幽门螺杆菌NCTC11639标准株lpp20基因的克隆、表达及其抗原性的鉴定

Lpp20是Hp一种高度保守的膜蛋白,有研究表明其具有较强的免疫活性和免疫保护性,是一种理想的疫苗侯选抗原.本研究利用基因工程技术构建了含lpp20基因的重组质粒,并进行了表达,为Lpp20疫苗的研究奠定了基础.     

浙江地区幽门螺杆菌cagA基因3''区多态性研究

幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,Hp)的重要毒力基因cagA具有高度保守的5′区和可变的3′区,3′区中重复序列类型和数量的差异造成了cagA基因产物(CagA蛋白)在分子大小上的不同。cagA基因 CagA蛋白的结构差异可能最终影响Hp感染的临床结局。亚洲Hp菌株和非亚洲菌株cagA基因3′区的结构存在明显差异。Yamaoka等研究发现,日本Hp菌株cagA基因3′区可根据重复序列数量和类型的不同分成A、B、C、D 4个亚型,且亚型的差异与Hp感染后不同的临床结局有一定关系。本研究通过聚合酶链反应(PCR)技术对浙江地区Hp临床分离株cagA基因3′区进行多…     

幽门螺杆菌omp11基因的克隆及序列分析

目的　对幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori,Hp)郑州分离株MEL Hp2 7和NCTC116 37株外膜蛋白基因 (omp11)进行克隆和测序 ;确定不同Hp菌株omp11基因序列的变异性 ,并对该基因编码多肽的化学及免疫学特性进行预测 ,为幽门螺杆菌疫苗抗原的筛选提供数据。方法　提取Hp染色体DNA ,用自行设计的PCR引物 ,从染色体DNA上扩增出omp11基因 ,将其克隆到载体pNEB193中 ,用重组质粒转化大肠杆菌 (E .coliJM10 9)。对重组质粒进行酶切鉴定 ,对插入的omp11基因片段进行测序 ,应用生物信息学软件Omiga2 .0、GeneDoc2 .3和GenBank、Swiss port数据库对 4个Hp菌株 (MEL Hp2 7、NCTC116 37、2 6 6 95、J99)的omp11基因序列进行同源性分析 ,并对该基因编码多肽的主要化学特征和抗原结构域进行预测。结果　MEL Hp2 7和NCTC116 37株omp11基因的核苷酸序列长度均为5 6 1bp ,不同菌株间核苷酸序列的同源性为 96 .6 %～ 98.0 % ,与国内的MEL Hp2 7株同源性最高的菌株是NCTC116 37,二者的同源性为 97.9%。 4株Hpomp11基因编码的氨基酸序列长度均为 186aa ,不同菌株间氨基酸序列的同源性为 98.9%～ 10 0 % ,与MEL Hp2 7株同源性最高的菌株是 2 6 6 95 ,二者的同源性为 99.5 %。预测HpMEL Hp2 7omp11基因编码多肽的相对分子质量 (Mr)     

幽门螺杆菌Lpp20重组蛋白的表达、纯化及其免疫活性初步研究

目的表达幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)脂蛋白Lpp20基因的重组蛋白,并检测其免疫活性。方法应用PCR技术从H.pylori标准株26695染色体DNA中扩增出Lpp20的编码基因片段,将其克隆至表达载体pGEX-6P-2上,在大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)BL21中表达并进行GST亲和层析纯化,用Western blot方法检测纯化产物重组Lpp20(recombinantLpp20,rLpp20)的免疫反应性。免疫C57BL/6小鼠后,以rLpp20为包被抗原建立间接ELISA法对免疫小鼠血清进行特异性抗体检测;ELISA双抗体夹心法检测小鼠脾淋巴细胞培养上清中IFN-γ、IL-2、IL-4水平;MTT比色法检测小鼠脾淋巴细胞增殖反应等指标以分析rLpp20的免疫活性。结果扩增的lpp20全长528 bp,与GenBank上公布的H.pylori 26695株lpp20序列作BLAST比较,结果完全一致;成功构建了pGEX-6P-2/Lpp20重组质粒,表达的rLpp20 M_r 43 000,纯化产物可被鼠抗H.pylori抗体识别;以...     

人巨细胞病毒UL138～142基因在临床低传代分离株中的多态性研究

目的　研究人巨细胞病毒 (humancytomegalovirus ,HCMV)UL138～UL14 2基因在临床低传代分离株中的多态性及其与HCMV先天感染致病性之间的关系。方法　对经荧光定量PCR方法检测HCMV DNA为阳性的临床分离株进行UL138～UL14 2基因全序列PCR扩增 ,对扩增阳性的标本进行全序列的测序及结果分析。结果　HCMV临床分离株的UL138、UL14 2ORF(openreadingframe)高度保守 ;UL139ORF呈现高度多态性 ,可被明确划分为 3个基因型 ,且核苷酸及氨基酸的变异主要集中在序列的 5′端 ;所有临床分离株的UL14 0ORF在Toledo株第 174位核苷酸处插入 1个胞嘧啶核苷酸 ,其ORF较Toledo株增加了 2 31个核苷酸 ;所有临床分离株的UL14 1ORF在Toledo株第 2 2 7位核苷酸处缺失了 1个胸腺嘧啶核苷酸 ,故形成UL14 1a及UL14 1b 2个新的ORF。HCMV临床分离株的UL14 0蛋白较Toledo株新增了ScAMP磷酸化和酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点 ,其它基因编码蛋白的重要功能区域相对保守。结论　HCMV临床分离株UL139ORF的 5′端呈现高度多态性 ,而且被明确地分成 3个基因型 ,故其可能在HCMV先天感染的致病性差异方面起一定作用 ;尚未发现UL138～UL14 2中某个特定基因与HCMV先天感染致病性有本质联系     

幽门螺杆菌毒力基因cagA、vacA与胃十二指肠疾病的关系

国际上已有很多国家对本国幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, Hp)分离株的vacA基因进行了研究和分析。Atherton等曾提出Hp vacA基因镶嵌型模型，将信号序列分为三型，中间序列分为两型〔1〕，但来自欧洲和日本的报告显示不同地区Hp分离株具有较高多态性，具有地区、人群相关性特点。然而，目前国内尚未见这方面的研究报告。为了解我国Hp临床分离株vacA基因型特点以及不同vacA基因同胃、十二指肠疾病的关系以及cagA基因同Hp毒力的关系，本实验进行了以下研究。     

心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒核酸序列分析

目的 分析自心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒的核酸序列,探讨病毒病因的分子基因。方法 使用肠道病毒特异引物对从心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒RNA进行RT－PCR扩增,PCR产物经纯经后分别经不同的引物正反向直接核酸循环测序,并应用SeqEd和DNA软件及AssemblyLIGN软件对测序结果进行分析。结果 确定7株病毒5′端从核苷酸位点40到750之间710bp基因序列;序列分析结果发现,尽管为同血清型病毒,但其5′非编码区基因变异率仍在15％左右,而血清型为柯萨奇B5病毒则高达34．08％,与肠道病毒各血清型之间5′端非编码区基因变异率无明显差异;对血清型为CVB3的两分离株病毒5′端基因特殊位点分析,发现与CVB3标准株（Nancy株）比较234位由T→C、690位由C→A。结论 确定了所分离到的一些肠道病毒5′端非编码区序列;肠道病毒5′端非编码区基因与血清型关系不大;CVB3分离株5′端基因特殊位点变异与致病的关系值得进一步探讨。     

7株B亚属人腺病毒纤维基因特征分析

目的 了解本实验室2004-2006年分离的7株B亚属腺病毒(adenovirus,Ad)的纤维基因特征,并与日本、韩国腺病毒分离株的纤维基因进行比较.方法 2004-2006年间,本实验室从上呼吸道感染儿童散发或暴发病例中分离到7株腺病毒毒株,首先对六邻体蛋白基因扩增和序列分析进行基因分型,随后用PCR扩增纤维蛋白基因,进行序列测定,构建亲缘性关系进化树,并对其基因特征进行分析.结果 7株腺病毒分离株均属于B亚属,其中有3株为Ad3型,所测定的纤维蛋白基因的核苷酸同源性为98.9%～100%,与2003年中国广州分离株DQ099432和2003年韩国分离株AY224416的同源性为100%;3株为Ad7型,纤维蛋白基因核苷酸同源性为97.6%～100%,与2006年日本分离株AB243119的同源性为97.4%,与2000年韩国分离株AY921620的同源性为100%;1株为Ad11型,与GenBank序列号为L08232的1993年瑞典分离株纤维蛋白基因同源性为100%.结论 2004-2006年,北京地区上呼吸道感染散发病例,Ad3和Ad7纤维基因核苷酸变异不大,同时证实本研究用纤维基因片段,与六邻体基因分型具有相同的结果.     

AT_1R基因3′-非翻译区A1166→C变异和CA重复序列多态性与藏族EH的关联分析

目的　研究血管紧张素 的 型 (AT1 R)基因 3′-端 CA重复序列多态性和 A116 6→ C突变双等位标志是否与藏族原发性高血压 (essential hypertension,EH)的遗传易感性相关联。方法　以荧光标记 d CTP为底物 ,应用 PCR扩增和 ABI prism 377半自动测序及 PCR/ RFL P技术 ,通过病例 -对照研究、受累同胞对和家系连锁分析 ,鉴定 AT1 R基因 3′-端 CA重复序列多态性和 A116 6→ C点突变与藏族 EH的关联。结果　病例 -对照研究证明 ,AT1 R基因 3′-端 CA重复序列多态性与 EH相关联 ,χ2 =2 6 .44 ,P<0 .0 0 1,该位点杂合度为 0 .73,多态信息量为 0 .71。 AT1 R基因 3′-端 CA重复序列存在 11种等位基因 ,A7(138bp)为最常见等位基因 ,A8等位基因与 EH正相关 ,EH组和对照组中 A8等位基因频率分别为2 0 .5 %和 7.3% ,χ2 =9.6 4,P=0 .0 0 2 ,OR=3.46 ,95 % CI=1.44～ 8.5 1;受累同胞对 A8等位基因的共享连锁分析结果显示 ,χ2 =3.85 ,P=0 .0 2 5 ;家系连锁分析 L od score值为 0 .80 ,AT1 R基因 A116 6→C突变与EH无关 (P>0 .0 5 )。结论　 AT1 R基因 3′端 CA重复序列多态性与 EH相关 ,A8等位基因是藏族 EH的重要遗传标志 ,提示致病基因可能与其存在连锁不平衡     

肺炎链球菌青霉素耐药相关基因研究

目的　了解我国肺炎链球菌 (Streptococcuspneumoniae,Sp)青霉素耐药相关基因的存在与突变状况。方法　设计、优化pbp1a、TEM基因PCR检测体系及扩增产物全自动DNA序列测定体系 ,对 3株分离自苏州地区患儿呼吸道的Sp(青霉素低耐株SR0 17、SR0 19;青霉素敏感株SR0 2 8,3株均苯唑青耐药 ,且SHV基因均为阴性 )进行检测 ,测得的pbp1aDNA序列与SpR6株 (青霉素敏感株 )DNA序列相比较 ;测得的TEM基因DNA序列与同院原分离的产超广谱 β内酰胺酶大肠埃希菌中检出的TEM 1DNA序列及已在GenBank登录的TEM基因序列相比较。结果　SR0 17、SR0 19、SR0 2 8之pbp1a基因均有突变 ,突变率为 2 1%、2 1%、0 .4 %。SR0 19株TEM基因阴性 ,SR0 17和SR0 2 8TEM基因阳性 ,测得DNA序列分别被证实为TEM 12 9和TEM 1,前者且是新型TEM ,作为新发现的菌种耐药基因均已登录美国国立生物信息中心GenBank ,登录号AY4 5 2 6 6 2、AY392 5 31;二者DNA序列与产超广谱 β内酰胺酶大肠埃希菌中检出的TEM高度同源 (99.7%、99.8% )。结论　我国Sp青霉素耐药可能存在产 β内酰胺酶 (获得TEM基因 )和pbp基因突变两种机制 ,TEM耐药质粒可能在不同种菌株间传播。     

戊型肝炎病毒摩洛哥株非编码区基因序列鉴定及基因型分型

目的　检测戊型肝炎病毒 (HEV)摩洛哥株非编码区 (UTR)序列 ,探讨HEV非编码区序列能否作为其基因型分型的依据。方法　使用基于RNA连接酶的cDNA末端快速扩增法 (RLM RACE)扩增HEV摩洛哥株 5′和 3′端片段并测序。所得序列使用LASERGENE和PHYLIP软件包与其他 2 9株HEV序列比较。结果　只有基于甲基化帽子结构的RLM RACE扩增出了 5′端片段。HEV摩洛哥株 5′端UTR有 2 6个核苷酸 ,3′端polyA之前有 6 5个核苷酸。基于 3′端UTR序列的进化树与基于全基因序列的进化树不全相同。HEV 3′端至少需要 10 0个左右核苷酸长的序列才可进行HEV基因型分型。结论　HEV摩洛哥株 5′端有甲基化帽子结构。HEV 3′端UTR序列不能完全代替全基因组序列进行基因型分型。部分序列替代全基因组进行基因型分型时需要考虑其部位和长度因素。     

TLMV5′非编码区基因的克隆与序列分析

目的　调查TTV阴性的非甲～庚型肝炎患者中TTV -likeminivirus(TLMV)感染情况 ,对TLMV5′非编码区 (5′NCR)部分基因进行分子克隆与序列分析。方法　采用巢式PCR技术检测5 3例TTV阴性的非甲～庚肝炎患者血清TLMVDNA ,对PCR产物进行克隆、测序和分析。结果　 5 3例病例中TLMVDNA阳性 37例 (6 9 8% ) ,对其中 8株TLMV基因克隆测序 ,并与Takahashi报道的TLMV序列 (GenBankAccessionNo ab 0 2 6 930、ab0 2 6 931)比较 ,其核苷酸序列同源性在 6 4%～ 83%之间。结论　在TTV阴性的非甲～庚肝炎患者中存在TLMV感染。TLMV5′NCR基因变异性较大。TLMV的致病性及其与非甲～庚肝炎的关系尚有待进一步研究     

半巢式PCR技术检测牙菌斑唾液及胃黏膜中幽门螺杆菌

本文通过半巢式PCR对 82例慢性胃炎和十二指肠溃疡患者的牙菌斑、唾液及胃黏膜中的幽门螺杆菌 (Hp)进行了检测。 82例患者中活动期十二指肠溃疡患者 2 4例 ,慢性浅表性胃炎 2 7例 ,慢性萎缩性胃炎 31例 ,其中男性 4 2例 ,女性 4 0例 ,平均年龄 4 2 .3岁。半巢式PCR首先以 1对引物扩增出磷酸葡萄糖胺变位酶基因 (phosphogluco saminemu tasegene ,glmM) 75 6bp的片段作为模板 ,再以半巢式引物扩增出 4 96bp的最终产物。引物 0 :5′ CGCGAGCCACAACCCTTTTGAAG 3′ ;引物 1:5′ CGCGCTCACTTGCAAAGCGCACAC 3′;引物 2 :5′…     

呼吸道合胞病毒分离株N蛋白编码基因特征分析

目的 阐明人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus,HRSV)A和B亚型病毒分离株的核蛋白(nucleoprotein,N)编码基因特征.方法 采用逆转录-聚合酶链反应(revelrse transciptionpolymerase chain reaction,RT-PCR)对北京2004年分离的HRSV代表株(2株A亚型和2株B亚型)进行N基因全长序列扩增、测序,并和GenBank下载的所有HRSV病毒的N基因全长序列进行对比和分析.结果 2株HRSV A亚型分离株与A亚型Long株(标准株)的N蛋白的核苷酸和氨基酸差异分别为36～40个(3.1%～3.4%)和4个(1.0%);2株HRSV B亚型分离株与B亚型CH18537株(标准株)的N蛋白之间的核苷酸和氨基酸差异分别为17(1.4%)和1(0.3%)个.4株HRSV代表株和从GenBank下载的HRSV的N蛋白之间的核苷酸和氨基酸差异分别为3～172个(0.25%～14.63%)和0-18个(0～4.6%).结论 N基因在HRSV基因组中是较为保守的基因,A或B亚型的型内差异相对较小;但A和B亚型之间N基因序列有较大变异,变异平均分配于整个N基因中;本研究为HRSV基因快速诊断试剂的研制提供了基因信息学数据.     

河北省HIV-1流行株的env基因序列测定和亚型分析

目的了解河北省HIV-1亚型的分布特点和传播方式,推测流行时间,预测流行趋势。方法采集HIV感染者的全血样品,分离外周血单核细胞(PBMC),提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应(nested-PCR),扩增HIV-1的env基因的C2-V3区并进行序列测定和亚型分析。结果对22份HIV-1感染者的样品,扩增得到了18份HIV-1envC2-V3基因片段,经序列测定和基因分析鉴定出3种HIV-1M亚群基因亚型,即:B′、CRF-BC和C亚型。B′亚型的组内基因离散率为7.84%±3.14%(n=14),基因序列与云南瑞丽株rl42(泰国B亚型)相近;2株CRF-BC亚型与广西毒株的基因离散率为4.60%。与血液途径感染有关的人员均为B′(泰国B)亚型。结论目前,在河北省发现了3种HIV-1亚型。输供血途径中B′亚型仍是主要的流行亚型,可能来源于云南吸毒人群。HIV-1B′亚型在河北省的流行时间大约为7~9年。     

湖南长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体cox1基因的克隆及序列分析

目的研究湖南省长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体细胞色素C氧化酶第1亚基（cox1）基因部分序列（pcox1）的遗传变异情况,并用peox1序列重构泡状带绦虫与其他带科绦虫的种群遗传关系。方法应用聚合酶链反应（PCR）扩增泡状带绦虫虫株的pcox1,应用Clusta1X1．81程序对序列进行比对。然后用Phylip3．67程序MP法和Mage4．0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5．2程序构建最大似然树;同时利用DNAstar5．0中的Megalign程序进行同源性分析,并与GenBank^TM中已知泡状带绦虫相应基因序列进行比较分析。结果所获得的pcox1序列长度一致,均为343bp,与GenBank^TM公布的带科绦虫序列进行比较分析表明,湖南长沙分离株1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因的相似性分别为99．4％和99．7％,与其它带科绦虫的相似性均小于90．0％;湖南长沙1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因遗传距离分别为0．006和0．003,与其他带科绦虫的遗传距离均大于0．100。种系发育树表明,2个分离株与已知泡状带绦虫位于同一分枝,Bootstrap值在97％以上。结论由于泡状带绦虫pcox1序列种内相对保守,种问差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究泡状带绦虫的群体遗传结构奠定了基础。     

我国首次分离到基因Ⅰ型乙型脑炎病毒

目的　对新分离乙型脑炎病毒鉴定 ,了解病毒E基因区段的氨基酸序列特征及基因分型。方法　 2 0 0 1年在上海市采集蚊虫标本 ,用组织培养的方法分离到 7株病毒。进行病毒一般生物学鉴定 ,对病毒PrM和E基因区段约 2 0 0 0nt进行了扩增、克隆、测序。应用ClustalX软件做碱基配对和比较分析 ,种系发生采用PHYLIP软件包分析。结果　 7株病毒可以引起BHK 2 1细胞规律病变 ,病变时间为 6 0h。乳鼠脑内接种病毒后 72h死亡。所有新分离病毒与标准乙型脑炎病毒抗体阳性反应。用病毒PrM区段 (4 5 6～ 6 95位核苷酸 )进行的基因分型分析 ,新分离的 7株病毒属于基因Ⅰ型乙型脑炎病毒。以减毒活疫苗株SA14 14 2为标准 ,对 7株病毒的E基因区段进行分析 ,7株病毒之间核苷酸同源性在 97.7%以上 ,氨基酸同源性在 99.2 %以上 ;7株病毒与疫苗株SA14 14 2核苷酸差异在 12 .2 %左右 ,氨基酸差异在 2 .8%～ 3.2 %之间 ,共有 14个共同的氨基酸位点差异。结论　 2 0 0 1年在上海采集的蚊虫中新分离的 7株病毒属于基因Ⅰ型乙型脑炎病毒 ,为我国的首次报道     

山东省部分HIV-1流行株的亚型分析和序列特征研究

目的　对山东省HIV 1流行毒株进行亚型分析 ,并研究其变异特征。方法　采集 2 6份HIV 1感染者的外周静脉抗凝血 ,提取前病毒DNA进行体外扩增 ,获得包膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其C2 V3及邻区的核苷酸进行测定和分析。结果　基因和氨基酸序列分析表明 ,2 6份标本中存在 4种亚型和重组毒株 (B′、C、A、A/E) ,其中B′ 17株 ,其组内基因距离为 11.6 9± 4 .19。V3环顶端四肽有 6种形式 ,最多的是GPGQ(15株 )、GPGR(6株 )。V3环第 11、2 5位氨基酸出现变异 ,并有 1株呈电荷双阳性。结论　山东省HIV 1流行株亚型较多 ,有重组毒株出现的可能 ,基因发生较大变异 ,HIV 1传播在山东省有加快的趋势。     

幽门螺杆菌ureB基因的克隆及序列分析

目的 对幽门螺杆菌（Hp)ureB核苷酸序列及推定氨基酸序列进行同源性比较分析,确定Hp菌株的ureB基因差异性,为疫苗的研究和诊断用品的评价提供依据。方法 自选设计引物,PCR扩增来自国内不同病人的4株Hp菌株的ureB基因,与pGEM-T载体克隆连接、测序;进一步同GenBank上发表的其他4株国外Hp菌株ureB的全基因序列进行比较分析。结果 8株Hp菌株的ureB基因序列出现了33种长度,CAPMF3和CPM630分别为1269bp和1680bp,其他为1710bp。6株1710bp的ureB基因序列的分析表明,国外3株Hp的ureB同源性较高,三者氨基酸的同源性达到100％。国内3株Hp的ureB变异较大,推定氨基酸同源性为98．7％－98．9％。结论 UreB作为保护性同时存在免疫保护覆盖率问题,研究疫苗和诊断用品时要注意选择使用在人群中流行占优势的Hp菌株的高度保守的UreB抗原肽,使其具有更高的覆盖率。     

鼠约氏疟原虫yoelii株Pydyn基因的内含子序列分析

本研究测定并分析鼠约氏疟原虫 (Plasmodiumyoeliiyoelii)动力素蛋白基因 (Pydyn) 3′端内含子序列 ,比较约氏疟原虫yoelii虫株的Pydyn基因与约氏疟原虫 17XNL虫株基因组序列内含子间序列的多态性。方法 :应用PCR技术扩增约氏疟原虫动力素蛋白基因 (Pydyn)基因组 3′端序列 ,将其克隆入pGEM TEasy载体。阳性克隆经酶切和PCR鉴定正确后测序 ,并用分子生物学WINSTAR软件进行基因结构和同源性分析。结果 :用PCR方法成功扩增出约 80 0bp的Pydyn基因特定片段 ,阳性克隆经酶切及PCR扩增确定。基因序列分析表明 ,约氏疟原虫yoelii虫株的Pydyn基因含有 3个内含子 ,并且与约氏疟原虫 17XNL虫株基因组序列在内含子间存在着几个变异。结论 :确定了鼠约氏疟原虫动力素蛋白基因 (Pydyn) 3′端内含子序列 ,其内含子具有序列短且AT含量较高的特点 ,两末端的碱基具有一般真核基因内含子共有的剪接位点。多态性分析表明 ,将约氏疟原虫yoelii虫株的Pydyn基因的 3个内含子与人恶性疟原虫动力素基因Pfdyn内含子保守序列相比 ,Pydyn基因内含子上游下游序列具有一定的同源性。另外 ,约氏疟原虫yoelii虫株与约氏疟原虫 17XNL虫株的内含子间存在着多态性 ,存在着几个变异 ,这些变异属于点突变