一起由诺如病毒和肠道腺病毒混合感染引起的急性胃肠炎聚集性疫情的病原鉴定及进化分析

目的?对一起儿童急性胃肠炎聚集性疫情的病原进行鉴定、分型及进化分析。 方法?收集本次疫情患儿粪便标本，提取核酸，采用实时荧光PCR初步进行病原鉴定。通过反转录-聚合酶链反应对诺如病毒阳性标本的聚合酶区和衣壳VP1区部分基因序列进行扩增；通过PCR对腺病毒阳性标本的六邻体区部分基因序列进行扩增。对扩增产物进行测序，利用生物信息学软件及网站对病毒进行型别鉴定及进化分析。结果?共收集到3例患儿粪便标本，诺如病毒和腺病毒均为阳性。3株诺如病毒毒株均为诺如病毒GII.P12-GII.3型，其聚合酶区部分基因序列（206 bp）与2015─2018年我国GII.P12-GII.3型诺如病毒参考序列的同源性为98%，且位于同一进化树分支上；3株腺病毒毒株均为腺病毒F亚属41型（F41型），其六邻体区部分基因序列（420 bp）与2015─2019年我国F41型腺病毒参考序列的同源性为100%，且位于同一进化树分支上。 结论?本次儿童急性胃肠炎聚集性疫情是由GII.P12-GII.3型诺如病毒和F41型腺病毒混合感染引起，毒株序列分别与近年来我国流行的GII.P12-GII.3型诺如病毒及F41型腺病毒序列高度同源。本研究为混合感染急性胃肠炎疫情病原的快速鉴定及溯源分析提供了参考。     

诺如病毒新重组株GⅡ.P16/GⅡ.2引起福建省2016年冬季病毒性胃肠炎暴发

目的 本文旨在鉴定福建省2016年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究.方法 对疫情暴发地上送的福建省2016年胃肠炎暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT-PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析.结果 在3起暴发疫情中18份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中15份标本RT-PCR检测判为GⅡ型诺如病毒,9份标本成功测序.分析测序结果,证实引起本轮疫情为诺如病毒新重组株,该重组株有别于本地散发流行及全球暴发流行的优势基因型GⅡ.4.毒株RNA聚合酶核苷酸序列与2016年日本的GⅡ.4悉尼变异株Kawasaki194毒株的同源性最高,达98％,为GⅡ.P16亚型;衣壳蛋白核苷酸序列与2008年比利时的IPH2161-08VG06毒株同源性最高(97.7％～98.8％),为GⅡ.2亚型.结论 这是福建省首次报道诺如病毒重组株GⅡ.P16/ GⅡ.2的检出,并引起病毒性胃肠炎暴发.     

舟山海岛地区新重组GII.P16-GII.2型诺如病毒基因特征分析

目的 对舟山市海岛地区2017年4起诺如病毒暴发疫情进行型别鉴定及分子特征研究。方法 对舟山市县区暴发疫情所在地上送的40份急性胃肠炎病例样本,采用荧光PCR筛查病原体,常规RT-PCR扩增诺如病毒聚合酶及衣壳蛋白区基因序列,并进行分子特征分析。结果 27份样本筛查为诺如病毒GII型阳性,经基因序列分子特征分析,证实本轮暴发疫情由新重组GII.P16-GII.2型诺如病毒所引起,重组位点位于ORF1-ORF2连接区处1 120-1 122 bp,并分别与同处沿海地区江苏省,北京市2016年报道的GII.P16及GII.2型毒株同源性最高;对其中1例样本近乎完整的聚合酶区及衣壳蛋白区氨基酸序列与代表株相比对,发现2016-2017年GII.P16型c簇中聚合酶区5个特异位点发生变异。结论 本次为舟山市海岛地区首次检测出诺如病毒重组株GIIP.16-GII.2型,并引起急性胃肠炎暴发,在今后的监测工作中应同时开展诺如病毒的聚合酶区及衣壳蛋白区的序列检测,及时识别新出现的变异株,为本区域诺如病毒的防控提供依据。     

2018—2021年长沙市诺如病毒暴发疫情流行特征分析

目的 了解2018年1月至2021年3月长沙市诺如病毒(Norovirus, NoV)暴发疫情的流行病学和进化特征。方法 采集2018年1月至2021年3月急性胃肠炎暴发疫情临床病例标本463份，采用实时荧光RT-PCR法进行诺如病毒GI和GII基因群的鉴定；对阳性标本采用特异引物RT-PCR扩增，所得扩增产物测序后进行进化分析。结果 2018年1月至2021年3月共报告诺如病毒疫情64起，采集标本463份，NoV检出阳性率为57.67%,男性检出率为60.16%,女性检出率为54.71%;12～18岁年龄组检出率最高，达74.24%。每年冬春季(10月至次年3月)为流行高峰季节；有64.06%(41/64)的疫情发生在托幼机构。64起暴发疫情中由GII基因群NoV引起的占82.81%(53/64),由GI基因群NoV引起的占7.81%(5/64),混合基因型占9.38%(6/64)。GI基因群NoV的具体基因型别有GI.2[P2]、GI.3[P13]、GI.5[P4]、GI.6[P11];测序分型成功的GII基因群NoV具体基因型别有GII.1[P16]、GII.2[P16]、GII...     

90例病毒性胃肠炎患者粪便中诺如病毒检出情况分析

目的 了解病毒性胃肠炎患者中诺如病毒感染情况. 方法 收集北京市2007年2月5~17日共计90例病毒性胃肠炎患者的粪便标本,应用逆转录聚合酶链反应法 (RT-PCR) 和酶联免疫吸附试验 (ELISA) 检测粪便中诺如病毒核酸或抗原,并对RT-PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序. 结果 90例病毒性胃肠炎患者的粪便标本中,35例 (38.89%) RT-PCR为诺如病毒核酸阳性,序列分析结果显示,诺如病毒GⅡ型34例 (97.14%),GⅠ型1例 (2.86%);90例中,39例 (43.33%) 为ELISA检测诺如病毒抗原阳性.以RT-PCR检测结果作为金标准进行比较,ELISA的灵敏度和特异度分别为97.14% (34/35) 和90.91% (50/55) . 结论 诺如病毒是病毒性胃肠炎的主要病原,以GⅡ型流行为主.ELISA快速、简便,其灵敏度和特异度较高,可作为诺如病毒感染的初筛试验.     

江苏省一起急性胃肠炎爆发的疫情调查

调查和分析一起发生在江苏省常州市某小学急性胃肠炎爆发疫情,明确流行病学特征和基因型特征。方法根据统一设计的流行病学调查表,对病例和对照的饮食、饮水和卫生习惯等情况开展病例对照研究。对病例的排毒情况进行跟踪调查,明确排毒期长短。采集病例和对照的标本,进行荧光定量PCR方法检测,对部分阳性结果标本进行测序以明确基因型。结果11月22日起出现首例病例,11月22日至12月2日为主要发病阶段。此期共发病269例,其中学生发病264例,罹患率17.4%,教师发病5例,罹患率4.4%,两者存在统计学差异(χ2=13,P＜0.01);排毒期调查结果显示,本起暴发疫情最短排毒期为发病后3 d,最长为14 d,中位时间为7 d。共采集172份标本,其中82份检测结果为诺如病毒GII型阳性,未检测到轮状病毒及腺病毒,18份诺如病毒GII型阳性标本测序分析显示均为GII.12基因型。结论结合病例临床特征、流行病学调查及实验室检测结果综合分析,判定本起疫情为诺如病毒GII.12型感染导致的急性胃肠炎爆发疫情,该型别在我省尚为首次发现。爆发原因可能为呕吐物 口引起的大范围传播。     

山东半岛地区贝类中诺如病毒污染状况与病毒鉴定初报

目的调查研究山东半岛沿海地区双壳贝类中诺如病毒污状况并对阳性株进行鉴定。方法应用常规RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR,对2007年9月到2008年8月间在山东半岛沿海8个地区收集的186份双壳贝类样品进行了诺如病毒的定性和定量检测,并对阳性株核酸片段进行克隆、转化和序列分析,使用DNAStar软件进行核酸序列同源性比较,经MEGA4绘制系统进化树。结果 186份样品中检出5份诺如病毒阳性,检出率为2.67%,诺如病毒含量为大于102拷贝RNA,序列分析与遗传进化树显示5份诺如病毒阳性株均为GGII型NVs,与国内报道的GGII型毒株同源性达到98%以上。结论山东半岛地区贝类中含有的诺如病毒以GGII型为主,冬季检出率较高。     

南京地区人感染杯状病毒的病原学检测

目的了解南京地区病毒性腹泻患者中杯状病毒的感染情况,明确该地区杯状病毒的主要基因型和分子进化特点。方法收集南京市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本155例,南京市某三甲医院成人腹泻标本8例,采用RT-PCR方法检测粪便中诺如病毒和札如病毒的多聚酶区核酸片段,并测序以明确基因型,对核苷酸序列使用CLUSTALW和phylip软件分析病毒的分子进化和亲缘关系。结果婴幼儿的155例标本共检出15例杯状病毒阳性,检出率达到9.7%,成人检出5份阳性,与婴幼儿感染的诺如病毒核酸在多聚酶区未发现显著差异,均为GⅡ4型,与GENBANK上序列号为EU074213(苏州)、EU096514、EF200699的毒株有较高的同源性;婴儿腹泻中有一例经核酸序列比对确认为札如病毒感染,为SGⅡ型,与GENBANK上序列号为AF439862的有94%的同源性。结论杯状病毒是本地区病毒性腹泻的重要病原体,感染的该病毒以诺如病毒GⅡ4型为主,与近年多个地区发现的该病毒有较近的亲缘关系。南京地区存在札如病毒感染。     

厦门地区病毒性腹泻诺如病毒感染状况

目的了解本地区病毒性腹泻患者诺如病毒感染情况,为进一步探索诺如病毒流行规律和防控对策提供依据。方法收集2007年4月至2008年7月3个监测哨点医院病毒性腹泻患者粪便标本共323份,应用ELISA方法检测粪便标本中病毒抗原,实时荧光逆转录聚合酶链反应法(Real-Time RT-PCR)分组别检测病毒核酸,部分病毒核酸阳性的标本扩增RdRp基因片段后测序验证病毒组别。结果323例患者粪便标本中,ELISA检测抗原阳性68例,阳性率21.05%;Real-Time RT-PCR检测核酸阳性107例,阳性率33.13%;诺如病毒检出率为38.08%。诺如病毒GGⅡ组占74.77%,少数为GGⅠ组(1.87%),尚有25份(23.36%)未定型。结论厦门地区存在诺如病毒流行,以GGⅡ组毒株流行为主,而且是病毒性腹泻的主要病原。     

我国GII.4型诺如病毒Sydney株P颗粒的表达及其组织血型抗原结合特征

目的表达我国新发现GII.4型诺如病毒优势流行株—Sydney株的P颗粒,并探究其结合人类组织血型抗原(HBGAs)受体特征及变化规律。方法扩增SH 2012_05株中的P区域序列,构建进化树分析其氨基酸序列,并在原核表达系统中表达P颗粒。目的重组蛋白经Western blot确定其特异性,并采用ELISA法检测P颗粒结合HBGAs的能力及方式。结果 SH 2012_05毒株P区域与Sydney/2012原型株同源性为99.1%,为GII.4/Sydney基因簇。SDS-PAGE电泳和Western blot分析验证SH 2012_05株P颗粒具有特异性。其结合HBGAs受体方式与以往流行的基因簇一致,即与A、B、O、AB型分泌型唾液均能结合,其中与B型抗原亲和力最高。结论成功表达了我国新发现GII.4型诺如病毒Sydney株的P颗粒,明确了Sydney株能结合分泌型HBGAs受体的特征。本研究为诺如病毒疫苗株选择提供了技术储备,这将为GII.4型诺如病毒的预防和控制提供科学基础。     

诺如病毒分子生物学研究进展

诺如病毒是全世界范围内急性胃肠炎的主要病原。诺如病毒型别众多,GⅡ是主要的基因组,而GⅡ．4为最主要的基因型。组织血型抗原（histoblood group antigen,HBGA）被认为是诺如病毒的受体,不同基因簇的病毒株与不同的HBGA结合。对GⅡ．4的进化树分析提尔,诺如病毒进化迅速。对GⅡ．4病毒样颗粒的研究表明,受体结合区域的变异导致HBGA结合方式以及抗原性的改变。诺如病毒感染后,机体产生短期的和长期的免疫力,但是机制不清。     

诺如病毒聚合酶基因的扩增及其遗传变异研究

目的检测该病原,并溯源。方法通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)、测序获得聚合酶基因序列,分子生物学分析软件及互联网数据库进行遗传变异研究。结果该病原为GⅡ-4亚型诺如病毒,其聚合酶基因非常保守,与同期日本爆发的诺如病毒毒株序列相似性达99%,可能来源于日本。结论诺如病毒感染引起的急性胃肠炎是影响全世界成人和儿童健康的重要因素,该病毒可以在贝类中富集,因此严格监测国内疫情、检测水产品进出境以避免该病的跨国传播。     

常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒方法的建立及其应用北大核心CSCD

目的建立GI、GII型诺如病毒的常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法,并对两种方法进行应用。方法优化筛选出最佳PCR反应体系与反应条件,并从灵敏性、特异性、临床样品检测等方面对建立的方法进行比较与评价。结果该两种方法特异性强,与札幌病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应,同一体系内GI、GII型诺如病毒相互之间没有干扰;常规RT-PCR最低检测限为103copies/μL,荧光定量RT-PCR最低检测限为102copies/μL;对180份临床粪便样品进行检测,常规RT-PCR则检测率为5.56%(10/180),符合率达97.22%,荧光定量RT-PCR检测率为8.33%(15/180),符合率达100%;对15份阳性样品测序分析,证实均为诺如病毒。结论建立的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR均可用于诺如病毒的快速检测,荧光定量RT-PCR更为灵敏。     

常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测GⅠ、GⅡ型诺如病毒方法的建立及其应用

目的建立GI、GII型诺如病毒的常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法,并对两种方法进行应用。方法优化筛选出最佳PCR反应体系与反应条件,并从灵敏性、特异性、临床样品检测等方面对建立的方法进行比较与评价。结果该两种方法特异性强,与札幌病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应,同一体系内GI、GII型诺如病毒相互之间没有干扰;常规RT-PCR最低检测限为103copies/μL,荧光定量RT-PCR最低检测限为102copies/μL;对180份临床粪便样品进行检测,常规RT-PCR则检测率为5.56%(10/180),符合率达97.22%,荧光定量RT-PCR检测率为8.33%(15/180),符合率达100%;对15份阳性样品测序分析,证实均为诺如病毒。结论建立的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR均可用于诺如病毒的快速检测,荧光定量RT-PCR更为灵敏。     

美国《Emerging Infectious Diseases》2010年第4期有关人兽共患病论文摘译

加拿大人类感染与家畜相关的398序列型耐甲氧西林金黄葡萄球菌；1987—2008年德国肠出血性大肠杆菌种系发生分析；小鼠感染致死性甲型流感H1N1和H5N1病毒的发病机理因不同毒株而异；用诺如病毒基因图谱区分食源性疾病暴发的原因；GII轮状病毒毒株与人类轮状病毒基因片段重组；     

2011年和2013年武汉市病毒性胃肠炎病原监测与分析

目的监测和分析2011年和2013年武汉市婴幼儿和成人病毒性胃肠炎病原。方法用聚丙烯酰胺凝胶电泳及RT-PCR对胃肠炎患者腹泻大便样本进行轮状病毒、诺如病毒、星状病毒以及札幌样病毒检测,部分样本测序并比对同源性。用PCR检测腺病毒。结果轮状病毒、诺如病毒、星状病毒、札幌样病毒检出率分别为21.6%(296/1 368)、35.7%(488/1 368)、10.2%(140/1 368)和7.7%(105/1 368);肠道腺病毒在儿童患者中的检出率为8.2%(70/853)。诺如病毒和轮状病毒易感人群为13~24月龄和7~24月龄儿童,及40~59岁成人。轮状病毒检出高峰在秋冬季。星状病毒、札幌样病毒和腺病毒多发于2岁以下的婴幼儿,无明显季节分布。196人份A组轮状病毒基因型以G9P[8]为主(40.8%),其次为G1P[8](26.5%),G3P[8](16.3%)和G2P[4](11.7%)。经测序比对诺如病毒基因型分别为GⅡ.4型(7/12),GⅡ.3型(5/12);星状病毒为1型(8/13),8型(4/13)和5型(1/13);札幌样病毒为GI.1型(2/6),GI 2型(2/6)和GⅡ.1型(2/6)。结论 2011年和2013年武汉市婴幼儿和成人胃肠炎主要病原是诺如病毒,其次是轮状病毒。     

广州戊型病毒性肝炎暴发株和散发株部分序列比较

目的了解广州某部新兵连戊型病毒性肝炎（戊型肝炎）暴发流行的分子病毒学特征,并与当地散发毒株比较,以查找病原可能来源.方法用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）法,对抗HEV-IgM阳性的34例暴发性戊型肝炎及46例散发性戊型肝炎患者的血清和粪便标本进行HEV RNA检测,并对HEV RNA阳性标本的基因开放读码框（ORF）2部分片段进行克隆测序分析.结果 34例暴发流行病例标本中检测出12株病毒,46例散发病例标本中检到2株.经克隆测序分析,各暴发毒株的核苷酸同源性为95.3%～100%;氨基酸同源性为94.0%～100%.且暴发毒株和散发毒株的核苷酸及氨基酸的同源性也较高,分别为95.3%～99.3%和94.0%～100%;暴发毒株和散发毒株与各型中的标准株相比,与Japl株同源性最高,其核苷酸同源性为92.0%～95.3%,氨基酸同源性为96.0%～100.0%.进化树分析提示本次戊型肝炎暴发流行病毒株与戊型肝炎病毒基因Ⅳ型距离最近.结论 本次戊型肝炎暴发流行的病原可能来于广州本地;广州地区戊型肝炎流行毒株属戊型肝炎基因型Ⅳ型.     

2011年龙岩市流行株柯萨奇病毒A组16型VPl基因特征分析

目的分析2011年龙岩市流行的柯萨奇病毒A组16（CVA16）分离株的分子生物学特征。方法对从龙岩市2011年散发的手足口病（HFMD）患者标本中分离CVA16病毒,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增VPl基因片段全长,并对扩增产物测序。根据VPl基因核苷酸序列与国内外其他CVA16毒株序列构建进化树,并进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果 4株龙岩分离株CVA16核苷酸同源性为99%~100%。比较推导的氨基酸序列,VP1不存在位点差异,氨基酸序列完全相同。对分离株病毒进行VP1核苷酸序列两两差异分析,与国内其他分离株VP1基因序列的一致性为87%~100%。确定4株CVA16病毒均属于B1b基因型。结论引起2011年龙岩市HFMD流行的CVA16病毒均为B1b基因型,与目前国内其他地区流行毒株高度同源。     

广东首例苏里南输入性寨卡病毒感染病例的实验室检测

目的对从广州白云国际机场口岸入境的一例自苏里南归国发热人员进行寨卡病毒实验室检测。方法采集发热人员的血液和唾液样本,同时使用两种寨卡病毒实时荧光RT-PCR试剂进行寨卡病毒核酸检测。RT-PCR扩增寨卡病毒部分基因片段,并进行序列测定和同源性比较。基于扩增片段构建系统进化树,分析输入性病例的来源。结果实时荧光RT-PCR结果显示,该病例血清样本寨卡病毒核酸弱阳性、唾液样本寨卡病毒核酸阳性。RT-PCR扩增出预期大小约1.5Kb片段,测序结果表明该片段与巴西寨卡病毒株(GenBank号KX197250)相应序列的同源性为99%。系统进化树显示该病毒属亚洲谱系。结论根据患者流行病学史、临床表现和病例标本核酸检测情况,确诊该病例为广东首例从苏里南地区输入性寨卡病例。     

一起儿童病毒性脑炎暴发肠道病毒ECHO6型分离株VP1基因特征分析

目的 对埃可病毒6型(ECHO6)福建龙岩分离株进行分子生物学分析,阐明ECHO6病毒福建龙岩分离株的分子生学特征及其与世界其它分离株的基因关系。方法 采集暴发病例脑脊液标本,用RD细胞进行分离病毒,阳性分离物采用中和试验及PCR序列分析确定其血清型别;RT-PCR扩增VP1基因全长,测定序列进行同源性及亲缘进化树分析。结果 13例细胞培养阳性分离物经中和试验及序列分析结果均为ECHO6。随机选取4株病毒株进行VP1全基因序列分析显示: 4个病毒株之间同源性＞99%;与山东病毒株E6/SD/sewage/081226/2-2同源性高于其他参考株。在遗传进化树上,4株分离病毒株同属一个分支, 为C2亚型。结论 ECHO6是引起本次福建省龙岩市长汀县儿童病毒性脑炎暴发的病原体,其基因型为C2亚型。