沙门菌Rep-PCR与PFGE分子分型研究

目的分析比较Rep-PCR和PFGE方法对45株沙门菌的分型能力。方法应用Rep-PCR和PFGE方法对45株沙门菌(其中日常监测菌株29株,食物中毒分离菌株16株)进行分型,并对2种分型方法的分辨力及相关性进行比较。结果 45株沙门菌经Rep-PCR分析,可分为27个型,D值为91.1%;经PFGE方法分析,可分为29个型,D值为93.2%;2种方法的D值均高于血清学分型方法(85.9%)。Rep-PCR和PFGE分型结果表明,大多数菌株具有明显的对应关系,尤其是从食物中毒事件分离得到的菌株PFEG和Rep-PCR带型高度一致,也有部分菌株未显示出明显的对应关系。结论沙门菌Rep-PCR和PFGE方法分型结果相关性较强,但Rep-PCR的分辨力略低于PFGE,二者均可用于疫情溯源研究。     

长沙市沙门菌表型特征及PFGE分子分型

目的研究长沙市沙门菌的血清型分布、耐药特点及分子流行病学特征。方法对分离自长沙地区食源性疾病粪便标本及市售食品中的70株沙门菌,用玻片凝集试验确定血清型,微量肉汤稀释法检测14种抗生素的敏感性,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型。结果鼠伤寒沙门菌为优势血清型,占51.43%,其次是肠炎沙门菌,占7.15%。在抗生素敏感性测试中,对氨苄青霉素、磺胺嘧啶和氯霉素的耐药率较高,分别为68.57%、61.43%和57.14%。62.86%(44/70)的沙门菌呈多重耐药,且鼠伤寒沙门菌的多重耐药率比其他血清型高,差异有统计学意义(χ2=7.068,P0.01)。PFGE分型结果显示69株沙门菌按照100%的相似度可分为57个PFGE型,36株鼠伤寒沙门菌可分为4个聚类,相似度在58.1%~100%之间。结论本市的沙门菌以鼠伤寒和肠炎沙门菌为主,PFGE分型结果显示可能存在沙门菌的流行株,且菌株耐药形势严峻。     

肠炎沙门菌PFGE分子分型及耐药性研究

目的：对本地区及相邻地区2004～2007年分离的肠炎沙门菌菌株的分子分型及耐药性进行分析。方法：采用PFGE进行分子分型,利用药敏卡通过仪器对分离菌株进行药敏检测。结果：5起肠炎沙门菌食物中毒分离的菌株分成3型,其中2型之间存在3条带的差异,菌株间有相近关系。结论：PFGE是一种非常有效的分子分型方法,建立细菌PFGE指纹图谱数据库及PulseNet,对于控制食源性疾病非常重要。     

长沙市沙门菌表型特征及PFGE分子分型研究

目的研究长沙市沙门菌的血清型分布、耐药特点及分子流行病学特征。方法对分离自长沙地区食源性疾病粪便标本及市售食品中的70株沙门菌,用玻片凝集试验确定血清型,微量肉汤稀释法检测14种抗生素的敏感性,脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型。结果鼠伤寒沙门菌为优势血清型,占51.43%,其次是肠炎沙门菌,占7.15%。在抗生素敏感性测试中,对氨苄青霉素、磺胺嘧啶和氯霉素的耐药率较高,分别为68.57%、61.43%和57.14%。62.86%（44/70）的沙门菌呈多重耐药,且鼠伤寒沙门菌的多重耐药率比其他血清型高（χ²=7.068,P≤0.01）,差别有统计学意义。PFGE分型结果显示69株沙门菌按照100%的相似度可分为57个PFGE型,36株鼠伤寒沙门菌可分为4个聚类,相似度在58.1%~100%之间。结论本市的沙门菌以鼠伤寒和肠炎沙门菌为主,PFGE分型结果显示可能存在沙门菌的流行株,且菌株耐药形势严峻。     

福建省志贺菌PFGE分型研究

目的了解福建省志贺菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型情况,描述基因群的流行及分布特征,探讨优势血清群的变迁规律。方法收集2005-2010年志贺菌96株,分离自临床患者。选择NotⅠ进行酶切,H9812作为脉冲场凝胶分子量标准。采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱,运用BioNumer-ics软件进行聚类分析。结果按照100%的相似度可将34株福氏志贺菌酶切图谱分为27种PFGE型别;将62株宋内志贺菌酶切图谱分为43种PFGE型别。根据TENOVER原则,福氏志贺菌有2个优势基因群G1-G2,宋内志贺菌有4个优势基因群GI-GIV。优势基因群集中分布于7～10月,其他PFGE型别分布比较分散,无明显时间和地区的聚集性。结论福建省志贺菌分子分型呈现多样性,宋内和F4c的某些基因群可能逐渐演变为福建省优势且稳定的志贺菌流行菌株。     

布鲁氏菌PFGE分子分型的条件优化

[目的]将PFGE方法应用于布鲁氏菌分型研究,探索建立布鲁氏菌PFGE分型的最优化方法。[方法]在用PFGE方法进行布鲁氏菌基因分型的研究中,针对不同内切酶、酶切的浓度和时间、脉冲时间等影响PFGE分型结果的因素进行优化,利用优化后的条件对布鲁氏菌19株标准菌株进行分型研究。[结果]在布鲁氏菌的PFGE分型研究中,选择XbaI为内切酶、酶切浓度为96u/200μl、酶切时间为4h、脉冲时间为2～25s为PFGE电泳的优化条件,在分析的19株布鲁氏菌标准菌株中,6种布菌的PFGE图谱各不相同,但PFGE不能将种内不同生物型布菌完全区分开来。[结论]PFGE方法可用于布鲁氏菌的基因分型的研究,是对传统分型方法一种较好的补充。     

德尔卑沙门菌PFGE分型探索

[目的]用脉冲凝胶电泳方法绘制德尔卑沙门菌的DNA指纹图谱,为研究德尔卑沙门菌的同源性提供分子生物学技术依据。[方法]从本实验室在各类食品中分离到的12株德尔卑沙门菌中提取DNA,经过限制性内切酶Xba1的切割,再用脉冲凝胶电泳仪进行DNA分子分型,并使用Quantity OneTM软件对其同源性进行分析比较。[结果]实验得到10株菌的DNA指纹图谱,与2003年D1号菌株遗传基因密切相关的菌株占22%;与2004年D15号菌株遗传基因密切相关的菌株占44%;2005年的4株菌中有3株之间的遗传基因密切相关;2006年的4株菌,分别为2株之间的遗传基因密切相关。[结论]脉冲凝胶电泳方法是分析引起食源性疾病的致病菌的同源性的有效方法。     

345株福氏志贺菌血清型分布与PFGE分子分型

目的了解引起细菌性痢疾的福氏志贺菌PFGE分子分型特征,为新疆细菌性痢疾的预防和控制提供科学依据。方法对2013年-2016年细菌性腹泻病例粪便样本中分离出的345株福氏志贺菌,经生化和血清学鉴定,确认血清型,经NotI酶切,对占比前3位优势菌型的DNA指纹图谱进行聚类分析。结果 345株福氏志贺菌中,血清型以F2a型占比最高(47.83%),其次为F2b型(14.49%)、F1b型(10.72%)。按照相似度100%,可将PFGE图谱分为225种型别,带型呈现多样性,其中163株F2a型呈现97种带型,有4种优势带型,49株F2b型有41种带型,37株F1b型PFGE有31种带型。结论福氏志贺菌因血清型复杂,PFGE带型呈现多样性,带型分布呈个别带型集中,其他带型菌株间并存相近的多种变异,较为分散。带型间的差异与福氏志贺菌抗原结构复杂,血清型多,菌株来源地区、生存条件和环境的不同有关。     

艾伯特埃希菌多重PCR检测方法的建立

目的 建立一种快速检测艾伯特埃希菌的多重PCR检测方法。方法 根据lysP和EA0134基因建立多重PCR反应体系,并对引物浓度、反应时间及温度等反应条件进行优化,同时评价其灵敏性和特异性。运用该方法对实验室分离的63株艾伯特埃希菌菌株及增菌液和非艾伯特增菌液进行了检测。 结果 两对引物均能特异性扩增相应的基因,其灵敏性均为25 CFU/反应(500 CFU/ml)且非常特异。对本实验分离的艾伯特埃希菌增菌液和非艾伯特埃希菌增菌液的检测结果与之前传统方法的一致。结论 本研究建立的多重PCR方法可用于艾伯特埃希菌的初步筛查和分离株的鉴定,为艾伯特埃希菌的快速鉴定和鉴别提供了一种新的检测方法。     

2021年长沙市食源性疾病沙门菌血清分型及PFGE分子分型分析

目的 了解长沙市食源性疾病沙门菌的血清分型和PFGE分子分型情况,为食源性疾病防控提供依据。 方法 按《食源性疾病监测工作手册》收集长沙市4所哨点医院食源性疾病病例粪便标本,从中分离沙门菌,并对沙门菌进行血清分型和凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE),通过Bionumerics 7.6 软件对电泳图谱进行分析。 结果 全年共监测528份标本,检出沙门菌50株,检出率为9.47%,阳性病例主要集中在5岁及以下年龄段,占74.00%(37/50),发病主要在夏秋5—9月,占全年的76.00%(38/50)。血清型共有12种,主要血清型是鼠伤寒沙门菌占60.00%(30/50),其次为斯坦利沙门菌4株占8.00%,肠炎沙门菌3株占6.00%。 50株沙门菌PFGE分型为41种带型,相似度为55.7％～100％,呈现多态性,主要分成两个簇,有8组相似度 100％ 的菌株,共17株(占34.00%,17/50),主要是鼠伤寒沙门菌;有10簇相似度90%以上的克隆系,包含32株沙门菌。 结论 长沙市2021年食源性疾病沙门菌感染的优势血清型是鼠伤寒沙门菌,沙门菌PFGE分子分型带型呈多态化,PFGE分型可识别共同感染来源的病例,可用于暴发疫情识别和控制。     

福建省74株霍乱弧菌PFGE分子分型研究

目的采用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对福建省霍乱监测点采集的霍乱弧菌进行分型,探讨其分布特征。方法福建省2008年采集到不同地区、不同来源的霍乱弧菌74株,用PFGE技术分析电泳酶切指纹图谱,用BioNumerics软件进行聚类分析。结果按照100%的相似度,可将21株小川型菌株分为20个PFGE型、44株稻叶型菌株分为39个PFGE型;按照90%的相似度,稻叶型菌株出现2个优势PFGE型别簇。结论福建省霍乱弧菌PFGE型别存在多态性。加强对外环境霍乱菌株的监测,可为霍乱防控提供有用的本底资料和早期预警;PFGE分型结合流行病学调查,是发现霍乱菌株污染传播链的有效手段。     

2010年食物中毒及散发腹泻患者沙门菌PFGE分子分型研究

目的 研究2010年沙门菌食物中毒及散发腹泻患者沙门菌分离株的分子分型.方法 将从中毒事件患者和剩余食物及散发腹泻患者分离到的18株沙门菌进一步鉴定培养,用限制性内切酶Xba l消化酶切后进行脉冲场凝胶电泳,运用Bionumerics5.1聚类分析.结果 指纹图谱聚类显示18株沙门菌分为多个分子型,同起食物中毒分离到的沙门菌有相同的指纹图谱;来自两个散发腹泻患者的分离株图谱也一致.结论 脉冲场凝胶电泳可有效应用于食物中毒溯源分析及沙门菌分子流行病学研究.     

菏泽市肉与肉制品中弯曲菌的分布及PFGE分子分型研究

目的 了解2017年-2020年菏泽地区市场销售肉与肉制品中弯曲菌分布及分子特征,为弯曲菌病防控提供科学依据.方法 对采集的270份肉与肉制品进行弯曲菌分离鉴定,对分离菌株进行PFGE分子分型.结果 在270份样品中,共检出弯曲菌62株,总检出率为22.96％(62/270),其中生禽肉弯曲菌检出率最高,为57.78％...     

单核细胞增生李斯特菌PFGE分型与血清学分型的联合分析

目的:采用国际标准化的脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析方法对单核细胞增生李斯特菌(Lm)进行基因分型,同时进行血清学分型,比较分析两种分型方法的优劣和之间的关系。方法:按照标准化的Lm-PFGE方法对17株Lm进行PFGE分型,分别用限制性内切酶ApaI和AscI酶对菌株进行酶切,通过脉冲场凝胶电泳获得电泳图谱,利用B ioNum erics软件对图谱进行聚类分析。同时对上述菌株进行血清学分型。结果:17株Lm被内切酶ApaI分为13种带型,被内切酶AscI分为14种PFGE型。17株Lm分为5种血清型。结论:Lm-PFGE分型方法是一种高分辨力、稳定可靠的技术。PFGE的分辨力高于血清学分型,两种分型方法密切相关。聚类分析结果显示ApaI酶切分型与H抗原密切相关。     

REP、RAPD和PFGE方法在志贺菌分子分型中的应用评价

目的探索一种简便、准确、快速的分子分型方法用于志贺菌传染源的追溯和调查。方法采用细菌基因组重复序列(REP)、随机扩增多态性分析(RAPD)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分别对62株志贺菌进行分子分型,根据分型结果比较3种方法的优点与不足。结果 REP仅分出A、B 2个型,RAPD可分出A、B、C、D、E、F 6个型,53株福氏志贺菌共分5个PFGE带型,9株宋内志贺菌为1个型,包括3个亚型。结论 REP用于相似度较高的菌株分辨效果较差,不适用于区域内菌株的分型;PFGE分型准确度高,但操作繁琐、时间较长;RAPD分型虽与PFGE分型有所差异,但分辨效果较好,且操作简便、价格低廉。RAPD可用于细菌性痢疾暴发事件的分子流行病学调查。     

舟山市2018—2020年肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌 PFGE分子分型特征分析

目的 了解舟山市肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特征,为聚集性暴发事件溯源追踪提供依据。方法 用Pulse Net网络实验室标准方法对肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌进行PFGE分子分型,并进行聚类分析。结果 舟山市2018—2020年分离到106株肠炎沙门菌和60株鼠伤寒沙门菌,性别比1.1∶1和0.9∶1,集中于每年6～8月(78.3%和80.0%),主要以0～5岁年龄组居多(37.7%和66.7%)。106株肠炎沙门菌分12种带型,菌株间条带相似度84.0%～100.0%;优势带型为P1、P6和P7。60株鼠伤寒沙门菌分53种带型,菌株间条带相似度56.0%～100.0%;各带型包含1～4株菌,B1为优势带型。结论 舟山市肠炎沙门菌PFGE分子分型有明显优势带型,遗传同源性较高;鼠伤寒沙门菌PFGE分子型别众多,条带分散,呈遗传多样性。     

8株医院血流感染肺炎克雷伯菌的PFGE分型

目的应用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对某医院同一外科病房临床分离的8株肺炎克雷伯菌进行同源性分析,为医院感染控制提供依据。方法对此8株肺炎克雷伯菌,采用微量肉汤稀释法和K B法进行药物敏感试验,并以PFGE技术进行基因分型。结果药物敏感试验结果显示,除菌株Kp1外,菌株Kp2等其他7株肺炎克雷伯菌对11种抗菌药物具有相同的药敏谱,且为多重耐药菌;PFGE分析亦显示此7株菌为同一谱型。结论此外科病房临床分离的8株肺炎克雷伯菌中有7株来源于同一克隆株,提示可能是一次医院感染暴发流行。     

上海市闵行区鼠伤寒沙门菌病原学与PFGE分型研究

目的了解2015年-2017年闵行区腹泻病监测点鼠伤寒沙门菌的病原学及脉冲场凝胶电泳(PFGE)特征。方法按照《上海市腹泻病综合监测实施方案》进行沙门菌分离鉴定;药物敏感试验采用纸片扩散法(K-B法);PFGE参照Pulse Net China沙门菌PFGE分子分型标准操作规程。结果鼠伤寒沙门菌在2015年-2017年检出率呈逐年增长趋势;鼠伤寒沙门菌对10种抗生素耐药率为四环素56.32%、萘啶酸31.03%、氯霉素20.69%、复方新诺明17.24%、头孢噻肟8.05%、头孢呋辛8.05%、庆大霉素5.75%、环丙沙星3.45%、头孢西丁1.15%、诺氟沙星1.15%,存在多重耐药。PFGE将87株鼠伤寒沙门菌分为62个带型,每个带型含1株~5株菌,分为A、B两大聚类,相似度为57.2%~100%。结论经过多种抗生素共同作用筛选得到的菌株成为鼠伤寒沙门菌扩散的主要来源,在PFGE优势克隆系中能体现。PFGE技术为聚集性病例的追踪溯源提供了分子生物学依据。     

2005-2007年河南省甲型副伤寒沙门菌PFGE分型

目的了解2005-2007年河南省甲型副伤寒沙门菌流行基因型别。方法菌株用XbaI限制性内切酶酶切,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分型,NTSYSpc 2.1软件聚类分析。结果来自河南省登封市伤寒、副伤寒沙门菌监测点的70株甲型副伤寒人源分离菌株,根据XbaI酶切PGFE基因指纹图谱分析,70株菌出现三个PFGE基因型别,分别是0001、0002、0007基因型,其中0001是首次在河南发现的甲型副伤寒基因型别。结论 0001基因型2005年在河南省首次发现,2006-2007年成为甲型副伤寒在当地流行的优势基因型。     

2007年四川省鼠伤寒沙门菌PFGE分型及溯源

目的 用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术.研究四川省2007年鼠伤寒沙门菌分子流行病学,查找沙门菌污染源,为预测疫情和制定防治措施提供依据.方法 选择Xba I酶对12株鼠伤寒沙门菌全基因组DNA进行酶切,用PFGE对菌株进行分子分型,Bionumerisc统计软件聚类分析.结果 12株鼠伤寒沙门菌用XbaI限制性酶切后,分成5个PFGE图谱类型,其中1个PFGE图谱类型有7株菌株,其指纹图谱的相似性达到100%,该型别占分析菌株的58.33%.其余4个PFGE图谱类型分别有2株菌和1株菌.含7株菌的PFGE图谱型中,源于成都市的菌株4株,攀枝花、自贡和内江市的菌株各1株.结论 PFGE分子分型与流行病学资料紧密结合可增强对鼠伤寒沙门菌食源性疾病的溯源和预警.