SSX基因家族HLA-A2．1限制性CTL表位预测及其MHC-I亲和力分析

目的 通过对肿瘤基因SSX家族不同成员进行CTL表位预测，并对其与MHC-I亲和力进行分析，为探索基于SSX肿瘤基因家族的免疫治疗奠定基础。方法 利用基于超基序结合量化基序方案开发的HLA-A2．1限制性CTL表位预测软件，对SSX基因家族不同成员进行CTL表位预测，然后合成SSX相关待测表位肽P1（AMTKLGFKA）、P4（AMT-KLGFNV）、P5（AMTKLGFKV）和P6（VMTKLGFKV），再对这些合成肽与MHC-I结合亲和力及其结合物稳定性进行实验分析。结果与实验阳性肽（HBcAg，18～27）相比，除P1外，P4、P5、P6均显示较高的结合亲和力；而结合稳定性实验（DC50）结果显示，P1、P4与阳性对照肽（HBcAg，18～27）DC。均大于8h，而P5和P6的DC50介于2～4h之间。结论 计算机软件预测的CTL表位肽，经过体外亲和力与结合稳定性实验筛选到2条理想的表位肽，为该表位的下一步体内鉴定奠定基础。     

人肿瘤转移相关抗原肝素酶HLA-A2.1限制性CTL表位的预测及初步鉴定

目的 预测并鉴定肿瘤转移相关抗原肝素酶来源的HLA-A2.1限制性CTL表位.方法 采用超基序、量化基序和分子模拟相结合的方法,对肝素酶HLA-A2.1限制性CTL表位进行预测,合成候选表位肽;利用T2细胞的特点,对合成的候选肽与HLA-A2.1分子进行亲和力分析,初步验证预测结果;利用标准51Cr释放试验检测特异性CTLs诱导活性.结果 在所筛选的5个候选CTL表位中,Hpa(525-533)、Hpa(277-285)、Hpa(405-413)可在体外有效诱导肝素酶特异性CTLs的产生,对肝素酶阳性且HLA-A2阳性的KATO-Ⅲ细胞具有明显的杀伤效应.结论 Hpa(525-533)、Hpa(277-285)、Hpa(405-413)有可能是肿瘤抗原肝素酶HLA-A2.1的限制性CTL表位.     

人肿瘤转移相关抗原肝素酶HLA-2.1限制性CTL表位的预测及初步鉴定

目的预测并鉴定肿瘤转移相关抗原肝素酶来源的HLA-A2．1限制性CTL表位。方法采用超基序、量化基序和分子模拟相结合的方法，对肝素酶HLA-A2．1限制性CTL表位进行预测，合成候选表位肽；利用T，细胞的特点，对合成的候选肽与HLA-A2．1分子进行亲和力分析，初步验证预测结果；利用标准”cr释放试验检测特异性CTLs诱导活性。结果在所筛选的5个候选CTL表位中，Hpa（525-533）、Hpa（277-285）、Hpa（405-413）可在体外有效诱导肝素酶特异性CTLs的产生，对肝素酶阳性且HLA-A2阳性的KATO-Ⅲ细胞具有明显的杀伤效应。结论Hpa（525-533）、Hpa（277-285）、Hpa（405-413）有可能是肿瘤抗原肝素酶HLA-A2．1的限制性CTL表位。     

小鼠肝素酶H-2Kb限制性CTL表位预测及其MHC-I亲和力分析

目的预测肿瘤转移相关基因肝素酶的CTL表位,为探索基于肝素酶的抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法利用基于超基序、量化基序结合人工神经网络方案开发的H-2Kb限制性CTL表位预测软件,对小鼠肝素酶蛋白的CTL表位进行预测,然后人工合成相关待测表位肽,再对这些合成肽与MHC-I结合亲和力进行检测。结果采用机算机网络系统,预测了5条小鼠肝素酶抗原表位,即mHpa234-241（LGEDFVEL）,mHpa351-358（FAAGFMWL）,mHpa519~526（FSYGFFVI）,mHpa386-393（VDENFEPL）,mHpa398-405（LSLLFKKL）,MHC亲合力实验表明,与阴性对照肽对比,随着预测肽浓度增加,H-2Kb的表达逐渐增加,与MHC-Ⅰ类分子的亲和力亦逐渐增强,当预测肽浓度达到30μmol/L时,其荧光系数（FI）均大于1.5。结论通过计算机软件预测到的5条小鼠肝素酶CTL表位与MHC-Ⅰ类分子均有较高的结合亲和力,为该表位的下一步体内鉴定及基于小鼠肝素酶抗原表位的肿瘤免疫治疗奠定基础。     

肿瘤抗原MAGE-A亚家族HLA-A2限制性CTL表位的预测及分析

目的:预测肿瘤抗原MAGE-A亚家族的HLA-A2限制性CTL表位,为肿瘤治疗选择合适的CTL表位提供依据.方法:用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式结合的预测方法进行HLA-A2限制性CTL表位预测,采用DNAstar软件提供的蛋白质核酸序列编辑、分析工具,对MAGE-A亚家族成员进行CTL序列同源性分析.结果:共预测出了50个HLA-A2限制性CTL表位,且部分CTL表位高度相似或一致.结论:SYFPEITHI超基序法和量化基序多项式法结合的预测方法是一种高效、准确的表位预测方法,结合CTL表位的同源性分析,可为肿瘤治疗性疫苗的制备中选择合适的CTL表位提供依据.     

肿瘤抗原MAGE-2 HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的 预测黑色素抗原ＭＡＧＥ－２的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。方法 采用超基序法与量化基序法的联合应用。结果 发现８个ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。结论 超基序法与量化基序法联合应用可以提高预测效率。     

分子模拟在筛选HLA-A2.1高亲和性MART-1 CTL表位中的应用研究

目的：探讨计算机分子模拟在CTL表位与HLA-A2.1亲和力特异研究中的应用价值。方法：应用Silicon Graphics图像工作站及Insight II软件，分别建立MART-1 6个CTL预测表位与HLA-A2.1结合的三维结构，并进行分子动力学模型，通过对各结合特征性参数的计算，对各表位肽与HLA-A2.1结合稳定性进行了比较。应用Merrifield固相多肽合成技术合成上述小肽，通过HLA-A2.1与各肽亲和力分析试验，证实分子模拟结果的可靠性。结果：通过分子模拟手段计算所得6个表位与HLA-A2.1结合特性结果，基本与通过实验手段所得结果相符。结论：计算机分子模拟在CTL表位与MHC-I类分子的亲和力研究中，具有简单、直观、快速、准确等优点，该方法在筛选MHC-I类分子高亲和性CTL表位的研究中具有诱人的应用前景。     

MART-1 HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的 预测黑色素瘤分化抗原ＭＡＲＴ－１的ＨＬＡ－Ａ２限制性细胞毒性Ｔ淋巴细胞（ＣＴＬ）表位。方法 采用超基序与量化基序多项式方案相结合的办法,对目的抗原ＭＡＲＴ－１的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位进行预测。结果 预测出了６个九肽表位。结论 两种方法预测结果的一致性较好,所预测出的６个ＭＡＲＴ－１的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位经后续实验筛选,鉴定后,可望用于新型ＭＡＲＴ－１肿瘤治疗性多肽疫苗的设计研究     

肝癌相关肿瘤抗原HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的：预测肝癌肿瘤抗原的HLA-A2限制性CTL表位。方法：选择与肝癌相关的肿瘤抗原MAGE-1，MAGE-3，MAGE-8，p53及AFP为研究目标，采用SYFPEITHI基序法远程预测系统和量化基序多项式法结合的预测方法进行HLA-A*0201限制性CTL表位预测。结果：共预测出与肝癌相关的肿瘤相关抗原的35个HLA-A2限制性CTL表位。结论：两种预测方法结果的一致性较好。所预测的35个肿瘤抗原HLA-A2限制性CTL表位经实验筛选，鉴定后，可望用于新型肝癌治疗性多肽疫苗的设计研究。为临床肝癌特异性治疗奠定基础。     

轮状病毒结构蛋白VP6 HLA-A*0201限制性CTL表位的初步鉴定

目的预测并初步鉴定轮状病毒Wa株结构蛋白VP6 HLA-A*0201限制性CTL表位,为轮状病毒免疫保护机制研究及疫苗的研制奠定基础.方法应用表位亲和力预测软件SYFPEITHI及蛋白酶切位点预测软件PAProc和Fragpredict相结合预测VP6 HLA-A*0201限制性CTL表位;用分子模拟对候选肽作进一步筛选;标准Fmoc方案合成候选肽,RP-HPLC纯化、分析,质谱进行鉴定;最后用T2细胞株测定候选肽与HLA-A*0201分子的亲和力及稳定性.结果结合SYFPEITHI、蛋白酶切位点预测结果及分子模建结果,选择分值最高同时在C-末端含有蛋白酶切位点的4条肽作为候选表位肽;标准Fmoc方案合成的各肽纯度均大于95%,质谱检测结果表明,各肽的相对分子质量与理论值基本一致;在候选的4条表位肽中,TLLANVTAV(340-348)和VLADANETL(333-341)与HLA-A*0201呈高亲和力结合,荧光系数(flurorescene index,FI)分别为2.66和2.64,同时肽-HLA-A*0201复合物半数解离时间(dissociation complex50,DC50)均大于8 h.结论TLLANVTAV(340-348)和VLADANETL(333-341)为潜在的HLA-A*0201限制性CTL表位.     

MUC4 HLA-A*0201限制性CTL表位的预测及结合力分析

目的：寻找并鉴定MUC4 HLA-A^＊0201限制性细胞毒性T细胞（CTL）表位.方法：结合2种常用表位预测数据库（SYFPEITHI和ProPred-I）和工具,应用多种参数和方法进行综合分析,包括MHC结合力、蛋白酶体切割位点等综合预测方法.预测得到的抗原表位合成相应抗原肽.用T2细胞株测定各肽与HLA-A^＊0201分子的亲和力.结果：综合分析预测得到HLA-A^＊0201的5个可能表位;合成抗原肽经纯化后纯度＞95%;在5个候选表位肽中,LLLGVGTFV（u25-33）和LLGVGTFVV（1126-34）2个九肽与HLA-A^＊0201的结合力较强.结论：多参数表位预测结果和结合力分析实验结果一致性较好,两者联合应用初步认为LLLGVGTFV（1125-33）和LLGVGTFVV（1126-34）2个九肽为MUC4 HLA-A^＊0201限制性CTL表位的可能性最大.     

肿瘤抗原MAGE-n HLA-A2限制性细胞毒性T细胞表位的预测及合成鉴定

目的　采用表位重建技术 ,对预测MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位结合活性进行研究。方法　用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式法结合的预测方法 ,筛选新的MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位作为候选表位。对预测的抗原表位进行多肽合成 ,并用HPLC进行纯化 ,质谱法 (MS)鉴定。候选表位与HLA A2位点的亲和力及结合稳定性用竞争结合抑制实验、T2结合稳定性实验及MHC 肽复合体稳定性实验测定。结果　用表位预测法筛选MAGE n抗原 5个HLA A2限制性CTL表位为候选表位。QLVFGIEVV(15 9 16 7)、IMPKTGFLI(195 2 0 3)和FLIIVLVMI(2 0 1 2 0 9) 3个表位具有较高的HLA A2结合力 (IC50 <15 μM)和结合稳定性 (DT5 0 >6h) ,可作为MAGE n抗原HLA A2限制性CTL候选表位进行进一步研究。结论　表位预测结合表位重建方法可提高肿瘤抗原CTL表位研究的效率。MAGE n抗原HLA A2限制性CTL表位经免疫学鉴定后 ,可望用于新型肝癌治疗性多肽疫苗的设计研究 ,为临床肝癌特异性治疗奠定基础。     

肿瘤抗原MAGE-2 HLA-A2限制性新CTL表位的鉴定

目的：寻求新的HLA-A2限制性肿瘤抗原MAGE-2 CTL表位。方法：经超基序与量公基序相结合预测的肿瘤抗原MA-GE-2的4个表位作为研究对象，标准的^51Cr实验与肽结合实验相结合进行验证。结果：预测表位肽MAGE-2220-228，MAGE-2271-279经体外刺激PBMC后可有效的诱导CTL效应产生，当效/靶为100：1时溶破靶细胞效率分别为74.4％，68.2％。HLA-A2分子亲和力分析，荧光系数分别为0.61、0.24阳性肽荧光系数为0.79。结论：多肽MAGE-2 220-228可作为新的HLA-A2限制性CTL表位。     

SARS冠状病毒E蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的预测SARS冠状病毒E蛋白的HLA-A·0201限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位.方法联合应用超基序法和量化矩阵法.结果预测出13个九肽CTL表位.结论通过对SARS冠状病毒E蛋白抗原CTL表位进行预测,从而为SARS冠状病毒E蛋白CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索,为认识CTL介导的细胞免疫机制以及基于CTL表位的疫苗研制提供了基础资料.     

肿瘤血管内皮抗原TEM8的HLA-2.1限制性低亲和性CTL表位预测及改造分析

目的初步筛选肿瘤血管内皮标志物8(tumor endothelial marker 8, TEM 8) HLA-A2.1限制性低亲和性CTL表位,并预测修饰后的表位与HLA-A2.1之间亲和性的变化.方法采用超基序、3D-QSAR、蛋白酶解预测等相结合的办法筛选HLA-A2.1限制性低亲和性CTL表位,并通过氨基酸置换适当修饰,最后对部分候选的多肽进行分子动力学模拟.结果筛选出8个低亲和性CTL候选表位,经修饰后的表位与HLA-A2.1之间的亲和性均有不同程度的提高.结论初步预测和修饰的表位系列可为下一步实验提供了依据.     

穿膜序列对MHC-Ⅰ类限制性CTL表位呈递影响的研究

目的:从时间依赖性抗原呈递动力学的角度研究穿膜序列(CPP)对MHC-Ⅰ类限制性CTL表位呈递的影响.方法:应用多肽固相合成技术,分别合成含CPP与H-2Kb限制性CTL表位OVA257-264的融合多肽,同时合成该表位N、C端自然延伸的抗原肽和无关对照肽.采用流式细胞仪(FACS)分析技术,检测抗原呈递细胞(APC)在不同时相点对上述各抗原肽进行MHC-Ⅰ类呈递的情况.结果:与不含CPP的抗原肽相比,含CPP的抗原肽中的CTL表位更易进入APC内MHC-Ⅰ类呈递途径,表现为呈递所需时间明显缩短(P<0.05),且同一时相点的呈递强度显著增加(P<0.05).结论:在外源性抗原肽中引入穿膜序列可明显促进其MHC-Ⅰ类限制性CTL表位的呈递效率,从而有效增强外源性抗原肽的免疫原性.     

丙型肝炎病毒HLA-A＊0201限制性CTL表位免疫学效应研究

目的：研究前期实验鉴定的2条丙型肝炎病毒HLA-A＊0201限制性CTL（活化的CD8＋T细胞）表位的体内外免疫学效应。方法：采用丙型肝炎病毒HLA-A＊0201限制性CTL表位肽C_181（LLSCLTTPV）和NS2_172（VLQAGLIRV）分别体外刺激HLA-A＊0201阳性健康志愿者外周血单个核细胞（PBMCs）和免疫HLA-A＊0201转基因小鼠,采用酶联免疫斑点实验（ELISPOT）和细胞内细胞因子染色（ICS）/流式细胞术检测表位肽特异性CD8＋T细胞的水平。结果：C_181和NS2_172诱导HLA-A＊0201阳性PBMCs产生了高水平的肽特异性分泌IFN-γ的细胞和肽特异性IFN-γ＋CD8＋T细胞;在C_181和NS2_172免疫的HLA-A＊0201转基因小鼠脾细胞中检测到了肽特异性分泌IFN-γ的细胞和肽特异性IFN-γ＋CD8＋T细胞。结论：C_181和NS2_172具有较好免疫学效应,有望用于研发CTL表位肽疫苗。     

MAGE-12的HLA-A2限制性细胞毒性T淋巴细胞表位肽的预测及其三维结构构建

[目的]从理论上分析预测肿瘤抗原MAGE- 12(melanoma antigen- 12)的HLA-A2(histocompatility leukocyte antigen-A2)限制性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位肽并构建其三维结构.[方法]以肿瘤特异性抗原MAGE-12为研究目标,采用超基序法、量化基序法、多项式法、延展基序法与三维结构构建相结合的CTL表位预测方法.[结果]预测出的MAGE-12的表位中有4个符合HLA-A2限制性CTL表位要求.[结论]预测出的4个HLA-A2限制性CTL表位为MAGE-12的表位的可能性较大,经后续实验筛选、鉴定后,可用于基于MAGE-12的肿瘤治疗性多肽疫苗的设计研究.     

人宫颈癌基因蛋白B细胞表位及其HLA限制性细胞毒性T细胞表位预测分析

目的:预测人宫颈癌基因(human cervical cancer oncogene,HCCR)蛋白的二级结构,B细胞表位及其HLA-A,B限制性细胞毒性T细胞表位.方法:综合分析二级结构、亲水性、柔韧性、表面可及性与抗原性指数,预测HCCR蛋白的B细胞抗原表位;利用BIMAS,SYFPEITHI和NetCTL方法预测分析其HLA-A*0201限制性CTL表位,运用NetCTL方法对HLA-A的其他等位基因和HLA-B限制性CTL表位进行预测分析.结果:HCCR蛋白的二级结构主要由α-螺旋结构组成,B细胞优势表位位于N端第41～53,216～228,310～325和355～360区段;预测得到5个HLA-A*0201限制性CTL优势表位分别为YLVFLLMYL(152～160),YLFPRQLLI(159～167),LLLHNVVLL(343～351),CLFLGIISI(138～146)和SIPPFANYL(145～153),HCCR蛋白HLA-A,B限制CTL表位主要位于胞外区.结论:应用多参数预测HCCR蛋白B细胞表位及其HLA-A,B限制性细胞毒性T细胞表位,为进一步实验鉴定其表位进而制备单克隆抗体和基于HCCR抗原的肿瘤免疫学治疗奠定了基础.     

HLA-A* 0201限制性GPC3表位肽的初步预测与筛选

目的:筛选HLA-A*0201限制性GPC3优势表位肽,为肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)特异性的免疫细胞治疗提供新的靶标。方法:通过表位预测网站初步筛选HLA-A*0201限制性GPC3表位肽,T2细胞结合实验筛选优势表位肽。结果:通过三大常用的表位预测网站,共筛选了13个评分较高的表位肽,化学合成表位肽,采用T2细胞结合实验显示,有4个表位肽与HLA-A2呈现较高亲和力。结论:抗原表位预测网站结合T2细胞结合实验能初步筛选亲和力较高的HLA-A*0201限制性GPC3表位肽,可能用于HCC特异性CTL治疗的候选标靶。