抗原NY-BR-1的HLA-A2限制性CTL表位的初步鉴定

目的：鉴定乳腺癌分化肿瘤抗原NY-BR-1的HLA-A2限制性CTL表位。方法：采用量化基序法初步预测NYBR-1的HLA-A2限制性CTL表位；分子动力学方法进一步筛选量化基序法中评分最高的3个表位肽；HLA-A2亲合力鉴定预测的结果。结果：分子动力学和HLA-A2亲合力实验均证明，在量化基序法预测的3个候选CTL表位中，NY-BR-11043-1051与HLA-A2亲合力最佳。结论：NY-BR-11043-1051可能为乳腺癌分化抗原NY-BR-1的HLA-A2限制性CTL表位。     

肿瘤抗原TRAG-3 HLA-A2.1限制性CTL表位的鉴定

目的寻找并鉴定TRAG-3来源的HLA-A2．1限制性CTL表位，为临床开展基于TRAG-3表位的特异性免疫治疗奠定基础。方法应用超基序和量化基序方案，预测TRAG-3 HLA-A2．1限制性CTL表位。用计算机分子模拟的方法，对预测表位进行分子模拟。用流式细胞仪分析测定各肽与HLA-A2．1分子的结合力。最后，应用HLA-A2．1阳性健康志愿者外周血单个核细胞(PBMC)对其体外诱导的CTL效应进行鉴定。结果应用超基序和量化基序方案，预测出4个候选表位肽，用计算机分子模拟发现其中只有TRAG-3（37-45)不符合HLA-A2．1限制性CTL表位的特点。在上述4个九肽中，TRAG-3(58-66)与HLA-A2．1分子的结合力最高。在进一步的CTL诱导实验中，发现TRAG-3(58-66)能够诱导健康志愿者PBMC产生特异性CTL。结论表位预测、计算机分子模拟、结合力分析和体外CTL诱导实验的一致性较好。4种方法一致认为，TRAG-3（58-66）(ILLRDA-GLV)为HLA-A2．1限制性CTL表位。该表位肽可望用于基于TRAG-3抗原多肽疫苗的临床实验。     

肝素酶HLA-A2限制性CTL表位肽的筛选及其活性鉴定

目的 预测并鉴定新的人乙酰肝素酶(Hpa)抗原的HLA-A2限制性CTL表位,为恶性肿瘤多肽疫苗的免疫治疗提供依据. 方法 采用SYFPEITHI和BIMAS软件预测方法,对肝素酶HLA-A2限制性CTL表位进行预测,合成候选表位肽;利用T2细胞特点,对合成的候选肽与HLA-A2分子进行亲和力分析;利用乳酸脱氢酶释放试验检测待检肽特异性CTL诱导活性;利用ELISPOT检测T细胞活性. 结果 在所筛选的6条候选CTL表位肽中,Hpa(310～318)FLNPDVLDI与HLA-A2分子具有高亲和力,在体外可有效诱导肝素酶特异性CTL的产生,对肝素酶阳性且HLA-A2限制性的HCC-LM6肝癌细胞及SW-480结肠癌细胞具有明显的杀伤效应,且能有效诱导IFN-γ分泌,增强免疫活性. 结论 首次发现Hpa(310～318)FLNPDVLDI可能是肿瘤肝素酶抗原的HLA-A2限制性CTL表位.     

TRAG-3 HLA-A2.1限制性CTL表位的预测及结合力分析

目的：寻找并鉴定TRAG-3来源的HLA-A2.1限制性CTL表位，为临床开展基于TRAG-3表位的特异性免疫治疗奠定基础。方法：应用超基序和量化基序方案预测TRAG-3HLA-A2.1限制性CTL表位；采用标准Fmoc方案合成侯选表位，RP-HPLC纯化、分析多肽，质谱鉴定各肽；最后，用T2细胞株测定各肽与HLA-A2.1分子的结合力。结果：超基序和量化基序方案预测出了4个侯选表位肽；标准Fmoc方案合成的各肽经纯化后纯度大于90％，各肽的相对分子质量与理论值一致；在4个侯选表位肽中，ILLRDAGLV(58-66)九肽与HLA-2.1的结合力最强。结论：表位预测的结果与结合力分析实验结果一致性较好，两者联合应用初步认为ILLRDAGLV(58-66)九肽为TRAG-3HLA-A2.1限制性CTL表位的可能性最大。     

基于SCORE函数估算HLA-A*0201限制性CTL表位亲和性

目的 建立HLA-A*0201限制性CTL表位亲和性的定量预测方法。方法基于SCORE打分函数,运用定量构效关系的理论和方法研究了HLA-A*0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的定量关系,并建立了SCORE得分与亲和性的定量关系模型,并用外部样本(5个HLA-A*0201限制性CTL表位九肽)作为预测集用于检验模型的预测能力。结果基于SCORE打分函数建立的定量模型具有较好的相关性(r=0．9165,RMS=0．38)和对外部样本的预测能力(rpred=0.9847,RMS=0.135)。结论基于SCORE打分函数,运用定量构效关系研究的理论和方法建立了HLA-A*0201限制性CTL表位亲和性的定量预测方法,为实验鉴定高亲和性HLA-A*0201限制性CTL表位提供了理论依据。     

Ran HLA-A 2.1限制性CTL表位的预测及初步鉴定

目的 寻找并鉴定肿瘤相关抗原Ran来源的HLA-A2．1限制性CTL表位，为临床开展基于Ran表位的特异性免疫治疗奠定基础。方法应用超基序和量化基序相结合的方法初步预测Ran的HLA-A2．1限制性CTL表位，利用其与他细胞亲和力实验以及与T2细胞结合稳定性试验初步验证预测结果。结果应用超基序和量化基序相结合的方法得到4个候选表位IMFDVTSRV（88-96），TLGVEVHPL（42-50），YVATLGVEV（39-47）和VLCGNKVDI（118-126），亲和力试验结果显示IMFDVTSRV，TLGVEVHPL和YVATLGVEV有较高的的亲和力而VLCGNKVDI无明显亲和力，结合稳定性试验显示在这4个候选肽中IMFDVTSRV的结合稳定性最好。结论IMFDVTSRV最有可能是肿瘤抗原Ran的HLA-A2．1限制性CTL表位。     

骨髓瘤抗原Sp17 HLA-A*0201限制性CTL表位预测及初步鉴定

目的鉴定骨髓瘤抗原Sp17的HLA-A＊0201限制性CTL表位。方法采用超基序和量化基序法预测Sp17的HLA-A＊0201限制性CTL表位；用T2细胞亲和力实验和稳定性实验对该表位进行初步鉴定。结果超基序和量化基序法预测得出Sp17抗原的4个CTL表位（LLEGLTREI（19-27）、ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）、KEKEEVAAV（111-119）），亲和力实验结果表明LLEGLTREI（19-27）、ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）有较高亲和力，而KEKEEVAAV（111-119）肽亲和力较低；稳定性实验表明ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）与HLA-A＊0201分子结合稳定性较好。结论ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）有可能是骨髓瘤抗原Sa17 HLA-A＊0201限制件CTL表位。     

尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性CTL表位的预测、筛选及鉴定

目的预测、筛选及合成尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性细胞毒性T淋巴细胞(Cytotoxic T Lymphocyte,CTL)表位,初步鉴定EWS-FLI1表位肽。方法综合运用BIMAS、SYFPEITHI、Predep和IEDB方案对EWS-FLI1蛋白进行HLA-A~*0201限制性CTL表位的预测,应用多项式方案、量化基序方案对预测的CTL表位进行筛选,并将筛选的CTL表位与HLA-A~*0201分子进行动力学模拟,应用标准Fmoc方案合成CTL表位肽;通过表位多肽刺激CTL释放颗粒溶素的检测,以及靶细胞杀伤实验验证表位多肽的免疫效应。结果综合预测得出了8个可能的表位肽,进一步筛选确定其中4个肽为候选合成表位,应用分子动力模拟初步验证了4个候选表位肽与HLA-A2.1分子的结合力,合成的各条肽经色谱分析纯度均在98%以上,经质谱分析各肽的分子量测定值与理论值相符,颗粒溶素释放实验及靶细胞杀伤实验证实了筛选的表位均能产生刺激效应,其中,表位肽QIQLWQFLL(EWS-FLI1 304)的刺激效应最为显著。结论综合运用多个方案可提高预测效率,分子动力学模拟可初步验证表位肽与HLA-A~*0201的结合力,所合成的多肽为高纯度肽,通过免疫学实验初步鉴定了EWS-FLI1的表位。     

HPV16E7抗原HLA-A2限制性CTL表位预测及其合成

目的：预测、合成、纯化及鉴定人乳头瘤病毒E7抗原的HLA－A2限制性细胞毒性T淋巴细胞表位，为表位抗原特异性鉴定和临床研究提供靶肽。方法：采用超模体、多项式和量化模体方案相结合的方法，对靶抗原HPV16E7的HLA－A2限制性细胞毒性T淋巴细胞（Cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位进行预测，并运用固相合成法合成多肽，经RP－HPLC纯化及纯度分析，用质谱进行定性鉴定。结果：分别预测出了16个、10个和3个九肽表位，确定其中5个九肽为候选合成表位，各合成肽的纯度都在95％以上。经质谱分析，各肽的分子量测定值与理论值相符。结论：超模体、多项式和量化模体方案联合应用可提高预测效率，避免了在研究E7抗原表位时盲目合成多肽；所合成的多肽为高纯度靶肽，可用于后续实验研究。     

SARS冠状病毒M蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的 预测SAR冠状病霉M蛋白的HLA-A*0201限制性CTL表位。方法 联合应用简单基序法和延展基序法。结果 预的测出4个九肽CTL表位。结论通过对SARS冠状病毒M蛋白抗原CTL表位进行预测，从而为SARS冠状病毒M蛋白CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索，为认识CTL介导的细胞免疫机制以及基于CTL表位的疫苗研制提供了基础资料。     

Computational prediction and identification of HLA-A2.1-specific Ebola virus CTL epitopes

Ebola virus (EBOV) is known to cause a severe hemorrhagic fever resulting in high mortality. Although the precise host defense mechanism(s) that afford protection against EBOV is not completely understood, T cell-mediated immune responses is believed to play a pivotal role in controlling virus replication and EBOV infection. There have been no reports on mapping of MHC Class I-binding CTL epitopes for EBOV till to date. In this study, we identified five HLA-A2-binding 9-mer peptides of EBOV nucleoprotein (NP) using computer-assisted algorithm. The peptides were synthesized and examined for their ability to bind to MHC class I molecules using a flow cytometry based MHC stabilization assay. Three of the EBOV-NP peptides tested (FLSFASLFL, RLMRTNFLI and KLTEAITAA) stabilized HLA-A2. The ability of the HLA-A2-binding EBOV-NP peptides to generate peptide-specific CTLs was evaluated in HLA-A2.1 transgenic mice. Epitope-specific CTL responses were confirmed by cytotoxic assays against peptide-pulsed target cells and interferon-gamma ELISPOT assay. Each of the EBOV-NP peptides induced CTL responses in HLA-A2-transgenic mice. Interestingly, all the three peptides were conserved in three different strains of Ebola (Zaire and Reston and Sudan). Taken together, these findings provide direct evidence for the existence of EBOV-derived NP epitopes that may be useful in the development of protective immunogens for this hemorrhagic virus.     

SARS冠状病毒N蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的 预测SARS冠状病毒N蛋白的HLA—A^*0201限制性CTL表位。方法 用人工神经网络和量化矩阵相结合的方法预测出HLA—A^*0201结合肽，再用蛋白酶体矩阵法从中筛选出CTL表位。结果 预测出了6个九肽CTL表位。结论 通过对SARS冠状病毒N蛋白抗原CTL表位进行预测，从而为SARS冠状病毒N蛋白之CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索，为认识SARS冠状病毒的免疫保护和免疫病理机制及疫苗的研制提供了基础资料。     

Identification of ribosomal proteins S2 and L10a as tumor antigens recognized by HLA-A26-restricted CTL

Recent identification of cytotoxic T lymphocyte (CTL)-directed peptides binding to the HLA-A2 and -A24 alleles has opened the door to peptide-based cancer immunotherapies. However, subsequent studies have succeeded in identifying no more than a few CTL-directed peptides that bind to alleles other than HLA-A2 and -A24, thus hampering development of immunotherapies directed at other alleles. We have shown in this study that two genes coding for ribosomal proteins (S2 and L10a) encoded tumor antigens recognized by HLA-A26-restricted CTLs. The S2 mRNA was expressed in all of the cancer cells and non-malignant cell lines tested, but was not expressed in normal tissues except for the testis, muscle, and peripheral mononuclear leukocyte cell (PBMC). In contrast, the L10a mRNA was expressed in all of these cancer and non-malignant cell lines, and also normal tissues, although the expression levels in normal tissues were mostly low. One S2-derived peptide and two L10a-derived peptides had the ability to induce HLA-A26-restricted and peptide-specific CTLs reactive to tumor cells in PBMCs of cancer patients, respectively. These ribosomal protein-derived peptides, and particularly the S2-derived peptide, could be suitable for use in peptide-based immunotherapy for HLA-A26+ cancer patients.     

表达轮状病毒VP7基因重组腺病毒载体的构建及免疫活性研究

目的 包装表达轮状病毒VP7基因的重组腺病毒,并检测其免疫活性.方法 RT-PCR扩增病毒结构蛋白VP7基因,定向克隆于腺病毒穿梭质粒pAdtrack-CMV中,在细菌中与缺陷型腺病毒基因组pAdeasy-1进行同源重组,并用RT-PCR和Western blot检测.将包装好的腺病毒免疫小鼠,应用间接ELISA检测小鼠血清中特异性轮状病毒IgG抗体.结果 酶切和测序鉴定证实成功构建携带VP7基因的重组腺病毒表达载体,并在293细胞中成功包装病毒;RT-PCR和Western blot 均能特异检测VP7基因的表达;重组腺病毒免疫小鼠后可诱导针对轮状病毒的特异性免疫.结论 重组腺病毒的成功包装,为新型轮状病毒基因疫苗的研制提供了一种可行的途径.