大鼠胚胎胰腺发育后期基因表达谱的研究

目的:研究大鼠胚胎发育至第15.5和18.5天胰腺基因表达谱,探讨特异性基因表达在正常内外分泌胰腺发育及糖尿病中所起的作用。方法:①实验于2003-09/2004-06在南京医科大学生化与分子生物学实验室完成。选用SD大鼠,雌雄各10只,将雌雄鼠按1∶2合笼,分别于胚胎发育至第15.5和18.5天,剖腹取出孕子宫,分离胚胎。②应用显微分离及提取技术获得胚胎发育不同阶段胰腺组织并提取RNA,采用高密度寡核苷酸芯片(Affemetrix芯片)对胚胎发育至第15.5天和第18.5胚胎胰腺进行基因转录水平分析,用生物信息学方法分析具体基因的表达情况。结果:胚胎发育至第18.5天与胚胎发育至第15.5天相比,差异表达2倍以上的基因共1319条。其中表达上升的基因664条,表达下降的基因655条,功能已知基因占63%,表达序列标识占37%。控制胰腺细胞分化的转录因子明显下调,与功能代谢相关的转录因子有上升趋势,内外分泌酶类、激素类表达有上升趋势,骨架蛋白有下降趋势,与激素、酶类分泌相关的因子基本无表达。结论:大鼠胚胎胰腺发育至第15.5～18.5天,内分泌典型胰岛结构及外分泌腺泡、导管结构已基本形成,功能细胞分化基因表达下降,而细胞代谢调节功能基因表达上升,因此,在大鼠胚胎发育至第15.5天胰腺,功能细胞的代谢调节功能开始完善。     

胚胎造血细胞发育及其调控的研究进展

本综述了胚胎不同位点造血细胞的发育特点,造血微环境对其发育的影响以及发育过程中相关基因表达与调控的研究进展。     

应用基因芯片技术检测人脐带血CD34+细胞体外扩增的巨核细胞基因表达

目的 研究人脐带血CD34+细胞体外扩增巨核细胞的基因表达,从分子水平探讨巨核细胞的表达机制.方法 采用密度梯度离心法和免疫磁珠分选系统获取人脐带血CD34+细胞.100 ng/ml TPO诱导培养12 d后,应用抗CD+41单克隆抗体免疫磁珠法分选巨核细胞.应用基因芯片技术检测巨核细胞、非巨核细胞和meg-01细胞株...     

胚胎造血细胞发育及其调控的研究进展

本文综述了胚胎不同位点造血细胞的发育特点,造血微环境对其发育的影响以及发育过程中相关基因表达与调控的研究进展。     

直肠腺瘤和直肠癌中 microRNA 表达谱差异

目的对直肠癌miRNA表达谱进行初步研究,以期发现在直肠癌发生过程中与直肠腺瘤miRNA的差异表达谱,并预测可能受其调控的靶基因。方法选择2011年1～3月于解放军第306医院肠镜检查的直肠癌及直肠腺瘤进行检测,筛选直肠癌、直肠腺瘤组织差异表达的miRNA,并运用生物信息软件分析其靶基因。结果通过miRNAs芯片检测,发现直肠腺癌与直肠腺瘤相比,上调的miRNA 34种,下调8种。预测ZFHX4可能为miR-375的靶基因,预测SMAD2等可能为miR-18a的靶基因。结论与直肠腺瘤相比,直肠腺癌有其特异的miRNA表达谱,miRNA在直肠癌的发生中可能起到重要作用。     

干燥综合征患者白细胞跨内皮细胞转运途径和细胞粘附分子途径相关基因表达

目的分析干燥综合征患者白细胞跨内皮细胞转运及细胞黏附分子途径相关基因的表达情况及其意义。方法取3例干燥综合征患者及3例正常对照者的外周血单个核细胞,提取总RNA,反转录至cDNA后与寡核苷酸芯片杂交。采用图像分析软件对芯片图像进行数据提取,以Cy5/Cy3的比值数据分析处理。结果干燥综合征组与对照组外周血单个核细胞中的白细胞跨内皮细胞转运途径及细胞黏附分子途径相关基因表达差异最为显著(P<0.01),以上途径中VCAM1、PECAM1、ICAM1、ITGAL、SELE这5个基因表达上调,JAM1、JAM2、JAM3、SELL、CD226、CD99这6个基因表达下调。结论干燥综合征患者在白细胞跨内皮细胞转运途径及细胞黏附分子途径相关基因的表达差异最为显著,这些基因将为研究疾病的发病机制及新的治疗靶向提供重要依据。     

基因芯片技术的最新进展

基因芯片技术在生物医学中的应用在过去几年中发生了巨大的变化。该文概括介绍基因芯片技术,着重阐述了它在疾病机制研究、疾病的诊断和分类及疾病的预测和治疗中的新应用,并探讨了基因芯片技术和其他技术相结合的新进展。     

引物延伸预扩增后STR分型在鉴定母血中胎儿有核红细胞的应用

目的 探讨一种鉴定母血中胎儿有核红细胞（NRBC）的方法，为无创性产前基因诊断创造必要条件。方法 联苯胺染色识别孕妇外周血中NRBC，经显微操作获取，并以引物延伸预扩增（PEP）对单个NRBC进行全基凶组扩增后，用短串联重复序列（STR）分析其基因型，与父母基因型比对，确定该细胞的来源。结果 28例轻型β地中海贫血孕妇外周血样本中每例发现NRBC4～13个／5ml，经鉴定每例有胎儿NRBC2～8个／5ml，约43．6％的NRBC来源于胎儿。结论 PEP后STR基因型分析能有效鉴定孕妇外周血中NRBC的来源，使应用单个胎儿NRBC进行产前基因诊断成为可能。     

大规模测序研究CD_(34)~ 造血干/祖细胞基因表达谱

目的　建立大规模测序方法 ,并用于造血干 祖细胞 (HSPC)基因表达谱的初步识别。方法　从脐血中分离CD34 细胞 ,构建cDNA文库 ,对其进行大规模表达序列标签 (EST)测序 ,用生物信息学的方法进行结果分析。结果　在获得的 986 6条EST中 ,有意义序列归并为 2 0 6 0个连续克隆 ,其中10 5 4个为已知基因 ,10 0 6个为至今尚未被公共数据库公布的新基因片段。 10 5 4个已知基因根据功能分为八个大类 :①造血相关的 73个 ;②染色体结构及细胞分裂相关的 91个 ;③细胞信号传导相关的111个 ;④细胞结构 运动相关的 48个 ;⑤细胞和机体防御相关的 41个 ;⑥基因表达 (转录、翻译及加工 )相关的 2 6 5个 ;⑦代谢相关的 192个 ;⑧未分类的 2 33个。结论　获得了HSPC表达的 10 5 4个已知基因和 10 0 6个新基因片段构成的初步基因表达谱 ,为进一步深入研究造血基因表达调控和克隆新基因奠定了基础     

聚类分析在自身免疫病基因表达谱研究中的初步应用

目的 探讨聚类分析方法在自身免疫病基因表达谱研究中的应用价值。方法 从正常对照及自身免疫病患者外周血提取总RNA，逆转录合成单链、双链cDNA后，体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交，再经抗原抗体反应和标记荧光染料Cy3标记后，用基因芯片扫描仪进行图像扫描。经Quant Array分析软件将扫描的图像信息转化为数据。然后，进一步将标准化的数据用Gene Spring分析软件进行试验样本和基因的聚类分析。结果10例系统红斑狼疮(SLE)、1例多发性肌炎(PM)和1例类风湿关节炎(RA)患者与1名正常对照外周血细胞的基因表达谱是不同的，患者之间的表达谱因临床表现的异质性，其表达谱也有差别，但SLE的聚类可与：PM、RA相区分，同一SLE患者，2次采血所得的表达谱具有极强的相似性。基因聚类分析显示，具有相似功能的基因具有相似表达模式，据此可发现许多已知基因的免疫功能。结论聚类分析方法能根据基因表达谱，将基因进行功能分类，故可将自身免疫病的样本进行疾病分类。因此，本方法可应用于基因表达谱数据的分析。     

Gene expression profiling-based identification of cell-surface targets for developing multimeric ligands in pancreatic cancer

Multimeric ligands are ligands that contain multiple binding domains that simultaneously target multiple cell-surface proteins. Due to cooperative binding, multimeric ligands can have high avidity for cells (tumor) expressing all targeting proteins and only show minimal binding to cells (normal tissues) expressing none or only some of the targets. Identifying combinations of targets that concurrently express in tumor cells but not in normal cells is a challenging task. Here, we describe a novel approach for identifying such combinations using genome-wide gene expression profiling followed by immunohistochemistry. We first generated a database of mRNA gene expression profiles for 28 pancreatic cancer specimens and 103 normal tissue samples representing 28 unique tissue/cell types using DNA microarrays. The expression data for genes that encode proteins with cell-surface epitopes were then extracted from the database and analyzed using a novel multivariate rule-based computational approach to identify gene combinations that are expressed at an efficient binding level in tumors but not in normal tissues. These combinations were further ranked according to the proportion of tumor samples that expressed the sets at efficient levels. Protein expression of the genes contained in the top ranked combinations was confirmed using immunohistochemistry on a pancreatic tumor tissue and normal tissue microarrays. Coexpression of targets was further validated by their combined expression in pancreatic cancer cell lines using immunocytochemistry. These validated gene combinations thus encompass a list of cell-surface targets that can be used to develop multimeric ligands for the imaging and treatment of pancreatic cancer. [Mol Cancer Ther 2008;7(9):3071-80].     

Oct4和Nanog在胰腺癌干细胞中表达的研究

目的:研究Oct4和Nanog基因在人胰腺癌细胞系及干细胞中的表达情况.方法:用流式细胞仪,以CD44+CD24+和CD44+CD24+ESA+为表面标记,在胰腺癌Panc-1细胞中分选肿瘤干细胞,RT-PCR、定量PCR及免疫荧光法检测肿瘤干细胞中Oct4、Nanog基因的表达情况.结果:分选出的胰腺癌CD44+CD24+细胞约占细胞总量的1%～3%,CD44+CD24+ESA+约占细胞总量的0.1%～0.8%,Oct4及Nanog基因在两种分选出的细胞中表达均高于未分选细胞,在CD44+CD24+ESA+细胞中的表达高于CD44+CD24+细胞.结论:干细胞相关基因Oct4、Nanog高表达于胰腺癌干细胞中,其表达量与干细胞纯度成正相关.     

范可尼贫血肿瘤相关通路的基因集富集分析

目的 探讨范可尼贫血(FA)患者高肿瘤易感性的潜在机制与原因.方法 采用基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)对NCBI GEO数据库中21例FA患者和11例健康志愿者的骨髓单个核细胞基因表达谱进行比较研究,分析其在肿瘤相关通路及肿瘤相关基因集中的富集特征与核心富集基因.然后利用对基因本体学(Gene ontology)生物过程和结构基因组相关基因集的富集分析,迸一步阐释了该病高肿瘤易感性的潜在原因.结果 FA患者在抗Bcl-2抑制剂相关基因集和成纤维细胞生长因子、胰岛素及胰岛素样生长因子(IGF)信号通路介导的肿瘤基因集中有显著富集特征.其中核心富集基因D4S234E、SST、FGF、IGFR、FGFR和IGFBP等的高表达与促进肿瘤形成及耐药相关.在生物学过程上,FA患者细胞外分子的生物合成和结构与对照组具有显著差异.在结构基因组相关分析中发现,包含上述IGF2在内的转录起始位点附近具有模体RRCAGGTGNCV及CCTNTMAGA的基因集具有富集特征,其中前者与肿瘤发生的关键转录因子TCF3匹配.结论 FA患者的高肿瘤易感性与其体内在关键转录因子介导下的肿瘤相关细胞因子、激素等内环境变化密切相关.