噬菌体展示肽库筛选VPAC1高亲和力结合多肽

目的 通过噬菌体展示肽库技术筛选VPAC1高亲和力结合十二肽配体,并进行特异性和亲和力鉴定.方法 建立稳定表达VPAC1的真核细胞系;利用噬菌体肽库展示技术进行全细胞差减筛选,随机挑取40个噬菌体克隆进行测序,初步鉴定确定阳性克隆,明确外源十二肽序列,固相合成该十二肽;利用体外竞争结合ELISA及流式细胞分析,鉴定目标多肽与VPAC1受体结合的特异性及亲和力.结果 成功构建稳定表达VPAC1细胞系;经过4轮差减筛选,回收噬菌体逐轮得到富集,随机挑取40个克隆测序,共得到15条序列不同的多肽,经ELISA鉴定有7个克隆与细胞有特异性高结合能力;阳性噬菌体克隆与细胞结合通过多肽VP1介导;VP1能特异高亲和地与VPACl受体结合.结论 通过噬菌体展示肽库技术成功筛选得到与VPAC1高亲和力特异结合十二肽.     

靶向肿瘤干细胞标记CD133特异性结合肽的筛选和初步鉴定

摘要：目的筛选可与人肿瘤干细胞表面标记物CD133特异性结合的短肽并进行初步鉴定。方法首先合成人肿瘤干细胞
表面标记物CD133 细胞外片段的生物素化蛋白,以此为靶,利用噬菌体肽库技术,高通量液相淘选CD133 的特异性短
肽。应用夹心EL ISA选择出结合较强的克隆。提取DNA测序,通过竞争性阻断实验验证其特异性,根据噬菌体基因序
列推导出多肽序列。通过免疫荧光技术初步验证合成多肽和人大肠癌细胞的结合情况。结果4 轮液相筛选后,与
CD133特异性结合的噬菌体得到有效富集,第4轮与第1轮相比,富集了388倍。经ELISA 鉴定的20个噬菌体单克隆中,
有13个与CD133有较高亲和力,具有阳性意义。经比对得到11条完全一致的氨基酸序列TISWPPR,2条完全一致的氨
基酸序列STTKLAL,竞争性阻断ELISA实验表明第一条特异性较强。结论成功利用噬菌体肽库技术,淘选出1条可和
人CD133特异性结合的高亲和力短肽,为后续CD133的研究奠定了基础,表明从噬菌体肽库中液相淘选生物素化小分子
的高亲和力多肽的方法切实可行。     

脂多糖结合蛋白与CD14结合位点模拟肽的初步筛选

目的 应用噬菌体随机12肽库筛选脂多糖结合蛋白(lipopolysaccharide binding protein,LBP)与CD14结合位点的多肽序列.方法 以CD14为固相筛选分子,对噬菌体12肽库进行4轮亲合筛选,采用酶联免疫吸附(ELISA)法鉴定筛选后的噬菌体克隆与CD14的结合活性,取结合活性较高的克隆进行DNA测序,推导其多肽序列并与LBP序列比对,再进行竞争抑制实验检测筛选噬菌体与LBP竞争结合CD14的效力.结果 挑取的20个噬菌体克隆中,16个结合实验鉴定阳性,取6个亲和力最高的克隆测序,得到3条不同编码的12肽序列(FHRWPTWPLPSP、MHRHPPPITLPL和AAFHRAHHLTSP),3条多肽与LBP一级结构同源性低,为模拟肽.6个噬菌体克隆有较高的竞争抑制率.结论 用噬菌体12肽库成功筛选出LBP与CD14结合位点的模拟肽.     

应用噬菌体肽库筛选Endoglin的结合肽

目的 利用噬菌体12肽库筛选可与Endoglin结合的活性小分子肽.方法 以rhEndoglin为靶分子,对噬菌体12肽库进行亲和筛选.经过3轮筛选,随机挑取16个克隆,双夹心ELISA法鉴定其亲和性,测定亲和力高的阳性噬菌体克隆的DNA序列,推断出与噬菌体外壳蛋白融合的氨基酸序列,竞争抑制实验检测优势克隆的特异性.结果 竞争性ELISA显示6个噬菌体克隆与rhEndoglin有较强的结合活性,经测序获得5种不同的多肽序列,其中2个克隆的氨基酸序列为:AHKHVHHVPVRL.结论 噬菌体随机肽库技术可以获得Endoglin结合肽的蛋白质序列.     

整合素αvβ3特异性结合肽的筛选及初步鉴定

目的 应用噬菌体随机肽库展示技术筛选能与整合素αvβ3分子具特异性结合功能的小肽分子,并对其功能进行初步鉴定.方法 根据整合素αvβ3分子细胞外配体结合区域的品体结构及蛋白质序列设计①～⑤号5条短肽,并作为筛选配基,分别经过3轮"吸附-洗脱-扩增"后,ELISA鉴定阳性克隆,DNA测序和分析,粘附试验进一步分析化学合成多肽的功能.结果 经3轮亲和筛选后,噬菌体克隆得到有效富集,以⑤号肽为代表,ELISA鉴定显示7个阳性克隆能与⑤号合成短肽有较强结合活性.进行DNA测序,多重序列分析获得2个多肽基序:****HRH,HWR****.粘附试验表明化学合成多肽FITC-HLPWHRH,FITC-HWRLHPH与表达整合素αvβ3的细胞株具有一定的亲和性,且结合能被αvβ3分子配体纤维连接蛋白所抑制.结论 通过噬菌体随机展示肽库技术在体外对合成的短肽进行筛选,可以获得与整合素αvβ3分子具特异性结合能力的小肽分子.     

CHO细胞表面与人CD59结合的活性短肽序列的筛选

目的筛选获得高表达人CD59中国仓鼠卵巢细胞（CHO）表面与人CD59特异性结合的短肽序列,为下一步研究与肿瘤逃逸相关的CD59活性位点的短肽药物提供实验依据。方法以离子层析柱纯化的CHO细胞的裂解蛋白纯蛋白为靶分子分别进行5轮亲和筛选,并进行竞争结合实验,双夹心ELISA方法鉴定噬菌体阳性克隆。提取阳性单克隆单链DNA测序,并推导出短肽序列。结果随机挑选的16个单克隆中有10个克隆对CHO细胞纯蛋白有特异性结合力,经测序得到两条高度同源的多肽序列。结论通过噬菌体随机肽库对CHO细胞进行纯蛋白筛选得到了能与人CD59特异性结合的短肽序列。     

噬菌体随机肽库对肝癌细胞特异性结合短肽的筛选及鉴定

目的:通过噬菌体随机肽库,筛选人肝癌细胞结合短肽,并对其与肝癌细胞的特异结合能力进行生物学鉴定.方法:以L-02为阴性消减细胞,HepG2为靶细胞,对噬菌体随机七肽库进行4轮消减筛选.并随机挑取26个阳性噬菌体克隆进行序列测定及同源性分析.以ELISA法鉴定噬菌体与HepG2细胞的结合活性.通过免疫细胞化学染色、免疫组织化学染色鉴定H3噬菌体克隆与肝癌细胞结合的特异性.人工合成短肽HBP3,利用免疫荧光技术观察其与肝癌细胞的结合特异性.结果:4轮筛选使噬菌体在靶细胞HepG2上出现明显富集.所挑取的26个阳性噬菌斑,经测序得到各噬菌体单克隆的多肽插入序列,最终产生5条氨基酸序列.经BLAST分析发现,在蛋白质数据库中未发现与这些短肽序列具有较好同源性的蛋白质分子.ELISA分析鉴定显示,5个阳性克隆在HepG2和L-02细胞上有差异性结合,其中H3噬菌体克隆对两种细胞的结合差异性最大.免疫细胞化学染色及免疫组织化学染色均显示,H3噬菌体克隆对肝癌细胞的结合靶向性明显高于对照细胞.免疫荧光显色证实,FITC-HBP3能特异性地结合于肝癌细胞的胞膜及核周胞质.结论:H3噬菌体克隆所呈现的七肽HBP3能与靶细胞高亲合性结合,为进一步研制用于治疗肝癌的高靶向性药物奠定实验基础.     

噬菌体肽库在筛选及鉴定高转移性肝癌特异性结合肽中的应用及其意义

目的:探讨噬菌体环七肽库在筛选与肝癌高转移细胞株HCCLM3特异高效结合的短肽中的应用,为进一步探索肝癌转移的分子机制和寻找肝癌转移标志物奠定基础。方法:以人肝癌高转移细胞株HCCLM3为靶细胞、人肝癌低转移细胞株SMMC7721为吸附细胞对噬菌体环七肽库进行4轮差减筛选,采用ELISA方法进一步筛选出与HCCLM3细胞高度亲和的阳性克隆(即实验组A450nm值高于对照组3倍以上),并利用免疫细胞化学方法鉴定噬菌体阳性克隆的特异性并测序。结果:经过4轮陶筛后,噬菌体在筛选靶细胞上出现明显富集,且逐轮提高(P<0.05);利用ELISA法对筛选后随机挑取的20个噬菌体克隆进行初步鉴定,得到6个能与肝癌细胞HCCLM3亲和度较高的阳性克隆(C4、C6、C7、C10、C11和C17);通过免疫细胞化学染色鉴定阳性克隆靶向肝癌细胞HCCLM3的特异性,与对照组比较,C7噬菌体对高转移潜能肿瘤细胞具有较高特异性(P<0.05);测序显示6个阳性克隆氨基酸序列无同源性。结论:利用噬菌体环七肽库筛选得到与人肝癌高转移细胞株HCCLM3具有较高亲和力的多肽。     

噬菌体肽库在筛选及鉴定高转移性肝癌特异性结合肽中的应用及其意义

目的：探讨噬菌体环七肽库在筛选与肝癌高转移细胞株HCCLM3特异高效结合的短肽中的应用,为进一步探索肝癌转移的分子机制和寻找肝癌转移标志物奠定基础。方法：以人肝癌高转移细胞株HCCLM3为靶细胞、人肝癌低转移细胞株SMMC7721为吸附细胞对噬菌体环七肽库进行4轮差减筛选,采用ELISA方法进一步筛选出与HCCLM3细胞高度亲和的阳性克隆（即实验组A450nm值高于对照组3倍以上）,并利用免疫细胞化学方法鉴定噬菌体阳性克隆的特异性并测序。结果：经过4轮陶筛后,噬菌体在筛选靶细胞上出现明显富集,且逐轮提高（P<0.05）;利用ELISA法对筛选后随机挑取的20个噬菌体克隆进行初步鉴定,得到6个能与肝癌细胞HCCLM3亲和度较高的阳性克隆（C4、C6、C7、C10、C11和C17）;通过免疫细胞化学染色鉴定阳性克隆靶向肝癌细胞HCCLM3的特异性,与对照组比较,C7噬菌体对高转移潜能肿瘤细胞具有较高特异性（P<0.05）;测序显示6个阳性克隆氨基酸序列无同源性。结论：利用噬菌体环七肽库筛选得到与人肝癌高转移细胞株HCCLM3具有较高亲和力的多肽。     

肿瘤干细胞表面标记物CD133高亲和结合肽的筛选

目曲:应用噬菌体肽库技术筛选肿瘤干细胞表面标记物CD133特异性结合短肽,为干细胞研究、肿瘤治疗及抗肿瘤转移研究提供新的技术和工具.方法:利用链霉亲和素与生物素的高度亲和力,以生物素标记的鼠CD133细胞外段(bio-CD133)为靶,对噬菌体七肽库进行液相筛选,应用夹心ELISA选择出结合较强的克隆,提取DNA并测序,通过竞争性阻断实验验证其特异性.结果:通过三轮体外液相筛选,得到结合能力较强的高亲和结合肽,5条完全一致的重复序列为APSPMIW和3条完全一致的重复序列为LQNAPRS,竞争性阻断实验证实其特异性较强.结论:利用噬菌体肽库技术成功地筛选出具有较高亲和力和特异性的CD133结合肽,表明以生物素标记的小分子多肽为靶筛选结合肽的技术具有可行性.     

能结合HCV E2蛋白的人CD81模拟肽的筛选与活性鉴定

目的用CD81单克隆抗体筛选噬菌体随机展示十二肽库,以期得到可模拟人CD81功能位点、能抑制HCVE2与其受体—人CD81分子结合的小肽。方法用CD81单抗从噬菌体随机展示十二肽库中筛选人CD81模拟肽,用ELISA鉴定阳性噬菌体克隆;以阳性噬菌体免疫BALB/c小鼠,分析小鼠免疫血清对阳性噬菌体与HCVE2结合的阻断作用;以HCVE2蛋白包被酶标板,检测阳性噬菌体对HCVE2与人CD81分子结合的抑制作用。结果对十二肽库进行3轮筛选后,经ELISA和DNA测序,鉴定出3个(C4,C13和C16)阳性克隆,与人CD81无同源序列。阳性噬菌体克隆C16免疫小鼠血清能阻断该克隆与HCVE2的结合。C16克隆能以剂量依赖的方式竞争性抑制HCVE2蛋白与人CD81的结合。结论用人CD81单抗从噬菌体随机展示肽库中筛选出的阳性噬菌体克隆所编码的小肽在功能上能模拟人CD81与HCVE2的结合活性,能竞争性抑制HCVE2与人CD81分子的结合,在抗HCV药物及疫苗研究中具有潜在应用价值。     

应用噬菌体随机十二肽库筛选hFGF 7相关模拟肽

目的应用噬菌体随机十二肽库生物淘选具有刺激表皮细胞增殖作用的人成纤维细胞生长因子 7(hFGF 7)噬菌体模拟肽。方法以hFGF 7单克隆抗体为靶,进行4轮生物淘选噬菌体随机十二肽库;随机挑取单克隆噬菌体,应用ELISA方法检测单克隆噬菌体的结合力,对结合力较好的单克隆噬菌体提取噬菌体DNA,进行测序,并行序列分析。结果经过4轮生物淘选,特异性噬菌体模拟肽获得了富集,ELISA检测结果显示获得的一些噬菌体模拟肽具有较好的结合力,测序获得11个与促进细胞分裂、增殖或抑制细胞增殖有关的碱基序列。结论从噬菌体随机十二肽库中可淘选到与hFGF 7相关的噬菌体模拟肽,其中部分噬菌体模拟肽可能会促进表皮细胞增殖,期望将来可应用于促进创面愈合。     

Screening of specific binding peptide targeting blood vessel of human esophageal cancer in vivo in mice

Background  Cancer of the esophagus and gastroesophageal junction remains a virulent malignancy with poor prognosis. Rapid progresses were made in chemotherapeutic agents and the development of molecular markers allowed better identification of candidates for targeted therapy. This study aimed to identify the candidate peptides used for anti-angiogenic therapy of esophageal cancer by in vivo screening C7C peptide library for peptides binding specifically to blood vessels of human esophageal cancer.

Methods  The phage displayed C7C peptide library was injected intravenously into mice bearing human esophageal tumor xenografts under renal capsule. After 5 rounds of screening, 13 clones were picked up individually and sequenced. During each round of screening, titers of phage recovery were calculated from tumor xenograft and control tissues. Homing of these 9 peptides to tumor vessel was detected by calculating phage titers in the tumor xenograft and control tissues (lung and spleen) after each phage was injected into mice model, and compared with the distribution of phage M13 and VIII-related antigen in tumor xenograft by immunohistochemical staining. Comparisons among groups of data were made using one-way analysis of variance (ANOVA), followed by the Bonferroni multiple comparisons test.

Results  The number of phage recovered from tumor tissue of each round increased gradually in tumor group while decreased in control groups (P <0.01 in tumor and spleen, P <0.05 in lung). Immunohistochemical staining showed similar staining pattern with M13 antibody or VIII-related antigen antibody, suggesting that phages displaying the selected peptides could home to blood vessel of human esophageal cancer. According to their DNA, 9 corresponding peptide sequences were deduced. And the homing ability to blood vessel of phages displaying the selected peptides was confirmed by comparing with their recovery in tumor and control tissues. Two motifs, YSXNXW and PXNXXN, were also obtained by analyzing the homology of these peptide sequences. The staining distribution of phage with the sequence of PNPNNST was similar to that of the blood vessel marker factor VIII-related antigen staining. After sequencing, each phage with the selected peptide of PNPNNST with 1.0×10¹¹ pfu/ml was injected intravenously into mice. The homing ability to tumor vessel of these 9 kinds of peptides in the xenograft was higher than control tissues (lung and spleen).

Conclusion  Nine peptides obtained from in vivo screening homed to the blood vessel of human esophageal cancer, and the two motifs of YSXNXW and PXNXXN are the possible biochemical recognition units binding to vascular endothelial cells of esophageal cancer. 

     

递呈BAC5单抗识别位点的M13噬菌体克隆系的建立

【目的】获得可递呈抗低分化和未分化癌细胞单克隆抗体 (BAC5单抗 )抗原表位的M13 噬菌体克隆系。【方法】以BAC5单抗为靶抗体 ,对由M13 噬菌体构建的随机 12肽文库进行生物淘洗。用抗体竞争方法从阳性克隆中选出与BAC5单抗结合率较高的克隆系。通过ELISA方法检测BAC5单抗对上述克隆的选择性识别。【结果】经过 3轮淘洗 ,获得的阳性克隆率为77% (35 /4 5 )。来自C2、C17和C2 9号克隆的噬菌体对外加BAC5单抗的结合率分别为 71 6 %、49 4%和 6 4 0 % ,高于其它阳性克隆。BAC5单抗与来自上述 3个克隆的噬菌体呈阳性反应 ,与来自辅助型M13 株的噬菌体 (VCSM13 )和淘洗前的文库噬菌体(RPLM13 )呈阴性反应。【结论】来自C2、C17和C2 9号克隆的噬菌体有可能递呈与BAC5单克隆抗相关的抗原表位。     

Transforming growth factor-β1 phage model peptides isolated from a phage display 7-mer peptide library can inhibit the activity of keloid fibroblasts

Background Transforming growth factor-β1 (TGF-β1) is known to have a role in keloid formation through the activation of fibroblasts and the acceleration of collagen deposition. The objective of this current study was to isolate TGF-β1 phage model peptides from a phage display 7-mer peptide library to evaluate their therapeutic effect on inhibiting the activity of keloid fibroblasts.Methods A phage display 7-mer peptide library was screened using monoclonal anti-human TGF-β1 as the target to obtain specific phages containing ectogenous model peptides similar to TGF-β1. Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was performed to select monoclonal phages with good binding activity, which underwent DNA sequencing. MTT assay and apoptosis assessment were used to evaluate the biological effects of the phage model peptides on keloid fibroblasts. Immunofluorescence assay was employed to show the binding affinity of the model peptides on phages causing keloid fibroblasts. Quantitative real-time PCR analysis was carried out to detect the expressions of nuclear factor κB (NF-κB) mRNA, connective tissue growth factor (CTGF) mRNA and TGF-β receptor Ⅱ (TβRII) mRNA in keloid fibroblasts.Results Specific phages with good results of ELISA were beneficiated. Four phage model peptides were obtained. The data of MTT showed that TGF-β1 and one phage model peptide (No. 4) could promote keloid fibroblasts proliferation,however, three phage model peptides (No. 1-3) could inhibit keloid fibroblasts proliferation. The results of apoptosis assessment showed that the three phage model peptides could slightly induce the apoptosis in keloid fibroblasts. The data of immunofluorescence assay revealed that the model peptides on phages rather than phages could bind to keloid fibroblasts. The findings of quantitative real-time PCR analysis suggested that the expressions of NF-κB mRNA and CTGF mRNA in the three phage model peptide groups decreased, while the expression of TβRII mRNA slightly increased.Conclusions Three phage model peptides isolated from a phage display 7-mer peptide library can inhibit keloid fibroblasts proliferation and induce the apoptosis in keloid fibroblasts. They can inhibit the activity of keloid fibroblasts by blocking TGF-β1 binding to its receptor and then regulating the expressions of NF-κB, CTGF and TβRII.     

噬菌体随机肽库在确定单抗识别表位中的应用

以抗人感冒病毒凝血素蛋白单克隆抗体12CA5为筛选配基,从丝状噬菌体（M13）表面展示的随机6肽库中筛选抗体特异性识别的多肽,噬菌体与单抗的结合可以用酶联免疫吸附法鉴定,而展示的氨基酸序列可以通过测定相应克隆的插入外源核苷酸来确定,筛选所犁多肽与单抗的表达,特别是C-蝗四个氨基酸残基PDYA有高度的同源性,说明该四肽在单抗与抗原的结合中起到十分重要的作用。     

人巨细胞病毒PPUL44蛋白单克隆抗体CH13抗原决定簇位点的确定

目的 :确定人巨细胞病毒 PPU L44蛋白单克隆抗体 CH13在 PPU L44上的抗原决定簇位置 ,探讨随机多肽文库在研究相互作用蛋白质的氨基酸序列方面的应用。方法 :用 CH13在一个随机多肽文库中筛选出能与CH13结合的克隆 ,测定上述克隆随机多肽的 DNA序列 ,用随机多肽的氨基酸同源序列与 PPUL44蛋白质的氨基酸序列比较。结果 :能与 CH13结合的随机多肽的氨基酸序列显示出高度的一致性 ;随机多肽同源序列NEGEAFGPDVSG与 PPUL44蛋白位于第 32 1～ 332的氨基酸序列高度同源 ;而随机多肽序列 FQIL VCVESVL R与 PPU L44位于第 181～ 184的氨基酸序列有 4个相邻的氨基酸一致。结论 :CH13的抗原决定簇位于 PPU L44蛋白第 32 1～ 332氨基酸序列附近 ;CH13与 PPU L44位于第 181～ 184氨基酸序列可能有一定反应。随机多肽文库在研究相互作用蛋白质的氨基酸序列方面具有广泛的应用前景。     

肠出血性大肠埃希菌O157噬菌体的生物学特性

目的：分离并鉴定肠出血性大肠埃希菌O157噬菌体,对其生物学特性进行研究,为开发抗肠出血性大肠埃希菌O157的生物制剂提供实验依据。方法：以肠出血性大肠埃希菌O157为宿主菌,采用噬斑法从环境污水中分离出针对肠出血性大肠埃希菌O157的噬菌体。噬菌体经超滤浓缩后,电镜观察其大小和形态;将宿主菌和噬菌体以不同的比例混合,测定噬菌体的最佳感染复数并观察其一步生长曲线;利用SDS-PAGE分析噬菌体的结构蛋白和非结构蛋白;提取噬菌体基因组,进行酶切电泳分析。结果：电镜显示噬菌体的头部呈球形、直径40 nm,噬菌体的尾部长约80 nm。噬菌体的最佳感染复数为10^-2,即当宿主菌和噬菌体之间的比例为1∶100时裂解效率最高。一步生长曲线示噬菌体在裂解宿主菌时,潜伏期约为10 min,爆发期约为30 min,裂解量为130。SDS-PAGE凝胶电泳呈现13种蛋白,相
对分子质量为16 000～22 000。 琼脂糖凝胶电泳显示噬菌体基因组大小约23 000 bp。结论：成功分离并鉴定一株针对肠出血性大肠埃希菌O157的噬菌体,是一种裂解性强、特异性高的毒性噬菌体,肠出血性大肠埃希菌O157噬菌体属于有尾病毒目,管尾噬菌体科。