IL-18基因启动子单核苷酸多态性及血清水平与宫颈癌相关性

目的 研究细胞因子白介素-18(IL-18)基因多态性位点以及相应血清IL-18含量与宫颈癌(cervical cancer,CC)的相关性.方法 选择50例宫颈癌患者和50例健康对照作为研究对象,采集外周静脉血,用直接测序法对IL-18基因启动子区rs5744224、rs1946519、rs1946518、rs5744225、rs5744226等5个SNP位点的多态性进行检测,并用双抗体夹心酶联免疫吸附实验(ELISA)法检测血清IL-18含量.结果 ①5个SNP中有rs1946519(T/G)、rs1946518(A/C)2个SNP位点呈多态性并有连锁关系,以三种基因型存在:TT-AA、GG-CC、TG-AC.患者组3种基凶型频率分别为56％(28/50)、10％(5/50)、34％(17/50),对照组3种基因型频率分别18％(9/50)、34％(17/50)、48％(17/50).两组研究对象基因型的分布频率差异有统计学意义(x2=17.497,P=0.000).宫颈癌患者与对照组之间等位基因T(A)、G(C)频率差异有统计学意义(x2=19.662,P=0.000).②采用析因设计方差分析,结果显示两组之间血清IL-18平均浓度比较差异有统计学意义(F=14.445,P=0.000);按照2个SNP位点TT-AA、GG-CC、TG-AC三个基因型分为3组,3组的血清IL-18平均浓度差异有统计学意义(F=11.307,P=0.000);宫颈癌患病与否与不同IL-18基因型之间交互效应显著(P=4.223,P=0.018).结论 IL-18基因启动子位点多态性及其血清含量都与宫颈癌相关,rs1946519、rs1946518两个SNP位点多态性影响可能是控制宫颈癌发生发展的重要遗传因素.     

复杂性疾病遗传研究中Tag SNP的筛选及其潜在功能预测

利用公共数据库筛选与复杂性疾病相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).运用FastSNP、SNP Function Prediction、F-SNP等多种SNP功能预测软件筛选有潜在功能的SNPs;通过HapMap等数据库筛选Tag SNP;综合比较各软件结果.以IGFBP 7基因为例,筛选转录因子结合位点SNPs 11个,内含子增强子31个,内含子增强子和转录因子结合位点4个,剪接位点1个,共47个SNPs.     

IL-18基因多态性与首发精神分裂症患者的临床精神症状的相关性

目的探讨白介素-18(interleukin-18,IL-18)基因rs1946518多态性是否是首发精神分裂症的易感基因位点,并进一步检测其是否影响精神分裂症患者的临床症状。方法招募首发精神分裂症患者348例和健康对照者419名,临床症状采用阳性与阴性症状量表(postive and negative syndrome scale,PANSS)进行评估,采用TaqMan SNP方法对IL-18基因rs1946518多态性进行基因分型为GG、GT、TT。制定CRF表,收集一般人口学和临床数据。结果 IL-18基因rs1946518位点基因型和等位基因的频率分布在首发精神分裂症患者与健康对照组间无显著性差异(χ~2=1.60,df=2,P=0.45;χ~2=0.73,df=1,P=0.39)。首发精神分裂症组按IL-18基因rs1946518位点的基因型进行分组分析:阳性症状(F=5.57,P=0.004)和临床症状总分(F=4.57,P=0.01)在组间出现显著差异。结论 IL-18基因rs1946518位点可能不参与首发精神分裂症的发病,但它影响首发精神分裂症患者的临床精神症状,尤其阳性症状。     

宫颈癌高发人群BLCAP基因单核苷酸多态性检测

目的:检测人膀胱癌相关蛋白(BLCAP)基因编码区及调控区的单核苷酸多态性(SNPs),并初步探讨其可能对人BLCAP基因功能的影响以及与宫颈癌发病易感性的关系。方法:采用病例对照研究、直接测序及动态等位基因杂交(DASH)技术检测该基因的7个SNP位点其中包括调控区5个、编码区2个,以确定人群中BLCAP基因SNP的类型。结果:位于BLCAP基因下游调控区的SNPrs3795147位点基因型频率和等位基因频率在癌症组和正常对照组间差异有显著性,其中基因型AA和AC的相对危险度分别为33.333和3.761。结论:BLCAP基因可能与宫颈癌发生的易感性密切相关。     

GSTM1基因编码区SNP位点T1270533G与鼻咽癌的相关性

目的 通过筛查GSTM1基因SNPs位点,研究该基因编码区单核苷酸多态位点T1270533G与鼻咽癌易感性和临床表型的关系.方法 用PCR方法对中国人群27个个体DNA标本进行扩增、纯化及测序,从中获得GSTM1编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区SNP位点,所获数据进行LD分析.选择编码区多态性位点T1270533G(该位点在中国人群罕见等位基因频率为22.2%),用tetra-PrimerARMS-PCR结合测序方法对鼻咽癌患者和对照人群进行相关性分析.结果 通过测序共获取29个SNPs;其中13个SNPs位点之间均呈高度连锁不平衡;编码区多态性位点T1270533G的变异与鼻咽癌临床表型之间无明显关联(RR=0.170,95%CI=0.95-0.306 for homozygote TT).结论 编码区多态位点T1270533G虽然发生了碱基颠换,产生了错义突变,导致了氨基酸的改变,但并没有影响其解毒功能.该位点在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联.     

NPEPPS基因在强直性脊柱炎发病机制中的功能基因组学分析

目的：探讨NPEPPS基因的单个核苷酸多态性（SNP）位点对该基因表达及在强直性脊柱炎（AS）发病机制中的调控作用。方法：选取温州医科大学附属第一医院风湿免疫科收治的54例AS患者（AS组）与78例健康对照者（对照组）的外周血单个核细胞（PBMC）,提取DNA和RNA,分别用Illumina平台进行SNP微阵列的基因定型检测和RNA测序。用PLINK提取包含NPEPPS的染色体区域的SNPs,用IMPUTE2进行缺失基因型的补缺,用PLINK计算免疫芯片的基因型。将RNA测序获得的read定位比对到人类基因组,产生每个基因的read计数,根据参考转录组计算不同转录本的表达水平,用DESeq2进行组间比较,并与基因型进行回归分析,对该SNPs和附近1 MB范围内的基因进行eQTL分析。结果：SNP rs9901869位点不管是纯合等位基因还是杂合等位基因,AS组NPEPPS表达与对照组间差异无统计学意义（P＞0.05）;AS组与对照组中不同的转录本的表达水平各不相同,其中TCONS_00206150、TCONS_00206153和TCONS_00206137的表达水平差异有统计学意义（P＜0.05）;AS组与对照组中SNP rs9901869不同基因型所对应的NPEPSS基因及其转录本的表达水平各不相同,其中部分转录本的表达水平差异有统计学意义（P＜0.05）;AS组与对照组中NPEPPS基因及其转录本的表达水平也因SNP rs9901869附近SNP rs180677251基因型的不同而差异有统计学意义（P＜0.05）。结论：NPEPPS基因位点多态性影响了NPEPPS的表达水平,可能与AS发病之间有一定的相关性。     

IL-17基因启动子区单核苷酸多态性与儿童哮喘的关系

目的探讨IL-17基因启动子区单核苷酸多态性（SNP）与儿童哮喘及患儿血清总IgE水平之间的关系。方法提取287例哮喘患儿和217例健康儿童外周血基因组DNA,采用PCR-LDR技术检测了IL-17基因启动子区的4个SNPs位点（rs4711998、rs8193036、rs3819024和rs2275913）,与GenBank公布的IL-17基因序列（NT₀07952.15 GI:224514668）比较,分析其在两组儿童中的基因型及等位基因频率的分布,以及哮喘患儿血清总IgE水平及其在不同基因型中的差异。结果两组rs4711998位点基因型分布差异有统计学意义（P=0.03）,哮喘组GG纯合子基因频率为9.6%,明显高于健康对照儿童组（4.1%）;rs8193036、rs3819024、rs2275913三个SNP位点的基因型分布在两组间差异无统计学意义。哮喘组血清总IgE水平在4个SNP位点基因型间的分布差异均无统计学意义。结论 IL-17基因启动子区SNP rs4711998可能是儿童哮喘易感位点,其中rs4711998 GG纯合子基因型与哮喘发病密切相关。     

白细胞介素18基因多态性与不明原因复发性流产的关系

目的：探讨人白细胞介素18（IL-18）基因位点多态性与不明原因复发性流产（URSA）的关系。方法：选取207例URSA患者和144例健康妊娠妇女进行研究。通过PCR联合DNA测序技术分析两组人群IL-18基因rs187238（-137G/C）、rs360718（-119A/C）、rs360717（-105G/A）位点多态性分布情况。 结果：URSA组rs187238（-137G/C）位点GG、GC+CC 基因型分布频率分别为77.3%、22.7%,与对照组GG、GC+CC 基因型分布频率（95.8%、4.2%） 比较, 差异有统计学意义（χ2=22.767, P<0.001） ;URSA组rs187238（-137G/C）位点C 等位基因频率为13.04%, 与对照组C 等位基因频率2.1%比较,差异亦有统计学意义（χ2=26.102,P <0.001） ;等位基因频率相对风险率分析发现,C等位基因携带者其自然流产的风险是G等位基因携带者的7.050倍（OR=7.050,95%CI: 2.990 ～16.622） 。rs360718、rs360717位点基因型分布与对照组差异均无统计学意义（χ2=1.497、0.858,P=0.221、0.354）;两组间rs360718、rs360717位点等位基因分布频率的差异亦均无统计学意义（均P>0.05）。 结论：IL-18基因启动子rs187238（-137G/C）位点GC+CC基因型可能是复发性流产易感基因型, C等位基因可能是URSA发病的遗传易感基因之一;IL-18 基因rs360718、rs360717 位点多态性与URSA可能无相关性。     

PLUNC基因编码区单核苷酸多态位点G14595T与鼻咽癌的相关研究

目的检查腭、肺及鼻咽上皮克隆（PLUNC）基因编码区单核苷酸多态（SNP）位点G14595T与广东地区鼻咽癌易感性有无明显关联。方法用直接测序的方法检测基因编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区,确定SNP位置和类型。用聚合酶链式反应一限制性酶切片段长度多态性（PER-RFLP）结合测序方法对编码区多态性位点G14595T在广东地区239例鼻咽癌患者和286例对照人群中进行相关性分析。结果通过测序共获取9个SNP;其中8个SNP位点之间均呈高度连锁不平衡;3个SNP位点可以作为htSNP;编码区多态位点G14595T在239例鼻咽癌患者和286例对照人群中等位基因型频率差别很小。结论PLUNC基因编码区多态位点G14595T在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,这说明该位点与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联。     

中国人群pitx3基因多态性与晚发散发性帕金森病的相关研究

目的分析pitx3基因多态性与晚发散发性帕金森病的遗传关联。方法使用连接酶检测反应(LDR)法,分析509例晚发散发性帕金森病(Parkinson's disease,PD)患者和494例正常对照者中pitx3基因单核苷酸多态性(SNPs)位点rs2281983、rs4919621和rs3758549。随机选取10%样品直接测序进行验证。结果 pitx3基因SNP位点rs2281983、rs4919621和rs3758549的基因频率在晚发散发性帕金森病患者和正常对照组间差异无统计学意义。3个SNP位点与晚发散发性PD无关联。结论中国人群中,pitx3不是晚发散发性帕金森病的易感因素。     

IL-18单核苷酸多态性rs1946519和rs360718与宫颈癌的关系

目的 探讨IL-18基因单核苷酸多态性rs1946519和rs360718与宫颈癌关系,为研究宫颈癌患病风险奠定基础.方法 常规方法对107例原发性宫颈癌患者和80名正常人群外周血进行基因组DNA抽提,并自行设计引物和探针,用等位基因特异性杂交技术对IL-18基因rs360718和rs1946519位点进行TaqMan探针荧光定量PCR分型,应用x2检验统计分析病例组和对照组等位基因频率、等位基因型频率及其患病风险.结果 宫颈癌患者组与对照组IL-18 rs360718TT和GT基因型频率及其G和T等位基因频率比较无显著性差异(P＞0.05);而宫颈癌患者组与对照组IL-18 rs1946519AA、AC和CC基因型频率及A和C等位基因频率差异显著(P＜0.05),AC和CC基因型及C等位基因的患病风险分别为2.883,2.750和1.611.宫颈癌与正常人群中IL-18 rs1946519和rs360718位点有6种基因型,比较发现AC TT基因型频率较正常对照组高,有显著性差异(P＜0.05).结论 IL-18 rs360718等位基因变异与宫颈癌的易感性无关;IL-18rs1946519与宫颈癌的发生有密切关系,具有AC TT基因型的人发生宫颈癌的危险性相对较高.     

DNA混合池技术全基因组关联研究筛查主动脉夹层易感基因的研究

目的筛选主动脉夹层发病机制相关的遗传易感基因。方法选取主动脉夹层患者为病例组(150例),按照性别、年龄、是否吸烟、合并高血压、糖尿病情况与病例组匹配的原则入选排除主动脉夹层、重大心血管疾病及肿瘤的志愿者为对照组(250例),均从外周血提取基因组DNA,采用DNA混合池技术为基础的IlluminaHuman660W-Quad芯片扫描,筛选主动脉夹层发病相关的遗传易感基因。结果对照组女性数量明显多于病例组(P<0.01);在年龄、吸烟、高血压、糖尿病人数方面差异均无统计学意义(P>0.05)。根据芯片扫描结果 ,挑选silhouettewidth计算值大于0.7,最小等位基因频率(MAF)大于0.05,且SNPs位于已知名称基因上的前5个SNPs位点。结果发现,遗传变异位点SNPrs2970873(位于PPARGC1A基因)、SNPrs12678080(位于SGCZ基因)、SNPrs489526(位于UNC13C基因)、SNPrs6928665(位于TRAM2基因)和SNPrs17837003(位于ACCN1基因上)可能与主动脉夹层的发病机制有关。结论 SNPsrs2970873、rs12678080、rs489526、rs6928665和rs17837003可能与主动脉夹层发病机制相关。     

蛋白激酶Cξ亚型基因内SNP功能分析

目的对中国北方汉族人群2型糖尿病易感基因蛋白激酶Cξ亚型(PRKCZ)基因内的5个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphismSNP)标记在疾病发生中的作用进行分析。方法通过生物信息学比对及报告基因活性测定等方法分析PRKCZ基因内5个SNP位点对基因表达的影响。结果PRKCZ基因中rs427811和rs809912位点两种等位基因重组质粒报告基因活性存在明显差异,提示这两个位点可能影响PRKCZ基因表达。结论PRKCZ基因中两个SNP位点可能通过影响基因的表达水平而在中国人2型糖尿病发生中发挥作用。     

蛋白激酶Cξ亚型基因为SNP功能分析

目的：对中国北方汉族人群2型糖尿病易感基因蛋白激酶Cξ亚型（PRKCZ）基因的5个单核苷酸多态性（single nucletide polymorhism,SNP)标记在疾病发生中的作用进行分析。方法：通过生物信息化比对及报告基因活测定等方法分析PRKCZ基因内5个SNP位点对基因表达的影响。结果：PRKCZ基因中rs427811和rs809912位点两种等基因重组质粒报告基因活性存在明显差异,提示这两个位点可能影响PRKCZ基因表达,结论：PRKCZ基因中两个SNP位点可能通过影响基因的表达水平而在中国人2型糖尿病发生中发挥作用。     

宫颈癌候选抑癌基因的单核苷酸多态性

目的 :检测人膀胱癌相关蛋白 (BLACP)基因调控区的单核苷酸多态性 (SNP)及其基因型在宫颈癌高发区———湖北省五峰县土家族人群中的分布情况 ,并分析其不同基因型与原发性宫颈癌的相关性。方法 :采用病例 对照研究方法及动态等位基因杂交 (DASH)技术 ,对 30例原发性宫颈癌患者和 6 0例正常人BLACP基因调控区的 2个单核苷酸多态性 (SNP)位点进行检测。结果 :位于BLACP基因下游调控区的SNPrs3795 14 7位点存在AA、AC和CC 3种基因型 ,且与宫颈癌发病存在显著相关性 ,其中基因型CC和AC的相对危险度分别为 33.333和 3.76 1;位于BLACP基因上游调控区的SNPrs3795 14 8位点存在CC、CT和TT3种基因型 ,但其等位基因型频率和等位基因频率在宫颈癌患者与正常人群之间无明显差异。结论 :BLACP基因上SNP位点型别的不同 ,可能导致了个体对宫颈癌的易感性不同。     

FOXO1基因多态性与2型糖尿病易感性的关联性分析

摘 要］ 目的：探讨中国北方汉族人群叉头转录因子O1(FOXO1)基因多态性与2型糖尿病（T2DM）易感性的关系,阐明FOXO1基因与T2DM的关联性。方法：采用病例-对照研究设计,选取190例T2DM患者为病例组,193例健康人为对照组。应用基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析技术（MALDI-TOF-MS）检测FOXO1基因上rs2755213、rs2701880和rs10507486位点的多态性。结果：病例组和对照组rs2701880、rs2755213和rs10507486位点的等位基因和基因型频数分布差异均无统计学意义（P>0.05）;3个位点组成的3种单倍型rs2755213-rs2701880、rs2701880-rs10507486、rs2755213-rs2701880-rs10507486在病例组和对照组中的分布差异均无统计学意义（P>0.05）。结论：未发现FOXO1基因rs2755213、rs2701880和rs10507486多态性与中国北方汉族人群T2DM的易感性存在关联。
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PLA2G4C基因多态性与北方汉族儿童孤独症谱系障碍的关联性分析

目的：研究PLA2G4C基因单核苷酸多态性（SNPs）与北方汉族儿童孤独症谱系障碍（ASD）的关联性,探讨PLA2G4C基因是否为北方汉族儿童ASD的易感基因。方法：共纳入85例ASD患儿和183名健康儿童,选取5个SNPs位点（rs9226、rs1045376、rs251684、rs2307279和rs156631）,采用Sequenom Mass ARRAY系统进行基因型检测,通过在线SNPStats分析程序进行各位点Hardy-Weinberg（H-W）平衡定律检验,分析基因型及等位基因频数分布、各位点遗传模型与ASD的关联和单体型与ASD的关联。结果：病例组和对照组PLA2G4C基因5个位点基因型频数分布均符合H-W平衡定律（P>0.05）;病例组和对照组基因型及等位基因频数分布差异无统计学意义（P>0.05）;遗传模型分析,各位点SNPs与ASD无关联（P>0.05）,rs251684、rs2307279和rs156631位点组成的各个单体型与ASD之间无关联（P>0.05）。结论：PLA2G4C可能不是北方汉族儿童ASD的易感基因。     

新疆维吾尔族、汉族人群TIM-3启动子区rs10053538与过敏性鼻炎的相关性

目的 探讨新疆维吾尔族、汉族TIM-3基因的单核苷酸多态性位点rs10053538的多态性及其与过敏性鼻炎的关系.方法 采用SNaPshot SNP分型技术检测新疆地区维、汉族正常及过敏性鼻炎各150例TIM-3启动子区rs10053538的单核苷酸多态性,计算基因型和等位基因频率.结果 新疆地区维吾尔族、汉族正常人群TIM-3基因启动子区rs10053538位点基因型及其频率TT、TG、GG分别为0.86、0.13、0.01及0.89、0.1、0.01,过敏性鼻炎组的频率分别为0.86、0.14、0及0.87、0.13、0,其基因型和等位基因频率均与对照组差异无统计学意义(P值>0.05).结论 新疆维吾尔族、汉族人群TIM-3基因启动子区rs10053538与过敏性鼻炎之间不存在相关性.