浙江省乙型流感病毒HA1基因分析

目的：了解浙江省近几年乙型流感病毒的基因变异情况和WHO推荐流感疫苗株对浙江省人体的保护情况。方法：采集浙江省类流感样本进行流感病毒的分离和鉴定，并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取，采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定，用DNAMAN和BioEdit生物软件对测序结果进行分析处理，并与WHO推荐疫苗株基因进行比对。结果：分离到Yamagata系和Victoria系两个进化系的乙型流感病毒，两系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入，糖基化位点没有太大改变。毒株之间核苷酸的同源性为95.25%，氨基酸的同源性为95.28%。Yamagata系毒株HA1区域核苷酸序列长度为1038 bp，推导的氨基酸序列长度为346个，氨基酸变异替换数在6-8之间；Victoria系毒株HA1区域的核苷酸序列长度为1041 bp，推导的氨基酸序列长度为347个，氨基酸变异替换数在2-8之间，相比Yamagata系毒株在163位上都多1个天冬酰胺（N）。基因进化树上可见明显的Yamagata系和Victoria系两个分支。结论：浙江省人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒，病毒的基因发生了变异，抗原已发生漂移。2001、2006两年WHO推荐乙型流感疫苗株与我省当年流行株为不同谱系毒株，预防保护效果不够理想，其余年份为同一谱系毒株，预防保护效果较好。     

2008-2012年江西省乙型流感病毒HA1基因特性分析

摘要:目的　了解2008-2012年江西省分离的B型流感病毒株HA1基因变异特征。方法　采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的B型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录－聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、Mage对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果　10株Yamagata系B型毒株HA1基因之间的同源性为97.5%～100.0%,14株Victoria系B型毒株HA1基因之间的同源性为97.0%～99.9%。我省2008年分离的Yamagata系流感病毒与疫苗株间有5～7个变异,2009-2011年分离的Victoria系流感病毒与疫苗株间有5～7个变异,2012年分离的Yamagata系流感病毒与疫苗株间有1～4个变异,其中最多只有1个变异位于抗原决定簇。结论　2008-2012年江西省B型流感HA1基因未发生明显变异,WHO推荐的B型流感疫苗株对我省流行的B型流感具有保护作用。     

2006～2007年深圳市Victoria系B型流感病毒HA1基因特性的分析

目的：了解2006-2007年深圳市Victoria系B型流感病毒流行情况及HA1基因特性。方法：用狗肾传代细胞（MDCK）和鸡胚进行流感病毒分离,将分离到的Victoria系B型流感毒株进行血凝素HA片段核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,用SIMMONIC软件和Mega软件对其进行分析。结果：2006-2007年深圳分离培养到的Victoria系流感毒株与同时段的疫苗株B/Malaysia/2506/04、国内代表株B/Shenzhen/155/05的核苷酸同源性极高,没有发生较大的变异;2006-2007年深圳所有的Victoria系株均在134号位点上发生了Ser到Pro的替换。除此之外,还存在个别的氨基酸点变异,部分的变异位点处在HA1区的抗原表位,会导致病毒的抗原性改变。结论：本研究未发现2007年深圳流行的Vic-toria系B型流感毒株与2006年的流行株在HA1片段有明显的氨基酸变异。     

2006年～2010年无锡地区乙型流感病毒HA基因特性分析

目的：了解无锡地区2006年～2010年流行的乙型流感病毒HA基因变异特点及种系进化分布。方法：取哨点医院送检的疑似流感标本,经MDCK细胞培养、血清鉴定为乙型流感病毒,提取病毒RNA,经逆转录聚合酶链式反应扩增,产物经纯化后,进行血凝素基因HA区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,用Bioedit和MEGA version 4.0分析软件进行基因种系进化特性分析。结果：2006年Victoria系毒株为主要优势流行株,2007～2010年Yamagata系和Victoria系同时流行。2010年Victoria系在第163位、174位、203位、269位氨基酸分别转换为Y-C、G-E、Y-G、P-L;2010年Yamagata系在第84位、133位、182位、357位、363位、369位有氨基酸的转换,分别位于G-D、T-D、G-E、L-P、N-Y、K-P。结论：2010年无锡地区人群中流行的乙型流感病毒Yamagata系和Victoria系基因位点有一定的替换,抗原已发生漂移,但不会引起大的流行。     

北京地区2005～2006年流感病原监测结果与乙型流感病毒HA1序列分析

目的：分析2005～2006年冬春季北京地区流感病原监测及乙型流感病毒种系分布情况。方法：采用狗肾传代细胞（MDCK）和鸡胚培养分离流感病毒，经血清学试验鉴定分型。选取部分乙型流感提取病毒RNA，经RT—PCR扩增得到HA1基因片段并进行核苷酸序列测定，用信息软件进行种系发生树分析。结果：共采集流感样病例标本1874份，经MDCK细胞分离到510株流感病毒。其中H1N1亚型244株（47．84％）；H3N2亚型57株（11．18％）；B型209株（40．98％），208株为Victoria系，1株为Yamagata系。对210份细胞分离阳性标本进行鸡胚培养，共分离到流感病毒9株，全部为H1N1亚型。28株B型优势流行株与当年疫苗株不属于同一谱系，相差较远；与新预测（2006～2007年）的疫苗株亲缘关系最近。结论：北京地区2005～2006年冬春季节存在H1N1、H3N2、B型3种流感病毒流行，以H1N1、B型为优势毒株。B型Victoria系优势株正在通过变异逐步在流行中占据主导地位。新预测流感疫苗可对人群产生良好的保护效果。     

2008-2009年珠海市乙型流感病毒HA1基因特性分析

目的了解珠海市2008-2009年乙型流感病毒HA1基因变异情况。方法按照采样时间,选取珠海市2008-2009年每月用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的第1、2株乙型流感毒株共25株,没分离到毒株的月份不选,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA1基因片段,产物纯化测序,推导氨基酸序列,进行基因进化特性分析。结果 2008年珠海市乙型流感毒株在8月达到分离高峰,晚于A型流感毒株分离高峰时间7月,2009年其在4月达分离高峰,早于A型流感毒株分离高峰时间5月。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株为Victoria系病毒。与北半球国际疫苗株B/Florida/4/2006 like-virus(GenBank序列号CY033876.1)相比,2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒HA1片段有7个氨基酸位点发生替换:分别是103 K→R,212D→N,其中08-1267、09-0233和09-0240毒株的218N→S,08-190毒株的123P→A、245S→G、270P→S,除08-190外另5株毒株的181N→Y、245S→D,氨基酸同源性高于97%。其中有2个参与构成抗原决定簇的氨基酸位点发生替换,没有发生病毒抗原漂移。Victoria系毒株与疫苗代表株的同源性低于89%。结论 2008-2009年珠海市流行的Yamagata系乙型流感病毒与疫苗代表株同源性极高,本年度的流感疫苗株对珠海市乙型流感病毒流行的防治起了一定作用。2008-2009年珠海市流行的乙型流感病毒优势株属Victoria系,故本年度的流感疫苗株不能对珠海地区流行的乙型流感提供最佳保护。珠海市2008年乙型流感病毒流行时间较长,2009年流行高峰提前可能与此有关。     

湖州市乙型流感病毒HA1基因分析

目的:了解湖州市乙型流感病毒的基因变异情况和WHO推荐流感疫苗株对湖州市人体的保护情况。方法:采集类流感样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1。基因核苷酸序列测定,用DNAMAN和MegAlign生物软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐疫苗株基因进行比对。结果:分离到的毒株为Victoria系的乙型流感病毒,未发现核苷酸的丢失和插入,糖基化位点没有太大改变。毒株HA1区域的核苷酸序列长度为1015 bp,推导的氨基酸序列长度为339个,相比Yamagata系毒株在163位上都多1个天冬酰胺(N)。结论:2010年WHO推荐乙型流感疫苗株与湖州市的流行株为同一谱系毒株,预防保护效果较好。     

北京市西城区2009年-2011年乙型流感病毒血凝素HA1基因特性分析

目的:了解2009年10月-2011年9月期间北京市西城区乙型流感病毒的血凝素基因(HA1)的变异情况以及WHO推荐的流感疫苗株对北京地区人群的保护情况。方法:对流感样病例的咽拭子进行病毒分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增其HA1基因,用DNAStar生物软件对HA1的序列进行分析处理,并与WHO推荐的疫苗株进行系统进化分析。结果:HA1片段序列分析显示本地区的乙型流感病毒属于Victoria系,与WHO推荐流感2009年-2010年疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,其核苷酸、氨基酸的同源性分别为96.4%～99.1%和98.2%～99.1%。未发现核苷酸的丢失和插入。氨基酸序列中有3个位点发生改变。结论:本地区的优势流行株其抗原性未发生明显改变,提示2010年WHO推荐乙型流感疫苗株对北京地区人群仍有较好的保护效果。     

2007年乙型流感病毒抗原性和基因特性分析

目的 了解四川省乙型流感病毒血凝索的抗原性和基因变异情况.方法 采集四川省流感监测哨点医院和疑似流感疫情的流感样病例咽拭子,用MDCK细胞进行病毒分离.选取来自不同时间、地点且经血凝抑制实验鉴定为乙型的流感病毒分离株进行单向血凝抑制实验;提取病毒核酸,进行RT-PCR扩增HA基因的HA1区,对扩增产物进行序列测定并推导出氨基酸序列.结果 2007年四川省乙型Yamagata系流感病毒的抗原性不同于B/天津/144/2005,而与B/福建新罗/54/2006类似,乙型Victoria系病毒与B/深圳/155/2005相比其抗原性存在差异;核苷酸和氨基酸序列分析结果表明,在HA1区有分别有6个、2个和4个氨基酸位点发生了替换.结论 四川省2007年乙型Yamagata系和Victoria系流感病毒的抗原性与B/天津/144/2005和B/深圳/155/2005相比发生了进一步的漂移.     

珠海市2011年连续发生5起乙型流感疫情的病毒HA1基因分析

目的分析珠海市2011年多起连续发生的流感疫情中分离的乙型流感毒株HA1基因特性,阐述流感暴发的原因。方法用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR扩增病毒HA基因并测定核苷酸序列,用ClustalX和MEGA4.1分析结果。结果珠海市2011年多起连续发生的流感疫情中分离的乙型流感病毒属Victoria系,与2011年流感监测分离株2011C-IN-0056-7相比,没有核苷酸的丢失和插入,没有糖基化位点的改变,核苷酸同源性在97.3%以上,氨基酸有1~3个位点发生了变异,属于同一变异株。与2010-2011年北半球乙型流感疫苗株B/Brisbane/60/2008相比较,核苷酸同源性在98.5%以上,氨基酸有1~4个位点发生变异,也属于同一变异株。结论引起本市流感连续暴发疫情的原因可能是本地流行株抗原漂移所致,与疫苗株B/Brisbane/60/2008核苷酸和氨基酸同源性都很高,吻合性较好,如果能够在儿童中普遍接种,应该能够起到很好的预防作用。     

江西省2005～2006年甲1亚型流感病毒株与疫苗株的HA1区差异分析

[目的]分析江西省2005～2006年分离的甲1亚型流感病毒株与疫苗推荐株HA1区的差异,以了解江西省流感病毒变异情况及WHO推荐疫苗株对人体的保护作用.[方法]采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分商,对分离到的甲1亚型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit (Version5.0)、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐疫苗株进行比对.[结果]20株甲1亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入.平均点突变率为2.94%.2005年甲1亚型流感病毒分离株与2005年WHO北半球流感甲1亚型疫苗推荐株A/New caledonia/20/99(H1N1)HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是96.9%～98.1%,替换数在6～10个之间,涉及2～3个抗原决定簇,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为2.33.2006年甲1亚型流感病毒分离株与疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是95.3%～97.2%,、替换数在9～15个之间,涉及4个抗原决定簇,抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为6.0个.2006年我省甲1亚型流摩病毒分离株与WHO疫苗推荐株之间在HA1区域的氨基酸差异以及抗原决定簇上氨基酸的差异,均显著大于2005年我省甲1亚型流感病毒分离株与WHO疫苗推荐株之间差异(P<0.0005).[结论]2005年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年度我省的甲1亚型流感总体上有较好的预防效果,而2006年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对我省该年度的甲1亚型流感预防效果不够理想.     

台州市乙型流感病毒分离、鉴定及HA1基因特性研究

目的:了解台州市Yamagata系乙型流感病毒的基因特性、变异情况和WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况。方法:用狗肾传代细胞(MDCK)分离流感病毒,用标准血清及荧光定量RT-PCR方法鉴定。选2011年分离株进行HA1基因序列测定,用DNAman和DNAstar生物学软件进行序列分析。结果:2011年分离株HA1基因与参考毒株核苷酸同源性为88.6%～96.9%,氨基酸同源性为89.2%～98.0%,存在8个潜在的糖基化位点,比同谱系疫苗株在197位增加了一个糖基化位点NKT。与Yamagata系代表株在进化树的同一支上,与Victoria系代表株比,氨基酸162位缺失K。结论:本地2011年分离株与近年来WHO推荐的流感疫苗株在HA1片段有明显的氨基酸变异。2010年-2011年台州市主要分离到Yamagata系乙型流感病毒,而WHO推荐使用的2010年-2011年乙型流感疫苗株B/Brisbane/60/2008属于Victoria系,因此本年度流感疫苗对我市乙型流感不能提供最佳的保护性。     

2005年-2009年大连市季节性甲型H1N1流感病毒HA基因序列分析

目的:分析大连市2005年-2009年流感病毒H1N1亚型血凝素抗原性及其基因变异情况,为流感防治提供技术支持。方法:采集流感样病例的鼻咽拭子标本,用MDCK细胞进行流感病毒的病原分离,采用红细胞凝集实验测定病毒的滴度,用血凝抑制试验和RT-PCR进行流感病毒型别鉴定,通过RT-PCR扩增血凝素HA片段的基因,电泳、纯化后进行基因序列测定,利用生物信息学进行序列分析。结果:2005年-2009年共分离到季节性甲型H1N1流感病毒39株,其中28株进行了测序。与当年的疫苗株相比,2005年、2006年、2007年和2008年分离株的HA1区分别发生了11个、9个、15、15个突变。结论:在近几个年度的流行季节中,该地区有H1N1亚型流感的存在。该地H1N1流感病毒分离株有多处氨基酸发生替换,氨基酸的替换导致毒株的抗原性发生了漂移。     

2014 - 2015年盐城地区乙型流感病毒Yamagata系HA1基因变异分析

目的 研究盐城市2014 - 2015年流感监测中分离的乙型Yamagata系流感病毒血凝素HA1区的基因特性,揭示HA1基因的变异与流行的关系。方法 将盐城市2014 - 2015年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例标本进行核酸、病毒分离检测,选取2014-2015年各5株乙型Yamagata系毒株,采用一步法RT-PCR方法扩增HA1基因,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 抽取的10株乙型流感病毒的HA1基因与WHO 推荐的疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,3个位点氨基酸替换具有普遍性,其中N116K位于抗原决定簇;与B/Massachusetts/2/2012相比,11个位点氨基酸替换具有普遍性,4个位点位于抗原决定簇。绘制的种系发生树显示,B/JSYC/1530/2014与B/Massachusetts/2/2012亲缘关系较近,其他9株与B/Wisconsin/1/2010 亲缘关系较近。 结论 2014 - 2015年盐城地区流行的乙型Yamagata系流感病毒的HA1基因特性正逐渐发生变异,这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移,加强流感病原学监测工作对及时发现新的流感病毒变异株有重要意义。     

深圳市2005-2007年H1N1亚型流感病毒HA1基因分子流行病学研究

目的 探讨2005-2007年深圳市H1N1流感病毒HA1基因变异特征.方法 选取深圳市2005-2007年分离的H1N1流感毒株,提取病毒RNA,用RT-PCR扩增HA1区基因片段,产物纯化后测序并进行基因序列分析.结果 2005-2007年流感病毒分离率平均为7.16%,H1N1流感病毒在2005年和2006年的分离数占总分离数的比例分别为56.14%和66.03%,而2007年仅占3.61%.核苷酸同源性和基因进化树结果一致,2005年4月份之前分离株与A/New Caledonia/20/1999为同一分支,2005年5月份之后的分离株与A/Solomon Island/3/2006为一支,而2006-2007年分离株又与国家代表株A/GDLH/219/2006在一个分支.氨基酸序列分析显示,绝大多数的毒株均在第130位点缺失一个赖氨酸;2005年5月以后的大部分毒株出现以下氨基酸变异:T82K、Y94H、R146K、R209K、T267N,2006年5月份之后的毒株在抗原决定簇B区发生了A190T、H193Y、E195D氨基酸变异,同时也发生A区R146K的置换.但所有毒株的潜在糖基化和受体结合位点均比较保守.发现1株病毒A/SZ/68/2007具特殊性,经与参照毒株比较,其326个氨基酸中有50个发生变化,其中有11个位于抗原决定簇位点、6个位于受体结合位点,且有4个氨基酸变化导致糖基化位点丢失.结论 2005-2007年深圳市人群中至少有3个类型HA1基因不同的H1N1流感病毒株;由于氨基酸变异引起病毒发生抗原漂移,其代表株为A/GDLH/219/2006;发现的A/SZ/68/2007病毒毒株具有特殊性,其抗原特性和流行病学意义还有待探讨.     

2005～2006年流感季节河北省甲3亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的：研究2005～2006年流感流行期河北省分离的甲3（H3N2）亚型流感病毒株血凝素重链（HA1）的基因特性,了解H3N2亚型流感病毒株HA1基因的变异及其与流感流行的关系。方法：用狗肾（MDCK）细胞分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。结果：2005～2006年流感流行期在河北省分离到的H3N2亚型流感病毒株HA1与同时期的H3N2亚型流感疫苗株A/Calfornia/7/04相比其抗原性变异不大,核苷酸同源性为96.2%～98.2%,氨基酸同源性为98.7%～99.0%,3个位点发生了氨基酸替换,其中2个在抗原决定簇B区（188N〉D、193S〉F）,1个在受体结合位点（225D〉N）。结论：H3N2亚型流感病毒HA1尚未发生明显变异,与疫苗株同源性较高。人群对其已建立起较好的免疫屏障,这是河北省该流行期H3N2亚型活动水平低的主要原因。     

北京市1998-2004年婴幼儿A3型流感病毒分离株HA1基因序列分析

目的 了解1998-2004年北京地区婴幼儿中流行的A3（H3N2）亚型流感病毒血凝素基因HA1区的基因变异特点。方法 提取该期间采集的呼吸道标本中H3N2亚型流感病毒的RNA，经逆转录多聚酶链反应扩增得到HA1区基因片段。通过目的基因的克隆、测序或PCR产物直接测序，进行序列分析。结果 19982004年问北京地区婴幼儿中流行的H3N2亚型流感病毒血凝素HA1区基因均为987bp，编码一个含329个氨基酸的蛋白质。这些H3N2亚型流感病毒血凝素HA1区的核苷酸和氨基酸同源性分别在95．5％～100．0％和93．0％～100．0％之间，分离年份越近同源性越高。在HA1区有7个糖基化位点非常保守，分别位于8、22、38、63、126、165和285位氨基酸。与1997年以前的毒株相比，1997年以后的毒株均在122和133位增加了一个糖基化位点。自1999年以后的毒株均在144位增加了一个糖基化位点。每年流行的毒株都较前一年的毒株出现了位于不同抗原决定簇或者受体结合位点的氨基酸替换。进化分析显示，每年分离的毒株均与以前的毒株出现了不同程度的变化，不断出现新的进化分支。结论 1998—2004年间北京地区婴幼儿中流行的H3N2亚型流感病毒持续不断地发生着点突变，导致抗原性不断发生漂移。加强监测和密切关注其变异动向对防控流感流行有极其重要的意义。