应用寡核苷酸探针阵列法快速鉴定临床分离株中的分支杆菌

目的:建立一种简便、快速、灵敏、特异的分支杆菌菌种鉴定方法。方法:通过16S rRNA聚合酶链反应(polym erase chain reaction,PCR)-单链构象多态性(single-stranded conform ation polymorph ism,SSCP)分析鉴定253株分支杆菌临床分离株;应用16S rRNA PCR-寡核苷酸探针与待测菌株生物素标记的16S rRNA基因PCR产物进行反向斑点杂交。结果:分析28种分支杆菌标准菌株和9种非分支杆菌菌株,结果显示寡核苷酸探针是特异的。253株分支杆菌临床分离株,198株为结核分支杆菌复合群,55株为非结核分支杆菌。经寡核苷酸探针阵列法分析,198株结核分支杆菌分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,36株鉴定为非结核分支杆菌,分别与相对应的特异探针杂交,另19株与分析探针杂交阴性。结论:16S rRNA PCR-寡核苷酸探针阵列法灵敏度高、特异性强、简便、快速,可用于鉴定临床分离株分支杆菌菌种。     

结核分支杆菌异烟肼耐药基因的杂交检测

目的:探讨耐异烟肼结核分支杆菌的编码基因KatG和inhA基因的扩增以及突变情况.方法:采用PCR扩增技术对25株敏感株、35株耐药株及25例临床结核病人痰标本进行基因扩增;利用寡核苷酸探针反相斑点杂交技术对25株敏感株、35株耐药株及25例临床结核病人痰标本进行基因突变检测.结果:25株敏感株、35株耐药株KatG和inhA基因扩增均阳性;25例临床结核病人痰标本中KatG基因扩增阳性率为80%,inhA基因扩增阳性率为68%.结论:耐异烟肼菌株的基因突变率明显高于药物敏感株;PCR-寡核苷酸探针反相斑点杂交技术以其简便、快速、灵敏的特性能够为临床检测结核分支杆菌对异烟肼的耐药性提供初步依据.     

结核分支杆菌异烟肼耐药基因的杂交检测

目的：探讨耐异烟肼结核分支杆菌的编码基因KatG和inhA基因的扩增以及突变情况。方法：采用PCR扩增技术对25株敏感株、35株耐药株及25例临床结核病人痰标本进行基因扩增；利用寡核苷酸探针反相斑点杂交技术对25株敏感株、35株耐药株及25例临床结核病人痰标本进行基因突变检测。结果：25株敏感株、35株耐药株KatG和inhA基因扩增均阳性；25例临床结核病人痰标本中KatG基因扩增阳性率为80％，inhA基因扩增阳性率为68％。结论：耐异烟肼菌株的基因突变率明显高于药物敏感株；PCR一寡核苷酸探针反相斑点杂交技术以其简便、快速、灵敏的特性能够为临床检测结核分支杆菌对异烟肼的耐药性提供初步依据。     

间隔区寡核苷酸DNA微阵列分型在结核分枝杆菌检测中的应用

目的 探讨间隔区寡核苷酸DNA微阵列法在结核分枝杆菌基因分型检测中的应用价值.方法 将结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)、卡介苗(BCG)菌株和97株临床结核分枝杆菌株的聚合酶链反应产物分别进行传统Spoligotyping和间隔区寡核苷酸DNA微阵列分型,比较2种方法的一致性,并用H37Rv菌株检测间隔区寡核苷酸DN...     

DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌耐异烟肼基因的研究

目的采用DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌INH耐药基因,为临床诊治提供实验依据。方法应用DNA微阵列芯片法和改良罗氏培养加比例法药敏试验对疑似结核病患者的150份痰液标本进行检测,并对检测的结果进行比较分析。结果 150份痰液标本的涂阳率为60.0%(90/150),DNA微阵列芯片法检测到结核分枝杆菌阳性率为62.7%(94/150),改良罗氏培养法阳性率为60.0%(90/150),比例法药敏试验异烟肼的耐药率为43.9%(36/82),异烟肼的kat G/inh A基因总突变率为35.1%(33/94);以改良罗氏培养加比例法药敏试验为标准,DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌阳性、异烟肼耐药性和敏感性的符合率分别为97.7%、86.1%和100.0%。结论 DNA微阵列法可快速准确地检测大部分疑似结核病临床标本的kat G和inh A基因突变,可用于临床耐药性的检测从而指导临床用药,也可用于临床诊断中的推广。     

结核分枝杆菌耐药基因rpoB.katG.inhA突变快速检测方法研究

目的 通过PCR及芯片杂交技术平台,建立临床样品中结核分枝杆菌及耐药基因突变的快速诊断新方法.方法 根据结核分支杆菌标准株H37Rv序列,我们设计了覆盖rpoB基因81个碱基高变区的5个正常探针和6个可以探测特定突变类型的突变探针,制作膜芯片,并检测临床样品中结核杆菌的基突变情况,以此来判断耐药结果.结果 18个利福平培养耐药中的15个样品都在rpoB基因上检出有突变,利福平耐药突变检出率为83.0%（18/15）;25个利福平敏感样品rpoB基因上都未检出突变.20个异烟肼培养耐药的样品中有16个在katG或inhA基因上检出有突变,异烟肼耐药突变检出率为80.0%（16/20）;25个异烟肼敏感样品katG或inhA基因上都未检出突变.结论 用膜芯片检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性,具有较高的特异性和敏感性,可用于临床结核杆菌耐药性检测.并具有快速、简便、敏感的特点.     

结核分支杆菌异烟肼耐药的分子机制及其快速鉴定

目的：探讨快速检测结核分支杆菌异烟肼耐药的分子药敏方法。方法：用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)检测了20株异烟肼(INH)敏感的结核杆菌临床分离株，20株INH耐药株的katG基因，随后用SSCP方法鉴定扩增产物有无突变，以结核分支杆菌H37RV作对照。结果：所有INH敏感株均观察到katG基因扩增产物，20株INH耐药株中19株观察到katG基因扩增产物。以H37RV标准株为对照，20株敏感株SSCP带谱与对照相同；19株INH耐药株中8株与对照相同，11株有不同程度的差异，INH耐药katG基因突变或缺失的阳性率为60％。结论：多数结核分支杆菌耐INH是由于其katG基因突变所致，用PCR-SSCP筛选突变株可达到快速检测结核分支杆菌INH耐药的目的。     

应用寡核苷酸探针膜杂交方法快速检测耐异烟肼结核分支杆菌基因型

目的应用寡核苷酸探针膜反向斑点杂交技术快速检测结核分支杆菌对异烟肼(isoniazid,INH)耐药性.方法设计与合成用于检测结核分支杆菌耐INH基因katG、inhA的寡核苷酸探针,点于硝酸纤维素膜上,与结核分支杆菌临床分离株生物素标记的聚合酶链反应(PCR)产物进行反向斑点杂交,并与PCR-单链构象多态性(Polymerase chain reaction-Single stranded conformation polymorphism,PCR-SSCP)和PCR-直接测序(PCR-direct sequencing,PCR-DS)结果比较.结果 20株INH敏感株中,仅9株出现野生型探针K1阳性杂交,余11株中,10株K1b'杂交阳性,PCR-DS显示katG基因315位密码子AGC→ACC,1株K1c'杂交阳性,PCR-DS显示katG基因315位密码子AGC→AAC;15株出现野生型探针inh1阳性杂交,另5株Inha1探针杂交阳性,PCR-DS显示inhA基因-15位C→T突变.36株耐药株中,17株K1探针杂交阳性,18株K1b'杂交阳性,1株与所试探针不杂交,PCR-DS显示katG基因279位密码子GGC→GAC;11株与突变型Inha1探针阳性杂交,25株与野生型探针inh1杂交阳性.katG基因膜杂交突变检出率为 50 %,inhA基因膜杂交突变检出率为 30.56 %.结论寡核苷酸探针膜杂交技术可能成为检测部分结核分支杆菌耐异烟肼基因型简便、快速的方法.     

分子线性探针技术分析四川地区结核分枝杆菌耐药情况

摘要：目的应用分子线性探针GenoType®MTBDRplus Assay（GTplus）试剂盒检测四川地区耐多药结核分枝杆菌（MTB）
株的基因型特征,并初步了解耐药结核病的流行情况。方法选取结核确诊患者105份临床标本和68株临床分离株,应
用GTplus 试剂盒检测MTB耐利福平和异烟肼相关的rpoB、katG、inhA 基因的突变,推测其对利福平和异烟肼的耐药
性。结果151例样本的GTplus结果有效,总耐药率和耐多药率分别为29.14%（44/151）和17.22%（26/151）;耐利福平和
高、低水平耐异烟肼的突变菌株分别为21.85%（33/151）、21.19% (32/151）和3.31%（5/151）;突变型以rpoB S531L、katG
S315T1和inhA C-15T为主。痰标本组的耐多药菌株比率明显高于肺外标本组。结论四川地区MTB耐药形势严峻,尤
以耐多药结核病的情况严重,耐药菌株以rpoB S531L和katG S315T1突变型为主,应推广快速分子药敏试剂盒的临床应
用,快速并提高对耐药结核病的诊断。     

应用聚合酶链反应-膜芯片技术快速鉴定分支杆菌菌种

目的建立一种简便、快速、灵敏、特异的分支杆菌菌种鉴定方法。方法通过 1 6SrDNA聚合酶链反应 单链构象多态性 (polymerasechainreaction singlestrandedconformationpolymorphism ,PCR SSCP)分析鉴定 1 4 0株分支杆菌临床分离株 ;设计与合成用于鉴定分支杆菌菌种的 1 6SrDNA寡核苷酸探针 ,制作膜芯片 ,与待测菌株生物素标记的 1 6SrDNA基因PCR产物进行反向斑点杂交。结果 1 4 0株分支杆菌临床分离株中 ,经 1 6SrDNAPCR SSCP初步鉴定 ,1 33株为结核分支杆菌复合群 ,7株为非结核分支杆菌。经膜芯片杂交分析 ,1 33株结核分支杆菌分离株鉴定为结核分支杆菌复合群 ;7株非结核分支杆菌中 ,1株鉴定为戈登分支杆菌 ,1株为土分支杆菌 ,1株为偶发分支杆菌 ,1株为胞内分支杆菌 ,另 3株与分析探针杂交阴性。分析 2 8种分支杆菌标准菌株和 9种非分支杆菌菌株 ,结果显示寡核苷酸探针是特异的。结论 1 6SrDNAPCR 膜芯片技术灵敏度高、特异性强、简便、快速 ,可用于鉴定分支杆菌菌种     

比较基因组学平台的设计与实现

目的开发一个基于Web的本地服务器支持的功能全面的基因组比较和可视化平台,以加快对基因组的分析。方法构建以Apache HTTP服务器为平台的WEB服务器,采用Perl语言编程,优选整合了MUMmer、LAGAN、Mauve等多个基因组学研究的软件和算法,针对生物学家不同的应用目的,可直接在网页上提交基因组序列数据和参数选项,经平台处理的结果通过网页以图形化的方式返回用户。结果该平台可以处理多种序列数据输入格式,实现了完整的基因组序列和草图基因组序列比对,近远源物种的双基因组或多基因组比对,基因组间的同线性区域寻找,以及定位大范围的基因组重组(基因插入/缺失、重复、重排和水平转移)和小的核苷酸突变等功能;并将结果以图形化的方式显示。应用本平台,对10种新型甲型流感病毒株作基因组同源性分析,表明PB1基因可能来自于人H3N2,PB2、PA基因可能来自于禽类H3N2,而HA、NS基因可能来自于猪H1N1。在本平台上还对结核分枝杆菌(H37Rv、CDC1551)和牛分支杆菌(AF2122/97)基因组的研究分析,发现插入/缺失和重复序列是导致三个菌株基因组差异的主要来源。结论该平台功能资源整合较全面,应用界面友好,...     

放疗质控信息管理系统的本地化部署和初步应用

目的介绍开源放疗质控信息管理系统(QA Track+系统)及其本地化部署流程和初步应用情况。方法基于质控服务器软硬件系统配置,制定满足本中心需求的本地化部署策略,利用防火墙设置和分级设置确保服务器与各网络信息交互时的数据安全,利用Python语言编制个性化的质控管理序列。回顾性分析2019年11月至2020年7月美国瓦里安公司EDGE加速器日检质控数据,并以图表形式展示分析周期内日检指标的分布情况。结果QA Track+开源软件平台具有软硬件兼容性好,质控序列可编辑性强,数据网络结构安全性强等特点。结论可用于放疗中心质控项目的记录、批量存储与分析,以及基于先验知识为输入项的加速器性能指标趋势预测与分析等工作,可为其他放疗中心开展相关质控工作提供数据参考和技术支持。     

在医院服务器虚拟化环境中构建存储性能测试平台

利用IOmeter软件构建医院服务器虚拟化环境中的存储性能测试平台,介绍软件功能、获取与安装、测试平台搭建以及测试模型参数,结合嘉兴市妇幼保健院实例,验证测试平台及结果数据处理方法的有效性。     

肺癌辅助诊断系统的开发

目的 开发肺癌辅助诊断系统.方法 回顾性分析原发性肺癌及肺良性疾病(肺炎、肺结核、肺炎性假瘤)共1883例患者的临床资料,运用SPSS11.5统计软件进行非条件Logistic回归分析,建立回归诊断模型,参考模型利用Microsoft Visual Studio 2005系统开发平台VB.Net语言开发相应肺癌辅助诊断系统.结果 多因素非条件logistic回归模型显示:模型的拟合优度(R2)为0.806(>0.7).内对照情况:肺良性疾病诊断准确率=92.8%,肺癌诊断准确率=89.0%,总体诊断准确率=90.8%.结论 肺癌诊断系统对临床早期发现肺癌有较积极的作用,随着多中心数据的增加,模型的应用价值将越来越高.

Abstract：

Objective To develop a lung cancer diagnosis system.Methods A retrospective analysis was conducted in 1883 patients with primary lung cancer or benign pulmonary diseases (pneumonia,tuberculosis,or pneumonia pseudotumor).SPSS11.5 software was used for data processing.For the relevant factors,a non-factor Logistic regression analysis was used followed by establishment of the regression model.Microsoft Visual Studio 2005 system development platform and VB.Net corresponding language were used to develop the lung cancer diagnosis system. Results The non-factor multi-factor regression model showed a goodness-of-fit(R2)of the model of 0.806,with a diagnostic accuracy for benign lung diseases of 92.8%,a diagnostic accuracy for lung cancer of 89.0%,and an overall accuracy of 90.8%.Conclusion The model system for early clinical diagnosis of lung cancer has been established.     

医学图像处理远程虚拟实验教学平台的设计与实现

为帮助学生深入理解医学图像处理的概念和算法原理,提出了基于Matlab Web Server医学图像处理远程虚拟实验教学平台的构思。该平台采用B/S模式,利用ASP.NET和数据库技术结合Matlab Web Server组件实现。同时,指出该实验教学平台的构建,既满足了医学图像处理实验教学的需求,也解决了传统实验系统受时间和地域限制的问题,为教师提供了一种方便、快捷管理实验的平台,为学生提供了一个自主开放的实践环境。     

数据中心服务器虚拟化部署成本效率分析

针对目前数据中心存在的部署和维护复杂性大、运营成本居高不下等问题,采用服务器虚拟化技术重新部署,通过案例分析对比,虚拟化后数据中心服务器初期部署时间节省70%,硬件成本降低61%,软件成本减少59%,服务器功耗降低78%,空调功耗降低75%。由此可见,服务器虚拟化技术减少了投资和维护成本,明显提升了服务器整合效率,大幅简化了服务器部署和管理的复杂性,提高了系统的可用性,具有较高的应用价值。     

大肠癌病案信息系统建设、研究与应用

目的研究开发针对大肠癌的专用数据库软件,实现大肠癌资料的标准信息处理、网络共享和交流功能,为形成临床、科研统一共享的信息服务系统奠定基础。方法采用NET操作系统,结合Microsoft SQLServer作为数据库系统、目前流行的B/S结构、WINDOWS操作系统平台,用VISULA BASIC语言环境编写服务器程序;参考国内外相关大肠癌资料,共选取200多个大肠癌相关指标作为设计此软件的基本参数。结果软件可实现与Word有关的操作功能,简化输入方法、涵盖病人的多次住院及门诊信息;可随时调用嵌入的大肠癌国际分期标准和常用的工具,从而准确地确定病人的分期;可完成图片上传、插入、存储,图片与对应病人资料相关联;特殊用户可不修改程序随时对数据库中的某些指标进行增添及修改。结论应用此大肠癌软件系统,可提高大肠癌信息处理的准确性、标准化、系统化、全面化;绝对不会发生错分期的现象。多医院、多地区联合应用则可扩大数据库资源、提高数据的共享性和可利用度。为能满足临床、科研统一需求的信息系统的开发奠定基础。     

肿瘤大数据中心和单病种科研平台建设及应用

目的:建立基于医院肿瘤大数据中心的单病种科研平台,为科研工作者提供一个肿瘤数据价值可挖掘、科研流程规范化的工作平台,提高科研效率,增加科研产出。方法:利用大数据技术对医院各业务系统数据抽取、整合,建立肿瘤大数据中心。通过自然语言处理等技术对非结构化文本数据进行后结构化处理,使数据更具分析价值。结果:建成基于数据中心的肺癌、胃癌、乳腺癌、宫颈癌、鼻咽癌、食管癌、直肠癌、结肠癌、肝癌9大单病种的科研平台,实现了科研灵感搜寻、研究对象自动入组、CRF数据智能填充、填充数据及时溯源、科研数据辅助统计等系统化、全流程的科研管理。结论:提升了医院的科研效率并加速成果产出。     

免疫学网络教学平台的构建及网络教学资源的建设和应用

利用高校现有资源架设Web服务器、FTP服务器、论坛等构建免疫学网络教学平台，充分发挥现代计算机网络及信息共享的优势，突破原有的教学模式，建立起供各层次人员学习免疫学的场所。同时采用先进的数字图像处理技术、数据库技术等，建立起较为全面的免疫学网络课程及其他教学资源，生动形象地阐明免疫学内容。利用平台可实现以学习者为中心的非面授教学活动。     

蛋白质芯片研究进展及应用

蛋白质芯片为高通量并行分析和检测蛋白质提供了强有力的工具。本文较系统地阐述了蛋白质芯片种类、制备、生物样品处理、探针标记和检测方法;同时也讨论了蛋白质芯片技术的应用、存在问题以及发展前景。