分子模拟技术评估我国HIV-1整合酶突变位点的耐药性

目的利用已建立的整合酶晶体结构与整合酶抑制剂雷特格韦的分子对接模型,计算HIV-1整合酶突变蛋白体与雷特格韦之间分子自由能的改变,以此评估整合酶基因突变是否会造成针对雷特格韦的耐药性。方法本研究采用Discovery Studio 2.5软件模块的分子对接程序构建整合酶药物雷特格韦与整合酶核心区蛋白晶体结构(1BL3)的复合物模型,采用氨基酸突变的方式进入整合酶野生型蛋白突变体,计算整合酶蛋白与雷特格韦分子间结合自由能。结果与1BL3整合酶蛋白结构相比,分别携带K14R、V31I、V54I,I72V、I84M,T112V、T124A、T125A、G134N、I135V、K136R、D167E、G193E、V201I、L203I氨基酸突变的整合酶蛋白与雷特格韦之间未见明显分子间结合自由能改变。引入已知耐药基因突变N155H,Q148H,Y143C的整合酶结构可造成彼此间分子自由能的明显提高。结论分子模拟技术建立雷特格韦与整合酶蛋白耐药性预测模型,完成了整合酶野生型蛋白结构与雷特格韦之间结合自由能计算和耐药性分析。我国HIV-1整合酶流行株对雷特格韦敏感,不存在耐药性。     

靶向捕获-高通量测序法对一个先天性白内障家系致病基因的研究

目的:应用靶向高通量测序技术鉴定一个常染色体显性遗传先天性白内障家系的致病基因。方法:采用靶向捕获已知白内障致病基因并行高通量测序,筛选出候选基因,并对其进行家系内外的共分离检验。结果:该家系符合常染色体显性遗传规律,所有患者均为核性白内障。靶向基因测序发现,位于主要内源性蛋白MIP基因的一个杂合突变c.97CT(p.R33C)可能是该家系的致病突变,该变异造成MIP基因编码的水通道蛋白氨基酸序列错义改变,并引起蛋白质结构异常,从而影响其功能。通过一代测序验证并确定该杂合突变为该家系的致病突变。结论:MIP基因c.97CT(p.R33C)突变是造成该先天性白内障家系致病的分子机制。     

分子模拟技术评估我国ＨＩＶ １整合酶 突变位点的耐药性

摘要：目的　利用已建立的整合酶晶体结构与整合酶抑制剂雷特格韦的分子对接模型,计算ＨＩＶ １整合酶 突变蛋白体与雷特格韦之间分子自由能的改变,以此评估整合酶基因突变是否会造成针对雷特格韦的耐药 性。方法　本研究采用ＤｉｓｃｏｖｅｒｙＳｔｕｄｉｏ２．５软件模块的分子对接程序构建整合酶药物雷特格韦与整合酶核 心区蛋白晶体结构（１ＢＬ３）的复合物模型,采用氨基酸突变的方式进入整合酶野生型蛋白突变体,计算整 合酶蛋白与雷特格韦分子间结合自由能。结果　与１ＢＬ３ 整合酶蛋白结构相比, 分别携带Ｋ１４Ｒ、Ｖ３１Ｉ、 Ｖ５４Ｉ,Ｉ７２Ｖ、Ｉ８４Ｍ,Ｔ１１２Ｖ、Ｔ１２４Ａ、Ｔ１２５Ａ、Ｇ１３４Ｎ、Ｉ１３５Ｖ、Ｋ１３６Ｒ、Ｄ１６７Ｅ、Ｇ１９３Ｅ、Ｖ２０１Ｉ、Ｌ２０３Ｉ 氨基酸突变的整合酶蛋白与雷特格韦之间未见明显分子间结合自由能改变。引入已知耐药基因突变 Ｎ１５５Ｈ,Ｑ１４８Ｈ,Ｙ１４３Ｃ 的整合酶结构可造成彼此间分子自由能的明显提高。结论　分子模拟技术建立雷 特格韦与整合酶蛋白耐药性预测模型,完成了整合酶野生型蛋白结构与雷特格韦之间结合自由能计算和耐 药性分析。我国ＨＩＶ １整合酶流行株对雷特格韦敏感,不存在耐药性。 关键词：人类免疫缺陷病毒;整合酶;雷特格韦;分子对接;结合自由能;耐药性评估 中图分类号：Ｒ５１２．９　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１００９ ６６３９ （２０１７）１２ ０８９０ ０４     

2株新型冠状病毒全基因测序及插入和终止突变分析

目的 分析2株新型冠状病毒基因进化变异情况及分子特征。方法 利用二代测序技术,对2份新型冠状病毒核酸检测阳性样本进行全基因组测序。利用生物信息学软件对基因序列进行分析。结果 获得长度分别为29 826 bp和29 837 bp的两条新型冠状病毒全基因序列,与Wuhan-Hu-1株基因序列同源性分别为99.96%和99.97%。两条序列的N蛋白均发生S194L变异,N蛋白S194磷酸化位点和N192潜在糖基化位点消失。其中序列1的3 647～3 648 bp之间插入了CCCAC序列,导致非结构蛋白3(NSP3)发生移码突变,即编码一种新的无跨膜结构、含有完整泛素样结构域的NSP3Δ蛋白。序列2发生了C27978T突变,导致开放读码框8(ORF8)发生终止突变,即编码1个新的仅含28个氨基酸的截短型ORF8蛋白。结论 新型冠状病毒进化变异方式复杂多样,插入突变和终止突变可能改变相关蛋白的结构和性质,应加大新型冠状病毒的病原学监测力度。     

针对铜绿假单胞菌毒力蛋白伪唾液酸酶Pse的新药设计分子对接研究

目的揭示铜绿假单胞菌伪神经氨基酸（Pse）耐奥司他韦类似药物的分子机制,开展新药设计分子对接研究,为防治流行性感冒感染后继发性肺炎提供理论基础。方法克隆、表达和提纯重组Pse蛋白;利用蛋白结构分析确定Pse关键活性位点氨基酸,点突变并以酶学方法验证,并采取分子对接技术进行新药前体的平面设计。结果奥司他韦类似药物对铜绿假单胞菌Pse没有抑制作用,Phe129位氨基酸是引起耐药的主要原因,对奥司他韦类似药物C-5支链改造是Pse抑制剂设计的唯一有效途径。结论奥司他韦类似药物对于铜绿假单胞菌Pse不能产生抑制作用,只有进行改造后的伪唾液酸才能对Pse起到抑制作用。     

促性腺激素释放激素受体

促性腺激素释放激素（GnRH）受体为7次跨膜结构G蛋白耦联受体，介导GnRH活性。GnRH受体活化与受体结构构象改变相关。GnRHⅡ型受体基因读码框移码突变，GnRHⅡ可能通过GnRHⅠ型受体转导信号。详细描述GnRH配体结合、受体激活及细胞内信号传导。通过氨基酸替代和修饰的方法，合成肽类GnRH激动剂（GnRHa）和拮抗剂（GnRHA）。喹诺酮和噻吩吡啶衍生物可作为非肽类GnRHA。     

肥胖基因的研究进展——基因结构及功能

本文从分子生物学水平阐述了肥胖的生理、病理生理变化，探讨了正常与突变的肥胖基因及其表达产物ｍＲＮＡ的结构、肥胖蛋白和肥胖蛋白受体的结构以及它们的生物学作用和影响因素。     

金葡菌野生株肠毒素B基因克隆及分子特征

目的克隆金黄色葡萄球菌野生株S407030肠毒素B（SEB）基因，并分析其分子特征。方法根据Genebank中金黄色葡萄球菌S6株肠毒素B基因设计1对引物，采用PCR法从金黄色葡萄球菌野生株S407030基因组中扩增目的基因，将目的片段与pMD-18T载体连接构建重组子pMD-18T-SEB，并转化E．coli DH5 α；阳性克隆以双酶切鉴定后，双脱氧末端终止法作序列测定分析，并以ExPasy Proteoic Tools蛋白分析软件预测其编码SEB蛋白的二级结构。结果从金黄色葡萄球菌基因组DNA中扩增出约705bp的基因片段，所构建的阳性克隆重组子PCR及双酶切鉴定与预期结果一致；测序结果表明，克隆的SEB基因含705个碱基，与S6株序列相比无碱基的插入或缺失，同源性为98．4％；存在11个碱基变异，其中7个为无义突变，4个为有义突变（突变位点位于第364，699．899．988位，编码氨基酸变化分别为：Ser→Ala、Gln→His、Asn→Ser、Met→Leu）；所预测的2菌株SEB蛋白的二级结掏基本相同。结论本实验成功克隆了金葡菌野生株S407030SEB基因，其在不同菌株间相对保守；由SEB基因点突变引起的个别氨基酸的改变对SEB生物活性与毒力的影响有待进一步研究。     

促性腺激素释放激素受体

促性腺激素释放激素(GnRH)受体为7次跨膜结构G蛋白耦联受体,介导GnRH活性.GnRH受体活化与受体结构构象改变相关.GnRHⅡ型受体基因读码框移码突变,GnRHⅡ可能通过GnRHI型受体转导信号.详细描述GnRH配体结合、受体激活及细胞内信号传导.通过氨基酸替代和修饰的方法,合成肽类GnRH激动剂(GnRHa)和拮抗剂(GnRHA).喹诺酮和噻吩吡啶衍生物可作为非肽类GnRHA.     

卵泡刺激素受体基因与卵巢功能的研究进展

卵泡刺激素（FSH）在人类生殖过程中发挥着重要作用,其对卵巢的作用主要是通过与卵巢颗粒细胞膜表面的特异性受体即卵泡刺激素受体（FSHR）结合来发挥的。FSHR基因结构的正常与否直接影响着卵巢的生殖和内分泌功能,FSHR启动子激活后能启动FSHR基因转录,并进一步引起FSHR基因转录后水平的变化,从而引起卵巢功能的改变。FSHR基因点突变既可以导致卵巢功能活化（如反复自发性卵巢过度刺激综合征）,又可以引起卵巢功能失活（如女性卵巢早衰）。对FSHR基因的正常结构与卵巢功能的关系及FSHR基因点突变与卵巢功能改变的关系综述如下。     

Correlation between the plasma tryptophan to neutral amino acid ratio and protein intake in the self-selecting weanling rat.

The relationship between changes in blood plasma amino acids and the quantity of protein and energy self-selected by the weanling rat, simultaneously offered two diets varying only in protein concentration, was examined. The changes in the quantity of protein and energy consumed by the rats, which were brought about by the addition of the essential limiting amino acids and groups of essential amino acids to gluten, casein, and zein, were not linearly related to alterations in the total plasma amino acid concentrations or to the accumulation of the added amino acids in the blood plasma. However a consistent relationship between food intake and plasma acids was identified when the plasma tryptophan to neutral amino acid ratio was correlated with the protein intake selected. It is postulated that the ratio of tryptophan to neutral amino acids in the plasma is involved in, or reflects, a mechanism regulating protein intake.     

马尔尼菲青霉菌溶血磷脂酶基因的识别和序列分析及功能预测

目的 从马尔尼菲青霉菌(PM)酵母相全长cDNA文库中识别溶血磷脂酶基因,预测其结构和功能,为进一步实验研究提供理论依据.方法 利用NCBI在线分析工具对PM酵母相全长cDNA文库进行筛选,识别溶血磷脂酶基因;通过Vector NTI suite 8.0软件包,对其编码蛋白质的各种结构与功能特征进行预测,并构建种系分子进化树.结果 筛选得到的基因长1014 bp,Blastx分析该基因可能是编码PM溶血磷脂酶的全长基因,完整的开放读码框(ORF)共含729 bp,编码243个氨基酸;其编码蛋白的相对分子质量为26 800,预测等电点为5.49,疏水氨基酸占47.7%,亲水氨基酸占26.8%,酸性氨基酸占12.7%,碱性氨基酸占12.8%;该蛋白有潜在的2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、3个蛋白激酶C磷酸化位点和7个N-肉豆蔻酰位点.结论 该氨基酸序列属于溶血磷脂酶样功能域特征蛋白酶;与球孢子菌亲源关系最近.通过研究,一个PM溶血磷脂酶基因被成功发现,这为进一步探讨该基因的功能提供了条件.

Abstract：

Objective To identify the gene encoding lysophospholipase from the full length cDNA library of Penicllium marneffei (PM) in yeast phase and predict the structure and function of its deduced protein, to provide with theoretical evidences for further experiments. Methods The PM full-length cDNA library in yeast phase was screened to identify the gene encoding lysophospholipase with the help of NCBI on-line analytical tool. Then, by utilizing the software package of Vector NTI suite 8.0, the protein deduced by the gene was analyzed to predict its corresponding structure and functions, and its molecular cladogram was constructed. Results The gene was composed of 1014 base pairs in the length and was presumed to be the full-length gene encoding lysophospholipase by Blastx, with a complete open reading frame (ORF) comprised of 729 base pairs encoding 243 amino acids with relative molecular weight being 26 800 and the predicted isoelectric point being S.49. The deduced protein included 47.7% hydrophobic amino acids, 26.8% hydrophilic amino acids, 12.7% acid amino acids and 12.8% basic amino acids. The protein had 2 potential casein kinase Ⅱ phosphorylation site, 3 potential protein kinase C phosphorylation site and 7 N-myristoyl site. Conclusions The amino acid sequence belongs to this kind of protease with lysophospholipase-like domain. The protein is most close to Coccidioides posadasii in genetic relationship. A novel gene encoding lysophospholipase is successfully found and the work has made necessary preparations for further research on the gene's function.     

吉林省2001～2008年麻疹病毒血凝素蛋白基因特征和氨基酸变异分析

目的研究吉林省2001～2008年麻疹病毒代表株的血凝素蛋白基因（Hemagglutinin,HA）特征和氨基酸变异。方法从吉林省2001～2008年流行的麻疹野病毒中选取5株代表株,提取核糖核酸,用逆转录-聚合酶链反应扩增HA基因片段,对扩增产物进行核苷酸序列分析,并与基因库中的中国麻疹疫苗病毒株沪191以及所有23种麻疹野病毒基因型代表株的H基因序列,进行基因亲缘关系、同源性、氨基酸变异以及糖基化位点变异比较。结果吉林省5株麻疹病毒分离株均属于H1基因型H1a基因亚型,5株病毒H基因之间有6～17个核苷酸差异（0.3%～0.9%）,3～9个氨基酸差异（0.5%～1.5%）。与中国现行疫苗病毒株沪191H基因相比,有89～95个核苷酸差异（4.8%～5.1%）,25～30个氨基酸差异（4.1%～4.8%）。与H1a基因亚型代表株China93-4H基因相比,有9～17个核苷酸差异（0.5%～0.9%）,3～7个氨基酸差异（0.5%～1.2%）。吉林省5株麻疹病毒分离株的H蛋白均保留了4个糖基化位点,第5个糖基化位点在氨基酸第240位由丝氨酸突变成天冬酰胺,导致一个潜在糖基化位点NLS238～240的缺失。结论吉林省2001～2008年流行的5株麻疹病毒,均丢失了一个可能影响抗原性的糖基化位点。5株麻疹病毒的核苷酸、氨基酸差异均不大,但无论与H1a基因亚型代表株China93-4相比,还是与疫苗株S191相比,核苷酸和氨基酸的同源性均呈逐年递减趋势,吉林省麻疹野病毒H基因的变异仍在逐年增加、逐年积累。     

济南市发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒基因组特征分析

目的 分析济南市发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(Severe fever with thrombocytopenia syndrome bunyavirus, SFTSV)基因组特征。方法 通过参考文献并对引物进行矫正,获得SFTSV全基因组序列。应用DNAstar 7.1、MEGA等软件对基因组序列进行基因位点、遗传进化、同源比对分析,建立L、M、S片段基因系统进化树。结果 成功获得7株济南市SFTSV全基因组序列,每株分离株基因组全长均为11 490 bp,其中L片段6 368 bp, M片段3 378 bp, S片段1 744 bp。济南市SFTSV属C基因型C3分支。与湖北、河南及山东省泰安和青岛市基因序列同源性高,呈现出明显地域性特点。核苷酸变异以碱基转(颠)换为主,2018年SFTSV分离株共存在0.03%氨基酸突变位点,2019年存在0.02%氨基酸突变位点,2020年存在0.11%氨基酸突变,2020年较2018、2019年明显增多。结论 利用测序方法测定的济南市SFTSV,其基因组序列分析表明与我国流行的SFTSV相近,氨基酸序列突变有增多趋势,需密切关注其致病力、...     

Protein and amino acid requirements and the composition of complementary foods

In this paper, factorial models of the dietary requirements for protein, nitrogen and individual indispensable amino acids are developed from published information on the relationship between age and protein deposition and between protein (amino acid) intake and nitrogen balance. The results are used to develop recommendations on the protein-energy ratio and the amino acid pattern of the diet. As part of the development of the models, factors affecting dietary protein digestibility, bioavailability and efficiency of utilization are discussed. Over the age range of 6-24 mo the models predict a fall in the weight-specific protein and amino acid requirement that results almost entirely from the changes in the growth rate of the children. It is also concluded that the requirement for the maintenance of body protein equilibrium (so-called maintenance) changes little with age. This contrasts markedly with the relationship between age and energy requirements. The amino acid modeling implies that the optimum pattern of individual essential amino acids also changes only marginally across the age range considered in the report. The calculations of the dietary requirement for whole protein imply that achieving a minimum protein-energy ratio of 6.3% is desirable. The amount of protein needed from complementary foods for breast-fed children is discussed.     

我国部分省市手足口病EV71 VP1基因特征分析

摘要:目的　分析我国部分省市手足口病EV71 VP1基因特征。方法　对从NCBI 上获得我国部分省市和本实验室来源的VP1 基因序列99株进行分析,采用MEGA软件构建系统进化树,计算相同或不同基因型及基因亚型毒株的核苷酸与氨基酸的相似性。结果　研究序列中C4亚型占96.0%,A亚型（3.0%）和B5亚型（1.0%）较少;A亚型毒株氨基酸变异为非同义突变;部分毒株发生氨基酸突变位点与病毒致病力相关;南方株相对北方株基因序列变异较大,东部株相对中部和西部株基因序列变异较大。结论　我国EV71以C4亚型为主;南方株较北方株、东部株较中西部株基因序列变异较大可能与我国气候、交通和人口流动有关;我国A亚型毒株非同义突变及2011年分离自浙江的KF358275突变位点增多是否会引起新的流行需加强后续监测。     

Protein structure analysis using the resonant recognition model and wavelet transforms

An approach based on the resonant recognition model and the discrete wavelet transform is introduced here for characterising proteins' biological function. The protein sequence is converted into a numerical series by assigning the electron-ion interaction potential to each amino acid from N-terminal to C-terminal. A set of peaks is found after performing a wavelet transform onto a numerical series representing a group of homologous proteins. These peaks are related to protein structural and functional properties and named characteristic vector of that protein group. Further more, the amino acids contributing mostly to a protein's biological functions, the so-called 'hot spots' amino acids, are predicted by the continuous wavelet transform. It is found that the hot spots are clustered around the protein's cleft structure. The wavelets approach provides a novel methods for amino acid sequence analysis as well as an expansion for the newly established macromolecular interaction model: the resonant recognition model.     

东莞市2008年-2009年H1N1流感病毒血凝素HA1基因分析

目的:了解2008年-2009年东莞市H1N1流感病毒血凝素HA1基因的特征及变化。方法:采用RT-PCR、基因测序等技术得到标本HA1基因的核酸序列,利用生物信息软件对核酸及氨基酸的特征及变化情况进行分析。结果:两年间有16个氨基酸位点发生变异,6个发生在抗原决定簇,Ca区2个,Sb区4个。受体结合位点有4个变异,130环1个,190螺旋3个。潜在糖基化位点及二硫键比较稳定,2年间没有发生变化。结论:2008年-2009年两年间H1N1流感病毒血凝素HA1基因氨基酸替换速率较高。     

淋球菌临床分离株外膜蛋白PJ基因序列与耐药性关系初探

目的研究成都地区淋球菌临床分离株PI基因序列与青霉素和四环素耐药性的关系。方法用T-A克隆的方法得到PI基因克隆重组子,对PI基因测序后,用序列分析软件进行分析。同时测定青霉素和四环素对淋球菌的最低抑菌浓度,比较耐药性与PI基因序列的相关关系。结果成功克隆并测序淋球菌PI基因,17条PI序列根据blastn结果可分为PIA和PIB两类。序列在影响淋球菌耐药性的第120和121位的氨基酸序列仅有部分发生单位点的D突变,未见文献报道的双位点D突变。5-9、6-1两条序列在120位发生K突变,且2株菌的耐药性均处于中等水平,与文献报道一致。结论成都地区淋球菌临床分离株外膜蛋白PI的序列与染色体介导的青霉素和四环素耐药性可能存在一定的相关关系,是否与PI基因序列120和121位氨基酸残基突变相关,还有待调查更多的临床分离株。     

二硫化碳对大鼠神经递质及其代谢产物的影响

目的探讨二硫化碳ＣＳ２的神经毒作用机理。方法应用高效液相色谱法，观察大鼠染毒ＣＳ２（０、１２００、２４００ｍｇ／ｍ３）２个月后，脑组织单胺类递质、氨基酸类神经递质及其代谢产物的改变。结果ＣＳ２染毒可使大鼠纹状体中３－甲氧－４－羟基扁桃酸含量下降，多巴胺代谢产物３，４－二羟基苯甲酸和高香草酸含量升高，兴奋性氨基酸及其代谢产物（谷氨酰胺、门冬氨酸和门冬酰胺）含量下降，且３－甲氧－４－羟基扁桃酸、门冬氨酸及门冬酰胺含量与动物行为改变之间具有一定的相关性。结论神经递质代谢紊乱在ＣＳ２的神经毒作用机理中起了重要作用。