广州市市售牡蛎诺如病毒污染情况分析

目的了解广州市市售牡蛎中诺如病毒(Norovirus)的污染状况和污染浓度,为预防食源性疾病和诺如病毒风险监测和安全评估提供基础数据。方法用实时荧光定量PCR方法进行诺如病毒核酸检测,并对阳性样品进行诺如病毒定量分析。结果242份样品中检出诺如病毒阳性样品42份,阳性率为17.36%,检出GI阳性的样品3份,检出GII阳性的样品42份。诺如病毒污染牡蛎的时间以冬春季为主,1月份出现高峰,阳性率为72.73%(16/22)。批发市场样品阳性率为17.20%(27/157),农贸市场样品阳性率为17.65%(15/85)。42份阳性样品诺如病毒的污染浓度为3.13×10^(2)~2.17×10^(5)copies/g(消化腺)。结论广州市市售牡蛎中诺如病毒的阳性率及病毒浓度比较高,必须加强监测及监管,宣传正确烹饪方法,避免引起诺如病毒食源性疾病及疫情暴发。     

黄山市2018年两起暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征分析

目的了解黄山市暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征。方法收集黄山市2018年两起暴发疫情中具有胃肠炎症状患者的肛拭子标本37份,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)对采集的标本进行诺如病毒核酸检测,检出的阳性标本,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增病毒衣壳区和聚合酶区,并对PCR产物进行基因测序及分子分型鉴定,测序结果使用Mega 6.0软件构建进化树进行遗传进化分析。结果 37份标本中,16份标本诺如病毒核酸阳性,其中11份测序成功,BLAST比对结果显示11条序列均为诺如病毒GII.P16-GII.2基因型。两起疫情中检出的诺如病毒序列与福建泉州、江苏泰州、南京和安徽宿州的毒株序列同源性较高。结论 GII.P16-GII.2基因型诺如病毒是引起黄山市黟县两起急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体。     

广州市1起诺如病毒急性胃肠炎暴发的实验室检测

目的确定1起学校急性胃肠炎暴发原因。方法采集病例粪便标本,直饮水标本,采用实时荧光定量(Real-time)PCR和RT-PCR方法检测病毒核酸,阳性标本测序分析。结果 5份粪便标本中3份呈诺如病毒阳性,2份直饮水标本均呈诺如病毒阳性。3份病例粪便标本病毒株核苷酸序列一致,均为GⅡ-4型,提示病毒同源。结论对诺如病毒进行核酸检测,证实该疫情为一起诺如病毒GⅡ-4型引起的急性胃肠炎暴发。     

北京市丰台区首起GⅡ.8诺如病毒暴发疫情的实验室鉴定及基因特征分析

目的对北京市丰台区某小学2014年5-6月间首起GⅡ.8诺如病毒感染性肠胃炎暴发疫情进行病原体鉴定及基因分型,为防控提供科学依据。方法采用实时荧光定量PCR法对12份病例标本进行诺如病毒核酸检测,阳性标本经RT-PCR扩增RNA多聚酶区部分序列,使用Bio Edit及Mega5.2.2软件对扩增序列进行同源性及进化分析。结果20件疫情标本检出12件诺如病毒核酸阳性,阳性率60.00%,序列分析表明为GⅡ.8型。结论此次诺如病毒感染性腹泻暴发疫情可能是由于学生间接触传播导致,是丰台区首次发现由GⅡ.8型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情,需要加强监测。     

厦门市2018—2022年诺如病毒分子分型研究

目的 研究厦门市诺如病毒基因型分布,发现暴发疫情的优势型别。方法 收集厦门市2018—2022年56起暴发事件样本,以实时荧光PCR法进行诺如病毒定性检测,阳性样本再用一步法RT-PCR对聚合酶和衣壳区序列进行特异扩增,目标片段进行序列测定和系统进化树分析。结果 厦门市2018—2022年诺如病毒检出率47.3%(233/493),阳性样本GII组占89.3%(208/233)、GI组占10.7%(25/233),共有3起事件为混合感染;共97份样本成功获得基因序列,所有序列分8个亚型;暴发事件数中占比前2位为GII.2[P16](44.6%,25/56)和GII.4＿Sydney2012[P31](12.5%,7/56);2019年诺如病毒的型别较为多(7个),其他年份型别仅1～3个;GII.2[P16]毒株序列间相似度92.9%～99.8%,分别与2018年广东省MK614136、2019年上海市MT158852和日本OR018215等序列相似度较高;GII.4＿Sydney2012[P31]序列间相似度93.1%～99.2%,大部分该型毒株与2019年北京市MW205646序列相...     

中国2006—2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病原学特征分析

目的 了解中国2006-2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病毒基因型别.方法 收集2006-2007年19起胃肠炎暴发的流行病学资料以及腹泻粪便样本,用RT-PCR方法对201份粪便标本进行诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒和札如病毒检测,对扩增产物进行序列测定.用Clustal X 1.83和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析.结果 诺如病毒是引起病毒性胃肠炎暴发的主要病原之一(12/19,63.2%).在12起诺如病毒胃肠炎暴发中,变异株GⅡ-4/2006b是引起暴发的流行优势株(11/12,91.7%),其他型别包括GⅡ-17、GⅡ-6和GⅡ-3.诺如病毒引起的疫情暴发主要集中在冬春季节(12月至4月),发生场所多样,且各年龄组人群均有发病.同时,12起诺如病毒暴发中有2起与其他腹泻病毒混合感染,且在同一起暴发中病原具有病毒多样性和基因型别多样性.结论 诺如病毒是2006-2007年引起胃肠炎暴发疫情的主要病原之一,变异株GⅡ-4/2006b为流行优势株.     

北京市某些医院内腹泻暴发与诺如病毒的相关性研究

目的确定2006年11-12月北京市某些医院内发生的住院患者腹泻爆发性流行的病原及其分子生物学特点。方法首先检测腹泻标本中轮状病毒抗原并用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行轮状病毒核酸检测,然后用逆转录-聚合酶链反应进行诺如病毒核酸检测,对检测阳性标本进行诺如病毒VP1全基因的扩增;并对其中一例进行全基因克隆、测序和分析。另外对来自不同医院的2份阳性标本中的VP1的5′端部分序列进行测序分析。结果30份腹泻患者粪便标本中共有17份检测为诺如病毒阳性,总阳性率为56.7%,每一家医院送检标本的阳性率都在42.9%以上。对其中一份标本的诺如病毒VP1全基因序列测定和分析显示为GⅡ-4型诺如病毒。另2份标本中的部分序列测定显示与全基因序列高度保守,只有1个核苷酸的差异,因此也提示为GⅡ-4型诺如病毒。结论诺如病毒是北京地区医院内腹泻暴发的重要病原,此次暴发极可能是由GⅡ-4型诺如病毒引起。     

舟山市一起诺如病毒暴发疫情的病原学鉴定及基因特征分析

目的对舟山市海岛地区2017年12月一起诺如病毒暴发疫情进行病原学鉴定及基因分子特征研究。方法采用荧光定量PCR法对送检的18份样本进行诺如病毒核酸检测,阳性样本使用常规RT-PCR扩增聚合酶及衣壳蛋白区基因序列,采用Mega6.06及Simplot软件对扩增序列进行系统进化及重组位点分析。结果 12份样本筛查为诺如病毒GII型阳性,阳性率66.67%,经基因序列分子特征分析,证实本次暴发疫情的病原体为诺如病毒GII.P7-GII.6型,重组位点位于ORF1-ORF2连接处180-182bp(5031-5033bp)之间,本次分离的GII.P7-GII.6型衣壳蛋白区序列隶属于GII.6型a簇,与北京市2016年所报道毒株型同源性最高,达97.8%。结论这是舟山市海岛地区首次在暴发疫情中检测出诺如病毒GII.P7-GII.6型,除当前流行株外,本区域内诺如病毒的基因型别的分布与流行情况较复杂,应结合国内外的流行趋势,及早、及时的开展预防控制工作。     

2008年广州市婴幼儿诺如病毒感染流行特征及基因型研究

目的了解广州市5岁以下婴幼儿诺如病毒感染状况及对诺如病毒阳性株进行基因型分析。方法收集广州市2008年5家病毒性腹泻监测点医院的门诊临床诊断为病毒性腹泻的5岁以下患儿临床资料及粪便标本692份,采用ELISA方法检测轮状病毒、腺病毒、星状病毒和诺如病毒抗原,将诺如病毒抗原阳性的标本用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收、纯化并测序,结合GenBank中的相关序列进行型别流行特点分析。结果 692份标本中,ELISA方法检测4种病毒的阳性率分别为轮状病毒31.9%(221/692)、诺如病毒21.2%(147/692)、腺病毒6.1%(42/692)、星状病毒1.2%(8/692),混合感染占6.8%(47/692)。诺如病毒腹泻病例发病高峰在9—11月份,占51.7%(76/147),2岁以下病例数占91.8%(135/147)。临床症状以腹泻、呕吐、发热、腹痛为主。147份诺如病毒ELISA阳性标本中RT-PCR方法检测诺如病毒核酸阳性率为84.4%(124/147),经测序及与GenBank中的相关序列比对,证实124份均属诺如病毒GⅡ遗传组,其中1份是GⅡ2型,其余均为GⅡ4型,GⅡ4型中又有不同分支。结论诺如病毒是广州市5岁以下儿童病毒性腹泻的常见病原之一,仅次于轮状病毒,常见于2岁以下婴幼儿,流行优势株基因型为GⅡ4型。     

学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2017年义乌地区的学校感染性腹泻疫情中的粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本对衣壳蛋白区基因片段进行扩增和测序,通过序列比对和进化分析确定诺如病毒的基因型别。结果 120份感染腹泻标本中检测到诺如病毒阳性45份,阳性率为37. 5%,选取的部分阳性菌株序列分析结果显示均为GⅡ. 2型。结论诺如病毒是引起学校感染性腹泻暴发疫情的重要病原菌之一,流行时间集中在2017年1月-3月,流行型别为GⅡ. 2型。     

群体性诺瓦克样病毒性胃肠炎疫情分析

目的 分析广州市2003年群体性诺瓦克样病毒性胃肠炎流行特征，加强该病的预防控制工作。方法 采用现场流行病学调查方法，对广州市2003年群体性诺瓦克样病毒性胃肠炎疫情进行调查分析。结果 2003年10月～12月底，广州市共报告8起群体性诺瓦克样病毒性胃肠炎疫情，共计病例396例，每起疫情均从部分患者粪便标本中检出诺瓦克病毒核酸或抗原。结论 RT-PCR的阳性检出率大于ELISA法，粪便标本检出率高。诺瓦克样病毒性胃肠炎常引起暴发疫情，及时采取控制措施可避免疫情扩散。     

A Norwalk-like virus outbreak on the Appalachian Trail

In May and June 1999, an outbreak of acute gastrointestinal illness occurred among long-distance hikers on the Appalachian Trail between Catawba and Troutville, Virginia. An investigation found that 45 out of 70 hikers had become ill within two days of arriving in Catawba, Virginia. Water samples were collected from a general store frequented by the hikers and from several nearby buildings and a popular all-you-can-eat restaurant. Symptoms were consistent with those caused by Norwalk-like viruses, and laboratory diagnosis detected Norwalk-like viruses in stool and serum specimens. People who consumed food items prepared at the general store were almost twice as likely to become ill as persons who did not consume those foods. Environmental sampling of water from the taps inside and outside the general store and from several surrounding establishments in Catawba found contamination by fecal coliform bacteria but not by Norwalk-like virus. Since several hikers reported illness prior to arriving at Catawba, person-to-person transmission of a highly contagious agent such as Norwalk-like virus could not be ruled out. Poor sanitation, scarce water supplies, and crowding can increase the risk of gastrointestinal illness among long-distance hikers.     

Outbreaks of Norwalk-like virus-associated gastroenteritis traced to shellfish: coexistence of two genotypes in one specimen.

We determined the nucleotide sequences of Norwalk-like viruses in 10 PCR products from stool or oyster specimens obtained from four outbreaks of gastroenteritis in which shellfish was suspected as the cause in Shizuoka prefecture in Japan between 1987-94. The sequences were determined from nucleotide positions 4561-4852 (292 bp) in the polymerase region. Two types of sequences were detected. One (genotype 1) had 87% sequence homology with the prototype Norwalk virus, and the other (genotype 2) had 59% sequence homology. The sequences from isolates belonging to the same genotype were almost the same regardless of the year of isolation. Because sequences of 2 genotypes were detected in 2 of the 4 outbreaks, nested PCR was performed with genotype-specific primers to detect the presence of 2 genotypes in the same specimen. In 5 of 10 specimens, PCR bands were detected with both genotype-specific primers, indicating the coexistence of 2 genotypes in 1 specimen. We also detected two genotypes of Norwalk-like virus in an oyster from a sample implicated in one of the outbreaks which may provide direct evidence of oysters as the cause of the gastroenteritis.     

广州市2015-2016年儿童流感疫情病原学监测分析

分析广州市儿童流感疫情病原学流行特征,为防控流感疫情提供科学依据.方法 于2015年1月至2016年12月采集广州市儿童流感疫情咽拭子标本3 259份,通过荧光定量RT-PCR方法进行流感病毒核酸检测.结果 累计采集流感病例样本中,B型流感病毒检出率最高(23.57%),其次为H3N2亚型(7.43%),最低为H1N1亚型(2.49%).在208起儿童流感疫情中,有25起疫情存在不同型别或同一型别不同亚型流感病毒共感染的情况,占12.02%.在时间分布上,具有明显的季节性特点,每年均有2次流行高峰,大高峰在每年春季3-6月,小高峰在每年冬季12月.大高峰流行期均以B型流感为主,伴有H3N2和H1N1交替出现.不同性别儿童流感病毒阳性率差异无统计学意义.小学流感病毒阳性率最高,平均为34.88%.9岁儿童流感检测阳性率最高(39.33%).结论 广州市儿童流感疫情具有季节性流行特点,B型流感病毒为主要流行种类.小学是儿童流感疫情重点监测区域,其中小学二、三年级学生是儿童流感疫情的高发人群.     

诺瓦克样病毒抗体水平及其相关因素研究

目的　了解某军校学员诺瓦克样病毒抗体水平 ,同时调查分析与血型、入学前家庭所在地等的关系。方法　利用酶联免疫吸附试验检测血清中的诺瓦克样病毒rNV、rMX和r387特异性IgG抗体水平。结果　rNV、rMX和r387IgG抗体总检出率分别为 88 9% ,5 4 1%和 90 0 %。其中rMX抗体阳性率不同血型之间存在显著性差异 (P<0 0 5 ) ,以O型抗体阳性率最高 6 2 5 % (115 / 184 ) ,B型最低 4 9 1% (16 0 / 2 16 ) ,而rNV和r387抗体阳性率未见显著性差异。不同入学前家庭所在地 3种抗体阳性率均有显著性差异 ,其中以农村籍学员抗体阳性率最高 ,城市最低。结论　该军校人群中诺瓦克样病毒感染普遍 ,血型及入学前家庭所在地可能是影响诺瓦克样病毒抗体水平的因素     

Steaming oysters does not prevent Norwalk-like gastroenteritis.

OBJECTIVES: To determine whether steaming oysters prevents gastroenteritis caused by small round structured (Norwalk-like) viruses and to identify risk factors for illness. METHODS: The authors interviewed all 48 people who ate oysters at two church suppers that were followed by outbreaks of gastroenteritis from a Norwalk-like virus. Data were collected on demographics, clinical illness, number of oysters eaten, and the extent to which they were cooked. RESULTS: Among the 48 persons, the attack rate was 56%. The risk of illness increased with the number of oysters eaten (chi-square for trend = 5.7, P = 0.02). There was no decrease in attack rates among persons who ate oysters that were better done (chi-square for trend = 1.1, P = 0.29). CONCLUSIONS: In these outbreaks, the risk of illness increased with the number of oysters eaten. Steaming oysters did not appear to prevent illness, suggesting that steaming may not be adequate to inactivate small round structured viruses. Public health messages that have emphasized the role of raw shellfish in the transmission of enteric viruses should be altered to increase the public''s awareness that eating steamed oysters may also pose health risks.     

诺瓦克样病毒胃肠炎集体性爆发的证实与思考

目的通过对诺瓦克样病毒胃肠炎集体爆发的调查和证实,总结处理不明原因疾病的经验.方法运用流行病学方法对3所幼儿园和1所小学发生的急性胃肠炎集体爆发进行调查,对病人粪便样本进行诺瓦克样病毒核酸检验.结果4起集体爆发的胃肠炎均以恶心呕吐为主要表现,有2个发病高峰,病程较短,有自愈倾向,没有明显的年龄、班级、楼层分布的集中趋势.对第4起爆发的22份病人粪便样本进行诺瓦克病毒的PCR检测,其中19份阳性,同时有4份经DNA测序证实与诺瓦克样病毒同源.结论此一系列不明原因的胃肠炎是由诺瓦克样病毒引起的.这是我国证实由诺瓦克样病毒感染而引起的集体性急性胃肠炎的爆发.     

广州市某医院儿童秋冬季腹泻诺瓦克样病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解广州市某医院2003年秋冬季儿童腹泻中诺瓦克样病毒(NLVs)感染的流行病学特点及病毒的基因型。方法 收集2003年10月至2004年1月临床诊断为病毒性腹泻而就诊的患儿粪便标本，采用引物JV12Y／JV13I进行逆转录-聚合酶链反应检测NLVs，阳性标本的PCR产物经纯化、测序进行基因分析。结果 收集的358份标本中检测出NLVs42份，阳性率11．73％。3岁以下的婴幼儿阳性40例，占95．24％，其中6月龄～1岁组与1～2岁组阳性率最高，分别占38．10％、35．71％。年龄最小者只有25天龄。4个月中，11月阳性率最高为17．27％，其次是2004年1月、2003年10、12月，阳性率分别为15．79％、8．11％、11．36％。抽取11份阳性标本进行测序分析，结果5份为GⅡ-3群，5份为GⅡ-4群，1份为GⅡ型，但尚不确定所属群。随机抽取20份轮状病毒阳性标本检测NLVs，未发现合并感染。结论 广州市某医院儿童腹泻的散发与NLVs感染有关，并且存在着不同的基因型，流行优势株为GⅡ-3群与GⅡ-4群的病毒株。     

引滦水源隐孢子虫和f2噬菌体消长规律研究

目的 探讨天津引滦水源原虫与病毒污染现状和消长规律。方法 根据引滦河道的排污、与其他水体交叉及其倒虹闸的分布情况确定采样监测点。分别用隐孢子虫和f2噬菌体表示水体受原虫和病毒污染的情况，水样通过浓集分离装置使隐孢子虫和f2噬菌体得到浓集，隐孢子虫经过固定、洗脱、悬浮和洗涤、染色，镜检计数；f2噬菌体滤液中加入Ecoli 285寄主菌液，恒温培养，观察计数。结果 各采样点隐孢子虫和f2噬菌体点次检出率分别为57．7％和63，9％，分别集中在春夏季和秋季。f2噬菌体在中上游较高，于桥水库和下游较低。结论 引滦水源已受原虫和病毒的污染。建议将引滦河道中极易受到污染的自然河道和明渠段改为暗渠输水方式，并加强引滦河道沿岸工农业和生活污染来源的监控。