基于生物信息学对胃癌生存预后相关基因的分析

目的：通过生物信息学方法对胃癌芯片数据集进行分析,获得与胃癌生存预后相关的基因。方法：从NCBI GEO数据库下载与胃癌相关的数据集GSE19826、GSE29998、GSE54129、GSE79973,利用R软件对数据集进行差异分析并整合,获取差异表达基因,利用DAVID、String、KM-Plot等在线分析网站对差异表达基因进行功能分析、蛋白质间相互作用以及与胃癌预后的关系,利用Cytoscape对分析结果进行可视化处理,得出候选关键基因13个：FNDC1、CTHRC、COL1A1、COL1A2、COL6A3、COL10A1、INHBA、SULF1、SFRP4、BGN、THBS2、THY1、TIMP1。结果：通过对四个芯片数据集进行差异分析及整合后获得上调基因21个,下调基因27个,这些差异表达基因大多富集于细胞外基质、内质网腔等,主要参与胶原蛋白分解、细胞黏附等生物学功能,涉及蛋白质的消化与吸收通路、细胞外基质通路、局部黏附通路以及细胞色素P450代谢通路;并且筛选出的关键基因均与胃癌的预后有关。结论：生物信息学方法可以有效、大规模地分析并获得与胃癌生存预后相关的关键基因,为癌...     

m5C甲基化相关基因预测肾透明细胞癌的预后

目的：利用肿瘤基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的数据,构建m5C甲基化相关基因组成的生存预后模型,分析与肾透明细胞癌生存有关的独立预后影响因素以预测肾透明细胞癌患者的预后。方法：从TCGA数据库下载肾透明细胞癌患者资料,从已发表的文献中获取m5C甲基化相关基因并分析其在肿瘤组和对照组间的表达差异。对这些基因进行共识聚类分析以揭示m5C甲基化相关基因与肾透明细胞癌预后之间的关系。通过单变量Cox分析和Lasso?Cox回归分析构建出生存预后模型并分析与肾透明细胞癌相关的预后影响因素,GO和KEGG富集分析进一步探索生物功能和潜在的信号通路。通过qRT?PCR验证m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌细胞系及组织和正常肾细胞系及组织之间的差异表达。 结果：m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌肿瘤组和正常组之间存在差异性表达。共识聚类分析结果显示亚群1的肾透明细胞癌患者预后优于亚群2。构建的生存预后模型将肾透明细胞癌分为高风险组和低风险组,单变量和多变量Cox分析显示分级和分期可能是肾透明细胞癌的独立预后因素,而GO和KEGG分析显示m5C?RNA甲基化修饰可影响肾透明细胞癌的进展。 此外,qRT?PCR实验也证实m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌肿瘤组和正常组之间表达存在差异。结论：本文构建的m5C 甲基化相关基因的生存预后模型可以预测肾透明细胞癌患者的预后。     

基于数据库分析COL1A2在肝细胞癌组织中的表达及对预后的影响

目的探讨Ⅰ型胶原蛋白α2(COL1A2)在肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达变化及其对肝癌预后的影响。方法采用生物信息学方法,通过GEPIA 2.0网络平台,利用TCGA数据分析COL1A2在正常肝组织与HCC组织中的差异表达;通过Kaplan-Meier分析COL1A2表达变化对HCC患者生存率的影响;通过UALCAN在线分析COL1A2与肿瘤分级,肿瘤分期和TP53基因突变的相关性;通过TIMER数据库分析COL1A2表达对肝癌组织免疫细胞浸润的影响;通过GEPIA 2.0网络平台在线分析HCC组织中COL1A2的表达与T淋巴细胞免疫抑制检查点PD-1、CTLA4的相关性。进一步利用GEO数据库综合分析验证COL1A2在肝癌组织的差异表达。结果 COL1A2的表达与HCC的肿瘤分级、肿瘤分期及TP53基因突变呈正相关;COL1A2在HCC组织表达明显上调;生存分析显示癌组织COL1A2的表达量与HCC患者无进展生存率(PFS)和无复发生存率(RFS)相关;COL1A2的表达虽与HCC组织CD8+T细胞浸润呈正相关,但也同时与免疫抑制检...     

COL1A1、KPNA2在三阴性乳腺癌组织中的表达及与远期预后的关系

目的 探讨Ⅰ型胶原蛋白α1链（COL1A1）、核转运蛋白α2（KPNA2）在三阴性乳腺癌（TNBC）组织中的表达及与远期预后的关系。方法 收集2016年6月—2017年6月本院收治的87例TNBC患者为研究对象,患者均经手术留取癌组织及癌旁组织标本,采用免疫组织化学法检测COL1A1、KPNA2在各组织标本中的表达情况,分析两者表达情况与患者病理特征的关系,绘制生存曲线分析二者表达情况与患者5年预后的关系,采用COX回归模型分析影响患者预后生存的因素。结果 COL1A1、KPNA2在TNBC患者癌组织中高表达率显著高于癌旁组织（P<0.05）。在TNBC癌组织中,COL1A1、KPNA2高表达与组织学分级、脉管侵犯、淋巴结转移情况有关（P<0.05）,COL1A1高表达还与临床分期有关（P<0.05）。随访5年,87例患者总生存率78.16%（68/87）,COL1A1高表达者生存期较低表达者更短（P<0.05）,KPNA2高表达者较低表达者生存期更短（P<0.05）。COX回归分析显示,临床分期Ⅲ期、有淋巴结转移、COL1A1高表达、KPNA2高表达是三阴性乳腺癌患者预后生存的影响因素（P<0.05）。结论 COL1A1、KPNA2在TNBC患者癌组织中表达均增加,两者高表达与患者组织学分级、脉管侵犯、淋巴结转移情况均有关,且影响患者远期预后     

MsrA在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义

目的 分析探讨甲硫氨酸亚砜还原酶A(MsrA)在肾透明细胞癌和癌旁组织中的表达及其临床意义.方法 利用免疫组织化学染色方法检测并观察比较MsrA在5对肾透明细胞癌及其癌旁组织中的蛋白表达差异,并结合癌症基因组图谱(TCGA)数据库,分析MsrA的表达量与肾透明细胞癌患者临床数据特征之间的关系,应用Kaplan-Meie...     

在透明细胞肾细胞癌中COL23A1的致瘤作用

<正>透明细胞肾细胞癌(ccR CC)是成年人中最为常见的肾肿瘤,并且它的发病率持续性增加。胶原蛋白在基质中是最丰富的细胞外基质蛋白,并且有助于ccR CC的发展和恶化。最近,有研究人员调查了人类胶原蛋白类型XXIIIα1链(COL23A1)在ccR CC中的表达以及COL23A1与病人生存率之间的关系。研究发现,与邻近的正常组织相比,COL23A1 mRNA在肿瘤组织中表达提高,该现象在TCGA队列中进一     

基于生物信息学的胃癌预后基因的筛选和分析

目的 应用生物信息学方法筛选和分析胃癌预后基因。方法 从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据集GSE54129、GSE81948、GSE118916,使用在线分析工具GEO2R筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。利用在线数据库DAVID对筛选的DEGs进行功能和通路富集分析。然后使用在线网站STRING和Cytoscape软件对DEGs构建蛋白互作网络,并筛选hub基因。最后使用Kaplan Meier-Plotter和GEPIA在线数据库对hub基因进行生存和表达水平分析。结果本研究共发现362个总DEGs,包含164个上调基因,192个下调基因。通过GO功能富集分析,发现DEGs主要富集在细胞外基质和胶原蛋白。KEGG富集通路分析显示,DEGs主要参与的信号通路包括ECM-受体相互作用、阿米巴病、蛋白质的消化和吸收、局部黏附和PI₃K-Akt信号通路。CytoHubba插件共筛选出10个DEGs作为hub基因,通过Kaplan Meier-Plotter数据库验证这10个hub基因,发现COL1A1、COL3A1、FN1、MMP2、COL5A1、BGN、COL4A1、COL4A2和COL6A3这9个基因和胃癌预后相关,并且高表达组预后差(P<0.05);GEPIA数据库发现这9个与胃癌预后相关的基因在胃癌组织中均呈高表达水平(P<0.05)。结论 通过生物信息学方法,本研究发现了9个胃癌预后基因,其中BGN、COL3A1和COL5A1这3个基因可能成为胃癌预后的新的标志物。     

胃癌相关关键基因的筛选及临床价值分析

目的 利用生物信息学筛选胃癌相关关键基因,并探讨关键基因的临床价值。方法 (1)从GEO数据库中获取与人类胃癌相关的3个基因芯片数据集,利用在线分析工具GEO2R获取差异表达基因(DEGs)。针对3个数据集共有的DEGs,利用DAVID数据库进行富集分析,利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络后通过Cytoscape 3.9.1软件筛选关键基因。(2)收集20例胃癌患者的癌组织及癌旁正常组织,利用实时荧光定量PCR法检测关键基因的表达水平。利用GEPIA2数据库分析关键基因在胃癌组织与癌旁正常组织的表达差异,以及在不同病理分期胃癌患者中的表达差异。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析不同关键基因表达水平的胃癌患者的生存情况。结果 (1)共获得461个共同DEGs,包括190个上调DEGs、271个下调DEGs。DEGs主要参与细胞外基质形成、胶原纤维、细胞-基质黏附等生物过程,主要富集在细胞外基质-受体相互作用、蛋白质消化吸收、黏着斑等信号通路。共筛选出5个关键基因,即COL4A1、COL4A2、LUM、COL6A3和SPARC。(2)实时荧光定量...     

肾透明细胞癌中连环蛋白-δ的表达及临床意义

目的分析连环蛋白-δ(δ-catenin)在肾透明细胞癌中的表达以及其与肾透明细胞癌临床病理参数的相关性。方法选择2015年2月—2017年4月中国医科大学附属盛京医院泌尿外科行肾部分切除术或根治性肾切除术且术后病理结果为肾透明细胞癌的101例患者作为研究对象,应用免疫组化SP方法比较101例肾透明细胞癌组织及54例癌旁肾组织中连环蛋白-δ的表达情况。结果连环蛋白-δ在肾透明细胞癌中的阳性表达显著高于癌旁组织(68.3%vs. 26.4%,χ~2=23.370,P=0.000)。Logistic分析表明连环蛋白-δ的阳性表达与肾透明细胞癌的病理分级显著相关(r=0.377,OR=2.812,95%CI=1.243～6.360,P=0.013)。结论连环蛋白-δ与肾透明细胞癌的发生发展有密切联系,是预测肾透明细胞癌预后的独立危险因素,为确定诊断标记物及治疗靶点提供了新选择。     

m6A修饰相关的长链非编码RNA 对肾透明细胞癌预后和免疫治疗的研究

目的 探究与N6-甲基腺嘌呤(m6A)相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)对肾透明细胞癌(renal clear cell carcinoma, ccRCC)预后和免疫治疗的特征。方法 通过TCGA数据库下载532例ccRCC患者组织和72例正常肾组织的转录组数据和临床特征数据,利用共表达和单因素COX回归分析筛选与预后和m6A相关的lncRNA。基于预后和m6A相关的lncRNA的表达进行聚类分析,分析两种聚类分型与免疫检查点程序性死亡配体1(programmed death-ligand 1, PD-L1)和细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4(cytotoxic T lymphocyte-associated antigen-4, CTLA-4)表达的相关性。构建LASSO COX回归风险预后模型,验证其临床应用价值,利用ESTIMATE方法比较ccRCC肿瘤微环境的差异,免疫表观评分(immunophenoscore,IPS)预测ccRCC对免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitor, ICI)的敏感度。结果 通过共表达和单因素COX回归分析筛选出29个与预后和m6A相关的lncRNA,大多数在ccRCC组织中表达上调,而COL18A1-AS1、AC007066.2和AC018752.1则表达下调。通过聚类分析将532例ccRCC组织样本分为cluster1组和cluster2组,cluster2组预后更差,PD-L1和CTLA4表达更高。利用LASSO COX回归算法确定8个与预后和m6A相关的lncRNA,建立ccRCC风险预后模型,该模型在不同临床特征中均有较好的预测价值。依据模型计算风险值将患者分为高风险组和低风险组。高风险组患者预后更差,富含更多免疫细胞成分,对ICI治疗更敏感。结论 m6A相关的lncRNA对ccRCC患者的预后预测和免疫治疗指导具有重要意义。     

麻疹的双相移位研究进展

近年新生儿、婴儿、成人麻疹患者逐年增加,临床表现一般仍较典型,成年人麻疹患者全身中毒症状较重。麻疹抗体检测结果阳性是主要的诊断依据。麻疹发病的双相移位的机理可能是,免疫保护力不足,婴儿出生时麻疹抗体力低。孕期母传胎的麻疹抗体减弱,母经乳汁传给婴儿的抗体减弱,成人麻疹抗体水平逐年下降。预防措施是怀孕前给予育龄妇女麻疹疫苗接种,鼓励母乳喂养,麻疹疫苗计划免疫适当提前,在成人追加麻疹疫苗的免疫,加强病毒变异的研究等。     

正常增殖期子宫内膜细胞增生状态的定量观察

以＾３氢－胸腺嘧啶核苷放射自显影法及ＨＥ染色，观察并分别测定了１８例正常子宫内膜增殖中期，１５例增殖晚期的腺上皮细胞或间质细胞的标记指数、分裂指数。结果显示：子宫内膜增殖晚期腺上皮细胞或间质细胞之ＬＩ均明显高于增殖中期。同时，增殖晚间质细胞之ＭＩ也明显高于增殖中期，即此两种细胞在增殖晚期中增生明显，其增生状态初步获得了定位定量测定的正常值。     

人工全髋关节置换术的手术配合

目的：介绍人工全髋关节置换术的手术配合做法;方法：主要在手术配合的六个方面,解决防感染、防栓塞等问题。结果：30例人工全髋关节置换术均获成功,结论：手术配合是护士责任心和基本功的全面体现,对提高手术效果有至关重要的影响。     

80例局限性银屑病误诊原因分析

本文报告80例局限于小腿或手或足的银屑病。均经皮肤组织病理检查确诊。因部位比较特殊。受多种理化因素影响,使皮疹形态发生轻重程度不同的变化,常看不到典型损害,因而误诊为神经性皮炎,湿疹,慢性皮炎及癣等。作者对误诊原因进行了分析后,提出了鉴别诊断方法。     

腰椎间盘突出症再次手术的原因分析

目的解决腰椎间盘突出症手术中神经压迫。方法对1980～1998年再手术资料进行统计分析,讨论分析再手术原因,再次手术前影像学检查,观察病理变化以确定再手术方法。结果对11例随访6个月～1年,优7例(68．4％),良3例(36．8％),差1例(2．8％)。结论初次手术前详细查体和分析X线片,术中用导尿管和神经剥离探查,尽量避免髓核遗留,手术范围不宜太大,尽量减少对软组织和脊柱结构的破坏,避免形成硬膜囊与神经根粘连而致单纯形疤痕。     

妊娠晚期重度妊高征的监测

重度妊高征表现为高血压、蛋白尿、浮肿等症状 ,严重可以导致母婴死亡。对妊娠足月的重度妊高征 ,可以根据其临产与否及宫颈条件 ,立即决定其为阴道分娩或是剖宫产术。对于妊娠晚期的重度妊高征 ,因其胎龄不足月 ,胎儿生长发育及胎肺成熟度情况需通过一定时间的治疗 ,根据其病情变化来决定其治疗方案或终止妊娠的时机[1,2 ] 。这就需要我们对这一阶段的治疗进行监测 ,防止母儿并发症的发生。现将 2 0 0 0年至今我院收治妊娠晚期重度妊高征 30例的监测结果回顾分析如下。1　资料和方法1.1　研究对象　选择孕 31～ 36周重度妊高征 30例 ,其中 …     

尿微量白蛋白检测在继发性肾脏疾病中的临床意义

目的探讨尿微量白蛋白（m-Alb）检测在继发性肾脏疾病中的临床意义。方法采用Beckman Immage全自动特种蛋白分析仪对糖尿病组、高血压组、心脏病组患者进行了m-Alb测定,同时与健康组结果作对比。结果m-Alb检测糖尿病组为3.7±5.26mg/dl,高血压组为7.5±8.18mg/dl,心脏病组为7.8±3.76mg/dl,健康组为0.66±0.48mg/dl,各试验组m-Alb增高百分率为糖尿病组48.9%,高血压组37.5%,心脏病组26.9%。结论尿蛋白阴性的糖尿病、高血压、心脏病患者进行m-Alb检测,可以监测病程的进展。