基于多重PCR和第二代高通量测序技术快速检测下呼吸道感染病原微生物方法的建立和应用

目的针对引起下呼吸道感染的20种常见病原微生物,建立一种基于多重PCR和第二代高通量测序技术的快速、高通量检测方法 AC-seq。方法经生物信息学分析,设计20种下呼吸道感染常见病原微生物特异性引物并通过PCR评估引物的敏感性和特异性。建立可进行第二代高通量测序技术的多重PCR扩增体系。采集34例临床肺泡灌洗液标本,对检测方法进行初步测试,并与临床培养结果进行对比评估检测效果。结果所有引物均具有良好的敏感性和特异性。在临床标本检测中AC-seq共检出13种病原微生物,培养法检出8种;AC-seq检测阳性率为79.41%,培养法为32.35%,差异有统计学意义(P0.05)。AC-seq检测灵敏度为100%,与培养法的一致率为50%。检测时间比培养法缩短至少1d。结论基于多重PCR和第二代高通量测序技术,成功建立了一种检测下呼吸道感染20种常见病原微生物的快速、高通量的方法。     

高通量测序技术在脓毒症病原微生物检测中的价值

脓毒症是急危重症医学面临的重要临床问题,发病率、病死率居高不下,早期病原微生物诊断对尽早实施目标治疗、降低病死率至关重要。目前的病原微生物检测技术在及时性和准确性等方面仍有欠缺。高通量测序技术一定程度上能够克服传统病原学检测技术的缺点,并正在逐步应用于临床,但目前仍存在一系列问题。本文将对该技术在脓毒症病原微生物检测中的价值及其优缺点作一综述。     

病原宏基因组高通量测序中无菌部位临床标本的处理办法

病原宏基因组高通量测序(mNGs)不依赖于传统的微生物培养,直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,具有无偏倚、广覆盖、快速等优点.检测临床样本中的较多病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫),在重症感染领域,特别是疑难、罕见病导致的重症感染中发挥了关键作用.然而,感染性的临床样本多种多样,样本前处理及核酸提取方法并没...     

宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识

宏基因组高通量测序技术通过对临床样本中微生物和宿主核酸的测序分析,可以无偏倚地检测多种病原微生物,正在逐渐应用于临床感染性疾病病原检测,然而业界对该技术的临床适应证、实验流程、质量管理、性能验证和报告解读等方面仍有困惑。中华医学会检验医学分会临床微生物学组、中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组、中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会组织专家对上述问题进行了讨论并撰写了专家共识,对一些关键问题给出了推荐意见和处理方法,希望有益于业界的良性互动,促进该技术规范和发展,为临床抗感染诊治提供帮助。     

蛋白质组学在病原微生物基因功能研究中的应用

病原微生物，尤其是新病原微生物的出现及一些病原微生物的抗药性，使感染性疾病成为危害人类健康的大敌。目前已完成302个（不包括病毒）微生物基因组测序，还有573个重要微生物基因组在测序中，而病原微生物基因组的研究是全基因组测序的重要组成部分，多种重要病原微生物包括流感嗜血杆菌（Hemophilus influenzae）、     

妊娠期阴道微生物组研究进展

人类微生物组是指存在于人体体表和体内的微生物群落。随着测序技术的发展,目前正在研究微生物组的全部基因组成和序列。宏基因组学研究发现,育龄期妇女阴道微生物组的组成有个体差异,在妊娠期,阴道微生物组也会随着激素水平的变化而发生变化。妊娠期并发症如先兆子痫、早产等也和微生物组失调有关。文章对妊娠期阴道微生物组发生的改变及微生物组失调对主要妊娠期并发症的影响及高通量测序技术在阴道微生物组学研究中的应用进行综述。     

血流感染病原微生物诊断技术的研究与应用

血流感染(BSI)是指病原微生物侵入血液循环并在体内繁殖的一种全身感染性疾病。近年来因其高发病率及病死率而受到越来越多的关注,如何实现BSI致病菌的快速检测及其药敏结果的准确回报,是长期困扰临床的问题。血培养是诊断BSI病原微生物的"金标准",但其阳性率低且结果报告周期长,因此需探索新的技术以弥补此缺陷。近年来,微生物多种诊断技术,如阳性报警时间、核酸杂交技术、核酸扩增技术、质谱检测技术、基因芯片和测序技术等逐步从研究阶段走向BSI病原微生物诊断的临床应用阶段。本文旨在对BSI病原微生物基于全血标本和基于血培养的检测技术进行综述,为BSI病原微生物快速诊断和治疗提供方法学依据。     

高通量测序在中草药研究中的应用

高通量测序技术,也被称为“下一代”测序技术,它能够一次对几十万到数百万条分子同时进行测序,是对传统测序的一次革命性改变,具有里程碑式的意义［1］。高通量测序经过数年的发展,已经成为一项较为成熟的研究手段,在转录组测序,基因甲基化,宏基因测序,基因组拼接,micro‐RNA 测序等方面极大地促进了中草药基因的研究发展,对传统中草药进行高通量测序研究,可以从整体水平上了解目标物种的功能基因概况,明确活性成分的代谢通路,为中草药研究奠定分子生物学基础,为传统中草药理论提供现代生物学阐释。本文对高通量测序技术在中草药研究中的应用综述如下。     

二代测序与重症感染的病原学诊断：路漫漫且修远

早期适当的抗生素治疗是降低重症感染患者病死率的关键,而正确鉴别病原微生物则是恰当的抗生素治疗的前提条件。然而,对于病原微生物的检测而言,绝大多数传统微生物学方法具有一定的目标性或指向性。当临床医生怀疑多种病原微生物并存时,可能需要同时进行多种微生物学的检查。近年来,二代测序（NGS）技术被应用于某些特殊病原微生物感染的诊治中。然而,作为一种新的实验室诊断技术,现有证据尚不足以支持NGS在临床上的常规应用。     

临床宏基因组测序中正常有菌部位临床标本的处理办法

病原宏基因组高通量测序(mNGS)能覆盖较大范围的病原体,病毒、细菌、真菌、寄生虫都能被同时检测,不论临床样本培养成功与否,只要含有可检测到的DNA或RNA即可.各专家共识中指出各部位感染均具有一定的临床价值,要结合不同标本类型与检出病原微生物的种类进行解读.虽然无菌部位标本的诊断价值优于正常有菌部位,但是正常有菌部位...