MYBL2在胃癌组织中的表达水平及其与患者预后、免疫细胞浸润的关系

目的 分析MYBL2在胃癌组织中的表达水平及其与患者预后、免疫细胞浸润的关系.方法 采用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析MYBL2在泛癌中的差异性表达;采用Kaplan-Meier plotter数据库分析MYBL2表达水平与患者预后的关系;采用TIMER数据库分析MYBL2表达水平与免疫细胞浸润的关系.结果 ...     

基于生物信息学分析F2R基因在胃癌中表达与免疫浸润的临床意义

目的 探究凝血因子II(凝血酶)受体(F2R)的在胃癌中的表达与免疫细胞浸润情况,探索F2R在胃癌中预后价值及其生物学功能.方法 从TCGA数据库中下载胃癌中F2R基因表达谱数据及患者的临床病理信息,使用R4.0.2软件提取F2R在胃癌组及正常对照组的表达量数据,比较两组间F2R的表达差异.利用Kaplan-Meier...     

基于生物信息学分析泛癌中PDPN的表达与预后及与免疫细胞浸润的关系

目的:探讨平足蛋白(Podoplanin,PDPN)在泛癌中的表达量与预后及PDPN与免疫浸润之间的关系,为癌症的免疫治疗提供一个新的方向.方法:通过UACLAN、Oncomine和TIMER2.0数据库分析PDPN在泛癌及对应的正常组织中的表达量;通过PrognoScan和Kaplan-Meier Plotter数据...     

基于生物信息学分析卵巢癌免疫细胞浸润程度及其与预后的关系

目的 探讨免疫细胞浸润程度与卵巢癌生存预后的关系.方法 通过生物信息学方法,从GEO数据库下载卵巢癌患者的组织芯片测序数据和临床分期、病理分级、生存状态、生存时间等信息.通过ssGSEA基因集的各项免疫评分,将卵巢癌患者分为高分组和低分组.通过生存曲线比较滤泡辅助性T细胞(Tfh)高、低评分组的生存预后情况.通过Cib...     

乳腺癌中岩藻糖基转移酶8的表达对预后和免疫细胞浸润的影响

目的 探讨岩藻糖基转移酶8(FUT8)与乳腺癌免疫细胞浸润的关系以及对预后的影响.方法 利用肿瘤免疫分析数据库(TIMER)和Oncomine数据库检索并分析FUT8在乳腺癌以及其他类型癌症的表达情况;通过Kaplan-Meier Plotter数据库绘制生存曲线,总结不同临床特征的FUT8对乳腺癌患者预后的影响;通过TIMER和TIMER2.0探讨FUT8与乳腺癌免疫细胞浸润的关系;通过TIMER2.0和bc-GenExMiner数据库得出乳腺癌中FUT8与免疫细胞标志物和免疫检查点的相关性;最后通过免疫组织化学染色检测乳腺癌中FUT8的表达.结果 FUT8在乳腺癌组织中的表达率为85％,大多数高表达水平FUT8患者具有更好的生存和预后(HR ＜1).在basal亚型中,FUT8水平与CD8+T细胞、Treg细胞、NK细胞和巨噬细胞的浸润呈正相关,在HER2+亚型中,FUT8的水平与CD4+T细胞和Treg细胞的浸润呈正相关,在basal亚型和HER2亚型中FUT8的表达与大多数免疫检查点和免疫细胞标志物呈正相关.结论 FUT8评价乳腺癌患者的预后和免疫细胞浸润水平有重要作用.     

基于生物信息学分析CCNB1在肺腺癌组织中的表达及其与预后的关系

目的 评估细胞周期蛋白B1(cyclin B1, CCNB1)基因表达与肺腺癌预后的相关性。方法 使用Oncomine、STRING、人类蛋白质图谱、癌症基因组图谱等数据库以及Kaplan-Meier、Cox回归分析、受试者操作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线、Spearman相关分析等方法来验证CCNB1对肺腺癌患者的影响。结果 CCNB1在肺腺癌组织中高表达,且与肺腺癌患者的T分期(P=0.001)、N分期(P<0.001)、病理分期(P<0.001)以及性别(P=0.008)等临床特征相关。单因素Cox回归分析结果显示CCNB1的表达、T分期、N分期、M分期、病理分期是影响肺腺癌患者总生存率的因素(P<0.05),多因素Cox回归分析显示CCNB1的表达、T分期是肺腺癌患者总生存率的独立危险因素(P<0.05)。Kaplan-Meier分析得出,CCNB1高表达与较短的总生存期[风险比(hazard ratio, HR)=1.60,95%置信区间(confidence interval, CI)(1....     

基于生物信息学的Prohibitin在乳腺癌中的表达及意义

目的通过生物信息学高通量多组学数据库分析浸润性乳腺癌组织中prohibitin(PHB)的表达及其临床意义。方法下载TCGA和METABRIC乳腺癌数据,应用多种工具比较癌组织和癌旁组织中PHB表达情况,并分析PHB表达与乳腺癌患者临床病理特征及预后之间的相关性,进行PHB蛋白互相作用预测及功能分析。结果 PHB在多种癌组织中较癌旁组织高表达,乳腺癌中PHB基因突变和表达量改变比例较高;PHB基因表达对于乳腺癌具有良好的诊断效能(P0.01);PHB表达与乳腺癌患者ER受体、HER2、PAM50分型、肿瘤纯度等指标有关(P0.05)。生存分析表明,乳腺癌PHB高表达是影响乳腺癌的独立危险因素(P0.01)。HRAS、KSR1、ARAF与PHB相互作用且相关性较高,在乳腺癌组织中可见表达改变。结论 PHB在乳腺癌、卵巢癌等多种癌组织中表达升高,并且PHB高表达明显影响乳腺癌患者预后,PHB基因表达对乳腺癌的诊断效能较好,可作为乳腺癌诊断、预后的潜在标志物。     

胃癌中神经纤毛蛋白-1(NRP1)表达及其与肿瘤微环境免疫细胞浸润关系的研究

目的 采用生物信息学分析,探讨神经纤毛蛋白-1(NRP1)在胃癌中的表达与肿瘤免疫微环境中免疫细胞浸润的相关性及其对患者预后的影响.方法 应用TIMER数据库分析NRP1在胃癌中的差异性表达,分析NRP1表达与免疫细胞浸润之间的相关性,进一步分析NRP1基因的不同体细胞拷贝数变化与免疫细胞浸润之间的关系,多因素生存分析...     

基于稳健排序整合算法对胃癌治疗靶点及相关免疫细胞浸润分析

目的 采用稳健排序整合算法(RRA)筛选胃癌潜在的治疗和预后靶点,为胃癌的早期诊断、预后评估和诊断试剂盒的开发提供依据。方法 挖掘高通量基因表达数据库(GEO)中7套胃癌基因表达谱数据(GSE54129、GSE63089、GSE65801、GSE66229、GSE79973、GSE118897、GSE118916),筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得到胃癌相关生物学过程和细胞信号通路。对差异表达基因结果进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,构建蛋白互作网络,使用RRA法筛选网络核心基因。通过CIBERSORT算法进行免疫细胞浸润分析,使用R语言Survival包分析核心基因与总生存率的相关性。结果 通过生物信息学分析,共筛选得到12个网络核心基因(CHGB、COL4A1、THBS1、COL3A1、COL1A1、COL1A2、SPP1、LUM、FGG、TIMP1、VCAN和SPARC基因)。免疫细胞浸润分析显示,与胃癌组织相比,22种免疫细胞中CD4 T细胞在正常胃组织中占主导地位。生存分析结果表明,CH...     

MMP-2／MMP-9在乳腺癌组织中的表达及其与肿瘤浸润转移的关系

BACKGROUND: Matrix melloproteinases play a pivotal role in tumor invasion and metastasis, but little is known about the correlation between their expression and the prognosis of breast cancer.OBJECTIVE: To investigate the expression of matrix melloproteinases-2 and matrix melloproteinases-9 (MMP-2/MMP-9) and the distributive form of CollV (type IV collagen)in the tissues of breast carcinoma, and find out their relationship with tumor invasion and metastasis so as to disclose the mechanism of the tumor invasion and metastasis of breast carcinoma.SETTING and PARTICIPANTS: Eighty-two filed wax masses of samples from the removed breast carcinoma and 30 filed wax masses of samples from the control group were collected at random from the First Affiliated Hospital of Fujiatt Medical University.MAIN OUTCOME MEASURE: The expression of MMP-2, MMP-9 and the distributive form of CollV in the tissues of breast carcinoma and in the tissues without breast carcinoma, and the correlation of the results with clinieopathological tumor parameters.METHODS: Tissues were obtained from 82 patients with breast carcinoma and 30 without breast carcinoma. The expression of MMP-2, MMP-9 and the distributive form of ColIV were examined, and their correlation with clinicopathological tumor parameters was explored.RESULTS: ① The positive incidences of MMP-2 and MMP-9 expression in 82 cases of breast carcinoma were 52 % (43/82) and 54% (44/82) respectively, The distributive form of encapsulated CollV was 15% (12/82),and the distributive form of decomposed CollVwas 85% (70/82), which were different apparently from those of the control group, ② The expressions of MMP-2/MMP-9 were related to the distribution form of ColIV( P &;lt; 0.05).③The expression of MMP-9 was related with the metastasis of the axillary lymph node (X^2 =8, 1899, P &;lt; 0, 05), and the expressions of MMP-2 was not related with the metastasis of the axillary lymph node(X^2 = 3. 3590, P&;gt;0.05),CONCLUSION: MMP-2, MMP-9 play a pivotal role in tumor invasion and metastasis. The result is suggested that detection of MMP-2/MMP-9 helps to judge the malignant severity of breast carcinoma and its biological behavior.     

C-erbB-2在人乳腺癌中的表达及其临床意义

目的 研究癌基因C-erbB-2在人乳腺癌中的表达及其临床预后价值。方法 应用免疫组化方法检测157例临床及随访资料完整的乳腺癌标本中C-erbB-2的表达情况，用Cox回归分析其预后意义。结果 C-erbB-2阳性表达率为40．8％。全组总的五年生存率为54．99％。C-erbB-2表达与患者年龄、月经状况、肿瘤大小、TNM分期和腋淋巴结状态相关。C-erbB-2表达阳性组的生存率低于阴性组(P=0．0011)。多因素Cox回归分析显示，C-erbB-2不同表达和TNM分期2项指标反映乳腺癌预后情况，其危险度分别为2．770及1．661。结论 C-erbB-2是一个十分有价值的乳腺癌预后指标，其阳性患者的预后较差。     

基于免疫细胞组织浸润的免疫评分模型预测前列腺癌免疫治疗效果及预后分析研究

目的 探讨基于免疫细胞浸润的免疫评分模型对前列腺癌（PCa）患者免疫治疗效果及预后的预测。方法 从癌症基因组图谱 (TCGA) 选取266 个PCa 患者的基因表达谱和临床随访参数;通过单样本基因集富集分析（single-samplegene set enrichment analysis,ssGSEA）量化免疫细胞在肿瘤组织中的浸润情况,得到22 个免疫细胞的浸润情况;通过“Glmnet”包的套索方法（least absolute shrinkage and selection operator, LASSO）分析筛选关键预测因子,以验证不同浸润免疫细胞是否与预后相关;将符合条件的细胞构建预后风险评分模型,将PCa 患者分为高风险组和低风险组,并制作生存曲线（Kaplan-Meier）进行验证;基于风险模型建立列线图来预测PCa 患者治疗无效和生存的概率;绘制随时间变化的受试者工作特征（ROC）曲线,以验证列线图的准确性;利用校准曲线比较基于浸润免疫细胞列线图的预测和观察结果;采用临床决策曲线分析法判断模型的预测可靠度。结果 使用ssGSEA 量化免疫细胞浸润数据,最后得到22 个浸润免疫细胞包括:幼稚B 细胞、记忆B 细胞、浆细胞、CD8+ T 细胞、幼稚CD4+ T 细胞、静息记忆CD4+ T 细胞、激活记忆CD4+ T 细胞、滤泡辅助性T 细胞、调节性T 细胞（Treg 细胞）、γδ T 细胞、静息NK 细胞、活化NK 细胞、单核细胞、M0 巨噬细胞、M1 巨噬细胞、M2 巨噬细胞、静息树突细胞、活化树突细胞、静息肥大细胞、活化的肥大细胞、嗜酸性粒细胞和嗜中性粒细胞;最终选择6 个免疫细胞作为预测因子,分别为Treg 细胞、M1 巨噬细胞、M2 巨噬细胞、激活记忆CD4+ T 细胞、静息树突细胞和嗜中性粒细胞;根据6 个浸润免疫细胞,计算样本的风险评分,随着风险评分的升高,高风险组PCa 患者增多,预后不良人数增多;利用Kaplan-Meier 法绘制生存曲线,结果显示高风险患者总生存时间（3.8 年）显著低于低风险组（6.9 年）（Log-Rank χ2=4.259,P ＜ 0.001）;预后列线图模型总分430 分,对应死亡风险为74.69%;治疗效果列线图模型总分423 分,对应治疗无效的风险为73.21%,且通过模型验证结果安全可靠。结论 通过评估PCa 中的免疫浸润以及免疫评分模型建立了列线图,揭示免疫细胞浸润可以预测PCa 患者的预后和治疗效果。     

应用生物信息学分析确定PLK4是乳腺癌的关键预后基因

目的 应用生物信息学分析探讨Polo样激酶4(PLK4)在乳腺癌中的生物学作用、预后价值和对局部免疫微环境的影响.方法 通过Oncomine数据库挖掘PLK4在多种肿瘤中的表达水平;使用GEPIA数据库及HPA数据库检索PLK4在乳腺癌组织与正常组织中的表达差异;分别通过UALCAN数据库及TIMER数据库分析PLK4表达水平与乳腺癌患者临床特点及免疫浸润的相关性;采用K-M Plotter数据库评估PLK4在乳腺癌中的预后价值.应用Coexpedia数据库构建PLK4在乳腺癌中的共表达基因网络,并通过DAVID数据库对PLK4及其关键基因进行功能分析.结果 乳腺癌组织中,PLK4 mRNA和蛋白表达较正常乳腺组织均上调,特别是在P53突变和三阴性乳腺癌中差异更为显著(P＜0.05),且预示着更差的预后.PLK4在乳腺癌免疫微环境中与免疫细胞的表达呈正相关.筛选出PLK4的25个关键基因,即TPX2、CCNB2、CCNB1、BIRC5、CDC20和FOXM1等基因,其生物学功能主要与细胞分裂、细胞周期、细胞增殖和泛素化修饰等相关.KEGG通路富集分析表明,PLK4与P53信号通路、FoxO信号通路、MAPK信号通路和PI3 K-Akt信号通路等相关.结论 PLK4在乳腺癌组织中呈高表达可提示患者不良预后,其影响乳腺癌局部免疫微环境,在一定程度上表现为癌基因的特性,推测其可作为乳腺癌治疗疗效的预测指标,有望成为乳腺癌临床诊疗的新靶点.     

CerbB-2在乳腺癌中的表达与转移的相关性分析

目的分析乳腺癌CerbB-2的表达与年龄、肿瘤大小、病理学类型、腋窝淋巴结转移及远处转移的相关性。方法应用免疫组化sP法对69例原发性乳腺癌行根治及改良根治术的标本进行了CerbB-2的检测,并进行统计学分析。结果CerbB-2阳性表达率为73．9％（51／69）;CerbB-2的阳性表达率与淋巴结转移及有远处转移有关（P〈0．05）,而与患者年龄、肿瘤大小、病理学类型无关（P〉0．05）。结论CerbB-2的阳性表达与淋巴结转移程度呈正相关,与年龄、肿瘤大小、病理学类型及远处转移不相关。CerbB-2的过表达与淋巴结转移及远处转移相关。CerbB-2可作为判断乳腺癌预后的指标。     

利用生物信息学方法分析EZH2基因在肝细胞癌组织中的表达水平及临床意义

目的 探讨EZH2基因在肝细胞癌(HCC)中的表达水平及临床价值,为HCC的诊断和靶向治疗提供依据。方法 利用THE HUMAN PROTEIN ATLAS、GEPIA、TIMER、Oncomine数据库在线分析EZH2基因在健康人体各器官组织、正常肝组织和HCC组织中的mRNA表达情况。利用Kaplan-Meier Plotter和Ualcan数据库的HCC数据集在线分析患者生存期与EZH2表达的关系。通过String数据库在线检索EZH2的相关蛋白网络图,并进行功能注释和KEGG通路富集分析。TIMER数据分析免疫浸润物的表达水平及对肝癌患者生存预后的影响。结果 EZH2基因在各级HCC组织中的mRNA和蛋白均显著高于正常肝组织。EZH2基因的差异表达水平与病理分级、临床分期以及患者体质量显著相关。生存分析发现,EZH2基因高表达水平的HCC患者的总生存期(OS)、无病生存期(PFS)、无远处转移生存期(RFS)、后进展生存期(DDS)显著缩短。String数据库分析发现,EZH2基因相关蛋白主要富集于12类细胞学组分、5类分子功能和7类生物学过程,并参与了4条信号通路。EZH2基...     

血型CD36基因在泛癌中的综合分析

目的 通过生物信息学方法研究血型CD36基因在人类恶性肿瘤的表达及其与预后、临床分期和免疫浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法 运用UALCAN数据库分析CD36蛋白在肿瘤组织和正常组织间的表达差异;运用GEPIA数据库分析CD36表达与泛癌分期之间的关系;运用SangerBox数据库分析CD36表达与泛癌患者生存预后的关系,分析泛癌中CD36蛋白表达与免疫浸润及TMB、MSI等的相关性,运用String数据库分析与CD36上下游相关的蛋白。结果 研究显示CD36基因在9种肿瘤中观察到了显著上调（P <0.05）,18种肿瘤中观察到了显著下调（P <0.05）,CD36表达的高低与不同类型肿瘤患者的分期和预后密切相关,CD36在不同的肿瘤中发挥着不同的作用。CD36基因在39个癌种中表达与免疫浸润显著正相关（P <0.05）,CD36可能在调节肿瘤免疫环境方面起到重要作用。KEGG和GO富集分析结果显示,候选基因主要参与了toll样受体信号通路、NF-κB信号通路和免疫相关通路免疫应答激活信号。结论 CD36基因在不同肿瘤中存在表达差异,CD36基因与多种肿瘤...     

Bim和BCSG1蛋白表达与乳腺癌及预后的相关性分析

目的 探讨Bcl-2相互作用细胞凋亡调节因子(Bim)、乳腺癌特异基因1(BCSG1)蛋白与乳腺癌及预后的相关性。方法 回顾性收集2013年3月至2018年12月青海省中医院收治的95例乳腺癌患者的乳腺组织。采用免疫组化法检测Bim及BCSG1蛋白表达水平。分析乳腺癌患者Bim及BCSG1蛋白表达与临床病理指标及预后的关系。结果 Bim及BCSG1蛋白在乳腺癌组织中呈高表达状态;肿瘤直径≥4 cm、浸润性乳腺癌、远处转移的患者,Bim及BCSG1阳性率显著高于肿瘤直径4 cm、非浸润性乳腺癌、无远处转移患者,差异具有统计学意义(P 0. 05)。乳腺癌患者Bim表达阳性组治疗有效率显著高于阴性组,复发率及转移率显著低于阴性组; BCSG1蛋白表达阳性组治疗有效率显著低于阴性组,复发率及转移率显著高于阴性组,差异具有统计学意义(P 0. 05)。结论 Bim、BCSG1蛋白与乳腺癌肿瘤直径、病理分期、是否转移、病理分型关系密切,Bim表达阳性、BCSG1表达阴性患者预后更佳。     

CK18、E-cad、Ki67、P53在乳腺癌中的表达及其相关性分析

目的分析CK18、E-cad、Ki67、P53在乳腺癌中的表达及其相关性。方法以我院2015年4月～2018年4月收治的200例乳腺癌患者为研究对象,分析CK18、E-cad、Ki67、P53表达情况与病理学特征的关系及相关性。结果乳腺癌组织中CK18、E-cad、Ki67、P53阳性表达率明显高于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P0.05);E-cad、Ki67阳性表达在年龄、病理类型等方面比较差异无统计学意义(P0.05),在TNM分期、癌肿大小及淋巴转移等方面比较,差异有统计学意义(P0.05);CK18、P53阳性表达在年龄、病理类型、癌肿大小等方面比较差异无统计学意义(P0.05),在TNM分期、淋巴转移等方面比较,差异有统计学意义(P0.05),且各指标均呈显著正相关。结论 CK18、E-cad、Ki67、P53在乳腺癌均呈现正相关,对患者预后判断具有重要的临床意义。     

基于N6-甲基腺苷修饰与免疫细胞浸润的结直肠癌预后模型构建及验证

目的 探讨N6-甲基腺苷(m⁶A)修饰相关基因和免疫细胞浸润在结直肠癌(CRC)中的预后价值并构建相应风险模型预测患者临床结局。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)下载CRC患者的肿瘤组织转录组数据及匹配临床信息,通过共识聚类及单样本基因组富集分析明确m⁶A修饰相关基因及免疫细胞浸润在CRC中的预后价值。基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与两者相关的预后基因,运用Lasso回归分析构建多基因风险模型,并在基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库中对筛选出的预后基因进行表达差异分析。通过Kaplan-Meier生存分析明确风险模型在不同亚组及外部验证队列中的预测效能。结果 基于21个m⁶A修饰相关基因及24个免疫细胞浸润的特征表型均可以显著区分TCGA队列中CRC患者预后。CRC组织中多数m⁶A修饰相关基因与免疫细胞浸润显著相关。WGCNA及Lasso回归分析筛选出4个预后基因,分别为内凝集蛋白1、淋巴细胞抗原6复合位点G6D、无调性同族体1和基质金属蛋白酶28。在...     

基于高通量基因表达数据库及生物信息学对坐骨神经痛差异表达基因的分析研究

目的 基于高通量基因表达（GEO）数据库及生物信息学筛选坐骨神经痛相关差异表达基因（DEGs）,分析其生物学功能,为临床治疗坐骨神经痛提供参考。方法 通过GEO数据库获取坐骨神经痛基因芯片（GSE124272）数据集,经仙桃学术软件异质性分析获取坐骨神经痛相关DEGs,对坐骨神经痛相关DEGs进行基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）的通路富集分析。借助Cytoscape软件实施蛋白质互作网络（PPI）分析获取关键基因,经转录因子调控网络专用数据库（TRRUST）确定关键基因的主要调节转录因子及相应的调节关系。结果 415个坐骨神经痛相关DEGs经PPI分析共获取15个关键基因,经TRRUST确定共12个TF协同参与检查点激酶1(CHEK1)、含杆状病毒IAP重复序列蛋白5(BIRC5)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、胸苷酸合成酶（TYMS）、细胞周期蛋白B1(CCNB1)关键基因的调控。结论 CHEK1、BIRC5、CCNB2、TYMS、CCNB1可作为坐骨神经痛的新治疗靶点和预防标志物。