首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 234 毫秒
1.
运用网络药理学方法探讨资木瓜治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的物质基础和作用机制,并通过分子对接和实验验证资木瓜抗RA的潜在靶点。从中药系统药理学数据库与分析平台筛选资木瓜中的活性成分及靶点。利用GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库获取RA相关靶点,两者取交集,即资木瓜治疗RA的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件,构建“中药-活性成分-共同靶点-疾病”网络。利用STRING建立蛋白相互作用(PPI)网络,运用RStudio 4.1.0软件对核心基因进行可视化。运用DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析,预测其富集的信号通路并进行可视化展示。将筛选出来的活性成分作为配体,与筛选得到的RA核心靶点进行分子对接分析,最后通过动物实验进一步验证实验结果。资木瓜的主要活性成分4种、对应靶点137个,药物疾病共同靶点37个;GO富集分析得到239个条目(P<...  相似文献   

2.
目的 运用网络药理学及分子对接技术探究复方雷公藤逐痛颗粒(CTWPGs)干预类风湿关节炎(RA)的分子作用机制。方法 通过检索相关文献,并运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药百科全书数据库(ETCM)、分子机制生物信息学分析工具(BATMAN)等获取CTWPGs的主要活性成分和作用靶点,利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、药物银行(Drug Bank)、基因卡(Gene Cards)、治疗靶点数据库(TTD)等获取RA相关靶点;药物与疾病靶点映射后获取交集靶点,以String数据库对交集靶点构建蛋白互相作用网络,并分析、筛选核心靶点;通过注释、可视化、集成发现数据库(DAVID)对核心靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析,以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,采用Cytoscape3.6.0构建CTWPGs“活性成分-靶点-信号通路”的可视化网络。结果 通过筛选获得CTWPGs干预RA的作用成分共47种,得到作用于RA的核心靶点34个。GO功能富集分析共得到357个条目(P<0.05),其中生物过程条目299个,细胞组成条目21个,分子...  相似文献   

3.
目的:筛选类风湿性关节炎的关键靶点及大血藤的干预研究。方法:基于CTD(Comparative Toxicogenomics Database)筛选类风湿性关节炎靶点,通过KABOX和DAVID对RA靶点进行通路富集分析。借助STRING结合Cytoscape对RA(Rheumatoid Arthritis)通路中关键靶点进行相互作用分析。基于分子对接(SYBYL 2.1.1)研究大血藤活性成分与关键靶点的作用特征。结果:类风湿性关节炎靶标175个,DAVID和KOBAX通路中包括RA通路,RA通路包括16个靶点(TNF、IL-6、TLR2、IL1β、IL18、IL23A、CSF2、VEGF2、IFNG、CTLA4、CXCL8、CD28、CXCL6、HLA-DPB1、HLA-DRB1、HLA-DQA2)。通过与10个关键靶点分子对接明确:肿瘤坏死因子、血管内皮生长因子A、白介素1β、toll样受体2为大血藤治疗类风湿性关节炎的关键靶标蛋白;谷甾醇、毛柳甙、内消旋二氢愈创木酯酸为关键活性成分。结论:初步筛选出大血藤发挥抗RA的活性成分及关键靶点,为大血藤治疗RA活性成分的开发提供理论依据。  相似文献   

4.
目的:基于网络药理学探讨秦七风湿方(QQFSF)治疗类风湿性关节炎(RA)的物质基础及其作用机制。方法:通过中医百科全书数据库(ETCM)检索QQFSF中珠子参、秦艽、山茱萸3味中药的成分和靶点;从NCBI、Geencards数据库中检索RA的相关靶点,将QQFSF治疗RA的靶点通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析及DAVID进行功能通路富集分析,预测其作用机制。运用Cyoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-通路”网络,经拓扑学分析得到核心成分和靶点。结果:从QQFSF筛选出成分122个,其中有靶点的成分84个,共筛选到靶点420个。检索得到RA的靶点1 225个。经映射分析,获得成分与疾病的共同靶点72个。通过对网络进行拓扑分析,得到熊果酸、齐墩果酸等核心成分及ABCB1、ABCC1、PIK3CG等核心靶点。经DAVID(P<0.05)富集分析,得到62条信号通路。最后通过分子对接技术对核心成分及靶点进行验证。结论:QQFSF治疗RA的主要成分是熊果酸、齐墩果酸、棕榈酸,靶点主要涉及ABCG2、ABCB1、PIK3CG等,并通过甲状腺激素信号通路、胰岛素抵抗、核因子κB信号通路等达到治疗RA的作用。  相似文献   

5.
目的:运用计算机网络药理学技术筛选昆明山海棠-益母草药对治疗RA的的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,建立药物成分-活性成分-作用靶点网络,进一步探讨昆明山海棠-益母草药对治疗类风湿关节炎(RA)的潜在作用机制。方法:通过Dis Ge NET,TTD,Drugbank数据库收集RA疾病作用靶点;从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得昆明山海棠、益母草的潜在活性成分及其对应的靶点;使用Image GP平台筛选药物与疾病共有靶点;使用String数据库构建共有靶点互作(PPI)网络模型;采用Cytoscape软件建立"药物-活性成分-关键作用靶点"网络;采用String数据库构建蛋白质相互作用网络;利用Clue GO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:通过筛选得到9个药物活性成分,共涉及235个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分为7个,得到昆明山海棠-益母草药对-疾病共同靶点24个,共同靶点主要富集于278个生物过程和141条信号通路上发挥治疗RA的作用。结论:昆明山海棠-益母草药对对RA的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗RA的作用机制与临床应用提供了科学依据。  相似文献   

6.
目的 通过网络药理学、分子对接和实验验证探究何首乌-虎杖治疗脑小血管病(cerebral small vessel disease,CSVD)的作用机制。方法 运用TCMSP数据库筛选何首乌和虎杖的化学成分及相关靶点蛋白,在GeneCards和OMIM数据库获取痴呆、中风、健忘相关靶点,通过Cytoscape构建中药-活性成分-靶点网络图和蛋白相互作用图,再利用DAVID数据库对作用靶点进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集。利用Autodock将关键有效成分和重要靶点进行分子对接,评估其结合活性。最后采用β-淀粉样多肽1-42(amyloid β1-42,Aβ1-42)诱导BV-2细胞构建阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)细胞模型,采用Western blot法研究何首乌-虎杖对AD细胞模型关键靶点表达的影响。结果 筛选出24个化学成分,120个活性成分-疾病共有靶点。KEGG结果涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3-kina...  相似文献   

7.
[目的]采用网络药理学与分子对接探究益气养阴通络方干预类风湿关节炎(RA)的作用机制。[方法]通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)和文献查阅获得复方活性成分与靶点,采用Genecards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)等数据库获得疾病靶点,然后采用数据库计算出益气养阴通络复方成分与疾病的交集靶点。对交集靶点施行功能和通路富集分析,选取益气养阴通络方核心药物靶点与关键化合物施行分子对接。[结果]网络药理学共筛选出益气养阴通络方的83种活性成分和779个潜在靶点,RA相关靶点5 393个,交集靶点465个,其中交集核心靶点9个(分别为SRC、STAT3、MAPK3、MAPK1、HSP90AA1、PIK3R1、GRB2、AKT1、PIK3CA)。富集得出PI3K-AKT、癌症相关及神经活性配体-受体相互作用等通路,其中PI3K-AKT信号通路可能是复方干预RA的关键通路之一。对接计算表明,益气养阴通络方的11种主要活性成分与关键靶点SRC、STAT3、PIK3R1、AKT1均有较稳定的结合,其中与AKT的结合可能最大。[结论]益气养阴通络方通过多成分-...  相似文献   

8.
目的:通过网络药理学及分子对接方法探究虎杖-金钱草药对治疗肝癌的作用机制。方法:以TCMSP、TCMIP、BATMAN-TCM、HERB、GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库为来源,获取虎杖及金钱草的活性成分、作用靶点及肝癌疾病靶点。使用STRING数据库和Cytoscaape软件对共同靶点绘制蛋白质相互作用网络(PPI)获取核心靶点。应用DAVID数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。应用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点-疾病-信号通路”网络。最后运用AutoDock Tools、PyMOL进行分子对接验证。结果:经过筛选得到“虎杖-金钱草”治疗肝癌的潜在核心靶点17个。GO功能分析得到663条结果,KEGG通路富集分析主要涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等139条通路。分子对接结果显示,虎杖-金钱草主要活性成分与关键潜在作用靶点Akt1、Src、EGFR、HSP90AA1和ErbB2均能自发结合且具有较好的亲和力。结论:虎杖-金钱草可能结合多个成分和靶点,调控多条通路发挥靶向治疗肝癌的作用。  相似文献   

9.
目的 基于网络药理学及分子对接技术,探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点,GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点,得出交集靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件,构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图,构建PPI网络并进行GO和KEGG分析,并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个,对应靶点94个,RA相关靶点5589个,交集靶点72个;主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等;涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础,阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。  相似文献   

10.
《河北中医》2021,43(5)
目的 探讨传统中医药治疗类风湿关节炎(RA)的用药规律,并用复杂网络药理学的方法阐释其治疗机制。方法 检索《中华医典》获取治疗RA中药数据库,对纳入的高频药物使用SPSS Modeler 18. 0、SPSS Statistics 26软件进行关联和聚类分析,运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出高频药物的活性成分,整理TCMSP、瑞士靶点预测数据库(Swiss Target Prediction)、人类基因和网络功能分析数据库(Gen CLi P 3. 0)中RA的潜在治疗靶点,将药物和疾病靶点进行一一映射,了解作用靶点,通过注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)对其进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并借助功能蛋白协作网络(STRING)数据库和Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-通路-疾病”模型和蛋白互作模型。结果 共纳入585首方剂,主要药物分类为解表药、活血化瘀药,通过关联和聚类分析方法发现常用药对为当归-川芎,筛选出其9个活性成分,9个作用靶点,主要通过调控9条主要信号通路发挥其治疗RA的作用。结论 RA治疗多以活血化瘀药为主,临床可配伍加减解表药和补虚药。其中,常见药对当归-川芎治疗RA的作用机制主要可能与调控肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、Janus激酶/信号转导和转录激活因子(JAK-STAT)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、B细胞受体信号通路等信号通路有关。  相似文献   

11.
通过网络药理学和分子对接的方法研究麻黄连翘赤小豆汤治疗湿疹(eczema)的作用机制.首先利用TCMSP数据库挖掘麻黄连翘赤小豆汤中各个药物的活性成分并预测其作用靶点,借用Uniprot数据库将靶点蛋白名称标准化.然后通过GeneCards,OMIM,PharmGkb,DrugBank等数据库获得湿疹的疾病靶点.取药物...  相似文献   

12.
目的 本研究主要通过网络药理学的技术和方法,探讨益肾养髓方治疗脊髓损伤的关键靶点及其作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台、中药综合数据库搜集益肾养髓方中所有药物的化学成分,筛选其有效活性成分并预测其作用靶点。通过GeneCards、OMIM等数据库提取脊髓损伤疾病相关基因。随后获取药物与疾病的共同作用靶点,并将其上传至在线STRING11.0数据库构建蛋白质相互作用网络图,并对关键蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果 共获得益肾养髓方化学成分1071个,有效活性成分139个,药物靶点217个,脊髓损伤疾病相关靶点1524个,药物与疾病共同靶点118个。根据PPI蛋白互作网络的结果得出,益肾养髓方治疗SCI疾病的关键靶点为STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、IL6、RELA等。GO功能富集分析主要提示与细胞因子受体结合、细胞因子活性、转录因子活性等相关。KEGG通路富集分析主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路等。结论 本研究从整体层面初步预测了益肾养髓方治疗脊髓损伤相关疾病的作用靶点与信号通路,为更深层次的研究提供了思路和方向。  相似文献   

13.
目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...  相似文献   

14.
目的:通过网络药理学及分子对接技术探究清肺化痰方改善慢性阻塞性肺疾病急性加重期(AECOPD)气道黏液高分泌的有效成分和潜在分子机制。方法:首先使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)收集清肺化痰方的活性成分和潜在靶点,利用GeneGards等多个数据库筛选AECOPD气道黏液高分泌的疾病靶点;然后将疾病靶点与药物预测靶点取交集,借助Cytoscape3.7.2软件构建交集靶点网络以及蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用DAVID进行GO和KEGG富集分析。最后,将药物活性成分与疾病靶点进行分子对接。结果:清肺化痰方中54个有效活性成分可通过67个潜在靶标改善AECOPD的气道黏液高分泌,涉及TNF信号通路、IL-17、PI3K-Akt等相关信号通路。槲皮素、木犀草苷、β-谷甾醇等成分与AKT1、IL6、EGF等靶标蛋白结合稳定。结论:初步揭示清肺化痰方可直接改善AECOPD气道黏液高分泌,以及其多靶点、多通路的潜在作用机制,为后续研究提供思路。  相似文献   

15.
目的:采用网络药理学方法探讨健脾益肾化浊方治疗卒中后认知障碍(PSCI)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)及ETCM数据库筛选健脾益肾化浊方的活性成分,运用Swiss Target Prediction数据库对活性成分进行靶点预测;运用GeneCards数据库筛选PSCI相关疾病靶点;运用RStudio软件对健脾益肾化浊方及PSCI共同靶点绘制韦恩图;将二者共同靶点通过STRING及Metascape数据库分别进行PPI分析,基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;运用Cytoscape 3.6.0绘制“健脾益肾化浊方-靶点-PSCI-通路”网络图;采用AutoDock对核心成分及核心靶点进行分子对接验证。结果:筛选出健脾益肾化浊方39种活性成分和553个靶点,筛选出PSCI潜在靶点2 305个,二者共同靶点为254个。通过GO及KEGG富集分析,发现健脾益肾化浊方可能通过突触可塑性、抗细胞凋亡、抗炎等多靶点、多途径发挥对PSCI的治疗作用。分子对接结果提示活性成分Stigmasterol与核心靶点(MAPK1、SRC、MAPK3、TP53、HSP90AA1),Palmatine与核心靶点(AKT1)具有较好的结合活性。结论:健脾益肾化浊方治疗PSCI可能通过调节突触可塑性、抗细胞凋亡、抗炎等生物学过程发挥作用。  相似文献   

16.
目的:探讨缓衰方对慢性肾脏病(CKD)心肾保护作用的机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索缓衰方中5味中药的有效活性成分并获得相应的预测靶点;通过GEO数据库、GeneCards数据库和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索与CKD和心血管疾病(CVD)相关的靶点,并对药物靶点和疾病靶点进行映射取交集作为缓衰方对CKD患者心肾保护作用的关键靶点。基于String数据库对关键靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,并通过拓扑分析得到缓衰方对CKD患者心肾保护作用的核心靶点,基于autodock软件对缓衰方的活性成分和核心靶点作分子对接,分析成分和靶点的结合能力。并对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共得到缓衰方有效活性成分105种,预测靶点135个,得到CKD疾病相关靶点1 436个,CVD疾病相关靶点744个。共得到缓衰方对CKD心肾保护作用的关键靶点53个,拓扑分析得到核心靶点18个,分子对接结果显示缓衰方的11个活性成分和10个核心靶点平均最低结合能为-6.58 kcal/mol,其中豆甾醇、槲皮素与PTGS2靶点蛋白结合能最高。共得到对氧含量的反应、细胞对药物的反应、循环系统中的血管过程等1 275个GO富集结果和低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等76条KEGG信号通路。结论:缓衰方通过多成分、多靶点、多信号通路途径实现对CKD的心肾保护作用。  相似文献   

17.
目的通过分子对接和中药系统药理学平台探讨沙棘的物质基础及抗糖尿病作用机制。方法类药性评估筛选沙棘活性成分并查找相关靶点;通过OMIM、Genecards数据库搜索糖尿病相关靶点;将有效成分靶点和疾病靶点进行韦恩映射。借助Cytoscape构建药物、成分、靶点、疾病网络图;应用STRING数据库构建蛋白互作网络;筛选前5个核心基因与候选化合物利用Autodock vina做分子对接;利用Bioconductor对核心靶点进行GO和KEGG富集。结果从沙棘中获得33个候选成分,相关靶点蛋白170个;筛选糖尿病相关靶点9310个,韦恩映射得到159个交集基因,蛋白互作网络筛选5个关键靶标JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6,涉及AGE-RAGE、Fluid shear stress and atherosclerosis、TNF等通路发挥抗糖尿病作用。结论沙棘具有多成分、多靶点、多途径调节糖尿病的作用特点,为后续实验研究提供理论依据。  相似文献   

18.
该文通过网络药理学分析白头翁汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的分子机制,并通过动物实验对相关靶点作初步验证。应用Cytoscape软件,通过TCMSP,GeneCards,Uniprot数据库构建"活性成分-靶点-疾病"网络。通过STRING数据库构建蛋白互作网络,推测核心靶点。使用R软件对靶点进行GO,KEGG富集分析。使用Autodock Vina软件对活性成分和核心靶点进行分子对接。用白头翁汤干预葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导UC小鼠,通过HE染色法观察小鼠结肠的病理改变,通过免疫组化分析相关基因的表达情况。结果表明,通过网络药理学从白头翁汤中找到26个有效成分,30个核心靶点。GO富集分析显示,这些基因主要影响核受体的活性、转录因子的活性、类固醇激素受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、蛋白质异二聚化活性、转录辅助因子的结合等生物过程。KEGG富集分析显示,P53信号通路、EGFR信号通路、TNF信号通路、PI3K-AKT信号通路和一些癌症相关通路基因富集较多。分子对接显示,与有效成分对接较好的基因有EGFR,PPARG,CASP3,NOS3,caspase-9,CCND1,ADH,IL6,NFKB1。实验验证白头翁汤对小鼠结肠病理有改善作用,EGFR是其作用的靶点之一。该研究证明白头翁汤可通过多靶点、多通路治疗UC,为未来研究提供了理论依据。  相似文献   

19.
杨艳妮  袁培培  冯敖梓 《中草药》2022,53(5):1463-1470
目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...  相似文献   

20.
目的 利用网络药理学及分子对接技术,研究茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)的物质基础及可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库挖掘茵陈蒿汤有效成分和作用靶点,利用GeneCard与OMIM数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病靶点的交集导入String构建PPI网络,使用Cytoscape3.7.2软件筛选核心靶点,借助Metascape数据库对靶点进行基因本体论(GO)功能和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,从筛选靶点-成分网络图中根据degree值筛选出前5个关键成分,并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序,选择前5个核心靶点,然后从RCSB PDB数据库和Pub Chem数据库获取靶点与成分的三维结构和化学结构,使用Pymol软件对蛋白质分子进行去水、去磷酸根等操作,最后使用AutoDockTools进行分子对接。结果 茵陈蒿汤中共筛选出21种有效活性成分,关键成分5个,分别为槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸;其治疗ICP的的核心靶点14个,分别为JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8,靶点主要涉及细胞氧化应激反应、细胞运动的正向调节、受体配体活性、细胞因子受体结合、蛋白激酶活性等生物学过程,通过乙型、丙型肝炎途径、癌症途径、MAPK、 IL-17、TNF信号通路等多途径发挥治疗ICP的作用。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。结论 茵陈蒿汤治疗ICP是通过槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸等多种成分作用于JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8等多种基因靶点,从而影响MAPK、 IL-17、肿瘤坏死因子、ErbB、 Toll样受体以及乙型丙型肝炎病毒等多种相关信号通路发挥功效,该研究为进一步深入研究其作用机制奠定了基础。  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号