甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究

目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究.方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉8株,威尼克外瓶霉1株(标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉1株.煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究.结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大.结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究.     

蓝氏贾第鞭毛虫C2株rRNA基因ITS1-5.8SrDNA-ITS2序列测定与分析

内转录间隔区（internal transcribed spacer ITS）为真核生物rRNA基因（rDNA）中串联重复存在的大小亚基间的内转录间隔序列.研究表明,贾第虫rDNA包含18S、5.8S和23SrDNA,3者的内转录间隔区为ITS-1和ITS-2,前者位于18S和5.8SrDNA之间,后者位于5.8SrDNA和23SrDNA间.18S、5.8S和23SrDNA序列较保守,进化速率较慢,不同种生物间同源性较大;而ITS序列并不保守,进化速率较快,种间同源性较小,是鉴定生物种株的一个十分有效的分子标志.研究表明,不同宿主和不同地域来源的蓝氏贾第虫虫株存在遗传学差异.     

人巨细胞病毒UL138基因在临床低传代分离株中的多态性研究

目的:研究人巨细胞病毒(HCMV)UL138基因在临床低传代分离株中的多态性及其与HCMV先天感染不同致病性之间的关系.方法:对30株经荧光定量PCR方法检测HCMV-DNA为阳性的临床低传代分离株进行HCMV-UL138全序列PCR扩增,对16株进行HCMV-UL138基因全序列测序及结果分析.结果:30株临床分离株中有20株UL138基因PCR扩增阳性.16株临床分离株HCMV-UL138开放阅读框架及编码蛋白的重要功能基团均高度保守.核苷酸序列进化树的分析结果表明:除20M外,先天性巨结肠株只存在于2a型,而小头畸形株仅存在于2b型.结论:HCMV UL138基因高度保守,但存在一定的多态性.     

肺结核继发真菌感染患者分离真菌的基因检测与鉴定的研究

目的探讨肺结核继发真菌感染患者分离致病性真菌的基因鉴定及其类型。方法采集80例肺结核患者的下呼吸道分泌物标本,接种科玛嘉（Chrom）琼脂平板、置温箱内28℃培养48～72h。分离的真菌分别以常规真菌学方法、PCR扩增核糖体基因转录间隔区（ITS）序列和25SrDNAⅠ型内含子序列进行鉴定。结果分离的99株真菌含78株酵母菌（78.8%）和21株霉菌（21.2%）。78株酵母菌的ITS基因鉴定法与生物学鉴定法的符合率为83.3%;21株霉菌ITS基因鉴定法与生物学鉴定法符合率为71.4%。99株真菌的ITS基因鉴定法与生物学鉴定法总符合率为80.8%。49株白假丝酵母菌经25SrDNAⅠ型内含子基因鉴定分为3型,包括基因A型21株（40.8%）、基因B型14株（28.5%）以及基因C型15株（30.6%）,未发现基因D型与基因E型菌株。结论花都区肺结核患者病原性真菌感染常见为酵母菌,其中主要是白假丝酵母菌,基因型为A型。检测ITS序列和25SrDNAⅠ型内含子序列有助于真菌感染的快速基因诊断和提高菌种鉴定的准确率。     

贵阳腐霉几丁质酶的活性及基因片段克隆与序列

目的: 研究贵阳腐霉(Pythium guiyangense Su)几丁质酶的活性及其基因片段的克隆与序列分析.方法: (1) 采用3,5-二硝基水杨酸比色法测定贵阳腐霉分泌的几丁质酶活性;(2)根据NCBI Protein 数据库中多种生物的几丁质酶氨基酸序列的保守区设计引物,以贵阳腐霉基因组DNA为模版,通过PCR扩增获得特异性DNA片段;(3)将该片段克隆并进行测序分析.结果: 贵阳腐霉经诱导后可以分泌几丁质酶.诱导24 h是该酶分泌高峰期.克隆到一207bp的DNA片段,其第182～207碱基序列与狗(Canis familiaris)的几丁质酶基因的部分序列相同.结论: 本实验证明贵阳腐霉核DNA含有几丁质酶基因,在几丁质类似物的诱导下,该菌可以分泌几丁质酶.所克隆的DNA片段可能是几丁质酶基因的部分序列.     

rRNA基因间隔区碱基测序对当归进行鉴定的研究

目的 通过rRNA基因内转录间隔区的碱基序列测定。对当归进行分子水平鉴定。方法 常规提取当归种籽DNA，利用合成的特异性引物对其rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增，将扩增产物进行碱基序列测定。结果 琼脂糖凝胶电泳证实当归种籽中rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物存在；经测序后得到了当归种籽rRNA基因内转录间隔区的碱基序列。结论 rRNA基因内转录间隔区的碱基序列测定可做为分子水平鉴定植物性中药材的又一有效途径。     

山东玫瑰花核糖体rDNA ITS序列分析初步探究

[目的]分析不同种质玫瑰花(Rosae Rugosae Flos)核糖体DNA的ITS序列,为其种质资源分子鉴别提供依据。[方法]采用聚合酶链反应(PCR)技术获得ITS基因,进行测序,经CLUSTALX(2.0)软件进行统计分析,计算各样本间的遗传距离。[结果]各样品间遗传距离范围为0.000~0.011,各样本不仅在非编码区的转录间隔区ITS1和ITS2存在多个变异位点,而且在保守的5.8S编码区也存在变异位点。[结论]ITS序列的测定为玫瑰花品种鉴别和种质资源优化提供分子生物学依据。     

广州地区HCMV低传代临床病毒株UL143基因的多态性研究

目的 研究广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株UL143基因的多态性.方法 对3株经多重PCR鉴定的HCMV临床低传代分离株进行HCMV UL143基因全序列扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体上测序,并将其序列与GenBank中公布的其它临床分离株UL143基因一起进行分析.结果 D3株UL143基因因碱基缺失形成多处终止密码无法产生有功能的蛋白:Toledo株UL143基因开放读码框由279个核苷酸组成,编码蛋白由92个氨基酸残基组成;其它临床分离株UL143基因开放读码框均由252个核苷酸组成,DNA序列比较保守,变异均为碱基替换,编码蛋白由83个氨基酸残基组成,氨基酸序列也很保守,不同临床分离株氨基酸变异率为1.2%～2.4%;HCMV UL143蛋白翻译后修饰位点在除Toledo株之外的所有分离株中均高度保守,没有缺失或新增;不同临床分离株UL143蛋白二级结构有所不同;除Toledo株外,其余分离株UL143蛋白的等电点均为8.75.结论 临床低传代分离株HCMV UL143基因DNA及其编码产物的氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性.     

天麻ITS序列的聚合酶链反应扩增

目的:为天麻核糖体DNA中的内转录间隔区(internal transcribed spacer ,ITS)序列分析提供可靠、特异的聚合酶链反应(PCR)条件.方法:选择ITS序列通用引物对天麻ITS序列进行PCR扩增,对一系列PCR条件参数进行摸索,同时对PCR产物进行纯化后直接测序.结果:天麻ITS序列PCR扩增产物约为750 bp,不同来源样本存在有一定的差异.经测序后与Genebank中相关序列比对,天麻ITS序列总长度为598 bp,其中ITS1为235 bp,ITS2为209 bp,5.8S为154 bp,G C(%)为52%.结论:扩增天麻ITS序列的PCR反应条件可以得到可靠、特异的结果.     

应用rDNA ITS测序检测海南岛条件致病性真菌

目的:应用内转录间隔区(ITS)引物建立一种较为敏感、特异检测和鉴定条件致病性真菌的方法,为进一步鉴定不同真菌的种、型的亲缘关系提供分子生物学依据。方法:用常规的真菌检验方法对76份口腔标本做初步鉴定,采用通用引物ITS1、ITS4对可疑真菌菌悬液进行PCR扩增,PCR扩增产物纯化、DNA测序,做序列比对分析。结果:ITS-PCR扩增出种特异的DNA条带,检测菌株76株,DNA测序鉴定出白假丝酵母菌53株(69.7%),其他真菌23株(30.3%)。结论:采用ITS引物测序法,可准确地检测出不同种的条件致病性真菌,并为进一步鉴定菌株的变异性,发现亚种提供基础。     

MALDI-TOF MS鉴定酵母菌应用评价

目的 评估MALDI-TOF MS鉴定酵母菌的能力.方法 分别用VITEK MS和API ID 32C系统同时鉴定387株临床分离酵母菌.以ITS测序结果作为比较标准.比较MALDI-TOF MS、API ID 32C 结果准确率.结果 VITEK MS鉴定酵母菌准确率为97.7%,API ID 32C 鉴定准确率为93.0%,差异有统计学意义(X2=9.439,P=0.002);MALDI-TOF与ITS测序相比,差异无统计学意义.结论 MALDI-TOF可对临床常见酵母菌快速、准确鉴定到种.     

嗜肺巴斯德杆菌基因分型及在分子流行病学中的意义

目的　探讨我国部分地区嗜肺巴斯德杆菌分子流行病学特征。方法　随机多态扩增PCR(RAPD -PCR) ,两条单一随机引物S1和S3 ,对分离来自北京和南京不同实验动物饲养单位的大鼠、小鼠、野鼠的 1 5株嗜肺巴斯德杆菌及参考株共 1 6株菌基因组随机扩增 ,比较DNA多态性图谱。结果　 1 5个流行株可分成 4种基因型 :来自相同饲养单位的小鼠株、大鼠株及野鼠株基因型亦不相同 ;野鼠株与部分小鼠分离株基因型相同。结论　同一地区嗜肺巴斯德杆菌流行株呈明显的多态性 ;野鼠有可能成为实验动物嗜肺巴斯德杆菌的传染源     

Establishment and analysis of specific DNA patterns in 16S-23S rRNA gene spac er regions for differentiating different bacteria

Objective To establish the specific 16S-23S rRNA gene spacer regions in different bacteri a using polymerase chain reaction (PCR), restriction fragment length polymorphis m (RFLP), DNA cloning and sequences analysis. Methods A pair of primers were selected from highly conserved sequences adjacent to the 16S-23S rRNA spacer region. Bacterial DNA from sixty-one strains of standard bacteria and corresponding clinical isolates representative of 20 genera and 26 species was amplified by PCR, and further analyzed by RFLP, DNA cloning and se quences analysis. Furthermore, all specimens were examined by bacterial cultur ing and PCR-RFLP analysis. The evaluation of these assays in practical clinic practice was also discussed. Results Restriction enzyme analysis revealed one, two or three bands or more observed am ong the 26 different standard strains. The sensitivity of PCR reached 2.5 colony-forming unit (CFU), and there was no cross reaction with human genomic DNA, fungus or virus. Fourt ee n species could be distinguished immediately by PCR, while another 10 species we re further identified by Hinf Ⅰ or Alu Ⅰ digestion. The only difference betwe en K.pneumoniae and E.durans was located at the site of the 779th nucleot ide according to the sequence analysis and only XmaⅢ digestion could distingui sh one from another. Of 42 specimens from septicemic neonates, 15 were identifi e d as positive by blood culture at a rate of 35.7%. However, 27 specimens ident ified as positive by PCR, with a rate of 64.2%, a method significantly more eff ective than blood culture (P＜0.01). Of 6 cerebrospinal fluid (CSF) specim ens, one tested positi ve for S.epidermidis was also positive by PCR, two culture negative were po sitive by PCR and diagnosed as S.epidermidis according to the DNA pattern. One positive for C.neoformans was negative by PCR. The other two specimen s were negative by both PCR and culture. Conclusions The method of detecting bacterial 16S-23S rRNA spacer regions using PCR-RFLP t echniques was specific, sensitive, rapid and accurate in providing a new techniq ue for detecting pathogens in clinical bacterial infections.     

泛耐药鲍曼不动杆菌整合子Ⅰ和ISCR1结构及基因分型研究

目的研究从临床分离的鲍曼不动杆菌的整合子Ⅰ和ISCR1的分布及结构情况,并对其进行基因分型。方法分离自临床的57株鲍曼不动杆菌,PCR检测整合酶Ⅰ、整合子Ⅰ、ISCR1以及ISCR1可变区,PCR产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分型并进行测序分析可变区携带的耐药基因盒,ERIC-PCR进行基因分型。结果 49株整合酶I阳性,其中47株整合子I扩增阳性,RFLP分为2型,测序结果为aacA4-catB8-aadA1和drf17-aadA5。3株ISCR1以及ISCR1可变区扩增均阳性,可变区经RFLP分为1型,测序结果为orf513-qnrA1-ampR-qacEdeltal,ISCR1阳性菌整合子I均阳性,经ERIC-PCR检测将57株鲍曼不动杆菌分为27个基因型。结论Ⅰ类整合子广泛存在于鲍曼不动杆菌中,ISCRI携带率较低,氨基糖苷类、甲氧苄啶类和β-内酰胺类耐药基因盒较常见,ERIC-PCR可用于临床鲍曼不动杆菌的分子流行病学研究。     

16 SrRNA基因聚合酶链反应检测细菌感染的研究

目的：探索快速可靠的检测细菌感染的新方法。方法：通过自行设计合成的细菌１６ＳｒＲＮＡ基因高度保守区引物,对２０ 种标准菌株、１２ 种２７ 株临床分离的细菌株、人基因组ＤＮＡ及巨细胞病毒进行聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增。结果：对所测细菌株均获得３７１ ｂｐ 扩增产物,而与人基因组ＤＮＡ、巨细胞病毒无交叉阳性反应,ＰＣＲ最低能检测ｌｐｇ 大肠杆菌ＤＮＡ。结论：建立了用共同引物ＰＣＲ扩增以判断是否存在细菌感染的方法,该方法检测快速,敏感性和特异性高。     

恶性疟原虫MESA基因的克隆和测序

目的克隆、测定恶性疟原虫海南株(FCC1／HN)成熟疟原虫感染红细胞表面抗原(MESA)基因序列，并进行序列分析。方法根据恶性疟原虫palo-alto株MESA基因已知序列，设计合成四对引物，用PCR技术从FCC1／HN株基因组DNA中扩增出4个部分序列重叠的MESA基因片段，分别克隆入pMD-18T测序载体。用双脱氧链末端终止法测定这4个基因片段的序列，拼接得到全长MESA基因序列。应用DNAstar、AnthProt软件辅助进行序列同源性比较和抗原表位区预测。结果PCR扩增得到特异的恶性疟原虫FCC1／HN株MESA基因片段，酶切及PCR鉴定获得了包含MESA基因片段的重组质粒。测序结果表明，FCC1／HN株MESA全基因编码区长4102bp，A T含量为72．11％，G C含量为27．89％，有1个内含子；编码1323个氨基酸残基，分子量为154470u。序列分析表明，FCC1／HN株与Palo-aho、D10株MESA蛋白在长度和序列组成上呈多态性，序列差异较大区域位于MESA蛋白的氨基酸重复区1、3、4、5和7。经多参数综合分析，有7个潜在的抗原表位区。结论测定、分析了恶性疟原虫FCC1／HN株MESA基因序列。FCC1／HN株MESA基因与其它分离株的MESA基因编码的氨基酸序列存在一定差异。     

江苏省113株大肠杆菌O157:H7的扩增片段长度多态性分析

目的:分析江苏省不同地区和年代分离的Escherichia coli O157:H7(E. coli O157:H7)之间的同源性?方法:用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析法对113株 E. coli O157:H7菌株进行分子分型,采用软件BioNumerics Version 4.0对分型数据进行处理和分析?结果:113株E. coli O157:H7共分37个型别,不同来源的菌株存在相同的基因型别,不同的地区和物种之间存在着相互传播?结论:AFLP可以用于对不同来源的E. coli O157:H7进行分子分型?     

恶性疟原虫FCCl／HN株LDH基因的克隆及序列分析

目的 克隆并测定恶性疟原虫海南(FCCl／HN)株LDN基因序列,比较FCCl/HN株与国外分离株LDH基因序列的差异。方法 根据LDH基因已知序列设计合成一对引物,应用PCR技术从FCCl/HN株基因组DNA中扩增LDH基因,并将其克隆入pMDl8-T载体。用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定,并用分子生物学软件进行不同分离株LDH基因序列的同源性比较。结果 PCR扩增得到特异的FCCl／HN株LDH基因片段并构建了pT—LDH重组质粒。恶性疟原虫FCCl／HN株LDH基因全长951bp,编码316个氨基酸。序列分析表明,我国恶性疟原虫FCCl／HN株与国外的3所、Honduras 1株LDH基因编码氨基酸序列完全一致。结论 成功克隆恶性疟原虫FCCl,HN株LDH基因。序列测定及同源性分析表明,FCCl/HN株与其它分离株的LDH基因序列高度保守。