树鼩全基因组分泌蛋白的预测分析

目的综合了解树鼩的分泌蛋白的信息。方法利用真核生物分泌蛋白预测流程EuSecPred 2.0对树鼩的分泌蛋白进行全基因组预测,并对获得的分泌蛋白及所携带的信号肽进行系统分析。结果树鼩全基因组蛋白基因中鉴定获得279个分泌蛋白,占基因组全部编码基因的7.2%。对其功能和结构域进行注释分析,发现了以水解酶类、行使蛋白结合与离子结合功能蛋白质及初级代谢过程相关蛋白为主的分泌蛋白。氨基酸组成分析表明,树鼩分泌蛋白及其信号肽主要由疏水性氨基酸组成,信号肽剪切位点有部分亲水性氨基酸的存在。基序分析发现,分泌蛋白信号肽中未存在保守基序,而分泌蛋白内部存在GxHxCGG[FSV]L[IV][RAS][EP]D[WF]VLTAAHC、[KG]PPGV[YF]T[RK][VI][SC]x[YF][VL][DS]WIQx[TV][MI][RK]、[DT][SA][CF][QK]GDSGGPLVCNGV[LA]QG[IL]V、GY[HL][FL]CGG[SAT]L[ILV]S[EDP][CR]WV[LV][TS]AAHCF、N[IV][FI]FSP[LV]S[IV][SA][TA]ALAMLSLG[AT]xNDTLTQ[IL]L[EQ][GV]LGF[ND]LT[ES]T[SP]E 5种基序。结论在全基因组范围对树鼩分泌蛋白进行预测分析,有助于进一步研究树鼩机体功能调控机制及动物模型的开发。     

结核分枝杆菌抗原蛋白ESAT-6基因重组穿梭质粒的构建与鉴定

目的　构建分泌性表达结核分枝杆菌抗原蛋白 ESAT- 6的重组卡介苗。方法　分别以卡介苗(BCG)和结核分枝杆菌 H37Rv株基因组 DNA为模板 ,通过 PCR扩增得到约 117bp的 BCGα抗原 (α- Ag)信号肽序列和 2 85 bp的结核杆菌 esat- 6基因序列。将 esat- 6基因与大肠杆菌 -卡介苗穿梭质粒载体 p MV2 6 1重组 ,得到重组质粒 p ME。再将 BCGα- Ag信号肽序列克隆至 p ME中 ,得到重组质粒 p SME。结果　质粒 p SME用双酶切和 PCR扩增鉴定证实 ,克隆基因 α- Ag信号肽序列和 esat- 6正确插入载体 p MV2 6 1。结论　重组质粒 p SME可望在 BCG中分泌性表达结核分枝杆菌的免疫保护性抗原蛋白 ESAT- 6 ,该质粒的构建成功为改造卡介苗、发展新型结核病疫苗奠定了基础     

鲍曼不动杆菌噬菌体SWH-Ab-1分离鉴定及其重要功能基因的生物信息学分析

目的 分离鲍曼不动杆菌噬菌体,测定其基因组DNA序列,分析预测穿孔素和裂解酶等重要功能基因及其编码蛋白的性质和功能.方法 利用双层琼脂平板法从医院污水中分离鲍曼不动杆菌噬菌体,透射电子显微镜观察噬菌体的形态特征;提取噬菌体基因组DNA,采用Illumina Hiseq2000测序仪进行全基因组测序;利用生物信息学方法对噬菌体基因组DNA序列进行功能编码基因定位、同源性分析以及对噬菌体重要功能基因编码蛋白的结构和生物功能等进行预测.结果 成功从医院污水中分离获得1株鲍曼不动杆菌噬菌体,命名为噬菌体SWH-Ab-1.噬菌体SWH-Ab-1属长尾噬菌体,对鲍曼不动杆菌具有显著裂解性.噬菌体SWH-Ab-1基因组为全长41 567 bp的双链DNA,G+C％含量为39.42％,包含51个预测功能基因,穿孔素基因和裂解酶基因分别位于噬菌体基因组的ORF02(320 ～655 bp)和ORF03(642～1 199 bp)开放阅读框,穿孔素基因序列全长336 bp,共编码111个氨基酸,其编码的HolSA1为疏水性Ⅰ型跨膜蛋白,相对分子质量为11.957 96×103,理论等电点为4.87,可能在脂肪酸代谢、转运载体及信号转导中发挥重要作用.裂解酶基因序列全长558 bp,共编码185个氨基酸,其编码的LysSA1为亲水性蛋白,相对分子质量为21.010 4×103,理论等电点为9.56,无跨膜区,可能参与氨基酸生物合成、脂肪酸代谢、辅因子生物合成等重要生理过程.两种功能蛋白均不存在信号肽序列,二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主.结论 噬菌体SWH-Ab-1是一种新分离的长尾裂解性噬菌体,其基因组的ORF02和ORF03开放阅读框是穿孔素和裂解酶的编码基因,编码的HolSA1和LysSA1可能组成“二元裂解系统”,协同参与噬菌体对宿主菌的裂解过程.     

结核分枝杆菌抗原蛋白ESAT—6基因重组穿梭质粒的构建与鉴定

目的：构建分泌性表达结核分枝杆菌抗原蛋白ESAT－6的重组卡介苗，方法：分别以卡介苗（BCG）和结核分枝杆菌H37Rv株基因组DNA为模板。通过PCR扩增得到的117bp的BCGα抗原（α－Ag)信号肽序列和285bp的结核杆菌esat-6基因序列，将esat-6基因与大肠杆菌－卡介苗穿梭质粒载体pMV261重组，得到重组质粒pME,再将BCGα－Ag信号肽序列克隆至pME中，得到重组质粒pSME。结果：质粒pSME用双酶切和PCR扩增鉴定证实，克隆基因α-Ag信号肽序列和esat-6正确插入载体pMV261，结论：重组质粒pSME可望在BCG中分泌性表达结核分枝杆菌的免疫保护性抗原蛋白ESAT－6，该质粒的构建成功为改造卡介苗，发展新型结核病疫苗奠定了基础。     

信号肽生物信息学分析在Neurospora crassa phyA基因鉴定中的应用

目的 对Neurospom crassa基因组中与黑曲霉phyA具有46.85%相似性的EAA33149.1蛋白基因进行鉴定并确定其功能.方法 利片j信号肽预测软件SignalP 3.0 Server,真核蛋白序列中精氨酸和赖氮酸前导肽切割位点以及信号肽切割位点预测软件PmP 1.0 server,跨膜结构域预测软件Tmpred和TMHMM Server v.2.0,GP I锚定位点预测软件big-P I Predictot以及哑细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP v1.01对EAA33149.1蛋白基因进行预测分析,根据分析结果将该基冈克隆到酿酒酵母中表达.结果 确定了该蛋白的信号肽、信号肽切割位点以及分泌途径.重组酿酒酵母表达的54 000重组蛋白,显示了植酸酶活性.结论 初步确定该蛋白基因为N.crassaphyA基因.     

肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测

目的对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础。方法基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred等生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性、二级结构、三级结构等性质和潜在的B细胞表位。结果 EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白没有信号肽,无跨膜区,是一个亲水性蛋白;VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,含有少量的α-螺旋,少见β-转角;VP1的三级结构中4～121氨基酸部分在蛋白表面形成一环状结构(VPl GH loop);EV71 VP1潜在的B细胞表位共有6个可能的抗原表位。其中,预测分值最高的线性表位区域位于157～177位氨基酸残基。结论成功预测了EV71六安地区分离株VP1二级结构、三级结构和B细胞表位,为制备EV71基因工程疫苗和诊断抗原的开发提供了理论基础。     

Bioinformatics analysis and B-cell epitope prediction of VP1 gene of enterovirus 71 isolated in Lu′an city

目的 对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础.方法 基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred等生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性、二级结构、三级结构等性质和潜在的B细胞表位.结果 EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白没有信号肽,无跨膜区,是一个亲水性蛋白;VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,含有少量的α-螺旋,少见β-转角; VP1的三级结构中4～121氨基酸部分在蛋白表面形成一环状结构(VPl GH loop);EV71 VP1潜在的B细胞表位共有6个可能的抗原表位.其中,预测分值最高的线性表位区域位于157～177位氨基酸残基.结论 成功预测了EV71六安地区分离株VP1二级结构、三级结构和B细胞表位,为制备EV71基因工程疫苗和诊断抗原的开发提供了理论基础.     

C-反应蛋白与血栓形成的研究进展

1 C-反应蛋白的结构及生物学特性 1.1 CRP的基因结构：其人的编码基因位于1号染色体长臂上（1q21-1q23）,长约2.3kb,有2个外显子和1个内含子。第一个外显子编码一个信号肽,第二个外显子是编码成熟蛋白质的氨基酸。内含子为278个核苷酸的GT重复序列。而该内含子使编码区的信号肽（第一个外显子）与编码区的成熟蛋白（第二外个显子）隔开。CRP基因表达主要在转录水平调控,主要由IL6,IL1,TNF-α及其它细胞因子调控。     

尿酸酶基因工程菌的构建与分泌表达

目的：将产朊假丝酵母菌尿酸酶编码基因克隆至已改造的表达载体pET-28a中,使尿酸酶在大肠埃希菌（Escherichia coli,E.coli）中以分泌的形式持续表达,并具有生物学活性。方法：①利用重组PCR技术删除pET-28a中Lac O和Lac I序列构建表达载体;②金黄色葡萄球菌蛋白A（Staphylococal Protein A,SPA）信号肽编码基因与尿酸酶基因N端融合成目的基因;②将目的基因克隆至表达载体中,再转化至E.coli DH5ɑ中,使之表达;④利用SDS-PAGE鉴定并测定表达产物生物学活性。结果：尿酸酶在E.coli中以分泌的形式持续表达,并具有生物学活性。结论：利用肠道内正常菌群 E.coli构建可分泌、持续表达蛋白的载体pET-28a-sUOX,可将表达的尿酸酶作用于高尿酸血症模型上,为应用于动物实验通过肠道降低尿酸水平提供依据。     

调控基因-Noggin的研究进展

Noggin基因最早是由California大学的Harland和William Simth于1992年从非洲爪蟾的胚胎中分离得到的,由于将其mRNA注射入爪蟾的胚胎可使头部明显增大而命名该基因为Noggin(美国俚语中为"头,脑袋"的意思)[1].现在已克隆出人的Noggin基因定位于染色体17q22,大鼠与小鼠的Noggin基因则定位于染色体11[2].Noggin基因在种属间高度保守,其编码产物为26kD蛋白,具有疏水性氨基酸末端,是一种分泌蛋白.Noggin基因在体内对多个系统的发育和/或重塑起重要的调控作用,现就其表达和功能作一简要综述.