细粒棘球绦虫基因型的微卫星分析

目的利用细粒棘球绦虫微卫星序列为分型标记,建立高效、快速、简便的鉴定细粒棘球绦虫基因型技术。方法采用FAM和HEX两种不同荧光染料分别标记细粒棘球绦虫的Sca、Emsk、C106微卫星序列引物,利用荧光PCR-基因扫描技术鉴定新疆不同地区CE病人细粒棘球绦虫分离株的基因型。结果44例CE病人的66个分离株标本经PCR及微卫星标记鉴定均为细粒棘球绦虫,其中43例病人的65个细粒棘球绦虫分离株标本为G1基因型;1例病人的1个细粒棘球绦虫分离株标本为G6基因型。结论微卫星标记能够从基因水平快速、精确地鉴定新疆细粒棘球绦虫分离株的基因型,对细粒棘球绦虫的流行病学和致病性研究有重要价值。     

辽宁省朝阳市细粒棘球病的基因型分析

目的分析本院分离到的人源性棘球蚴的基因型,为辽宁省棘球蚴病的分子流行病学提供资料。方法经外科手术方法从患者肝内获取棘球蚴囊,将囊内容物离心沉淀提取DNA,以细粒棘球绦虫线粒体细胞色素氧化酶(cox1)基因为靶基因设计引物进行PCR扩增,对PCR产物进行测序,测序结果应用Blast进行分析,并与GenBank数据库中序列进行比对。结果 cox1扩增产物及测序的结果提示,本例样本与细粒棘球幼的cox1基因型(AF297617)高度相似,差异性为0.1%,基因型属于G1亚型。并与其他国家的25个分离株序列一致。结论线粒体基因组的cox1基因分析是棘球蚴病诊断和分型的有力工具。辽宁地区首次报道了细粒棘球绦虫的基因型为G1亚型,其序列与国内外的多个分离株保持一致,为棘球蚴病的分子流行病学补充了资料。     

阿根廷细粒棘球绦虫的遗传变异和流行病学

细粒棘球绦虫为囊性棘球蚴病(CHD)的病原体,存在与标准株差异很大的一系列遗传变异体或变异株,对CHD的流行病学、病理学和控制均有影响。早期研究是用形态学和生物化学(主要为同工酶分析)特征来进行株型鉴定,但更为敏感的分子生物学技术现已成功地用于鉴别棘球绦虫的种和株。到目前为止,已鉴定出细粒棘球绦虫的9个不同基因型(G1—G9)。CHD是阿根廷一个重     

狮棘球绦虫(Echinococcus felidis)生物学特性研究进展

本文比较了狮棘球绦虫(Echinococcus felidis)线粒体cox1(细胞色素C氧化酶亚基1)和nad1(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位1)基因片段序列,核基因编码基因elp(埃兹-根蛋白-膜突蛋白样蛋白 )、ef1a(延伸因子1α)、pepck(磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶) 和pold(DNA 聚合酶δ)序列,核糖体rRNA基因(ITS1 和 18S rRNA)序列,以及狮棘球绦虫与其它棘球绦虫之间的DNA序列的差异度,并简述了其吻钩皱褶明显的形态学特征和以独特的狮类为终末宿主的生物学特性。通过对狮棘球绦虫分子遗传标记特征、种地位的确立、种系发生、鉴定方法、宿主范围、地理分布、流行病学特征和未来研究方向的阐述,为从事该领域研究的学者和临床工作者提供了背景知识,并对棘球蚴病的临床流行病学调查和防治工作提供了依据。     

斯洛伐克地区细粒棘球绦虫G7基因型存在的分子水平的证据

由于株的特性可以影响包虫病的传播模式,因此细粒棘球绦虫的变异在流行病学上是非常重要的。本文作者从分子水平详细分析了斯洛伐克地区细粒棘球绦虫的不同分离株,以便对该地区的虫株进行基因型分类。     

在尼泊尔用线粒体DNA标记物鉴定细粒棘球绦虫的三种基因型

研究细粒棘球绦虫种群内及种群间的基因变异对于疾病控制及流行病学研究具有重要意义。细粒棘球绦虫有9个不同的基因型(G1—G9)。本文作者以线粒体DNA标记物细胞色素C氧化酶亚单位1(CO1)和NADH     

青南高原细粒棘球绦虫mtDNA基因多态性分析

目的与方法为了全面掌握青南高原细粒棘球绦虫的种内变异,我们首次应用mtDNA的coxI基因,nadI基因和atp6基因检测了55个细粒棘球绦虫分离株（37个人体分离株,18个动物分离株）的基因多态性。结果研究结果显示,所检测的55个细粒棘球绦虫分离株与GenBank中检索到的普通羊株（G1型）基因同源性达到90%以上,均为普通羊株（G1型）。将mtDNA相加（共1 327bp）后得到了13个基因型,均被GenBank收录。结论1）55个细粒棘球绦虫分离株均为普通羊株（G1型）;2）结果所得的13个基因型中,既有世界上广泛分布的,也有本研究首次报道的,充分说明青南地区细粒棘球绦虫具有广泛性和普遍性的流行病学特征,青南高原特殊地理环境和气候条件导致细粒棘球绦虫的特殊的核苷酸变异。     

基于GenBank数据库的不同基因型细粒棘球绦虫系统进化分析

目的　分析GenBank数据库中公布的细粒棘球绦虫各基因型细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（Cox1）基因序列,探索细粒棘球绦虫各基因型在全球不同地区的遗传变异及分化情况。方法　收集GenBank数据库中公布的不同基因型细粒棘球绦虫Cox1基因序列,排除同一地区内相同基因序列,寻找收集的基因序列间的变异位点并构建进化树,观察不同地区细粒棘球绦虫各基因型的地域聚集性及原始基因序列。结果　通过对Cox1基因序列变异位点统计,发现细粒棘球绦虫Cox1基因突变类型以颠换为主,G1、G6、G7基因型在其分布的各地区均有相同Cox1基因序列,基因序列相对应的GenBank登录号分别为KY766891、MH300971、MH301007。系统进化分析发现G10基因型存在明显地域聚集性。结论　细粒棘球绦虫G1、G6、G7基因型存在原始Cox1基因序列;G10基因型进化树中出现地域聚集性,存在生殖隔离趋势。     

PCR-RFLP在细粒棘球绦虫种株鉴定中的应用

目的根据细粒棘球绦虫线粒体DNA rrnL区段基因特征,建立一种新的细粒棘球绦虫种株（基因型）鉴定技术。方法应用PCR-RFLP方法,对新疆不同地区44个囊型包虫病（CE）病人分离株标本提取DNA,用特异性引物对mtDNA rrnL基因片段进行PCR扩增,将扩增产物用限制性内切酶SspI和Bg1Ⅱ消化,再用琼脂糖凝胶电泳分析片段大小,进行基因型鉴别。结果CE病人分离株PCR扩增产物均不能被限制性内切酶SspI酶切,为细粒棘球绦虫;其中43个病人分离株的PCR扩增产物不能被限制性内切酶Bg1Ⅱ酶切,为细粒棘球绦虫G1基因型;1个病人分离株的PCR扩增产物被Bg1Ⅱ切成158 bp和403 bp 2条DNA片段,为细粒棘球绦虫G6基因型。结论根据细粒棘球绦虫线粒体DNA rrnL区段基因特征建立的PCR-RFLP技术可用于细粒棘球绦虫的基因型鉴别。     

完整线粒体基因组鉴定细粒棘球绦虫犬、马株和犬、羊株的差别

在棘球绦虫属的 16个名义种中仅有 4个种在分类学上被普遍接受 ,即细粒棘球绦虫、多房棘球绦虫、伏氏棘球绦虫和少节棘球绦虫。其他的分类单位均被视为细粒棘球绦虫的亚种或株。这些结论是基于成虫形态、宿主范围、生活史、包囊性质和定位、生化及分子特征的差异作出的。现已逐步明确 ,几乎呈世界性分布的细粒棘球绦虫在基因水平表现了相当大的变异 ,因而值得对其分类学地位进行重新评价。线粒体序列为进化生物学、种群发生和系统发育的研究提供了丰富的数据资源 ,已越来越多地用于棘球绦虫的研究中。至今 ,应用线粒体DNA序列的分子研究已…     

细粒棘球蚴线粒体nad1基因的克隆与序列分析

目的 为完善细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)的分子分类学体系,提供更优化的种间和种内遗传标记基因。方法 在内蒙古地区采集患羊肝脏细粒棘球蚴和肝包虫病患者棘球蚴。采用提取虫体DNA的方法,扩增线粒体NADH脱氢酶1(nad1)基因并进行测序,运用DNAstar5.0软件构建系统发育树并采用MEGA4.0软件进行自居检验。结果 细粒棘球蚴DNA 扩增出的羊株、人株nad1基因序列片段长度为895 bp。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫的同源性最高,相似性为86.5%;羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫位于同一分支,自展值(Boostrap)最高,为100%。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列所属分支与裂头目、裂头科Diplogonoporus balaenopterae所属分支相隔最远。结论 nad1基因有较高保守性,同时也存在种间差异,可广泛应用于研究细粒棘球绦虫的种间和种内遗传变异。     

1988～1998年深圳市艾滋病流行病学分析

目的 通过对深圳市1988～1998年HIV/AIDS临床资料、人口学资料和分子流行病学调查数据进行研究,了解HIV在深圳市的流行特点、阶段、模式、分析其传染来源和流行趋势,为制定有效的预防控制措施提供科学依据。方法 应用ELISA法对不同监测人群进行HIV抗体检测,抗体阳性者经蛋白印迹(WB)法确认后进行流行病学调查及个案分析;同时采集感染者外周血淋巴细胞提取核酸后应用Nested-PCR技术扩增HIV-1 env基因,并进行序列测定、基因离散率和系统树分析。结果 1988～1998年在225 354人中发现48例HIV感染者,总感染率为21.3/10万;感染主要通过性途径(39.6％)和静脉吸毒(35.4％);48例HIV/AIDS病人中外来流动人员占88.9％;女性感染者数量迅速上升并于1997年超过男性;目前在深圳市流行HIV-1毒株主要为B、C、E三种亚型。结论 1996年以后HIV/AIDS在深圳市的流行已进入快速增长期,主要经性途径传播的HIV-1 B、C、E三种亚型将在性乱者和吸毒者等主要感染群体中播散蔓延;随着女性感染者不断增多,母婴传播的危险性日渐增加。     

河南省一起斯坦利沙门菌聚集性病例的病原学研究及溯源分析

目的 分析2013年1-7月份河南省2地市3家医院分离自婴幼儿患者粪便中的斯坦利(S.stanley)沙门菌的病原学特征及分子流行病学关联,为食源性疾病聚集性及暴发病例的调查及院感防控提供新的思路和模式。方法 采集河南省3家医院婴幼儿住院病例的腹泻粪便,SBG增菌,沙门菌科玛嘉选择性培养基分离培养,API20E肠杆菌科系统生化板条鉴定后使用丹麦SSI分型血清进行沙门菌O抗原及H1/2相鞭毛诱导血清凝集试验。根据PulseNet China病原体分子分型网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)操作指南与美国临床实验室标准化协会(CLSI)沙门菌K-B法药敏测试方案,对其进行PFGE分子分型与聚类分析及17种抗生素药敏测试。结果 分离自15位婴幼儿住院病例粪便中的沙门菌经鉴定均为斯坦利沙门菌(S.stanley),药敏测试显示其对环丙沙星、左氧氟沙星、复方新诺明、四环素、亚胺培南等8种抗生素敏感,对氨苄西林、头孢噻肟、头孢吡肟、阿莫西林等9种抗生素耐药,其中12株菌耐药表型完全一致。15株斯坦利沙门菌经XbaI与BlnI限制性双酶切和PFGE电泳后分为STN1和STN2两种带型,其中STN1带型包含14株菌,与另1株(STN2)具有流行病学关联度的菌株带型差异度较大。STN1经“PulseNet China”数据库比对证实为斯坦利沙门菌河南省独有带型。结论 病原学诊断及PFGE分子分型结果证实了15例斯坦利沙门菌感染病例间可能存在高度的分子流行病学关联和聚集性,为进一步的追踪溯源和调查取证提供了技术支撑。     

细粒棘球蚴线粒体CO1基因的克隆与序列分析

目的 研究细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)种间遗传标记特点,为该虫种的分子分类学研究提供基础。方法 在内蒙古地区从羊肝脏采集细粒棘球蚴,肝包虫病患者手术剥离囊包后,签署知情同意书,采集细粒棘球蚴。提取虫体DNA,扩增线粒体细胞色素氧化酶1(CO1)基因,将其克隆到PGM-T载体后,用PCR技术鉴定阳性菌落,并进行测序,运用DNAstar5.0 软件计算序列间的相似性,计算遗传距离,同时,应用MEGA4.0软件的最大似然法(ML-Maximum Likelihood)和邻接法(NJ-Neighbor Joining)构建系统发育树,进行聚类分析。结果 细粒棘球蚴DNA扩增出的羊株、人株CO1基因序列片段长度为936 bp。同其他亲缘关系较近的属CO1基因序列比对:羊株、人株细粒棘球蚴CO1序列与黄花棘球绦虫的同源性最高,分别为91.9%、91.2%;羊株、人株细粒棘球蚴CO1序列与黄花棘球绦虫位于同一分支,自展值(Boostrap)最高,均为100%。羊株、人株细粒棘球蚴CO1序列所属分支与原头目的Proteocephalus macrocephalus所属分支相隔较远。结论 CO1基因序列稳定保守,无宿主特异性,可作为细粒棘球蚴理想的种间遗传标记。     

河南省26例甲型副伤寒沙门菌聚集性病例的病原学研究及溯源分析

目的 分析2015年3-7月份河南省登封市分离自临床诊断为副伤寒聚集性病例的甲型副伤寒(S.Paratyphi A)沙门菌病原学特征及分子流行病学关联。方法 采集副伤寒病例患者的静脉血8~10 mL,双相血培养瓶37 ℃培养4~7 d,沙门菌科玛嘉选择性培养基分离培养,系统生化鉴定,丹麦SSI分型血清进行沙门菌O抗原及H1/2相鞭毛诱导血清凝集试验。根据PulseNet China病原体分子分型网络实验室公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)操作指南与美国临床实验室标准化协会(CLSI)沙门菌K-B法药敏测试方案对其进行XbaI/BlnI双酶切PFGE分子分型与聚类分析及8类13种抗生素药敏测试。结果 从29例病人血培养物中共分离到26株甲型副伤寒沙门菌,其经XbaI与BlnI限制性双酶切和PFGE电泳后带型完全一致(PTYA1);药敏测试结果显示24株甲型副伤寒沙门菌耐药表型一致。结论 病原学诊断及PFGE分子分型结果证实了26例甲型副伤寒沙门菌感染病例间可能存在高度的聚集性与分子流行病学关联,为进一步的追踪溯源和调查取证提供了技术支撑。     

杭州市2019年登革病毒分子流行病学研究

目的 了解2019年杭州市登革病毒分子特征和可能的传播来源。方法 收集登革热患者血清样本,分析登革热流行特征。分别采用ELISA和RT-PCR方法检测登革热抗体、登革病毒核酸及其型别,再对核酸阳性样本进行E基因扩增、序列测定和进化分析。结果 2019年杭州共检测登革热病例212例(输入性病例158例,本地病例54例),其中65例IgM抗体检测阳性,178例DENV通用型核酸检测阳性。输入性病例中4种血清型登革病毒均有检出,以DENV-1为主(占51.9%)。本地病例多由DENV-1基因I型(6/54)、IV型(26/54)和DENV-2 Cosmopolitan基因型(2/54)病毒引起,E基因序列分别与2019年广州和南昌流行株、2015年菲律宾株和2018年泰国株同源性较高。其中DENV-1基因IV型本地流行病毒的E基因序列高度同源,序列相似性高达99.9%~100%,推测为多起输入性病例引起的本地传播。结论 受东南亚登革热疫情影响,杭州2019年登革热病例数量增幅明显,呈型别多样化、本地病例溯源复杂的特点,需进一步加强DENV分子特征研究。     

Introduction of HIV type 1 subtype E virus into South Korea

Subtype E HIV-1 is the most prevalent strain in Southeast Asia. Although subtype B is prevalent in Korea, geographical distance and increases in travel may lead to the spread of subtype E in Korea. Therefore, we tried to identify and monitor the patterns of HIV subtype E virus introduction into Korea. The divergence of nucleotide sequences within the envelope region (V3 to V5) of Korean subtype E isolates ranged from 4.3 to 14.6% (n = 8; mean, 9.5 +/- 2.8%). In pairwise comparisons of subtype E isolates between Korea and other regions, the divergence of nucleotide sequences between 8 Korean and 16 Asian subtype E variants ranged from 1.3 to 15.2% (mean, 7.8 +/- 2.6%), whereas the divergence of nucleotide sequences between 8 Korean and 2 African variants ranged from 11.7 to 20.7% (mean, 15.4 +/- 2.2%). A phylogenetic tree showed that Korean subtype E isolates cluster with the Asian isolates but far from the African isolates. These epidemiological and molecular epidemiological data suggest that HIV-1 subtype E strains have been transmitted into Korea from endemic areas of Southeast Asia rather from Africa.     

Analysis of HIV-1 genetic subtypes in Finland reveals good correlation between molecular and epidemiological data

The molecular epidemiology of HIV-1 genetic subtypes was studied in a cross-sectional sample collected from HIV-infected individuals living in Finland between 1988 and 1994 and compared with independently collected epidemiological data. Subtypes were determined by sequencing and phylogenetic analysis of the gag NCp7 and the env coding regions of PBMC provirus. Finnish viruses belonging to 7 subtypes were found. Two thirds (n = 70) of the sequences could be classified as subtype B, while others belonged to subtypes A, C, D, F and G and the circulating recombinant form AE(CM240) (n = 25). There were significant differences in gender distribution and mode-of-transmission between B-type infections and infections with the other subtypes. Most subtype B strains in Finland were associated with homosexual transmission and about half of these were acquired in Finland, while most individuals harbouring non-B infections indicated heterosexual transmission and direct or indirect contact with Africa or Southeast Asia. The heterogeneity of genetic subtypes in the country was in good agreement with the epidemiological data suggesting that a significant proportion of infections were imported. HIV-1 subtype determination may prove to be a valuable tool for providing objective epidemiological data.