon Island/3/2006为一支,而2006-2007年分离株又与国家代表株A/GDLH/219/2006在一个分支.氨基酸序列分析显示,绝大多数的毒株均在第130位点缺失一个赖氨酸;2005年5月以后的大部分毒株出现以下氨基酸变异:T82K、Y94H、R146K、R209K、T267N,2006年5月份之后的毒株在抗原决定簇B区发生了A190T、H193Y、E195D氨基酸变异,同时也发生A区R146K的置换.但所有毒株的潜在糖基化和受体结合位点均比较保守.发现1株病毒A/SZ/68/2007具特殊性,经与参照毒株比较,其326个氨基酸中有50个发生变化,其中有11个位于抗原决定簇位点、6个位于受体结合位点,且有4个氨基酸变化导致糖基化位点丢失.结论 2005-2007年深圳市人群中至少有3个类型HA1基因不同的H1N1流感病毒株;由于氨基酸变异引起病毒发生抗原漂移,其代表株为A/GDLH/219/2006;发现的A/SZ/68/2007病毒毒株具有特殊性,其抗原特性和流行病学意义还有待探讨.     

2003—2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变特征

目的了解近几年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因演变概况。方法选取2003—2008年河北省分离的25株H3N2亚型流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录一聚合酶链反应扩增,产物纯化测序,测定的序列用生物信息软件分析。结果每个流行期分离的毒株都较当年的疫苗株或前一年的毒株出现了位于不同抗原决定簇或者受体结合位点的氨基酸替换。2003—2008年不同流行期分离株在3、140、142、144、145、158、159、189、192、193、198、204、225、226和227位点氨基酸发生了变化,多数的改变发生在抗原决定簇A、B及RBS。进化树分析显示,每个流行期分离株均与前一年的毒株或当年疫苗株出现了不同程度的变化,不断出现新的进化分支,同一流行期分离株基本呈现集中分布。结论2003—2008年河北省H3N2亚型流感病毒HA1基因不断发生变异,密切关注其变异对防控流感流行有重要意义。     

贵州省2009～2011年度新型H1N1流感病毒HA1基因序列分析

目的 建立并完善贵州省新型甲型H1N1流感病毒基因分析检测技术平台,了解2009～2010年度贵州省新型H1N1流感病毒HA1片段与WHO公布的流行株是否有发生变异.方法 收集10株新型H1N1流感病毒毒株,提取病毒核酸RNA,通过RT-PCR扩增HA1片断,用电泳观察PCR产物目的条带的大小,经过纯化、测序,用Biodeit、MEGA4相关软件进行序列比对,同源性及差异性分析,构建系统发育树.结果 与古典猪流感病毒株相比,贵州省2009年、2010年、2011年流感病毒株同源性分别为72.0％～74.6％、72.0％、67.8％～68.3％.与其他4株亚洲株H1N1流感病毒代表株相比,贵州省2009年、2010年、2011年流感病毒株同源性分别为92.3％～95.8％、91.5％～92.4％、89.8％～90.8％.2009年度组内同源性为93.2％～100％; 2010年组内高度同源,为100％; 2011年组内同源性为98.3％.贵州省流感毒株与中俄代表株A/Habarovak/01/2009 (H1N1)的HA1基因同属一个谱系,在同一个分支上,同时,与墨西哥第一株甲型H1N1流感A/Mexio City/001/2009 (H1N1)亲缘关系也较近,在同一个大分支上.结论 贵州省新型H1N1流感病毒代表株HA1基因与WHO公布的流行株在核苷酸水平有一定持续水平的变异.     

北京市西城区2009年-2011年乙型流感病毒血凝素HA1基因特性分析

目的:了解2009年10月-2011年9月期间北京市西城区乙型流感病毒的血凝素基因(HA1)的变异情况以及WHO推荐的流感疫苗株对北京地区人群的保护情况。方法:对流感样病例的咽拭子进行病毒分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增其HA1基因,用DNAStar生物软件对HA1的序列进行分析处理,并与WHO推荐的疫苗株进行系统进化分析。结果:HA1片段序列分析显示本地区的乙型流感病毒属于Victoria系,与WHO推荐流感2009年-2010年疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,其核苷酸、氨基酸的同源性分别为96.4%～99.1%和98.2%～99.1%。未发现核苷酸的丢失和插入。氨基酸序列中有3个位点发生改变。结论:本地区的优势流行株其抗原性未发生明显改变,提示2010年WHO推荐乙型流感疫苗株对北京地区人群仍有较好的保护效果。     

1998～1999年浙江省甲3型流感病毒代表株HA1序列比较

目的　对浙江省 1998年初至 1999年底流行的甲3 型流感病毒的不同血凝特性进行分析。方法　采用对甲3 流感病毒的血凝素基因HA1 进行核苷酸序列测定。结果　占我省分离株主流的对鸡红细胞不凝集的O相代表株A/浙江 6 /99其HA1 区域与当年的国际标准株A/武汉 /35 9/95血清学交叉HI试验抗原比为2 2 6 ,两者的氨基酸同源性仅为 94 82 % ,存在较大差异 ,而在分离中占极少数的对鸡红细胞凝集的D相代表株A/浙江 /10 /98与A/武汉 /35 9/95的血清学交叉HI试验抗原比为 0 7,两者的同源性为 99 7% ,几乎无差异。结论　近年我省甲3 型流感流行的主要原因 ,是由于流感病毒在免疫压力下在HA1 区域发生变异所引起的     

石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的:了解石家庄市2009年H3N2亚型流感病毒流行情况,研究2009年分离H3N2亚型流感病毒株血凝素重链(HA1)的基因特性及变异情况。方法:用MDCK细胞分离流感病毒,采用血抑实验分型鉴定。随机选取24株H3N2亚型流感毒株进行RNA提取、逆转录扩增获得HA1基因产物,将其进行基因序列测定,之后用DNAStar软件的MegAlign功能进行序列比对和分析。结果:经MegAlign将24株毒株与WHO疫苗推荐株A/Wisconsin/67/200(07～08)、A/Bris-bane/10/2007(08～10)进行比对,发现与同年疫苗株同源性较高,为98.2%～98.6%,仅有个别位点出现氨基酸替换。结论:2009年石家庄市H3N2亚型流感毒株HA1区与同年疫苗株基因序列符合率较高,尚未形成一个新的变异株。     

2012 - 2013 年长春地区甲 3( H3N2) 亚型流感病毒 HA1 基因序列分析

目的了解2012—2013年长春地区流感病毒优势流行甲3（H3N2）亚型流感病毒HA1基因序列的特性。方法采用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录和聚合酶链式反应（RT—PCR）,扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序,用Mega5．10软件中NeighborJoining方法进行基因种系发生树分析。结果（1）2012—2013年吉林省长春地区流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为95．8％-100．0％,2012年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2011—2012年疫苗株A／perth／16／2009相比有15个氨基酸发生了变异;2013年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2012—2013年疫苗株A／Victoria／361／2011相比有13个氨基酸发生了变异。（2）2012年2—3月分离的毒株与2012年11月-2013年3月分离的毒株在进化树上处于两个不同的侧枝上。结论2012—2013年长春地区流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A／peah／16／2009、A／Victoria／361／2011相比HA1基因已经发生了一定的变化,不同时间流行的病毒株也有差异。     

2005-2009年大连市流感病毒血凝素基因遗传特性分析

目的分析大连市2005-2009年流感病毒血凝素(HA)基因变异情况。方法采用MDCK细胞分离培养季节流感H1N1亚型28株;H3N2亚型9株;B型(Yamagata系)24株,采用RT-PCR法分节段扩增各毒株血凝素基因,并进一步对各片段进行核苷酸和氨基酸序列测定分析。结果 2005-2009年,大连市分离到的甲型H1N1病毒变异较大,其中2009年分离的一株H1N1亚型毒株A/liaoningxigang/136/2009(H1)与该年WHO推荐的疫苗株相比,抗原决定簇B区上有4个位点发生了突变,属于新的变种。2005、2007年分离的H3N2流感病毒株,与疫苗株相比序列同源性较高,并未发生大的变异;2007-2008年流行的B型Yamagata系病毒与疫苗株B/Shanghai/361/02相比,有7个氨基酸位点发生改变,其中两个位于抗原决定簇,并于196位增加一个糖基化位点。结论各年度WHO推荐的疫苗株与流行株之间匹配性不完全一致,每年由于核苷酸序列的变化而引起了不同程度的抗原性漂移。     

湖州市甲型H1N1流感病毒株的HA基因分析

目的:研究2010年湖州市甲型H1N1流感分离株(A/Huzhou/2010(H1N1))的HA基因特征。方法:采用MD-CK细胞对患者咽拭子和漱口液标本进行病毒分离,逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA基因并进行序列测定,用DNAstar和MegAlign等软件分析处理。结果:湖州市2010年甲型H1N1分离株的HA基因为1739个核苷酸,与湖州市2009年的分离株及WHO2010/2011推荐的甲型H1N1疫苗株相比,没有核苷酸的插入与丢失,氨基酸同源性分别为99.0%和98.9%。进化树分析显示,本次分离株与湖州市2009年的分离株及WHO2010/2011推荐的疫苗株非常相似。结论:甲型H1N1流感分离株的分子生物学特征及变异特征分析,对制定科学有效的防控策略具有重要意义。     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素蛋白基因进化研究

Objective To determine the evolutionary rate and divergence time of influenza A virus HA gene isolated recently worldwide pandemic and explore the origin and its transmission. Methods A total of 344 HI sequences available in the GenBank (including 248 isolated from human, 84 from swine, 11 from avian, and 1 from ferret) and 7 isolated in Shanghai were collected. The nucleotide substitution rate and time to most recent common ancestor (tMRCA) was calculated using molecular clock theory and Bayesian Skyline Plot (BSP) based on Markov chain Monte Carlo. Then genetic phylogeny was constructed referring to posterior distribution. Results It was found that H1 sequences in the US from human, swine and avian were clustered significantly with swine H1 ones from Asia phylogenetieally (Cluster US). The second cluster (Cluster Eurasian Human) nearly consisted of human H1 sequences isolated in other regions. The third cluster (Cluster Eurasian Animal) consisted of swine and avian H1 sequences from China and Italy respectively. As for all the H1 sequences, the evolutionary rate was of 2.57×10-3substitutions/site per year averagely (95% Highest Posterior Density: 1.96×10-3-3.03×10-3/site per year). The estimated dates for tMRCA of human H1 in Europe and swine H1 in the mainland of China were the earliest, with the corresponding rates of 6.46×10-3/site per year and 0.97×10-3/site per year respectively. The tMRCAs of human and swine H1 sequences from the US were similar, with the rates of 5.86×10-3/site per year and 5.02×10-3/site per year. Conclusion The present flu outbreak was possibly induced by long-term circulation of influenza A virus (H1 N1) in human population and swine herds in America. There was no evidence proving that influenza virus in China involved in the present outbreak.     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素蛋白基因进化研究

Objective To determine the evolutionary rate and divergence time of influenza A virus HA gene isolated recently worldwide pandemic and explore the origin and its transmission. Methods A total of 344 HI sequences available in the GenBank (including 248 isolated from human, 84 from swine, 11 from avian, and 1 from ferret) and 7 isolated in Shanghai were collected. The nucleotide substitution rate and time to most recent common ancestor (tMRCA) was calculated using molecular clock theory and Bayesian Skyline Plot (BSP) based on Markov chain Monte Carlo. Then genetic phylogeny was constructed referring to posterior distribution. Results It was found that H1 sequences in the US from human, swine and avian were clustered significantly with swine H1 ones from Asia phylogenetieally (Cluster US). The second cluster (Cluster Eurasian Human) nearly consisted of human H1 sequences isolated in other regions. The third cluster (Cluster Eurasian Animal) consisted of swine and avian H1 sequences from China and Italy respectively. As for all the H1 sequences, the evolutionary rate was of 2.57×10-3substitutions/site per year averagely (95% Highest Posterior Density: 1.96×10-3-3.03×10-3/site per year). The estimated dates for tMRCA of human H1 in Europe and swine H1 in the mainland of China were the earliest, with the corresponding rates of 6.46×10-3/site per year and 0.97×10-3/site per year respectively. The tMRCAs of human and swine H1 sequences from the US were similar, with the rates of 5.86×10-3/site per year and 5.02×10-3/site per year. Conclusion The present flu outbreak was possibly induced by long-term circulation of influenza A virus (H1 N1) in human population and swine herds in America. There was no evidence proving that influenza virus in China involved in the present outbreak.