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相似文献
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1.
目的 基于网络药理学及分子对接方法研究桃仁红花煎对心肌缺血再灌注损伤(MIRI)的作用机制。方法 通过检索相关数据库,收集桃仁红花煎药物的化学成分和靶点与MIRI疾病靶点。利用Cytoscape 3.8.2制作桃仁红花煎的活性成分-靶点网络图与蛋白互作网络图。将相关靶点导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。通过PyMol 2.5.2及AutoDockTools 1.5.6软件对桃仁红花煎的核心成分及核心靶点进行分子对接。结果 得到活性成分201个,潜在治疗靶点基因303个,最终获得桃仁红花煎治疗MIRI的同靶点86个。预测得到桃仁红花煎治疗MIRI的主要成分为槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等,关键靶点为蛋白激酶B(AKT1)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等,KEGG结果显示,关键的主要通路可能为TNF信号通路与HIF-1信号通路。分子对接结果显示,桃仁红花煎的核心成分与核心靶点可能具有较好的亲和力。结论初步推测桃仁红花煎能够多成分、多靶点、多通路治疗心肌缺血再灌注损伤。  相似文献   

2.
《中南药学》2021,(1):30-38
目的基于网络药理学探讨干姜附子汤抗心肌缺血再灌注损伤(MI/RI)的作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选检索干姜、附子的主要成分,并通过TCMSP和CTD数据库筛选成分靶点,结合Disgenet数据库获取干姜附子汤抗MI/RI的作用靶点。应用STRING平台构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型,应用DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,进一步进行实验验证,以揭示干姜附子汤抗MI/RI的机制。结果筛选得到16个活性成分,171个靶点,治疗MI/RI靶点80个。GO功能富集分析得到GO条目158个,包括生物过程条目118个,细胞组成条目22个,分子功能条目18个。KEGG通路富集筛选得到102条信号通路,主要涉及PI3K-Akt、TNF、HIF-1、甲状腺激素、细胞凋亡等信号通路。流式细胞仪检测结果显示干姜附子汤可减少缺氧损伤的H9C2细胞凋亡率。试剂盒检测Na+-K+-ATP、Ca~2+-Mg~2+-ATP酶活力,发现干姜附子汤可显著提高Na+-K+-ATP、Ca~2+-Mg~2+-ATP酶活性。结论干姜附子汤治疗MI/RI呈现多分子、多靶点、多通路的协同作用机制,且治疗机制与凋亡密切相关。  相似文献   

3.
摘要:目的:探究复方枳实薤白桂枝汤治疗心血管疾病的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选枳实薤白桂枝汤的有效成分及靶点基因;通过基因卡片(Gene Cards)和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库筛选疾病的靶点基因,将药物有效成分靶标与疾病靶标映射;采用Cytoscape 3.7.1构建药物-成分-靶点-疾病关系图,寻找关键作用成分。运用STRING数据库,得到蛋白互作核心基因。将关键作用成分与核心基因中的前3个做分子对接。利用Bioconductor进行基因本体(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选枳实薤白桂枝汤的有效成分61个,药物-疾病共同作用靶点104个; Cytoscape 3.7.1网络得到候选化合物47个,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中核心基因为丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、淀粉样前体蛋白(APP)、表皮生长因子受体(EGFR),分子对接香蜂草苷、新橙皮苷、菠菜甾醇与核心靶点具有较强的亲和能力,涉及前列腺癌(prostate cancer)、乙型肝炎(Hepatitis B)、流体剪切力及动脉硬化(gluid shear stress and atherosclerosis)、糖尿病并发症中的糖化终末产物及其受体信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)等通路发挥治疗心血管疾病作用。结论:枳实薤白桂枝汤以多成分、多基因、多通路的复杂形式发挥其药效作用,为心血管疾病药物的开发提供理论依据。  相似文献   

4.
目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究冬虫夏草抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP、CNKI、PubMed、Drugbank、Stitch和Swiss target prediction等平台检索冬虫夏草的化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库筛选肿瘤相关基因,运用Cytoscape 3.7.2构建冬虫夏草活性成分-靶点网络,通过String数据库对关键靶点构建网络互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)基因和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 共得到冬虫夏草22个化合物,86个抗肿瘤共同靶点,主要包括环加氧酶(PTGS)2、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、胱天蛋白酶3(CASP3)、JUN基因等关键靶点。GO分析与KEGG通路结果显示,冬虫夏草抗肿瘤涉及到多种生物学过程以及PPAR、花生四烯代谢、5-羟色胺信号通路等多种信号通路。将关键化合物和靶点进行分子对接,提示冬虫夏草抗肿瘤可能的前5个主要活性成分11,14-二十碳二烯酸、花生四烯酸、黄豆黄素、胆甾醇和豆甾醇与关键靶点PTGS2、PTGS1、PGR、HMGCR和CNR1均能自发结合。结论 初步探讨了冬虫夏草抗肿瘤的主要活性成分、相关靶点及相关通路,发现冬虫夏草可以通过多成分、多靶点、多通路抗肿瘤,为后期实验验证提供了参考依据。  相似文献   

5.
目前缺血性心脏病的发病率位于原发性心脏病之首,其中心肌缺血再灌注损伤约占50%以上。因此,开发治疗心肌缺血再灌注损伤的多靶点药物对防治心脏疾病具有重大价值和意义。研究MIRI的分子机制并开发针对各种靶点的MIRI抑制剂,以此调控多种信号通路,为进一步阐明MIRI分子机制及研发相关药物提供了新的思路。  相似文献   

6.
目的 基于生物信息数据库平台,采用网络药理学方法及分子对接技术研究牡荆苷通过铁死亡途径改善心肌缺血再灌注损伤的分子机制。方法 利用多个数据库对牡荆苷的潜在靶点和心肌缺血再灌注损伤的相关靶点进行筛选,取交集后构建蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选核心靶点,对交集靶点进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建“牡荆苷–靶点–通路”网络并筛选关键核心靶点和通路。进一步对牡荆苷潜在靶点、铁死亡相关靶点、心肌缺血再灌注损伤相关靶点取交集,并筛选牡荆苷–铁死亡–心肌缺血再灌注损伤相关的关键核心靶点。利用分子对接研究牡荆苷与各关键核心靶点间的结合机制。结果 牡荆苷与心肌缺血再灌注损伤的交集靶点共74个,筛选出肿瘤坏死因子(TNF)、淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、雌激素受体1(ESR1)等22个核心靶点,主要参与白细胞介素(IL)-17通路、脂质和动脉硬化通路等信号通路。分子对接结果表明牡荆苷与各关键核心靶点主要以氢键、范德华力、π-π堆积等作用力产生稳定结合。结论 牡荆苷通过抑制炎症反应、细胞凋亡及调控铁稳态平衡和氧化应激限制铁死亡等多种生理过程的协同作用来达到...  相似文献   

7.
《中南药学》2019,(4):481-488
目的运用网络药理学对附子-干姜抗心肌缺血作用机制进行预测分析。方法采用TCMSP数据库的方法收集附子-干姜的活性化合物,并预测活性化合物的靶点,同时应用DisGeNET和CTD数据库收集抗心肌缺血损伤药物作用靶点,然后将两者进行比对分析,筛选出附子-干姜抗心肌缺血的作用靶点,分别利用MAS 3.0和Cytoscape 3.3.0软件对筛选出的靶点进行GO富集、KEGG分析和附子-干姜药物分子-靶点-通路网络图构建。结果共预测出27个附子-干姜抗心肌缺血的共同作用靶点和63条信号通路。结论附子-干姜主要通过调控钙信号转导、细胞凋亡及MAPK信号通路,还可以通过Toll样受体、Fc epsilon RI等信号通路发挥作用,因此推测其可能通过参与调节细胞凋亡、控制炎症反应和增强心肌功能等发挥抗心肌缺血作用,并通过实验证实了附子-干姜对于缺血缺氧的心肌细胞有一定的恢复作用,但其机制有待进一步研究。  相似文献   

8.
目的:基于中医药整合药理学平台V2.0(TCMIP V2.0)探讨痰瘀同治方抗心肌缺血再灌注损伤(myocardial ischemia reperfusion injury,MIRI)的分子机制及其质量标志物.方法:利用TCMIP V2.0收集痰瘀同治方药物成分、靶标和MIRI疾病靶标,构建药物与疾病靶标互作网络,筛...  相似文献   

9.
目的基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌(LUAD)的机制研究。方法通过检索TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM和ETCM数据平台筛选出威麦宁(金荞麦根茎)主要活性成分,然后利用TCMSP和DrugBank平台预测其靶点,并根据文献补充成分及靶点;通过GEO数据库搜索并筛选LUAD表达数据集,用R语言分析获得差异表达基因;采用String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建药物疾病交集靶点PPI网络,利用Metascape平台对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;使用分子对接方法对核心成分与靶点进行对接验证。结果经过对OB、DL初步筛选,获得16个活性成分和353个潜在靶点,其中MMP-9、MMP-1、CAT等靶点与LUAD密切相关。威麦宁治疗LUAD主要涉及液体剪切应力和动脉粥样硬化、癌症通路、AGE-RAGE信号通路、p53信号通路等。结论探讨了威麦宁治疗LUAD主要有效成分、作用靶点,以及相关的通路,并为进一步的研究提供依据和思路。  相似文献   

10.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨补骨脂二氢黄酮甲醚治疗阿尔茨海默病(AD)的分子作用机制。方法:通过Swiss Target Prediction数据库、PharmMapper数据库预测补骨脂二氢黄酮甲醚的作用靶点;分别在DisGeNET数据库、GeneCards数据库和Drugbank数据库检索获取AD相关靶点,再利用Venny 2.1.1绘制韦恩图获得两者共同靶点;将获得的两者共有靶点输入STRING数据库,构建共有靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;再将PPI网络导入Cytoscape 3.7.2软件,利用其内置插件CytoHubba获取排序居前10位的关键靶点蛋白;利用R语言Cluster Profiler GO.R插件对关键靶点进行富集分析;使用AutoDock Vina软件将补骨脂二氢黄酮甲醚与核心靶点进行分子对接验证。结果:补骨脂二氢黄酮甲醚干预AD的核心靶点主要有丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK)1、MAPK3、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src和胱天蛋白酶3(CASP3)等,主要涉及对活性氧的应答、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰及细胞对化学应力的应答等生物过...  相似文献   

11.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析及基因本体论(gene ontology,GO)注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用(PPI)网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。  相似文献   

12.
The aim of the present study was to investigate the pharmacological mechanism of matrine in treatment of COVID-19 combined with liver injury. Potential targets related to matrine, COVID-19 and liver injury were identified from several databases. We constructed PPI network and screened the core targets according to the degree value. Then, GO and KEGG enrichment were carried out. Molecular docking technology was used to verify the affinity between matrine and the crystal structure of core target protein. Finally, real-time RT-PCR was used to detect the effects of matrine on hub gene expression in liver tissue of liver injury mice and lung tissue of lung injury mice to further confirm the results of network pharmacological analysis. The results show that six core targets including AKT1, TP53, TNF, IL6, BCL2L1 and ATM were identified. The potential therapeutic mechanism of matrine on COVID-19 combined with liver injury is closely related to regulate antiviral process, improve immune system and regulate the level of inflammatory factors. Molecular docking showed that matrine could spontaneously bind to the receptor protein and had strong binding force. Real-time RT-PCR demonstrated that matrine could significantly reduce the expression of AKT1, TP53, TNF, IL6 and ATM in mice with liver injury or lung injury (P < 0.05), and increase the expression of BCL2L1 to a certain extent (P > 0.05). Our results indicate that matrine can achieve simultaneous intervention of COVID-19 combined with liver injury by multi-dimensional pharmacological mechanism.  相似文献   

13.
目的 通过网络药理学及分子对接技术探究川楝子肝毒性机制。方法 通过TCMSP、PubChem、SwissADME数据库及文献检索筛选川楝子的潜在毒性成分,利用SwissTargetPrediction数据库预测潜在毒性成分的作用靶点,再通过GeneCards数据库搜索与肝脏损伤相关的靶点,将毒性成分预测靶点与肝脏损伤靶点取交集靶点,获得毒性成分肝脏潜在作用靶点,再利用软件Cytoscape 3.8.2版进行毒性成分–预测靶点、毒性成分–潜在作用靶点、蛋白相互作用(PPI)网络、毒性成分–潜在作用靶点–核心通路网络的构建,采用AutoDock 1.5.6版进行分子对接,并应用PyMOL软件对对接结果进行可视化示例。结果 筛选得到6个川楝子潜在毒性化合物,分别是toosandanin、meliasenin B、trichilinin D、1-O-tigloy-1-O-debenzoylohchinal、butenolide、5-hydxoymethylfurfural,与肝脏损伤共同作用靶点103个。GO和KEGG结果显示,川楝子通过蛋白质磷酸化、凋亡过程的负调控、对异种生物刺激的反应、酶激活的正向调控等过程引起肝脏毒性。分子对接结果显示,川楝子中toosandanin、trichilinin D、1-O-tigloy-1-O-debenzoylohchinal与关键靶点具有较好的结合能力。结论 应用网络药理学及分子对接技术对川楝子致肝毒成分、机制、靶点、通路进行了初步探索,为进一步对川楝子的临床应用研究和效应机制提供数据支持。  相似文献   

14.
目的 采用网络药理学和分子对接的方法分析苦参抗乳腺癌的主要活性成分及潜在分子机制。方法 采用TCMSP、ETCM数据库和查阅国内外文献收集筛选苦参化学成分,通过Swiss Target Prediction 数据库对有效活性成分的靶点进行预测,通过GeneCards、TTD、Drugbank、OMIM收集乳腺癌相关靶点,根据Venny 2.1.0软件筛选出苦参抗乳腺癌疾病靶点;采用Cytoscape软件构建苦参-核心活性成分-靶点网络图,用 STRING数据库分析共有靶点,构建PPI网络图,通过DAVID数据库和Hiplot平台对关键靶点蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接,同时采用分子生物学方法对关键靶点进行验证。结果 从苦参中共筛选出结构明确的活性成分36个,筛选出70个苦参抗乳腺癌的疾病靶点,其中EGFR、AKT1、ESR1、SRC、CYP19A1、AR、ABCB1等12个核心靶点参与乳腺癌中内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、雌激素等信号通路,且核心成分与关键靶点AR之间的结合能最高。体外细胞实验显示,苦参提取物可抑制乳腺癌细胞的增殖,诱导细胞凋亡,上调AR蛋白的表达。结论 苦参通过多成分作用于多靶点和多个信号通路,调节复杂的生物过程发挥抗乳腺癌的作用,苦参对AR蛋白的上调可能成为治疗乳腺癌新的治疗策略。  相似文献   

15.
目的 利用网络药理学和分子对接技术研究化橘红抗酒精性肝损伤的潜在分子作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中获取化橘红的有效成分以及成分靶点,使用GeneCards、OMIM、TTD和DisGenet数据库获取疾病靶点基因信息,借助韦恩图选取活性成分靶点以及疾病靶点基因的交集获取化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用靶点;利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI),并采用Cytoscape软件得到核心靶点网络图;最后使用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论(GO)功能富集和基因百科全书(KEGG)分析,利用AutoDock Tools进行活性成分与核心靶点的分子对接验证。结果 得到10个有效成分、98个成分靶点基因和1 531个疾病靶点基因,两者取交集后获取67个交集靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件最终得到肿瘤蛋白p53(TP53)、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、转录因子AP-1(JUN)、蛋白激酶B1(AKT1)5个核心靶点。GO分析和KEGG分析分别获得过氧化物酶体等50条目和脂质、动脉粥样硬化等20条信号通路。结论 化橘红可通过多个成分作用于多个靶点发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用,进而抑制酒精性肝损伤。  相似文献   

16.
目的 运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。方法 通过检索文献和从中药系统药理学数据库(TCMSP)获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。结论 初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后...  相似文献   

17.
目的 采用网络药理学和分子对接技术预测白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌的作用靶点,探讨其治疗胰腺癌的潜在分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、PharmMapper、OMIM、GeneCards、STRING、DAVID等在线数据库与Cytoscape软件构建一系列网络图、筛选核心靶点并对靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,最后通过AutoDock软件对关键活性成分与潜在作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到药组活性成分35个,相关靶点190个,胰腺癌靶点1 566个以及白术-半夏-茯苓治疗胰腺癌的交集靶点76个。这些交集靶点主要参与基因表达的正调控,细胞因子介导的信号通路以及细胞凋亡调控等生物学过程,并与癌症通路、乙型肝炎、大肠癌、化学致癌受体激活、胰腺癌以及MAPK信号通路等相关。分子对接结果显示,白术-半夏-茯苓的主要活性成分与胰腺癌的潜在作用靶点间具有一定的结合活性。结论 白术-半夏-茯苓主要通过多成分、多靶点、多通路发挥对胰腺癌的治疗作用,为临床应用白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌提供一定的理论依据。  相似文献   

18.
目的: 基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术分析连翘的入血成分,并结合网络药理学研究连翘治疗急性肺损伤(acute lung injury,ALI)的作用机制。方法: 使用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)建立ALI大鼠模型,采用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术鉴定连翘的入血成分,结合PharmMapper、GeneCards和Disgenet数据库筛选连翘入血成分治疗ALI的潜在作用靶点,String平台绘制蛋白互作(PPI)网络图,Cytoscape软件做网络拓扑分析并筛选核心靶点,通过David数据库对核心靶点富集分析,使用Autodock Vina和PyMol软件对相关入血成分与核心靶点进行分子对接。结果: 肺组织切片结果显示ALI大鼠模型制备成功;得到37个连翘入血成分;连翘治疗ALI核心靶点70个,涉及PI3K/Akt、MAPK和Ras等152个相关通路;agatholic acid、无梗五加苷B、连翘苷、连翘酯苷A和芦丁5个入血成分与核心靶点JAK2和JAK3分子对接的结合能均小于-4.25 kJ·mol-1,对接结果良好。结论: 该研究明确了连翘的入血成分,网络药理学预测agatholic acid、无梗五加苷B、连翘苷、连翘酯苷A和芦丁可能为连翘防治ALI的主要成分,其作用机制可能与靶向JAK2和JAK3调控PI3K/Akt信号通路有关。  相似文献   

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