基于网络药理学对虎杖作用于非小细胞肺癌机制研究

目的：基于网络药理学的方法探索虎杖中对非小细胞肺癌（NSCLC）有治疗作用的有效成分及其可能的机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中筛选虎杖的有效成分、预测药物靶点;在在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、药物靶标数据库（TTD）、GeneCards和DrugBank等数据库中检索NSCLC的相关靶点;对虎杖药物靶点和NSCLC疾病靶点取交集,利用String蛋白数据库平台绘制蛋白互作（PPI）网络图,导入至Cytoscape 3.8.0软件中进行分析获得潜在核心靶点,AutoDockTools软件对有效成分和核心潜在靶点进行分子对接验证;在Metascape基因功能分析网站中对潜在核心靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：获得虎杖有效成分18个,药物靶点296个,虎杖对NSCLC的潜在核心靶点179个。网络分析显示虎杖作用于NSCLC的关键有效成分包括白藜芦醇、槲皮素、芹菜素、木犀草素和大黄素,关键靶点包括p53肿瘤蛋白（TP53）、v-AKT鼠胸腺瘤病毒癌基因同源物1 (AKT1)、胱天蛋白酶3 (CASP3)、血管内皮...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桔梗治疗非小细胞肺癌分子机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨桔梗治疗非小细胞肺癌（NSCLC） 的分子机制。方 法：通过中药系统药理学数据库与分析平台数据库（TCMSP） 获得桔梗的化学成分，通过Pharmmapper 和 Swiss Target Prediction 数据库筛选出桔梗的活性成分靶点，在TTD、DrugBank 数据库中获得与NSCLC 相关的 疾病靶点，通过STRING 数据库进行蛋白-蛋白相互作用（PPI） 分析，采用CytoScape 3.9.1 软件构建PPI 网 络，通过DAVID 数据库对桔梗治疗NSCLC 的作用靶点进行基因本体论（GO） 和京都基因与基因组百科全 书（KEGG） 通路富集分析，通过CytoScape 3.9.1 软件构建“成分-靶点-信号”通路网络，利用分子对接验证 桔梗活性成分与核心靶点的结合能力，通过qPCR 技术对核心靶点的基因相对表达量进行体外实验验证。结 果：筛选得到桔梗7 个潜在活性成分，获得35 个桔梗治疗NSCLC 的靶点，通过PPI 网络分析并根据 度（Degree） 值得到6 个核心靶点。GO 功能富集分析得到94 条与生物过程相关条目、26 条与分子功能相关 条目、47 条与细胞组分相关条目，KEGG 通路富集分析得到癌症通路、表皮生长因子受体（EGFR） 酪氨酸激 酶抑制剂耐药性等42 条通路。分子对接结果表明，花旗松素与前列腺素内过氧化合物酶2（PTGS2）、木犀草 素与P-糖蛋白（ABCB1） 和PTGS2、刺槐素与EGFR 等有较好的对接活性。给药24 h 后，与空白对照组相 比，桔梗提取物低剂量组A549 细胞活性下降（P＜0.05），桔梗提取物高剂量组A549 细胞活性低于桔梗提取 物低剂量组（P＜0.05）。qPCR 实验结果显示，与空白对照组相比，桔梗提取物低剂量组A549 细胞中 ABCB1、EGFR、PTGS2 mRNA 表达量均降低（P＜0.05），桔梗提取物高剂量组A549 细胞中ABCB1、EGFR、 PTGS2 mRNA 表达量均低于桔梗提取物低剂量组（P＜0.05）。结论：桔梗的多种活性成分可能通过抑制 ABCB1、EGFR 及PTGS2 等的表达调控癌症通路、EGFR 酪氨酸激酶抑制剂耐药性等信号通路，以治疗 NSCLC。桔梗提取物改善NSCLC 可能存在一定的剂量依赖性。     

西黄丸治疗非小细胞肺癌作用机制的网络药理学探究和分子对接验证

目的：采用网络药理学和分子对接的方法探究西黄丸防治非小细胞肺癌（NSCLC）潜在分子机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及BATMAN-TCM数据库中筛选分析西黄丸的有效活性成分及作用靶点。在GeneCards数据库与人类孟德尔遗传数据库（OMIM）中检索获取NSCLC的相关靶点,选取与西黄丸的交集靶点作为研究靶点。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。采用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-靶点-疾病可视化互作网络图。使用DAVID数据对筛选分析出的关键靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后运用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果：通过筛选得到西黄丸51个主要活性成分,包括槲皮素、β-谷甾醇等,其中作用于NSCLC的靶点有178个,关键靶点有MAPK1、JUN、AKT1、TP53、RELA等。GO和KEGG分析结果显示,西黄丸治疗NSCLC的机制涉及多个生物学过程及PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等多种信号通路。药物有效活性成分与关键靶点对接活性良好。结论：网络药理学分析显示西黄丸治疗NSCLC是多成分、多靶点、多通路协同起效,为后续相关实验提供了充分的理论依据。     

基于网络药理学探讨白藜芦醇治疗肺癌的生物分子机制

目的 基于网络药理学,运用在线数据库研究白藜芦醇治疗肺癌的潜在作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、PubChem、SwissTargetPrediction、GeneCards数据库分别获取白藜芦醇和肺癌的相关基因,取二者交集基因,使用String数据库获得交集基因的蛋白相互作用(PPI)...     

基于网络药理学及分子对接研究参芪扶正注射液抗非小细胞性肺癌的作用机制

目的：运用网络药理学结合分子对接技术研究参芪扶正注射液抗非小细胞肺癌（NSCLC）的活性成分及作用机制,为临床应用提供理论依据。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（ TCMSP）获取参芪扶正注射液的活性成分及靶点,通过美国国立生物技术信息中心（NCBI）数据库获取NSCLC与正常肺组织的差异基因,并采用STRING数据库及Cytoscape构建共同靶点可视化网络图。借助DAVID数据库实现基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG） 富集分析,利用AutoDock Vina和PyMoL进行分子对接以验证。结果：获取参芪扶正注射液活性成分41个,NSCLC差异基因2 861个,共同靶点58个。GO分析显示生物学过程主要涉及对类固醇激素、氧化应激、多种化学物理因素刺激等反应的调节;KEGG富集显示主要通过TNF、Relaxin、IL-17、P13K/AKT、Estrogen等通路发挥抗癌作用。分子对接表明药物主要活性成分与关键靶点结合性较好,从分子层面对参芪扶正注射液的有效性进行了验证。结论：运用网络药理学及分子对接的方法证明参芪扶正注射液通过多成分、多靶点、多通路发挥对NSCLC的治疗作用,并为临床应用提供了理论支持。     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于网络药理学探索血府逐瘀汤治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的:运用中药复方网络药理学和基因芯片探讨血府逐瘀汤治疗非小细胞肺癌(non-small-cell lung carcinoma,NSCLC)的作用机制.方法:利用基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)查找NSCLC的基因芯片,下载NSCLS患者和正常人组织基因并进行差异分析;通过中药...     

基于网络药理学探讨夏枯草对非小细胞肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法,探讨夏枯草治疗非小细胞肺癌的作用机制,阐述其科学内涵。方法:检索中草药系统药理学平台(TCMSP)获取夏枯草有效活性成分与作用靶点;检索疾病-基因组合数据库(Dis Ge NET)获取非小细胞肺癌相关疾病靶点;构建"药物-成分-疾病-靶点"网络,分析其作用机制;构建关键靶点蛋白质相互作用(PPI)网络,对关键靶点进行基因本体(GO)分类富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从TCMSP中获取有效活性成分11种,靶点178个;从Dis Ge NET数据库获取非小细胞肺癌相关基因2 019个;构建"药物-成分-疾病-靶点"网络,获得夏枯草治疗非小细胞肺癌的关键靶点114个;构建其PPI网络,包含节点114个,边1 952条。分析PPI网络,度值较高即夏枯草治疗非小细胞肺癌的关键靶点包括蛋白激酶B1(Akt1),血管内皮生长因子(VEGFA),半胱天冬酶-3(Caspase-3),白细胞介素(IL)-6,JUN,丝裂原活化蛋白激酶(MAPK) 8,原癌基因蛋白(MYC),表皮生长因子受体(EGFR)等。对其进行生物学过程富集分析,显示涉及152种生物学过程,其中细胞增殖,细胞分裂,细胞凋亡等多种与癌症相关; KEGG富集涉及147条信号通路,其中磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)/Akt通路,核转录因子(NF)-κB通路,低氧诱导因子-1(HIF-1)通路,p53信号通路,EGFR信号通路等对非小细胞肺癌的发生、发展、侵袭、转移有着关键性作用是公认的。结论:本研究初步验证了夏枯草治疗NSCLC的基本药理学作用与机制,为进一步探究其作用机制奠定基础。     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因;GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因;绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点;STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图,通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分;DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点,两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分,KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示,PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于斑马鱼模型结合网络药理学探究重楼肝毒性机制

目的：重楼在《中华人民共和国药典》中记载为小毒,但其毒性机制尚未阐明。随着人们对中药安全性问题的重视,重楼的临床使用安全性及其机制也待明确,本文旨在阐明重楼提取物的肝毒性机制。方法：通过斑马鱼模式生物进行急性毒性验证,采用4 dpf斑马鱼暴露于重楼提取物中,24 h后吖啶橙染色,组织病理切片证明其肝脏毒性。通过网络药理学及分子对接技术预测重楼肝毒性靶点,并采用实时聚合酶链反应(RT-PCR)验证网络预测靶点及通路。结果：实验结果表明,重楼提取物暴露处理4 dpf斑马鱼24 h,吖啶橙染色重楼水提物组及醇提物组在肝脏部分均会出现黄绿色荧光点,组织病理切片显示肝细胞排列紊乱松散,出现细胞凋亡、空泡等现象,表明重楼具有肝脏毒性。网络药理学结果预测重楼肝毒性可能与细胞增殖的肉瘤基因(Ras)信号通路,能量代谢和信号转导相关的磷酸化磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、酪氨酸激酶(JAK)/信号转导与转录激活因子(STAT)信号通路相关,血管内皮生长因子A(VEGFA)、血小板衍生生长因子受体(PDGFRB)、鼠双微基因2(MDM2...     

基于P糖蛋白研究仙茅对顺铂耐药非小细胞肺癌细胞的增敏机制

目的：探究中药仙茅水煎液及其主要入血成分苔黑酚葡萄糖苷(OG)对非小细胞肺癌(NSCLC)顺铂耐药细胞(A549/cis)耐药性的影响及其潜在机制。方法：用AutoDock Vina分子对接软件评估P糖蛋白(P-gp)与OG的结合能力;CCK-8法检测顺铂、仙茅水煎液、OG及其联用对A549/cis细胞活力的抑制率;蛋白质免疫印迹法检测A549/cis中P-gp的表达水平。结果：P-gp与OG模拟分子对接的结合自由能为-7.6 kcal/mol(1 cal=4.184 J),二者具有良好的结合活性;顺铂对A549/cis的半抑制浓度(IC₅₀)约为5.5μg/mL,仙茅水煎液与OG在梯度浓度下对A549/cis活力均无明显影响;顺铂低剂量(1.5μg/mL)与仙茅水煎液高、低剂量(1 000μg/mL、500μg/mL)或OG高剂量(5×10^-5mol/L)联用组、顺铂中剂量(4μg/mL)与仙茅水煎液高、低剂量(1 000μg/mL、500μg/mL)或OG高、低剂量(5×10^-5mol/L、1×10^-5     

黄芪-莪术药对基于网络药理学的抗大肠癌分子机制

目的:运用计算机网络药理学技术预测黄芪-莪术药对治疗大肠癌的作用靶点和信号通路,进一步分析其抗大肠癌物质基础和作用机制。方法:通过Therapetutic Target Database(TTD),Drugbank数据库收集大肠癌疾病作用靶点;从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得黄芪、莪术所含中药成分;运用Chem Mapper,Pharm Mapper数据库预测所选中药成分作用的疾病靶点;采用Cytoscape软件建立"化合物-疾病靶点"网络模型;利用Clue GO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:黄芪-莪术药对活性化合物-大肠癌疾病靶点网络包含56个化合物和54个靶点,关键靶点涉及AMP激活蛋白激酶α1(PRKAA1),前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1),环氧化酶2(PTGS2),胸苷酸合成酶(TYMS),肝羧酯酶1(CES1),血管内皮生长因子B(VEGFB),血管内皮生长因子A(VEGFA),谷胱甘肽S-转移酶P(GSTP1),丝氨酸羟甲基转移酶(gly A)等;靶点的基因功能偏向于肽基酪氨酸的磷酸化,调节细胞外调节蛋白激酶(ERK) 1和ERK2信号串联,内皮细胞凋亡过程的负调节等;重要的KEGG通路涉及癌症通路,Ras信号通路,Rap1信号通路,磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路等。结论:黄芪-莪术药对通过抑制肿瘤细胞增殖分化、促进肿瘤细胞凋亡、抗肿瘤新生血管生成以及增强机体免疫的多表型干预的网络模式产生抗大肠癌活性,其作用信号通路与Ras信号通路,Rap1信号通路,PI3K/Akt信号通路最为相关。     

基于网络药理学预测北沙参治疗肺癌的作用机制

目的:预测北沙参治疗原发性支气管肺癌的潜在靶点及信号通路。方法:检索北沙参的化学成分及药物作用靶点及原发支气管肺癌的疾病靶基因。构建蛋白互作网络(PPI)。进而行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,构建可视化的"化合物-靶点-通路"网络,并对网络进行拓扑分析。结果:获得8个化合物,173个化合物靶点,1885个肺癌相关靶基因。PPI蛋白互作网络共98个节点,11个关键节点。GO功能富集分析得到100个GO条目,KEGG通路富集分析得到68条信号通路。PPI蛋白互作网路中的11个关键靶点有5个富集在前10位信号通路中,依次为:JUN、EGF、TNF、FOS、MYC。结论:初步预测北沙参治疗原发性支气管肺癌之间的作用途径可能通过靶向JUN、EGF、TNF、FOS、MYC五个关键蛋白起作用。     

基于网络药理学预测苦参治疗肝癌的分子机制

目的:运用网络药理学的方法,探讨苦参治疗肝癌的作用机制.方法:通过中医药系统药理学数据库分析平台(TC-MSP)筛选出苦参活性成分及作用靶点;在OMIM和Genecards中获取疾病靶点.通过R语言对基因进行匹配并绘制韦恩图;在String网站构建活性成分-蛋白质-蛋白质相互作用网络图;Cytoscape 3.6.1软...     

基于网络药理学和分子对接研究三仁汤治疗肺癌的分子机制

目的：采用网络药理学方法筛选三仁汤君药药对（SRJMP）的活性成分及核心靶点,探讨三仁汤君药药对治疗肺癌的作用机制。方法：依托中药系统药理学分析平台（TCMSP）,检索三仁汤 3 味中药相关的所有化学成分及预测作用靶点,采用STRING 数据库与 Cytoscape 软件构建“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白互作网络,通过 ClusterProfiler、ClueGO、DAVID 数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集。把候选作用靶点映射在 KEGG 通路图上分析结果,最后应用 AutoDock 软件进行分子对接。结果：共筛选出 40 个活性成分和 222 个相应蛋白靶点。首要分析核心靶点47 个,GO 分析共包含 117 条富集结果,KEGG 通路富集筛选出 30 条通路。结论：通过网络药理学验证了 SRJMP 多成分、多靶点、多通路的特点,其可能是通过调控免疫细胞分化,肿瘤相关信号通路以及干预细胞代谢过程,达到抗肿瘤作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接探讨沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制。方法：检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中医分子机制生物学信息分析工具(BATMAN-TCM)数据库获取沙参麦冬汤的化学成分及靶点。借助人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank、GeneCards数据库获取肺癌相关靶点。借助Cytoscape 3.8.0软件,构建“药物-活性成分-关键靶点-疾病-信号通路”图。利用STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,Cytoscape进行蛋白聚类分析,使用Metascape进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析并借助R语言进行可视化处理,将核心成分与蛋白进行分子对接。结果：最终得到沙参麦冬汤活性成分192个,对应靶点3 585个,肺癌相关靶点1 910个,药物与疾病共有靶点191个。CytoNCA显示核心靶点有JUN、MAPK8、MYC、MAPK14、STAT3、MAPK1、RELA、TP53、IL-6。GO富集分析得到2 684条生物过程,117条细胞组分,210条分子功;主要富集在癌症途径、TNF信号通路、...