夫妻感染HIV-1病毒的分子流行病学研究

目的研究宁波市HIV-1感染夫妻的免疫状况和HIV毒株的亚型分布特点和流行规律。方法收集宁波市7对已经被确认为HIV-1型阳性夫妻的全血样品,对CD4+T淋巴细胞进行绝对计数,运用巢式PCR方法扩增病毒膜蛋白env基因和gag基因区并进行序列测定。应用DNASTAR软件对序列和参考序列进行比对分析,确定基因亚型。结果成功获得11条env基因序列和13条gag基因序列,确定6株为B’亚型,2株为01_AE流行重组型,2株为07_BC流行重组型,4株为08_BC流行重组型。该11例HIV-1阳性全血的CD4+T淋巴细胞绝对数最低7个/μl,最高654个/μl,平均288个/μl。结论宁波市夫妻感染HIV-1毒株存在多种亚型,大多数的感染者免疫状况低下需要抗病毒治疗,流行形势严峻,应加强对该人群免疫状况和HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

云南省2006年HIV-1流行毒株的基因测定

目的为了研究在中国云南流行的艾滋病毒Ⅰ型（HIV-1）流行毒株的亚型类型与变异特征，进行分子流行病学研究，为艾滋病预防控制工作提供参考。方法血浆来源于云南省监测系统中的19例HIV-1感染者。采用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）法，从19例患者血清中扩增HIV-1pol—gag共同拥有区片段并直接进行序列测定，所得序列用BioEdit和Mega软件进行亚型及系统发生树分析。结果19例标本结果显示，12例为CRF08-BC、3例为CRF07-BC、1例为B型、3例为CRF01-AE型。19例毒株间的基因离散率都比较小，CRF08-BC亚型毒株间的基因离散率为2．45％，CRF07-BC亚型毒株间的基因离散率为2．16％；B亚型毒株为5．00%；CRF0-1AE亚型毒株与来自泰国的流行CRF01-AE毒株AB032741、U51189的基因离散率分别为3．12％、3．22％。结论上述结果表明，云南地区CRF—BC重组亚型已成为HIV-1流行病学优势亚型，结果基本上反映了我国HIV-1分子流行病学现状。     

近全长序列分析HIV-1独特型CRF01_AE/B''重组病毒基因

目的：对上海市发现的1例独特类型的CRF01_AE／B’重组病毒株进行近全长序列分析，以了解其DNA序列的特征．方法：应用巢式逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法，分段扩增HIV-1近全长基因组相应片段，进行克隆、测序．并分析其遗传进化树和序列断点位置。结果：近全长序列分析提示，该患者所感染的病毒由CRF01_AE和HIV-1B’亚型嵌合组成，两者各占约50％：其多聚酶蛋白基因（Pol）和外膜糖蛋白基因（Env）区均有HIV-1B’亚型片段和CRF01_AE片段嵌合组成：2种亚型病毒DNA片段嵌合点的位置与过去报道的重组病毒株（CRF15_AE／B、CRF33_AE／B和CRF34_AE／B）均不同：结论：在我国常见流行的HIV-1CRF01_AE重组病毒与B’亚型已在HIV-1感染人群中发生重组，其可能是在我国散发流行的独特型重组病毒株。     

江苏省HIV-1流行株env和pol基因亚型及其系统分析

目的:了解江苏省HIV-1流行株env和pol基因亚型及其系统.方法:收集42份血清抗-HIV阳性者的血浆标本并提取RNA,逆转录为模版DNA后采用巢式 PCR法扩增env及 pol基因,对扩增产物进行核苷酸序列测定,比对确定基因亚型,分析不同途径感染者的基因亚型,构建系统进化树.结果:42份标本中,扩增出env及pol基因片段27份(64%);共发现5种 HIV-1亚型,其中 CRF01-AE亚型 19份、C亚型 2份、B亚型3份、CRF08-BC 2份、G亚型1份.经静脉药瘾感染者基因型多为CRF01-AE亚型;经性接触感染者HIV-1基因亚型包括检出的全部亚型,经性接触及吸毒感染者基因亚型均为CRF01-AE亚型.两基因构建系统进化树高度一致,主要有CRF-01AE、B-07、G、C和CRF-08BC 5种HIV亚型在流行,而以CRF-01AE为主要流行株.结论:江苏省 HIV-1基因亚型至少有5种,其中 CRF01-AE为主要亚型.     

HIV-1新型重组毒株近似全长基因组结构鉴定分析

目的 对3条人类免疫缺陷病毒(HIV)-1亚型不确定的近似全长基因组序列(NFLG)进行基因镶嵌结构分析。方法 用近末端稀释法、系统发育树和基因重组断点分析等方法对3例男男同性恋(MSM)HIV-1感染病例进行HIV-1 NFLG扩增、基因亚型分析和基因重组图谱分析。结果 Neighbor-joining进化树分析结果显示,3条HIV-1序列均为单独分支,可能是新型重组毒株。jpHMM在线软件和SimPlot v3.5.1软件综合分析结果显示,NFLG 110和NFLG 171分别为CRF07＿BC和CRF01＿AE,NFLG 150为CRF01＿AE和CRF07＿BC二代重组毒株。基因重组断点分析结果显示,NFLG 150的重组模式是以CRF07＿BC全长基因组为骨架,在gag区和env区分别插入了1个长度约为60和80 bp的CRF01＿AE基因片段。结论 在MSM人群中发现1株HIV-1 CRF01＿AE/CRF07＿BC二代重组毒株,建议持续监测相关性传播,特别是MSM人群HIV-1新型基因重组毒株。     

云南省2006年HIV-1流行毒株的基因测定

目的 为了研究在中国云南流行的艾滋病毒I型(HIV=1)流行毒株的亚型类型与变异特征,进行分子流行病学研究,为艾滋病预防控制工作提供参考.方法 血浆来源于云南省监测系统中的19例HIV-1感染者.采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法,从19例患者血清中扩增HIV-1pol-gag共同拥有区片段并直接进行序列测定,所得序列用BioEdit和Mega软件进行亚型及系统发生树分析.结果 19例标本结果显示,12例为CRF08-BC、3例为CRF07-BC、1例为B型、3例为CRF01-AE型.19例毒株间的基因离散率都比较小,CRF08-BC亚型毒株间的基因离散率为2.45%,CRF07-BE亚型毒株间的基因离散率为2.16%;B亚型毒株为5.00%;CRF01-AE亚型毒株与来自泰国的流行CRF01-AE毒株AB032741、U51189的基因离散率分别为3.12%、3.22%.结论 上述结果表明,云南地区CRF-BC重组亚型已成为HIV-1流行病学优势亚型,结果基本上反映了我国HIV-1分子流行病学现状.     

北京市一例HIV-1 CRFl5_01B亚型类似毒株的鉴定

目的 通过对一例HIV-1毒株env、gag和pol基因的序列分析,表明HIV-1 CRF15_01B亚型类似毒株已在北京市出现.方法 从一例在北京居住的四川籍女性HIV-l感染者(BJ06108,通过性途径感染)血浆中提取病毒RNA,使用套式PCR方法扩增env、gag和pol基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 病例BJ06108在env、gag和pol基因区与CRF15_01B亚型参考株1501B.TH.99.99TH_MU2079基因离散率较近,基因离散率分别为8.8%、6.1%和7.2%.系统进化树分析表明BJ06108与CRF15_01B亚型参考株1501B.TH.99.99TH_MU2079聚在一起.结论 CRF15_01B亚型类似毒株已在北京市出现,应该加强HIV-1毒株亚型变异的监测.     

HIV-1 CRF01-AE、CRF07/08-BC和B′构造病毒株体外适应性比较

目的构建NL4-3env-EGFP/DsRed2前病毒,观察中国主要流行的HIV-1 CRF01-AE?CRF07/08-BC和B′亚型构造病毒株体外适应性。方法 5份HIV-1B′,CRF07/08-BC,CRF01-AE亚型感染的干血斑样本和1份Zambia C亚型PBMC DNA样本,经单基因组扩增技术获得env全长基因,克隆、亚克隆、转染等步骤构建14个NL4-3env-EGFP/DsRed2前病毒,按顺序进行配对竞争实验,流式细胞仪定量检测被感染细胞的数量。结果 CRF01-AE亚型前病毒适应性最强,适应性值W1,其次为B′,Zambia C,CRF07-BC/CRF08-BC,P0.05。结论可利用NL4-3env-EGFP/DsRed2构造前病毒,通过竞争实验比较流行病毒株的体外适应性,推测env基因对适应性的影响。     

HIV-1基因亚型变化与贵州省艾滋病流行特征分析

目的:研究贵州省HIV-1亚型变化与艾滋病流行特征的关系.方法:分3个时段检测贵州省多个地区190份HIV样本,用套式PCR扩增其env基因片段并测序分析,将实验结果与贵州省艾滋病流行特征进行相关分析.结果:1998年检出B、C/CRF07_BC/CRF08_BC和CRF01_AE 3种HIV-1毒株,此间艾滋病流行以B和C/CRF07_BC/CRF08_BC毒株为主,主要经血液途径传播(占86.4％);2002年检出毒株均为C/CRF07_BC/CRF08_BC亚型毒株,这一时段艾滋病流行以吸毒传播为主(占100％);2007年检出B、CRF01_AE、C/CRF07_BC/CRF08_BC等3种亚型毒株,以CRF01_AE毒株为主(占52.1％),主要经性传播.结论:贵州HIV流行毒株随时间和传播途径变化而发生变化;目前主要流行毒株为CRF01_AE亚型毒株,主要在性接触人群中传播;对HIV-1基因亚型进行及时监测,能够预测艾滋病的流行特征.     

我国237例未接受抗病毒治疗的HIV/AIDS患者中原发性基因型耐药监测和病毒亚型分析

目的 分析237例HIV/AIDS患者中原发性耐药的发生率和病毒亚型分布情况.方法 从河南、云南、上海等20个地区采集237例未经抗病毒治疗的HIV/AIDS患者血浆HIV-1进行基因测序,通过病毒亚型分析软件REGA HIV-1 Subtyping Tool确定测序样本的HIV-1亚型,并与斯坦福大学HIV耐药数据库比对确定测序样本HIV-1耐药相关突变位点.采用b-DNA方法检测患者血浆病毒载量,采用流式细胞仪检测CD4+ T淋巴细胞计数.结果 237例未接受抗病毒治疗的HIV/AIDS患者感染的HIV-1毒株分布为A1、B、C、CRF01-AE、CRF02-AG、CRY7-BC、CRF08-BC、CRF12-BF、G等9个不同亚型,可能的感染时间分布在1990-2006年.237例患者中仅有3例分别对核苷类逆转录酶抑制剂高度耐药、蛋白酶类抑制剂低度耐药和非核苷类逆转录酶抑制剂高度耐药,原发性耐药的发生率为1.3%(3/237).结论我国部分地区未经抗病毒治疗的HIV/AIDS患者中HIV-1原发性基因型耐药的发生比例处于较低水平,病毒亚型分布在9个亚型.     

2008年河北省不同HIV-1亚型感染者的CD4＋／CD8＋T淋巴细胞检测分析

目的研究河北省新确认的不同亚型HIV-1感染者的CD4＋／CD8＋T淋巴细胞水平,探讨不同亚型人群的cD4＋／CD8＋T淋巴细胞水平有无差异。方法选取2008年1～12月新确认的HIV-1感染者55例,利用分子生物学方法进行分型后,对不同亚型人群的CD4＋／CD8＋检测数据进行分析统计。结果在55例已确定亚型的H1V-1感染者中,B亚型与CRF01-AE亚型、cRF07-BC亚型的CD4＋T淋巴细胞水平之间差异有统计学意义（P〈0．05）。CRF01-AE亚型、CRF07-BC亚型两者的CD4＋T淋巴细胞水平之间差异无统计学意义（P〉0．05）。但是B亚型与CRF01-AE亚型、CRF07-BC亚型三者之间的cD8＋T淋巴细胞水平差异无统计学意义（P〉0．05）。结论在新确认的3种不同亚型HIV-1感染者中,cD4＋T淋巴细胞水平是不同的,以B亚型感染者为最低;三者之间的cD8＋T淋巴细胞水平差异无统计学意义,推测可能与HIV-1感染途径和感染时间有关。     

浙江省绍兴市46例男男性行为者HIV感染基因特征分析及流行病相关因素分析

目的 了解浙江省绍兴市男男性行为者(MSM)人群中HIV-1感染者的亚型类型和特征 。方法 分析2013年1月至2014年7月本地区新确证未经抗病毒治疗的50例MSM感染者样本,采用RT-PCR和nest-PCR方法扩增HIV-1的gag和pol全长基因区,成功扩增46份样品,构建系统进化树分析基因亚型。结果 46份样品中发现CRF01_AE、CRF07_BC和B三种亚型和1株AE、BC重组亚型,各占52.17%、39.13%、6.52%和2.17%。结论 绍兴市 HIV-1感染的MSM人群中主要流行的亚型为CRF01_AE和CRF07_BC,该人群感染率高,应加强监测。     

2013年上海市男男性行为人群新发现艾滋病病毒感染者流行病学特征对比分析

目的 对上海市2013年新发现的男男性行为（MSM）人群未经抗病毒治疗的艾滋病病毒1型（HIV-1）感染现况进行调查,为上海市老年人群医疗保障措施及艾滋病防治对策提供参考。方法 知情同意前提下,对新发现HIV感染者进行个案流行病学调查并采集血样,进行反转录-聚合酶链反应扩增、DNA测序与亚型鉴定。将52例50岁年龄组与591例50岁年龄组人群做相应对比,揭示该人群人口学、行为学及基因亚型的分布特征。结果 50岁MSM人群亚型分析结果以CRF01_AE为主,占48.1%（25/52）,其次为CRF07_BC占26.9%（14/52）,B亚型占11.5%（6/52）,CRF08_BC占3.8%（2/52）,01B亚型为9.6%（5/52）。CRF01_AE在50岁年龄组中的比例（48.1%）明显低于50岁年龄组的63.8%（2=11.18,P0.05）,并且在病程进展及死亡等方面差异有统计学意义,提示在50岁年龄组可能更容易进展到艾滋病期。结论 上海市50岁MSM人群感染者以上海本地户籍为主,虽然基因亚型也以CRF01_AE亚型为主,但基因亚型呈多样性。应重视该人群亚型的发展和演变,有针对性地加强本地户籍50岁男性艾滋病宣传、高危行为干预,制定科学并有针对性的艾滋病防治策略。     

治疗前血浆和全血干血斑样品HIV-1 Pol区基因型耐药检测结果比较

目的比较治疗前静脉血浆和全血干血斑(DBS)人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)Pol区基因型耐药检测结果的差异,并分析DBS样品用于HIV-1基因型耐药检测的可行性。方法采集44例HIV-1感染者治疗前静脉全血,分别制备全血DBS样品和血浆样品,提取RNA,检测病毒载量。采用逆转录PCR(RT-PCR)扩增Pol区基因序列,对PCR产物进行Sanger测序,采用Sequencher 5.4.5软件对序列进行清理和拼接,采用BioEdit 7.2软件对参考株序列和样品序列进行比对、系统进化树分析及基因型耐药分析。结果治疗前44例血浆样品检出率100.0%,DBS样品检出30例,检出率为68.2%;24例血浆样品平均病毒载量达到5.02×10⁵IU/mL,中位数为1.76×10⁵IU/mL,DBS样品平均病毒载量为1.46×10³IU/mL,中位数为7.95×10²IU/mL;44例患者HIV-1亚型主要为流行重组株(CRF)07-BC(24/44)、CRF01-AE(16/44);血浆和DBS样品序列相似值100%26例(26/30),相似值99%3例(3/30),相似值97%1例(1/30),其中有6例发生不同程度的耐药突变,DBS样品耐药结果与血浆符合率100%,但在其他位点的突变存在差异。结论治疗前全血DBS样品耐药结果及序列与血浆样品具有高度的一致性,全血DBS样品可用于耐药性检测、HIV-1亚型分析,但检出率比血浆低。