共查询到20条相似文献,搜索用时 443 毫秒
1.
《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》2019,(4)
目的对湖南省不同种类蛇源裂头蚴进行形态学与分子生物学鉴定,并分析其线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶第1亚基基因部分序列(pnad1)多态性。方法对从湖南永州、郴州、岳阳等地区6种常见的野生蛇体内获得的11条裂头蚴(来自大王蛇3条、乌梢蛇2条、眼镜蛇1条、灰鼠蛇2条、滑鼠蛇2条和银环蛇1条)进行形态学鉴定,PCR扩增其线粒体pnad1,并测序,分析其核苷酸序列种内差异,并与已报道的迭宫属绦虫和其他属绦虫的相应序列进行同源性比较;以土耳其斯坦东毕吸虫为外群,用软件MEGA7.0采用邻接法构建系统进化树。结果从不同蛇类分离的11条虫体经形态学鉴定为裂头蚴。PCR扩增出11条裂头蚴分离株的nad1序列,片段大小为648 bp,种内遗传差异分别为0~1.4%。与GenBank中收录的欧猬迭宫绦虫分离株序列相似性为97.8%~99.3%,与其它绦虫的序列相似性均低于74.3%。系统进化树结果显示,本研究分离的不同蛇源裂头蚴分离株与已知欧猬迭宫绦虫聚为一支,与微小膜壳绦虫和阔节裂头绦虫亲缘关系较近,与其它绦虫分支相隔较远。结论湖南省不同蛇源裂头蚴分离株均为欧猬迭宫绦虫,但存在一定的遗传变异,且线粒体pnad1基因适合作为分子标记对蛇源裂头蚴进行遗传变异研究。 相似文献
2.
《中国血吸虫病防治杂志》2021,(1)
目的了解湖南省蛇源裂头蚴种群遗传多样性及其系统发生关系。方法采用PCR技术扩增湖南省7株蛇源裂头蚴线粒体nad4基因和nad5基因部分序列(pnad4和pnad5),扩增产物测序后用DNAMAN 7.0、Meg Align、Dna SP 5.0和MEGA 5.0软件进行同源性和系统进化分析。结果湖南省7株蛇源裂头蚴pnad4和pnad5基因序列长度分别约为578 bp和484 bp,其碱基变异率分别为0~2.8%和0~0.8%;均检测到4个单倍型,总单倍型多样性分别为0.810±0.016和0.905±0.011,核苷酸多样性分别为0.006±0.005和0.004±0.003,平均核苷酸差异为3.960和1.905。构建的系统进化树显示,7株裂头蚴分离株与来自不同地区或不同宿主的猬迭宫绦虫同在一个分支,属于猬迭宫绦虫;与阔节迭宫绦虫相隔较近,与其他绦虫相隔较远。结论湖南省蛇源猬迭宫绦虫遗传变异程度低,pnad4基因和pnad5基因均可作为检测猬迭宫绦虫的分子遗传标记。 相似文献
3.
《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》2018,(6)
目的了解上海市动物园蛇曼氏裂头蚴感染情况。方法 2017年对上海市动物园送检的30条蛇进行解剖检查,分离曼氏裂头蚴,记录寄生部位和数量;新鲜虫体经盐酸卡红染色后,于显微镜下进行形态学鉴定。提取虫体基因组DNA, PCR扩增曼氏裂头蚴线粒体基因细胞色素c氧化酶亚单位1 (cytochrome c oxidase subunit 1, cox1)、细胞色素b (cytochrome b, cytb),并进行测序分析。结果上海市动物园送检蛇的裂头蚴总感染率为86.7%(26/30),共检获裂头蚴626条,感染度为24.1条/蛇。其中6条王锦蛇中有3条感染裂头蚴,感染度为1.33条/蛇;乌梢蛇的感染率为95.8%(23/24),感染度为27.0条/蛇。裂头蚴主要寄生于蛇肌肉组织,占总数的52.9%(331/626)。显微镜下观察,所获虫体具有曼氏裂头蚴的形态特征。cox1基因和cytb基因的PCR扩增产物分别约为470 bp和1 400 bp。对26条蛇中分离的裂头蚴cox1和cytb基因序列一致性分析结果显示,cox1基因的序列一致性为96.4%~100%, cytb基因的为97.8%~100%。与GenBank中的绦虫序列进行比对,发现其与欧猥迭宫绦虫(GenBank登录号为KP738288、 AB374543)的序列一致性为99.8%~100%,与其他种类绦虫的序列一致性为54.2%~84.4%。结论上海市动物园送检蛇的曼氏裂头蚴感染率较高,蛇的曼氏裂头蚴可感染人类,需加强防控。 相似文献
4.
目的 了解湖南省蛇源裂头蚴种群遗传多样性及其系统发生关系.方法 采用PCR技术扩增湖南省7株蛇源裂头蚴线粒体nad4基因和nad5基因部分序列(pnad4和pnad5),扩增产物测序后用DNAMAN 7.0、MegAlign、DnaSP5.0和MEGA 5.0软件进行同源性和系统进化分析.结果 湖南省7株蛇源裂头蚴pn... 相似文献
5.
目的 解析青海天峻地区人和绵羊细粒棘球蚴流行株的基因型及基因多态性。方法 根据GenBank公布的细粒棘球绦虫线粒体基因组序列,分别针对cox1和nad1基因设计特异性引物,对16份绵羊源和2份人源细粒棘球蚴分离株样品进行PCR扩增、测序及cox1和nad1基因核苷酸序列多态性和单倍型分析。结果 18株细粒棘球蚴分离株均属于G1型。其中cox1基因单倍型共有9种,变异位点16个,单倍型序列之间碱基差异0~5个,变异率达0.31%;nad1基因单倍型共有7种,涉及变异位点共15个,单倍型序列之间碱基差异1~8个,变异率达0.89%。结论 青海天峻地区人和绵羊细粒棘球蚴流行株为G1型,其cox1基因多态性较nad1基因多态性丰富;cox1基因用于细粒棘球蚴分离株间核苷酸多态性分析的分辨率较高。 相似文献
6.
目的 为完善细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)的分子分类学体系,提供更优化的种间和种内遗传标记基因。方法 在内蒙古地区采集患羊肝脏细粒棘球蚴和肝包虫病患者棘球蚴。采用提取虫体DNA的方法,扩增线粒体NADH脱氢酶1(nad1)基因并进行测序,运用DNAstar5.0软件构建系统发育树并采用MEGA4.0软件进行自居检验。结果 细粒棘球蚴DNA 扩增出的羊株、人株nad1基因序列片段长度为895 bp。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫的同源性最高,相似性为86.5%;羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫位于同一分支,自展值(Boostrap)最高,为100%。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列所属分支与裂头目、裂头科Diplogonoporus balaenopterae所属分支相隔最远。结论 nad1基因有较高保守性,同时也存在种间差异,可广泛应用于研究细粒棘球绦虫的种间和种内遗传变异。 相似文献
7.
目的 对青海省多房棘球绦虫分离株Cox1、Nad1基因进行扩增和测序,并构建系统进化树及分子钟,为推测其进化关系及起源提供参考依据。方法 收集2017年青海省人民医院收治的22份肝多房棘球蚴病患者术后标本,对多房棘球蚴线粒体DNA Cox1、Nad1基因进行PCR扩增和测序,并与GenBank数据库中的棘球属绦虫Cox1基因和Nad1基因序列进行比对,观察种内变异情况并构建进化树和分子钟。结果 所有多房棘球绦虫标本与GenBank数据库中检索的多房棘球绦虫亚洲株Cox1、Nad1基因序列同源性均达99%以上,共获得6种不同基因型,其中有2个分离株在GenBank数据库中未找到同源性100%的基因序列。系统进化树显示,收集的多房棘球绦虫标本与多房棘球绦虫亚洲株聚类效果明显;分子钟推测青海地区多房棘球绦虫起源于9.4万年前。结论 本研究发现青海省多房棘球绦虫存在6种不同基因型,其中首次发现2种基因型。青海地区多房棘球绦虫优势株为亚洲株,起源时间约在9.4万年前。 相似文献
8.
目的 对青海省多房棘球绦虫分离株Cox1、Nad1基因进行扩增和测序,并构建系统进化树及分子钟,为推测其进化关系及起源提供参考依据。方法 收集2017年青海省人民医院收治的22份肝多房棘球蚴病患者术后标本,对多房棘球蚴线粒体DNA Cox1、Nad1基因进行PCR扩增和测序,并与GenBank数据库中的棘球属绦虫Cox1基因和Nad1基因序列进行比对,观察种内变异情况并构建进化树和分子钟。结果 所有多房棘球绦虫标本与GenBank数据库中检索的多房棘球绦虫亚洲株Cox1、Nad1基因序列同源性均达99%以上,共获得6种不同基因型,其中有2个分离株在GenBank数据库中未找到同源性100%的基因序列。系统进化树显示,收集的多房棘球绦虫标本与多房棘球绦虫亚洲株聚类效果明显;分子钟推测青海地区多房棘球绦虫起源于9.4万年前。结论 本研究发现青海省多房棘球绦虫存在6种不同基因型,其中首次发现2种基因型。青海地区多房棘球绦虫优势株为亚洲株,起源时间约在9.4万年前。 相似文献
9.
目的研究用细胞色素C氧化酶1基因(cox1)及内转录间隔区1(ITS-1)特异性序列检测小鼠无虫病理组织中裂头蚴感染的可行性。方法 6~8周龄昆明小鼠20只,采用随机抽签法分为感染组(15只)和未感染组(5只),感染组小鼠经口感染蛇源裂头蚴(5条/只),未感染组不作任何处理。感染后第14天剖杀小鼠,取感染组小鼠皮下含裂头蚴肌肉组织(含虫组织)、去除裂头蚴肌肉组织(无虫组织)及未感染组小鼠相应部位肌肉,制作组织切片,苏木精-伊红染色法(HE)染色后观察。用改良的蛋白酶K消化法提取未染色肌肉组织切片的DNA,PCR扩增cox1(2对引物,对应cox1-1和cox1-2片段)和ITS-1序列。选取从感染组无虫组织DNA扩增的cox1-1进行克隆并测序,与Gen Bank中猬裂头蚴序列(KJ418421、KF990161、GQ999947)进行比对。以猪囊尾蚴感染的小鼠肌肉组织同法制作切片并提取DNA,评价cox1和ITS-1 PCR扩增的特异性。结果感染组含虫组织DNA经1次PCR即可扩增出414 bp(cox1-1)、151 bp(cox1-2)、822 bp(ITS-1)的条带。感染组无虫组织DNA第1次PCR未扩增出条带,以第1次PCR产物为模板再次PCR,扩增出相同大小的3条条带。未感染组DNA第1次和第2次PCR均未扩增出条带。序列比对结果显示,从感染组无虫组织DNA扩增的cox1-1序列与KJ418421、KF990161、GQ999947序列的同源性分别为98.2%、99.1%、99.1%。猪囊尾蚴感染组织DNA没有扩增出条带。结论以cox1和ITS-1序列为靶序列进行重复PCR,能鉴定小鼠无虫病理组织裂头蚴感染。 相似文献
10.
目的检测辽宁和新疆人源细粒棘球蚴的基因型及其遗传变异情况,分析不同地理株之间的基因差异。方法分别从两地区肝包虫病患者肝内获取棘球蚴囊,取囊内容物离心沉淀,提取DNA,以细粒棘球绦虫线粒体细胞色素氧化酶(cox1)基因为靶基因设计引物,进行PCR扩增,对扩增产物进行测序,应用NCBI Blast软件和DNAman软件分析测序结果。结果辽宁和新疆人源细粒棘球蚴cox1基因扩增片段为1 838bp,测序后进行NCBI Blast分析,发现100条同源序列,均为细粒棘球绦虫种属;其A,C,G,T含量分别为47.90%、25.13%、9.17%、17.80%和47.84%、25.13%、9.23%、17.80%,两地区分离株cox1基因序列同源性为99.94%,目的基因序列中第64位仅存在一个变异位点,两者的基因型均属于G1亚型。结论辽宁和新疆人源细粒棘球蚴基因型均为G1型,cox1基因同源性高,仅在第64位存在一个变异位点,可为当地人体细粒棘球蚴病的分子流行病学研究及其预防提供参考。 相似文献
11.
目的 测定核糖体DNA内转录间隔区1(nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer 1, rDNA-ITS1)序列进行库蠓种类鉴别与系统发育分析,以探究rDNA-ITS1序列在库蠓分子鉴定和系统发育研究方面的适用性。方法 采用DNA扩增、纯化、克隆及测序的方法获得荒川库蠓Culicoides arakawai、凹缘库蠓C. holcus、连斑库蠓C. jacobsoni、印度库蠓C. indianus、霍飞库蠓C. huffi和肩宏库蠓C. humeralis等6种库蠓的rDNA-ITS1序列,基于Kimura 2-parameter公式计算种内和种间遗传距离,应用MEGA 6.06软件分析DNA序列碱基组成并以环纹埃蠓Allohelea annulata为外群构建系统发育树(邻接法和最大似然法)。结果 上述6种库蠓的rDNA-ITS1序列经过Clustal W比对及人工校对和编辑后的长度为352 bp,其中T、C、A、G 4种碱基的含量分别为36.8%、13.0%、30.0%和20.1%,A+T的含量(66.8%)高于C+G的含量(33.1%);K-2p遗传距离在种内和种间具显著差异(t=32.430,P<0.05);系统发育树中不同种类库蠓各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支,其与形态学鉴定结果一致。结论 本研究证实了rDNA-ITS1序列可用于进行库蠓及其近似种的分子鉴定和系统发育分析。 相似文献
12.
目的对分离自食蟹猴(Macaca fascicularis)的瓦氏瓦特松吸虫(Watsonius watsoni)进行初步形态学观察.测定其核糖体基因内转录间隔区(internal transcribed spacer region,ITS)序列,并分析其基于ITS2序列的系统发生关系。方法将从食蟹猴中分离的瓦氏瓦特松吸虫用盐酸卡红染色后观察其形态学特征。PCR扩增吸虫的ITSl与ITS2序列并测序:运用在线序列比对工具Clustal W2.将测序结果与ITS2数据库上部分同盘类吸虫及人兽共患吸虫致病种的序列进行多重比对分析.应用MEGA4.0软件,采用邻位相连法构建系统发生树进行分析。结果盐酸卡红染色后显示,瓦氏瓦特松吸虫各形态特征符合经典的分类学描述。PCR测序后获得ITS1、ITS2序列,提交GenBank后获得登录号分别为KC763806、GU999987,其中ITS2长度为295bp,(G+C)含量为52.20%。基于ITS2建立的系统发生树显示,其与同归属于同盘总科腹盘科的野牛平腹盘吸虫(Homalogaster paloniae)、人拟腹盘吸虫(Gastrodiscoides hominis)构成自展值为95%的拓扑分支。结论测定了瓦氏瓦特松吸虫ITS序列.获得了基于ITS2的系统发生树。 相似文献
13.
目的 探讨rDNA-ITS基因序列在吸血蠓分子鉴定中的应用前景。方法 通过PCR扩增获取台湾蠛蠓rDNA-ITS基因,测定分析ITS1和ITS2基因序列,构建系统发育树。结果 台湾蠛蠓ITS1和ITS2片段长度分别为310 bp与360 bp,与汤斯维尔铗蠓的同源性最大,分别为71%和92%。系统发育分析显示,基于ITS1、ITS2基因序列的分子鉴定结果与传统形态学鉴定结果一致。结论 rDNA-ITS基因序列可作为蠓科昆虫分子鉴定的分子标记。 相似文献
14.
目的 测定中华血吸虫线粒体细胞色素 C氧化酶亚基 1(CO1)和 NADH脱氢酶亚基 1(ND1)基因序列 ,并根据这些序列构建分子系统发生树 ,探讨中华血吸虫在裂体属内的系统发生位置。 方法 以 GNT- K法抽提虫体基因组 DNA,用特异引物 PCR扩增目的基因。PCR扩增产物经纯化后克隆于质粒载体 ,以纯化后的阳性质粒 DNA作为模板 ,M13(F/ R)为引物于 L icor测序仪测序。检索 Gen Bank,查找曼氏血吸虫等相关血吸虫两线粒体基因序列 ,作基因排序及比较分析后 ,用 PHYL IP和 MEGA以邻接法和最大简约法绘制系统发生树。 结果 克隆了中华血吸虫的 CO1和 ND1基因片段 ,并测定了两基因片段的核苷酸序列 ,根据这些序列构建了系统发生树。 结论 中华血吸虫 CO1和ND1基因的系统发生树结果一致。提示中华血吸虫归属于亚洲血吸虫组 相似文献
15.
目的 分析常见 9 种蚊虫核糖体 DNA 第二内转录间隔区( rDNA-ITS2 )基因序列特征,为蚊虫种类分 子鉴定方法探讨提供依据。 方法 在山东省济宁市采集淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中 华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊和黄色柯蚊成蚊,形态学种类鉴定后,提取上述 9 种蚊虫 DNA,PCR 扩增 rDNA-ITS2 基 因并测序;在 GenBank 中进行同源性比对,采用 Bioedit 7. 0 软件及 DNAMAN 软件对测序结果进行比对分析,通过 DNASTAR、ClustalX 1. 81 和 Mega6 软件分析列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。 结果 9 种蚊虫的 rDNA- ITS2 长度在 343 bp 与 577 bp 之间,共有 59 个保守位点、449 个变异位点、235 个简约信息位点和 191 个单态位点,9 种蚊虫种间序列同源性为 28. 21% ~ 53. 76%;所有蚊虫的 rDNA-ITS2 基因分子鉴定与形态学鉴定吻合率 100%,库 蚊属的淡色库蚊、三带喙库蚊和二带喙库蚊聚成一类,伊纹属的白纹伊蚊和刺扰伊蚊聚成一类,不同种蚊虫为独立 分支。 结论 核糖体 DNA 第二内转录间隔( rDNA-ITS2 )基因可用于蚊虫属和种的鉴定。 相似文献
16.
目的 分析中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法 利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性。结果 纳入中国大陆地区CV-A4毒株合计116株,中国大陆地区16个省份CV-A4流行毒株潜在的优势基因型为F。与原型株High Point相比,中国大陆地区CV-A4毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.9%~84.1%和92.5%~98.7%,收录中国大陆地区CV-A4毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为82.6%~100.0%和91.5%~100.0%。结论 针对中国大陆地区CV-A4毒株流行特征和进化规律,采取有效措施防控手足口病。 相似文献
17.
目的分析对约氏疟原虫不易感的大劣按蚊和易感的斯氏按蚊核糖体基因内转录第二间隔区(rDNAITS2)的基因特征。方法对大劣按蚊和斯氏按蚊ITS2基因进行PCR扩增,PCR产物进行限制性片断长度多态性分析(RFLP)和基因测序,并采用相关在线程序及软件进行序列分析。测序结果与GenBank数据库中其它传疟按蚊的ITS2序列进行多序列比对,构建分子系统树。结果大劣按蚊和斯氏按蚊的ITS2基因PCR产物经限制性内切酶Xho I消化,产生不同的酶切图谱;测序结果表明大劣按蚊和斯氏按蚊ITS2序列分别为715bp和466bp,且两种按蚊ITS2序列的GC含量和简单重复序列等特征存在明显差异,两者碱基差异水平为53.5%;分子进化树显示,大劣按蚊和斯氏按蚊形成单独的支系。结论大劣按蚊和斯氏按蚊ITS2基因具有不同的基因特征,其遗传多态性可能与产生对约氏疟原虫的易感性不同有关,为进一步研究按蚊与疟原虫之间的相互作用奠定了基础。 相似文献
18.
目的了解西藏阿里地区细粒棘球蚴人体分离株的优势基因型及遗传变异情况,为细粒棘球绦虫的溯源及阿里地区棘球蚴病预防控制策略的制定提供支持。方法收集阿里地区某医院2017年棘球蚴病患者病灶切除样品,提取DNA,PCR扩增线粒体NADH脱氢酶1(nad1)基因,扩增产物测序后用BLAST、ClustalX 1.83和MEGA 7.0软件进行同源性和系统进化分析。下载全国细粒棘球蚴人体分离株的nad1基因,利用DnaSP6分析单倍型;利用NetWork软件制作中国细粒棘球绦虫nad1基因的单倍型网络图。结果共收集80例细粒棘球蚴病患者病灶切除样品,其中38份样品PCR扩增出约550 bp的特异性条带。测序分析结果显示,4份样品为细粒棘球绦虫G6基因型,与蒙古人来源的序列(MH300971.1)一致性为99.8%;其余34份样品均为细粒棘球绦虫G1基因型,与标准序列(AF297617.1)相比,其535位的C碱基突变为G碱基,与阿尔及利亚人来源序列(MG672293.1)的一致性为100%。MEGA 7.0软件分析38份样品的序列,结果显示,T、C、A和G碱基占比依次为44.3%~46.5%、7.7%~9.1%、19.8%~21.5%和25.7%~26.0%。我国已报道的细粒棘球绦虫nad1基因共有9个单倍型,单倍型多样性为0.47,核酸多样性为0.19。单倍型网络图显示,H4为我国细粒棘球绦虫nad1基因主要的单倍型。结论细粒棘球绦虫G1、G6基因型是西藏阿里地区的主要基因型,资料分析表明H4为我国流行的细粒棘球绦虫nad1基因的主要单倍型。 相似文献
19.
目的初步了解临床腹泻患者贾第虫的感染情况及分子特征。方法以2014年5-7月上海市某医院临床腹泻患者为研究对象,收集粪便样本95份,进行卢戈氏碘液染色,用光学显微镜检查贾第虫包囊。采用巢式PCR法扩增贾第虫磷酸丙糖异构酶基因(tpi),扩增产物测序后用BLAST、Clustal X 1.83和MEGA6.0软件进行同源性和系统发育分析。结果形态学观察发现1例腹泻患者感染贾第虫,阳性检出率为1.05%。其粪便样本经卢戈氏碘液染色后显微镜下可见清晰的包囊。对样本进行PCR检测,扩增片段大小约为530 bp,测序结果显示为贾第虫。经序列比对分析,并以tpi基因构建系统发育树,分析鉴定该分离株为集聚体B,与已报道的人源贾第虫分离株(KF271445)同源性为100%。结论临床腹泻患者中存在贾第虫感染,本研究结果可为了解贾第虫基因型特点及贾第虫病流行病学研究提供参考。 相似文献
20.
目的 基于核糖体 18S rDNA 基因对基氏蠊螨进行分子鉴定。 方法 采集和分离储藏物样本,进行螨类的形态学鉴定。 提取单个螨的基因组 DNA,经 PCR 扩增、克隆和测序获得 COⅠ基因和 18S rDNA 基因,将所获序列进行 Blast 对比。 检索 GenBank 数据库中蠊螨属 18S rDNA 基因序列,利用 Clustal X 1. 83 软件进行多序列比对,基于MEGA X 软件进行序列分析并以邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建系统发育树。 结果 采集的样本经形态和 COⅠ基因双重鉴定为基氏蠊螨。 同时,所选取的 10 个基氏蠊螨的 18S rDNA 基因序列完全一致,均表现出 A / T 碱基偏向性,与同属的 Blattisocius tarsalis 和 Blattisocius everti 分别有 98. 73%和 98. 94%的同源性。 基于 18S rDNA 基因序列的系统进化树显示,基氏蠊螨与 Blattisocius tarsalis 和 Blattisocius everti 聚为一支。 结论 本研究建立了基氏蠊螨基于 18S rDNA 基因序列的分子鉴定方法,为基氏蠊螨的准确鉴定奠定基础。 相似文献