基于网络药理学研究丹参干预心力衰竭作用机制

目的 基于网络药理学方法阐明丹参干预心力衰竭的主要活性成分、作用靶点及信号通路,揭示其作用机制.方法 依据中药系统药理学分析平台(TCMSP)挖掘丹参的活性成分与对应靶点,以药动学参数(生物利用度OB≥30％、类药性DL≥0.18、半衰期HL≥4)为条件进行筛选;运用CTD、TTD、Drugbank等数据库收集与疾病相...     

基于网络药理学研究金银花对糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学方法阐明金银花治疗糖尿病主要活性成分、作用靶点,揭示其潜在作用机制.方法 依据中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)挖掘金银花的活性成分与对...     

基于网络药理学的黄芪抗心力衰竭作用机制

目的 基于网络药理学研究黄芪抗心力衰竭的作用机制。方法 采用活性成分筛选与靶点预测技术,结合生物信息学手段,预测黄芪抗心力衰竭的潜在作用靶点,并进行信号通路分析,从而探讨其治疗心力衰竭的分子机制。结果 在TCMSP数据中搜索筛选得到20个相应黄芪化学成分,同时利用靶点预测技术共筛选出相关靶点121个。同时在疾病基因数据库检索得到10 962个与心力衰竭发生、发展有关的已知靶点基因,利用string数据库和Cytoscape软件中的网络拓扑分析共筛选获取关键靶点8个。GO富集分析显示,黄芪可通过参与细胞能量代谢、血管内环境变化、神经活性配受体作用、激素活性等10个生物功能的PI3K/AKT、p38丝裂原活化蛋白激酶(p38MAPK)和MAPK/NF-κB等10条关键信号通路发挥抗心力衰竭的作用。结论 中药黄芪抗心力衰竭的作用具有多成分、多靶点、协同作用的特点。     

基于网络药理学研究金银花在盆腔炎性疾病中的作用机制

目的：通过网络药理学方法研究金银花对于盆腔炎性疾病的有效活性成分、靶点和潜在分子机制。方法：TCMSP数据库筛选金银花的活性成分及作用靶点,GeneCards数据库检索出盆腔炎性疾病靶点,通过Drugbank和Uniprot数据库将靶点标准化后取交集;Cytoscape 3.9.0构建药物—成分—靶点网络,交集基因建立蛋白质相互作用网络,利用MCODE和Metascape数据库分析核心靶点基因,通过Metascape数据库对相关靶点GO生物富集分析和KEGG通路分析,体外测金银花对金黄色葡萄球菌的最小抑菌浓度。结果：筛选到金银花119个有效靶点和盆腔炎性疾病相关的疾病靶点1 038个,两者共同靶点有62个;PPI网络中核心基因有APP、NTRK1、TP53、EGFR、ESR1。GO富集分析主要涉及丝氨酸水解酶活性、磷酸酶的结合、丝氨酸肽链内切酶活性、蛋白酶结合;KEGG通路富集分析结果显示,共同靶点可通过细胞流体切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE细胞传导通路和IL-17细胞传导通路等多条信号通路发挥作用;体外抑菌实验表明金银花在6.25 mg/mL及以上浓度对金黄色葡萄球菌具有明显...     

基于网络药理学预测真武汤防治慢性心力衰竭的作用机制

目的:预测真武汤治疗慢性心力衰竭(chronic heart failure,CHF)的作用机制。方法:运用中药系统药理学分析平台数据库获取真武汤的主要化学成分及靶标基因,CHF的靶标基因从Gene Card数据库收集,取二者交集构建化合物-靶点网络,网络可视化结果分析通过Cytoscape 3.7.1软件展示,蛋白质间相互作用网络构建使用STRING操作并筛选出核心网络,借助DAVID数据库进行基因本体功能(gene ontology,GO)分析和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,从而探究真武汤治疗CHF的作用机制。结果:检索到真武汤的59个化合物,其中15个靶点与CHF相互关联。GO富集分析得到24条相关条目,真武汤可能是通过调节各种蛋白受体活性、内切酶活性、胆碱能受体活性发挥治疗作用;KEGG富集分析结果表明真武汤共涉及了110条信号通路,表明真武汤可能通过凋亡信号通路、P53信号通路、PI3K-Akt信号通路、NF-kappaβ信号通路、TNF信号通路等干预细胞凋亡、抑制促炎因子的基因表达从而达到治疗CHF的作用。结论:本研究预测结果表明,真武汤对CHF的防治作用为多成分、多靶点、多通路、多选择的复杂过程,且主要通过影响细胞凋亡通路等代谢途径起效。     

基于网络药理学的吴茱萸抗肿瘤作用机制研究

目的基于网络药理学研究吴茱萸抗肿瘤的作用机制。方法采用活性成分筛选、靶点预测技术,结合生物信息学手段,预测吴茱萸抗肿瘤的潜在作用靶点,并进行信号通路分析,从而探讨其治疗肿瘤的分子机制。结果吴茱萸在TCMSP数据中搜索得到30个相应成分,同时利用靶点预测技术共筛选出相关靶点123个。同时在疾病基因数据库检索得到21 365个与肿瘤发生、发展有关的已知靶点基因,利用String数据库和Cytoscape软件中的网络拓扑分析共筛选得出关键靶点5个。结论吴茱萸作为中药对肿瘤的作用具有多成分、多靶点、协同作用的特点。     

基于网络药理学的青蒿抗风湿作用机制研究

目的:基于网络药理学预测青蒿抗风湿的有效成分及作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选青蒿的主要活性成分;运用Gene Cards和OMIM数据库检索风湿作用靶基因,并将其与活性成分作用靶点相互映射获得青蒿活性成分抗风湿靶点,通过STRING平台构建蛋白互作网络。运用DAVID 6.7数据库对青蒿活性成分抗风湿靶点进行GO分类与KEGG通路富集分析,并运用Cytoscape 3.6.1软件构建青蒿活性成分-靶点-信号通路网路预测模型。结果:预测得到青蒿抗风湿的有效成分18个、有效靶点84个,推断其作用机制可能与B细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等有关,且其中PTGS2、RELA、AR、NOS2、AKT1、MAPK1这6个靶点基因可能起关键性作用。结论:青蒿中山奈酚、槲皮素及木樨草素等活性成分可能通过PTGS2、RELA、AR、NOS2、AKT1、MAPK1等靶点调节多条信号通路,从而发挥抗风湿作用。     

基于网络药理学探讨人参治疗心力衰竭的作用机制

目的 运用网络药理学方法预测人参治疗心力衰竭(heart failure,HF)可能的作用机制.方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献资料筛选中药人参的有效成分及作用靶点,然后通过GeneCards数据库筛选HF的靶标;使用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用分析网络;再利用Cytos...     

基于网络药理学探讨华蟾素抗肿瘤的作用机制

目的:利用网络药理学分析方法,建立华蟾素抗肿瘤的"成分-靶点-通路"网络,并探究其潜在作用机制.方法:借助于CTD数据库寻找华蟾素抗肿瘤的潜在蛋白靶点,并通过Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库对获取的靶点进行相关通路分析,进一步利用Cytoscape3.7.0软件构建华蟾素的"成分-靶点-通路"网络关系图.结果:数据分析结果表明,华蟾素药物活性成分共30个,潜在作用蛋白靶点7个以及与肿瘤相关的KEGG通路15条.华蟾素抗肿瘤作用于BAX、BID、CASP9以及FAS等靶蛋白.其中,有6个蛋白靶点作用于p53信号通路、6个蛋白靶点作用于癌症通路,3个蛋白靶点作用于结直肠癌信号通路.结论:华蟾素在结直肠癌、非小细胞肺癌、前列腺癌等肿瘤以及抑癌通路、肿瘤坏死因子通路等方面均发挥重要作用.本研究为中医药在肿瘤靶向治疗、药理研究及临床应用可提供一定的理论基础.     

基于网络药理学研究黄龙汤治疗便秘的作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨黄龙汤治疗便秘的可能机制.方法:通过检索TCMSP、UniProt、DisGeNET、CTD、TTD等数据库,收集黄龙汤化学成分、靶点及便秘靶点;利用STRING数据库和Cytoscape软件建立PPI网络和黄龙汤成分-靶点-疾病网络;在Metascape平台对核心靶点进行GO生物功能和KE...     

槲皮素治疗心力衰竭的分子机制:基于网络药理学与分子对接方法

目的 基于网络药理学和分子对接研究槲皮素治疗心力衰竭(HF)的分子机制。方法 利用TCMSP、PharmMapper、CTD和GeneCards数据库得到槲皮素和HF相关靶点,通过在线Venn网站得到槲皮素-HF交集靶点,构建蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.2得到槲皮素治疗HF的核心靶点。通过R包进行GO、KEGG通路富集分析,利用Auto Dock Vina进行分子对接。通过蛋白质免疫印迹检测槲皮素处理HF细胞模型的AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3的蛋白水平。结果 分析得到80个槲皮素-HF交集靶点,槲皮素治疗HF核心靶点5个：AKT1、CASP3、MAPK1、MMP9和MAPK8。GO分析中,生物过程集中在对肽类激素的反应、磷脂酰肌醇介导的信号传导、脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和炎症反应的调节等。KEGG通路富集分析表明富集最显著的信号通路为：脂质与动脉粥样硬化通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-AKT信号通路、糖尿病心肌病和MAPK信号通路。分子对接显示槲皮素对5个核心靶点具有良好的结合活性。蛋白质免疫印迹结果显示,100 μmol/L 槲皮素可明显降低心力衰竭细胞AKT1、Phospho-AKT（Ser473）、eNOS、MMP9和Caspase-3水平（P<0.01）。结论 槲皮素可能通过调节AKT1-eNOS-MMP9通路抗凋亡从而改善心力衰竭的病理变化。     

基于网络药理学预测四妙勇安汤干预心力衰竭的作用机制研究

[目的]借助网络药理学技术预测并筛选四妙勇安汤干预心力衰竭的主要活性成分及其潜在靶点,探讨四妙勇安汤对心力衰竭的疾病-多靶点-多成分的干预作用机制。[方法]依据在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)疾病分类预测和筛选四妙勇安汤活性成分的作用靶点。采用Cytoscape软件构建四妙勇安汤活性治疗心力衰竭的成分-靶点网络。[结果]在四妙勇安汤中筛选出89个活性成分,共涉及心力衰竭等15个靶点,且活性成分与预测的靶点有较好的相互作用,预测的15个靶点主要与ACE、ADRA2A、ADRA2B、等靶点有关。[结论]表明四妙勇安汤改善心功能的机制可能与血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)抑制肾素血管紧张素系统(RAS)活性、调节交感神经系统等有关,并且在四妙勇安汤治疗心力衰竭中金银花药味的贡献度可能最大。     

基于网络药理学探讨五味清浊散加减方治疗功能性腹泻的作用机制研究

目的：基于网络药理学方法初探五味清浊散加减方治疗功能性腹泻（FD）的潜在活性化合物及其可能的作用靶点通路。方法：运用TCMSP和ETCM数据库获取和筛选五味清浊散加减方的活性成分,在PubChem中查询其结构信息,再利用Swiss Target Prediction和Super Pred预测药物的作用靶点,运用Drug Bank、Gene Cards、OMIM数据库检索FD作用靶点;选择药物与疾病的交集靶点导入STRING,绘制靶点蛋白-靶点蛋白相互作用网络;利用Metascape对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,预测五味清浊散加减方作用机制与FD作用靶点通路。结果：共收集到FD相关靶点371个,五味清浊散加减方的活性成分靶点227个,涉及治疗FD靶点51个;GO和KEGG富集分析发现五味清浊散加减方可能作用于SRC、PTPN11、PIK3R1、AKT1、MAPK1、STAT1、SYK等靶点,并通过免疫相关通路、炎症相关通路、扩张平滑肌、癌症等多条通路达到其治疗FD目的。结论：通过网络药理学证明五味清浊散加减方对FD的改善具有多成分、多靶点、多通路协调治疗疾病的特点,为临床应用五味清浊散加减方提供了理论支持。     

基于网络药理学和分子对接探究甘草附子汤治疗类风湿关节炎的机制

目的：通过网络药理学结合分子对接的研究方法,预测甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用靶点,探究其治疗类风湿关节炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘草附子汤中包含的4种中药的有效成分及其靶基因。GEO数据库下载类风湿关节炎数据,筛选差异基因(DEGs)并与甘草附子汤有效成分靶基因取交集,获得甘草附子汤治疗类风湿关节炎的潜在靶点。通过Cytoscape软件构建中药-活性成分-疾病靶点网络,PPI网络分析得到甘草附子汤治疗类风湿关节炎的关键靶点并通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,最后应用AutoDuck及PyMOL进行分子对接,验证其结合能力。结果：中药-活性成分-疾病靶点网络包含药材节点4个,活性成分节点95个,作用靶基因节点44个。Network Analysis显示槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,柚皮素及芒柄花素为可能的关键活性成分。甘草附子汤活性成分作用于类风湿关节炎可能主要通过IL-17 信号通路,TNF 信号通路,破骨细胞分化等信号通路。分子对接结果显示甘草附子汤中的活性化合物与关键靶点分子 MMP9、CXCL8、PPARG、EGFR具有较高的亲和力。结论：甘草附子汤中的活性成分可能通过与MMP9、CXCL8 、PPARG、EGFR等靶点调节多条信号通路,从而发挥对类风湿关节炎的治疗作用,为研究甘草附子汤治疗类风湿关节炎分子机制提供新思路。     

基于网络药理学的左归丸治疗骨质疏松作用机制探讨

目的:采用网络药理学方法探究左归丸对治疗骨质疏松的有效活性成分、作用靶点和潜在分子机制.方法:利用TC-MSP数据库预测左归丸活性成分,筛选潜在的活性成分及作用靶点,在GeneCards数据库检索出骨质疏松相关的疾病靶点基因,通过Drugbank和Uniprot数据库筛选后,得到左归丸—骨质疏松疾病交集基因.采用Cyt...     

基于网络药理学和分子对接探讨瓜蒌皮注射液治疗冠心病的作用机制

[目的]通过网络药理学及分子对接的方法,探究瓜蒌皮注射液治疗冠心病的分子机制。[方法]首先通过查阅文献汇总瓜蒌皮注射液中的主要化学成分,通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SwissADME数据库筛选其活性成分并预测其作用靶点,与在GeneCards数据库、OMIM数据库中获取的冠心病的相关靶点交集获得核心靶点;其次通过String数据库构建靶点蛋白互作网络,转换格式导入Cytoscape3.7.2软件构建蛋白互作网络和“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并分析关键靶点蛋白与活性成分;然后通过Metascape数据库对靶点基因进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后通过AutoDock Vina软件将活性成分与核心靶点进行分子对接来对网络药理学预测的准确性进行虚拟验证。[结果]研究获得瓜蒌皮注射液治疗冠心病的可能相关活性成分10个,核心靶点7个。瓜蒌皮注射液的活性成分可能通过调控蛋白激酶B抗体（AKT1）、表皮生长因子受体（EGFR）、非受体酪氨酸激酶（SRC）、热休克蛋白90AA1(HSP90AA1)、半胱氨酸蛋白酶3(CA...     

基于网络药理学研究冬虫夏草治疗膜性肾病的作用机制

目的:基于网络药理学研究冬虫夏草治疗膜性肾病的潜在作用靶点及机制。方法:使用中药系统药理 学数据库和分析平台,筛选冬虫夏草的有效成分和靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD等数据 库查找冬虫夏草治疗膜性肾病相关的靶点。利用 Cytoscape软件构建冬虫夏草作用靶点与有效成分之间的关系 网络,通过生物学信息注释数据库（DAVID）将冬虫夏草作用于膜性肾病的有效靶点基因进行GO富集分析和 KEGG通路分析。结果:根据口服利用度和药物相似性标准共筛选冬虫夏草的7个有效成分,39个可作用于膜性 肾病的作用靶点。关键靶点主要有细胞凋亡相关因子caspase3、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、血管内皮生长 因子（VEGF）、一氧化氮合酶3 （NOS3）、过氧化物酶体增殖物活化受体γ（PPARγ）、c-Jun氨基末端激酶 （JNK）等,主要生物学过程包括磷脂转运蛋白活性、甾醇结合性、泛素蛋白连接酶结合性、类固醇激素受体 活性、信号调节活性等,关键信号通路主要涉及晚期糖基化终末产物（AGEs）-AGEs受体（RAGE）信号通路、 人类免疫缺陷病毒1型感染、人巨细胞病毒感染、VEGF信号通路等。结论:冬虫夏草可能主要通过抗炎、抗细 胞凋亡等发挥对膜性肾病的治疗作用。     

基于数据挖掘和网络药理学探讨中医药治疗乳腺癌的用药规律及作用机制

目的 探讨中医药防治乳腺癌的用药规律及作用机制.方法 以《肿瘤良方大全》《肿瘤方剂大辞典》《中医肿瘤学》《乳腺癌与乳腺增生》《药典临床用药中药成方制剂》文献为数据来源,运用中医传承辅助平台(V2.5)挖掘中药治疗乳腺癌的用药规律及核心处方,并利用网络药理学方法分析其核心处方的潜在作用机制.结果 最终纳入297首中药方剂...     

基于网络药理学探讨三七抗急性肺损伤相关分子机制

目的:利用网络药理学的方法研究三七抗急性肺损伤的相关分子机制。方法:利用TCMSP数据库获取三七的活性成分,再通过药物动力学参数筛选出主要活性成分,并通过文献予以补充;通过Swiss Target Prediction数据库获取各活性成分靶点;通过Gene Cards、OMIM、Dis Ge NET数据库获取急性肺损伤靶点;利用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,采用Cytoscape3.7.2构建PPI网络并挖掘出其潜在蛋白质功能模块;采用Metascape平台对三七抗急性肺损伤靶点进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出9个活性成分,槲皮素、人参皂苷Rh2和人参皂苷Rg1等可能为三七抗急性肺损伤作用的主要活性成分,核心靶点有PIK3CA、AKT1、PIK3R1、VEGFA、EGFR等。三七抗急性肺损伤作用可能涉及的通路有磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路等。结论:本研究初步揭示了三七抗急性肺损伤的多成分、多靶点、多通路的作用机制。