宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析，均接受传统培养及mNGS检测，比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性；比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能；比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中，合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率，尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

宏基因二代测序技术在肺部阴影发热病例诊断中的应用价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)病原宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在肺部阴影发热病例诊断中的价值。方法 回顾性分析我科收治的94例病例，均收集BALF同时行病原mNGS及传统检测(微生物培养+涂片镜检),比较两种方法诊断效能，并分析mNGS结果的影响因素。结果 以最终诊断为准，mNGS与传统检测比较：病原阳性率76.6%vs 19.1%、灵敏度83.5%vs 20.3%、阴性预测值40.9%vs 17.1%、诊断符合率79.8%vs 30.9%、混合感染检出率45.6%vs 7.6%,mNGS组明显优于传统组(P<0.05);且mNGS检出病原种类、数量及时间有明显优势。经二元Logistic分析基础疾病数量、发热可能是mNGS阳性结果的影响因素；检测公司及抗生素使用时间影响较小。结论 与传统检测相比，BALF的病原mNGS检测高效快速，有助于肺部阴影发热病例诊断和鉴别诊断。     

支气管肺泡灌洗液宏基因组二代测序在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的诊治价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的鉴别优势及治疗指导价值。方法 回顾性研究2021年11月至2022年12月的32例非中性粒细胞减少患者的临床资料，其BALF的mNGS均提示真菌，17例为肺曲霉感染，15例为非肺曲霉感染。观察非中性粒细胞减少肺曲霉感染的临床特性，对比mNGS和常规方法的检测阳性率，评估mNGS对治疗的指导价值。结果 与非肺曲霉感染组相比，肺曲霉感染组更多表现为咯血或痰血(23.5%vs 0.0%,P<0.05),更多的患者接受全身皮质类固醇激素治疗(76.5%vs 40.0%,P<0.05)。两组BALF的mNGS检测阳性率均明显高于传统病原学方法(P<0.05)。肺曲霉感染组BALF的mNGS检测阳性率明显高于培养及GM试验(P均<0.001),可鉴定出94.1%共病原，其中共细菌、真菌和病毒的混合感染最多见(23.5%)。88.2%的肺曲霉...     

外周血宏基因组二代测序在肺炎中的应用价值

目的 评估外周血宏基因组二代测序(mNGS)技术在肺炎患者中微生物检测方面的应用价值。方法 使用回顾性分析的方法，收集常州市第二人民医院收治的28例使用外周血mNGS技术进行病原学检测的肺炎患者，并与常规微生物学检测(CMT)方法进行比较。结果 在这28例患者中，重症肺炎有19例，非重症肺炎有9例。mNGS对微生物的检出率(78.6%,22/28)与CMT(64.3%,18/28)相比差异无统计学意义(P=0.338)。mNGS对病毒的检出率高于CMT(P=0.004),但是在检出细菌(P=0.625)和真菌(P=0.118)方面无明显优势。进一步在重症肺炎患者的亚组分析中得到了同样的结果。经过综合评估，7例患者通过mNGS确诊病原体，分别为耶氏肺孢子菌(PJ)2例，PJ合并巨细胞病毒(CMV)2例，鹦鹉热衣原体2例和腺病毒1例。结论 尽管血mNGS对病原微生物的检出率并不优于CMT,但是当病毒、PJ或鹦鹉热衣原体感染时，可以考虑使用血mNGS进行病原学诊断。     

病原体检测对慢性阻塞性疾病并发肺炎的诊断价值

目的 分析慢性阻塞性肺疾病并发社区获得性肺炎(chronic obstructive pulmonary disease complicated with community acquired pneumonia, COPD-CAP)患者的临床特征及多种病原体检测对该疾病的诊断价值。方法 选择2019年1月至2021年1月我院收治的COPD-CAP患者95例为对象,按是否行宏基因测序(metagenome next-generation sequencing, mNGS)病原体检测分为对照组79例,观察组16例。对照组病原体检测采用传统培养,观察组在此基础上采用支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF) mNGS,分析COPD-CAP病原体分布、阳性率及炎症指标情况。结果 COPD-CAP患者病原体检测结果以革兰氏阴性菌为主,其中肺炎克雷伯杆菌22例(23.16%)、铜绿假单胞菌13例(13.68%)、鲍曼不动杆菌11例(11.58%)、嗜麦芽窄食单胞菌7例(7.37%)、大肠杆菌2例(2.11%)。传统培养(痰液、灌洗液、血液培养)病原体...     

外周血宏基因组二代测序对肺孢子菌肺炎的诊断价值

目的:研究探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在免疫抑制剂治疗的肾脏疾病患者合并肺孢子菌肺炎(PCP)的诊断价值。方法:选取肾脏疾病接受免疫抑制治疗后合并弥漫性肺部感染、临床拟诊为PCP的患者37例作为观察组,另选取25例临床确诊为其他病原导致肺部感染的患者作为对照。使用mNGS检测患者外周血中的病原种类和序列,评价mNGS对PCP的检测效能,比较mNGS与传统临床诊断PCP方法(真菌G联合乳酸脱氢酶检测)的效能差异。结果:观察组患者送检外周血样本37份,其中35份mNGS检出耶氏肺孢子菌(PJ)序列,敏感度94.59%,特异度100%;31例患者为混合型感染,27例检出病毒序列(19例为巨细胞病毒),8例合并细菌感染。对照组25份血标本PJ序列均为阴性。真菌G联合乳酸脱氢酶检测的敏感度89.19%,特异度56.0%;mNGS的特异度显著高于真菌G联合乳酸脱氢酶检测。结论:mNGS较传统诊断PCP的方法有明显优势,可同时检出混合感染的病原,对免疫抑制合并肺部感染的诊断有重要意义。     

宏基因组二代测序对肾脏重症监护病房免疫功能低下患者感染的诊断价值

目的：回顾性分析宏基因组二代测序(mNGS)对肾脏重症监护病房(ICU)免疫功能低下患者感染的诊断价值,评估临床应用前景。方法：选取2018年8月至2022年4月国家肾脏疾病临床医学研究中心ICU收治疑诊感染的慢性肾脏病(CKD)免疫功能低下患者,分为常规微生物学检测(CMT)确诊感染组、临床诊断感染组和排除感染组,对比mNGS与CMT的诊断效能。结果：本研究共纳入303例患者,累计使用2(1, 3)种免疫抑制剂,中位治疗时间7(2, 50)月,中位CD4⁺T细胞计数149.50(81.25, 262.25)个/μL,在院死亡率20.46%。CMT确诊感染组中38.79%的mNGS与CMT结果完全一致,27.88%部分一致,33.33%不一致。临床诊断感染组中57.69%通过mNGS发现感染病原体。mNGS报阳时间更早,检测病原体种类更多(P<0.05),混合感染检出率高(P<0.001),可鉴定出常规培养难以发现的病原体。mNGS对感染病原体检测灵敏度和准确度强于CMT(P=0.014),特异度、阳性及阴性预测值无明显差异。结论：mNGS能增加免疫功...     

宏基因组第二代测序技术对重症监护儿童支气管肺炎的病原学研究

目的探讨重症监护儿童支气管肺炎应用宏基因组第二代测序技术(mNGS)的病原学诊断价值。方法回顾性分析2019年4月10日至2019年10月10日,广东省妇幼保健院儿童重症医学科收治支气管肺炎的临床资料:肺泡灌洗液mNGS、传统培养及病原核酸荧光定量qPCR等情况。结果 60例患儿入组。mNGS:(1)类别:以病毒多见。(2)属种:G~+菌最多见葡萄球菌属,G~-菌最多见克雷伯菌属、假单胞菌属及百日咳博德特菌属;病毒最多见腺病毒属、人疱疹病毒属、呼吸道合胞病毒属及副流感病毒属;真菌最多见念珠菌属。(3)混合感染:2种以上51.7%,2类以上33.3%。(4)人腺病毒7B型可引发PB(3/5例)、PARDS(2/2例)。(5)传统培养比较:mNGS敏感性69.2%,特异性66%,符合率66.7%,检出率高于传统培养(χ~2=5.188,P0.05)。(6)qPCR比较:mNGS敏感性77.1%,特异性88.9%,符合率79.5%,检出率低于qPCR(χ~2=13.49,P0.05)。结论重症监护支气管肺炎儿童以混合性病毒感染多见。人腺病毒7B型可致PB、PARDS。mNGS具备广谱、耗时少及高诊断效能等优势。     

肺泡灌洗液宏基因二代测序技术对下呼吸道感染病原体检测的优势

目的探讨肺泡灌洗液宏基因二代测序技术(mNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法回顾性分析2018年5月至2019年5月在浙江大学医学院附属邵逸夫医院就诊的下呼吸道感染患者56例,所有患者均行支气管镜肺泡灌洗夜mNGS检测与传统培养(包括痰培养及灌洗液培养)检查,比较灌洗液mNGS与传统培养检测的阳性率、检测病原体的分布、病原体检测的一致性;在传统培养阴性患者中,比较灌洗液mNGS阳性患者与灌洗液mNGS阴性患者的治疗效果;并利用多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。结果灌洗液m NGS检测的阳性率高于传统培养(69.6%对25.0%),差异有统计学意义(P0.05)。在传统培养无法检测到病原体的患者中,根据灌洗液mNGS阳性结果调整抗病原微生物药物后治疗效果明显好于经验性抗感染治疗(88.0%对40.0%),差异有统计学意义(P0.05)。多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检测的影响因素中,未发现有影响因素存在。结论采用灌洗液mNGS检测可以提高下呼吸道感染患者病原体的检出率,特别是对病毒、真菌及特殊病原体。在传统培养无法检测到病原体的患者中,灌洗液mNGS可以作为一种有效的检测方法,从而指导抗病原微生物药物的应用,提升治疗效果。未发现灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。灌洗液mNGS在下呼吸道感染的诊断及治疗中有很高的临床应用价值。     

支气管肺泡灌洗液送检mNGS对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值

目的探究支气管肺泡灌洗液(BALF)送检宏基因组二代测序(mNGS)对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值。方法本研究为横断面研究。采用单纯随机抽样方法, 收集2020年5月至12月在南京市第二医院行气管镜检查, 影像学不典型且痰结核菌涂片阴性的疑似肺结核患者合计86例的临床资料, 统计分析BALF并行送检mNGS、分枝杆菌培养+鉴定、GeneXpert MTB/RIF分析(Xpert)的结果。结果 86例疑似肺结核患者中, 因数据不完整去除22例, 最终纳入分析64例, 其中诊断活动性肺结核患者44例, 排除肺结核诊断患者20例。在诊断活动性肺结核方面, mNGS的敏感度与Xpert相当(36.36%比34.09%), 高于分枝杆菌培养检测(36.36%比18.18%);并行分枝杆菌培养+Xpert+mNGS的联合诊断可有效提高肺结核病原检测的敏感度(54.55%);同时mNGS还以非靶向方法检测到3例活动性肺结核合并其他病原体的混合感染。对于抗酸杆菌涂片阴性影像学不典型的20例疑似肺结核患者鉴别诊断方面, mNGS检测到13例结核分枝杆菌以外的病原体(13/20, ...     

宏基因组学二代测序对脊柱感染患者病原学诊断的价值

目的探讨宏基因组学二代测序(mNGS)对脊柱感染患者病原学诊断价值的效能, 为及时诊治提供参考。方法纳入2020年1月至2022年7月河南省人民医院感染科收治的40例疑似脊柱感染患者, 回顾性分析患者的病灶组织培养、组织病理学检查、组织mNGS检测结果。以临床诊断病例为标准, 分为脊柱感染组(28例)和非脊柱感染组(12例)。比较mNGS和组织培养两种检测方法对脊柱感染患者病原体检出的阳性率、灵敏度和特异度。统计学分析采用配对χ2检验。结果 40例患者中, 男23例, 女17例。mNGS检测阳性率高于组织培养阳性率[75.0%(30/40)比12.5%(5/40)], 差异有统计学意义(χ2=0.08, P<0.001)。以临床诊断病例为标准, mNGS对脊柱感染诊断的灵敏度高于组织培养(82.1%比17.9%), 差异有统计学意义(χ2=0.02, P<0.001), 而其特异度与组织培养相比(33.3%比100.0%), 差异无统计学意义(P>0.05)。结论 mNGS在脊柱感染患者的病原学诊断中具有较高的病原体检出率和灵敏度, 可为脊柱感染患者的诊治提供临床指导...     

老年颅脑损伤患者气管切开后肺部感染的病原菌分布及药物敏感性分析

目的 分析老年颅脑损伤患者气管切开后肺部感染的病原菌分布与药物敏感性差异。方法 回顾性分析2018年8月—2020年8月,安徽中医药大学第一附属医院神经外科重症监护室(NICU)与综合重症监护室(GICU)气管切开后发生肺部感染的老年颅脑损伤患者临床资料。评估患者的颅脑损伤程度和昏迷程度;记录基础疾病>2种的患者数、肺部感染前出现并发症的患者数、肺部感染前气管切开的时间以及ICU入住时间。对患者的痰液样本进行细菌培养和药敏试验。结果 与GICU组比较,NICU组基础疾病>2种的患者数较少,肺部感染前气管切开的时间较长,ICU入住时间较短,差异均有统计学意义(P <0.05)。2组均以革兰氏阴性菌为主要病原菌,差异无统计学意义(70.91%vs 81.82%,P=0.178)。NICU组肺炎克雷伯菌多于GICU组,差异有统计学意义(P=0.025)。2组革兰氏阳性菌均以金黄色葡萄球菌最多见,差异无统计学意义(P>0.05)。肺炎克雷伯菌对头孢他啶耐药性较高;铜绿假单胞菌对替卡西林钠克拉维酸钾耐药性较高;鲍曼不动杆菌对头孢他啶和亚胺培南普遍耐药;金黄色葡萄球菌对青霉...     

宏基因组二代测序技术对髋/膝关节结核的诊断价值

目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing, mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法，收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料，按照病原菌种类分为关节结核组(16例)和非结核感染性疾病组(18例),分别对所有患者感染病灶组织样本进行常规细菌学培养和分枝杆菌培养(MGIT 960培养)、结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。以临床诊断为参照标准，比较分枝杆菌培养、MTB-DNA扩增和mNGS检测对髋/膝关节结核的诊断效能。结果:mNGS对非结核感染性疾病组中病原体的检出率为100.0%(18/18);对髋/膝关节结核的阳性检出率为93.8%(15/16),明显高于MTB-DNA扩增检测[50.0%(8/16)]和MGIT 960培养[25.0%(4/16)],差异均有统计学意义(χ²=7.575,P=0.015;χ²=15.676,P=0.000)。以临床诊断为参照标准，mNGS诊断髋/膝关节结核的...     

支气管肺泡灌洗液高通量测序技术在成人肺部感染中的应用价值

目的评估支气管肺泡灌洗液(BALF)高通量测序技术在肺部感染病原学诊断中的价值及对患者预后的影响。方法计算机检索PubMed、Embase、Cochrane Library、Web of science、clinical trials.gov.cn、中国知网、万方数据库和中国生物医学文献数据库, 检索时间为自建库时间至2021年12月8日。比较BALF宏基因组测序与传统病原学检测方法对肺部感染检测的阳性率、敏感度及特异度;根据病原学检测结果调整治疗方案, 比较2组患者的抗生素使用强度、住院时长、28/30 d及90 d病死率。采用Review Manager 5.4.1软件对上述指标分别进行meta分析。结果最终纳入35篇文献, 共2 624例患者, 其中高通量测序组2 248例, 传统病原学检测组2 493例。meta分析结果显示, 高通量测序组阳性率为79.8%(1 793/2 248), 高于传统病原学检测组41.7%(1 039/2 493)(OR=6.84, 95%CI:4.84～9.67, Z=10.88, P<0.001);敏感度、特异度及汇总受试者工作特征曲线下面...     

老年吸入性肺炎支气管肺泡灌洗液的生物学标志物和病原学分析

目的 探索支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)中的淀粉酶和胃蛋白酶辅助诊断老年吸入性肺炎(aspiration pnuemonia, AP)的价值，并分析老年AP病人的病原学特征，为临床诊疗提供思路。方法 纳入2021年9月至2022年1月北京大学第一医院住院治疗的65名受试者，根据临床诊断将受试者分为AP和非AP(no-AP)2组，检测病人BALF中胃蛋白酶和淀粉酶水平，并分析2组病人BALF中病原学检测结果。结果 2组病人胃蛋白酶水平差异无统计学意义(P>0.05);AP组淀粉酶水平显著高于no-AP组(878.0 IU/L比88.6 IU/L,P<0.001)。BALF中淀粉酶预测AP的AUC为0.83。AP组检出的病原体主要为肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌。BALF中细菌检测阳性病人的淀粉酶水平显著高于阴性病人(408.9 IU/L比48.4 IU/L,P<0.001)。结论 BALF中淀粉酶有助于临床医生及时诊断老年AP病人。     

肺泡灌洗液宏基因组二代测序对疑似肺结核的诊断价值

目的 探讨肺泡灌洗液宏基因组二代测序(mNGS)对肺结核的诊断价值.方法 选择2020年5月22日至2021年2月20日长沙市中心医院收治的行痰液及肺泡灌洗液(BALF)结核分枝杆菌(MTB)抗酸染色涂片法、MTB培养法和BALF TB-DNA、Xpert MTB/RIF(简称Xpert)和mNGS检测的疑似肺结核患者...     

慢性阻塞性肺疾病患者肺泡灌洗液宏基因组测序分析北大核心CSCD

目的评价PMseq病原微生物宏基因组测序检测用于慢性阻塞性肺疾病(COPD)合并肺部感染患者诊断的价值。方法以2019年11月至2022年5月在呼吸科确诊的67例稳定期COPD患者(合并肺部感染47例)为研究对象,同时采用肺泡灌洗液培养和PMseq病原微生物宏基因组测序,对培养及测序鉴定出的病原体进行描述性分析,并对检测结果进行比较分析。结果67例稳定期COPD患者中,宏基因组测序阳性65例、肺泡灌洗液培养阳性28例,差异有统计学意义(χ^(2)=48.11,P<0.01)。其中,宏基因组测序和肺泡灌洗液培养均阳性27例。该27例患者中,宏基因组测序和肺泡灌洗液培养检测结果完全一致8例、部分一致12例、不一致7例(Kappa值=0.46)。28例肺泡灌洗液培养阳性患者中以细菌感染多见,其中链球菌属及奈瑟菌感染分别为19例和17例,肠球菌感染5例,金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌各1例;真菌感染以念珠菌多见(5例),土曲霉菌感染1例。65例高通量测序阳性COPD患者细菌感染以链球菌属为主,真菌感染以曲霉菌为主(5例)。高通量测序患者中,46例为2种及以上病原体感染、21例为单一病原体感染。结论COPD合并肺部感染患者病原体谱广,并存在混合感染。PMseq病原微生物宏基因组测序法敏感、特异,可用于COPD患者感染的病原体精准诊断,值得临床推广应用。     

原发性干燥综合征患者肺部病变的临床分析

目的 探讨原发性干燥综合征(pSS)患者肺部病变的临床特点.方法 回顾性分析1985至2005年在北京协和医院确诊的pSS患者522例,按肺部病变[肺部影像学异常、肺功能下降或超声心动图肺动脉收缩压隐隐约约≥40 mm Hg(1 mm Hg=0.133 kPa)]将522例患者分为肺部病变组和无肺部病变组,对两组的临床特点进行分析.采用SPSS 13.0统计学软件包对正态分布的计量资料行t检验,偏态分布的计量资料行非参数检验,计数资料行卡方检验.结果 (1)522例患者中有肺部病变者221例(42.3%),多见于发病后48个月.肺部病变组发病年龄[(43±13)岁]晚于无肺部病变组[(37±14)岁](t=-5.445,P=0.000);肺部病变组口干、眼干及猖獗齿较无肺部病变组更常见(分别为89.6%,/35 81.1%,χ2=7.145,P=0.008;78.7%vs 66.4%,χ2=9.472,P=0.002;55.2%vs42.2%,χ2=8.647,P=0.003).(2)522例患者中最常见的pSS肺部病变是问质性肺病(116例,23.2%),其次是肺动脉高压(44例,12.5%).(3)11例行肺组织病理检测患者中5例为非特异性间质性肺炎,3例为淋巴细胞间质性肺炎.(4)肺部病变组更常出现雷诺现象、低热、关节肿、抗U1RNP抗体及高γ球蛋白血症(分别为26.7% vs 13.0%,χ2=15.77,P=0.000;20.4%vs 13.0%,χ2=5.175,P=0.023;29.4%vs21.6%,χ2=4.164,P=0.041),而肾小管酸中毒少见(5.4%vs12.6%,χ2=7.616,P=0.006).(5)pSS肺部病变可增加死亡风险达5.5倍,感染是最常见的死亡原因(9例).结论 肺部病变是pSS常见的系统损害,严重影响疾病预后,因此,确诊pSS的患者均应进一步明确肺部病,变情况.     

宏基因组二代测序技术在艾滋病合并肺诺卡菌病诊断中的应用（附1例报告）

宏基因组二代测序技术（mNGS）可对感染标本直接进行高通量测序,为复杂性感染提供快速精准诊断。本文分析1例艾滋病（AIDS）合并肺诺卡菌病患者临床表现及诊疗经过,探讨mNGS在诊断中的应用情况,为AIDS合并诺卡菌感染的诊治提供经验思路。患者入院时按常规临床症状、实验室检查等资料初始误诊为细菌性肺炎、肺结核,后结合mNGS诊断为肺诺卡菌感染,经经验性应用复方磺胺甲(口恶)唑联合阿米卡星抗诺卡菌治疗好转出院。该病例提示在免疫缺陷合并感染的患者中,应用mNGS进行病原体检测可指导感染性疾病诊断。     

宏基因二代测序技术在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用

目的 观察宏基因二代测序技术(mNGS)在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用效果.方法 112例重症肺炎患者随机分为实验组和对照组,患者均行肺泡灌洗术;实验组灌洗液送mNGS检测,对照组灌洗液行一般细菌、真菌培养;两组均根据病原体检测结果调整抗感染方案.比较两组病原体检出率、抗生素使用时间、机械通气时间、住院日、...