基于网络药理学和分子对接的逍遥散治疗肝癌并抑郁症的潜在机制探讨

目的 通过网络药理学和分子对接方法,探讨逍遥散治疗肝癌并抑郁症的潜在机制。方法 通过 TCMSP 数据库,以逍遥散组方中药中文名称为检索词,设置口服生物利用度（OB）＞30% 和类药性（DL）＞0.18 为筛选条件获取中药活性成分与靶点,从 GeneCards 数据库中获取肝癌和抑郁症疾病相关靶点,并将疾病靶点与药物成分靶点相互交集,获取共同交集靶点后,导入 DAVID 数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路和基因本体（GO）功能的富集分析,并进行分子对接验证活性成分与关键靶点的亲和力。结果 获得逍遥散 161 个活性成分和 238 个靶点,而疾病靶点共计 11 204个;成分靶点和疾病靶点取交集得共同靶点 69 个;KEGG 通路富集在 AGEs-RAGE、癌症、HIF-1 等信号通路;分子对接显示核心成分 3β-乙酰氧基苍术酮与白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）等靶点结合活性良好。结论 逍遥散主要通过 3β-乙酰氧基苍术酮介导 ILIB、TNF、BCL2 等靶标,调节 AGEs-RAGE、癌症等信号通路,发挥抗炎、免疫调控、促进细胞凋亡等作用,从而改善肝癌和抑郁症的症状。     

基于网络药理学探究银杏叶治疗脑梗死的潜在作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨银杏叶治疗脑梗死(CI)的潜在作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选银杏叶高度活性化学成分,预测潜在靶点;通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传数据库、DisGeNET、治疗靶点数据库和Drugbank数据库检索CI相关靶点.通过Uniprot数据库转换银杏叶有效成分潜在...     

基于网络药理学和分子对接的苦参抗乳腺癌潜在机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接的方法分析苦参抗乳腺癌的主要活性成分及潜在分子机制。方法 采用TCMSP、ETCM数据库和查阅国内外文献收集筛选苦参化学成分，通过Swiss Target Prediction 数据库对有效活性成分的靶点进行预测，通过GeneCards、TTD、Drugbank、OMIM收集乳腺癌相关靶点，根据Venny 2.1.0软件筛选出苦参抗乳腺癌疾病靶点；采用Cytoscape软件构建苦参-核心活性成分-靶点网络图，用 STRING数据库分析共有靶点，构建PPI网络图，通过DAVID数据库和Hiplot平台对关键靶点蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，并采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接，同时采用分子生物学方法对关键靶点进行验证。结果 从苦参中共筛选出结构明确的活性成分36个，筛选出70个苦参抗乳腺癌的疾病靶点，其中EGFR、AKT1、ESR1、SRC、CYP19A1、AR、ABCB1等12个核心靶点参与乳腺癌中内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、雌激素等信号通路，且核心成分与关键靶点AR之间的结合能最高。体外细胞实验显示，苦参提取物可抑制乳腺癌细胞的增殖，诱导细胞凋亡，上调AR蛋白的表达。结论 苦参通过多成分作用于多靶点和多个信号通路，调节复杂的生物过程发挥抗乳腺癌的作用，苦参对AR蛋白的上调可能成为治疗乳腺癌新的治疗策略。     

基于网络药理学及分子对接的紫草治疗乳腺癌作用机制研究

目的 利用网络药理学分析方法和分子对接探讨紫草多靶点、多通路抗乳腺癌作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集紫草的活性成分与靶点,GeneCard与DisGeNET数据库检索与乳腺癌相关的靶点,基于Cytoscape 3.6.1软件及STRING数据库构建活性成分与作用靶点的网络与蛋白相互作用PPI网络,利用David...     

基于网络药理学研究二仙汤治疗乳腺癌的作用机制

目的:利用网络药理学方法,探讨二仙汤治疗乳腺癌的潜在作用机制.方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集二仙汤药物的活性成分和其作用靶点,运用G...     

基于网络药理学和分子对接探究桑白皮治疗慢性阻塞性肺疾病的潜在作用机制

目的 利用网络药理学的方法研究桑白皮治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用靶点以及分子机制。方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取桑白皮的活性成分及活性成分的作用靶点;在OMIM和GenCards数据库中检索筛选COPD相关的靶点,两者取交集获得桑白皮治疗COPD的核心靶点。由Cytoscape 3.7.0构建活性药物-疾病-成分-靶点网络;STRING数据库构建靶点蛋白互作网络;DAVID数据库对靶点基因开展生物功能与通路富集分析,构建桑白皮活性成分-核心靶点-作用通路网络图。结果 从桑白皮中筛选得到31个活性化合物和93个相应靶点,COPD 3565个相关靶点,两者映射获得治疗COPD作用的活性成分22种：主要为槲皮素、山奈酚等,作用于IL6、VEGFA、EGFR、MAPK8等76个COPD核心靶点,生物功能与通路富集分析表明,桑白皮主要通过调控凋亡过程、细胞增殖、氧化还原过程、老化等生物行为,对信号通路PI3K-Akt、TNF、MAPK、P53、HIF-1等施以调节,起到治疗COPD作用。结论 研究结果体现了桑白皮治疗慢性阻塞性肺疾病多成分、多靶点、多途径的作用特点,...     

基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法 利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出八珍汤有效成分2 336个,潜在靶点211个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、柚皮素、山柰酚与关键靶点ATK1、CASP3具有良好亲和力。结论 初步明确八珍汤治疗乳腺癌的作用机制是通过山柰酚、槲皮素、柚皮素等活性成分作用于AKT1、CASP3等关键靶点。     

基于网络药理学探究山药治疗阿尔茨海默病的分子机制

目的 基于网络药理学方法探究山药治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制.方法 通过TCMSP数据库进行山药潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneCards及OMIM数据库预测筛选与阿尔茨海默病相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配.通过Cytoscape软件进行疾病-药物-成分-靶点可视化网络建立,借助Stri...     

基于网络药理学探讨葛花治疗心肌缺血的潜在机制

目的 探讨葛花治疗心肌缺血（MI）的潜在机制。方法 在TCMSP数据库检索葛花的活性成分和靶点,使用Cytoscape构建葛花-活性成分-靶点网络图。通过DisGeNET、GeneCards、OMIM数据库筛选MI的靶点。通过制作葛花靶点和MI靶点的韦恩图得到共同靶点,在STRING数据库中对其进行网络构建,然后将其可视化。使用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,将其可视化取KEGG富集分析的前20条信号通路,构建信号通路与靶点之间的网络图。选择前5个活性成分及其对应的前10个靶点进行分子对接。结果 葛花的活性成分16个,成分靶点142个,MI的靶点2327个,取交集后共得到葛花治疗MI的靶点51个,其中核心靶点是INS、EDN1和IL10等,GO富集分析确定了171个与之发生发展密切相关的生物过程,KEGG富集分析确定了38条信号通路,GO和KEGG富集分析提示葛花主要通过补体和凝血级联反应通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化途径、MAPK等信号通路发挥作用。分子对接表明葛花的活性成分与其相应靶点具有良好的结合力。结论 本研究通过网络药理学初步揭示葛花多成分、多靶点、多通路治疗M...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨艾迪注射液治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术,探讨艾迪注射液治疗乳腺癌的活性成分和潜在作用机制.方法 通过中药系统药理分析平台(TCMSP)、中药综合数据库(TCMID)筛选及文献查找,收集中药黄芪、人参、斑蝥和刺五加的活性成分及对应靶点.从GeneCards、PharmGKb、OMIM、DrugBank和TTD数据库获得乳腺癌...     

基于网络药理学与分子对接技术对白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌作用机制的研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术预测白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌的作用靶点，探讨其治疗胰腺癌的潜在分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）、PharmMapper、OMIM、GeneCards、STRING、DAVID等在线数据库与Cytoscape软件构建一系列网络图、筛选核心靶点并对靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，最后通过AutoDock软件对关键活性成分与潜在作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到药组活性成分35个，相关靶点190个，胰腺癌靶点1 566个以及白术-半夏-茯苓治疗胰腺癌的交集靶点76个。这些交集靶点主要参与基因表达的正调控，细胞因子介导的信号通路以及细胞凋亡调控等生物学过程，并与癌症通路、乙型肝炎、大肠癌、化学致癌受体激活、胰腺癌以及MAPK信号通路等相关。分子对接结果显示，白术-半夏-茯苓的主要活性成分与胰腺癌的潜在作用靶点间具有一定的结合活性。结论 白术-半夏-茯苓主要通过多成分、多靶点、多通路发挥对胰腺癌的治疗作用，为临床应用白术-半夏-茯苓配伍治疗胰腺癌提供一定的理论依据。     

基于网络药理学和动物实验探讨大黄酸抗乳腺癌作用与分子机制

目的 该研究拟通过整合网络药理学和动物实验探讨大黄酸抗肿瘤的作用与分子机制预测,为进一步深入研究大黄酸联合多柔比星抗乳腺癌的分子机制提供实验依据与理论指导。方法 该研究通过体内构建荷4T1原位移植瘤小鼠模型,考察大黄酸联合多柔比星的抗乳腺癌作用。并利用Pubchem数据库、Swiss Target Prediction数据库、stitch数据库、tcmsp数据库获取大黄酸成分及作用靶点,运用OMIM、TTD、Genecards数据库等数据库取得乳腺癌的疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络和蛋白质相互作用(PPI)网络,对其进行拓扑学分析,获得潜在共同靶点;基于R软件使用Bioconductor生物信息软件包对共同靶点进行 GO 功能注释和 KEGG 富集分析,筛选药物作用于疾病的可能机制。结果 体内药效结果显示大黄酸能增强多柔比星抗乳腺癌作用。经数据库分析获得大黄酸成分作用靶点64个,乳腺癌疾病作用靶点1839个,药物和疾病交集靶点31个。PPI 网络分析以及 KEGG 通路富集分析显示,多个关键靶蛋白MMP9、CASP3、VEGFA、MAPK8、ESR1等,以及白介素-17、肿瘤坏死因子、细胞增殖与凋亡、雌激素受体等关键信号通路与乳腺癌关系密切。结论 摘大黄酸可提高多柔比星抗乳腺癌作用的机制可能是抑制肿瘤血管生长、下调雌激素受体、诱导细胞凋亡、参与肿瘤细胞外基质重塑等。因此,大黄酸多靶点、多通路的作用形式,为后续更深入揭示其作用机制提供了依据。     

基于网络药理学和分子对接的荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎的活性成分研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法,预测荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分,为临床用药提供参考。方法 通过中药系统药理学分析平台,检索荆防败毒散组方中所有药材的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库校正靶点对应的基因,利用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点网络并进行可视化处理,利用疾病数据库检索COVID-19相关的靶点,筛选出重合的靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。通过Metascape进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,通过分子对接,计算核心成分在预防新型冠状病毒肺炎的作用强度。结果 限定筛选条件为口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18,共得到荆防败毒散的159个活性成分和277个靶点,与获得的273个COVID-19相关的靶点取交集,得到55个核心靶点;对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,得到GO条目1376个和136条信号通路,涉及感染性疾病、癌症、细胞进程、免疫系统、信号等通路。分子对接结果显示荆防败毒散核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较强的结合能力,结合形式有氢键、疏水作用。结论 荆防败毒散中的活性成分能通过抑制新型冠状病毒（SARS-CoV-2）蛋白,ACE2结合,通过对多靶点、多通路的作用发挥对COVID-19的防治作用。     

逍遥散与文拉法辛联用抗抑郁的网络药理学机制研究

目的 运用网络药理学技术探讨逍遥散与文拉法辛联用抗抑郁的作用机制。方法 通过TCMSP、PubChem、OMIM、GeneCards以及UniProt等数据库获得逍遥散和文拉法辛治疗抑郁症的作用靶点；利用STRING网站得到蛋白互作网络；并通过Metascape网站对潜在作用靶点进行富集分析；使用Cytoscape软件绘制“靶点-成分-通路”可视化网络图。结果 逍遥散主要通过芍药苷、刺槐素、儿茶素、槲皮素等化学成分和文拉法辛联合作用发挥抗抑郁作用。逍遥散和文拉法辛治疗抑郁症的相关靶点共208个，主要为酪氨酸蛋白激酶（SRC）、信号转导和转录激活器3（STAT3）、转录因子AP-1（JUN）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）等。这些主要靶点作用于糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路（AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications）、癌症通路（pathways in cancer）等43条通路，调节对受损的应答（response to wounding）、对无机物的应答（response to inorganic substance）以及细胞成分运动的正向调节（positive regulation of cellular component movement）、血液循环（blood circulation）和有机羟基化合物代谢过程（organic hydroxy compound metabolic process）等生物学过程发挥抗抑郁作用。结论 逍遥散与文拉法辛联用通过多靶点、多通路发挥抗抑郁作用，利用网络药理学预测中西药联合治疗疾病的作用机制值得深入探讨。     

基于网络药理学探讨隐丹参酮抗非小细胞肺癌的作用机制

目的利用网络药理学和生物信息学方法对隐丹参酮(CTS)抗非小细胞肺癌(NSCLC)的机制进行较为全面的探讨。方法以CTS为研究对象,使用TCMSP数据库、SwissTargetPrediction以及PharmMapper靶点预测平台收集CTS相关靶点;使用OMIM数据库、GeneCards数据库以及TCGA数据库收集NSCLC相关靶点;使用String数据库以及Cytoscape软件构建交集靶点的PPI网络图,并筛选出核心靶点,用AutoDock Vina进行分子对接验证;运用R语言的clusterProfiler包对交集靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Cytoscape软件构建"CTS-交集靶点-KEGG通路"网络。结果得到交集靶点75个,主要涉及信号传导、磷酸化与去磷酸化、细胞凋亡与血管调节等多种生物过程,CTS主要通过胰腺癌、大肠癌、癌症途径、JAK-STAT信号通路、细胞凋亡以及自然杀伤细胞介导的细胞毒性等通路发挥其抗NSCLC作用。结论 CTS通过多靶点、多通路来发挥其抗NSCLC作用,为其进一步深入研究提供了理论上的支持。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨小白菊内酯治疗肺癌的分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究小白菊内酯治疗肺癌的分子机制。方法 从Swiss Target Prediction、SuperPred和HERB数据库筛选小白菊内酯的作用靶基因。通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集肺癌的疾病靶基因。使用Cytoscape软件构建“药物–靶基因–疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白互作网络（PPI）;通过Bioconductor平台进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用分子对接技术确定小白菊内酯与核心靶基因结合作用。结果 小白菊内酯靶基因共88个,肺癌相关基因8 814个,取交集得到小白菊内酯–肺癌共同靶基因68个。在PPI网络中,组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)、细胞色素P450(CYP)2D6、CYP3A4、CYP2A6、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、Toll样受体4(TLR4)、溴结构域包含蛋白（BRD）2、BRD4、单胺氧化酶A(MAOA)、无嘌呤/无嘧啶核酸内切酶-1(APEX1)是小白菊内酯作用于肺癌的10个核心基因...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨生血宁治疗贫血的机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术,探讨生血宁主要成分蚕沙治疗贫血的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛查生血宁有效成分,与GeneCards网站收集的靶点取交集后,筛选出生血宁治疗贫血的重合靶点,绘制中药-活性成分-靶点网络图。利用STRING构建药物治疗贫血的蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）,同时对重合靶点进行基因本体的分子功能和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析,最后通过分子对接探究核心成分与核心靶点的相互作用。结果：基因本体（gene ontology,GO）分析和KEGG通路富集结果显示生血宁主要通过调节AMP激活的蛋白质激酶（AMP-activated protein kinase,AMPK）和丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase,MAPK）等通路发挥治疗贫血作用。分子对接结果显示生血宁中活性成分可与蛋白激酶B1（又称AKT1）发生相互作用,其中叶酸和AKT1氨基酸残基ARG 379、ARG 369、RG 99和ASP 540等结合。结论：生血宁的作用机制涉及多靶点多通路,为阐明生血宁治疗贫血的药效学提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌的机制研究

目的基于网络药理学和分子对接探讨威麦宁治疗肺腺癌(LUAD)的机制研究。方法通过检索TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM和ETCM数据平台筛选出威麦宁(金荞麦根茎)主要活性成分,然后利用TCMSP和DrugBank平台预测其靶点,并根据文献补充成分及靶点;通过GEO数据库搜索并筛选LUAD表达数据集,用R语言分析获得差异表达基因;采用String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建药物疾病交集靶点PPI网络,利用Metascape平台对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;使用分子对接方法对核心成分与靶点进行对接验证。结果经过对OB、DL初步筛选,获得16个活性成分和353个潜在靶点,其中MMP-9、MMP-1、CAT等靶点与LUAD密切相关。威麦宁治疗LUAD主要涉及液体剪切应力和动脉粥样硬化、癌症通路、AGE-RAGE信号通路、p53信号通路等。结论探讨了威麦宁治疗LUAD主要有效成分、作用靶点,以及相关的通路,并为进一步的研究提供依据和思路。