2023年度肿瘤单细胞与空间多组学研究进展盘点

单细胞组学技术能从单细胞分辨率解析瘤内异质性和细胞间交互,空间组学技术则从空间维度探究异质性与肿瘤微环境。因此,单细胞与空间多组学技术在肿瘤研究中具有不可替代的优势。本文针对2023年单细胞与空间多组学技术在肿瘤细胞图谱、肿瘤异质性和微环境及临床应用与药物研发的研究进展进行盘点,并尝试分析目前仍面临的挑战,以期对本领域研究者提供帮助。     

单细胞转录组测序和肿瘤精准医疗

单细胞测序技术是指以单个细胞为单位,通过高通量测序技术全方位分析单个细胞内的遗传信息,其已成为现代生物 学深度研究的一种强有力工具,使生物医药领域研究和临床应用转化研究达到了传统测序方法难以实现的极高精确度和灵敏度。 目前,单细胞转录组测序（又称“单细胞RNA测序”,scRNA-seq）已成为最广泛应用的单细胞测序技术。简要介绍scRNA-seq技术 的发展历程、技术原理和方法,系统阐述其应用在肿瘤异质性、肿瘤转移、肿瘤免疫、肿瘤耐药等基础领域的研究成果及其在肿瘤精 准医疗的临床转化与应用中的研究进展,单细胞测序技术的发展和应用必将推动肿瘤精准医疗迈向更高水平。     

免疫细胞单细胞测序对肿瘤免疫治疗疗效预测的意义

免疫检查点抑制剂及CAR-T细胞的基础及临床转化研究已成为肿瘤研究的热点之一。免疫治疗已在多种类型的肿瘤中应用,并可观察到持续的应答和显著的生存优势,但仍有部分患者并未受益,如何对免疫治疗疗效进行有效的预测,是亟待解决的问题。单细胞测序技术是在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性,破解多种类型肿瘤的免疫微环境及外周血循环免疫细胞的亚型及图谱,分析肿瘤细胞及肿瘤微环境的异质性,在发掘新的疾病诊断标志物、分辨细胞亚型、治疗靶标及在个体化治疗方面具有独特的优势。     

单细胞测序技术在乳腺癌研究中的应用进展

乳腺癌是全球女性发病率最高的恶性肿瘤,也是女性癌症相关致死的主要原因之一。乳腺癌是一种高度异质性的疾病,肿瘤间异质性和肿瘤内异质性使得精准分型治疗工作进展缓慢。传统高通量测序技术在乳腺癌研究中的应用已为揭示乳腺癌的发生、发展、驱动基因、精确分型、诊断及治疗方面提供了重要参考,但仍有局限性,无法揭示肿瘤内异质性。近年来兴起的单细胞测序技术在灵敏度、准确度和效率方面都得到了极大的提高,研究人员可以分析复杂混合细胞中的单个细胞的分子生物学信息,该技术在研究肿瘤异质性方面展现出极大的优越性。近年来,单细胞测序技术在乳腺癌研究中的应用已有多项重要研究成果发表,包括从单细胞层面解析乳腺癌转录组图谱、探索乳腺癌微环境异质性、探索乳腺癌耐药发生机制、探索乳腺癌克隆异质性及克隆演化研究,以及综合挖掘单细胞公共数据资源揭示乳腺癌异质性。本文对近年来单细胞测序技术在乳腺癌中的应用相关前沿重要研究进行综述并深入思考,旨在为乳腺癌研究者应用单细胞测序技术提供参考,促进单细胞测序技术在乳腺癌研究中的广泛应用。     

骨肉瘤多组学研究进展

摘 要：骨肉瘤（osteosarcoma,OS）是最常见的原发性恶性骨肿瘤,具有高侵袭性和转移性。随着高通量测序技术的发展,组学综合分析在临床应用上变得更为便捷,为多种肿瘤治疗提供了新途径。在OS中,丰富的转录组学、基因组学、表观遗传学、蛋白质组学数据提供了基因表达、基因突变、化学修饰等宝贵信息,有助于更深入地了解OS的分子机制和生物学特征。此外,新兴的单细胞测序能在单细胞水平上定量分析基因表达,揭示不同细胞类型的分子特征,比较OS细胞差异,甚至探究OS的起源等。回顾目前基因组学、转录组学、表观遗传学、蛋白质组学以及新兴的单细胞组学在OS上的研究进展,有助于更全面了解OS发生、进展机制,同时有望发现潜在的治疗靶点,为OS的临床治疗提供重要指导和启示。     

单细胞测序技术在食管癌研究中应用的进展

单细胞转录组学、基因组学、表观基因组学、多组学等单细胞测序（single cell sequencing,sc-Seq）技术是一种在单细胞水平上研究细胞基因表达和功能变化的强大研究工具。随着sc-Seq技术在食管癌研究中的广泛应用,其将改变人们对食管癌细胞生物学特征的理解,为更精准地从分子层面阐述食管癌的发生、发展和转移的机制,提高其诊断及个体化治疗的水平做出重大贡献。本文就sc-Seq技术在食管癌的发生、发展机制、诊疗和预后相关标志物、免疫治疗及放化疗中的研究进展作一综述。     

单细胞测序技术在急性白血病诊断和预后评估中的应用进展

目前包括单细胞DNA测序(scDNA-seq)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)等在内的单细胞多组学技术已被用于揭示恶性肿瘤细胞的异质性、阐明其发病及耐药和复发机制等, 能够为恶性肿瘤的诊断、预后评估等提供新的策略。文章结合第65届美国血液学年会上的报道对单细胞测序技术在急性白血病诊断和预后评估方面的应用进行阐述。     

DNA芯片技术及其在肿瘤研究中的应用

DNA芯片技术是一项新兴的生物学技术,可在基因组水平上高通量地对基因的表达、突变和多态性进行快速、准确的检测.肿瘤的形成、发展是多步骤、多基因参与的复杂过程,应用DNA芯片技术在基因组水平上对肿瘤进行研究,可以了解肿瘤细胞基因表达谱的改变,解释肿瘤发生、发展的分子机制,为肿瘤的分子病理诊断、临床肿瘤预后判断及治疗方案的选择提供理论指导.本文综述了DNA芯片的技术原理及近年来在肿瘤研究中的应用.     

凝集素的生物学功能及临床应用

凝集素具有多种生物学功能,可作为分子探针检测肿瘤细胞表面及细胞内糖基受体的分布,研究肿瘤细胞的分化、变异情况,用于肿瘤的诊断、治疗及预后.凝集素还可用作免疫佐剂以及用于细胞分型和鉴定微生物等,其多价结合能力使其在免疫细胞化学研究中得到广泛应用.     

DNA芯片技术及其在肿瘤研究中的应用

DNA芯片技术是一项新兴的生物学技术,可在基因组水平上高通量地对基因的表达,突变和多态性进行快速,准确的检测,肿瘤的形成,发展是多步骤,多基因参与的复杂过程,应用DNA芯片技术在基因组水平上对肿瘤进行研究,可以了解肿瘤细胞基因表达谱的改变,解释肿瘤发生,发展的分子机制,为肿瘤的分子病理诊断,临床肿瘤预后判断及治疗方案的选择提供理论指导,本文[综述了DNA芯片的技术原理及近年来在肿瘤研究中的应用。