基于网络药理学和分子对接技术探究清热药治疗COVID-19的活性成分及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术挖掘《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七版）》中具有清热功效的中药治疗COVID-19的共有活性成分及作用机制。方法：通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库检索清热药的化学成分和作用靶点;通过UniProt数据库检索靶点对应基因,运用Cytoscape Version 3.7.2软件绘制药物-化合物-靶点网络;利用STRING数据库绘制靶点间作用关系网络;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析;利用Autodock软件对筛选出的活性成分及抗病毒化药和SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2进行分子对接。结果：药物-化合物-靶点网络共有401个节点（15个药物节点,120个化合物节点,266个靶点节点）;GO条目1 422个（P<0.05）;KEGG通路富集筛选共得到61条通路（P<0.05）;分子对接结果显示脱水淫羊藿素、木犀草素、槲皮素等关键化合物具有与抗病毒化药相近或更好的亲和力。结论：清热药通过与ACE2结合调控多条通路、与病毒特定部位的结合阻断病毒入侵及抑制炎症因子风暴等方面达到治疗COVID-19的作用。     

采用网络药理学和分子对接技术研究血必净注射液抗新冠肺炎的作用机制

目的： 通过网络药理学和分子对接技术,探讨血必净注射液治疗新冠肺炎（COVID-19）的潜在分子机制。方法： 采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库收集血必净对应的化合物成分和作用靶点,选用GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点;获取血必净注射液与COVID-19的共同作用靶点,采用STRING数据库构建蛋白互作网络图,运用Cytoscape软件对网络图进行可视化分析获取关键靶点;DAVID数据库对共有靶点进行GO （gene ontology）和KEGG （Kyoto encyclopedia of genes and genomes）富集分析,通过Cytoscape软件构建血必净注射液"成分-靶点-疾病"网络图。采用AutoDock Tools对血必净注射液核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶II （ACE2）进行分子对接,并通过PyMOL软件进行可视化处理。结果： 共筛选出血必净注射液中5种药材对应的270个对应靶点,与COVID-19有52个共表达靶点。GO富集分析得到160个生物过程,KEGG分析得到112条信号通路。分子对接表明,血必净注射液中槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素为degree较高的活性成分,与3CL水解酶和ACE2具有较强的结合能力。结论： 血必净注射液可能通过槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等成分调节IL6、CCL2、TNF、PTGS2等核心基因参与COVID-19的治疗,同时也说明血必净注射液可通过"多成分-多靶点-多途径"发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学的前胡治疗支气管哮喘的分子机制研究

目的：运用网络药理学研究方法探讨前胡治疗支气管哮喘的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库（TCMSP）对前胡可能的活性成分和靶点进行预测；并通过相关数据库检索支气管哮喘的相关靶点。将前胡与支气管哮喘的共同靶点用STRING网站进行蛋白质-蛋白互作分析并运用Cytoscape 3.7.2进行可视化；利用DAVID数据库进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：前胡与支气管哮喘的共同靶点85个，富集分析得到生物学进程20个，主要涉及了信号转导、细胞增殖、细胞凋亡、缺氧、基因表达等生物学进程，多个生物学进程涉及了EGFR、VEGF、AR、IL1、IL6、ESR2，MAPK1，JUN，CCL2，PPARG等靶点；KEGG通路富集筛选得到8条通路与支气管哮喘相关，主要涉及TNF信号通路、HIF-1信号通路、癌症相关通路。结论：前胡治疗支气管哮喘可能存在多通路、多靶点的可能，为前胡的进一步研发用药提供了参考，也为支气管哮喘的治疗提供了生物信息学基础。     

基于网络药理学的复方当归注射液治疗缺血性脑损伤作用机制分析

目的：采用网络药理学的方法探讨复方当归注射液治疗缺血性脑损伤的作用机制。方法：运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索复方当归注射液3味中药化学成分和相关作用靶点。利用Cytoscape 3.7.0构建化合物-靶点网络,采用STINGV10.5软件构建蛋白互作PPI网络,在此基础上进行基因本体GO和京都基因与基因组百科全书KEGG生物通路富集分析。结果：从复方当归注射液3味中药中筛选得到24个活性成分,其作用于99个靶点,涉及的关键靶点包括AKT1、JUN、ESR1、IL6、EGF、F2、TNF和PIK3CG等;调节信号通路包括神经活性受体-配体相互作用通路、神经激素信号通路、MAPK信号通路、cGMP-PKG信号通路、多巴胺能突触、VEGF信号通路、血小板激活和PPAR信号通路;参与含氧化合物的反应、有机环状化合物反应、内生刺激的反应、细胞内信号传导的正调节和活性氧物质代谢过程的调节等多种生物过程。结论：本研究初步阐明了复方当归注射液抗缺血性脑损伤的药理作用及其相关机制,为进一步深入研究奠定良好基础,为研制抗缺血性脑损伤新药提供参考依据。     

基于网络药理学、分子对接和生物信息学对中药复方抑制COVID-19“细胞因子风暴”分子机制的探索与验证

目的： 以确定临床疗效的6种推荐中药复方为研究对象,探索中药治疗COVID-19的分子机制和物质基础。方法： 利用TCMSP、IMMPORT、OMIM等数据库获得治疗COVID-19的免疫靶点。Cytoscape3.4.0用于构建"免疫靶点-中药-化合物-疾病"网络以及网络拓扑学分析,随后进行PPI、GO功能和KEGG通路富集分析。AutoDock Vina用于分子对接。SsGSEA利用转录组和microarray数据计算免疫细胞浸润程度。结果： 对"免疫靶点-中药-化合物-疾病"网络进行拓扑学分析,本研究发现28种COVID-19免疫靶点高度关联化合物,对其进行分子对接发现豆甾醇、靛玉红、黄芩素等与血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2,angiotensin converting enzyme Ⅱ）以及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶具有较好的结合活性。6种复方均通过TNF、IL-17等信号通路发挥抗炎、调节细胞因子活性。IL-6是6种复方抗COVID-19的共同核心免疫靶标。肺组织表达谱生物信息学分析证实IL-6的表达与活化CD8+T细胞、调节T细胞等免疫细胞的浸润高度有关,是免疫反应的关键分子。结论： 中药复方的活性化合物豆甾醇、靛玉红、黄芩素等作用于IL-6、IL-10、IL-1B等免疫靶点调节TNF、IL-17等多条信号通路,从而发挥抑制COVID-19"细胞因子风暴"的作用。     

新型冠状病毒肺炎合并高血压靶点基因分析以及治疗中药预测

目的：筛选并分析新型冠状病毒肺炎合并高血压靶点基因同时探索潜在治疗中药。方法：筛选出新型冠状病毒肺炎合并高血压共同靶点基因并进行蛋白互作，分析出高度值和血管紧张素转换酶2（ACE2）相关的两个模块的重要靶点基因。根据两个模块的重点靶点基因预测相关中医症状以及中药；根据两个模块的重要靶点基因进行GO功能分析和KEGG通路分析。结果：获得新型冠状病毒肺炎合并高血压共同靶点基因197个，获得高度值靶点基因18个和ACE2及其相关靶点基因共14个两个重要靶点基因模块，获得发热、头痛等中医症状和钩藤、麻黄、苦杏仁、青蒿、葛根等中药。两个模块的GO功能分析的细胞组分的前5个过程中的4个过程具有明显的一致性，KEGG通路分析有共同的8个信号通路。结论：获得了新型冠状病毒肺炎合并高血压靶点基因，并筛选和分析出重要靶点基因，同时也预测了具有潜在治疗作用的中药，为临床用药提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨“海藻-昆布”治疗甲状腺结节的作用机制

目的： 运用网络药理学探讨"海藻-昆布"治疗甲状腺结节作用机制。方法： 利用中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛选海藻、昆布的活性成分和相关靶点,通过UniProt数据库进行靶点标准化;运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络;通过Genecards数据库检索甲状腺结节相关基因;利用String数据库构建蛋白互作网络图;通过R语言和Bioconductor数据库对潜在靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后通过分子对接技术将核心活性成分与核心靶点进行对接。结果： 筛选后得到海藻、昆布共11个活性成分,194个相关靶点,核心靶点有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等;GO分析得到129个相关过程,KEGG分析得到155条信号通路,分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论： "海藻-昆布"治疗甲状腺结节是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果,为"海藻-昆布"的临床应用以及甲状腺相关疾病临床研究提供一定的理论依据。     

基于网络药理学探讨小陷胸汤治疗血脂异常的作用机制

目的： 探讨小陷胸汤治疗血脂异常的作用机制。方法： 通过在TCMSP平台对小陷胸汤进行活性成分筛选并收集靶点信息；在Genecard，malacard，omim，digsee以及DisGenet等数据库中进行检索，获取疾病靶点；构建韦恩图，得到小陷胸汤治疗血脂异常的潜在作用靶点；并进行GO功能注释和KEGG通路富集分析；构建小陷胸汤中药-成分-靶点-信号通路网络，进行网络特征分析；结合前期研究结果，构建相关网络并分析。结果： 共挖掘到小陷胸汤中38种成分及101个潜在靶点，血脂异常疾病1 201个相关靶点，得到小陷胸汤-疾病共同靶点50个。共同靶点主要富集于343个生物过程和49条信号通路上。槲皮素可调节PPARA、eNOS，而与PPARA、eNOS相关的30个靶点中有7个靶点参与动脉粥样硬化通路的调控。结论： 小陷胸汤可能是通过RELA，IL6，PRKCA，NCOA2，CASP3等靶点，调控动脉粥样硬化通路、AGE-RAGE、TNF-α等信号通路，来调节血脂并预防或延缓AS的发生、发展。     

基于网络药理学及分子对接探讨香连片对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的机制研究

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨香连片对新型冠状病毒肺炎（Corona Virus Disease 2019,COVID-19）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、PubChem数据库、生物信息学分析工具（a bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine,BATMAN-TCM）及SwissTarget Prediction平台查询香连片活性成分及其对应的靶点基因;根据大于2倍中位数的节点度值（degree）为条件,筛选香连片关键活性成分,并运用Cytoscape 3.6.1软件绘制关键活性成分-对应靶点网络;通过GeneCards及PHARMGKB疾病数据库,以"coronavirus pneumonia"、"COVID-19"及"SARS-CoV-2"为关键词进行检索疾病靶点基因。运用Cytoscape 3.6.1软件进行交集,得到共同靶点并构建成分-靶点-疾病网络图;通过STRING网站对共同靶点构建蛋白相互作用（Protein Protein interaction,PPI）网络,通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本位（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析;利用CB-Dock网站对筛选出的活性成分及抗病毒化药和SARS-CoV-2 3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ （angiotensin converting enzyme Ⅱ,ACE2）进行分子对接。结果：香连片共得到41个活性成分,其中16个关键活性成分,并与疾病靶点相交得到24个共同靶点;GO功能富集得到分子功能（molecular function,MF）、细胞组分（cellular component,CC）及其所参与的生物过程（biological process,BP）分别为125条、16条及24条;KEGG富集得到94条通路,其通路多与免疫反应和炎症反应有关,主要有PI3K-Akt、Ras、HIF-1、MAPK、NF-kB以及TNF等信号通路;分子对接得出黄柏酮、氧化小檗碱、吴茱萸碱、吴茱萸次碱及豆甾醇等多种成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的对接亲和力均强于2种临床化学药物（阿比多尔及利巴韦林）。结论：香连片多是通过作用于MAPK家族、IL1B、NFKB1、CASP3、CCL5、TNF等靶点因子来调节PI3K-Akt、MAPK、NF-kB及TNF等炎症免疫通路,以多成分、多靶点、多途径参与COVID-19的多种生理过程,从而对COVID-19有一定治疗作用;在中药成分上,黄柏酮、氧化小檗碱、吴茱萸碱、吴茱萸次碱、豆甾醇、吴茱萸酰胺类成分等可以很好作用于COVID-19治疗中涉及到的2种关键酶（SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2）,故这几种中药单体成分有作为治疗COVID-19的新药潜能。     

基于网络药理学探究逍遥散治疗乳腺癌的潜在机制

目的： 利用网络药理学探究逍遥散治疗乳腺癌（BC）的潜在机制。方法： 从中药系统药理学分析平台（TCMSP）收集组方药物的活性成分及靶点,与Genecards网站收集的乳腺癌靶点取交集后,筛选出逍遥散治疗乳腺癌的潜在靶点,进而绘制中药-活性成分-靶点网络图并分析其核心成分,构建靶蛋白互作网络并分析其核心靶点,并进行基因本体（GO）分子功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后通过分子对接探究核心成分与核心靶点的相互作用。结果： 逍遥散治疗乳腺癌的核心成分为槲皮素、木犀草素和山奈酚,核心靶点为AKT1、IL-6和VEGFA,分子对接表明核心成分与AKT1有较好的结合作用。相关通路机制涉及细胞增殖和凋亡、免疫功能、血管生成、骨质破坏和药物耐药,其中PI3K-Akt信号通路很可能是逍遥散干预的通路。结论： 逍遥散治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路综合作用机制,这可为今后阐明逍遥散治疗乳腺癌的具体机制提供参考。     

基于网络药理学方法研究枸杞子抗癌作用机制

目的:利用网络药理学的技术和方法探索中药枸杞子中发挥抗癌作用的活性成分及其作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库检索中药枸杞子中的化学成分和靶点,并用Cytoscape3. 7. 1软件建立"化合物-预测靶点"网络、抗癌靶点间的蛋白蛋白相互作用(PPI)网络、"活性成分-疾病靶点"网络和"活性成分-重要靶点-通路"网络,探究枸杞子的抗癌作用机制。结果:"化合物-预测靶点"网络包含30个化合物123个靶点。PPI网络中有77个靶点,度值排名前5的抗癌靶点有PIK3CA、ITGB1、EGFR、IL2和PIK3CD。"化合物-预测靶点"网络说明枸杞子中发挥抗癌作用的活性化合物有22个,可直接作用的抗癌靶点有6个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路共28条,涉及癌症通路、炎症通路和免疫通路等。结论:本研究初步验证了枸杞子的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学的康艾注射液抗非小细胞肺癌作用机制分析

目的:采用网络药理学方法探讨康艾注射液抗非小细胞肺癌作用机制.方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索康艾注射液中3味中药化学成分和相关作用靶点.将靶点上传到UniProtKB软件,得到的基因与人类基因组注释数据库(Genecards)对映.运用Cytoscape3.7.0软件构建化合物-靶点网络,借助STR...     

基于网络药理学探讨痰咳净方防治新型冠状病毒肺炎的可行性

目的 采用网络药理学方法探讨痰咳净方治疗呼吸系统的潜在作用机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的可能性进行评估。方法 通过TCMSP、Swiss Target Prediction、OMIM等在线数据库收集痰咳净方有效化学成分、成分作用靶点及相关疾病信息。采用Cytoscape 3.7.1构建化合物-靶点网络和靶点-疾病网络。将上述靶点用String 10.0数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建并筛选出核心靶点,最后利用DAVID 6.8数据库进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制。结果 共筛选出49个主要活性成分,与呼吸系统相关靶点85个,针对疾病19种。PPI网络发现关联度较高的靶点有AKT1、IL-6、MAPK1、PTGS2、VEGFA、TNF、EGFR、STAT3、CCND1、MMP9、JUN、IL-10、ESR1等。基因本体（GO）条目1 793个,其中生物过程相关的条目1 555个,分子功能相关的条目134个,细胞组成相关的条目104个。靶点对应的信号通路为137条,涉及炎症性通路、病毒相关通路、免疫调节性通路、信号转导性通路、肿瘤相关通路及内分泌代谢通路等。结论 研究初步证明痰咳净方通过作用于ADCY2、AKT1、CASP8、CCND1、TNF、CASP8、IFNG、IL-4、IL-6等靶点调节人巨细胞病毒感染通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、人T细胞白血病病毒感染、TNF信号通路等多条信号通路,来发挥对COVID-19的防治作用。     

天麻活性成分巴利森苷B对匹鲁卡品致痫小鼠痫性行为的干预作用及网络药理学作用机制分析

目的:研究天麻活性成分巴利森苷B(parishin B,PB)对癫痫小鼠痫性行为的干预作用及其潜在的作用机制.方法:采用匹鲁卡品腹腔注射方法建立小鼠癫痫模型;通过观察小鼠的癫痫潜伏期、持续状态时间、痫性发作等级变化评价PB对癫痫小鼠的干预作用;采用网络药理学技术分析PB抗癫痫作用机制;使用Auto Dock vina软...