携带blaADC基因鲍曼不动杆菌可移动遗传元件研究

摘要：目的: 了解携带bla_ADC基因的鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii,Ab）中整合子、转座子、插入序列及接合性质粒等可移动遗传元件的携带情况。 方法：收集临床分离的179株Ab,用PCR扩增检测bla_ADC基因,对bla_ADC扩增阳性的菌株用PCR检测4类可移动遗传元件整合子遗传标记(intI 1、intI 2、intI 3、qacE△1-sul1)、转座子遗传标记(merA、tnpU、tnp513、tnpA)、插入序列遗传标记（ISAba1、IS26）及接合性质粒遗传标记（traA、trbC）等基因,并用K-B纸片扩散法对bla_ADC扩增阳性菌株分别进行药物敏感性试验。 结果：179株Ab中共检出bla_ADC基因阳性117株。其中,intI 1、qacE△1-sul1、merA、tnpU、tnp513、ISAba1、IS26检出阳性率分别为71.8%、98.3%、94.9%、93.2%、76.9%、98.3%、100.0%,其余5种可移动遗传元件未检出。每株最少检出可移动遗传元件3种,占总株数的0.9%;最多检出7种,占总株数的50.4%。 结论：携带bla_ADC基因的Ab易检出各类可移动遗传元件,其耐药性可能与可移动元件的存在有关。     

克雷伯属菌耐药元件检测及指标与样本聚类分析

目的探讨耐药克雷伯属菌获得性耐药相关基因和可移动遗传元件的关系以及与菌株间的亲缘关系。方法收集20株从患者标本中分离的耐药克雷伯属菌,用PCR法分析67种水平转移获得的β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类获得性耐药基因和12种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动元件标志基因,再对检测结果作指标聚类分析(UPGMA法)和样本聚类分析(neighbour-joining法)。结果 20株耐药克雷伯属菌共检出6种β-内酰胺类、5种氨基糖苷类、4种喹诺酮类耐药基因和8种可移动遗传元件的遗传标志;指标聚类分析提示,KPC与ISKpn6高度相关联,SHV与IS26高度相关联;样本聚类分析显示,4号与18号株、15号与20号株分别为克隆传播。结论克雷伯属菌耐药元件检测可揭示菌株耐药的遗传学背景。     

细菌整合子与多重耐药性研究进展

整合子(integron)系统作为新的细菌耐药机制越来越受到关注.整合子是一种可移动的基因表达元件,可以捕获外来耐药基因,并通过接合性质粒、转座子、整合型噬菌体在同种和不同种菌属间传播,使细菌的耐药性得以广泛扩散.该文就整合子与细菌多重耐药性关系作一综述.     

耐碳青霉烯铜绿假单胞菌耐药机制和传播机制研究

目的阐明南方医科大学南方医院耐碳青霉烯铜绿假单胞菌的耐药机制和传播机制。方法采用聚合酶链反应(PCR)-限制性核酸片段长度多态性分析分型和测序技术对临床分离的59株耐碳青霉烯铜绿假单胞菌进行整合子Ⅰ、插入序列共同区(ISCR1)和常见碳青霉烯酶基因研究,采用肠杆菌科间重复一致性序列(ERIC)-PCR技术研究传播机制。结果 59株菌株中20株(34%)整合子Ⅰ阳性,17株(29%)整合子Ⅰ可变区阳性;9株(15%)ISCR1阳性,5株(8%)ISCR1可变区阳性且均携带qnrA1和ampR耐药基因盒。1株检出复杂性整合子Ⅰ,3株检出VIM-2基因,2株检出IMP-1基因。ERIC-PCR聚类分析在80%相似水平上聚为52个类群。结论整合子Ⅰ、ISCR1和碳青霉烯酶在铜绿假单胞菌介导多重耐药方面有重要作用,ERIC-PCR是进行铜绿假单胞菌同源性分析的有效方法。     

复合转座子ISEcp1B与IS903介导CTX-M ESBLs新基因亚型传播机制的研究

目的研究肺炎克雷伯菌Kp49,CTX-M型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)新亚型的基因环境,并分析其传播的分子机制。方法用K-B药敏法分析肺炎克雷伯菌Kp49的耐药性;用多重聚合酶链反应(PCR)技术扩增CTX-M-G1、TEM、SHV、DHA、ACT、IMP-1、VIM-1、ISEcp1B、IS903及Ⅰ类整合子,PCR扩增ISEcp1B下游的CTX-M型ESBLs全序列并测序。结果肺炎克雷伯菌Kp49只对亚胺培南敏感,对其余21种抗菌剂均耐药。检出TEM、SHV、CTX-M-G1及DHA基因Ⅰ类整合子。检出1种新的CTX-M ESBLs基因亚型,全长876 bp,与blaTX-M-14相比有1个核苷酸不同(GenBank登陆号:EF446126)。blaCTX-M-like的上游是ISEcp1B的遗传元件,下游是插入序列IS903的保守序列组成复合转座子。可能是ISEcp1B序列通过转座子机制俘获β-内酰胺酶,并提供-35及-10位点2个启动子,对下游CTX-M型ESBLs的高水平表达起重要的调控作用。结论插入序列ISEcp1B与IS903组成的复合转座子可能介导了新的CTX-M ESBLs基因亚型的水平传播,并驱使其高度表达,使Kp49对多种抗菌剂耐药。     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌Ⅰ类整合子及ISCR1与细菌耐药性的相关性研究

目的探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌临床分离株Ⅰ类整合子和插入序列共同区(ISCR1)的分布情况以及所携带耐药基因的种类,分析其结构及其与耐药性关系。方法收集并鉴定临床分离非重复碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌株44株。采用VITEK2COMPACT全自动微生物鉴定药敏分析仪和纸片扩散法进行常规药物敏感试验,聚合酶链反应(PCR)检测整合酶Ⅰ、ISCR1及二者可变区携带的耐药基因。结果 44株肺炎克雷伯菌32株Ⅰ类整合子阳性,未检出Ⅱ/Ⅲ类整合子基因,29株Ⅰ类整合子可变区阳性,携带耐药基因aadA;6株ISCR1阳性,其中1株ISCR1携带的耐药基因sul1;5株同时携带Ⅰ类整合子和ISCR1基因的菌株有1株显示两种元件以串联的形式存在于耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌中。药敏试验结果显示,携带Ⅰ类整合子菌株比未携带Ⅰ类整合子菌株耐药性高。结论Ⅰ类整合子广泛存在于耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌中,对菌株耐药性有影响。ISCR1携带较少,其中两种元件以串联形式存在的复合结构影响耐药基因在不同耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌株间的水平传播。     

产NDM-1弗劳地枸橼酸杆菌整合子和插入序列共同区1检测及分型

目的研究临床分离产NDM-1弗劳地枸橼酸杆菌中整合子和插入序列共同区1(ISCR1)移动元件的分布和携带耐药基因盒情况,以及菌株的同源性。方法收集昆明医科大学第一附属医院2012年6月-2014年10月产NDM-1弗劳地枸橼酸杆菌18株,采用VITEK 2全自动药敏鉴定仪进行菌种鉴定和药敏试验;PCR及测序法检测Ⅰ~Ⅲ类整合酶基因和ISCR1元件保守区,以及可变区携带的耐药基因盒;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对菌株进行分型研究。结果检测菌株中77.8%(14/18)菌株Ⅰ类整合子保守区阳性,27.8%(5/18)菌株ISCR1元件保守区阳性,未检测到Ⅱ、Ⅲ类整合子;72.2%(13/18)菌株Ⅰ类整合子可变区阳性,未检测到ISCR1元件的可变区;整合子可变区含有编码对氨基糖苷类抗生素耐药的基因盒(aad A1、aad A5、aac(6')-Ib-cr)和编码对磺胺类抗菌药物耐药的基因盒(dfr A、dfr A15、dfr A17),可变区基因盒未检测到NDM-1耐药基因;PFGE分型将18株菌分成17种型。结论产NDM-1弗劳地枸橼酸杆菌克隆播散趋势不明显,Ⅰ类整合子广泛存在于此类菌中,ISCR1元件携带率较低,并且这两类移动元件与我院NDM-1基因的传播无关。     

多药耐药铜绿假单胞菌耐药基因研究

目的研究1株多药耐药铜绿假单胞菌的β-内酰胺酶基因、菌膜蛋白OprD2基因、整合子和转座子介导的各种耐药基因、16SrRNA甲基化酶及氨基糖苷类修饰基因以及氯霉素与四环素相关耐药基因的的存在情况。方法以K—B法测量其对抗菌药物的耐药性;以PCR法检测其相关耐药基因;以PCR直接全自动荧光法进行阳性基因测序。结果该株铜绿假单胞菌检出TEM基因OXA-10基因,且伴有OprD2缺失;转座子遗传标记MerA阳性,Ⅰ类整合子遗传标记qacEAl-Sul1阳性;耐氨基糖苷类基因aac（3）-Ⅱ、aac（6’）-Ⅱ、rmtB阳性,耐氯霉素基因cm1A阳性。结论造成本株铜绿假单胞菌多药耐药的主要原因是该菌株存在多种抗生素相关耐药基因。     

革兰阴性杆菌产β-内酰胺酶及其耐药分子机制的研究

目的分析革兰阴性杆菌所产β-内酰胺酶的表型及基因分型,并研究其耐药分子机制。方法用纸片扩散初筛试验、扩散确证试验进行超广谱β-内酰胺酶（extended spectrum beta-lactamases,ESBLs）表型检查,头孢西丁三维试验进行AmpCβ-内酰胺酶的表型检查,纸片协同试验筛选产金属β-内酰胺酶（metallo-beta-lactamase,MBL）菌株;用多重PCR技术扩增β-内酰胺酶基因并进行DNA测序;用PCR技术扩增基因元件整合子、插入序列ISEcp1B和转座子tnpU;用MIC药敏法分析革兰阴性杆菌的药物敏感性。结果①革兰阴性杆菌β-内酰胺酶的表型总检出率为24.28%（42/173）,主要由单产ESBLs引起,占13.29%,β-内酰胺酶的基因型总检出率为24.86%;②整合子检出49株占28.32%,ISEcp1B插入序列检出29株占16.76%,转座子tnpU检出28株占16.18%,基因元件阳性的菌株大多数β-内酰胺酶表型为阳性;③β-内酰胺酶阳性菌株对抗生素的耐药率显著高于阴性菌株。结论革兰阴性杆菌可携带多种β-内酰胺酶,基因元件广泛分布于革兰阴性杆菌中,可能在多重耐药机制中起重要作用。     

ICU分离大肠埃希菌磺胺类相关耐药基因研究

目的:了解ICU分离大肠埃希菌磺胺类耐药基因流行特征及其相关转座元件的分布情况.方法:ICU分离大肠埃希菌239株,采用K-B法分析其耐药性PCR扩增sul1、sul2、sul3,对于sul阳性株进一步扩增相关转座元件基因.结果:大肠埃希菌对磺胺异噁唑和复方新诺明的耐药率分别为80.8％、60.7％. 46株磺胺敏感株中,sul1阳性2例在193株磺胺耐药株中,检出sul1阳性120例,sul2阳性132例,sul3阳性11例；有10株三种sul基因均扩增阴性在122株sul1阳性菌中,112例Ⅰ类整合酶阳性,4例ISCR1阳性.在132株sul2阳性菌株中,5例ISCR2阳性在11株sul-3阳性菌中,9例Ⅰ类整合酶阳性,7例IS26阳性结论:ICU分离大肠埃希菌磺胺类耐药基因主要以sul2和sul1为主;Ⅰ类整合酶、ISCR1、ISCR2、IS26等转座元件与磺胺类耐药基因共存,加剧了磺胺类耐药性的播散.     

产CMY型AmpC酶费劳地枸橼酸杆菌的耐药机制研究

目的研究产CMY型AmpC酶费劳地枸橼酸杆菌的耐药机制。方法应用VITEK-2药敏卡S检测4株费劳地枸橼酸杆菌的MIC,用PCR技术扩增ESBLs、AmpC酶基因、Ⅰ类整合子及插入序列ISEcp1B,对PCR产物进行DNA测序,并进行质粒接合试验以了解耐药基因的转移。结果 4株费劳地枸橼酸杆菌对青霉素类、头孢菌素类、喹诺酮类、氨基糖甙类抗生素均表现为耐药,但对呋喃类和碳青霉烯类表现为敏感;β-内酰胺酶基因的检出情况:TEM-1(2/4)、SHV-1(2/4)、CTX-M-G1(1/4)、DHA(2/4),Ⅰ类整合子(2/4),ISEcp1B(1/4);质粒接合试验证实其中3株费劳地枸橼酸杆菌的质粒上都含有CMY基因,为可转移质粒。结论 4株费劳地枸橼酸杆菌的β-内酰胺酶耐药基因、插入序列、Ⅰ类整合子和可转移质粒检出率较高,对费劳地枸橼酸杆菌多重耐药的形成起了重要作用。     

耐复方新诺明嗜麦芽窄食单胞菌耐药基因检测及同源性分析

目的：探讨嗜麦芽窄食单胞菌临床分离株耐复方新诺明的耐药机制及同源性。方法2013年1月至2013年12月共分离获得126株嗜麦芽窄食单胞菌，药敏试验采用 K-B法。 PCR法检测sul1、sul2、ISCR2、I类整合子。并对I类整合子PCR扩增阳性产物进行测序分析，确定基因型， ERIC-PCR对其同源性进行分析。结果嗜麦芽窄食单胞菌对复方新诺明的耐药率为17.4％。22株耐药菌有16株sul1阳性，15株I类整合子阳性；未发现sul2、ISCR2阳性株。22株耐药株分为21个基因型。结论本院嗜麦芽窄食单胞菌耐复方新诺明与sul1和I类整合子高度相关，与 sul2、ISCR2无关，耐药菌株之间无遗传相关性。     

铜绿假单胞菌整合子Ⅰ和ISCR1分布及ERIC-PCR分型

目的研究临床分离铜绿假单胞菌的整合子Ⅰ和ISCR1的分布情况,并对其进行基因分型。方法分离临床234株铜绿假单胞菌,用WHONET5.4分析菌株药敏情况,PCR检测整合酶Ⅰ、整合子Ⅰ、ISCR1以及ISCR1携带的耐药基因。ERIC-PCR进行基因分型。结果铜绿假单胞菌对阿莫西林/克拉维酸、氨苄西林、氯霉素、头孢唑啉、米诺环素、氨苄西林/舒巴坦高度耐药,对环丙沙星、头孢他啶、头孢哌酮/舒巴坦、阿米卡星、亚胺培南、美洛培南较敏感,118株整合酶Ⅰ阳性,95株Ⅰ类整合子可变区阳性,3株ISCR1和ISCRI携带的耐药基因阳性。118株整合酶Ⅰ阳性铜绿假单胞菌分为89个基因型。结论Ⅰ类整合子广泛存在于铜绿假单胞菌中,ISCRI携带率较低,ERIC-PCR可用于临床分离铜绿假单胞菌的基因分型。     

肠球菌属细菌高水平庆大霉素耐药及其转座子的检测

目的研究2006—2009年北京地区临床分离高水平庆大霉素耐药(HLGR)肠球菌属细菌的双功能修饰酶基因转座子结构。方法采用脑心肉汤微稀释法测定北京地区169株临床分离粪肠球菌和21株屎肠球菌的高水平庆大霉素耐药性,应用菌落PCR扩增方法检测HLGR菌株中双功能修饰酶基因及两端插入序列(IS256),分析转座子结构。结果 169株粪肠球菌中,111株(65.7%)为HLGR株,HLGR菌中97.3%含有双功能修饰酶基因,其中10.2%含有完整结构的转座子(双功能修饰酶基因两端均含有IS256插入序列),89.8%含有截断结构的转座子(缺失一端或两端的插入序列)。21株屎肠球菌中,15株(71.4%)为HLGR株,所有HLGR菌株均含有双功能修饰酶基因,其中13.3%含有完整结构的转座子,86.7%含有截断结构的转座子。结论 2006—2009年北京地区临床分离肠球菌HLGR率高,并且绝大多数HLGR株含双功能修饰酶基因,通常形成截断结构的转座子。     

肺炎克雷伯菌泛耐药株的质粒耐药元件研究

目的 通过对泛耐药肺炎克雷伯菌JM45的质粒1(pJM45-1)耐药元件分析,从基因组水平研究其泛耐药的遗传学基础。方法 采用第二代高通量测序技术平台进行全基因组测序,生物信息学方法分析pJM45-1质粒的耐药元件,并与已在NCBI登录的质粒序列作聚类分析(Fast Minimum Evolutin法)。结果 pJM45-1质粒大小为317 156 bp,功能注释分析发现该质粒为可接合转移质粒,携带了抗菌药物耐药编码基因、重金属离子耐受编码基因、毒素编码基因和转座子以及插入序列等83个耐药相关编码基因。pJM45-1质粒与耐药质粒R100(登录号:AP000342.1)的全长94 281个序列中的45 995个序列有99%相同;与接合性质粒F质粒(登录号:AP001918.1)的全长99 159个序列中的8322个序列有87%相同。pJM45-1质粒与源自肺炎克雷伯菌的质粒在同一簇(cluster),与源自其他肠杆菌的质粒不在一个簇。结论 肺炎克雷伯菌JM45 pJM45-1质粒携带大量耐药元件,是该菌株进化为泛耐药的主要原因。pJM45-1是可接合转移质粒,可将耐药基因在细菌间进行水平转移,造成耐药菌的播散。     

插入序列共同区在多种临床菌株间的分布及其与超广谱β-内酰胺酶基因blaPER-1的关系研究

目的 研究临床来源的多种类细菌中插入序列共同区(insertion sequence common regions,ISCRs)及超广谱β-内酰胺酶基因blaPER-1的分布情况,分析可移动元件IS CR1 与细菌多药耐药表型及blaPER-1基因散播的关系。 方法 收集2011-2012年河北省某医院临床独立菌株,应用梅里埃VITEK® 2 COMPACT全自动微生物生化鉴定系统结合16S rDNA序列分析进行种属鉴定,利用普通聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)方法进行IS CR1、blaPER-1和IS CR1-blaPER-1间区的扩增;分析IS CR1、blaPER-1种属分布状况及IS CR1与菌株耐药性的关系。 结果 共得到17种(属)314株临床独立菌株,其中IS CR1携带率为28.7%(90/314),在不动杆菌和肠杆菌科的多种细菌中携带较多;携带IS CR1的菌株中,96.7%(87/90)为多药耐药菌株,93.3%(84/90)耐受9类及以上抗菌药物;blaPER-1基因携带率为12.4%(39/314),在7种细菌检出,不动杆菌属细菌中检出最多(31株);21株不动杆菌属细菌和1株普通变形杆菌存在IS CR1-blaPER-1结构。 结论 IS CR1在多种细菌中广泛分布,细菌多药耐药表型和其携带有一定关系;blaPER-1基因在多种细菌中散播,IS CR1的基因捕获和移动机制可能造成了blaPER-1基因在不动杆菌属细菌中及在不同种细菌间的散播。     

整合子与细菌耐药相关性研究进展

整合子是近年来被发现的一种新的遗传结构元件,能够识别外界的耐药基因,可以通过位点特异性重组的方式捕获耐药基因并使其表达;也可以位于质粒或转座子上,作为质粒或转座子的一个组成部分,在转移的过程中使耐药基因在细菌中发生播散。整合子因为与细菌耐药性的产生和传播关系密切而备受各方的关注。     

河弧菌可移动遗传元件的预测与分析

  目的  研究河弧菌中可移动遗传元件的种类和分布，探究其对河弧菌适应性进化的意义。  方法  从公共数据库中获取170株河弧菌的基因组数据，使用MGEfinder软件识别河弧菌中的可移动遗传元件，并对其种类、插入活性、分布及毒力因子进行研究。  结果  170株河弧菌基因组中共识别到1 227个可移动遗传元件。 这些元件可归类为完整噬菌体、不完整噬菌体、插入序列、含有第二类内含子的元件、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件、只含有编码基因的元件以及不含任何开放读码框的元件共8类。 317个代表性元件序列簇中有307个转座活性都较低，但高转座活性的可移动遗传元件在河弧菌中分布更广泛。 可移动遗传元件携带的编码基因的功能主要涉及基因复制、重组、修复，以及基因转录等。 可移动遗传元件在环境分离株和临床分离株的分布没有差异。 在插入序列、含有丝氨酸/酪氨酸重组酶的元件、含有末端重复序列和编码基因的元件以及只含有编码基因的元件这4种可移动遗传元件中识别到多种毒力因子，且不同的可移动遗传元件携带的毒力因子不同。  结论  河弧菌含有多种类型、多种功能的可移动遗传元件，表现出以高转座活性可移动遗传元件为主导的适应性进化特征。     

铜绿假单胞菌耐药基因的检测与分析

目的研究铜绿假单胞菌连续分离株的多种耐药基因的分布状况和耐药机制。方法采用PCR方法检测1株铜绿假单胞菌β-内酰胺酶编码基因、菌膜蛋白oprD2基因、Tn21／Tn501型转座子编码基因merA、Ⅰ类整合子编码基因qacE△1-SU11、16SRNA甲基化酶及氨基糖苷类修饰酶基因、氯霉素耐药相关基因catB、cm1A。四环素耐药相关基因tetA、tetB以及小多药外排泵基因star-2。采用PCR直接全自动荧光法进行阳性基因测序。结果该株铜绿假单胞菌未检出TEM基因和OXA-10基因,检出OXA-2基因,且伴有OprD2缺失;转座子遗传标记MerA阳性,Ⅰ类整合子遗传标记qacE△1-Sul1阳性;耐氨基糖苷类基因aac（3）-Ⅱ、aac（6′）-Ⅰb、ant（3″）-Ⅰ、ant（2″）-Ⅰ阳性。未检出氯霉素耐药相关基因catB、cm1A和四环素耐药相关基因tetA、tetB以及小多药外排泵基因smr-2。OXA-2阳性产物进行基因测序．将测得序列翻译成氨基酸序列与美国核酸库已登录的OXA氨基酸序列比较,与OXA-21型最为接近,但仍存在二个氨基酸序列差别。结论我院多药耐药铜绿假单胞菌存在多种耐药基因,介导了细菌的多药耐药。     

整合子系统与细菌多重耐药关系的研究进展

随着抗生素的广泛使用．细菌在抗生素的选择压力下耐药株不断产生．其中细菌通过基因的水平转移,获得外源性耐药基因是加快临床耐药菌株产生的重要原因。与细菌耐药基因水平转移密切相关的遗传结构有质粒、转座子、整合型噬菌体以及近年来在细菌中发现的一种天然的克隆表达系统整合子（integron）。整合子通过位点特异性重组捕获外源基因盒（genecassettes）并使之表达．同时整合子可位于质粒上,或自身作为转座子的一个组成部分而参与转移．使耐药基因发生播散。整合子因其在细菌耐药基因水平转移中的重要作用而受到研究者的关注。在分子流行病学研究中．整合子的检测可以成为一种有用的工具来发现一些交叉感染．在一些细菌感染爆发流行时。经常可检出I类整合子,这就可以利用检测整合子来预测细菌感染的爆发流行。