基于网络药理学探讨苦参治疗结直肠癌活性成分、作用靶点及潜在作用机制

目的 使用网络药理学方法分析抗肿瘤中药苦参活性成分及其治疗结直肠癌的潜在靶点与作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选中药苦参活性成分,并使用PubChem数据库验证所收集活性成分化合物结构,运用SwissTargetPrediction数据库反向分子对接预测苦参活性成分可能作用靶点。采用GeneCards、DisGeNET、TTD、MalaCards数据库预测结直肠癌疾病靶点,通过Cytoscape 3.8软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”关系网络图,利用STRING数据库分析苦参-结直肠癌共同靶蛋白PPI蛋白间相互作用网络,采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选获得中药苦参活性成分45个,通过调控结直肠癌相关作用靶点54个,参与体内信号传导、蛋白质磷酸化、凋亡等生物学过程,并通过调控癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路等途径发挥治疗作用。结论 中药苦参能够通过多途径、多靶点协同发挥抗结直肠癌作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨交泰丸治疗心 律失常的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接分析交泰丸治疗心律失常的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)与BATMAN数据库检索黄连、肉桂的活性成分和靶基因,利用GeneCards数据库检索得到与心律失常相关的靶基因,采用Cytoscape软件绘制交泰丸的"活性成分-作用靶点"网络图,采用STRING数据...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-当归药对对男性不育症作用的机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨熟地黄-当归药对治疗男性不育症的作用机制。方法：通过检索中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）数据库及查阅文献筛选出熟地黄-当归药对的活性成分和对应靶点，借助GeneCards、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）和DisGeNET数据库收集男性不育症作用靶点并通过Venny 2.1.0获得药物-疾病共同作用靶点，再利用Cytoscape 3.9.0软件构建“药对-活性成分-作用靶点”调控网络并进行拓扑分析。然后用STRING数据库作蛋白互作（PPI）分析筛选核心靶点。再用DAVID数据库对共同作用靶点进行基因本体（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析并构建“成分-靶点-关键通路”网络图。最后用AutoDock软件通过分子对接验证活性成分与核心靶点的结合能力。结果：熟地黄-当归药对存在6个活性成分及57个相关作用靶点，与男性不育症的1 361个靶点有19个交集靶点。这些靶点涉及蛋白结合、蛋白二聚体活动、酶结合、细胞老化与凋亡过程等生物学过程，干预癌症通路、Apoptosis通路、Hepatitis B通路、TNF信号通路等发...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨半夏治疗糖尿病胃轻瘫的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨半夏治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)的可能作用机制。方法:从中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中检索半夏的活性成分和对应靶点，利用SwissTargetPrediction对半夏活性成分进行靶点预测补充；从Genecards、TTD、NCBI数据库中检索DGP相关靶点基因；取半夏活性成分与DGP的交集靶点，利用Cytoscape 3.8.0构建“半夏活性成分-交集靶点”网络；借助Cytoscape 3.8.0的BisoGenet构建交集靶点的蛋白互作(PPI)网络图，利用CytoNCA对PPI网络进行拓扑分析并筛选核心靶点；借助ClueGO对核心靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因组与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Autodock 4.2软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果:半夏13个活性成分靶点与DGP相关靶点的交集靶点共68个；PPI网络拓扑分析得到核心靶点327个；核心靶点的GO功能富集分析显示其与黏着斑、泛素蛋白连接酶结合及mRNA分解代谢过程等调控相关；KEGG通路富集分析显示其与细胞周期、甲状腺激素信号...     

基于网络药理学的肾气丸治疗糖尿病作用机制研究

目的运用网络药理学方法筛选肾气丸的活性成分及核心靶标,探讨肾气丸治疗糖尿病的作用机制。方法经中药系统药理学分析平台(TCMSP)并结合文献查询,筛选肾气丸的活性成分;通过TTD数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选肾气丸活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集;通过OMIM数据库和DrugBank数据库筛选糖尿病相关的靶标;PPI数据库构建肾气丸和糖尿病的交互靶标;用Cytoscape软件构建成分-靶点-疾病交互网络图,并通过ClueGO富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路;应用Autodock软件进行核心靶标分子对接。结果筛选得到肾气丸100个活性成分,网络分析表明肾气丸活性成分涉及低密度脂蛋白受体相关蛋白6、胰岛素受体底物1、SHC转化蛋白1等靶点58个,靶点与调控基因的转录、细胞凋亡、细胞增殖、胰岛素受体等生物过程相关,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等通路来发挥其抗糖尿病作用。结论肾气丸治疗糖尿病具有多成分-多靶点-多途径的特点,为进一步研究肾气丸治疗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新方向。     

基于网络药理学及分子对接探究胎元饮治疗先兆流产的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探究胎元饮治疗先兆流产的药理机制,为其临床运用及进一步研究提供参考。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取胎元饮中的8味中药白芍、白术、陈皮、当归、杜仲、甘草、人参、熟地黄的主要化学成分及其靶点,根据药物药动学特征筛选中药活性成分;通过GeneCards数据库、DrugBank数据库、OMIM数据库、TTD数据库、PharmGKB数据库获取先兆流产的疾病靶点;利用R语言(R i386 4.0.5)将药物有效活性成分靶点与疾病靶点取交集并绘制韦恩图;通过Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图及分析;利用STRING 11.0数据库及Cytoscape 3.7.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建及分析;运用R语言对交集靶点进行靶点基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后运用AutoDock Tools 1.5.6软件对核心靶点蛋白及主要有效成分进行分子对接验证。结果 共获得胎元饮有效成分191个、作用靶点307个,先兆流产疾病相关靶点1849个,“药物-...     

基于网络药理学的复方苁蓉益智胶囊治疗血管性痴呆的分子机制研究

目的：对复方苁蓉益智胶囊(Compound Desert Cistanche Intelligence-improving Capsule)治疗血管性痴呆(VaD)的药理作用机制进行探讨。方法：基于网络药理学和分子对接的方法,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取复方苁蓉益智胶囊中各药物的活性成分,并通过SwissTarget Prediction数据库预测药物活性成分的作用靶点;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank数据库获取血管性痴呆的疾病靶点。通过STRING 11.0数据库和Cytoscape 3.8.2构建蛋白质相互作用(PPI)网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块及核心网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用Cytoscape 3.8.2构建“药物-活性成分-靶点-通路”网络图,采用分子对接技术对PPI网络及“药物-活性成分-靶点-通路”网络图结果进行验证。结果：筛选出35个主要活性成分,涉及134个靶点,其中主要活性成分包括亚美罂粟碱(Armepav...     

基于中药整合药理学计算平台的当归贝母苦参丸治疗前列腺疾病分子机制研究

目的基于整合药理学思路和方法,对经方当归贝母苦参丸治疗前列腺疾病的物质基础及分子机制进行初步分析。方法利用中药整合药理学计算平台(TCM-IP,www.tcmip.cn)预测当归贝母苦参丸治疗前列腺疾病的主要活性成分及作用靶点,筛选关键靶标并进行通路富集分析,构建当归贝母苦参丸"中药材-核心成分-关键靶标-主要通路"多维网络,探索其治疗前列腺疾病的可能机制。结果筛选出当归贝母苦参丸治疗前列腺疾病的候选关键靶标532个,获得候选关键靶标的gene ontology(GO)分析结果 1 840条,KEGG通路富集分析结果 194条。"中药材-核心成分-关键靶标-主要通路"网络关联分析结果获得当归贝母苦参丸治疗前列腺疾病的核心成分65个(当归29个、浙贝母11个、苦参26个,其中有1个成分为当归和浙贝母的共有成分),作用于转录因子结合、凋亡负性调控等关键靶标,通过雌激素、凋亡、趋化因子等信号通路,发挥细胞周期、细胞凋亡与增殖失衡调控等作用,这可能是其治疗前列腺疾病的相关分子机制。结论当归贝母苦参丸是以多成分交互作用于多靶点,通过多通路参与调控良性前列腺增生症(BPH)、前列腺癌等疾病发生发展过程,从而发挥一定的治疗作用。     

二至丸防治类风湿关节炎网络药理学机制探究

目的运用网络药理学及分子对接技术对二至丸进行生物分子网络分析,探究其治疗类风湿关节炎(RA)药理机制,为后续的基础研究和临床应用提供依据。方法通过TCMSP数据库检索二至丸活性成分,TCMSP及STITCH数据库挖掘有效成分作用靶点,TTD、DisGeNET、OMIM数据库获取RA相关基因。运用Cytoscape 3.2.1绘制PPI网络、成分-关键靶点网络图,通过网络拓扑结构分析挖掘关键靶点及核心活性成分。采用David 6.8工具进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。运用autodock4.0软件将核心活性成分与关键靶点进行分子对接。结果共筛选出二至丸口服生物利用度、类药性达标的活性成分21个,其中核心活性成分12个;二至丸治疗RA靶点共75个,其中关键靶点有24个;分子对接提示核心成分槲皮素、木犀草素、β-谷固醇、山奈酚与关键靶点TP53、MAPK1、JUN、SRC自发结合并相互作用。二至丸治疗RA通过介导TNF信号通路等13条信号通路,涉及的生物学过程主要与细胞增殖、凋亡、炎症反应和血管生成相关。结论二至丸对RA的治疗作用具有多成分-多靶点-多通路的特性,可同时抑制滑膜炎症、滑膜成纤维细胞(RA-FLS)的增殖、骨质破坏等。雌激素信号通路被抑制可能是肾阴虚介导RA发生发展的重要机制之一。     

基于网络药理学和分子对接探讨“当归-全蝎-地龙”药对治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探究“当归-全蝎-地龙”药对治疗缺血性脑卒中（IS）的作用机制。方法：通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、BATMAN、Herb、ETCM或SymMap中查找并筛选得到药物的活性成分,通过Pubchem数据库检索活性成分的SMILES号,并将其传入SwissTargetPrediction数据库获得药物活性成分预测靶点;选用关键词“Ischemic Stroke”在Genecards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库检索与该病相关的主要靶点;运用Venny2.1.0绘制韦恩图,获取该药对与缺血性脑卒中的交集靶点。将以上得到的数据分别通过STRING获得交集靶点的蛋白网络;Cytoscape3.10.0构建“药物-活性成分-靶点”及蛋白互作（PPI）网络图;Metascape数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;AutoDockTools对药物有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果：“当归-全蝎-地龙”治疗缺血性脑卒中共有28个有效活性成分和363个对应靶点,主要有效成分有亚油酸、花生四烯酸、二...     

基于网络药理学探讨加味二至丸治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的:运用网络药理学研究方法探讨加味二至丸治疗更年期女性动脉粥样硬化的作用机制。方法:在中药系统药理学分析平台(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学分析工(BATMAN-TCM)筛选加味二至丸的成分和靶点;并通过相关数据库检索动脉粥样硬化相关靶点;通过韦恩图得到加味二至丸和动脉粥样硬化的共同靶点,利用Cytoscape 3.6.1建立成分-疾病-靶点作用网络,然后使用STRING网站进行化合物-疾病共同靶点蛋白互作分析、运用Cytoscape 3.6.1进行可视化,并使用复合分子检测法(MCODE)分析重要模块;利用David数据库进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出加味二至丸38个成分和266个预测靶点,动脉粥样硬化靶点254个;通过韦恩图得到共同靶点52个,筛选出14个关键基因;这些共同靶点涉及炎症反应、调节胰岛素分泌、一氧化氮的合成调节等生物学过程;生物学通路包括肿瘤坏死因子信号通路、核转录因子-κB(NF-κB)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等22条信号通路。结论:加味二至丸可能通过雌激素受体调节雌激素水平,并可能通过抑制炎症反应,改善胰岛素抵抗等机制治疗动脉粥样硬化。     

基于网络药理学和分子对接探讨抑痰丸治疗医院获得性肺炎的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术探讨抑痰丸治疗医院获得性肺炎(HAP)的作用机制。方法：利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选抑痰丸的有效成分及作用靶点，从GeneCards、PharmGkb、DrugBank数据库获取HAP相关靶点，使用Venny 2.1.0平台筛选药物与疾病作用的交集靶点，采用Cytoscape软件绘制化学成分-靶点-通路-疾病交互网络，利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；将所获得的交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，利用AutoDockTools软件对抑痰丸核心活性成分及HAP关键靶点进行分子对接。结果：获得抑痰丸化学成分146种，抑痰丸药物靶点1824个，HAP疾病相关靶点132个，抑痰丸-HAP共同靶点44个。抑痰丸主要活性成分包括麻黄碱、贝壳杉烯、胸腺嘧啶、羟基芜花素、泻根醇酸、贝母素等。治疗HAP的关键靶点包括白蛋白、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-1β(IL-1β)、重组人趋化因子8、基质金属肽酶9(MMP9)、Toll样受体4、C反应蛋白...     

基于网络药理学和分子对接研究白花蛇舌草和半枝莲药对治疗宫颈癌的作用机制

目的通过网络药理学与分子对接方法探究白花蛇舌草Hedyotis diffusa和半枝莲Scutellaria barbata药对治疗宫颈癌的潜在活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和STITCH数据库搜集白花蛇舌草和半枝莲药对的活性成分和靶点,在DisGeNET网站下载宫颈癌疾病靶点;以String平台数据为基础,利用Cytoscape软件构建白花蛇舌草和半枝莲药对与宫颈癌共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction network,PPI)网络;利用CytoHubba筛选信号通路关键基因(hub基因),构建靶点的拓扑网络图;绘制"活性成分-靶点-通路"网络图;采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 "活性成分-靶点-通路"网络显示,白花蛇舌草和半枝莲药对有25个主要活性成分,38个主要靶点,与18个信号通路有关。分子对接结果显示,白花蛇舌草和半枝莲药对25个活性成分与38个靶点部分或全部对接成功。结论白花蛇舌草和半枝莲药对通过多成分、多靶点、多通路参与宫颈癌细胞凋亡。     

基于网络药理学预测苦参治疗肝癌的分子机制

目的:运用网络药理学的方法,探讨苦参治疗肝癌的作用机制。方法:通过中医药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)筛选出苦参活性成分及作用靶点;在OMIM和Genecards中获取疾病靶点。通过R语言对基因进行匹配并绘制韦恩图;在String网站构建活性成分-蛋白质-蛋白质相互作用网络图;Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点网络;通过R软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出45个活性成分和176个潜在作用靶点;GO及KEGG功能富集显示苦参主要影响PI3K/Akt/mTOR通路及HIF-1a等信号通路。结论:苦参可能通过影响PI3K/Akt/mTOR通路及HIF-1a等信号通路,从而调控肝癌细胞侵袭及转移。     

基于网络药理学和分子对接探讨四物汤治疗复发性流产的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接探讨四物汤治疗复发性流产(recurrent spontaneous abortion, RSA)的作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索四物汤组方中药的活性成分及作用靶点，通过Cytoscape 3.9.0绘制四物汤“活性成分-作用靶点”网络图；从Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)中检索RSA的疾病靶点，运用Venn Diagram获取共同靶点，并导入STRING数据库构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI),使用Cytoscape软件筛选核心靶点。将共同靶点导入DAVID数据库进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia ...     

寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学研究

目的:探讨寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学特征。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、GeneCards数据库获得寿胎丸活性成分及疾病靶点,利用Venn在线工具筛选二者交集基因,依托STRING数据库,采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络图和靶点间蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;通过DAVID数据库对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建活性成分-靶点-关键通路网络图来展示寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的相关作用机制。结果:筛选出寿胎丸活性成分21个,成分靶点591个及疾病靶点2 438个,主要化合物有槲皮素、赖氨酸等。获得交集基因共67个,寿胎丸可能通过过氧化氢酶(CAT)、表皮生长因子(EGF)等靶点发挥作用,GO分析结果显示,其生物过程主要是药物反应,细胞组分主要是血红素结合反应,分子功能主要集中在线粒体基质。主要涉及的相关信号通路有缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路,磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路。结论:寿胎丸的多种活性成分可能作用于CAT、EGF等相关靶点,通过HIF-1、PI3K/AKT等主要信号通路,多靶点、多通路的发挥治疗早发性卵巢功能不全的作用。     

基于网络药理学和分子对接法探讨黄芪治疗桥本甲状腺炎的机制

目的 基于网络药理学和分子对接相关技术探讨黄芪治疗桥本甲状腺炎(HT)的作用机制.方法 借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪的成分及作用靶点,使用OMIM和GeneCards数据库筛选HT靶点;采用Cytoscape软件构建化学成分-潜在靶点网络图和蛋白相互作用网络图,进而筛选出关键靶点,借助DAV...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨四逆散治疗勃起功能障碍的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨四逆散治疗勃起功能障碍(erectile dysfunction, ED)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索四逆散组方中药的活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape3.9.1软件可视化“四逆散-活性成分-靶点”网络图。利用治疗靶标数据库(therapeutic target database, TTD)、人类基因数据库(GeneCards?:the human gene database)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、DisGeNET数据库筛选疾病相关靶点。通过Venny2.1.0将药物活性成分靶点与ED相关靶点进行映射,取交集,即为四逆散治疗ED的潜在靶点。将交集靶点与对应药物活性成分导入Cytoscape3.9.1软件,构建“四逆散-活性成分-潜在靶点-疾病”网...     

基于网络药理学与分子对接及实验验证探讨苦杏仁-桔梗药对治疗肺癌的作用机制

目的：运用网络药理学方法及分子对接初步预测苦杏仁-桔梗药对治疗肺癌的主要靶点及其作用机制,再通过体外实验验证部分关键靶点及其通路。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SwissTargetPrediction、GeneCard数据库获取活性成分和靶点,利用UniProt数据库将靶点标准化,通过在线veny2.1绘制韦恩图。运用STRING数据库绘制靶点的PPI网络图,使用Cytoscape3.8.2软件建立“药物-成分-靶点”“核心蛋白-蛋白”网络关系图,利用Matescape数据库进行GO和KEGG通路富集分析。通过PyMOL、AutoDockTool 1.5.6软件进行分子对接。用不同浓度的小鼠含药血清培养Lewis肺癌细胞,CCK8检测细胞活性,流式细胞Annen V-FITC/PI标记法检测细胞凋亡率,实时荧光定量PCR技术、Western Blot检测Lewis肺癌细胞中SRC蛋白表达水平。结果：获得苦杏仁-桔梗有效活性成分23个,靶点为227个,关键靶点为SRC,KEGG富集程度较高的为PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。分子对接显示结合能良好...